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lowQualScore                  :                 ..  .             ..  .   . .  .. .  ...       ..      .. .     .    .....    .  .  .... .....   . ...  .  .      ...... .  ...  .    .  .......       .   . .    .    ..    .   .....    .          .       
lowQualScore                  :                 99  1             77  7   7 7  77 3  888       22      22 4     4    22222    5  5  3333 22222   5 444  8  3      444444 4  444  9    8  9999999       7   7 7    7    44    7   33333    7          5       
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Reference ( gi|43415 )        : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGAGTTTAC-GCCG-C-AGC--GT-TCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CCGG-TAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43414                      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGAGTTTAC-GCCG-C-AGC--GT-TCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CCGG-TAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43413                      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGAGTTTAC-GCCG-C-AGC--GT-TCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CCGG-TAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43416                      : ATGTATATTTCATTTAG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TATTGGGTTTAC-G
gi|43417                      : ATGTATATTTCATTTT--TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-ATGTACG-----TAC-A---TACCGGGTTTAC-G
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gi|43424                      :             TTTCG-TTGTGTTTAATTGTTT--AAGTAA-T-ATGTT-AA---ATCTTGC--TAACTT--T-A-TTA-ATCA-----ATAC-TT--T----G-----TAC-C---TACCGGGTTTAC-G
gi|43425                      :             TTTCA-TT-TGATT---TGTAT--GA-AAACT-GC--T-AA---GTTTTGT--GCAGAT--T-AC--A-ATTA-----ATAC----AT----G-----TAC-A-----------------------AG---GT-TCAA-CA-------CTAA-G--TAG----CGG-TAGT--CCGA-GGC-----TAGT-AGATTTTGTC-CTGGA
gi|43426                      :                 G-TA-TATTTAATTGTTT--GA-TAA-T-AT--T-AA---TTCTTGT--TAACTC--T-A-TTA-ACCA-----TTAC-TT-AT----G-------C-A---TA
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gi|43429                      :                                                      ---ATCTTGTCTTAAATC--T-ATT-A-ACCAGGGGCATGT-TTTAT----G-----TTT-A---T--TGA-TTTGG-GCTATC-AGG--GT-TCGA-CAGTCAACACTAATGT-TAG-T-CAGG-TAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-TTGGACT
gi|43430                      :                                                              GT--GAACTTCAT-ATTTT--TCA-----AT---TN-NN----N-----NNN-N---NNNNNNNNNNNN-NNNN-N-AGCAGGT-TCGA-CA-------CTAACGG-TAG-T-CTGG-TAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTAGTT-CCGGACT
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Alignments
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lowQualScore                  :                 ..  .             ..  .   . .  .. .  ...       ..      .. .     .    .....    .  .  .... .....   . ...  .         ...... .  ..       .  .......       .   . .  .      ..    .   .....    .          .       
lowQualScore                  :                 99  9             44  5   5 5  44 0  222       11      11 2     2    99999    4  4  0000 99999   4 111  1         444444 2  11       7  7777777       7   7 7  7      33    7   22222    7          3       
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Reference ( family-563 )      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTTAC-GCCG-C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43413                      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGAGTTTAC-GCCG-C-AG--CGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
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gi|43418                      : ATGTATTTTTCATTCTT-TT-TGTTTAATTGTTA--AA-TAA-T-AT--C-AA---ATCTTGT--TAACAT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCAGGTTTAC-G
gi|43419                      : ATGTATATTTCATTTTG-TT-AGCTTAATTGTTT--AA-GAA-T-AT--T-TA---ATATTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----GTATACTAT-A---TACCGGGTTTAC-
gi|43420                      : ATGTCTATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-CATTA-A
gi|43421                      : ATGTATATCT---TTCGGTT-TGTTTAATTGT-----A-TAA-T-AT--TTAA---ATCTTGT---AACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATACTTT-AT----C-----TG--A---TA-CGAGTTTAC-
gi|43422                      :  TGTATACTTCATTTTC-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--C-AA---ATTTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTTAC-G
gi|43423                      :    TATACTTCATTTTC-TT-TGTTTAATTGTTTTTAA-TAA-TGAT--TCAA---ATTTTGT---AACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTT
gi|43424                      :             TTTCG-TTGTGTTTAATTGTTT--AAGTAA-T-ATGTT-AA---ATCTTGC--TAACTT--T-A-TTA-ATCA-----ATAC-TT--T----G-----TAC-C---TACCGGGTTTAC-G
