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gi|104646                     :                                                                                  gt-TTT----ATTT-GCGT---ATAC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTAATCTGTC-CGCCT-GTTAACCG-----A---TAG----AAAACACAGC-GCT---TGC-TAAAATGG
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Alignments
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lowQualScore                  :     77      666         5   666  5   666   999    99999 8     9999999 4   22   22  4   7777    2    999    777    0  2222  0 2222 0           1     2        666   555   2222          0   555     6          7    
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Reference ( family-562 )      : AACC--TCGGCT---GATTCCGGA-ACC---TA-CAT---CAT---ACCT-----CGGCTGTA-----AT-GAC--AGT--AC-TTG----ATAT-GCGT---ATCC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTGATCTGCC-CGCCT-GTTAACCG-C-TTA---GGG----AAAACACAGC-GCT---TGCTTAAAATAGTTCT-TAAA
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gi|104619                     : AACC--TCGGCT---GATTCCGGA-AAC---TA-CAT---CAT---ACCT-----CGGTTGTA------T-GAT--AGT--AC-TTG----ATAT-GTGT---ATCC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTGATCTGCC-CGCCT-GTTAACCG-C-TTA---GAG----AAAACACAGC-GCT---CGCTTGAAATAGTTCT-
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blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .           A       .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        C     .     .             .   .       A          .
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .           A       .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        C     .     .             .   .       A          .
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .           A       .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        T     .     .             .   .       A          .
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .           A       .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        C     .     .             .   .       A          .
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .           .       .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        T     .     .             .   .       A          .
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .           .       .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        T     .     .             .   .       .           
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .      .                   .   .    .   .   .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        C     .     .             .   .       .           
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .                                           .       .    .      .      .  .     . .    .           .     .        C     .     .             .   .       .           
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .                                                               .      .  .     . .    .           .     .        .     .     .             .   .       .           
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .                                                                      .  .     . .    .                          .     .     .             .   .                   
blockSeqs                     :     .       .           .   .    .   .     .                                                                                                                                                                   
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blockSeqCons                  :                                                               A******
originalCons                  : AACC--TCGGCT---GATTCCGGA-ACC---TA-CAT---CAT---ACCT-----CGGCTGTA-----AT-GAC--AGT--AC-TTG----ATAT-GCGT---ATCC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTGATCTGCC-CGCCT-GTTAACCG-C-TTA---GGG----AAAACACAGC-GCT---TGCTTAAAATAGTTCT-TAAA
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Alignments
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lowQualScore                  :     77      666         5     111   666   999 33333   66666    0000 11   666666       11         2    999    777    0  2222  0 2222 0           1     2        666   555   2222          0   555     6          7    
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Reference ( family-562 )      : AACC--TCGGCT---GATTCCGGA-ACCTA---CAT---CAT---A-----CCT-----CGGC----T--GTA------TGACAGT--ACTTGATAT-GCGT---ATCC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTGATCTGCC-CGCCT-GTTAACCG-C-TTA---GGG----AAAACACAGC-GCT---TGCTTAAAATAGTTCT-TAAA
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gi|104619                     : AACC--TCGGCT---GATTCCGGA-AACTA---CAT---CAT---A-----CCT-----CGGT----T--GTA------TGATAGT--ACTTGATAT-GTGT---ATCC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTGATCTGCC-CGCCT-GTTAACCG-C-TTA---GAG----AAAACACAGC-GCT---CGCTTGAAATAGTTCT-
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gi|104635                     : AACC--TCGTCT---GATTCCGGA-ACCTA---CAT---CAT---A-----C
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gi|104640                     : AACC--TCGGCT---GATTCCGGA-ACCTA---CAT---C
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gi|104645                     :                                                                     --GTA------TAACAAT--ATTTGA-AT-GCGT---ATCT---GCCT-TA----CA-T----T-TGTGACCTACC-CGCCT-GTTAACCG-T-TCA---GGG----AAA--ACAGC-G-T---TGCTTAAAATAGT
gi|104646                     :                                                                                           TTTATTT-GCGT---ATAC---GCCT-TA----CA-T----T-TGTAATCTGTC-CGCCT-GTTAACCG-----A---TAG----AAAACACAGC-GCT---TGC-TAAAATGG
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gi|104650                     :                                                                                                                  CTT-TA----CC-T----T-TAC-ATCTGCC-CGACT-GTTTACCG-C-TTA---GGG----AAAACACAGC-ACT---TGCTTAAAATAGTTCT-
gi|104651                     :                                                                                                                                                              CG-C-TTA---GAA----AAAACACAGC-GCT---TGCTTAAAATAGTTCT-