lowQualScore : 1 1 1111
lowQualScore : 5 22 3 22 1 1 22 4 2 2 1 1 11 33 11 7777 1 555 77 33 11 44 1 1 2222 8 444 33 1 11 33 5 1 222 2 1
lowQualScore : . .. . .. . . .. . . . . . .. .. .. .... . ... .. .. .. .. . . .... . ... .. . .. .. . . ... . .
lowQualScore : 0 33 1 11 5 4 00 8 2 6 3 3 88 55 88 0000 2 222 22 44 77 77 2 2 7777 3 111 00 2 77 00 1 2 222 8 4
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Reference ( gi|27673 ) : TAATCGATA--TCTGA-C--CTAT-CT-T--TGTCTGTACAT-A-CAA-CA--G--GG--A--T-TGAT-ATT---G-AGTG--T--C--AG-AATA-T----GCCATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAAAATCA-GCTACT
gi|27677 : TAATAGATA--ACTGA-C--CTAT-CT-T--TGACTGTACAT-A-CAA-CA--G--GA--A--G-TGATAATT---G--GTG--T--C--AG-AATA-T----GTCA-TGA-ATT--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAATCA-GTTACT
gi|27679 : TAATAGATA--TCTGA-C--CTTT-CT-T--TGACTGTACAT-A-CAA-TA--G--GA--A--G-TGAT-ATT---G-GGTG--T--C--AG-AATA-T----ATCATACA-T-T--TT-CAAA--TATC--ACGCTTA-A---TGAGATCA-GCTACT
gi|27684 : TAATAGATA--TCTGA-A--CTAT-CG-T--TGCCTGTTCAT-AACAA-CA--G--GG--A--G-TGGT-ATT---G--GTG--T--C--AG-AATA-T----GCCATGAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---T-GAGTCA-GCTACT
gi|27672 : TAATAGATA--TCGGA-C--TTAT-CT-A--TGACTATACAT-A-CAA-CA-----GG--A--TGTGAT-ATT---G-TGTGTCT--C--AG-AATA-A----GTCATC-A-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGAAATTA-GCTACT
gi|27671 : TAATAGATA--TCGGA-C--TTAT-CT-A--TGACTATACAT-A-CAA-CA--G--G---A--TGTGAT-ATT---G-TGTG--T--CTCAG-AATA-A----GTCATCAT-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGAAATTA-GCTACT
gi|27676 : TAATAGATT--TCTGA-C--TTAT-GT-A--TGACTATACAT-A-CAA-CA--G--GA--A--G-TGAT-ATT---G-AGTGTCT--C--CG-AATT-T----GTCATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAATTA-GCGACT
gi|27683 : TAATAGATA--TCTGA-CTTCTAT-CA-C--TGT--ATA-AT-T-CAA-TA--G--GG--A--G-TG-T-ATT---G-GGTA--T--C--AGTAATA-T----GCCAT-GA-A-A--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGAAATCA-GCTACT
gi|27680 : TAATAGATA--TCAGA-C--CTCT-CG-T--TGACTGTACGT-T-CAA-CA--G--GG--A--G-TGAT-ATT---G-AGTG--T--C--AG-AGCA-T----GCC-TTGATA-C--TT-TAGA--TATT--ACGGTTA-A---TGAAATTA-
gi|27682 : TAATAGATA--TCTGA-C--TT-T-CT-A--TCACTGTATAT-T-CAA-TA--G--GG--A--G-TGTT-ATT---G-GGTA--T--C--AG-AATA-T----GCCA-TGA-A-A--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAAT-A-GC-ACT
gi|27678 : TAATAAATT--TCTGA-C--TTCT-GT-A--TGACTATACAT-A-CAG-CA--A--GA--A--G-TGGT-ACT---C-GGTG--TATC--AG-AATG-T----GTCATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTT-A---TAAAATTA-ACGACT
gi|27681 : TAGTAGATA--TTCGA-C--GAAT-TTAT--TA-CTATACAT-G-TGT-CG--A--GA--A--G-TGAT-ATA---A-AGTA--T--C--AG-AATA-T----CCCATTGATA-T--TT--AGA--TATCT-AC-CTTA-A---
gi|27687 : AATAAATAATTCTGA-C---TAT-TC-A--TG-ATGTATAT-A-CAA-CA--G--GA--A--G-TGAT-ATT---T-GATG--T--C--AG-AATA-T----GCCA-TAA-A-TG-TT-TAGA--TGTC--ATGCTTA-A---TGAAGTCA-ACTACgga
