lowQualScore                  :                1      44 11 88888         0 0  22 44444  0 111     0 66666 3333 11 11 88888     1 11   1 1 77777777777 77 44  6666 11 9999999  1 2 2   11  55  222       1    44444    11 777777    77    1       
lowQualScore                  :                .      .. .. .....         . .  .. .....  . ...     . ..... .... .. .. .....     . ..   . . ........... .. ..  .... .. .......  . . .   ..  ..  ...       .    .....    .. ......    ..    .       
lowQualScore                  :                9      44 55 11111         9 9  00 99999  8 444     8 99999 1111 99 66 77777     2 66   2 2 00000000000 99 77  9999 66 7777777  2 5 5   77  00  222       2    44444    44 666666    11    3       
consensus                     :         TTTCCTC-CTGAAA--T--AAT---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CG-T-A--TC-G--A--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-C--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTG
Reference ( gi|83242 )        :         TTTCCTC-CTGAAA--T--AAT---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-G--A--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-C--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----A-TTAAC-GTCG-ATCCCTG
gi|83241                      :         TTTCCTC-CTGAAA--T--AAT---CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-G--A--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-C--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCACTG
gi|83240                      :         TTTCTTT-CTGAAA--T--AAT---CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-G--A--T-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-T--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTG
gi|83243                      :         TTTCTGT-CTGTGA--T--AAT---TACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TT-G--A--G-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-T--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-A----A-TTAAT-GTCG-ATCCCTG
gi|83244                      :         TTTCTTT-CTGAAA--T--AAC---CACTTGCCC---ATTTC-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-G--A--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GTT--TT-T-C-ACT--TG-TCT---TGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTG
gi|83246                      :         TTTCTTT-CTGAAA--T--AAT---CACTTGCCC-G-AT--T-----TG-A---CAAGC-G--TG-T-A--TC-A--A--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-T--TT-T-C-ACT--TG-TAA---TGGGCAA-TCGG-----ACAAC-G----G-TTGAT-GTCG-ATCCCTG
gi|83249                      :         TTCCCTCGCTGAA---T--AAT---C-CTTGTCCCG-AT--C-----GT-A---CAAGT-G--TG-T-A--TT-G--A--G-TTTCAC-T--TGT-CGC-----------G--A--AC----T--GG-C-T--TT-T-C-ACTGTTG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCGCTG
gi|83248                      :        tTTTTTTC-CTGAAA--T--AAT---CACTTGCCA-G-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-A--A--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-A-T--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-T--------------C----A-TAAAT-GTCA-ATCCCTG
gi|83250                      :         TTTCCTA-CTGAAAA-T--AAT---CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--GG-T-AT-TC-G--A--G--TTCAC-T--TGTCC-C-----------G--A--AC----T---G-G-C--TT-T-C-ACT--GC-TCC---C-GGCAATTCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCC
gi|83251                      :         TTTCCTC-CTGAGAGAT--AAT---CACTTGCCC-GCAT--CA----AG-A---TAAGTCG--TG-T-A--TT-G--G------TCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-CT-TT-T-C-ACT--TG-TCC---C-GGCAA-TCGG-----ACAGCGC----G-TTAACTGTCGAATCCCTG
gi|83247                      :          TTTCTT-CTGAAA--T--AATC--CACTTGCCC-G-AT--C------G-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-T--A--A-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-G-G--TT-T-C-ACT--TGTTCC---C--GCAA-TCGGA----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCC
gi|83252                      :           TCTTT-ATGAAA--T--AAT---CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-----CAAGT-GTTTG-T-A--TT-G--A--G--TTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GA-A-C--TT-T-T-ACT--TG--CC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----GTTTAAT-GTCG-ATCCCTG
gi|83254                      :           TCCTC-CTGAAA--T--AAA---CA-TTGCCT-G-AT--CG----GG-A---CAAGT-G---G-A-G--TT-G--A--GCTTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AT----T--GG-G-C--TT-TCC-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGGGACAAACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTG
gi|83256                      :             CTC-C--AAA--T--G-----CACTTGTGC-G-AT--C-----GG-A---CAA
