lowQualScore : 1 111 222222 11 1 2222
lowQualScore : 1 0 3 3333 1 77777 1 1 1 555 1 1 33 11 11 55555555 2 11 66666666666 2222 777777 44 222 1 33 1 5 1 8888
lowQualScore : . . . .... . ..... . . . ... . . .. .. .. ........ . .. ........... .... ...... .. ... . .. . . . ....
lowQualScore : 7 6 0 1111 4 11111 4 5 4 999 4 3 11 88 77 99999999 6 77 11111111111 7777 333333 88 333 3 33 3 6 4 6666
consensus : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAT-AATGA-ACA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---TATTGT--TAA---G-TAATGA-TGAAAG-TGAAGTAGA--TGAAATTCACATGA
Reference ( gi|85611 ) : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAT-ATTGA-ACA--TT-TTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---GGTTGT--TAA---G-TAGCGA-TGAACG-TGAAGTAGAT-TCAAATTCACATGA
gi|85613 : TTA-AAGTATTTAA-T----GTATAG-CGATG-----GGAA-ATTAA-ACA--GT-TTTG-AA--TGA--TT--T------GAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTC---TCTTGC--AAA---G-TGATGA-TGAAAG-TAAAGTAGA--TGAAATTCACATGA
gi|85614 : TTG-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CTAAA-----GGAT-AATAA-ACA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTA---TATTGT--AAA---G-TGATGA-TTAAAG-TGAAGTAGAT-T-GAATTCGTAGGA
gi|85616 : TTA-AGGTATCCAA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGAT-AATGT-ACAAATT-TTT--AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---TGTTGT--GAA---G-TGTTGA-TGAAAG-TGA--TGAATATGAAATTCACTTGA
gi|85617 : TTA-AGGTATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGAT-ATTAA-ACA--AT-TTGG-AA--TGG--TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---CATTGT--ATA---G-TAATGA-TGAAAG-CGAAATGGAC-T
gi|85612 : TTA-AGGTATTACA-T----GTATAA-TGAAG-----GGAT-AATGA-AGA--AT-ATTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---TATAGT--TAA---G-TAATGG-TGAAAG-TAAAGTAAA--TGACATTCATATGAga
gi|85618 : TTA-AG-TATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGAT-ATTAA-ACA--AT-TTGG-AA--TG---TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---CATTGT--ATA---G-TAATGA-TGAAAG-CGAAATGGAC-TGAAA
gi|85615 : TTA-AGG-ATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGT-GC-GA-AGA--AT-TTTATAA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---TATAGT--TAA---G-TAATGG-TGAAAGATGAAGTAGA--TGAAATTCACATGA
gi|85619 : TTG-AGGTATTTAA-TTAATGTATAA-CGAAA-----GGAT-AATGA-ACA----------AG------------------AAA-TAAA--CA-----------TA----AATGGC---TGTTGT--TAA---G-TAATGA-TAAAAG-AGAAGTAGA--TGAAATTCACATGA
gi|85620 : TTA-AGGTACTCCA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGAT--------------------AA--TGA--TT--T------GTA-TCGA--CA-----------AA----AATGTT---TATTGT--TAA---A-TAATGA-TGTAAG-TGAAGTAGA--TGAAATTCACATGA
gi|85623 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CAAAA-----GGAT-AATGA-ACA--AT-TATG-GATTTGT--TT--TCTTCAAAAA-TCAG--CA-----------CAAATTAATGTCTA-TATTGA--TAA---G-TATTGA-TAAAAG-TG-AGCGGGG-TGAAATTTACATGA
gi|85621 : TTA-AGGTATTAAGCT----GTATAA-T-AAG-----GGGT-GATG---CA--TGATTTG-AA--TGG--TT--T------TA--TCAA--CA-----------TA----C-TGTC---TATAGT--TAA---G-TAATGG-TGAAAG-TAAAGTAGAA-TGAAATTCACATGA
gi|85624 : TTA-AGGTTTTCAA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGC-AATGA-ACA--AT-TTTA-AA--CGA--TT--T-------AA-TCAA--AA-----------TT----AATGT------TTGT--TAA---A-TAATGA-TAAA
gi|85622 : TTA-AGGTATTAGA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGT-GATGA-AGA--AT-TTGG-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------T------AT----------------A---G-TAATGG-TGAAAG-TGAAGTAGA--TGAAATTCagaactag
