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Reference ( gi|87430 ) : AGTAAC-AGCG-TG-TAATAA-CC-A-CT-GGCGGCTC-CC-T-C-CA-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CATGCTG--T-T------C-A--------TC-TTCCG-T-CT-ACT------TTTGA-CTGCGAGC------CAG-CCTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--T-C--CAACT-TG-C-C-T-TGC--CA---TC-AT-AAT--GT-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87431 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATAA-TC-A-CT-GCCGGCTC-CC-T-C-CA-GA-G------A-GAAGC--AGA-CG-T-GAT-----AATGTTG--T-T------C-A--------TC-TTCCA-T-CC-GCT------TTTGA-CTGCGAGC------CAG-CCTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--T-C--CAACT-TG-G-C-T-TGC--CA---TC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87432 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATAA-TC-A-CT-GCCGGCTC-CC-T-C-CA-GA-G------A-GAAGC--A-A-CG-T-GA------AATGTTG--T-T------C-A--------TC-TTTCA-T-C--GCT------TTTGA-CTGCGAGC------CAG-CCTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--T-C--CAACT-TG-G-C-T-TGC--CA---TC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87433 : AGTAGC-AGCG-TG-TTATAG-TC-A-CT-GGCGTCTG-CC-T-C-CA-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CATGTTT--C-T------C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACT------GGTGA-CTGTGAAC------CAG-CCTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----CAGAAC-GA-T-T--T-C--TCACT-TG-C-C-T-TGC--CA---TC-AT-AAT--AC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87434 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATAG-TC-A-CT-GGCAGCTC-CC-T-C-CA-GA-G------A-GACAC--AGA-AG-T-GAC-----CATGTTG--C-T------C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACT------GGTGA-CTAAGGGC------TAG-CCTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-A--T-C--CCACT-TG-C-C-T-TGC--CA---TC-AT-AAC--GC-AAATCA--TT---GTATCTAG
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Alignments
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Reference ( family-558 ) : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CC--G-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGNT-GA-CT-GCGG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CNA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-NT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
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gi|87442 : AGTAGC-AGCA-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGTG-GCTC-CC-T-CT---------------------------AG-G-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTTCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TA-C-C-T-TGT--CAAA-TT-CAT--TC-AGATCT--TT---CTTTCTAG