gi|83245                      :   ctgaacaaattag-CTGTAA--T--ATT---TACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TA-TTA--TT-G--A--G-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AT----T--GG-G-T--TT-T-C-ACT--TG-TCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTGtttgacttgtccgatcacaaattgaactggacacggacaatcagacaaacgttaatgttgagccctg
gi|83255                      :         tttttgt-CTGAAA--T--ATT---CGCTTGACC-A-AT--T-----GG-A---CGAGT-A--TG-T-C--TG-A--A--G-TTTCAC-TTCTAT-A-C-----------A--A--AC----C--AA-G-A--TT-T-C-ATT--TG-TCC---TGGAGAA-TCAG-----AAAAC-T----G-TTAAT-GTTG-
gi|83256                      :                -CTGAAC--A--AAT---TAGTTGTCC-G-AT--C-----GC-A---CAAGT-G--CA-T-T--TG-G--A--G-TTTGAC-T--TGT-C-C-----------G--A--TC----A--CA-A-A--TT-G-A-ACT--GG-ACA---CGGACAA-TCAG-----ACAAA-C----G-TTAAT-GTTG-AGCCCTG
gi|83257                      :                -CTTAAA--A--AGT---TACTTGTCC-T-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CT-T-T--TA-G--A--G-ATTGAC-T--TGT-C-CGATCACAAAATG--A--AC----T--GG-A-C--AC-T-C-AC---AG--------GGACAA-TCGG-----ACAAA-C----G-TTAAT-GTTG-AGGCCTG
gi|83260                      :                -CTTAAA--A--AGT---TACTTGTTC-T-AT--C-----GG-A---TAAGT-G--CA-T-T--TT-G--A--G-ATTGAC-T--TGT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ATA---GGGACAA-TCGG-----ACAAA-C----G-TTAAT-GGTG-AGGCCTG
gi|83261                      :                -CTTAAA--A--AGT---TACTTGTCC-T-AT--T-----GG-A---CAA---G--TG-C-A--TT-G-----------AC-T--TGT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ACA---GGGGCAA-TCGG-----GCAAA-T----G-TTAAA-GTTG-AGCCCTG
gi|83259                      :                -CTGAAA--T--ATT---GATTTGCCC---ATG-C-----AG-G---CAAGT-A--CA-T-T--TAAG--A--G-ATCCAC-T--TGC-C-C-----------A--A--TC----C--AG-G-A--TT-T-C-ACT--TG-CCT---TGGACAA-TCG
gi|83258                      :                -CTTAAA--A--AGT---GACTTGTCT-G-AT--C-----GG-A---TAAGT----TG-C-A--TT-G--A--GAGATGACTT--TGT-C-T-----------G--ATCACAAA-T--GA-A-C--TG-T-G-A--------CA---CGGACAA-TTGG-----ACAAG-T----G-TTAAT-GTTG-tcattactaactgtaatgttga
gi|83248                      :                  TGAAACTT--GATACACACTTGTCC-A-AT--C-----TG-G---CAAGT-G--
gi|83247                      : ttttttcctgaaataatTGAAA--TTAGATACACACTTGTC--G-AT--C-----GG-G---CAAGT-G--cttgtccgaactggattttcacttgtcccgggcaatcataaatgtcaatccctg
gi|83253                      :   tttcttctgaaataatcAAA--T--AAT---CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-----CAAG--G--TG-T-A--TT-G--A--G-TTTCAC----TGC-C-C-----------G--A--AC----TTGGA-G-C--TTAT-T-ACT--TG-CCC---CGGGCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTGcttgcccgaactggggtttcacttgttcccgcaatcggaacaaccgttaatgtcgatcc
gi|83262                      :           tctttatgaAAA--T--A-----TACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TG-T-A--TC-G--A--G--TTCAC-T--TGT---C-----------G--A--AC----T--GG-G-C--TT-TCC-ACT--TG-T-C---CGGG--A-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCC
gi|83264                      :                    AAA--T--A-T---CACTTGTCC-A-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C--T-G--GC-A--A--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-------TT-T-CTGCT--GG-TAA---CGGACAA-GTGG-----ACAAG-C----A-TTAAT-GTTG-AGCCCTG
gi|83263                      :                    AAA--T--A-T---CACTTGTCC-A-GT--CCGACTGG-A---CAAGT-A--C--T-G--GC-A--A--T-ATTAAC-T--TGT-C-T-----------GTAA--AT----T--G-------TT-T-CTGCT--GG-TAC---CGGACAA-GCGG-----ACAAG-C----G-TTAAT-GTCG-AGCCCTG
gi|83265                      :                    AAA--T--A-T---CACTTGTCC-A-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C--T-G--GC-A--A--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-------TT-T-C------TG---C---TGGT--A-CCGG-----ACAAG-C----G-TTAAT-GTCG-AGCCCTG
gi|83266                      :                    AAA--T--A-T---CACTTGTCC-A-GT--T-----GG-A---CAAGT-A--C--T-G--GC-A--A--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-------TT-T-C------TG---C---TGGT--A-CCGG-----ACAAA-C----G-TTAAT-GTCG-AGCTCTG
gi|83267                      :                    AAA--T--A-C---CACTTGTCC-A-GT--C-----GG-AGGACAAGT-A--C--T-G--GC-A--A--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-------TT-T-C------TG-------CTGGTA--CCGG-----ACAAG-C----G-TTAAT-GTCG-AGCCCTG
gi|83243                      :                     AA--T--ACA---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-
gi|83245                      :   tttctgtctgtgataattAA--T--AATA--CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-gagtttcacttgcccgaactgggttttcacttgtcccgggcaatcggacaacaattaatgtcgatccctg
gi|83250                      :   tttttgtctgtaatatttAA--T--ACC---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-G--AT-T-A--T----------TTTCAgagtttcacttgcccgaattgggttttcacttgtcccgggcaatcggacaaccgttaatgtcgatccctg