gi|85628 : TTA-AGATATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAA-AATGACAAA--TT-TTT--AA--TGA--AT--T------GAA-TCAA--CAGCTATGTGTATTA----TGTGTG---TATTGT--TAA---A-TAATGA-TGA--G-CGA--------TCACATTCACACGA
gi|85626 : TTATAGGTATTCAA-T----ATTAAA-TGCGA-----GGAG-ATTGG-TCA--AT-TTTG-AA--TAA--TT--G------AAA-TCTA--GT-----------TG----AATGTT---TAATGC--CAG---A-TATTGA-TGAAAG-TAAAATAGA--TCAAATTCACATGA
gi|85625 : TTA-AGGTATTTAA-A----GTATAA-CTAAACTAAAGGAT-AATGA-ACA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGT------TTCTAATAA---G-TAATAA-TGAGAG-TTACGTAG
gi|85627 : TTA-AGGTAT-CAG-T----ATATAA-TGAAG-----GGGT-GAAGA-AGA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--TA----------------------------------TAA---G-TAATGG-TGAAAG-TGAAGTAGAT-
gi|85629 : TTA-AGGTATTAAA-T----GTATAA-TG-AA-----GGCT-GATGA-AGA--AT-TTTG-AAT-TGA--TT--T-------AA-TCAA--Cgaaa
gi|85630 : TA-AGGTATTCAA-T----GCATAATCGAAA-----GGAT-AATGA-ACA--AT-TTTA-AA--TGA--TT--T------
gi|85631 : A-AGGAATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTGATGGA-AGA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---TATAGT--TAA---G-TAATGG-TGAAAG-TGAAGTAG-----AAATTCACATGA
gi|85632 : A-AGGTCTTCAA-T----GTGCGA-CGAAA-----TGGT-AACGA-ACA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--C------AAA-TCAA--CG-----------TC----AATATT---TGTTGTA-TAA---ATTAATAA-TGAAAG-TGAAGTAG
gi|85634 : -AGGTAATAGA-T-----TATA--TGAAG-----GGAT-AATGA-GAA--TT-TT---GA--TGA--TT--T------A---TTAAATCA-----------TA----A-TGTT---AATAGT--TA----G-TATTGG-TGAAAG-TAAAGTAG---TGAAATTCAAATGActgaaa
gi|85633 : -AGGTATTTAAAG----GTATAA-CTAAACTAAAGGAT-AATGA-ACA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGT------TTCTAATAA---G-TAATAATTGAGAG-TTACGTAG
gi|85635 : TATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----AGGT-GATGA-AGA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---TATAGT--CAA---G-TAATGC-TGAAAG-TGAAGAAGA--TGAAATTCACATGA
gi|85637 : TATTCAA-T----GTATAA-CGACA-----TGAT-TCTAA-ACA--AT-TTTG-AG--TGAATTTAAT------AAA-TCAA--CA-----------CA----AAAGTC---TATTGT--TAA---G-TTATGA-TGAAAG-TGATGCAGA--TGAAATTCACATAA
gi|85636 : AA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAT-AATGA-ACA--AT-TTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TC-----------------------AATGTC---TTTTGT--TTA---G-TAATGA-GGAATG-TGAAGCTGA--TCAAATTCACATGA
gi|85638 : tagta-T----ATATAA-CGAAA-----GGAT-AATAA-ACA--AG-TTTG-AA--TGA--TT--TATA---AAA-GGAA--CC-----------TA----AATGTG---TATTGT--GAAATTA-TAAAGA-TGAAAG-TGAAG-AGAT-TAAAATTCACACGA
gi|85639 : ATAA-TGAAG-----GGGT-GATGA-AGA--AT-TTTG-AA--TTC--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AACGTG---TATAGT--TAA---G-TA
gi|85640 : G-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA---------------------TA----G-TAATGG-TGAAAG-TGAAGTAGA--TGAAATTCa
gi|85641 : -AA--TGA--TT--T------TAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC---AGTTGT--AAA---A-TAATGA-TGAAAA-TAAAGTATA--TCAAATTCACATGA
gi|85642 : --TGA--TA--T------AGA-TCAA--TA-----------TA----TATGTA---CATTAT--TAA---G-TAACGA-TGAAAA-TGAAGTAGA--TAAAATTCACATGA
gi|85643 : T--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTCTAAAGTTAG--TAA---A-T--TGG-TGAA-A-TGAAGTAGA--TGAAATT
gi|85644 : AA--CA-----------TA----A-TGTC---TATTGT--TAA---G-TAATGG-TGAAAG-TGAAGTAG-T-TGAAATTCATATGA
Alignments
lowQualScore : 1 0 2 3333 1 66666 1 0 1 1 33 11 11 66666666 2 11 55555555555 2222 222 1 1 222 1 11 1 1 1 5
lowQualScore : . . . .... . ..... . . . . .. .. .. ........ . .. ........... .... ... . . ... . .. . . . .
