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lowQualScore                  :               9 44 555555 2 66 999   6666666 44 4  22222 1111  4  77 99 444 4    33  888 9999 77 33 4 1 3 22  3 88  3 777 2222 333 3  4 44   33333 444 8 3333  4 66666 777777777777777777777  0000 000000 9 4  4 555 11111111111 88 44 4   88 00  666 0   5 5555555555555555 6 6 22   3 00  00 66 888 5 7777777 4444 11 7 5 55 2      55 8 8 88888888888 444 222 8   9 9  55 9 555555555555555  0000000 88 88  0 222 88 9999999999999 0  0  0 2 0 88 0 22  1 33333333333333   2  4       0 
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Reference ( gi|91088 )        :       ATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A-T---AT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A-T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-AAAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TT-------G--G---TT-----G-A--A--AT-T---G--AG-------C-C--G-AA-AC-ACA-C--A-AT-AG-A-----C--G-AC--AAA-TT-AAACAATCA
gi|91072                      :       ATAATAGT-A--A------C-T--A---GAT-------C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A-T---AT----C------T-T-TG-A---T-----T-----G--A--T-TAT--T--C----A-TTG-G-------T------C-ACA-T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-AAAATT--A-A-G--C--------A---T---T-GCA---TT--T-TG-------G--G---TT-----G-A--A--AT-T---G--AA-------CGC--G-AA-AC-AAA-C--A-AT-A--A-----C--G-AC--AAA-TT-AAACAATT
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gi|91086                      :       ATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---CACG-AA--T--T----CG-TT--G--C---G-AGCAC-AC---G----A--G--T-A-G-T--TC-T--TC-C---G----T---T-CG----TTA-----T-----A-T--GA-A-----A---A---------T-A-T---AT----CC-----T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CA---G-TT-----------------C-A---T--GATTG--AC--TC-T---A-G-------A----TA-G-A-A--T-AAAATT--A-A-C--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TG-------G--G---TT-----G-A--A--AT-T---G--AA-------C-C--G-AA-AC-AAA-C--A-AT-AG-A-----C--A-AC---AA-TT-AAACAaaagggaatgtttttataaaaaattatttctagttttcatgaca
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gi|91079                      :      aaaAATAATTA--A------C-TTTA---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---A-AGCA--AC---G----A--G--A-AGG-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----ACACA---------A-A-A---AT----C--------T-TA-A---T-----G---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G--------------G-A-A-C--AAT-T---T--TA-T---A-A-------A----TTGA-A-A--T-AGAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-TT--T-T---------------TT-----G-A--A--AT-T---G--AA---------C--A-AA-AC-TCA-C--G----AG-A--------A-AG--AAA-TT-AAaaaggaattttataacaaaatatttctaggttttcatgata
gi|91081                      :   aaaaagAAAAAG-A--A------C-T--A---GATGATT---C--G-AT-----T----CG-TT--G--C---G-AG-A--AC---G----AA-G--T-A-G-G--TT-T--TGGC---GATTAT---C-CG-AA-TTA-----T---G-A-A--GG-G-----A---T---------T-G-T---AT----C------T-T-TG-A---TGCGCAT---A-GC-ATCT-TAT--T--TG---G-TTG-G-------ggacacttcagttcatttaaaagggctcaatattttc
gi|91091                      :        aaATAAT-A--A------CGT--A---GTTGC-T---C--G-AT--TCTT----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--A-AAG-G--TC-T--TC-C---GA---T---T-CG-A--TGA-----T-----A-T--GA-G-----A---A---------CGA-G---AT----C------T-T-TG-A---------T---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------G------G-A-A-C--ATT-T--TT--TA-T---A-A-------A----T--G-A-A--T-AGAATT--A-A-G------G----A---C---T-ACA-T-TT--T-TT--------------T--------A--A--AT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA-TA-AGACA
gi|91092                      :           TAAT-A--A------C-T--A---GAC---A---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC--------A--G--T-A---G--TC-T--TC-C---G----T---C-CG-A--TTGCCCC-T---A-A-----A-A-----A---A---------T-G-C---AT----C--------T-TG-T---T-----A---A-G--A--T-TAT--ctt
gi|91093                      :            AAA-A--A------C-TC-A---GAT---T---C--G-ATT-C--T----CG-TT--G--C---G-AGGC--AC---G----A--G--T-A-G-GA-TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--ATA-----T---G-ATT--GAGG-----A---A---------T-A-T---AT----C------TAT-TG-A---TC----T---G-G--A--T-TAT--TACTG---ATTTG-G-------T------C-A-A-TGGGAT-G--AC--TC-T---A-G-------AGTTGT--A-A-G--TAAAAATA--A-A-G--C---AT---A---T---TGGCA-T-TTG-C-TT-------G--GT--TT-----G-A--A--AT-T---G--AA-------C-C--G-AATACAAAA-C--A-ATAAG-A-----CTGG-ACA-AAA-TT-AAACAAT
gi|91083                      :            AAT-A--A------CAT--AAGAGGT---T---T--C-AT--C--T----CGATT--G--C---A-AAGA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC----TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---GTA-T--GA-GGTTCTG---A---------T-A-A---ATCTTGC------T-T-TGAA---T-----T---T-G--A--C-TAT--T--TA---T-TTA-A-------T------C-G-A-T--gaaaaggatgcgcactataacaaattatttctagttt