gi|83252                      :              tttcctacA--C--AAA---CACTTG-CC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-G--cgagttcacttgtcccgaactggctttcactgctcccggcaattcggacaaccgttaatgtcgatcc
gi|83257                      :           tctttatgaaataat--AAG---CACTTGTCC-G-AT--A-----GG-A---CAAGT-attgagttcacttgcccgaactgaacttttacttgcccgggcaatcggacaaccgtttaatgtcgatccctg
gi|83261                      :               cttaaaaagtt--AATG--CACTTGTCC-A-AT--A-----GG-A---CAAGT-ttagagattgacttgtccgatcacaaaatgaactggacactcacagggacaatcggacaaacgttaatgttgaggcctg
gi|83268                      :                  cttaaaaagttAT---CAC--GTCC-G-AT--C-----GGCA---CAAGT-G--CATT-G--TG-G--A--GATTTGAA-T--T-T-C-C-----------G--A--------T--TA-G-CAAAT-T-A-ACT--GG-TCA---CGGACAA-TCGA-----GAAAA-C----G-TTAAT-GTTG-AGCCCTGgacttgtccgatcacaaaatgaactggacaggggcaatcgggcaaatgttaaagttgagccctg
gi|83241                      :                               ---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-G--
gi|83240                      :              tttcctcctgaaataat---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-G--tgtatcgagtttcacttgtccgaactgggctttcacttgtcccgggcaatcggacaaccgttaatgtcgatcactg
gi|83262                      :              tttctttctgaaataat---CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-G---CAAGT-A--TA-T-tgtatcgattttcacttgcccgaactgggttttcacttgtcccgggcaatcggacaaccgttaatgtcgatccctg
gi|83264                      :                                 aaACTTGTCC-G-AC--T-----GG-A---CAAGT-G--tgtatcgagttcacttgtcgaactgggctttccacttgtccgggatcggacaaccgttaatgtcgatcc
gi|83265                      :                             aaatatACTTGTCC-G-AC--T-----GG-A---CAAGT-G--actggcaatattaacttgtccgtaaattgtttctgctggtaacggacaagtggacaagcattaatgttgagccctg
gi|83266                      :                             aaatatACTTGTCC-A-AC--T-----GG-A---CAAGT-G--actggcaatattaacttgtccgtaaattgtttctgctggtaccggacaagcgttaatgtcgagccctg
gi|83258                      :                             aaatatACTTATCC-G-AT--C-----AG-A---CAAGT-actggcaatattaacttgtccgtaaattgtttctgctggtaccggacaaacgttaatgtcgagctctg
gi|83262                      :                          cttaaaaagtgTTGTCC-G-AT--CCC---GG-A---CAAGT-G---G-A-AAGCC-C--A--G-TTCGAC-A--AGT---------------G--A--AC----T--CG-A-T--AC-A-C-ACT--TG-TCCGATCGGGCAA-tgcattgagagatgactttgtctgatcacaaatgaactgtgacacggacaattggacaagtgttaatgttga
gi|83240                      :                                       aaatatacT--C-----GG-G---CAAGT-G--AA-A-A--TC-G--A--T-ACACAC-T--TGT-C-C-----------G--A--TC-------GG-G-C--ccgttaatgtcgatcc
gi|83244                      :                         tttctttctgaaataatcacttT--C-----GG-A---CAAGT-G--AA-A-C--TC-G--A--T-ACACAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AA----T--GG-G-C--actgggttttcacttgtcccgggcaatcggacaaccgttaatgtcgatccctg
gi|83266                      :                          tttctttctgaaataaccactt--C-----GG-A---CAAGT-T--AA-T-A--TT-GCCA--G-T---AC-T--TGT-C-C--------------A--AC----T--GG-A-C--actgggtttttcacttgtcttgggcaatcggacaaccgttaatgtcgatccctg
gi|83269                      :                                              aaatatcacttG-G---CAAGT-A--TG-T-C--TA-G--A--G-TTCCAC-T--TGC-C-T-----------G--A--AA----C--GAAG-A--TT-T-C-ACT--TG-TCC---TTG---A-TTAG-----ACAAC-C----A-CTGAT-GTTG-GTCCCTGtaaattgtttctgctggtaccggacaaacgttaatgtcgagctctg
gi|83270                      :                                                                              --TC-G--ATTG-TTTC-C-T--T-T-C-CTA---------A--A--AC----T--GG-G-T--TT-T-C-ACT--TG-CCC---CGGGCAA-TCGG-----ATAAA-CTGTTA-TTAAT-GTTA-ATCCCTG
gi|83271                      :                                                                                                            -----------G--A--AT----T--GG-G-T--TT-T-C-ACT--AG-CCA---CGAGCAA-TTGG-----ACAAC-T----G-TTA
gi|83272                      :                                                                                                                                                                      GCAA-TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCGCTGttatc
gi|83273                      :                                                                                                                                                                          -TCGG-----ACAAC-C----G-TTAAT-GTCG-ATCCCTG





Alignments
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lowQualScore                  :               .      ..  . .         ...  .. .....  . ...     . .... ...  .  .. ..     . ..   . . ........... .. ..  .... .. ..... .. . . .   ..  .. .       .   .... .....  .   .  ...    .     .       