gi|43425                      :             TTTCA-TT-TGATT---TGTAT--GA-AAACT-GC--T-AA---GTTTTGT--GCAGAT--T-AC--A-ATTA-----ATAC----AT----G-----TAC-A------------------------A--GGTTCAA-CA-------CTAA-G--TAG----C-GGTAGT--CCGA-GGC-----TAGT-AGATTTTGTC-CTGGA
gi|43426                      :                 G-TA-TATTTAATTGTTT--GA-TAA-T-AT--T-AA---TTCTTGT--TAACTC--T-A-TTA-ACCA-----TTAC-TT-AT----G-------C-A---TA
gi|43427                      :                          TAATTATTT--A--TCA-T--T--T-AAGGAATGAAGC--TAATTT--T-ATCTA--CCA-----TTGT-AT-AT----A-----TAC-ACTATAATGAGT----------C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGCCTAG-C-CG-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43428                      :                          TAATTATTT--A--TCA-T--T--T-AAGGAATGAAGC--TAATTT--TTATCTACATGT-----ATA--TT-AT----A-----CACTA---TAATGAGT----------C-AG--GGTTCGA-C--------CTAACGC-TAG-T-CCGGGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAA-TTTGTC-CCGGACT
gi|43429                      :                                                      ---ATCTTGTCTTAAATC--T-ATT-A-ACCAGGGGCATGT-TTTAT----G-----TTT-A---T---TGATTTGG-GCTATC-AG--GGTTCGA-CAGTCAACACTAATGT-TAG-T-CA-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-TTGGACT
gi|43430                      :                                                              GT--GAACTTCAT-ATTTT--TCA-----AT---TN-NN----N-----NNN-N---NNNNNNNNNNNN-NNNN-N-AGCAGGTTCGA-CA-------CTAACGG-TAG-T-CT-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTAGTT-CCGGACT
gi|43431                      :                                                                                                                             GTTTACAGCCA-CCAG--GGT-CGA-CA-------CTAACGC-TA--T-CC-G--AGC--CC-A-GGC-----TAGT-AAA-TTTGTC-CC-GACT
gi|43432                      :                                                                                                                              TTTAC------C-AG--AGATTGA-CG-------ATAACGG-TAG-T-CT-GATAGC--TTGA-GGA-----TAGT-AAATATTGCC-CCAGATT
gi|43433                      :                                                                                                                                TAC-ACC----AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGAGGGC-----TAGT-AAATTTTGTC-TCGGACT
gi|43434                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GGT-CGA-CA-------CTAACGG-TAG-T-CC-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTAGTC-CCGGACT
gi|43435                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TATCT-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAA-TATGTT-CCGGACT
gi|43436                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GTGTCGA-CA-------CTAACGC--AG-T-CC-GG-GGCTACCGA-GGC-----TAGTAAAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43437                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GGT-CGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CT-G-TAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AATTTTTGTC-
gi|43438                      :                                                                                                                                        -C-AG--GGTTTGA-CA-------CTAATGC-TAG-T-TA-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43439                      :                                                                                                                                        -C-AG--GGTTCAA-CA-------TTAACGC-TAG-T-CT-GGTAGC--CCGA-AGC-----TAGT-CAGTTTTGCC-TTGGACT
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gi|43443                      :                                                                                                                                                 TTTGA-TG-------CTAACGC-TAG-T-CC-AGTAGC--CCGA-GGC-----TAGC-AAATTTTGCC-ATGGACT
gi|43444                      :                                                                                                                                                  TCAA-CA-------CTAATGT-TAA-T-CA-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTCGTTGGACT
gi|43445                      :                                                                                                                                                      -CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GATAGC--CC----AC-----TAGT-AAAATT--TC-CCGGACT
gi|43446                      :                                                                                                                                                                  AACAC-TAC-T-CC-GTTAAC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTACC-CCAGACT





Alignments
lowQualScore                  :                 22  2             33  2   2 2  33 5  888       33      33 2     2    55555    2  2  5555 55555   2 444  1         888888 2  33       1  5555555       1   1 1  1      22    1   44444    1          3       
lowQualScore                  :                 ..  .             ..  .   . .  .. .  ...       ..      .. .     .    .....    .  .  .... .....   . ...  .         ...... .  ..       .  .......       .   . .  .      ..    .   .....    .          .       