gi|91084                      :           agAC-A--A------C-T--A---GAT---T---C--T-ATT-C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---GAGCTA--G--T-A-G-G--CT-C--GC-C---G----T---T-CG-A--TTT-----T---GTA-T--GA-G-----A---AT--------T-A-G---AT----C------T-TGTG-A---T-----T---G-G--AT-T-TAT--A--TG---A-TTG-AT------T------C-A-A-T--GG--G--A---TA-T---A-G-------A----T--G-A-A--C-AAAATT--A-A-G--T---AAGCTA---T---T-GCG-T-TT--T-TT-------GCTG---TT-----ATG--A--ATAT---G--AA-------C-A--G--A-AC-ACA-G--A-AG-AG-A-----A--G-TTTGAAA-AT-AAACAATttggtgtttcttctgcatagagctaacctagtatgtaaagtggaaatgaacaacaacaatag
gi|91096                      :     aaaagaaaag-A--A------C-T--A---GAC---A---C--GCAT--CG-T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A---G--TC-T--TC-C---G----T---C-CG-A--TTGCCCCTT---A-A-----A-A-----A---A---------TGG-C---AT----C------T-T-TG-T---T-----A---A-G--A--T-TAT------G---A-TTttaaaacaaaacgtattaacaaaacaattttagttttgcacgata
gi|91097                      :                 --A------C-T--A---GATGTTC---C--G-AT--C--T----CG-TTT-G--C---G-AGCA--ACACCG----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-CGATG----T---T-CGTA--TTA-----T---G-A-A--TA-G-----AT--A---------T-A-TATAAT----C------T-T-TG-ACTCT-----T---G-AGCA--T-TATTCT--CG---ACTTG-G-------T------C-A-AGT--TAT-GGAATTATC-TATGA-G-------A----T--G-A-AGGT--AAATT--A-ATGT-C---G----AAGTT---T-GCA-T-TT--A-TT-------GT-G---TT-----G-AATA--AT-TTG-G--AA-------C-CGGG-AATAC-ACA-CAAA-AT-AGCA-----C--G-GC--AAA-
gi|91095                      :                 --A------C-TG-A---GAT---T---CC-G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AT---T----T--G--T-G-------------C-C---G----T---TGCA-ATTTTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---T---------G-A-G---AT----A------T-T-TG-A---T-----G---G-G--A--T-aatttatatgacaatttgtttaagaaggattgtatagactaagcaaaatattgttcgttagttt
gi|91078                      :                          agg--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA---C---G----A--GAAT-G-GAG--TC-T--TC-----G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---C---------G-A-G---AT----C------T-T-TA-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------A------G-A-A-C--AAT-T---T--TCAT---A-A-------A----T--G-A-A--T-AGAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-TT--T-------------G---TT-----G-A--A--AT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA-TT-AAGCA
gi|91098                      :              aagaataaaatgaattaacataAT---T---C--G-AT--C--T----CG----------------CA--GC---G----A--G--A-A-G-G--TC-T--TC-T---G----T---T-CG-A--TTA-----T---A-A-T--GA-G-----A---
gi|91099                      :                                                 -AT--G--T----CG-TT--G--C---G-AGCATAAC---G----A--G--TTA-G-G--TC-T---C-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-ATT--GA-G-----A---A---------T-A-G---A-----C------T-T-TG-A---TG----T---G-G--A--T-CATA-T--CG---A-TTG-G-------T------CTA-A-T---AT-GT-AC--TA-T---A-C-------A----T--A-A-A--T-AAATTT--A-A-G--C---A----ATTCT---T-GCT-C-TT--TGTTTTGGGGGG--G---CT-----G-A--A--A--T---G--AA-------A-CGAG-AA-AC-ACA-C--A-AG-AG-ATAGGTT--G-AT----A-TTAAAACAATT
gi|91100                      :                                                 -AT--T--T----CG-GTA-G--C---A-AACG--AT---G----A-------A-GCG--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---C---------G-A-G---AT----C------A-T-TG-A---T-----G---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------G------G-A-A-C--AAT-G--TT--TA-T---A-A-------A----T--G-A-A--T-AGAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-AT--T-TT-------T--T---TT----------A--AT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA-TT-AAtaaacaatgtataacaaaatatttttagttttcgtagata
gi|91101                      :                                                 -AT--C--TA---CG-TT--AGCC---G-AGCA---C---G----G--T--T-ATGTG--TCGT--TC-C---G----T---T-CG----TTA-----T---G-A-TTAGA-G-----A---AACTCAATACT-ACT---AT----TGGAAGAT-T-TG-A---T-----T---A-G--C--T-TAT--C--CG---A-ATA-GAAATTTCT------T-A-A-T--GAT-G--AC--TC-T---A-GTTATGTTA----T--G-A-AACT-ACAATT--A-A-GAAA---A----A---T---T-GCA-GATT--T-TT-------GT-G---TT-----G-A--ACCA--T---G--AACGCTACTC-C--G-AA-AA-ACA-G--ATAT-AG-A-----gtacactt
gi|91094                      :                                                       --T----CG-TT--G------G-A--A--AC---G-------G--A-A-G-A--CC-T--T--------------------A--TTA-----T---G-AAT--GA-A-----A---A---------T-A-G---AT----T------T-T-TG-A---T-----T---G-GG-A--T-TATC-T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A-T--GATCG--AC--TA-T---ATA-------A----T--G-ATA--T-AAAATT--A-A-G--C---A--------T---T-GCAAT-GT--T-TT-------G--GGGTTT-----G-G--A--AT-T---T--AA-------C-A--GGAA-AC-ACA-C--A-AT-AG-A-----A--G-AG--ATA-TC-GAACAATT