lowQualScore                  :               9      44  9 4         111  33 22222  3 333     3 9999 555  3  88 66     3 88   3 3 77777777777 66 22  5555 77 00000 77 2 8 5   77  00 4       2   5555 11111  4   2  222    2     2       
consensus                     :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
Reference ( family-554 )      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83240                      :        TTTCTTT-CTGAAA--TAAT-CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--T-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83241                      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCACTG
gi|83242                      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTGTCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CA---TTAA-CGTCG-ATCCCTG
gi|83243                      :        TTTCTGT-CTGTGA--TAAT-TACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TT-GA--G-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-AA---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83244                      :        TTTCTTT-CTGAAA--TAAC-CACTTGCCC---ATTTC-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-TTC-ACT--TG-TCTTGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83245                      :               -CTGTAA--TATT-TACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TATTA-TT-GA--G-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AT----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83246                      : tttttgtTTTCTTT-CTGAAA--TAAT-CACTTGCCC-G-AT--T-----TG-A---CAAGC-G--TGT-A-TC-AA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TAATGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-GG---TTGA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83247                      :         TTTCTT-CTGAAA--TAATCCACTTGCCC-G-AT--C------G-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-TA--A-TTTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GG-T--T-T-C-ACT--TGTTCCC--GCAA-TCG----GA----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83248                      :        TTTTTTC-CTGAAA--TAAT-CACTTGCCA-G-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-AA--G-TTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-AT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TC-----------AT-A----------AA-TGTCA-ATCCCTG
gi|83249                      :        TTCCCTCGCTGAA---TAAT-C-CTTGTCCCG-AT--C-----GT-A---CAAGT-G--TGT-A-TT-GA--G-TTTCAC-T--TGT-CGC-----------G--A--AC----T--GG-CT-T--T-T-C-ACTGTTG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCGCTG
gi|83250                      :       tTTTCCTA-CTGAAAA-TAAT-CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--GGT-ATTC-GA--G--TTCAC-T--TGTCC-C-----------G--A--AC----T---G-GC-T--T-T-C-ACT--GC-TCCC-GGCAATTCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83251                      :        TTTCCTC-CTGAGAGATAAT-CACTTGCCC-GCAT--CA----AG-A---TAAGTCG--TGT-A-TT-GG------TCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GCTT--T-T-C-ACT--TG-TCCC-GGCAA-TCG----G-----AC-AGCGCG---TTAACTGTCGAATCCCTG
gi|83252                      :          TCTTT-ATGAAA--TAAT-CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-----CAAGT-GTTTGT-A-TT-GA--G--TTCAC-T--TGC-C-C-----------G--A--AC----T--GA-AC-T--T-T-T-ACT--TG--CCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CGT--TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83253                      :                   AAA--TAAT-CACTTGCCC-G-AT--C-----GG-----CAAG--G--TGT-A-TT-GA--G-TTTCAC----TGC-C-C-----------G--A--AC----TTGGA-GC-T--TAT-T-ACT--TG-CCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83254                      : tctttatgaTCCTC-CTGAAA--TAAA-CA-TTGCCT-G-AT--CG----GG-A---CAAGT-G---GA-G-TT-GA--GCTTTCAC-T--TGT-C-C-----------G--A--AT----T--GG-GC-T--T-TCC-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----GGACAAAC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83255                      :               -CTGAAA--TATT-CGCTTGACC-A-AT--T-----GG-A---CGAGT-A--TGT-C-TG-AA--G-TTTCAC-TTCTAT-A-C-----------A--A--AC----C--AA-GA-T--T-T-C-ATT--TG-TCCTGGAGAA-TCA----G-----AA-AAC-TG---TTAA-TGTTG-
gi|83256                      :               -CTGAAC--AAAT-TAGTTGTCC-G-AT--C-----GC-A---CAAGT-G--CAT-T-TG-GA--G-TTTGAC-T--TGT-C-C-----------G--A--TC----A--CA-AA-T--T-G-A-ACT--GG-ACACGGACAA-TCA----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83257                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTGTCC-T-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CTT-T-TA-GA--G-ATTGAC-T--TGT-C-CGATCACAAAATG--A--AC----T--GG-AC-A--C-T-C-AC---AG-----GGACAA-TCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGGCCTG
gi|83258                      :               -CTTAAA--AAGT-GACTTGTCT-G-AT--C-----GG-A---TAAGT----TGC-A-TT-GA--GAGATGACTT--TGT-C-T-----------G--ATCACAAA-T--GA-AC-T--G-T-G-A--------CACGGACAA-TTG----G-----AC-AAG-TG---TTAA-TGTTG-
gi|83259                      :               -CTGAAA--TATT-GATTTGCCC---ATG-C-----AG-G---CAAGT-A--CAT-T-TAAGA--G-ATCCAC-T--TGC-C-C-----------A--A--TC----C--AG-GA-T--T-T-C-ACT--TG-CCTTGGACAA-TCGTCATT-----ACTAAC-TG----TAA-TGTTG-
gi|83260                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTGTTC-T-AT--C-----GG-A---TAAGT-G--CAT-T-TT-GA--G-ATTGAC-T--TGT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ATAGGGACAA-TCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGGTG-AGGCCTG
gi|83261                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTGTCC-T-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--C---A-TT-G---------AC-T--TGT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ACAGGGGCAA-TCG----G-----GC-AAA-TG---TTAA-AGTTG-AGCCCTG