gi|27688 : ATAGATA--TCAGA-C--CTAT-CG-T--TG-CTGTTCAT-A--AA-CA--G--GG--A--G-TGGT-GTT---A-GGTG--T--C--AG-AATA-------CCATGGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAGTCA-GCTACT
gi|27692 : GATA--TCTTA-C--CTAA-CT-T--TGCCTGTTCGT-A-CAA-CA--A--AG--A--T-AGAT-ATT---G-GGTG--T--C--AG-AATA-T----GCCATGGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAGTCA-GCTACT
gi|27685 : aGATA--TCTGA-C--CTAT-CG-T--TGCCTGTTCATTA-CAA-CA--G--GG--A--G-TGGT-ATT---A-GGTG--T--C--AG-AATA-T----GCCATGAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---T
gi|27695 : tactaGATA--TATGA-C--CTAA-CT-T--TGCCTGTTAAT-A-CAA-CA--GTAGG-------TGAT-ATT---G-GAAA--T--C--AG-AATA-T----GCCACGGG-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAAAATCA-GCTACTg
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gi|27694 : aGACA--TCTGA-C--CTAT-AT-T--TGCCTGTTCAT-A-CAA-CA--G--GT--A--G-TGAT-ATT---G-GGTG--T--C--TG-CATA-T----GCCACAAA-A-T--TT-CAGA--CATC--ACGATTA-A---TATCATCA-GCTACT
gi|27696 : aGATA--TCAGA-C---TAT-CT-T--TGCCTGTTTAT-A-CAAACA--GTAGG-------TGAT-ATTT--G-GGTG--T--C--AG-AATA-T----GGCAATGG-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAAA
gi|27675 : aGATT--TATGA-A--C-AT-TT-T--TAACTATACAA-G-CAA-TT--A--GG--A--G-TGAT-AAT---A-GGTG--T--C--GG-AACA-T----TTCATCAT-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAAAATCT-GCTACT
gi|27689 : tactaGATA--TGTGAAC--TTAC-TC-TAATGGCTATACAT---CAA-CA--G--G---A--G-TGAT-ATT---GGAGTG--T--CTCAG-AATA-T----GTCATAAA-T-T--TT-CAGAACTATC--ACGCTTA-T---GAGAATTA-
gi|27674 : taATA--TCTGA-C--CTAT-CT-T--TGCCTGTACAT-A-CAA-CA--G--GG--A--T-TGAT-ATT---G-AGTG--T--C--AG-AATA-T----GCCATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAAAATCA-GCTACT
gi|27686 : tgatatTA--TCTGA-C--CTAT-AT-T--TGCCCGTTCAT-A-CAA-AACTG--AG--A-----GAT-ATT---G-GGTG--T--C--AG-AATA-T----GCCACAGG-A-T--TT-CAGA--TATC--ACTCTTA-A---TGAAATCA-ACTACT
gi|27691 : tattagtTA--TCTGAAC--CTAT-CC-T--TTCCTGTTCAT-A-AAA-AA--G--GGGAA--G-TGAT-ATT---A-GGTG--T--C--C--AATA-T----GCCAT-GA-A-TATTT-CAGA--TATCCTACGCTTA-A---TGAAATCA-GCTACT
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gi|27699 : -T--TGGCTGT-CATTC-CAA-CA--G--GG--A--G-TGAT-ATTAAGG-AGAG--C--C--AG-AAAA-TCATTGCCATGGA-A-T--TT-CATA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAATCATGCTACT
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gi|27702 : aTATACAA-A-CAA-TT--G--GG--A--G-TGAT-AAT---G-GGTA--T--C--AA-AACA-T----GTCATAAA-T-T--TT-CATA--TATC--ACGCTTA-A---TAAAATCA-GC
gi|27703 : CAT-A-CAA-AA--G--GG--A--A-TGAT-ATA---G-GGTG--T--C--AG-AATA-T----GCCACCAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGAAATCA-
gi|27690 : -TGTT-ACT---G-GGTA--T--C--AT-AATA-T----GCCACCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTGA-A---GAAAATAA-GCTACT
Alignments
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lowQualScore : . .. . .. . .. . . . . . .. .. ... . .. .. .. . . .... . . ... .. . .. .. . ... . .
