lowQualScore                  :                     111                    3333                                           
lowQualScore                  :            11 6  1  111 333  77  1   11    6666 44444444   1  3  1 22     22   22 1   1   
lowQualScore                  :            .. .  .  ... ...  ..  .   ..    .... ........   .  .  . ..     ..   .. .   .   
lowQualScore                  :            77 1  2  111 333  77  2   77    5555 44444444   2  6  2 99     99   99 2   2   
consensus                     :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
Reference ( gi|68569 )        :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---C---CC--GG-AAT--AATG---TA--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68578                      :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---T---CC--GG-AAT--AATG--------------AA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68577                      :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---T---CC--GG-AAT--AATG-------------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-AAA-AAA
gi|68576                      :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---T---CC--GG-AAT--AATG-------------AAA-AGTTT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68571                      :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---T---CTA-GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68573                      :   TTTTTGGTG--A-TT-TT---TTCTCC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68579                      :   TTTTTTGTG--A-TTCTT---C---CC--GG-AAT--AATG---AA--------AAA-AA-AT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68572                      :   TTTTTGGTG--A-TT-TTT--C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AA-TT-GT-TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68582                      :   TTTTTTCTG--A-TT-TT---C---CCC-GG-AAT--AATGA--CA--------AAG-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68587                      :   TTTTTTGTG--A-TT-TT---T---CC--GG-AATTAGATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTCT--TTT--G-CAA-AAA
gi|68584                      :   TTTTTTCTG--A-TT-TT---C---CCTCGG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTC---TT--G-CAG-AAA
gi|68575                      :   TTTTTTGTG--ATTT-TT---C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G---TTTC--TTTGGG-CAA-
gi|68568                      :   TTTTTTTTT--A-TT-TT---C---CCC-GG-AAT--GATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-TAA
gi|68585                      :   TTTTTTATT----TT-TT---C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTCT-TTT--G-CAA-
gi|68580                      :   TTTTGTGTG--A-TT-TTT--C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AGTTT-G--ATTTC--TTT--G-CAG-AA
gi|68586                      :   TTTTTTGCG--A-TT-TTT--C---CC--GG-AAT--AATGAAAAA--------AAA-AA-AT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68583                      :   TTTTTGGTT--A-TT-TT---T---CCT-GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-AT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68581                      :   TTTGTTTTG--A-TT-TT---C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AGTTT-G--ATTTC--TTT--G-CCA-AGA
gi|68590                      :   TTTTTGGTT--A-TT-TT---T---CCT-GG-AAT--AATG-------------AAA-AG-AT-G--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68570                      :   TTTTTTTTT--A-TT-TTTC-C---CC--GG-AAT--GATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTTCATTT--G-CAA-
gi|68589                      :   TTTGTTGTG--A-TT-TTT--C---CC--GG-AAT--AATGA--TA--------AAA----TT-ATTTTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68591                      :   TTTTTGGTG--A-TT-TTGGTT---CC--GG-AAT--ATTG---AA--------AAAGAG-TT-G--TTTCC--TTTA-G-CAA-AAA
gi|68574                      :   TTTTTTGTG--ATTT-TT---C---CT--GG-AAT---ACG----A--------AAA-AG--------TTTC--TTT--G-CAA-AA
gi|68594                      :   TTTTTTAT-----TT-TT---C---CC--GG-AAT--ATTG----A--------AAA-A-----G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68588                      : ttTTTTTTAT-----TT-TT---C---CC--GGGAAT--GATG---AATTGGAGTTAAA-AG-TT-G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68592                      : tttTTTTTATG--A-TT-TTT--C---CC--GG-AAT--AATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--TTA--G-CAA-AAA
gi|68596                      :    TTTTTGCG--A-TT-TT---C---CC--GG-AAT--AACG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTA--TTT--G-CGA-
gi|68597                      :    TTTTTGTGCGA-TT-TT---C---TC--TG-AAT--AATG---AA--------AAA-AG-TT-G--TTTTC--GTT--G-CAA-AAA
gi|68593                      :    TTTTTGTG--ATTT-TT---C---CC--GG-AAT--AGTG----A--------AAA-AG-TT-G--TGTTC--TTT--G-CGA-
gi|68598                      :    TTTTTGTG--A-TT-TC---C---CC--GG-AA---AATA---GA--------AAA-GT-TT-G--TTTTT--CTT--G-CAA-AAA
gi|68595                      :    TTTTTGTG--ATTT-TT---C---CC--GG-AAA--CATG----A--------AAA-AG-TT-G--TTTTA--TTT--G-TAATAAA
gi|68599                      :       TTGTG--A-TT-TTT--C---CC--GG-AAT--AATGAA-TT--------AAA-GG-TTCG--TTTGC--TTT--GTCAA-AAA
gi|68600                      :       TTGTG--ATTT-TT---T---TC--AG-AAT--GATG----A--------AAA-AT-GT-G--TTTTC--TTT--A-CAA-
gi|68601                      :          TG--A-TT-TT---TT--CC--GG-AAT--ATTG---TA--------AAA--G-TT-G--TTATC--TTT--G-CAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                    111                                                                        
lowQualScore                  :              1  1  444 333 1 77  1   11    6666 11 666666666  11  55   22     22   22 1   1   
lowQualScore                  :              .  .  ... ... . ..  .   ..    .... .. .........  ..  ..   ..     ..   .. .   .   
