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lowQualScore                  :        .. ... .....    .......   . .     .   .   . . .. . ..    .............. .....  .........        . . . .  .. ..   .. .     
lowQualScore                  :        33 999 22222    1111111   5 5     5   4   4 4 88 3 22    33333333333333 11111  000000000        2 2 2 2  77 77   88 3     
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lowQualScore                  :        .. ... .....     .   .   . .     .   .   . . .. . ..    .............. .....   .........       . . . .  .. ..   .. .     
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Alignments
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lowQualScore                  :        .. ... .....     .   .   . .     .   .   . . .. . ..    .............. .....   .........       . . . .  .. ..   .. .     
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Reference ( family-572 )      : CCCCCCT--C---C-----CCTGG-GTT-CAA-T-GTAAA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
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gi|8525                       : CCCCCCT--A---C-----CCTGG-GTT-CAA-T-GTAAA-TCA-CAT-T-A--C-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
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gi|8547                       :       T--C---C-----CCTGG-GTT-GAAAT-GTAAA-TCA-CATAT-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-A-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8548                       :        --C---C-----CCTGG---T---A-T-GTAAA-TCC-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------G-----ACC---------TGCAGCG-G-G-T-GA------TG--C-CT
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gi|8555                       :                                                              AC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
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blockSeqs                     :        .  .   .         .   G   A .     .   .   . . .  . G     .              .       .               . . . .  .  .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   .         .   .   . .     .   .   . . .  . .     .              .       .               . . . .  .  .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   .         .   .   . .     .   .   . . .  . .     .              .       .               . . . .  .  .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   .         .   .   . .     .   .   . . .  . .     .              .       .               . . . .  .  .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   .         .   .   . .     .   .   . . .  . .     .              .       .               . . . .  .  .    .  .
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Reference ( family-572 )      : CCCCCCT--C---C-----CCTGG-GTT-CAA-T-GTAAA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
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gi|8527                       : CCCCCCT--C---C-----TATGG-GTT-CAA-T-GTAAA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
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gi|8529                       : CCCCCCT--A---C-----CCTGG-GTT-CAA-T-GTAAA-TCAACAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-
gi|8530                       : CCCCCCT--C---C-----CTTG----T-AAA-T-GTAAA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTA---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8531                       : CCCCTTT--C---C-----CCTGG-GTTTCAA-T-GTAA--TCA-CAT-T-A--T-TTTGGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTA
gi|8532                       : CCCCGCT--C---C-----CCTGG-CTT-CAG-T-GTAAA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-------C---------AACAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CT
gi|8533                       : CCCCCCT--C---C-----TCTGG-GT--CAA-T-GTAGC-TCA-ATT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-A-G-T-GA--A--TTG--C-CCAG
gi|8534                       : CCCCCCT--CGCTC-----CCTGG--TT-CAA-T-GTAAA-TTA-CAT-T-A--T-T--GAAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-AA------TGCCC-CTAGT
gi|8535                       : CCCCCTT--C---CTACTCCCTGG-TTT-CAAGT-GTAAA-TCA-CAT-TGA--T-T--GGAC--------------ACGACACTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTT--C-CTAGT
gi|8536                       : CCCCCCC--T---C-----CCTGA-GGG-CAA-T-GTAAA-TAA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTT---------AGCAGC--G-G-T-GA--A--TTG--C-CCA
gi|8537                       : CCCCCCC--T---C-----CCTGA-GGG-CAA-T--TAAA-TAA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTT---------AGCAGCG-G-G-T-AA--A--TTG--C-C-AGT
gi|8538                       : CCCCCCC--T---C-----CCTGA-GTG-CAA-T-GTAAA-CAA-C-T-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTT---------AGCAGCG-G-G-TGGA--A--TTG--C-CCA
gi|8539                       : CCCCCTT--T---C-----CCTGA-GGG-CAA-T--TAAA-TAA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTT---------AGCA-CGTG-G-T-AATTA--TTG--CGCCAGT
gi|8540                       : CCCCCCTTGC---C-----CCTGC-GTT-CAA-T-GTAGA-TCA-C-T-T-A--TAT--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAACG-GCGTT-GA--ACTCTG--C-CTAGT
gi|8541                       : CCCCCCT--T---C-----CCTGG-GTT-CAA-----AAT-TCA-CAT-T-A--T-C--GGACAGTCAGGGTTGTTGA-----CTCACGCTATCCAGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTA--C-CTAGT
gi|8542                       :  CCCCCC--A---C-----TCTGA-GTT-CAA-T-GTAAA-TCA-GAT-T-A--T-TG-GGAC--------------------CTC----------GCAG-G-G-G-T-GA--A--TTG----CTAGT
gi|8543                       :  CCCACT--C---C-----CCTGG-GTTGCAA-T-GTAAA-T-----T-T-ACTT-T--TGAC--------------A-----C--------------AGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8544                       :   CCCCT--C---C-----CCTAG-GTT-CA--T-GTAAG-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8545                       :   CCCCC--C---C-----CCTGACGTT-CAA-TTGTAAAATCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTT--C-CTAGT
gi|8546                       :       T--C---C-----CCTAG-GTT-CAA-T-GTAGA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCA-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8547                       :       T--C---C-----CCTGG-GTT-GAAAT-GTAAA-TCA-CATAT-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-A-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8548                       :        --C---C-----CCTGG---T---A-T-GTAAA-TCC-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------G-----ACC---------TGCAGCG-G-G-T-GA------TG--C-CT
gi|8549                       :                      TGG-GTT-CAA-T-GTAGA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----GTC---------AGTAACG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8550                       :                               AA-T-GTAGA-TCA-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCA------G-T-GA--A--TTG--T-CTAGT
gi|8551                       :                                       AA-TCA-CAT-T-A--C-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GG--A--GTG--
gi|8552                       :                                            A-CAT-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-A-GA--A--TT
gi|8553                       :                                                T-T-A--T-T--GGAC--------------A-----CTT---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CCAGT
gi|8554                       :                                                     --T-T--GGAC--------------A-----CTC---------AGCAACG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAG
gi|8555                       :                                                              AC--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT
gi|8556                       :                                                               C--------------A-----CTC---------AGCAGCG-G-G-T-GA--A--TTG--C-CTAGT