lowQualScore : 6 22 0 00 4 99 3 8 2 8 2 77 77 000 2 00 77 99 2 2 6666 2 8 222 99 2 77 99 2 111 2 4
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Reference ( family-571 ) : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGNCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATCGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
gi|27671 : TAATAGA-TA--TCGGA-C--TTAT-CTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--T--GTGATATT---GT-GTGTCT--C--AG-AATA-A----GTC-ATCAT-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGA-AATTA-GCTACT
gi|27672 : TAATAGA-TA--TCGGA-C--TTAT-CTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--T--GTGATATT---GT-GTGTCT--C--AG-AATA-A----GTC-ATC-A-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGA-AATTA-GCTACT
gi|27673 : TAATCGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGTCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--TTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27674 : TGATATA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGCCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--TTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27675 : TACTAGA-TT--TATGA-A--C-AT-TTT--TAACTATACA-A-GCAA-TTAGG--A--GTGATAAT---AG-GTG--T--C--GG-AACA-T----TTC-ATCAT-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCT-GCTACT
gi|27676 : TAATAGA-TT--TCTGA-C--TTAT-GTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--A--GTGATATT---GA-GTGTCT--C--CG-AATT-T----GTC-ATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATTA-GCGACT
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gi|27678 : TAATAAA-TT--TCTGA-C--TTCT-GTA--TGACTATACA-T-ACAG-CAAGA--A--GTGGTACT---CG-GTG--TATC--AG-AATG-T----GTC-ATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTT-A---TAA-AATTA-ACGACT
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gi|27684 : TAATAGA-TA--TCTGA-A--CTAT-CGT--TGCCTGTTCA-TAACAA-CAGGG--A--GTGGTATT----G-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATGAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TG--AGTCA-GCTACT
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gi|27688 : ATAGA-TA--TCAGA-C--CTAT-CGT--TG-CTGTTCA-T-A-AA-CAGGG--A--GTGGTGTT---AG-GTG--T--C--AG-AATA-------CC-ATGGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AGTCA-GCTACT
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gi|27690 : --A--GTGTTACT---GG-GTA--T--C--AT-AATA-T----GCC-ACCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTGA-A---GAA-AATAA-GCTACT
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gi|27697 : TGA-C--CTATATTT--TGCCTGTTCA-T-ACAA-CATGG--AAAGTGATATTCG-GG-GTG--T--CG-AG-AATAGT----GCC-ACGGA-A-T--TTTCAGA--TATC--ACGCTTAGA---TG--AATCA-GCTACT
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Alignments
lowQualScore : 1 22 3 22 1 11 2 1 1 3 1 11 11 555 1 55 11 22 1 1 2222 1 9 444 22 1 11 22 1 222 1 1
lowQualScore : . .. . .. . .. . . . . . .. .. ... . .. .. .. . . .... . . ... .. . .. .. . ... . .
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Reference ( family-571 ) : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGNCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATCGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
gi|27671 : TAATAGA-TA--TCGGA-C--TTAT-CTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--T--GTGATATT---GT-GTGTCT--C--AG-AATA-A----GTC-ATCAT-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGA-AATTA-GCTACT
gi|27672 : TAATAGA-TA--TCGGA-C--TTAT-CTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--T--GTGATATT---GT-GTGTCT--C--AG-AATA-A----GTC-ATC-A-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGA-AATTA-GCTACT
gi|27673 : TAATCGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGTCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--TTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27674 : TGATATA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGCCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--TTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27675 : TACTAGA-TT--TATGA-A--C-AT-TTT--TAACTATACA-A-GCAA-TTAGG--A--GTGATAAT---AG-GTG--T--C--GG-AACA-T----TTC-ATCAT-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCT-GCTACT
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gi|27678 : TAATAAA-TT--TCTGA-C--TTCT-GTA--TGACTATACA-T-ACAG-CAAGA--A--GTGGTACT---CG-GTG--TATC--AG-AATG-T----GTC-ATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTT-A---TAA-AATTA-ACGACT
gi|27679 : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTTT-CTT--TGACTGTACA-T-ACAA-TAGGA--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----ATC-ATACA-T-T--TT-CAAA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-GATCA-GCTACT
