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gi|69807                      : AACAAGAGTT-GTTCAGAA-GAACAAC-----------A-T----AG-C-TC--GGC-CGG-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----TCA-ACCCTATTCCC
gi|69808                      : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AA-C-TC--TCC-GGG-AAA-CATGATTACTCT--A--CT-----T-A-A-TCTATCCCCC
gi|69809                      : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-TAAT-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-AAG-CATGGCT---CT--A--TC-----T-A-A-ATTATTACCC
gi|69810                      : AAAAAGAAGT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------AAT----AG-C-TA--GCC-GGG-CAG-CATGG-----CTA-A--TC-----T-A-A-CCTCTTCTC
gi|69811                      : AACATGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAGC-----------A-T----AG-C-TC--ACT-GGG-AAG-TGTGG-----CT--C--TCCT---T-A-A-CTTAT
gi|69812                      : AACAAGATTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------C-T----AA-C-TC--GCC-GAG-GAA-CATGA-----C------TC-----T-A-C-CCc
gi|69813                      : AACAAGA-TT-GT--AGAA-GA-CA-T-----------A-T----AG-C-TT--GCC-GGG-C-G-CATGAA----CT--A--TC-----T-A-A-CGT-TTCCCccc
gi|69814                      : AAAAAGAGTT-GT-CAGAC-GA-CAAT-----------T-T----AG-T-TT--GCC-AGA-AAG-CATGA-----CT--A--AT-----T-C-A-CCTA--CCCC
gi|69815                      : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TT--GTG-GGG-AAG-TGCAA-----CT--
gi|69816                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TT--GCC-GGT-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
gi|69817                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC--GG-CAGCCATG------CT--AT-TC-----T-A-A--CTATCCCCC
gi|69818                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA--AAC-----------A-T----AG-------GCT-GGG-AAG-CACGAGT---CT--G--TT-----T-A-A-CGTATCCACC
gi|69819                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA--AAC-----------A-GA---AG-------GCT-GGG-AAG-CACGAGT---CT--G--TT-----T-A-A-CGTATCCCC
gi|69820                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GC
gi|69821                      :    AAGAGTT-GC-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TT--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CTTAA--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
gi|69822                      :      GAGTT-TT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AGCC-TC--ACC-AGG-CAG-CATGA-----CTA-A--TC-----T-A-A-CCTGCTCCCC
gi|69823                      :        GTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CT--AATCC-----T-A-A-CCAATTCCCCc
gi|69824                      :        GTT-GA-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--ACC-GGG-AAG-CATTA-----CT--CTTTT-----T-C-A-CCTATTCCC


blockSeqs                     :           T  T     A  A    GAGAACCAACA A ACAT  C A  CG   C   C   C     TTACT  TA AT  TAAGT A C C
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           A A     . .  .    .   .   .     CT     A  TT  CT    A T .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     GT     A  T   .     C . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     GT     .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     A      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
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blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
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blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
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blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .  .   .     . . .
blockSeqs                     :           .  .     .  .    .           . .     . .  .    .   .   .     .      .                 
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
finalCons                     : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC





Alignments
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lowQualScore                  :           .  .     .  .    ........... . ....  . .  ..   .   .   .     .....  .. ..  ..... . . .          
lowQualScore                  :           2  2     2  2    66666666666 4 7777  2 2  66   2   2   2     22222  11 77  88888 8 5 2          
consensus                     : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
Reference ( family-557 )      : AACAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
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gi|69810                      : AAAAAGAAGT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------AAT----AG-C-TA--GCC-GGG-CAG-CATGG-----CTA-A--TC-----T-A-A-CCTCTTCTC
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gi|69812                      : AACAAGATTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------C-T----AA-C-TC--GCC-GAG-GAA-CATGA-----C------TC-----T-A-C-CCc
gi|69813                      : AACAAGA-TT-GT--AGAA-GA-CA-T-----------A-T----AG-C-TT--GCC-GGG-C-G-CATGAA----CT--A--TC-----T-A-A-CGT-TTCCCccc
gi|69814                      : AAAAAGAGTT-GT-CAGAC-GA-CAAT-----------T-T----AG-T-TT--GCC-AGA-AAG-CATGA-----CT--A--AT-----T-C-A-CCTA--CCCC
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gi|69816                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TT--GCC-GGT-CAG-CATGA-----CT--A--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
gi|69817                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC--GG-CAGCCATG------CT--AT-TC-----T-A-A--CTATCCCCC
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gi|69819                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA--AAC-----------A-GA---AG-------GCT-GGG-AAG-CACGAGT---CT--G--TT-----T-A-A-CGTATCCCC
gi|69820                      :   CAAGAGTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GC
gi|69821                      :    AAGAGTT-GC-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TT--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CTTAA--TC-----T-A-A-CCTATTCCCC
gi|69822                      :      GAGTT-TT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AGCC-TC--ACC-AGG-CAG-CATGA-----CTA-A--TC-----T-A-A-CCTGCTCCCC
gi|69823                      :        GTT-GT-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--GCC-GGG-CAG-CATGA-----CT--AATCC-----T-A-A-CCAATTCCCCc
gi|69824                      :        GTT-GA-CAGAA-GA-CAAC-----------A-T----AG-C-TC--ACC-GGG-AAG-CATTA-----CT--CTTTT-----T-C-A-CCTATTCCC