lowQualScore : 7 2 9 0000 4 99999 4 9 4 3 00 77 77 22222222 5 77 99999999999 7777 555 0 2 222 2 77 3 3 3 7
consensus : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
Reference ( family-556 ) : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85611 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATATTG-AACAT-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--GGTTGT-TAA---G-TAG--CGA-TGAACG-TGAAGTAG-ATTCAAATTCACATGA
gi|85612 : TTA-AGGTATTACA-T----GTATAA-TGAAG-----GGATAATG-AAGAA-TATTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TAAAGTAA-A-TGACATTCATATGA
gi|85613 : TTA-AAGTATTTAA-T----GTATAG-CGATG-----GGAAATTA-AACAG-TTTTG-AA--TGA--TT--T------GAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTC--TCTTGC-AAA---G-TGA--TGA-TGAAAG-TAAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85614 : TTG-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CTAAA-----GGATAATA-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTA--TATTGT-AAA---G-TGA--TGA-TTAAAG-TGAAGTAG-A-TTGAATTCGTAGGA
gi|85615 : TTA-AGG-ATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTG-CG-AAGAA-TTTTATAA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAGATGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85616 : TTA-AGGTATCCAA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGATAATG-TACAAATTTTT-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TGTTGT-GAA---G-TGT--TGA-TGAAAG-TGATGAAT-A-TGAAATTCACTTGA
gi|85617 : TTA-AGGTATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGATATTA-AACAA-TTTGG-AA--TGG--TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--CATTGT-ATA---G-TAA--TGA-TGAAAG-CGAAATGG-ACTGA
gi|85618 : TTA-AG-TATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGATATTA-AACAA-TTTGG-AA--TG---TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--CATTGT-ATA---G-TAA--TGA-TGAAAG-CGAAATGG-ACTGAAA
gi|85619 : TTG-AGGTATTTAA-TTAATGTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA------------GA--------------AA-TAAA--CA-----------TA----AATGGC--TGTTGT-TAA---G-TAA--TGA-TAAAAG-AGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85620 : TTA-AGGTACTCCA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGATAATG-A------TTTG-----T-----------------A-TCGA--CA-----------AA----AATGTT--TATTGT-TAA---A-TAA--TGA-TGTAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85621 : TTA-AGGTATTAAGCT----GTATAA-T-AAG-----GGGTGATG-CATGA-TTT-G-AA--TGG--TT--T------TA--TCAA--CA-----------TA----C-TGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TAAAGTAGAA-TGAAATTCACATGA
gi|85622 : TTA-AGGTATTAGA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGTGATG-AAGAA-TTTGG-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA-------------------TA----G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTC
gi|85623 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CAAAA-----GGATAATG-AACAA-TTATG-GATTTGT--TT--TCTTCAAAAA-TCAG--CA-----------CAAATTAATGTCTATATTGA-TAA---G-TAT--TGA-TAAAAG-TGAGCGGG-G-TGAAATTTACATGA
gi|85624 : TTA-AGGTTTTCAA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGCAATG-AACAA-TTTTA-AA--CGA--TT--T-------AA-TCAA--AA-----------TT----AATGT-----TTGT-TAA---A-TAA--TGA-TAAAA---GAACTAG-
gi|85625 : TTA-AGGTATTTAA-A----GTATAA-CTAAACTAAAGGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGTT--T-CTAA-TAA---G-TAA--TAA-TGAGAG-TTACGTAG-
