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lowQualScore                  :       .     .....       . .   . . . . ...    ....  .. . .  .  .. .  . . . .   .....  ..   .    ..  .  ......   .  .     ..    .. ...  ... . ..    .    .  ..      ...  ..  . .    .      
lowQualScore                  :       5     66666       4 4   4 0 7 3 555    9999  77 2 2  2  00 2  2 3 6 7   22222  11   8    66  3  777777   4  4     00    99 444  555 4 00    4    9  66      000  77  3 8    0      
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Reference ( gi|128043 )       : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TT--T-T-GT-TT--CGGA-A-A-ACGCA-----CG--TGCGTCTT-ATA-AA------TAT-AG-AGTCC--GAAA--C---CG---G-A--GCAA-TAAT-CC-AGATTTTT--ATA-AACATTTAC-TGTTTT
gi|128042                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TGAC----TT--T-T-GT-TT--CGGA-A-A-ACGCA-----CG--TGCGTCTT-ATA-AA------TAT-AG-AGTCC--GAAA--C---TG---G-A--GCAA-TAAT-CC-AGATTTTT--GT--AACATTTAC-TGTTTT
gi|128045                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TTAC----TC--T-T-GT-TT--TGGA-G-A-ATGCA-----AA--TGCGTCTT-GTA-AA------TAT-AG-AGTCC--AAAA--C---CG---G-A--GCAA-TAAT-CC-GGATTTTC--ATA-AA-ATTTAC-TGTTTT
gi|128044                     : TTGTTCCAAGTC-----CTTCTGT-G-TAT-G----------GAC----TT--T-T-GT-TT--CGGA-A-A-ATGCA-----CG--TGCGTCTT-ATA-AA------TAT-AG-AGTCC--GAAA--C---CG---G-A--GCAA--AATGCC-GGATTTTC--ATG-AA-ATTTAC-TGTT
gi|128047                     : TTATTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TATAG-A-A-A---TGAC----AT--T-T-GT-TT--TGGA-A-A-CTGCA-----CG--TGCGTCTT-GTA-AA------TAT-AG-AGTCC--GAAA--C---CG---G-A--GTAC-TAAT-CT-GGATTTTC--ATA-AA-A-TTGT-TGTTTT
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gi|128059                     : TTGTTC-A-GACAGGAGCTCCTGTTG-TA--G-A-ACA---TGAC----TT--T-T-GTATT--CGGA-A-A-ATG-A-----CA--TGGCTCTT-GTA-AA------TAG-AG-AGTCC----AA--C---CG---GCA--GCCG-T-AT-TT-AAATTT
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gi|128067                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----T--T-T-GT-TT--TGGA-A-ATAC-CA-----CG--TGTGTCTT-acattagcttaaactgtttt
gi|128066                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----T--T-T-GT-TT--TGGA-A-ATAC-CA-----CG--TGTGTCTT-
gi|128068                     :   GTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TATGG-A-A-A---TGAA----TTTCT-T-GT-TT--CGGA-A-A-ATGCA-----CA--GCCATCTT-GTA-AA------C-T--G-AGTCCCTGAAAATCG--CG---A-A--GCAA--AAT-CC-A-ATTTTCAAATA-AA-A-TTACTTGTTT
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Alignments
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lowQualScore                  :       1     33333       1 1   111 2 1 000    3333   11  1 1  33    1 1    2  33333  1   1    1   1  11   555555  1     11    33 555  222  11    11   2    333      11  11  555 0    4      
lowQualScore                  :       .     .....       . .   ... . . ...    ....   ..  . .  ..    . .    .  .....  .   .    .   .  ..   ......  .     ..    .. ...  ...  ..    ..   .    ...      ..  ..  ... .    .      
lowQualScore                  :       4     44444       4 3   333 6 3 222    9999   77  2 2  00    2 3    6  22222  3   9    2   3  88   222222  3     99    88 222  444  99    44   8    888      99  99  222 4    4      
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Reference ( family-570 )      : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT
gi|128042                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AACG-CA-----CG-TGCGTCTT-ATA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---TG---GA--GCAA-TAAT-CCAG---ATTTTT--GTA-AC---ATTTAC-TGTTTT
gi|128043                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AACG-CA-----CG-TGCGTCTT-ATA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCAG---ATTTTT--ATA-AAC--ATTTAC-TGTTTT
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gi|128061                     : TTGTTC-AAGCC-----CTTCTGT-G-TATAG-A-A-A---GGGT----TTT--TC-T-TT--T-GA-A-AATA-CA-----CG-TGTCTCTT-ATA-AA--GAT---------AGTGC--AA---------G---GA--G----TAAT-TCGG---ATTTTC--AT--AA---ATGTAC-TGCTTT
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gi|128065                     :  TGCCC-AAGAC-----CTCTTTT-G-TAT-GGA-A-A---TTAT----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-TG-----CGTTGCCTC-T-GTG-AA--TAC------AG-AGCCC--GAAA--C---TG---GA--GCAACCAAT-CCGATACATTAGC--TTA-A--------AC-TGTTTT
gi|128066                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----TT--TG-T-TT--TGG--A-AATACCA-----CG-TGTGTCTT-
gi|128067                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----TT--TG-T-TT--TGG--A-AATACCA-----CG-TGTGTCTT-
gi|128068                     :   GTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TGAA----TTTCTTG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CA-GCCATCTT-GTA-AA--C-T-------G-AGTCCCTGAAAATCG--CG---AA--GCAA--AAT-CC-A---ATTTTCAAATA-AA---A-TTACTTGTTT
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Alignments
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Reference ( family-570 )      : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT
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gi|128067                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----TT--TG-T-TT--TGG--A-AATACCA-----CG-TGTGTCTT-
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blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . A      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . A      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   G   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   AG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     A    .    .        .   T   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   G   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   C   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   GG  . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   C    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   A   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   G   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   A   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   C    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   G   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   C    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     A    .    .        .   G   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   A    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     T    .    .        .   G   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   G    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     .    .    .        .   A   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   C    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     .    .    .        .   .   .        .