gi|91102                      :                                                                                       aagaaatacaataggtct-G--TC-T--TC-CC--G----TAACT-CG----TTAACCT-C---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-AAT---AT----C------T-T--G-A---C-----TCCTGCG--A--TATAT--T--CG---A-TTA-GA------G------C-A-A-T--GAT-G--AC--TC-T---ATG-------A----T--GCA-AC-T-AAACGTAAA-A-G--CGCTA----A---TTTGT-ACA-T-TT--T-TT-------A--G---TTTGTCAA-A--G--AT-TTCGG--AA-------C-CA-G-AA-AC-A-A-C--A-Ataaacaatgtatactaacgtaatatttttttagttttcatgat
gi|91103                      :                                                                                                                                                                                        -T---GT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--G--T-TAT--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A-T--GAA-G--AC--TA-T---A-G-------A----C--G-A-A--TAAAAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TTTCT-TT-------G--G---TT-----G-A--A--AT-T---G--AA-------C-A--G-AA-AC-ACA-C--A-AG-AG-A-----A--G-TG--ATA-TC-AAACAATTatacaaaactcagggacgacagtcctagaataacataccaatattacaagtgagacatataaacaaaaatatattttccataggttttcat
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Unaligned ( gi|91105 ): ATTAAACAATTAAAAGGAATGTATAACAATAATTTTCTAGTTTTTCATGAT

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Reference ( family-551 )      :                     ATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---N-AT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-A-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TT-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--G-AA-AC-ACA-C--A-AT-AG-A-----C--G-AC--AAA---TT-A---A--ACAATTA
gi|91072                      :                     ATAATAGT-A--A------C-T--A---GAT-------C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---T-AT----C------T-T-TG-A---T-----T-----G--A--T-TAT--T--C----A-TTG-G-------T------C-ACA--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-A-AAATT--A-A-G--C--------A---T---T-GCA---TT--T-TG-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------CGC--G-AA-AC-AAA-C--A-AT-A--A-----C--G-AC--AAA---TT-A---A--ACAATTA
gi|91073                      :                   aataAATAAT-AGAA------C-T--A---GAT---T---CC-G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---T-AT----CT-----T-T-TG-A---T-----------G--G--T-TAT--T--TC---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------AG---T--G-A-A--T---AAATT----A-G--CA--A----A---T---T-GCA----T--T-TG-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---GTTAA-------C-C--G-AA-AC-AAA-C--A-AT-AG-A-----T--G-AC--AAA---TT-----A--ACAATTAaaaggaatgtataacaaaattttctagttttcatgata
gi|91074                      :                    aaaAAGAAG-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA---C---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-GG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---T-AT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--C--CG---A-TTGTG-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--A-A-A--T-A-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TG-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--G-AA-AC-AAA-C--A-AT-TG-A-----C--G-AC--AAA---TT-A---A--ACAATTaaaggaattttataacaaaatatttctaggttttcatgata
gi|91075                      :                 aataagAAGAAG-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----AAAG--T-A-GCG--TC-T--TC-C---G----T---T-GG-A--TTA-----T---G-A----GA-G-----A---A---------T-A---T-AT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--C--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--A-A-A--T-A-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TG-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--GAAA-AA-AAA-C--A-AT-TG-A-----C--G-AC--AAA---TT-----A--ACAATTAtaaaaggatgtataacaaacatttctagttttcgtgata
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gi|91078                      :                                       aaaa--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA---C---G----A--GAAT-G-GAG--TC-T--TC-----G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---C---------G-A---G-AT----C------T-T-TA-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------A------G-A-A--C--AAT-T---T--TCAT---A-A-------A----T--G-A-A--T-A-GAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-TT--T-------------G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA---TT-A---A--GCA
gi|91079                      : aagaataaaatgaattaacataAATAATTA--A------C-TTTA---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---A-AGCA--AC---G----A--G--A-AGG-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----ACACA---------A-A---A-AT----C--------T-TA-A---T-----G---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G--------------G-A-A--C--AAT-T---T--TA-T---A-A-------A----TTGA-A-A--T-A-GAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-TT--T-T---------------TT-----G-A--AAT-T---G--AA---------C--A-AA-AC-TCA-C--G----AG-A--------A-AG--AAA---TT-A---AGGACACTT
