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lowQualScore                  :         .          .. . .  . .  .. .     . .   .   .  . .......................................... . ....  ..... ...    . ..   .. . . .  . .........     .  .  .  .       . .  ... ......  ..   . .   .. .   .  .. .. .   .        ...     
lowQualScore                  :         2          99 1 1  1 1  99 1     1 1   2   4  4 666666666666666666666666666666666666666666 2 7777  66666 999    1 00   99 1 1 1  0 111111111     0  0  0  9       3 3  999 777777  77   5 2   77 2   3  88 88 3   3        333     
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Reference ( family-568 )      : TTTCAAAT-CGTAACGTAT--G-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-TCA-TAG-TA-C-----CGT-TT---TGC-----GT---------A--------A-C----AA-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTCA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTGGT
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gi|127685                     : TTTCAAAT-CGTAACGTAT--G-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-TCA-TAG-TA--------------------------------------------A-C----AA-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-AT-C-A-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTCA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AATTACGA---TTGAT
gi|127686                     : TTTCAAAT-CGTAACGT-T--G-T-TT-GGAC--T-GTTAC-G-TCA-TAG-TA-C-----CGT-TT---GTT-----GT---------A--------AAC----AA-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-A-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTCA-T-TTT--C-------G--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--GAAGT-AGTTACGA---
gi|127687                     : TTTCAAAT-CATAACATAT--G-T-CT-G-AC--T-GTGAC-A-TCA-TAG-TA-C-----TGT-TTGCATACACATAGC---------A--------A-C----AG-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-A-------ATCTA-CA-TA-CA-AGGTTCA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-TC--C--A-AAT-AGTTACGG---TTG
gi|127688                     : TTTCAATC-CGTAACGTGT--G-T-TT-G-AA--C-GTGAC-G-TCA-TAG-TA-C-----CG---T---TGC-----GTACACATAGCA--------A-C----AA-----A---CTTT-T--GAT--G-A-C-GT-C-G-------ATCTACCACTA-CG-A-GTTCA-T-TTT--C------GG--TTACC-GGGAAA-ATA-GC--G--A-AGT-AGTTACGA---TTGGT
gi|127689                     : TTTCAAAT-CGTAACA-----G-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-TCA-TAG-TA-C-----C---TT---TAC-----AT---------ACACATAGCA-C----AT-----A---CTTT-TT-GATTGG-G-T-GT-A-A-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTCA-T-TTG--T------GG--TTA-C-AGA--A-ATA-GG--C--G-AGT-AGTTGCAA---TTG
gi|127690                     : TTTTAAAT-TGTAACGTATATG-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-TCA-TAG-TAACATTTGCGT-TT---CAC-----AT---------A--------G-C----AA-----AAGACTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-ACGTTTA-T-----------------CTA-A-GGA--A-ATA-GT--C--G-AGT-AGTAACGA---TTGG
gi|127691                     : TTTCAAAT--GTA-CG-AT--G-A-TT-G-AC----GTGAC-G-TCA-TAG-TAAC-----CTC-GT---TGC-----GT---------A--------A-C----AA-----A---CTTT-T----T--T-G-CTGT-C-G--------TCTATCA-TA-CG-AGG-TCA-T-TTT--C------GG--TTACC-GGG--A-ATATGC--C--G-ATG-AGTTACAA---TTGG
gi|127692                     : TTTCATAT-TGTA-TGTAT--G-T-TT-G--------TGAC-A-GCA-TAG-T--------------------------T---------A----------C----A------------TT-T--G--------T-GT-C-G-------ATTTA-CA-TA-TA-AGGTTTA-T-TTG--T------GG--TTA-C-AGA--A-ATA-CC--T--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127693                     : TTTCCTAT-TGTAAC----------TT-G-TC--T-GTGAC-A-TCA-TAGTTA-C---------TA---TAC-----AC---------A--------G-C----AAAAGACA---C----A--GAT--G-A-C-AT-T-G-------GCCTG-TA-TG-CG-ATGTTTG-T-TTG--C------GG--TTA-T-GGA--A-ATA-GT--T--G-AGT-AGTTACGG---TTGAT
gi|127694                     : TTTCAAAT-CCTAACGTAT--G-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-
gi|127695                     :  TTCAAATACGTAACGTAG--G-TATT-G-ATCAT-GTGAC-GATCAATAG-TA-C-----CGT-TT---AGC-----GT---------A--------A-TCACGAA-----A---CTTTGT--GAT--G-GGC-GT-CAG-------ATTTA-CA-TAACGCAGGT-CA-TATCT--C------TG--TTA-C-GGG--AGAAA-GC--C--G-AGT-AGTTACGATCTTTGGT
gi|127696                     :  TTCAAAT-TGCAAT--------T-TT-G-TC--T-GTGAC-G-TTG-TAG-TA-A-----CAT-TTGTGTACACATAGC---------A--------A-C----AG-----A---CTTT-T--GGT--G-G-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-TGGTTCA-T-------------------------A--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TT
gi|127697                     :   TTAAA--CGTAACGTAT--G-T-TTGG-AC--T-GTGAC-G-TCA-T-G-TA-C-----TGT-TT---TGC-----AT---------A--------A-G----CA-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-A-------ATCTA-CA-T--CG-AGGTTCATT-TTT--C------GGTTTTA-CGGGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---
gi|127698                     :   TCAAAG-CGTAATGTAA--G-T-TT-G-AC--TTGTGACTG-TCA-TAG-TA-C-----TGCGTT---TGC-----GT---------A--------A-C----AA-----A---CTTT-TTGAAT--GAG-C-GTTC-A-------ATCTA-CA--A-CG-AGGTTTA-T-TTT--C------GG--TTA-T-GGG--G-A
gi|127699                     :                                                                          -----GC---------A--------A-C----AA-----A---CT-------AT--G-A-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTTA-T-TTT--C------GG--TAA-C-GGA--A-ATA-TC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127700                     :       tcttaTAACGTAT--A-T-TT-G--------TGAC-G-TCA-TAGCTA-C-----
gi|127700                     :                                                                                                                    ttcTT-T--G-T--G-A-C-GT-C-ATAGCTACATTTA-CA-TA-CG-AGGTTTA-T-TTG--C------GG--TTC-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---CTGATatttacatacgaggtttatttgcggttccggaaatagccgagtagttacgactgat