gi|87443 : AGTTGC-AGAG-TG-TAACA-TTC-A-T-TGGAA-GCTC-CC-T-TC--A-GA-GCTCGAGA-GAAAC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-CTCTG-T-------------------GA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-A----AAAAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-CT-AAA--GC-AGATCC--TT---GTATGTA
gi|87444 : AGTAGC-AGCA-TG-TAATA-ATC-A-G-TGGCA-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AAG-AG-T-GAT-----CAT-GTAG--TC--T-A--------TC-TTCCG-T-CC-ATT-TT-GA-CA-GCAA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-
gi|87445 : AGTAGC-AG-G-TG-TAATAAGTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GA-G------A-G-AGC--AGA-AG-T-G-T-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC--TCCGCT-TC-ACTGGC-GA-CT-GTGG-A-CA------G-C-CTC-ACA--AA--CG-T---AA--T-CA---AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TA-C-----TGT--CATC-TT-CAT--TC-A-ATCC--TT---
gi|87446 : AGTAGCCAGCG-TG-TAATA-GTC-A-TTCGGCG-GC---CC-T-CT--G-AA-G------A-A---C--AGA-AG---GAT-----CAT-GTTG--CT--C-ACTTCTTCCTCATTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------GCC-CTCAACA--AA--C--T---CA--T-C----AAGAAC-G--T-T--TC--CA---T----C-C-T-TG---TATCTTT-CAT--TC-AGATCC--TT---CTTTCTAG
gi|87447 : AGCAGC-AGAG-TG-TAATA-ATC-A-C-TCACC-ACCC-CC-T-CC--A-GT-G------A-GAAAC--AGT-AC-T-GGT-----CCC-CCAG--CT--CTA--------CC-T--CA-TACC-ACTGCT-CG-CT-GCGG-GCCT------G-G-CGA-AAG--AA--CT-TG--TA--G-C----GA-AAG-GA-C-T--TC--CAG-TT-GG-A-C-T-CCC--CTTC-GT-------C-AAATCC--CT---GTA
gi|87448 : GTAGCGAGCG-TGCTAAGA-GTC---C-CGGCG-GCTCGCC-T-CT--G-GA--------A-GAGAC--AGA-AG-TAGAT-----CAT-GCTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGC-G--CT-GT-G-ACC-------G-CGCTC-AGC--AA--CG-T---CA--T-C----AAGCAC-GA-T-T--TC--CCACCT-TACC-C-T-TGT--C-TC-TT-CAT--TC-AGATCC---T---GTTTCT
gi|87449 : TAGC-AACG-TG-TAATA-GTC-A-T-TGGCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--TT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTTTT-AA-CT-GCGG-GTCA------T-C-CTC-A---------------------------AGAAC-GA-T-T--TC--CAA-TT-TG-C-C-A-TGT--CATC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTA
gi|87450 : TAGC-AGCG-T-----TA-GT--------GCATGCTC-CC-T-CC--A-GA-G------G-GAAGCG-AGA-AT-T-AATCGATCCAT-GTGT--AT--C-A--------TCTTTCCG-T-CA-ATT-TT-GACCT-G-GG-ACCA------G-C-TAC-ACA--AAACCT-T---TA--T-CT---AAGCAT-GA-TCT--TCTTCAA-CT-TG-T-A-T-TGT--CAT
gi|87451 : C-AGCG-TG-TAATA-GTCAA-C-TGGC--GCTC-CC-T-CC--A-GATGC-----A-GAAG---AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CTC-C-G--------TC-TGTCG-T-CCGACCGAT-GA-CT--TGG-ACCA------G-C-CTT-ACA--G----T-T---CA--T-C-----AGAAC-GA-T-TTCTC--CAA-TC-TG-C-C-CATGT--CATC-
gi|87452 : -AGCG-TG-TAATA-TTC-AAC-CGGCC-CCTC-CCCT-CT--G-GA-G------A-GAAACCAAGATAG-T-GAT-----CATTGTTAGTCT--CCA--------TT-TTCCG-T-CCGACTGGTCGA-TTTGTGGCACCA------G-T-CTC-GCA--AA--GT-T---CA--T-C----AAGAACAGA-T-T--TCA-CCA-CT-TA-T-C-T-TTT--CAAC-TTCCAT--TC-AGATCC--T