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gi|91081                      :                   aataAAAAAG-A--A------C-T--A---GATGATT---C--G-AT-----T----CG-TT--G--C---G-AG-A--AC---G----AA-G--T-A-G-G--TT-T--TGGC---GATTAT---C-CG-AA-TTA-----T---G-A-A--GG-G-----A---T---------T-G---T-AT----C------T-T-TG-A---TGCGCAT---A-GC-ATCT-TAT--T--TG---G-TTG-G-------cgtccctgtatttggtgaaacaatacaataacaataacgcttaataaatt
gi|91082                      :                   aaATAATTAT-A--A------C-T--A---GA-------------AA--C--T----CA-TT--A--C---G-AGTA--AT---G----A--G--A-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-
gi|91083                      :                       aaaAAT-A--A------CAT--AAGAGGT---T---T--C-AT--C--T----CGATT--G--C---A-AAGA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC----TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---GTA-T--GA-GGTTCTG---A---------T-A---A-ATCTTGC------T-T-TGAA---T-----T---T-G--A--C-TAT--T--TA---T-TTA-A-------T------C-G-ATTT--GGT-G--TT--TC-T-----T-------C----T--G-C-A--T-A-GAGCT--A-A-C--CT--A----G---TA--T-GTA----------A-------A--G---TG-----G-A--AA--T---G--AA-------C-------A-AC-A-A-C--A-AT-AG-
gi|91084                      :                         agAC-A--A------C-T--A---GAT---T---C--T-ATT-C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---GAGCTA--G--T-A-G-G--CT-C--GC-C---G----T---T-CG-A--TTT-----T---GTA-T--GA-G-----A---AT--------T-A---G-AT----C------T-TGTG-A---T-----T---G-G--AT-T-TAT--A--TG---A-TTG-AT------T------C-A-A--T--GG--G--A---TA-T---A-G-------A----T--G-A-A--C-A-AAATT--A-A-G--T---AAGCTA---T---T-GCG-T-TT--T-TT-------GCTG---TT-----ATG--AATAT---G--AA-------C-A--G--A-AC-ACA-G--A-AG-AG-A-----A--G-TTTGAAA---AT-A---A--ACAATT
gi|91085                      :           aaaagaaaagATAATAAT-G--AATTAAGC-T--A---GATGT-C---C--G-AT--C--TGTTGCG-TT--G--C---A---CA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CA-AT-TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---T---------C-T---G-AT----A------T-T-TG-A---T-----G---T-G--A--T-AAT--C--TT---A-TTG-G-------TGGAAAACAA-A--T--AAT-G--AC--taaaacaaaacgtattaacaaaacaattttagttttgcacgata
gi|91086                      :               aaaataATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---CACG-AA--T--T----CG-TT--G--C---G-AGCAC-AC---G----A--G--T-A-G-T--TC-T--TC-C---G----T---T-CG----TTA-----T-----A-T--GA-A-----A---A---------T-A---T-AT----CC-----T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CA---G-TT-----------------C-A----T--GATTG--AC--TC-T---A-G-------A----TA-G-A-A--T-A-AAATT--A-A-C--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TG-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--G-AA-AC-AAA-C--A-AT-AG-A-----C--A-AC---AA---TT-A---A--ACA
gi|91087                      :                    aATAATGAT-A--AT-----C-T--A----AC---T---C--G-AT--C--T----CA-TT--G--C---A-ATCA--AC---A----A--G--T-A-A-G--TA-T--TC-C---G----T---T-CG-AT-TTA-----A---G-A-T--GA-ttgaaaggaaatgtctaacaaaatattcggagttcttcatgtata
gi|91088                      :                    aATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---T-AT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-A-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TT-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AG-------C-C--G-AA-AC-ACA-C--A-AT-AG-A-----C--G-AC--AAA---TT-A---A--ACAATCA
gi|91089                      :                     ATTATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT-----T----CG-TT--G--C---G-AGCA--ACC--G----A--GA-T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----G---T-CG-A--TTA-----T---C-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---T-AT----C------TAT-TG-A---T-----T---GCG--A--T-TAT--T--CG---A-CTG-GC------T------A-A-A--T--G-T-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T---AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TT-------G--G---TT-----A-A------T---G--AG-------C-C--G-AA-AC-ACACC--A-AT-CG-A-----C--GCACA-AAA---TT-A---A--ACAATTA
gi|91090                      :                     ATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---T---------A-A---G-AT----A------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CG---A-CTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TA-T---A-G-------A----T--G-A-A--G-A-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GTA-T-TT--T-TTTTG----G--G---TC-----A-A--AAT-A---G--AG-------CAA--A-AA-AC-ACA-C--A-TG-AG-A-----A--G-AG--GAA---TT-A---A--ACAATTAaaagggaatgtttttataaaaaattatttctagttttcatgaca