blockSeqs                     :       .     .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   T    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     .    .    .        .   .   .         
blockSeqs                     :             .           . .   G   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   T    .   .  .    .       .     .     .  .    .    .     .    .    .        .   .   .         
blockSeqs                     :                           .   A   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   C    .   .  .    .       .                                                                   
blockSeqs                     :                                   . . .      .      .   . .  .     . .    .  .      .   .    .                                                                                       
blockSeqs                     :                                       .      .      .   . .  .     .                         .                                                                                       


blockSeqCons                  :                               G**
originalCons                  : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT
finalCons                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TATG--A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT





Alignments
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lowQualScore                  :       1     33333       1 1   111 2 1 000    3333   11  1 1  33    1 1    2  33333  1   1    1   1  11   555555  1     11    33 555  222  11    11   2    333      11  11  555 0    4      
lowQualScore                  :       .     .....       . .   ... . . ...    ....   ..  . .  ..    . .    .  .....  .   .    .   .  ..   ......  .     ..    .. ...  ...  ..    ..   .    ...      ..  ..  ... .    .      
lowQualScore                  :       4     44444       4 3   333 6 3 222    9999   77  2 2  00    2 3    6  22222  3   9    2   3  88   222222  3     99    88 222  444  99    44   8    888      99  99  222 4    4      
consensus                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT
Reference ( family-570 )      : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT
gi|128042                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AACG-CA-----CG-TGCGTCTT-ATA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---TG---GA--GCAA-TAAT-CCAG---ATTTTT--GTA-AC---ATTTAC-TGTTTT
gi|128043                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AACG-CA-----CG-TGCGTCTT-ATA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCAG---ATTTTT--ATA-AAC--ATTTAC-TGTTTT
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gi|128045                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TTAC----TCT--TG-T-TT--TGGA-G-AATG-CA-----AA-TGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--AAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTTT
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gi|128049                     : TTGTTC-AAGAC-----CTCTTAT-G-TATAG-A-A-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--CAGA-A-AATG-CA-----CG-TGGATCTT-AT--AA--TAT------AA-AGTCC--GAAA--T---CG---GA--GCAA-TAAT-TCGG---ATTTTC--ATA-AA---A-TTAC-TGGTTT
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gi|128053                     : TTGTTC-AAGAC-----CTTCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TTAC----TTT--TG-T-GT--CGGA-A-AATG-CA-----TG-TGCGTCTT-GTA-AA--TA----------AGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT----A---ATTTTC--ATC-AA---TTTTAC-TGTTT
gi|128054                     : TTGTTC-ATGAC-----CTCCTCT-G-TAT-G-GGA-A---TGAC----TT----------------------G-CA-----CG-CGCGTCTT-GTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CT---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--CTA-AA---ATTTAC-TGTTTT
gi|128055                     : TTGTTC-AGGAC-----CTCCTGT-G-TATGG-A-A-A---TCAC----TTT--TG-T-TT--CAGA-A-AATA-CA-----C--TTCGTTTG-GTA-AA--TAT------AG-AGT--------------CG---GA--GCAA-TAAT-T--G---ATTCTC--CTA-AA---ATTTAC-TGTTTT