gi|87453 : G-TA-TAATA-ATC-A-A-TGGTG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-G------------------------------------------A-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AC--CT-T---CA--T-C----AAG--------------------CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCT--TT---GTATCTAG
gi|87454 : G-TG-TAGTA-ATC-A-C-TAGCA-GCGC-CC-T-CC--A--A-G------G-CAAGC--AGA-AC-C-CAT-----TAT-GTTG--------------------TTCC--T-CC-TCTGAT-CA-C----GG-GCCA------A-C-TTC-GTA--AA--TT-T---CA--C-C----AGGAAT-GA---T--TC--CAG-CT-GG-T-C-T-TGC--
gi|87455 : G-TG-TAATA-GCC-A-C-TGGCA-A-TA-TC-T-TC--T-AA-G------G-AAAG----GA-AT-T-GGT-----TGT-GCTG--CT--C----------TC-TC----T-CC-AATACA-GA-CT-GCAG-GTTACATGTAG-T-TCA-ACA--GA--CT------A--TGC----AAGAAG-GA-T-T--TT--CCA-CT-GT-A-C-T-TAC--CATC-AT-ACCA-GC-ATTTCC--TT----TACCTGG
gi|87456 : AATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GG-ATT----A-GAAGC--TGA-AG-T-GGT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CTAT---CATTT-C----AAGAAC-GACT-T--TC--CAA-CT-TA-C-C-T-TGT--CATC-
gi|87457 : C-CC-T-CGTAG-GC-G------C-GAAAC--AAA-A--T-GGT-----CCT-G--G--CT--CTA--------TC-CTCTG-A-CC-ATTGCT-GT-CT-CCGG-GCCA------G-G-CGG-AAAGGAA--CT-T---GA--G-A----ACGAAC-GA-C-T--TC--CAA-CTCCG-A-C-T-TCCCGCATC-GT-GATCGGCAAGATCC--TT---GGACCT
gi|87458 : C-T-CC--A-GA-G------A-GGAGC--ATA-AG-T-TAT-----CAT-GGTG--TT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGTT-GA-CT-GCGG-GTCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-A-T--TC--GAA-CT-TG-C-C-T-TCC--CATC-AT-AAA--GC-AGACCC--TT---GTATCTAG
gi|87459 : AGC--AGA-CT-T-GGT-----TAT-GATG--CT--CCA--------TC-TTT-A-T-CA-ATTGTT-GA-CT-GCGA-GCTA------G-A-TGA-ACA--AA--CA-T---AA--T-TGTGAAAGACG-GA-T-T--CC--CAA-C--CA-CAC-T-TCC--CACC-CT-ACT--GC-AG-TCC--CTACGACATCTAG
gi|87460 : AGC--AGA-CT-T-GGT-----TAT-GATG--CCTCC-A--------TC-TTT-A-T-CA-ATTGTT-GA-CT-GCGA-GCTA------G-A-TGA-ACA--AA--CA-T---AA--T-TGTGAAAGACG-GA-T-T--CC--CAA-C--CA-CAC-T-TCC--CACC-CT-ACT--GC-AG-TCC--CTACGACATCTAG
gi|87461 : GA-AA-T-AAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCTG-T-CC-ACTGTT-GA-CT-GCTG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--C-T----TAGAA
gi|87462 : -GGT-----TGT-GCTG--CT--CCA--------TC-T-CTG-T-CC-ATTGTT-GA-CT-G--A-GCTA------G-C-CGA-ACA--AT--CT-TGTACA--A-C----AAGGA---A-T-T--TC---AA-CG-AG-A-C-T-GCC--CATC-AT-ACT--GC-AGATCC--TA---GT-TCT
gi|87463 : GG-ACCA------G-T-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AA-AAC-AA-T-T--CC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGT--CATC-TT-CAT--TC-AGATCA--TT---CTATCTAG
Alignments
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lowQualScore : . . . . . . .. . . . . .... . ...... . .. . . . ..... . .. .. .......... . . . . . . . . . . ...... . . . .. .. . ... .. . .... . . . .. .. . . . . . . . .. .. .. ... . .. ....