gi|27680 : TAATAGA-TA--TCAGA-C--CTCT-CGT--TGACTGTACG-T-TCAA-CAGGG--A--GTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AGCA-T----GCC--TTGATA-C--TT-TAGA--TATT--ACGGTTA-A---TGA-AATTA-
gi|27681 : TAGTAGA-TA--TTCGA-C--GAAT-TTA--TTACTATACA-T-GTGT-CGAGA--A--GTGATATA---AA-GTA--T--C--AG-AATA-T----CCC-ATTGATA-T--TT--AGA--TATCT-AC-CTTA-A---GGA-
gi|27682 : TAATAGA-TA--TCTGA-C--TT-T-CTA--TCACTGTATA-T-TCAA-TAGGG--A--GTGTTATT---GG-GTA--T--C--AG-AATA-T----GCC-AT-GA-A-A--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AAT-A-GC-ACT
gi|27683 : TAATAGA-TA--TCTGA-CTTCTAT-C------ACTGTATAAT-TCAA-TAGGG--A--GTG-TATT---GG-GTA--T--C--AGTAATA-T----GCC-AT-GA-A-A--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
gi|27684 : TAATAGA-TA--TCTGA-A--CTAT-CGT--TGCCTGTTCA-TAACAA-CAGGG--A--GTGGTATT----G-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATGAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TG--AGTCA-GCTACT
gi|27685 : TACTAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CGT--TGCCTGTTCA-TTACAA-CAGGG--A--GTGGTATT---AG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATGAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TG
gi|27686 : TATTAGT-TA--TCTGA-C--CTAT-ATT--TGCCCGTTCA-T-ACAA-AACTG--A--GAGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ACAGG-A-T--TT-CAGA--TATC--ACTCTTA-A---TGA-AATCA-ACTACT
gi|27687 : AATAAA-TAATTCTGA-C---TAT-TCA--TGA-TGTATA-T-ACAA-CAGGA--A--GTGATATT---TG-ATG--T--C--AG-AATA-T----GCC-AT-AA-A-TG-TT-TAGA--TGTC--ATGCTTA-A---TGA-AGTCA-ACTAC
gi|27688 : ATAGA-TA--TCAGA-C--CTAT-CGT--TG-CTGTTCA-T-A-AA-CAGGG--A--GTGGTGTT---AG-GTG--T--C--AG-AATA-------CC-ATGGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AGTCA-GCTACT
gi|27689 : TAGA-TA--TGTGAAC--TTAC-TCTAATGGCTATACA-T--CAA-CAGG---A--GTGATATT---GGAGTG--T--CTCAG-AATA-T----GTC-ATAAA-T-T--TT-CAGAACTATC--ACGCTT--A---TGAGAATTA-
gi|27690 : --A--GTGTTACT---GG-GTA--T--C--AT-AATA-T----GCC-ACCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTGA-A---GAA-AATAA-GCTACT
gi|27691 : tagctatctgactaatatatgactatgagaagtgatattgtgtacAGAGTA--TCTGAAC--CTAT-CCT--TTCCTGTTCA-T-AAAA-AAGGGGAA--GTGATATT---AG-GTG--T--C--C--AATA-T----GCC-AT-GA-A-TATTT-CAGA--TATCCTACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
gi|27692 : AGA-TA--TCTTA-C--CTAA-CTT--TGCCTGTTCG-T-ACAA-CAAAG--A--TAGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATGGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AGTCA-GCTACT
gi|27693 : AGA-TA--TCTGA-C--CTAT-TTT--CTCCCGTTCA-T-ACAA-TTGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCCGGTCAA-G-T--TT--ATA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
gi|27694 : AGA-CA--TCTGA-C--CTAT-ATT--TGCCTGTTCA-T-ACAA-CAGGT--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--TG-CATA-T----GCC-ACAAA-A-T--TT-CAGA--CATC--ACGATTA-A---TAT-CATCA-GCTACT
gi|27695 : AGA-TA--TATGA-C--CTAA-CTT--TGCCTGTTAA-T-ACAA-CAGTA--G--GTGATATT---GG-AAA--T--C--AG-AATA-T----GCC-ACGGG-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27696 : AGA-TA--TCAGA-C---TAT-CTT--TGCCTGTTTA-T-ACAAACAGTA--G--GTGATATTT--GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GGC-AATGG-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-A
gi|27697 : TGA-C--CTATATTT--TGCCTGTTCA-T-ACAA-CATGG--AAAGTGATATTCG-GG-GTG--T--CG-AG-AATAGT----GCC-ACGGA-A-T--TTTCAGA--TATC--ACGCTTAGA---TG--AATCA-GCTACT
gi|27698 : atttcgA-C--ATAT-TTT--T-ACTATATA-A-ACAA-TTAGG--A--GTGATGAT---AG-GTG--T--C--TA-AACA-T----TTC-ATCAT-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AA
gi|27699 : tatgaT--TGGCTGT-CA-TTCCAA-CAGGG--A--GTGATATTAAGGA-GAG--C--C--AG-AAAA-TCATTGCC-ATGGA-A-T--TT-CATA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCATGCTACT
gi|27700 : ggactgtaacTAT-TTT--TGGCTGTAAA-T-ACAA-TAGAG--A--GTGTTATT---GG-TTG--T--C--AG-AATA-T----AAC-ATGGATA-T--TC-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCA-ACTACT
gi|27701 : CTATACA-T-ATGA-CTAAG--A--GCGATAAT---GG-CCA--T--C--AG-AAAA-T----GCC-ATCGA-T-T--TT-TAGA--TATC--ACGCTAA-AAATTGA-AATCA-GCTACT
gi|27702 : aTATACA-A-ACAA-TTGGG--A--GTGATAAT---GG-GTA--T--C--AA-AACA-T----GTC-ATAAA-T-T--TT-CATA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCA-GC
gi|27703 : CA-T-ACAA-AAGGG--A--ATGATATA---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ACCAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-
blockSeqs : G AT A TT A AA A A A A A GA AA AAG A TC AT TC T G CATT G C AT AT T AC CT G AAT G T
blockSeqs : . . A . . . T A . T . . . CG . TC . G . . . . T TA G . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . C A . T . . . T . . . . . . . . T TA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . C TA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . .
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blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGNCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATCGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
finalCons : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGNCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATCGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
Alignments
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lowQualScore : . .. . .. . .. . . . . . .. .. ... . .. .. .. . . .... . . ... .. . .. .. . ... . .
lowQualScore : 6 22 0 00 4 99 3 8 2 8 2 77 77 000 2 00 77 99 2 2 6666 2 8 222 99 2 77 99 2 111 2 4
consensus : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGNCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATCGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
Reference ( family-571 ) : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGNCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATCGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
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gi|27672 : TAATAGA-TA--TCGGA-C--TTAT-CTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--T--GTGATATT---GT-GTGTCT--C--AG-AATA-A----GTC-ATC-A-T-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TGA-AATTA-GCTACT
gi|27673 : TAATCGA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGTCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--TTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27674 : TGATATA-TA--TCTGA-C--CTAT-CTT--TGCCTGTACA-T-ACAA-CAGGG--A--TTGATATT---GA-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ATTGA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACACTTA-A---TAA-AATCA-GCTACT
gi|27675 : TACTAGA-TT--TATGA-A--C-AT-TTT--TAACTATACA-A-GCAA-TTAGG--A--GTGATAAT---AG-GTG--T--C--GG-AACA-T----TTC-ATCAT-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCT-GCTACT
gi|27676 : TAATAGA-TT--TCTGA-C--TTAT-GTA--TGACTATACA-T-ACAA-CAGGA--A--GTGATATT---GA-GTGTCT--C--CG-AATT-T----GTC-ATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATTA-GCGACT
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gi|27678 : TAATAAA-TT--TCTGA-C--TTCT-GTA--TGACTATACA-T-ACAG-CAAGA--A--GTGGTACT---CG-GTG--TATC--AG-AATG-T----GTC-ATCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTT-A---TAA-AATTA-ACGACT
gi|27679 : TAATAGA-TA--TCTGA-C--CTTT-CTT--TGACTGTACA-T-ACAA-TAGGA--A--GTGATATT---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----ATC-ATACA-T-T--TT-CAAA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-GATCA-GCTACT
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gi|27690 : --A--GTGTTACT---GG-GTA--T--C--AT-AATA-T----GCC-ACCAA-T-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTGA-A---GAA-AATAA-GCTACT
gi|27691 : tagctatctgactaatatatgactatgagaagtgatattgtgtacAGAGTA--TCTGAAC--CTAT-CCT--TTCCTGTTCA-T-AAAA-AAGGGGAA--GTGATATT---AG-GTG--T--C--C--AATA-T----GCC-AT-GA-A-TATTT-CAGA--TATCCTACGCTTA-A---TGA-AATCA-GCTACT
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gi|27702 : aTATACA-A-ACAA-TTGGG--A--GTGATAAT---GG-GTA--T--C--AA-AACA-T----GTC-ATAAA-T-T--TT-CATA--TATC--ACGCTTA-A---TAA-AATCA-GC
gi|27703 : CA-T-ACAA-AAGGG--A--ATGATATA---GG-GTG--T--C--AG-AATA-T----GCC-ACCAA-A-T--TT-CAGA--TATC--ACGCTTA-A---TGA-AATCA-