gi|83262                      :                   AAA--TA---TACTTGCCC-G-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G--TTCAC-T--TGT---C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-TCC-ACT--TG-T-CCGGG--A-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83263                      :                   AAA--TA-T-CACTTGTCC-A-GT--CCGACTGG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-ATTAAC-T--TGT-C-T-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-CTGCT--GG-TACCGGACAA-GCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83264                      :                   AAA--TA-T-CACTTGTCC-A-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-CTGCT--GG-TAACGGACAA-GTG----G-----AC-AAG-CA---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83265                      :                   AAA--TA-T-CACTTGTCC-A-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83266                      :                   AAA--TA-T-CACTTGTCC-A-GT--T-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTCG-AGCTCTG
gi|83267                      :                   AAA--TA-C-CACTTGTCC-A-GT--C-----GG-AGGACAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-ATTAAC-T--TGT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83268                      :                          AT-CAC--GTCC-G-AT--C-----GGCA---CAAGT-G--CATTG-TG-GA--GATTTGAA-T--T-T-C-C-----------G--A--------T--TA-GC-AAAT-T-A-ACT--GG-TCACGGACAA-TCG----A-----GA-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83269                      :                                                    G-G---CAAGT-A--TGT-C-TA-GA--G-TTCCAC-T--TGC-C-T-----------G--A--AA----C--GAAGA-T--T-T-C-ACT--TG-TCCTTG---A-TTA----G-----AC-AAC-CA---CTGA-TGTTG-GTCCCTG
gi|83270                      :                                                                        -TC-GATTG-TTTC-C-T--T-T-C-CTA---------A--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-CCCCGGGCAA-TCG----G-----ATAAAC-TGTTATTAA-TGTTA-ATCCCTG
gi|83271                      :                                                                                                   -----------G--A--AT----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--AG-CCACGAGCAA-TTG----G-----AC-AAC-TG---TTAT-TATC
gi|83272                      :                                                                                                                                                          GCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCGCTG
gi|83273                      :                                                                                                                                                              -TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG





Alignments
lowQualScore                  :               1      33  5 1      1    1  33 66666  1 222     1 6666 333  1  11 77 1     11 1  1 1 77777777777 88 55  7777 11 99999 11 1 3 2   11  55 0       1   2222 44444  2   1  333    1     1       
lowQualScore                  :               .      ..  . .      .    .  .. .....  . ...     . .... ...  .  .. .. .     .. .  . . ........... .. ..  .... .. ..... .. . . .   ..  .. .       .   .... .....  .   .  ...    .     .       
lowQualScore                  :               9      44  9 4      4    4  33 22222  3 333     3 9999 555  3  88 44 3     88 3  3 3 77777777777 66 22  5555 77 00000 77 2 8 5   77  00 4       2   5555 11111  4   2  222    2     2       
consensus                     :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
Reference ( family-554 )      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83240                      :        TTTCTTT-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--T-TT-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83241                      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCACTG
gi|83242                      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-TCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CA---TTAA-CGTCG-ATCCCTG
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gi|83246                      : tttttgtTTTCTTT-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--T-----TG-A---CAAGC-G--TGT-A-TC-AA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TAATGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-GG---TTGA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83247                      :         TTTCTT-CTGAAA--TAATCCACTTG-CCCG-AT--C------G-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-TA--A-TT-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GG-T--T-T-C-ACT--TGTTCCC--GCAA-TCG----GA----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83248                      :        TTTTTTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCAG-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-AA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-AT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TC-----------AT-A----------AA-TGTCA-ATCCCTG
gi|83249                      :        TTCCCTCGCTGAA---TAAT-C-CTTGTCCCG-AT--C-----GT-A---CAAGT-G--TGT-A-TT-GA--G-TT-TCACT--T-GT-CGC-----------G--A--AC----T--GG-CT-T--T-T-C-ACTGTTG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCGCTG
gi|83250                      :       tTTTCCTA-CTGAAAA-TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--GGT-ATTC-GA--G--T-TCACT--T-GTCC-C-----------G--A--AC----T---G-GC-T--T-T-C-ACT--GC-TCCC-GGCAATTCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83251                      :        TTTCCTC-CTGAGAGATAAT-CACTTG-CCCGCAT--CA----AG-A---TAAGTCG--TGT-A-TT-GG-------TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GCTT--T-T-C-ACT--TG-TCCC-GGCAA-TCG----G-----AC-AGCGCG---TTAACTGTCGAATCCCTG