lowQualScore                  :                 99  9             44  5   5 5  44 0  222       11      11 2     2    99999    4  4  0000 99999   4 111  1         444444 2  11       7  7777777       7   7 7  7      33    7   22222    7          3       
consensus                     : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTTAC-GCCG-C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
Reference ( family-563 )      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTTAC-GCCG-C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43413                      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGAGTTTAC-GCCG-C-AG--CGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
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gi|43423                      :    TATACTTCATTTTC-TT-TGTTTAATTGTTTTTAA-TAA-TGAT--TCAA---ATTTTGT---AACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTT
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gi|43426                      :                 G-TA-TATTTAATTGTTT--GA-TAA-T-AT--T-AA---TTCTTGT--TAACTC--T-A-TTA-ACCA-----TTAC-TT-AT----G-------C-A---TA
gi|43427                      :                          TAATTATTT--A--TCA-T--T--T-AAGGAATGAAGC--TAATTT--T-ATCTA--CCA-----TTGT-AT-AT----A-----TAC-ACTATAATGAGT----------C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGCCTAG-C-CG-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43428                      :                          TAATTATTT--A--TCA-T--T--T-AAGGAATGAAGC--TAATTT--TTATCTACATGT-----ATA--TT-AT----A-----CACTA---TAATGAGT----------C-AG--GGTTCGA-C--------CTAACGC-TAG-T-CCGGGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAA-TTTGTC-CCGGACT
gi|43429                      :                                                      ---ATCTTGTCTTAAATC--T-ATT-A-ACCAGGGGCATGT-TTTAT----G-----TTT-A---T---TGATTTGG-GCTATC-AG--GGTTCGA-CAGTCAACACTAATGT-TAG-T-CA-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-TTGGACT
gi|43430                      :                                                              GT--GAACTTCAT-ATTTT--TCA-----AT---TN-NN----N-----NNN-N---NNNNNNNNNNNN-NNNN-N-AGCAGGTTCGA-CA-------CTAACGG-TAG-T-CT-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTAGTT-CCGGACT
gi|43431                      :                                                                                                                             GTTTACAGCCA-CCAG--GGT-CGA-CA-------CTAACGC-TA--T-CC-G--AGC--CC-A-GGC-----TAGT-AAA-TTTGTC-CC-GACT
gi|43432                      :                                                                                                                              TTTAC------C-AG--AGATTGA-CG-------ATAACGG-TAG-T-CT-GATAGC--TTGA-GGA-----TAGT-AAATATTGCC-CCAGATT
gi|43433                      :                                                                                                                                TAC-ACC----AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGAGGGC-----TAGT-AAATTTTGTC-TCGGACT
gi|43434                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GGT-CGA-CA-------CTAACGG-TAG-T-CC-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTAGTC-CCGGACT
gi|43435                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TATCT-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAA-TATGTT-CCGGACT
gi|43436                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GTGTCGA-CA-------CTAACGC--AG-T-CC-GG-GGCTACCGA-GGC-----TAGTAAAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43437                      :                                                                                                                                       G-C-AG--GGT-CGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CT-G-TAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AATTTTTGTC-
gi|43438                      :                                                                                                                                        -C-AG--GGTTTGA-CA-------CTAATGC-TAG-T-TA-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
gi|43439                      :                                                                                                                                        -C-AG--GGTTCAA-CA-------TTAACGC-TAG-T-CT-GGTAGC--CCGA-AGC-----TAGT-CAGTTTTGCC-TTGGACT
gi|43440                      :                                                                                                                                        -C-AG--GGTTCGA-CA-------CTAA-GC-TAG-T-C--GGTAGC--CCGA-GGA-----TAGT--AATTTTGTCGGCGGACT
gi|43441                      :                                                                                                                                                GTTCAA-CA-------TTAACGC-TAG-T-CT-GGTAGC--CCGA-AGCTACCGTAGT-AAATTTTGAC-TCGGACT
gi|43442                      :                                                                                                                                                GTTCGAACA-------CTATCGC-TAG-TTCC-AGTAGC--CCTG-AGC-----TGGT-CAATTTTGCC-CTGGACT
gi|43443                      :                                                                                                                                                 TTTGA-TG-------CTAACGC-TAG-T-CC-AGTAGC--CCGA-GGC-----TAGC-AAATTTTGCC-ATGGACT
gi|43444                      :                                                                                                                                                  TCAA-CA-------CTAATGT-TAA-T-CA-GGTAGC--CTGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTCGTTGGACT
gi|43445                      :                                                                                                                                                      -CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GATAGC--CC----AC-----TAGT-AAAATT--TC-CCGGACT
gi|43446                      :                                                                                                                                                                  AACAC-TAC-T-CC-GTTAAC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTACC-CCAGACT


blockSeqs                     :                 GG  G             TT  G   C G  GT T  GGA       CT      CA T     C    GGGGC    T  T  GTAC TATAC   T CTA  C         GCTAT  C  CA       A  GTCAACA       C   C T  G      TA    G   TACCG    A          G
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  C  GGA       .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         AGCCA  .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          G
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    T         GCCG   .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         GCCG   .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 T   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         NNNN   .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         ACC    .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         .      .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 C   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         .      .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 C   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    C         .      .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    A         .      .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 A   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    A                .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 G   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    N                .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                 .   .             .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    .                .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                                   .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    .                .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                                   .   .   . .  .  .  .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .    .                .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                                                      .         .       .  .     .    .        .  .  .    .       . .                     .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                                                                .       .  .     .                                                        .  .        .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .  .             .   . .  .      .     .   .        .          .
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blockSeqCons                  :                                                                                                                                   GCC***
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Reference ( family-563 )      : ATGTATATTTCATTTCG-TT-TGTTTAATTGTTT--AA-TAA-T-AT--T-AA---ATCTTGT--TAACTT--T-ATTTA-ATCA-----ATAC-TT-AT----G-----TAC-A---TACCGGGTTTAC-GCC--CAG--GGTTCGA-CA-------CTAACGC-TAG-T-CC-GGTAGC--CCGA-GGC-----TAGT-AAATTTTGTC-CCGGACT
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