gi|91091                      :                        ATAAT-A--A------CGT--A---GTTGC-T---C--G-AT--TCTT----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--A-AAG-G--TC-T--TC-C---GA---T---T-CG-A--TGA-----T-----A-T--GA-G-----A---A---------CGA---G-AT----C------T-T-TG-A---------T---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------G------G-A-A--C--ATT-T--TT--TA-T---A-A-------A----T--G-A-A--T-A-GAATT--A-A-G------G----A---C---T-ACA-T-TT--T-TT--------------T--------A--AAT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA---TA-A---G--ACACTTtaaacaatgtataacaaaatgtttttagctttcatgata
gi|91092                      :                         TAAT-A--A------C-T--A---GAC---A---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC--------A--G--T-A---G--TC-T--TC-C---G----T---C-CG-A--TTGCCCC-T---A-A-----A-A-----A---A---------T-G---C-AT----C--------T-TG-T---T-----A---A-G--A--T-TAT--
gi|91093                      :                          AAA-A--A------C-TC-A---GAT---T---C--G-ATT-C--T----CG-TT--G--C---G-AGGC--AC---G----A--G--T-A-G-GA-TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--ATA-----T---G-ATT--GAGG-----A---A---------T-A---T-AT----C------TAT-TG-A---TC----T---G-G--A--T-TAT--TACTG---ATTTG-G-------T------C-A-A--TGGGAT-G--AC--TC-T---A-G-------AGTTGT--A-A-G--TAA-AAATA--A-A-G--C---AT---A---T---TGGCA-T-TTG-C-TT-------G--GT--TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--G-AATACAAAA-C--A-ATAAG-A-----CTGG-ACA-AAA---TT-A---A--ACAAT
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gi|91095                      :             aagaaatacaataggtct--A------C-TG-A---GAT---T---CC-G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AT---T----T--G--T-G-------------C-C---G----T---TGCA-ATTTTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---T---------G-A---G-AT----A------T-T-TG-A---T-----G---G-G--A--T-taaacaatgtatactaacgtaatatttttttagttttcatgat
gi|91096                      :                          agg-A--A------C-T--A---GAC---A---C--GCAT--CG-T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A---G--TC-T--TC-C---G----T---C-CG-A--TTGCCCCTT---A-A-----A-A-----A---A---------TGG---C-AT----C------T-T-TG-T---T-----A---A-G--A--T-TAT------G---A-TT
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gi|91098                      :                                                  AT---T---C--G-AT--C--T----CG----------------CA--GC---G----A--G--A-A-G-G--TC-T--TC-T---G----T---T-CG-A--TTA-----T---A-A-T--GA-G-----A---tgtttaagaaggattgtatagactaagcaaaatattgttcgttagttt
gi|91099                      :                                                               -AT--G--T----CG-TT--G--C---G-AGCATAAC---G----A--G--TTA-G-G--TC-T---C-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-ATT--GA-G-----A---A---------T-A---G-A-----C------T-T-TG-A---TG----T---G-G--A--T-CATA-T--CG---A-TTG-G-------T------CTA-A--T---AT-GT-AC--TA-T---A-C-------A----T--A-A-A--T-A-AATTT--A-A-G--C---A----ATTCT---T-GCT-C-TT--TGTTTTGGGGGG--G---CT-----G-A--AA--T---G--AA-------A-CGAG-AA-AC-ACA-C--A-AG-AG-ATAGGTT--G-AT----A---TTAA---A--ACAATTA
gi|91100                      :                                                               -AT--T--T----CG-GTA-G--C---A-AACG--AT---G----A-------A-GCG--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---C---------G-A---G-AT----C------A-T-TG-A---T-----G---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------G------G-A-A--C--AAT-G--TT--TA-T---A-A-------A----T--G-A-A--T-A-GAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-AT--T-TT-------T--T---TT----------AAT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA---TT-A---AGTACACTTtaaacaatgtataacaaaatatttttagttttcgtagata
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Unaligned ( gi|91105 ): ATTAAACAATTAAAAGGAATGTATAACAATAATTTTCTAGTTTTTCATGAT

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Reference ( family-551 )      :                     ATAATAAT-A--A------C-T--A---GAT---T---C--G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---N-AT----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--A--T-TAT--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-A-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-TT-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--G-AA-AC-ACA-C--A-AT-AG-A-----C--G-AC--AAA---TT-A---A--ACAATTA
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gi|91093                      :                          AAA-A--A------C-TC-A---GAT---T---C--G-ATT-C--T----CG-TT--G--C---G-AGGC--AC---G----A--G--T-A-G-GA-TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--ATA-----T---G-ATT--GAGG-----A---A---------T-A---T-AT----C------TAT-TG-A---TC----T---G-G--A--T-TAT--TACTG---ATTTG-G-------T------C-A-A--TGGGAT-G--AC--TC-T---A-G-------AGTTGT--A-A-G--TAA-AAATA--A-A-G--C---AT---A---T---TGGCA-T-TTG-C-TT-------G--GT--TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-C--G-AATACAAAA-C--A-ATAAG-A-----CTGG-ACA-AAA---TT-A---A--ACAAT