gi|85626 : TTATAGGTATTCAA-T----ATTAAA-TGCGA-----GGAGATTG-GTCAA-TTTTG-AA--TAA--TT--G------AAA-TCTA--GT-----------TG----AATGTT--TAATGC-CAG---A-TAT--TGA-TGAAAG-TAAAATAG-A-TCAAATTCACATGA
gi|85627 : TTA-AGGTAT-CAG-T----ATATAA-TGAAG-----GGGTGAAG-AAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--TA--------------------------------TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAA
gi|85628 : TTA-AGATATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAAAATG-ACAAA-TTTTT-AA--TGA--AT--T------GAA-TCAA--CAGCTATGTGTATTA----TGTGTG--TATTGT-TAA---A-TAA--TGA-TG--AG-C------G-A-TCACATTCACACGA
gi|85629 : TTA-AGGTATTAAA-T----GTATAA-TG-AA-----GGCTGATG-AAGAA-TTTTG-AAT-TGA--TT--T-------AA-TCAA--C
gi|85630 : TA-AGGTATTCAA-T----GCATAATCGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTA-AA--TGA--TT--T------
gi|85631 : A-AGGAATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTGATGGAAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTA-----GAAATTCACATGA
gi|85632 : A-AGGTCTTCAA-T----GTGCGA-CGAAA-----TGGTAACG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--C------AAA-TCAA--CG-----------TC----AATATT--TGTTGTATAA---ATTAA--TAA-TGAAAG-TGAAGTAG-C-TGAAA
gi|85633 : -AGGTATTTAAAG----GTATAA-CTAAACTAAAGGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGTT--T-CTAA-TAA---G-TAA--TAATTGAGAG-TTACGTAG-
gi|85634 : -AGGTAATAGA-T-----TATA--TGAAG-----GGATAATG-AG-AA-TTTTG-A---TGA--TT--T------A---TTAAATCA-----------TA----A-TGTT--AATAGT-TA----G-TAT--TGG-TGAAAG-TAAAGTAG---TGAAATTCAAATGA
gi|85635 : TATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----AGGTGATG-AAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-CAA---G-TAA--TGC-TGAAAG-TGAAGAAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85636 : AA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TC-----------------------AATGTC--TTTTGT-TTA---G-TAA--TGA-GGAATG-TGAAGCTG-A-TCAAATTCACATGA
gi|85637 : tagtaTATTCAA-T----GTATAA-CGACA-----TGATTCTA-AACAA-TTTTG-AG--TGAATTTAAT------AAA-TCAA--CA-----------CA----AAAGTC--TATTGT-TAA---G-TTA--TGA-TGAAAG-TGATGCAG-A-TGAAATTCACATAA
gi|85638 : -T----ATATAA-CGAAA-----GGATAATA-AACAA-GTTTG-AA--TGA--TT--TATA---AAA-GGAA--CC-----------TA----AATGTG--TATTGT-GAAATTA-TAA--AGA-TGAAAG-TGAAG-AG-ATTAAAATTCACACGA
gi|85639 : ATAA-TGAAG-----GGGTGATG-AAGAA-TTTTG-AA--TTC--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AACGTG--TATAGT-TAA---G-TAA--
gi|85640 : G-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA-------------------TA----G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTC
gi|85641 : -AA--TGA--TT--T------TAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--AGTTGT-AAA---A-TAA--TGA-TGAAAA-TAAAGTAT-A-TCAAATTCACATGA
gi|85642 : --TGA--TA--T------AGA-TCAA--TA-----------TA----TATGTA--CATTAT-TAA---G-TAA--CGA-TGAAAA-TGAAGTAG-A-TAAAATTCACATGA
gi|85643 : T--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TAAAGT-T-A---G-TAAATTGG-TGAAA--TGAAGTAG-A-TGAAATT
gi|85644 : AA--CA-----------TA----A-TGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-T-TGAAATTCATATGA
Alignments
lowQualScore : 1 0 2 3333 1 66666 1 0 1 1 33 11 11 66666666 2 11 55555555555 2222 222 1 1 222 1 11 1 1 1 5
lowQualScore : . . . .... . ..... . . . . .. .. .. ........ . .. ........... .... ... . . ... . .. . . . .