lowQualScore : 5 6 2 5 5 5 11 5 4 4 1 3333 4 222222 1 11 2 8 2 00000 2 77 99 0000000000 4 8 2 4 8 2 2 2 4 2 444444 2 2 2 66 66 2 444 66 2 4444 2 2 2 77 00 4 2 2 2 5 8 2 88 44 66 222 5 11 7777
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Reference ( family-558 ) : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CC--G-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGNT-GA-CT-GCGG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CNA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-NT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
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gi|87431 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-ATC-A-C-TGCCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-CG-T-GAT-----AAT-GTTG--TT--C-A--------TC-TTCCA-T-CC-GCTTTT-GA-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CAA-CT-TG-G-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
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gi|87433 : AGTAGC-AGCG-TG-TTATA-GTC-A-C-TGGCG-TCTG-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTT--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGA-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----CAGAAC-GA-T-T--TC--TCA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--AC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87434 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-TGGCA-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GACAC--AGA-AG-T-GAC-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-AAGG-GCTA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-A--TC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAC--GC-AAATCA--TT---GTATCTAG
gi|87435 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GA-G------A-GAAGC--AGT-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-TT-ATGG-ACCA------G-C-TTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TA-C-C-T-TGT--CATT-TT-CAT--TC-AGACCC--TT---CTTTCTAG
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gi|87450 : TAGC-AGCG-T-----TA-GT--------GCATGCTC-CC-T-CC--A-GA-G------G-GAAGCG-AGA-AT-T-AATCGATCCAT-GTGT--AT--C-A--------TCTTTCCG-T-CA-ATT-TT-GACCT-G-GG-ACCA------G-C-TAC-ACA--AAACCT-T---TA--T-CT---AAGCAT-GA-TCT--TCTTCAA-CT-TG-T-A-T-TGT--CAT
gi|87451 : C-AGCG-TG-TAATA-GTCAA-C-TGGC--GCTC-CC-T-CC--A-GATGC-----A-GAAG---AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CTC-C-G--------TC-TGTCG-T-CCGACCGAT-GA-CT--TGG-ACCA------G-C-CTT-ACA--G----T-T---CA--T-C-----AGAAC-GA-T-TTCTC--CAA-TC-TG-C-C-CATGT--CATC-
gi|87452 : -AGCG-TG-TAATA-TTC-AAC-CGGCC-CCTC-CCCT-CT--G-GA-G------A-GAAACCAAGATAG-T-GAT-----CATTGTTAGTCT--CCA--------TT-TTCCG-T-CCGACTGGTCGA-TTTGTGGCACCA------G-T-CTC-GCA--AA--GT-T---CA--T-C----AAGAACAGA-T-T--TCA-CCA-CT-TA-T-C-T-TTT--CAAC-TTCCAT--TC-AGATCC--T
gi|87453 : G-TA-TAATA-ATC-A-A-TGGTG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-G------------------------------------------A-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AC--CT-T---CA--T-C----AAG--------------------CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCT--TT---GTATCTAG
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gi|87456 : AATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GG-ATT----A-GAAGC--TGA-AG-T-GGT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CTAT---CATTT-C----AAGAAC-GACT-T--TC--CAA-CT-TA-C-C-T-TGT--CATC-
gi|87457 : C-CC-T-CGTAG-GC-G------C-GAAAC--AAA-A--T-GGT-----CCT-G--G--CT--CTA--------TC-CTCTG-A-CC-ATTGCT-GT-CT-CCGG-GCCA------G-G-CGG-AAAGGAA--CT-T---GA--G-A----ACGAAC-GA-C-T--TC--CAA-CTCCG-A-C-T-TCCCGCATC-GT-GATCGGCAAGATCC--TT---GGACCT