gi|127701                     :                                                                                                                                                            ttctaacgtataTCA-T-TTT--CCGTAACGG--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127702                     :                                                                                                                      gtcaatcggatcacactcgT-C-A-------ATCTA-CA-AA-CG-AGGTTCA-T-TTG--C------GG--TTA-T-GGA--A-ATA-GC--T--T-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127703                     :                                                                                                                                                                   -AGATTCA-A-TCG--C------GG--TTA-C-GGA--A-ATA-GT--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127704                     :                                                                                                                                                                      GTTCA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127705                     :                                                                                                                                                                      GTTCA-T-TTTGCC------GG--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---
gi|127706                     :                                                                                                                                                                      GTTCA-T-TTG--C------GG--TTA-C-GGA--A-ATT-GC--A--G-AGT-AGTTACGA---TTGG
gi|127707                     :                                                                                                                                                                       TTCA-T-TTG--C------GG--TTA-C-GGA--A-ATA-AC--C--G-AGT-AGTTACGA---TCGG
gi|127708                     :                                                                                                                                                                         CA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AAT-AGTTACGA---TTG
gi|127709                     :                                                                                                                                                                         CA-T-TTG--T------GG--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127710                     :                                                                                                                                                                         CA-T-TTG--C------GT--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTGG
gi|127711                     :                                                                                                                                                                         CA-T-TTC--T------GG--TTA-C-GGG--G-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACAA---TTG
gi|127712                     :                                                                                                                                                                                 --C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-AC--CGAG-AGT-AGTTACGA---TTGGT
gi|127713                     :                                                                                                                                                                                           G--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTGG


blockSeqs                     :         A          AT T A  G G  CA T     T A   A   T  A TGTTTGCATACACATAGCA                        A CACG  AAGAC AGA    G TG   TG A G T  T ATAGCTAC      C  C  A  C       T A  TGC CGTAAC  TT   C G   AA G   T  CG GA A   A        TCT
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   C  A CATTTGTGTACACATAGCA                        . .     .     .      . T    .  . . .  . AG            T  .  .  .       . .  T   .       .    C .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CGTTGCGTACACATAGCA                         . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CTTTACATACACATAGC                          . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . ATTTGCGTTTCACATA                           . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . TGCGTTTGCGTA                               . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . TGTTTTGCATA                                . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CGTTTGTTGTA                                . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CTCGTTGCGTA                                . .     .     .      . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CGTTTAGCGTA                                . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . TGTTTTGCATA                                . .     .     .      . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CGTATTCGTT                                 . .     .     .      . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . CGTTTGCGTA                                 . .     .     .      . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . TATACACA                                   . .     .     .      . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . TA                                         . .     .     .      . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  . .                                          . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :         .          .  . .  . .  .  .     . .   .   .  .                                            . .     .     .      . .    .  . . .  . A             .  .  .  .       . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                    .  . .  . .  .  .     . .                                                                            . .    .  . . .  . G             .  .  .  .       . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                          . A             .  .  .  .       . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                   .       . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  T   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  G   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  C   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  .   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           . .  .   .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                    .       .    . .   .  .   .  .  .  .   .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                            .    . .   .  .                            