gi|83252                      :          TCTTT-ATGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-----CAAGT-GTTTGT-A-TT-GA--G--T-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GA-AC-T--T-T-T-ACT--TG--CCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CGT--TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83253                      :                   AAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-----CAAG--G--TGT-A-TT-GA--G-TT-TCAC---T-GC-C-C-----------G--A--AC----TTGGA-GC-T--TAT-T-ACT--TG-CCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83254                      : tctttatgaTCCTC-CTGAAA--TAAA-CA-TTG-CCTG-AT--CG----GG-A---CAAGT-G---GA-G-TT-GA--GCTT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AT----T--GG-GC-T--T-TCC-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----GGACAAAC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83255                      :               -CTGAAA--TATT-CGCTTG-ACCA-AT--T-----GG-A---CGAGT-A--TGT-C-TG-AA--G-TT-TCACTTCT-AT-A-C-----------A--A--AC----C--AA-GA-T--T-T-C-ATT--TG-TCCTGGAGAA-TCA----G-----AA-AAC-TG---TTAA-TGTTG-
gi|83256                      :               -CTGAAC--AAAT-TAGTTG-TCCG-AT--C-----GC-A---CAAGT-G--CAT-T-TG-GA--G-TT-TGACT--T-GT-C-C-----------G--A--TC----A--CA-AA-T--T-G-A-ACT--GG-ACACGGACAA-TCA----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83257                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTG-TCCT-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CTT-T-TA-GA--G-AT-TGACT--T-GT-C-CGATCACAAAATG--A--AC----T--GG-AC-A--C-T-C-AC---AG-----GGACAA-TCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGGCCTG
gi|83258                      :               -CTTAAA--AAGT-GACTTG-TCTG-AT--C-----GG-A---TAAGT----TGC-A-TT-GA--G-AGATGACT--TTGT-C-T-----------G--ATCACAAA-T--GA-AC-T--G-T-G-AC--------ACGGACAA-TTG----G-----AC-AAG-TG---TTAA-TGTTG-
gi|83259                      :               -CTGAAA--TATT-GATTTG-CCC--ATG-C-----AG-G---CAAGT-A--CAT-T-TAAGA--G-AT-CCACT--T-GC-C-C-----------A--A--TC----C--AG-GA-T--T-T-C-ACT--TG-CCTTGGACAA-TCGTCATT-----ACTAAC-TG----TAA-TGTTG-
gi|83260                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTG-TTCT-AT--C-----GG-A---TAAGT-G--CAT-T-TT-GA--G-AT-TGACT--T-GT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ATAGGGACAA-TCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGGTG-AGGCCTG
gi|83261                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTG-TCCT-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--C---A-TT-G----------ACT--T-GT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ACAGGGGCAA-TCG----G-----GC-AAA-TG---TTAA-AGTTG-AGCCCTG
gi|83262                      :                   AAA--TA---TACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G--T-TCACT--T-GT---C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-TCC-ACT--TG-T-CCGGG--A-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83263                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--CCGACTGG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-T-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-CTGCT--GG-TACCGGACAA-GCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83264                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-CTGCT--GG-TAACGGACAA-GTG----G-----AC-AAG-CA---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83265                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83266                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--T-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTCG-AGCTCTG
gi|83267                      :                   AAA--TA-C-CACTTG-TCCA-GT--C-----GG-AGGACAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83268                      :                          AT-CAC--G-TCCG-AT--C-----GGCA---CAAGT-G--CATTG-TG-GA--GATT-TGAAT--T--T-C-C-----------G--A--------T--TA-GC-AAAT-T-A-ACT--GG-TCACGGACAA-TCG----A-----GA-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83269                      :                                                    G-G---CAAGT-A--TGT-C-TA-GA--G-TT-CCACT--T-GC-C-T-----------G--A--AA----C--GAAGA-T--T-T-C-ACT--TG-TCCTTG---A-TTA----G-----AC-AAC-CA---CTGA-TGTTG-GTCCCTG
gi|83270                      :                                                                        -TC-GATTG-TT-TC-CT--T--T-C-CTA---------A--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-CCCCGGGCAA-TCG----G-----ATAAAC-TGTTATTAA-TGTTA-ATCCCTG
gi|83271                      :                                                                                                    -----------G--A--AT----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--AG-CCACGAGCAA-TTG----G-----AC-AAC-TG---TTAT-TATC
gi|83272                      :                                                                                                                                                           GCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCGCTG
gi|83273                      :                                                                                                                                                               -TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG





Alignments
lowQualScore                  :               1      33  5 1      1    1  33 66666  1 222     1 6666 333  1  11 77 1     11 1  1 1 77777777777 88 55  7777 11 99999 11 1 3 2   11  55 0       1   2222 44444  2   1  333    1     1       
lowQualScore                  :               .      ..  . .      .    .  .. .....  . ...     . .... ...  .  .. .. .     .. .  . . ........... .. ..  .... .. ..... .. . . .   ..  .. .       .   .... .....  .   .  ...    .     .       