lowQualScore : 7 2 9 0000 4 99999 4 9 4 3 00 77 77 22222222 5 77 99999999999 7777 555 0 2 222 2 77 3 3 3 7
consensus : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
Reference ( family-556 ) : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85611 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATATTG-AACAT-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--GGTTGT-TAA---G-TAG--CGA-TGAACG-TGAAGTAG-ATTCAAATTCACATGA
gi|85612 : TTA-AGGTATTACA-T----GTATAA-TGAAG-----GGATAATG-AAGAA-TATTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TAAAGTAA-A-TGACATTCATATGA
gi|85613 : TTA-AAGTATTTAA-T----GTATAG-CGATG-----GGAAATTA-AACAG-TTTTG-AA--TGA--TT--T------GAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTC--TCTTGC-AAA---G-TGA--TGA-TGAAAG-TAAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85614 : TTG-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CTAAA-----GGATAATA-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTA--TATTGT-AAA---G-TGA--TGA-TTAAAG-TGAAGTAG-A-TTGAATTCGTAGGA
gi|85615 : TTA-AGG-ATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTG-CG-AAGAA-TTTTATAA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAGATGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85616 : TTA-AGGTATCCAA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGATAATG-TACAAATTTTT-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TGTTGT-GAA---G-TGT--TGA-TGAAAG-TGATGAAT-A-TGAAATTCACTTGA
gi|85617 : TTA-AGGTATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGATATTA-AACAA-TTTGG-AA--TGG--TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--CATTGT-ATA---G-TAA--TGA-TGAAAG-CGAAATGG-ACTGA
gi|85618 : TTA-AG-TATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGATATTA-AACAA-TTTGG-AA--TG---TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--CATTGT-ATA---G-TAA--TGA-TGAAAG-CGAAATGG-ACTGAAA
gi|85619 : TTG-AGGTATTTAA-TTAATGTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA------------GA--------------AA-TAAA--CA-----------TA----AATGGC--TGTTGT-TAA---G-TAA--TGA-TAAAAG-AGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85620 : TTA-AGGTACTCCA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGATAATG-A------TTTG-----T-----------------A-TCGA--CA-----------AA----AATGTT--TATTGT-TAA---A-TAA--TGA-TGTAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85621 : TTA-AGGTATTAAGCT----GTATAA-T-AAG-----GGGTGATG-CATGA-TTT-G-AA--TGG--TT--T------TA--TCAA--CA-----------TA----C-TGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TAAAGTAGAA-TGAAATTCACATGA
gi|85622 : TTA-AGGTATTAGA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGTGATG-AAGAA-TTTGG-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA-------------------TA----G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTC
gi|85623 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CAAAA-----GGATAATG-AACAA-TTATG-GATTTGT--TT--TCTTCAAAAA-TCAG--CA-----------CAAATTAATGTCTATATTGA-TAA---G-TAT--TGA-TAAAAG-TGAGCGGG-G-TGAAATTTACATGA
gi|85624 : TTA-AGGTTTTCAA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGCAATG-AACAA-TTTTA-AA--CGA--TT--T-------AA-TCAA--AA-----------TT----AATGT-----TTGT-TAA---A-TAA--TGA-TAAAA---GAACTAG-
gi|85625 : TTA-AGGTATTTAA-A----GTATAA-CTAAACTAAAGGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGTT--T-CTAA-TAA---G-TAA--TAA-TGAGAG-TTACGTAG-
gi|85626 : TTATAGGTATTCAA-T----ATTAAA-TGCGA-----GGAGATTG-GTCAA-TTTTG-AA--TAA--TT--G------AAA-TCTA--GT-----------TG----AATGTT--TAATGC-CAG---A-TAT--TGA-TGAAAG-TAAAATAG-A-TCAAATTCACATGA