gi|128056                     : TTGTTC-AAGAT-----CTCTTGT-G-TATGG-A-A-A---TGATTTAATTT--TG-T-TT--CAGA-
gi|128057                     : TTTTTT-AAGAC-----CT---GT-G-TAT-G-A-A-AAA-T-AC----TTC--T----TT--TAGA-A-AACG-CA-----CG-TACATCTT-GTA-AA--TAT------TT-AGTCT--GAAA--C---CA---GA--GCAA-TAAT-CCGA---ATTTTC--ATA-AA---ATT
gi|128058                     : TTTTTT-AAGAC-----CT---GT-G-TAT-G-A-A-A---T-AC----TTC--T-----T--TAGA-A-AACG-CAGCTGACG-TACATCTT-GTACAA--TTT-------T-AGTCT--GAAA--C---CA---GA--GCGA-TAAT-CCGA---ATTTTC--ATA-AATTGATTT
gi|128059                     : TTGTTC-A-GACAGGAGCTCCTGTTG-TA--G-A-ACA---TGAC----TTT--TG-TATT--CGGA-A-AATG--A-----CA-TGGCTCTT-GTA-AA--TAG------AG-AGTCC----AA--C---CG-------GCAG------CCGT---ATTT--------AA---ATTTAC-
gi|128060                     : TTGTTC-AAGAC-----CTTGTGT-G-TAT-G-A-A-AA--TGAC----TTT--TG-T-TT--CAGA-A-AATG-CA-----CG-TGCATTTT-ATA-AA--TAT------AG-A
gi|128061                     : TTGTTC-AAGCC-----CTTCTGT-G-TATAG-A-A-A---GGGT----TTT--TC-T-TT--T-GA-A-AATA-CA-----CG-TGTCTCTT-ATA-AA--GAT---------AGTGC--AA---------G---GA--G----TAAT-TCGG---ATTTTC--AT--AA---ATGTAC-TGCTTT
gi|128062                     : TTGTCC-AAGAT-----CTCCTCT-G-TAT-G-ACA-A---TGAC----TTT--TG-T-TT--AGAA-A-AATG-TA-----CG--AC----T-GT---------------------------GA--C---CG---GATTATAA-TCCT-CCAG---ATTTTC--ATG-AA---AATTGC-TATTTT
gi|128063                     :  TGTTC-AAGAC-----CTCTTGT-G-TAT-G-A-A-AA--TGAC----TTT--TT-T-TTTTCGGA-A-ATTG-CA-----AG-TGCGTCGT-ATA-AACATAT------AG-AGTCC--GAAA--C---GG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATG-AA---ATTTAC-TGTTTT
gi|128064                     :  TGTTC-AAAAC-----CTCCTGT-G-CAC-G-A-A-AA--TTAC----ATT--TG-T-TT--ATGA-A-AATG-CA-----CG-TGCGCTTT-CTA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--C---CT---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--AT--AA---ATTTACAGGTTTT
gi|128065                     :  TGCCC-AAGAC-----CTCTTTT-G-TAT-GGA-A-A---TTAT----TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AATG-TG-----CGTTGCCTC-T-GTG-AA--TAC------AG-AGCCC--GAAA--C---TG---GA--GCAACCAAT-CCGATACATTAGC--TTA-A--------AC-TGTTTT
gi|128066                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----TT--TG-T-TT--TGG--A-AATACCA-----CG-TGTGTCTT-
gi|128067                     :  TGTTC-TAGAC------TGCTGT-G-TATGG-A-A-A---CGAC-----TT--TG-T-TT--TGG--A-AATACCA-----CG-TGTGTCTT-
gi|128068                     :   GTTC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-GGA-A-A---TGAA----TTTCTTG-T-TT--CGGA-A-AATG-CA-----CA-GCCATCTT-GTA-AA--C-T-------G-AGTCCCTGAAAATCG--CG---AA--GCAA--AAT-CC-A---ATTTTCAAATA-AA---A-TTACTTGTTT
gi|128069                     :     TC-AAGAC-----CTCCTGT-G-TAT-G-A-A-A---TGACC---TTT--TG-T-TT--CGGA-A-AACG-CA-----CG-TG-GTCTT-ATA-AA--TAT------AGAAGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGAC--ATTTTT--ATATAAC--ATTTAC-TGTTTT
gi|128070                     :         AGTC-----CTCCTGT-GGTTT-G----------GAC----TTT--TG-T-TTT-CGGA-A-AATG-CA-----CG-TGCCTCTT-ATA-AA--TAT------AG-AGTCC--GAAA--CGCGCG---GA--GCAA-AAAG-CCGG---ATTTTC--ATG-AA---ATTTAC-TGTTTT
gi|128071                     :                           -TAT-A-A-A-ACCATAAC----CAT--CG-T-TT--AGGA-A-TATG-CA-----CG-TGCTTCCT-GTA-AA--CAT------AG-AGTCT--GAAA--C---CA---GA--GCAA-TAAT-TCGG---ATTTTC--ATA-AG---ATTGAC-TGTTTT
gi|128072                     :                                 -A-A-A---TAA------TT--TG-T-TC--AAGATACAATG-CA-----CG-TGATTCTT-GTA-AA--AAT------AG-TGTCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTTAC-TGTTT
gi|128073                     :                                       ---TGAC----TTT--TGGT-TT--CG-A-A-AATG-CA-----CG-TGCCTCTTAATA-AA--TATA-----AG-AGTCG--GAAA--CG--CGCGCGA--GCAA--AATGCCGG---ATTTTC--ATG-GA---AATTACTTGTTTT
gi|128074                     :                                                                                          TTTT-GTA-AA--TAT------AG-AATCC--GAAA--C---CG---GA--GCAA-TAAT-CCGG---ATTTTC--ATA-AA---ATTGAC-TGTTTT