lowQualScore                  :               9      44  9 4      4    4  33 22222  3 333     3 9999 555  3  88 44 3     88 3  3 3 77777777777 66 22  5555 77 00000 77 2 8 5   77  00 4       2   5555 11111  4   2  222    2     2       
consensus                     :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
Reference ( family-554 )      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83240                      :        TTTCTTT-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--T-TT-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83241                      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCACTG
gi|83242                      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-TCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CA---TTAA-CGTCG-ATCCCTG
gi|83243                      :        TTTCTGT-CTGTGA--TAAT-TACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TT-GA--G-TT-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-AA---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83244                      :        TTTCTTT-CTGAAA--TAAC-CACTTG-CCC--ATTTC-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-TTC-ACT--TG-TCTTGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83245                      :               -CTGTAA--TATT-TACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TATTA-TT-GA--G-TT-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AT----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83246                      : tttttgtTTTCTTT-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--T-----TG-A---CAAGC-G--TGT-A-TC-AA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-TAATGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-GG---TTGA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83247                      :         TTTCTT-CTGAAA--TAATCCACTTG-CCCG-AT--C------G-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-TA--A-TT-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GG-T--T-T-C-ACT--TGTTCCC--GCAA-TCG----GA----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83248                      :        TTTTTTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCAG-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-AA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-AT-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TC-----------AT-A----------AA-TGTCA-ATCCCTG
gi|83249                      :        TTCCCTCGCTGAA---TAAT-C-CTTGTCCCG-AT--C-----GT-A---CAAGT-G--TGT-A-TT-GA--G-TT-TCACT--T-GT-CGC-----------G--A--AC----T--GG-CT-T--T-T-C-ACTGTTG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCGCTG
gi|83250                      :       tTTTCCTA-CTGAAAA-TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--GGT-ATTC-GA--G--T-TCACT--T-GTCC-C-----------G--A--AC----T---G-GC-T--T-T-C-ACT--GC-TCCC-GGCAATTCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83251                      :        TTTCCTC-CTGAGAGATAAT-CACTTG-CCCGCAT--CA----AG-A---TAAGTCG--TGT-A-TT-GG-------TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GCTT--T-T-C-ACT--TG-TCCC-GGCAA-TCG----G-----AC-AGCGCG---TTAACTGTCGAATCCCTG
gi|83252                      :          TCTTT-ATGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-----CAAGT-GTTTGT-A-TT-GA--G--T-TCACT--T-GC-C-C-----------G--A--AC----T--GA-AC-T--T-T-T-ACT--TG--CCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CGT--TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83253                      :                   AAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-----CAAG--G--TGT-A-TT-GA--G-TT-TCAC---T-GC-C-C-----------G--A--AC----TTGGA-GC-T--TAT-T-ACT--TG-CCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83254                      : tctttatgaTCCTC-CTGAAA--TAAA-CA-TTG-CCTG-AT--CG----GG-A---CAAGT-G---GA-G-TT-GA--GCTT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AT----T--GG-GC-T--T-TCC-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----GGACAAAC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
gi|83255                      :               -CTGAAA--TATT-CGCTTG-ACCA-AT--T-----GG-A---CGAGT-A--TGT-C-TG-AA--G-TT-TCACTTCT-AT-A-C-----------A--A--AC----C--AA-GA-T--T-T-C-ATT--TG-TCCTGGAGAA-TCA----G-----AA-AAC-TG---TTAA-TGTTG-
gi|83256                      :               -CTGAAC--AAAT-TAGTTG-TCCG-AT--C-----GC-A---CAAGT-G--CAT-T-TG-GA--G-TT-TGACT--T-GT-C-C-----------G--A--TC----A--CA-AA-T--T-G-A-ACT--GG-ACACGGACAA-TCA----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83257                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTG-TCCT-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CTT-T-TA-GA--G-AT-TGACT--T-GT-C-CGATCACAAAATG--A--AC----T--GG-AC-A--C-T-C-AC---AG-----GGACAA-TCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGGCCTG
gi|83258                      :               -CTTAAA--AAGT-GACTTG-TCTG-AT--C-----GG-A---TAAGT----TGC-A-TT-GA--G-AGATGACT--TTGT-C-T-----------G--ATCACAAA-T--GA-AC-T--G-T-G-AC--------ACGGACAA-TTG----G-----AC-AAG-TG---TTAA-TGTTG-
gi|83259                      :               -CTGAAA--TATT-GATTTG-CCC--ATG-C-----AG-G---CAAGT-A--CAT-T-TAAGA--G-AT-CCACT--T-GC-C-C-----------A--A--TC----C--AG-GA-T--T-T-C-ACT--TG-CCTTGGACAA-TCGTCATT-----ACTAAC-TG----TAA-TGTTG-
gi|83260                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTG-TTCT-AT--C-----GG-A---TAAGT-G--CAT-T-TT-GA--G-AT-TGACT--T-GT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ATAGGGACAA-TCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGGTG-AGGCCTG
gi|83261                      :               -CTTAAA--AAGT-TACTTG-TCCT-AT--T-----GG-A---CAAGT-G--C---A-TT-G----------ACT--T-GT-C-C-----------G--ATCACAAAAT--GA-------------ACT--GG-ACAGGGGCAA-TCG----G-----GC-AAA-TG---TTAA-AGTTG-AGCCCTG
gi|83262                      :                   AAA--TA---TACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--TGT-A-TC-GA--G--T-TCACT--T-GT---C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-TCC-ACT--TG-T-CCGGG--A-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCC
gi|83263                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--CCGACTGG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-T-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-CTGCT--GG-TACCGGACAA-GCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83264                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-CTGCT--GG-TAACGGACAA-GTG----G-----AC-AAG-CA---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83265                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--C-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83266                      :                   AAA--TA-T-CACTTG-TCCA-GT--T-----GG-A---CAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAA-CG---TTAA-TGTCG-AGCTCTG
gi|83267                      :                   AAA--TA-C-CACTTG-TCCA-GT--C-----GG-AGGACAAGT-A--C-T-G-GC-AA--T-AT-TAACT--T-GT-C-C-----------GTAA--AT----T--G-----T--T-T-C------TG----CTGGTA--CCG----G-----AC-AAG-CG---TTAA-TGTCG-AGCCCTG