gi|85627 : TTA-AGGTAT-CAG-T----ATATAA-TGAAG-----GGGTGAAG-AAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--TA--------------------------------TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAA
gi|85628 : TTA-AGATATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAAAATG-ACAAA-TTTTT-AA--TGA--AT--T------GAA-TCAA--CAGCTATGTGTATTA----TGTGTG--TATTGT-TAA---A-TAA--TGA-TG--AG-C------G-A-TCACATTCACACGA
gi|85629 : TTA-AGGTATTAAA-T----GTATAA-TG-AA-----GGCTGATG-AAGAA-TTTTG-AAT-TGA--TT--T-------AA-TCAA--C
gi|85630 : TA-AGGTATTCAA-T----GCATAATCGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTA-AA--TGA--TT--T------
gi|85631 : A-AGGAATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTGATGGAAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTA-----GAAATTCACATGA
gi|85632 : A-AGGTCTTCAA-T----GTGCGA-CGAAA-----TGGTAACG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--C------AAA-TCAA--CG-----------TC----AATATT--TGTTGTATAA---ATTAA--TAA-TGAAAG-TGAAGTAG-C-TGAAA
gi|85633 : -AGGTATTTAAAG----GTATAA-CTAAACTAAAGGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGTT--T-CTAA-TAA---G-TAA--TAATTGAGAG-TTACGTAG-
gi|85634 : -AGGTAATAGA-T-----TATA--TGAAG-----GGATAATG-AG-AA-TTTTG-A---TGA--TT--T------A---TTAAATCA-----------TA----A-TGTT--AATAGT-TA----G-TAT--TGG-TGAAAG-TAAAGTAG---TGAAATTCAAATGA
gi|85635 : TATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----AGGTGATG-AAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-CAA---G-TAA--TGC-TGAAAG-TGAAGAAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85636 : AA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TC-----------------------AATGTC--TTTTGT-TTA---G-TAA--TGA-GGAATG-TGAAGCTG-A-TCAAATTCACATGA
gi|85637 : tagtaTATTCAA-T----GTATAA-CGACA-----TGATTCTA-AACAA-TTTTG-AG--TGAATTTAAT------AAA-TCAA--CA-----------CA----AAAGTC--TATTGT-TAA---G-TTA--TGA-TGAAAG-TGATGCAG-A-TGAAATTCACATAA
gi|85638 : -T----ATATAA-CGAAA-----GGATAATA-AACAA-GTTTG-AA--TGA--TT--TATA---AAA-GGAA--CC-----------TA----AATGTG--TATTGT-GAAATTA-TAA--AGA-TGAAAG-TGAAG-AG-ATTAAAATTCACACGA
gi|85639 : ATAA-TGAAG-----GGGTGATG-AAGAA-TTTTG-AA--TTC--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AACGTG--TATAGT-TAA---G-TAA--
gi|85640 : G-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA-------------------TA----G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTC
gi|85641 : -AA--TGA--TT--T------TAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--AGTTGT-AAA---A-TAA--TGA-TGAAAA-TAAAGTAT-A-TCAAATTCACATGA
gi|85642 : --TGA--TA--T------AGA-TCAA--TA-----------TA----TATGTA--CATTAT-TAA---G-TAA--CGA-TGAAAA-TGAAGTAG-A-TAAAATTCACATGA
gi|85643 : T--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TAAAGT-T-A---G-TAAATTGG-TGAAA--TGAAGTAG-A-TGAAATT
gi|85644 : AA--CA-----------TA----A-TGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-T-TGAAATTCATATGA
blockSeqs : T C TAAT T CTAAA G A T TT AT AA CTTCAAAA C AT GCTATGTGTAT AATT CTA A ATT T AT T A A C
blockSeqs : . A . . CTAAA . . . T . . ATAAA C . . . C . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GA . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TA . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AG . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
finalCons : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
Alignments
lowQualScore : 1 0 2 3333 1 66666 1 0 1 1 33 11 11 66666666 2 11 55555555555 2222 222 1 1 222 1 11 1 1 1 5
lowQualScore : . . . .... . ..... . . . . .. .. .. ........ . .. ........... .... ... . . ... . .. . . . .