lowQualScore                  :              2  2  333 222 2 55  2   66    0000 66 333333333  66  11   88     88   88 2   2   
consensus                     :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
Reference ( family-550 )      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68568                      :    TTTTTTTTTA-TT-TT---C---C-CC-GG-AAT--GATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-TAA
gi|68569                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATGT---A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68570                      :    TTTTTTTTTA-TT-TTTC-C---C-C--GG-AAT--GATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTTCATTT--G-CAA-
gi|68571                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-TA-GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68572                      :    TTTTTGGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AA--TTGT-TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68573                      :    TTTTTGGTGA-TT-TT---TTCTC-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68574                      :    TTTTTTGTGATTT-TT---C---C-T--GG-AAT---ACG----A--A---------AA--AG--------TTTC--TTT--G-CAA-AA
gi|68575                      :    TTTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG---TTTC--TTTGGG-CAA-
gi|68576                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--GT--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68577                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG-------A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-AAA-AAA
gi|68578                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG-----------------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68579                      :    TTTTTTGTGA-TTCTT---C---C-C--GG-AAT--AATGA---A--A---------AA--AA--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68580                      :    TTTTGTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AGT-TTG--ATTTC--TTT--G-CAG-AA
gi|68581                      :    TTTGTTTTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AGT-TTG--ATTTC--TTT--G-CCA-AGA
gi|68582                      :    TTTTTTCTGA-TT-TT---C---C-CC-GG-AAT--AATG----ACAA---------AG--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68583                      :    TTTTTGGTTA-TT-TT---T---C-CT-GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68584                      :    TTTTTTCTGA-TT-TT---C---C-CTCGG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC---TT--G-CAG-AAA
gi|68585                      :    TTTTTTATT--TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTCT-TTT--G-CAA-
gi|68586                      :    TTTTTTGCGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATGAAAAA--A---------AA--AA--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68587                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AATTAGATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTCT--TTT--G-CAA-AAA
gi|68588                      :    TTTTTTAT---TT-TT---C---C-C--GGGAAT--GATG----A--ATTGGAGTTAAA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68589                      : tttTTTGTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--T---------AA--AA--TTATTTTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68590                      :    TTTTTGGTTA-TT-TT---T---C-CT-GG-AAT--AATG----A--A---------AA---G--ATG--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68591                      :    TTTTTGGTGA-TT-TTGGTT---C-C--GG-AAT--ATTG----A--A---------AAAGAG--TTG--TTTCC--TTTA-G-CAA-AAA
gi|68592                      :     TTTTTATGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTA--G-CAA-AAA
gi|68593                      :     TTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AGTG----A--A---------AA--AG--TTG--TGTTC--TTT--G-CGA-
gi|68594                      :    TTTTTTAT---TT-TT---C---C-C--GG-AAT--ATTG----A--A---------AA--A-----G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68595                      :   ttTTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAA--CATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTA--TTT--G-TAATAAA
gi|68596                      :     TTTTTGCGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AACG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTA--TTT--G-CGA-
gi|68597                      :    TTTTGTGCGA-TT-TT---C---T-C--TG-AAT--AATGA---A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--GTT--G-CAA-AAA
gi|68598                      :    tTTTTTGTGA-TT-TC---C---C-C--GG-AA---AATA----G--A---------AA--AGT-TTG--TTTTT--CTT--G-CAA-AAA
gi|68599                      :        TTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--ATT-------AA--AGGTTCG--TTTGC--TTT--GTCAA-AAA
gi|68600                      :        TTGTGA-TT-TT---T---TTC--AG-AAT--GATG----A--A---------AA--AT--GTG--TTTTC--TTT--A-CAA-
gi|68601                      :           TGA-TT-TT---TT--C-C--GG-AAT--ATTG----T--A---------AA--AG--TTG--TTATC--TTT--G-CAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                    111                                                                        
lowQualScore                  :              1  1  444 333 1 77  1   11    6666 11 666666666  11  55   22     22   22 1   1   
lowQualScore                  :              .  .  ... ... . ..  .   ..    .... .. .........  ..  ..   ..     ..   .. .   .   