gi|83268                      :                          AT-CAC--G-TCCG-AT--C-----GGCA---CAAGT-G--CATTG-TG-GA--GATT-TGAAT--T--T-C-C-----------G--A--------T--TA-GC-AAAT-T-A-ACT--GG-TCACGGACAA-TCG----A-----GA-AAA-CG---TTAA-TGTTG-AGCCCTG
gi|83269                      :                                                    G-G---CAAGT-A--TGT-C-TA-GA--G-TT-CCACT--T-GC-C-T-----------G--A--AA----C--GAAGA-T--T-T-C-ACT--TG-TCCTTG---A-TTA----G-----AC-AAC-CA---CTGA-TGTTG-GTCCCTG
gi|83270                      :                                                                        -TC-GATTG-TT-TC-CT--T--T-C-CTA---------A--A--AC----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--TG-CCCCGGGCAA-TCG----G-----ATAAAC-TGTTATTAA-TGTTA-ATCCCTG
gi|83271                      :                                                                                                    -----------G--A--AT----T--GG-GT-T--T-T-C-ACT--AG-CCACGAGCAA-TTG----G-----AC-AAC-TG---TTAT-TATC
gi|83272                      :                                                                                                                                                           GCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCGCTG
gi|83273                      :                                                                                                                                                               -TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG


blockSeqs                     :               G      GA  A C      T    C  TT CGACT  C GGA     C TTTG TA   A  TT CT A     TC T  C G GATCACAAAAT TA TC  AAAA TG GGCT  AA A T T   GT  TT         T   TCAT GACAA  T   G  TTA    C     A
blockSeqs                     :               .      A   A .      .    .  G  A      . .       . TG   AT   .  .  AT .     .  .  . . TA          TA TC  AAAA .  AAGA  .  . C T   .   T          .   .    A      A   .  T      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  G      . .       . TG   TG   .  .  T  .     .  .  . . .           TA TC  AAA  .  GGC   .  . C .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           TA .   .    .  GGC   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   T .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           TA .   .    .  GGT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TA   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGG   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GAT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . GG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GCT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGC   .  . . .   .   C          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  AAC   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  AGC   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   T .      .    .  .  .      . .       . CA   G    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGC   .  . . .   .   A          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   A .      .    .  .  .      . .       . CT   C    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  AGA   .  . . .   .   C          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   G .      .    .  .  .      . .       . TG   T    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  AAA   .  . . .   .   A          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   G .      .    .  .  .      . .       . CA   T    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GAC   .  . . .   .   A          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   T .      .    .  .  .      . .       . CA   A    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  AAC   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :               .      .   G .      .    .  .  .      . .       . TG   T    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGA   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   G .      .    .  .  .      . .       . CA   T    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGC   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   A .      .    .  .  .      . .       . TG   A    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  AGC   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   . .      .    .  .  .      . .       . G    A    .  .  A  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGT   .  . . .   .   T          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   . .      .    .  .  .      . .       . C    G    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  GGT   .  . . .   .   C          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   . .      .    .  .  .      . .       . C    G    .  .  T  .     .  .  . . .           .  .   .    .  A     .  . . .   .   C          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   . .      .    .  .  .      . .       . C    G    .  .  .  .     .  .  . . .           .  .   .    .  A     .  . . .   .   .          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                      .   . .      .    .  .  .      . .       . C    G    .  .  .  .     .  .  . . .           .  .   .    .  .     .  . . .   .   .          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                          . .      .    .  .  .      . .       . C    G    .  .  .  .     .  .  . . .           .  .   .    .  .     .  . . .   .   .          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                                                     . .       . C    C    .  .  .  .     .  .  . . .           .  .   .    .  .     .  . . .   .   .          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                                                                           .  .  .  .     .  .  . . .           .  .   .    .  .     .  . . .   .   .          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                                                                                                    .           .  .   .    .  .     .  . . .   .   .          .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .   .    .      .   .  .      .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .   .    .      .   .  .      .      


blockSeqCons                  :        
originalCons                  :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
finalCons                     :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG





Alignments
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Reference ( family-554 )      :        TTTCCTC-CTGAAA--TAAT-CACTTG-CCCG-AT--C-----GG-A---CAAGT-G--CGT-A-TC-GA--G-TT-TCACT--T-GT-C-C-----------G--A--AC----T--GG-GC-T--T-T-C-ACT--TG-TCCCGGGCAA-TCG----G-----AC-AAC-CG---TTAA-TGTCG-ATCCCTG
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