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gi|87460 : AGC--AGA-CT-T-GGT-----TAT-GATG--CCTCC-A--------TC-TTT-A-T-CA-ATTGTT-GA-CT-GCGA-GCTA------G-A-TGA-ACA--AA--CA-T---AA--T-TGTGAAAGACG-GA-T-T--CC--CAA-C--CA-CAC-T-TCC--CACC-CT-ACT--GC-AG-TCC--CTACGACATCTAG
gi|87461 : GA-AA-T-AAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCTG-T-CC-ACTGTT-GA-CT-GCTG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--C-T----TAGAA
gi|87462 : -GGT-----TGT-GCTG--CT--CCA--------TC-T-CTG-T-CC-ATTGTT-GA-CT-G--A-GCTA------G-C-CGA-ACA--AT--CT-TGTACA--A-C----AAGGA---A-T-T--TC---AA-CG-AG-A-C-T-GCC--CATC-AT-ACT--GC-AGATCC--TA---GT-TCT
gi|87463 : GG-ACCA------G-T-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AA-AAC-AA-T-T--CC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGT--CATC-TT-CAT--TC-AGATCA--TT---CTATCTAG
blockSeqs : C C C A A A TC T G C T TAG T CTCGAG A CA T C A CGATC T GT TC ACTTCTTCC A C A G T C C T C C CATGTA C G A GG AC A GTA TT G GTGA A C C TC TT A C C C A A A CG TT CC CGG A TT ACGA
blockSeqs : G C C . . . T . . . T GC . TT A G . C . . . . C TA T C . G T . . . C . . . . . . . . C . . GTGA . . . . A A . . . A A . . A A AG . TT ACGA
blockSeqs : . C C . . . T . . . T GC . C A . . C . . . . . CA . C . . G . . . T . . . . . . . . G . . A . . . . . C . . . . A . . A A G . TT G
blockSeqs : . . C . . . T . . . . GC . . . . . . . . . . . TA . C . . G . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . . A A G . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . CA . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A A A . . G
blockSeqs : . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . CA . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T C G . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A A T . . C
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . T C G . . G
blockSeqs : . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A C T . . C
blockSeqs : . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A C T . . C
blockSeqs : . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A C T . . C
blockSeqs : . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . T C T . . C
blockSeqs : . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . C A T . . C
blockSeqs : . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . T C G . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G C T . . C
blockSeqs : . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T C T . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A A T . . G
blockSeqs : . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T A G . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A A T . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A G G . . G
blockSeqs : . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G A G . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A A G . . G
blockSeqs : . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . C A G . . C
blockSeqs : . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C A G . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A C T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CC--G-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGNT-GA-CT-GCGG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CNA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-NT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
finalCons : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CC--G-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGNT-GA-CT-GCGG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CNA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-NT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