lowQualScore                  :              2  2  333 222 2 55  2   66    0000 66 333333333  66  11   88     88   88 2   2   
consensus                     :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
Reference ( family-550 )      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68568                      :    TTTTTTTTTA-TT-TT---C---C-CC-GG-AAT--GATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-TAA
gi|68569                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATGT---A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68570                      :    TTTTTTTTTA-TT-TTTC-C---C-C--GG-AAT--GATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTTCATTT--G-CAA-
gi|68571                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-TA-GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68572                      :    TTTTTGGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AA--TTGT-TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68573                      :    TTTTTGGTGA-TT-TT---TTCTC-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68574                      :    TTTTTTGTGATTT-TT---C---C-T--GG-AAT---ACG----A--A---------AA--AG--------TTTC--TTT--G-CAA-AA
gi|68575                      :    TTTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG---TTTC--TTTGGG-CAA-
gi|68576                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--GT--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68577                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG-------A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-AAA-AAA
gi|68578                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG-----------------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68579                      :    TTTTTTGTGA-TTCTT---C---C-C--GG-AAT--AATGA---A--A---------AA--AA--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68580                      :    TTTTGTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AGT-TTG--ATTTC--TTT--G-CAG-AA
gi|68581                      :    TTTGTTTTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AGT-TTG--ATTTC--TTT--G-CCA-AGA
gi|68582                      :    TTTTTTCTGA-TT-TT---C---C-CC-GG-AAT--AATG----ACAA---------AG--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68583                      :    TTTTTGGTTA-TT-TT---T---C-CT-GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68584                      :    TTTTTTCTGA-TT-TT---C---C-CTCGG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC---TT--G-CAG-AAA
gi|68585                      :    TTTTTTATT--TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTCT-TTT--G-CAA-
gi|68586                      :    TTTTTTGCGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATGAAAAA--A---------AA--AA--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68587                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AATTAGATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTCT--TTT--G-CAA-AAA
gi|68588                      :    TTTTTTAT---TT-TT---C---C-C--GGGAAT--GATG----A--ATTGGAGTTAAA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68589                      : tttTTTGTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--T---------AA--AA--TTATTTTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68590                      :    TTTTTGGTTA-TT-TT---T---C-CT-GG-AAT--AATG----A--A---------AA---G--ATG--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68591                      :    TTTTTGGTGA-TT-TTGGTT---C-C--GG-AAT--ATTG----A--A---------AAAGAG--TTG--TTTCC--TTTA-G-CAA-AAA
gi|68592                      :     TTTTTATGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTA--G-CAA-AAA
gi|68593                      :     TTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AGTG----A--A---------AA--AG--TTG--TGTTC--TTT--G-CGA-
gi|68594                      :    TTTTTTAT---TT-TT---C---C-C--GG-AAT--ATTG----A--A---------AA--A-----G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68595                      :   ttTTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAA--CATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTA--TTT--G-TAATAAA
gi|68596                      :     TTTTTGCGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AACG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTA--TTT--G-CGA-
gi|68597                      :    TTTTGTGCGA-TT-TT---C---T-C--TG-AAT--AATGA---A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--GTT--G-CAA-AAA
gi|68598                      :    tTTTTTGTGA-TT-TC---C---C-C--GG-AA---AATA----G--A---------AA--AGT-TTG--TTTTT--CTT--G-CAA-AAA
gi|68599                      :        TTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--ATT-------AA--AGGTTCG--TTTGC--TTT--GTCAA-AAA
gi|68600                      :        TTGTGA-TT-TT---T---TTC--AG-AAT--GATG----A--A---------AA--AT--GTG--TTTTC--TTT--A-CAA-
gi|68601                      :           TGA-TT-TT---TT--C-C--GG-AAT--ATTG----T--A---------AA--AG--TTG--TTATC--TTT--G-CAA-AAA


blockSeqs                     :              T  C  GGT TCT T TC  G   TA    AAAA CA TTGGAGTTA  AG  GT   TT     CA   GG T   T
blockSeqs                     :              .  .  TC  T   . A   .   .     T    .  TT         .   T    T      T    A  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . C   .   .     A    .  .          .   T    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . T   .   .     A    .  .          .   T    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . T   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  T   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .
blockSeqs                     :              .  .  .   .   . .   .   .     .    .  .          .   .    .      .    .  .   .