gi|91094                      :                                                                     --T----CG-TT--G------G-A--A--AC---G-------G--A-A-G-A--CC-T--T--------------------A--TTA-----T---G-AAT--GA-A-----A---A---------T-A---G-AT----T------T-T-TG-A---T-----T---G-GG-A--T-TATC-T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GATCG--AC--TA-T---ATA-------A----T--G-ATA--T-A-AAATT--A-A-G--C---A--------T---T-GCAAT-GT--T-TT-------G--GGGTTT-----G-G--AAT-T---T--AA-------C-A--GGAA-AC-ACA-C--A-AT-AG-A-----A--G-AG--ATA---TC-G---A--ACAATTAgaaaaggatgcgcactataacaaattatttctagttt
gi|91095                      :             aagaaatacaataggtct--A------C-TG-A---GAT---T---CC-G-AT--C--T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AT---T----T--G--T-G-------------C-C---G----T---TGCA-ATTTTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---T---------G-A---G-AT----A------T-T-TG-A---T-----G---G-G--A--T-taaacaatgtatactaacgtaatatttttttagttttcatgat
gi|91096                      :                          agg-A--A------C-T--A---GAC---A---C--GCAT--CG-T----CG-TT--G--C---G-AGCA--AC---G----A--G--T-A---G--TC-T--TC-C---G----T---C-CG-A--TTGCCCCTT---A-A-----A-A-----A---A---------TGG---C-AT----C------T-T-TG-T---T-----A---A-G--A--T-TAT------G---A-TT
gi|91097                      :                               --A------C-T--A---GATGTTC---C--G-AT--C--T----CG-TTT-G--C---G-AGCA--ACACCG----A--G--T-A-G-G--TC-T--TC-CGATG----T---T-CGTA--TTA-----T---G-A-A--TA-G-----AT--A---------T-ATATA-AT----C------T-T-TG-ACTCT-----T---G-AGCA--T-TATTCT--CG---ACTTG-G-------T------C-A-AG-T--TAT-GGAATTATC-TATGA-G-------A----T--G-A-A--G-GTAAATT--A-ATGT-C---G----AAGTT---T-GCA-T-TT--A-TT-------GT-G---TT-----G-AATAAT-TTG-G--AA-------C-CGGG-AATAC-ACA-CAAA-AT-AGCA-----C--G-GC--AAAAATTT-ATATG--ACAATT
gi|91098                      :                                                  AT---T---C--G-AT--C--T----CG----------------CA--GC---G----A--G--A-A-G-G--TC-T--TC-T---G----T---T-CG-A--TTA-----T---A-A-T--GA-G-----A---tgtttaagaaggattgtatagactaagcaaaatattgttcgttagttt
gi|91099                      :                                                               -AT--G--T----CG-TT--G--C---G-AGCATAAC---G----A--G--TTA-G-G--TC-T---C-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-ATT--GA-G-----A---A---------T-A---G-A-----C------T-T-TG-A---TG----T---G-G--A--T-CATA-T--CG---A-TTG-G-------T------CTA-A--T---AT-GT-AC--TA-T---A-C-------A----T--A-A-A--T-A-AATTT--A-A-G--C---A----ATTCT---T-GCT-C-TT--TGTTTTGGGGGG--G---CT-----G-A--AA--T---G--AA-------A-CGAG-AA-AC-ACA-C--A-AG-AG-ATAGGTT--G-AT----A---TTAA---A--ACAATTA
gi|91100                      :                                                               -AT--T--T----CG-GTA-G--C---A-AACG--AT---G----A-------A-GCG--TC-T--TC-C---G----T---T-CG-A--TTA-----T---G-A-T--GA-G-----A---C---------G-A---G-AT----C------A-T-TG-A---T-----G---G-G--A--T-TAT--T--CA---A-TTG-G-------G------G-A-A--C--AAT-G--TT--TA-T---A-A-------A----T--G-A-A--T-A-GAATT--A-A-G--G---A----A---C---T-ACA-T-AT--T-TT-------T--T---TT----------AAT-T---G--AA-------C-A--A-AA-AC-TCA-C--G-AG-AG-A-----A--G-----AAA---TT-A---AGTACACTTtaaacaatgtataacaaaatatttttagttttcgtagata
gi|91101                      :                                                               -AT--C--TA---CG-TT--AGCC---G-AGCA---C---G----G--T--T-ATGTG--TCGT--TC-C---G----T---T-CG----TTA-----T---G-A-TTAGA-G-----A---AACTCAATACT-A---CTAT----TGGAAGAT-T-TG-A---T-----T---A-G--C--T-TAT--C--CG---A-ATA-GAAATTTCT------T-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---A-GTTATGTTA----T--G-A-AACT-A-CAATT--A-A-GAAA---A----A---T---T-GCA-GATT--T-TT-------GT-G---TT-----G-A--ACCAT---G--AACGCTACTC-C--G-AA-AA-ACA-G--ATAT-AG-A-----
gi|91102                      :                                                                                                                       -G--TC-T--TC-CC--G----TAACT-CG----TTAACCT-C---G-A-T--GA-G-----A---A---------T-A---ATAT----C------T-T--G-A---C-----TCCTGCG--A--TATAT--T--CG---A-TTA-GA------G------C-A-A--T--GAT-G--AC--TC-T---ATG-------A----T--GCA-AC-T-A-AACGTAAA-A-G--CGCTA----A---TTTGT-ACA-T-TT--T-TT-------A--G---TTTGTCAA-A--GAT-TTCGG--AA-------C-CA-G-AA-AC-A-A-C--A-A
gi|91103                      :                                                                                                                                                                                                            T----C------T-T-TG-A---T-----T---G-G--G--T-TAT--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAA-G--AC--TA-T---A-G-------A----C--G-A-A--TAA-AAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TTTCT-TT-------G--G---TT-----G-A--AAT-T---G--AA-------C-A--G-AA-AC-ACA-C--A-AG-AG-A-----A--G-TG--ATA---TC-A---A--ACAATTAatacaaaactcagggacgacagtcctagaataacataccaatattacaagtgagacatataaacaaaaatatattttccataggttttcat