Alignments
lowQualScore : 3 4 6 1 1 1 44 1 1 1 4 8888 1 777777 4 33 1 3 1 33333 1 11 22 7777777777 2 4 1 2 1 1 1 1 2 1 333333 1 1 1 11 11 1 444 11 1 7777 1 1 1 11 33 1 1 1 1 2 3 1 11 22 44 555 1 66 6666
lowQualScore : . . . . . . .. . . . . .... . ...... . .. . . . ..... . .. .. .......... . . . . . . . . . . ...... . . . .. .. . ... .. . .... . . . .. .. . . . . . . . .. .. .. ... . .. ....
lowQualScore : 5 6 2 5 5 5 11 5 4 4 1 3333 4 222222 1 11 2 8 2 00000 2 77 99 0000000000 4 8 2 4 8 2 2 2 4 2 444444 2 2 2 66 66 2 444 66 2 4444 2 2 2 77 00 4 2 2 2 5 8 2 88 44 66 222 5 11 7777
consensus : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CC--G-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGNT-GA-CT-GCGG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CNA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-NT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
Reference ( family-558 ) : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CC--G-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGNT-GA-CT-GCGG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CNA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-NT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87430 : AGTAAC-AGCG-TG-TAATA-ACC-A-C-TGGCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GCTG--TT--C-A--------TC-TTCCG-T-CT-ACTTTT-GA-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CAA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GT-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87431 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-ATC-A-C-TGCCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-CG-T-GAT-----AAT-GTTG--TT--C-A--------TC-TTCCA-T-CC-GCTTTT-GA-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CAA-CT-TG-G-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87432 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-ATC-A-C-TGCCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--A-A-CG-T-GA------AAT-GTTG--TT--C-A--------TC-TTTCA-T-C--GCTTTT-GA-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CAA-CT-TG-G-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87433 : AGTAGC-AGCG-TG-TTATA-GTC-A-C-TGGCG-TCTG-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTT--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGA-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----CAGAAC-GA-T-T--TC--TCA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--AC-AGATCC--TT---GTATCTAG
gi|87434 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-TGGCA-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GACAC--AGA-AG-T-GAC-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-AAGG-GCTA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-A--TC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAC--GC-AAATCA--TT---GTATCTAG
gi|87435 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GA-G------A-GAAGC--AGT-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-TT-ATGG-ACCA------G-C-TTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TA-C-C-T-TGT--CATT-TT-CAT--TC-AGACCC--TT---CTTTCTAG
gi|87436 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-TGGTG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--A-T--------TC-TTCTA-T-CC-ACTGTT-AA-CT-GCG-------------------------AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAT-GA-T-T--TC--CAA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTA
gi|87437 : AATAAC-AGCA-TG-TAATA-GTC-A-C-TGGCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--A-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GCAA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-TC--CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--CC--CCA-CT-CG-C-C-T-TG
gi|87438 : AGTAGC-AGCG-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGTG-G---------------GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAA-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-GTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-AGCA------G-T-CTC-ACA--AA---------CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGT--CATC-TT-CAC--TC-AGATCC--AT---CTATCTAG
gi|87439 : AGTAGC-AGCGCTGCTAATA-GTC-A-C-GGCCA-GCTC-CC-TTCC--GCGA-G------AAGAAGC--AGA-AGCT-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-G--------CT-TTCCGCT-CC-ACCGAT-GA-CT-GGTG-GACA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---AA--T-C----AAAAAC-GA-T-T--TC--TCA-CT-TG-C-CAT-TGT--CATC-AT-CAT--TC-AGATCCTTTT---CTATCTAG
gi|87440 : AGTAGC-AGCGCTGCTAATA-GTC-A-C-GGCCA-GCTC-CC-TTCC--GCGA-G------AAGAAGC--AGA-AGCT-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-G--------CT-TTCCGCT-CC-ACCGAT-GA-CT-GGTG-GACA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---AA--T-C----AAAAAC-GA-T-T--TC--TCA-CT-TG-C-CAT-TGT--CATC-AT-CAT--TC-AGATCCTTTT---CTATCTAG
gi|87441 : AGTAGC-AGCGCTGCTAATA-GTC-A-C-GGCCA-GCTC-CC-TTCC--GCGA-G------AAGAAGC--AGA-AGCT-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-G--------CT-TTCCGCT-CC-ACCGAT-GA-CT-GGTG-GACA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---AA--T-C----AAAAAC-GA-T-T--TC--TCA-CT-TG-C-CAT-TGT--CATC-AT-CAT--TC-AGATCCTTTT---CTATCTAG
gi|87442 : AGTAGC-AGCA-TG-TAATA-GTC-A-C-CGGTG-GCTC-CC-T-CT---------------------------AG-G-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTTCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TA-C-C-T-TGT--CAAA-TT-CAT--TC-AGATCT--TT---CTTTCTAG
gi|87443 : AGTTGC-AGAG-TG-TAACA-TTC-A-T-TGGAA-GCTC-CC-T-TC--A-GA-GCTCGAGA-GAAAC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-CTCTG-T-------------------GA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-A----AAAAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-CT-AAA--GC-AGATCC--TT---GTATGTA
gi|87444 : AGTAGC-AGCA-TG-TAATA-ATC-A-G-TGGCA-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AAG-AG-T-GAT-----CAT-GTAG--TC--T-A--------TC-TTCCG-T-CC-ATT-TT-GA-CA-GCAA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-T-
gi|87445 : AGTAGC-AG-G-TG-TAATAAGTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GA-G------A-G-AGC--AGA-AG-T-G-T-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC--TCCGCT-TC-ACTGGC-GA-CT-GTGG-A-CA------G-C-CTC-ACA--AA--CG-T---AA--T-CA---AAGAAC-GA-T-T--TC--CCA-CT-TA-C-----TGT--CATC-TT-CAT--TC-A-ATCC--TT---
gi|87446 : AGTAGCCAGCG-TG-TAATA-GTC-A-TTCGGCG-GC---CC-T-CT--G-AA-G------A-A---C--AGA-AG---GAT-----CAT-GTTG--CT--C-ACTTCTTCCTCATTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------GCC-CTCAACA--AA--C--T---CA--T-C----AAGAAC-G--T-T--TC--CA---T----C-C-T-TG---TATCTTT-CAT--TC-AGATCC--TT---CTTTCTAG
gi|87447 : AGCAGC-AGAG-TG-TAATA-ATC-A-C-TCACC-ACCC-CC-T-CC--A-GT-G------A-GAAAC--AGT-AC-T-GGT-----CCC-CCAG--CT--CTA--------CC-T--CA-TACC-ACTGCT-CG-CT-GCGG-GCCT------G-G-CGA-AAG--AA--CT-TG--TA--G-C----GA-AAG-GA-C-T--TC--CAG-TT-GG-A-C-T-CCC--CTTC-GT-------C-AAATCC--CT---GTA
gi|87448 : GTAGCGAGCG-TGCTAAGA-GTC---C-CGGCG-GCTCGCC-T-CT--G-GA--------A-GAGAC--AGA-AG-TAGAT-----CAT-GCTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGC-G--CT-GT-G-ACC-------G-CGCTC-AGC--AA--CG-T---CA--T-C----AAGCAC-GA-T-T--TC--CCACCT-TACC-C-T-TGT--C-TC-TT-CAT--TC-AGATCC---T---GTTTCT