lowQualScore : 7 2 9 0000 4 99999 4 9 4 3 00 77 77 22222222 5 77 99999999999 7777 555 0 2 222 2 77 3 3 3 7
consensus : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
Reference ( family-556 ) : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGA-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85611 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATATTG-AACAT-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--GGTTGT-TAA---G-TAG--CGA-TGAACG-TGAAGTAG-ATTCAAATTCACATGA
gi|85612 : TTA-AGGTATTACA-T----GTATAA-TGAAG-----GGATAATG-AAGAA-TATTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TAAAGTAA-A-TGACATTCATATGA
gi|85613 : TTA-AAGTATTTAA-T----GTATAG-CGATG-----GGAAATTA-AACAG-TTTTG-AA--TGA--TT--T------GAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTC--TCTTGC-AAA---G-TGA--TGA-TGAAAG-TAAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85614 : TTG-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CTAAA-----GGATAATA-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-CCAA--CA-----------TA----AATGTA--TATTGT-AAA---G-TGA--TGA-TTAAAG-TGAAGTAG-A-TTGAATTCGTAGGA
gi|85615 : TTA-AGG-ATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTG-CG-AAGAA-TTTTATAA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAGATGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85616 : TTA-AGGTATCCAA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGATAATG-TACAAATTTTT-AA--TGA--TT--T------AAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TGTTGT-GAA---G-TGT--TGA-TGAAAG-TGATGAAT-A-TGAAATTCACTTGA
gi|85617 : TTA-AGGTATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGATATTA-AACAA-TTTGG-AA--TGG--TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--CATTGT-ATA---G-TAA--TGA-TGAAAG-CGAAATGG-ACTGA
gi|85618 : TTA-AG-TATTCAA-T----ATACAA-CGAAA-----GGATATTA-AACAA-TTTGG-AA--TG---TT--T------CAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--CATTGT-ATA---G-TAA--TGA-TGAAAG-CGAAATGG-ACTGAAA
gi|85619 : TTG-AGGTATTTAA-TTAATGTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA------------GA--------------AA-TAAA--CA-----------TA----AATGGC--TGTTGT-TAA---G-TAA--TGA-TAAAAG-AGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85620 : TTA-AGGTACTCCA-T----GTTTAA-CGAAA-----GGATAATG-A------TTTG-----T-----------------A-TCGA--CA-----------AA----AATGTT--TATTGT-TAA---A-TAA--TGA-TGTAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85621 : TTA-AGGTATTAAGCT----GTATAA-T-AAG-----GGGTGATG-CATGA-TTT-G-AA--TGG--TT--T------TA--TCAA--CA-----------TA----C-TGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TAAAGTAGAA-TGAAATTCACATGA
gi|85622 : TTA-AGGTATTAGA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGTGATG-AAGAA-TTTGG-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA-------------------TA----G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTC
gi|85623 : TTA-AGGTATTCAA-T----GTATAA-CAAAA-----GGATAATG-AACAA-TTATG-GATTTGT--TT--TCTTCAAAAA-TCAG--CA-----------CAAATTAATGTCTATATTGA-TAA---G-TAT--TGA-TAAAAG-TGAGCGGG-G-TGAAATTTACATGA
gi|85624 : TTA-AGGTTTTCAA-T----GTATAA-TGAAA-----GGGCAATG-AACAA-TTTTA-AA--CGA--TT--T-------AA-TCAA--AA-----------TT----AATGT-----TTGT-TAA---A-TAA--TGA-TAAAA---GAACTAG-
