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lowQualScore                  :        .  . .. ...        ....   .         .. . . ....   ....  . ...         . ... .......  .   .... .  .....      ..  ...  .     .       
lowQualScore                  :        0  0 88 000        0000   8         55 8 8 5555   6666  9 333         4 444 5555555  4   9999 4  00000      99  888  4     4       
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Reference ( gi|90417 )        : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-C-T--A-CAT----GG-A---AGAGGTTAG-T---T-------TT-GCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
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gi|90419                      : GTAGTTT-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-C-T--A-TAT----GG-A---AGAGGTTGG-T---T-------TT-GCA----T-GT-GG--AACGAC--CT---CT-GGTGG-AAGTTTG
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lowQualScore                  :        .  . .. ...        ....   .         .. .  ....   ....  . ...     ..    . ... .......     .... .  .....      ..  ...  .     .       
lowQualScore                  :        9  8 66 777        9999   7         33 7  5555   1111  7 000     33    3 000 2222222     8888 3  22222      88  777  3     3       
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Alignments
lowQualScore                  :        1  3 22 666        3333   1         22 1  8888   6666  1 333     22    1 444 4444444     2222 1  33333      11  333  1     1       
lowQualScore                  :        .  . .. ...        ....   .         .. .  ....   ....  . ...     ..    . ... .......     .... .  .....      ..  ...  .     .       
lowQualScore                  :        9  8 66 777        9999   7         33 7  5555   1111  7 000     33    3 000 2222222     8888 3  22222      88  777  3     3       
consensus                     : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--G-CAT----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
Reference ( family-569 )      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--G-CAT----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90417                      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--A-CAT----GG-A---AGAGG--TTAG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90418                      : GTAGTTC-GT-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--A-TAT----GG-A---AGAGG--TTAG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90419                      : GTAGTTT-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--A-TAT----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCA----T-GT-GG--AACGAC--CT---CT-GGTGG-AAGTTTG
gi|90420                      : GTAGTTC-GC-G------AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C--T--A-TAT----GG-A---AGAGG--T-AG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGTGG-AAGTTTG
gi|90421                      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--G-CCT----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----A-GC--A--AATGAC--CT---CT-GGCGT-TAGTTTG
gi|90422                      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--G-CCT----GGAA---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----A-GC--A--AATGAC--CT---CT-GGCGT-TAGTTTG
gi|90423                      : GTAGTTC-GCAG--G---AAATTTCC----AAT-CCCACA-TG--C-CT--G-CCT----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----A-GC--A--AATGAC--CT---CT-GGCGT-TAGTTTG
gi|90424                      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC-----AT-CCCACAATG--C-C
gi|90425                      : GTAGTTT-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCC-----------T--A-CAT----GG-A---AGAGG--TTAA-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGCTTG
gi|90426                      : GCAGGTC-GC-G--G---AATTTTCT----AAT-CCACCAATG--C-CT--A-CAA----TA-A---AGAGG--TTGA-T---T-------TTACG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGTGG-AAGTGTG
gi|90427                      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTCCC----AAT-C----------C-CT--G-CGT----GG-A---TAAGG--TTGG-T---T-------TTCTG----T-GC--A--AACGAC--TT---CT-GGCGG-TAG
gi|90428                      : GTAGTTC-GC-G--G---AA-TTTCC----AAT-CCCACAATA--C-CT--A-CAT----GG-A---AG
gi|90429                      : GTAGTGCTGC-GTTG---AAATTCCC----AAT-CCCAAAATG-------------------------------TTGG-T---T-------TTG-G----T-GC-A---AACGAC--TT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90430                      : GTAGTTC-GC-G--GAAAAAATT-------AA--CCCA-AATG--C-CTAAA-CATGC--GA-A---AGAGG--TTAG-TACATAAAAAAATAGCG----TAGC-GA--AACGAC--CTAAACTGGGCGGCAAGTT
gi|90431                      :  TAATTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATGGTC-CT--AATAT----GG-A---AGAGG--TTAG-----T-------TTGCG----T-GCGGG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90432                      :  TAGTTT-GC-G------AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--T-CAT----GA-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----T-GT-GG--AACAAC--CT---CT-GGGAG-AAGTTTG
gi|90433                      :  TAGTTC-GCCG--GTTAAAATTCCCGTGGAATTCCCACAATG--C-CCTAG-CAT----GG-A---AAAGG--TTGG-T---T-------TTGCGGGGTT-GA-TGTAAACGACCGCTA--CT-GACGG-ACGTTTG
gi|90434                      :  TAGTCC-GC-G--G---GAATTCCC----TTT-CCCACAATG--C-CT--G-CAT----AA-A---AAAAGGTTTGA-TGG-T-------TTGC
gi|90435                      :   AGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--A-TAT----GG-A---AGAGG--TTAGTT---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CA-GGCGG--AGTTTG