blockSeqCons                  :                              **
originalCons                  :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
finalCons                     :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                    111                                                                        
lowQualScore                  :              1  1  444 333 1 77  1   11    6666 11 666666666  11  55   22     22   22 1   1   
lowQualScore                  :              .  .  ... ... . ..  .   ..    .... .. .........  ..  ..   ..     ..   .. .   .   
lowQualScore                  :              2  2  333 222 2 55  2   66    0000 66 333333333  66  11   88     88   88 2   2   
consensus                     :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
Reference ( family-550 )      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68568                      :    TTTTTTTTTA-TT-TT---C---C-CC-GG-AAT--GATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-TAA
gi|68569                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATGT---A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68570                      :    TTTTTTTTTA-TT-TTTC-C---C-C--GG-AAT--GATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTTCATTT--G-CAA-
gi|68571                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-TA-GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68572                      :    TTTTTGGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AA--TTGT-TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68573                      :    TTTTTGGTGA-TT-TT---TTCTC-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68574                      :    TTTTTTGTGATTT-TT---C---C-T--GG-AAT---ACG----A--A---------AA--AG--------TTTC--TTT--G-CAA-AA
gi|68575                      :    TTTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG---TTTC--TTTGGG-CAA-
gi|68576                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--GT--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68577                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG-------A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-AAA-AAA
gi|68578                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AAT--AATG-----------------AA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-AAA
gi|68579                      :    TTTTTTGTGA-TTCTT---C---C-C--GG-AAT--AATGA---A--A---------AA--AA--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68580                      :    TTTTGTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AGT-TTG--ATTTC--TTT--G-CAG-AA
gi|68581                      :    TTTGTTTTGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AGT-TTG--ATTTC--TTT--G-CCA-AGA
gi|68582                      :    TTTTTTCTGA-TT-TT---C---C-CC-GG-AAT--AATG----ACAA---------AG--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68583                      :    TTTTTGGTTA-TT-TT---T---C-CT-GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-GAA
gi|68584                      :    TTTTTTCTGA-TT-TT---C---C-CTCGG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC---TT--G-CAG-AAA
gi|68585                      :    TTTTTTATT--TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTCT-TTT--G-CAA-
gi|68586                      :    TTTTTTGCGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATGAAAAA--A---------AA--AA--ATG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68587                      :    TTTTTTGTGA-TT-TT---T---C-C--GG-AATTAGATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTCT--TTT--G-CAA-AAA
gi|68588                      :    TTTTTTAT---TT-TT---C---C-C--GGGAAT--GATG----A--ATTGGAGTTAAA--AG--TTG--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68589                      : tttTTTGTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--T---------AA--AA--TTATTTTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68590                      :    TTTTTGGTTA-TT-TT---T---C-CT-GG-AAT--AATG----A--A---------AA---G--ATG--TTTTC--TTT--G-CAG-AAA
gi|68591                      :    TTTTTGGTGA-TT-TTGGTT---C-C--GG-AAT--ATTG----A--A---------AAAGAG--TTG--TTTCC--TTTA-G-CAA-AAA
gi|68592                      :     TTTTTATGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--TTA--G-CAA-AAA
gi|68593                      :     TTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AGTG----A--A---------AA--AG--TTG--TGTTC--TTT--G-CGA-
gi|68594                      :    TTTTTTAT---TT-TT---C---C-C--GG-AAT--ATTG----A--A---------AA--A-----G--TTTTC--TTT--G-CAA-
gi|68595                      :   ttTTTTTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAA--CATG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTA--TTT--G-TAATAAA
gi|68596                      :     TTTTTGCGA-TT-TT---C---C-C--GG-AAT--AACG----A--A---------AA--AG--TTG--TTTTA--TTT--G-CGA-
gi|68597                      :    TTTTGTGCGA-TT-TT---C---T-C--TG-AAT--AATGA---A--A---------AA--AG--TTG--TTTTC--GTT--G-CAA-AAA
gi|68598                      :    tTTTTTGTGA-TT-TC---C---C-C--GG-AA---AATA----G--A---------AA--AGT-TTG--TTTTT--CTT--G-CAA-AAA
gi|68599                      :        TTGTGA-TT-TTT--C---C-C--GG-AAT--AATG----A--ATT-------AA--AGGTTCG--TTTGC--TTT--GTCAA-AAA
gi|68600                      :        TTGTGA-TT-TT---T---TTC--AG-AAT--GATG----A--A---------AA--AT--GTG--TTTTC--TTT--A-CAA-
gi|68601                      :           TGA-TT-TT---TT--C-C--GG-AAT--ATTG----T--A---------AA--AG--TTG--TTATC--TTT--G-CAA-AAA