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lowQualScore                  :         .          .. . .  . .  .. .     . .   .   .  . .......................................... . ....  ..... ...    . ..   .. . . .  . .........     .  .  .  .       . .  ... ......  ..   . .   .. .   .  .. .. .   .        ...     
lowQualScore                  :         2          99 1 1  1 1  99 1     1 1   2   4  4 666666666666666666666666666666666666666666 2 7777  66666 999    1 00   99 1 1 1  0 111111111     0  0  0  9       3 3  999 777777  77   5 2   77 2   3  88 88 3   3        333     
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Reference ( family-568 )      : TTTCAAAT-CGTAACGTAT--G-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-TCA-TAG-TA-C-----CGT-TT---TGC-----GT---------A--------A-C----AA-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTCA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTGGT
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gi|127692                     : TTTCATAT-TGTA-TGTAT--G-T-TT-G--------TGAC-A-GCA-TAG-T--------------------------T---------A----------C----A------------TT-T--G--------T-GT-C-G-------ATTTA-CA-TA-TA-AGGTTTA-T-TTG--T------GG--TTA-C-AGA--A-ATA-CC--T--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127693                     : TTTCCTAT-TGTAAC----------TT-G-TC--T-GTGAC-A-TCA-TAGTTA-C---------TA---TAC-----AC---------A--------G-C----AAAAGACA---C----A--GAT--G-A-C-AT-T-G-------GCCTG-TA-TG-CG-ATGTTTG-T-TTG--C------GG--TTA-T-GGA--A-ATA-GT--T--G-AGT-AGTTACGG---TTGAT
gi|127694                     : TTTCAAAT-CCTAACGTAT--G-T-TT-G-AC--T-GTGAC-G-
gi|127695                     :  TTCAAATACGTAACGTAG--G-TATT-G-ATCAT-GTGAC-GATCAATAG-TA-C-----CGT-TT---AGC-----GT---------A--------A-TCACGAA-----A---CTTTGT--GAT--G-GGC-GT-CAG-------ATTTA-CA-TAACGCAGGT-CA-TATCT--C------TG--TTA-C-GGG--AGAAA-GC--C--G-AGT-AGTTACGATCTTTGGT
gi|127696                     :  TTCAAAT-TGCAAT--------T-TT-G-TC--T-GTGAC-G-TTG-TAG-TA-A-----CAT-TTGTGTACACATAGC---------A--------A-C----AG-----A---CTTT-T--GGT--G-G-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-TGGTTCA-T-------------------------A--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TT
gi|127697                     :   TTAAA--CGTAACGTAT--G-T-TTGG-AC--T-GTGAC-G-TCA-T-G-TA-C-----TGT-TT---TGC-----AT---------A--------A-G----CA-----A---CTTT-T--GAT--G-G-C-GT-C-A-------ATCTA-CA-T--CG-AGGTTCATT-TTT--C------GGTTTTA-CGGGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---
gi|127698                     :   TCAAAG-CGTAATGTAA--G-T-TT-G-AC--TTGTGACTG-TCA-TAG-TA-C-----TGCGTT---TGC-----GT---------A--------A-C----AA-----A---CTTT-TTGAAT--GAG-C-GTTC-A-------ATCTA-CA--A-CG-AGGTTTA-T-TTT--C------GG--TTA-T-GGG--G-A
gi|127699                     :                                                                          -----GC---------A--------A-C----AA-----A---CT-------AT--G-A-C-GT-C-G-------ATCTA-CA-TA-CG-AGGTTTA-T-TTT--C------GG--TAA-C-GGA--A-ATA-TC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127700                     :       tcttaTAACGTAT--A-T-TT-G--------TGAC-G-TCA-TAGCTA-C-----
gi|127700                     :                                                                                                                    ttcTT-T--G-T--G-A-C-GT-C-ATAGCTACATTTA-CA-TA-CG-AGGTTTA-T-TTG--C------GG--TTC-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---CTGATatttacatacgaggtttatttgcggttccggaaatagccgagtagttacgactgat
gi|127701                     :                                                                                                                                                            ttctaacgtataTCA-T-TTT--CCGTAACGG--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127702                     :                                                                                                                      gtcaatcggatcacactcgT-C-A-------ATCTA-CA-AA-CG-AGGTTCA-T-TTG--C------GG--TTA-T-GGA--A-ATA-GC--T--T-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127703                     :                                                                                                                                                                   -AGATTCA-A-TCG--C------GG--TTA-C-GGA--A-ATA-GT--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127704                     :                                                                                                                                                                      GTTCA-T-TTT--C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTG
gi|127705                     :                                                                                                                                                                      GTTCA-T-TTTGCC------GG--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---
gi|127706                     :                                                                                                                                                                      GTTCA-T-TTG--C------GG--TTA-C-GGA--A-ATT-GC--A--G-AGT-AGTTACGA---TTGG
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gi|127710                     :                                                                                                                                                                         CA-T-TTG--C------GT--TTA-C-GGA--A-ATA-GC--C--G-AGT-AGTTACGA---TTGG
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gi|127712                     :                                                                                                                                                                                 --C------GG--TTA-C-GGG--A-ATA-AC--CGAG-AGT-AGTTACGA---TTGGT
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