gi|90436                      :   AGATC-GT-G--A---AAATTTCC----AGT-CCCACAATC--C-CT--A-GAG----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TCGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGTGG-AGATT
gi|90437                      :    GTTC-GC-G--G---AAATTTCT----AAT-CCCACAATG--C-CT--G-CAT----GG-A---AGATG--TTAG-T---T-------TTGCA----T-GC-GA--AACGAC--CT---CT-GGCGA-AAGTTTG
gi|90438                      :                    AATTCCC----AAT-CC-ACAATG--T--T--G-CAT----GG-A---AGACG--CTAA-T---C-------T-GAG----T-GC-A---AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90439                      :                                  -CCCATAATG--CTCT--G-CGTCTCTGC-ACACAGA-----TGG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GACGG-AAGTTTG
gi|90440                      :                                  -CCCATAATG--C-CC------T----G--------------TGT-C---T-------TAGCG----T-GC-GA--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90441                      :                                                                         --TTAG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90442                      :                                                                         --TTGG-T---T-------TTGTG----T-GC-A---AACGAC--CT---TT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90443                      :                                                                            TGG-T---G-------TCGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GACGG-AAGTTTG
gi|90444                      :                                                                             GG-T---T-------TTGCT----T-GC-GG--ATCGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTCG
gi|90445                      :                                                                              G-T---T-------TTTCG----T-GT-GG--AACGAC--CT---TT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90446                      :                                                                              G-C---T-------CTGCG----T-GC-GG--AACGAT--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90447                      :                                                                              G-T---T-------TTGCG----T-GC-A---AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90448                      :                                                                               -T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
gi|90449                      :                                                                               -T---T-------TTGCG----T-GT-GG--AACGAC--CT---TT-GGCGG-AAGTTTG


blockSeqs                     :        T  A TT AAA        GTGG   T         GT T  AAA    CTCT  A CAC     GT    T ACA AAAAAAA     GGGT A  TGTA       CG  AAA  G     C
blockSeqs                     :        .  C .  TTA        .      .         .  .  TAG    GC    . .       .     . GG  .           .    .  GGG        .   A    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  AA     .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GA         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GA         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  T      .     . .       .     . .   .           .    .  GA         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  A      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :        .  . .  .          .      .         .  .  G      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :                           .      .         .  .  .      .     . .       .     . .   .           .    .  GG         .   .    .     .
blockSeqs                     :                                  .         .  .  .      .     . .       .     . .   .           .    .  A          .   .    .     .
blockSeqs                     :                                  .         .  .                         .     . .   .           .    .  A          .   .    .     .
blockSeqs                     :                                                                               . .   .           .    .  A          .   .    .     .
blockSeqs                     :                                                                               . .   .           .    .  A          .   .    .     .
blockSeqs                     :                                                                               . .   .           .    .  A          .   .    .     .
blockSeqs                     :                                                                               . .   .           .    .  A          .   .    .     .
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blockSeqs                     :                                                                               . .   .           .    .  A          .   .    .     .
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lowQualScore                  :        .  . .. ...        ....   .         .. .  ....   ....  . ...     ..    . ... .......     .... .  .....      ..  ...  .     .       
lowQualScore                  :        9  8 66 777        9999   7         33 7  5555   1111  7 000     33    3 000 2222222     8888 3  22222      88  777  3     3       
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Reference ( family-569 )      : GTAGTTC-GC-G--G---AAATTTCC----AAT-CCCACAATG--C-CT--G-CAT----GG-A---AGAGG--TTGG-T---T-------TTGCG----T-GC-GG--AACGAC--CT---CT-GGCGG-AAGTTTG
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