gi|85625 : TTA-AGGTATTTAA-A----GTATAA-CTAAACTAAAGGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGTT--T-CTAA-TAA---G-TAA--TAA-TGAGAG-TTACGTAG-
gi|85626 : TTATAGGTATTCAA-T----ATTAAA-TGCGA-----GGAGATTG-GTCAA-TTTTG-AA--TAA--TT--G------AAA-TCTA--GT-----------TG----AATGTT--TAATGC-CAG---A-TAT--TGA-TGAAAG-TAAAATAG-A-TCAAATTCACATGA
gi|85627 : TTA-AGGTAT-CAG-T----ATATAA-TGAAG-----GGGTGAAG-AAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--TA--------------------------------TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAA
gi|85628 : TTA-AGATATTCAA-T----GTATAA-CGAAA-----GGAAAATG-ACAAA-TTTTT-AA--TGA--AT--T------GAA-TCAA--CAGCTATGTGTATTA----TGTGTG--TATTGT-TAA---A-TAA--TGA-TG--AG-C------G-A-TCACATTCACACGA
gi|85629 : TTA-AGGTATTAAA-T----GTATAA-TG-AA-----GGCTGATG-AAGAA-TTTTG-AAT-TGA--TT--T-------AA-TCAA--C
gi|85630 : TA-AGGTATTCAA-T----GCATAATCGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTA-AA--TGA--TT--T------
gi|85631 : A-AGGAATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----GGGTGATGGAAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTA-----GAAATTCACATGA
gi|85632 : A-AGGTCTTCAA-T----GTGCGA-CGAAA-----TGGTAACG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--C------AAA-TCAA--CG-----------TC----AATATT--TGTTGTATAA---ATTAA--TAA-TGAAAG-TGAAGTAG-C-TGAAA
gi|85633 : -AGGTATTTAAAG----GTATAA-CTAAACTAAAGGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAACTTAA--CT-----------TA----AAGGTT--T-CTAA-TAA---G-TAA--TAATTGAGAG-TTACGTAG-
gi|85634 : -AGGTAATAGA-T-----TATA--TGAAG-----GGATAATG-AG-AA-TTTTG-A---TGA--TT--T------A---TTAAATCA-----------TA----A-TGTT--AATAGT-TA----G-TAT--TGG-TGAAAG-TAAAGTAG---TGAAATTCAAATGA
gi|85635 : TATTAGA-T----GTATAA-TGAAG-----AGGTGATG-AAGAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TATAGT-CAA---G-TAA--TGC-TGAAAG-TGAAGAAG-A-TGAAATTCACATGA
gi|85636 : AA-T----GTATAA-CGAAA-----GGATAATG-AACAA-TTTTG-AA--TGA--TT--T------AAA-TC-----------------------AATGTC--TTTTGT-TTA---G-TAA--TGA-GGAATG-TGAAGCTG-A-TCAAATTCACATGA
gi|85637 : tagtaTATTCAA-T----GTATAA-CGACA-----TGATTCTA-AACAA-TTTTG-AG--TGAATTTAAT------AAA-TCAA--CA-----------CA----AAAGTC--TATTGT-TAA---G-TTA--TGA-TGAAAG-TGATGCAG-A-TGAAATTCACATAA
gi|85638 : -T----ATATAA-CGAAA-----GGATAATA-AACAA-GTTTG-AA--TGA--TT--TATA---AAA-GGAA--CC-----------TA----AATGTG--TATTGT-GAAATTA-TAA--AGA-TGAAAG-TGAAG-AG-ATTAAAATTCACACGA
gi|85639 : ATAA-TGAAG-----GGGTGATG-AAGAA-TTTTG-AA--TTC--TT--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AACGTG--TATAGT-TAA---G-TAA--
gi|85640 : G-AA--TGG--TT--T------ACA-TCAA--CA-----------TA-------------------TA----G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-A-TGAAATTC
gi|85641 : -AA--TGA--TT--T------TAA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--AGTTGT-AAA---A-TAA--TGA-TGAAAA-TAAAGTAT-A-TCAAATTCACATGA
gi|85642 : --TGA--TA--T------AGA-TCAA--TA-----------TA----TATGTA--CATTAT-TAA---G-TAA--CGA-TGAAAA-TGAAGTAG-A-TAAAATTCACATGA
gi|85643 : T--T------ATA-TCAA--CA-----------TA----AATGTC--TAAAGT-T-A---G-TAAATTGG-TGAAA--TGAAGTAG-A-TGAAATT
gi|85644 : AA--CA-----------TA----A-TGTC--TATTGT-TAA---G-TAA--TGG-TGAAAG-TGAAGTAG-T-TGAAATTCATATGA