gi|91104                      :                                                                                                                                                                                                                                                        tg--T--CG---A-TTG-G-------T------C-A-A--T--GAT-T--AC--AG-T---A-G-------A----T--G-A-A--T-A-CAATT--A-A-G--C---A----A---T---T-GCA-T-TT--T-Ttaaacaatgtataacaaaatagttttagttttcatgata


blockSeqs                     :                             T GA ATTAAG A TT AGA   CTTC    AC C  TC CT GTTG  A  TC GC TGA G    TA  ACC AGCT AA AA T G C GG  G GG  G GAT ATTA AAC G  T TT   CCCCT TTT T TTA   G GTTCT AACTCAATACTACT         CTTG GGAAGA A G  A CTC GCGCATA     GC TC A   TC AC  CTT T   T TGGAAAACA        . TT GG   T GA  TA  A ATG T TTATGTT GTTG TG C G AC G T     AA G T TAAGCT      AGT TTG G   AT   TC G TTTGGGGGG   GGT  TGTCA A AT   A TCG TT  CGCTACT CGG  A  T  A A C AA T TA  C TAGGTTGAT        AAT  A TAT AC
blockSeqs                     :                             . .  A      A C  .     GATT    C  .  T  G  A     .  T  .  .   .    C   C   .    A  A  . A A A   . .   . C   A    .   .  . T    CCCC  .   T TT    . .     TATATATA               .    T      A .  . .   TCCTGC      C  T  .   C  .   .   C   . AAATTTCTT        . G  .    C T   A   . C   T .       G    A  . T C  A .     .  . . CGCTA       TTC A   .   GA   G  . TTTGG       T    .     T .    A TG  .   .       CGA  G  T  . A . A  . T   . CTGGACA          C    . .   GG
blockSeqs                     :                             . .  T      G G  .     GTTC    C  .  T  .  A     .  A  .  .   .    .   .   .    A  .  . T C .   . .   . .   .    .   .  . A    ACCT  .   . TT    . .     CACAAAA                .    C      . .  . .   TGC         G  .  .   A  .   .   .   . TCA              . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  A .     .  . . AAAA        .   .   .   T    .  . TGCT        .    .     . .    . .   .   .       AA   .  .  . A . .  . T   . AGTTTG           .    . .   GT
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     GTC     .  .  .  .  A     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . T .   . .   . .   .    .   .  . T    .     .   . AT    . .     AATAT                  .    .      . .  . .   CTG         .  .  .   .  .   .   .   . TTC              . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CAA         .   .   .   T    .  . TGT         .    .     . .    . .   .   .       CA   .  .  . A . .  . T   . CGCACA           .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     GCT     .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . T    .     .   . TT    . .     ATTAG                  .    .      . .  . .   GTG         .  .  .   .  .   .   .   . CTA              . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CTA         .   .   .   T    .  . TGT         .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . T   . TGAC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ACGAG                  .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . TCT              . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CAT         .   .   .   T    .  . GG          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . G   . CGAC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATGGC                  .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . AGC              . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . TCG         .   .   .   T    .  . GG          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . T   . CGAC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAAT                  .    .      . .  . .   AG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . GG          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . A . .  . G   . CGGC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   GG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . TG          .    .     . .    . .   .   .       A    .  .  . C . .  . T   . CAAC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . AA          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . T   . CGAC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   GG          .  .  .   .  .   .   .   . TG               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . GA          .   .   .   T    .  . GG          .    .     . .    . .   .   .       A    .  .  . C . .  . T   . AGAG             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . A     . .     TGAG                   .    .      . .  . .   GT          .  .  .   .  .   .   .   . AG               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . GA          .   .   .   T    .  . TG          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . G   . AGAG             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     CGAG                   .    .      . .  . .   TT          .  .  .   .  .   .   .   . TA               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CG          .   .   .   T    .  . TG          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . A . .  . G   . CGGC             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATTG                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . TG          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . T   . AGTG             .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     TTGT                   .    .      . .  . .   GT          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . TG          .    .     . .    . .   .   .       A    .  .  . C . .  . T   . AAG              .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAA                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   C    .  . TT          .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . G   . AG               .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     TCTG                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . GG               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . TA          .    .     . .    . .   .   .       A    .  .  . C . .  . G   . AG               .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . TG          .    .     . .    . .   .   .       A    .  .  . C . .  . T   . AG               .    . .   . 
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   T    .  . T           .    .     . .    . .   .   .       C    .  .  . C . .  . G   .                               
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     A       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   AA          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . GA          .   .   .   T    .  . .           .    .     . .    . .   .   .       A    .  .  . . . .  . .   .                               
blockSeqs                     :                             . .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     TAAG                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . GG               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   .    .  . .           .    .     . .    . .   .   .       .    .  .  . . . .  .                                     
blockSeqs                     :                               .  .      . .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATGC                   .    .      . .  . .   GG          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . CA          .   .   .   .    .  .                                                                                                           
blockSeqs                     :                               .  .      . .  .     A       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . A     . .     ATAT                   .    .      . .  . .   AA          .  .  .   .  .   .   .   . TC               . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  . .     .  . . G           .   .   .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                           .  .     T       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAG                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .   . G                . .  .    . .   .   . .   . .       .    .  . . .  .                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                    .       .  .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     TGAG                   .    .      . .  . .   GG          .  .  .   .  .   .   .   . C                . .  .    . .   .                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                               .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . T     . .     ATAG                   .    .      . .  . .   TA          .  .  .   .  .   .   .   .                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                               .  .  .  .     .  .  .  .   .    .   .   .    .  .  . . . .   . .   . .   .    .   .  . .    .     .   . .     . .     CGAG                   .    .      . .  . .   TG          .  .  .   .  .   .   .                                                                                                                                                                                                                                    
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