gi|87449 : TAGC-AACG-TG-TAATA-GTC-A-T-TGGCG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--TT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTTTT-AA-CT-GCGG-GTCA------T-C-CTC-A---------------------------AGAAC-GA-T-T--TC--CAA-TT-TG-C-C-A-TGT--CATC-AT-AAT--GC-AGATCC--TT---GTATCTA
gi|87450 : TAGC-AGCG-T-----TA-GT--------GCATGCTC-CC-T-CC--A-GA-G------G-GAAGCG-AGA-AT-T-AATCGATCCAT-GTGT--AT--C-A--------TCTTTCCG-T-CA-ATT-TT-GACCT-G-GG-ACCA------G-C-TAC-ACA--AAACCT-T---TA--T-CT---AAGCAT-GA-TCT--TCTTCAA-CT-TG-T-A-T-TGT--CAT
gi|87451 : C-AGCG-TG-TAATA-GTCAA-C-TGGC--GCTC-CC-T-CC--A-GATGC-----A-GAAG---AGA-AG-T-GAT-----CAT-GTTG--CTC-C-G--------TC-TGTCG-T-CCGACCGAT-GA-CT--TGG-ACCA------G-C-CTT-ACA--G----T-T---CA--T-C-----AGAAC-GA-T-TTCTC--CAA-TC-TG-C-C-CATGT--CATC-
gi|87452 : -AGCG-TG-TAATA-TTC-AAC-CGGCC-CCTC-CCCT-CT--G-GA-G------A-GAAACCAAGATAG-T-GAT-----CATTGTTAGTCT--CCA--------TT-TTCCG-T-CCGACTGGTCGA-TTTGTGGCACCA------G-T-CTC-GCA--AA--GT-T---CA--T-C----AAGAACAGA-T-T--TCA-CCA-CT-TA-T-C-T-TTT--CAAC-TTCCAT--TC-AGATCC--T
gi|87453 : G-TA-TAATA-ATC-A-A-TGGTG-GCTC-CC-T-CC--A-GA-G------A-GAAGC--AGA-AG-T-GAT-----CAT-G------------------------------------------A-CT-GCGA-GCCA------G-C-CTC-ACA--AC--CT-T---CA--T-C----AAG--------------------CT-TG-C-C-T-TGC--CATC-AT-AAT--GC-AGATCT--TT---GTATCTAG
gi|87454 : G-TG-TAGTA-ATC-A-C-TAGCA-GCGC-CC-T-CC--A--A-G------G-CAAGC--AGA-AC-C-CAT-----TAT-GTTG--------------------TTCC--T-CC-TCTGAT-CA-C----GG-GCCA------A-C-TTC-GTA--AA--TT-T---CA--C-C----AGGAAT-GA---T--TC--CAG-CT-GG-T-C-T-TGC--
gi|87455 : G-TG-TAATA-GCC-A-C-TGGCA-A-TA-TC-T-TC--T-AA-G------G-AAAG----GA-AT-T-GGT-----TGT-GCTG--CT--C----------TC-TC----T-CC-AATACA-GA-CT-GCAG-GTTACATGTAG-T-TCA-ACA--GA--CT------A--TGC----AAGAAG-GA-T-T--TT--CCA-CT-GT-A-C-T-TAC--CATC-AT-ACCA-GC-ATTTCC--TT----TACCTGG
gi|87456 : AATA-GTC-A-C-CGGCG-GCTC-CC-T-CT--G-GG-ATT----A-GAAGC--TGA-AG-T-GGT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGGT-GA-CT-GTGG-ACCA------G-C-CTC-ACA--AA--CTAT---CATTT-C----AAGAAC-GACT-T--TC--CAA-CT-TA-C-C-T-TGT--CATC-
gi|87457 : C-CC-T-CGTAG-GC-G------C-GAAAC--AAA-A--T-GGT-----CCT-G--G--CT--CTA--------TC-CTCTG-A-CC-ATTGCT-GT-CT-CCGG-GCCA------G-G-CGG-AAAGGAA--CT-T---GA--G-A----ACGAAC-GA-C-T--TC--CAA-CTCCG-A-C-T-TCCCGCATC-GT-GATCGGCAAGATCC--TT---GGACCT
gi|87458 : C-T-CC--A-GA-G------A-GGAGC--ATA-AG-T-TAT-----CAT-GGTG--TT--C-A--------TC-TTCCG-T-CC-ACTGTT-GA-CT-GCGG-GTCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AAGAAC-GA-A-T--TC--GAA-CT-TG-C-C-T-TCC--CATC-AT-AAA--GC-AGACCC--TT---GTATCTAG
gi|87459 : AGC--AGA-CT-T-GGT-----TAT-GATG--CT--CCA--------TC-TTT-A-T-CA-ATTGTT-GA-CT-GCGA-GCTA------G-A-TGA-ACA--AA--CA-T---AA--T-TGTGAAAGACG-GA-T-T--CC--CAA-C--CA-CAC-T-TCC--CACC-CT-ACT--GC-AG-TCC--CTACGACATCTAG
gi|87460 : AGC--AGA-CT-T-GGT-----TAT-GATG--CCTCC-A--------TC-TTT-A-T-CA-ATTGTT-GA-CT-GCGA-GCTA------G-A-TGA-ACA--AA--CA-T---AA--T-TGTGAAAGACG-GA-T-T--CC--CAA-C--CA-CAC-T-TCC--CACC-CT-ACT--GC-AG-TCC--CTACGACATCTAG
gi|87461 : GA-AA-T-AAT-----CAT-GTTG--CT--C-A--------TC-TTCTG-T-CC-ACTGTT-GA-CT-GCTG-GCCA------G-C-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--C-T----TAGAA
gi|87462 : -GGT-----TGT-GCTG--CT--CCA--------TC-T-CTG-T-CC-ATTGTT-GA-CT-G--A-GCTA------G-C-CGA-ACA--AT--CT-TGTACA--A-C----AAGGA---A-T-T--TC---AA-CG-AG-A-C-T-GCC--CATC-AT-ACT--GC-AGATCC--TA---GT-TCT
gi|87463 : GG-ACCA------G-T-CTC-ACA--AA--CT-T---CA--T-C----AA-AAC-AA-T-T--CC--CCA-CT-TG-C-C-T-TGT--CATC-TT-CAT--TC-AGATCA--TT---CTATCTAG