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finalCons : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C-C-CACTTGTCCAT-TCG-GAC-A---AGCTGACATCAAAT-----------TT---AC-TTG-TCCG--AAC---G--CAAA-TTTTGCTT-GTCCG---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 222222222222 1111 1111111111 1111
lowQualScore : 33 2222 777 999999999 1 777 1 222 888888888888 11 11 9999 0000 1 3 33 5555555 1 0 1 0000000000 4444444 666 5555 33 77777 55 1111 4
lowQualScore : .. .... ... ......... . ... . ... ............ .. .. .... .... . . .. ....... . . . .......... ....... ... .... .. ..... .. .... .
lowQualScore : 55 7777 111 111111111 2 333 3 333 000000000000 88 55 4444 6666 3 9 11 1111111 3 2 3 4444444444 8888888 111 0000 22 44444 99 4444 0
consensus : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT-TCG-GACA---AGCTG-AC----A-TC--AA-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---G--CAAA-TTTTGCTT-GTCCG---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
Reference ( family-549 ) : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT-TCG-GACA---AGCTG-AC----A-TC--AA-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---G--CAAA-TTTTGCTT-GTCCG---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
gi|20618 : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT-TCG-GACA---AG-TG-ACT---A-TG--AT-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--CAAA-TTTTGCTT-GTCCA---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
gi|20619 : CAGGGCTCAACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT-TCG-GACA---AG-TG-ACT---A-TG--AT-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--CAAA-TTTTGCTT-GTCCA---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
gi|20620 : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT-TCA-GACA---AG-TG-ACT---A-TG--AT-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--CAAA-TTTTGCTT-GTCCA---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
gi|20621 : CAGGGCTCGACATA--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCTAT-TCG-GACA---AG-TG-ACT---A-TG--AT-A--T-CT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--CAAA-TTTTGCTT-GTCCA---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAATA-AACATTTT----AATAA-TAATACTA
gi|20622 : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-AATAC--C-CACTTGTCCAT-TCG-GACA---AG-TG-ACTAGTA-TG--AT-A--T-TT----AC-TTG-ACCGCGAAC---A--CAAA-TTTTGCTT-GTCCA---------A-------A---GAAA----C--AA--TT--AAAT--AACATTTTAATAAATAA-TAATACTA
gi|20623 : CAGGGTTCAACATT--A----ACTTCAATTTT----------CACTTGTCCATGCCGTGACA---AACTG-CC----A-CC--G-------TT----AT-TTG-TCCA--AAG---G--TATA-TTTTACTT-ATC
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gi|20625 : CAGGGCTCAACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGT
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gi|20627 : CAGGGTTCAACATT--A----ACTTCA-TTTT--------C-CACTTGTCCAT-T-G-GACA---AGCTG-CC----A-CC--AA-A--TGTT----AC-TTG-TCCG--AAT---G--TATA-TTTTACTT-GTCCG---------A-------CTCTG-AA----C--A------AAAAC--AAGA-TTT----AATGT-TAA
gi|20628 : CAGGGCTCAACATT--A----ACTTAAATTT---------C-CACTTGTCCA--TAG-GACA---AGCTG-CT----A-CC--AA-A--TGTT----AC-TTG-TCCA--AAT---G--TATA-TTTTACTT-GTCCA---------A-------
gi|20629 : CAGGGCTCAACATT--A----GCTTAAATTT---------C-CACTTGTCCAT-T-G-GACA---AGCTT-CC----A-TC--AA-A--TGTT----AC-TTG-TCCA--AAT---A--TATA-TTTTACTT-GTCCG---------A-------
gi|20630 : CAGGGATAAACATT--A----ACTT---TTA--A---T--C-TGCTTGTCC-T-TCG-GGCA---AGTAA-AC------TC--AA-A--C-TTTC--AC-TTG-TCCG--AAT---G--AAAA-ATTTGCTT-GTCC----------A-------A---AAAA----CTTAA--CT-GCAAT---ACACTTT----
gi|20631 : CAGTGCTCAACATT--A----ACTTAAATTT---------C-CACTTGTCCAT--CG-GACA---AGCTG-CC----A-CC--GA-A--CATT----AC-TTG-TCCG--AAT---G--TATA-TTTTACTT-GTCCG---------A-------
gi|20632 : CAGGACTCAACATT--ATTAAACTTAAATTT---------C-CACTTGTCCA--TAG-GACA---AGCTG-AC----A-TC--AA-A--TGTT----AC-TTG-TCCG--AAT---G--TATA-TTTTACTT-GTCCG---------A-------A---
gi|20633 : CAGGGATAGACATT--A----CCTT---TT----------C-CACTTGTCCA--TCG-GGCA---AGCAT-AC------TC--AA-ACTT-TT----AC-TTG-TCCG--AAT---G--AAAG-ACTTGCTT-GTCCA---------A-------A---
gi|20634 : CAGGGCTCAACATT--A----ACTTAAATTT---------C-CACTTGTCCA--TCG-GATA---AGTTGCCC----A-CC--AA-T--A-AT----AC-TTGTTTCG--AAT---G--TATA-TTTTACTT-GTCCGACTCTGAACA-------A---GAAA----C-------T-AAAAC--AAAA-TTC----AATGA-
gi|20635 : CAAGGCTCAATATT--A----ACTTAA-TTTC-A---TTTC-CACTTGTCCAT--CG-GACA---AGCTG-CT----A-TC--GA-A--TGTT----GC-ATG-GCCG--AAT---G--TATA-AATTGCTT-GTCCG---------G-------ATCTG-AA----C--A------AAAAC--AAGGTTT
gi|20636 : CAGGGATAGACATTTCA----ACTT---TTTTTA---TT-C-CACTTGTCCA--TCG-GGCA---AAGTC-AT----ACTC--AA-A--C-TTTTCCAC-TGG-TCCG--AAT---GAAGAAA-CGTTACTT-GTCCA---------A-------A---AAA
gi|20637 : CAGGGTTAGACATTTTA----ACTT---TTTC-----T--T-CACTTGCCC-T-TCG-GGCA---AGCAA-AC------TC--AA-A--C-TTTC--AC-TTG-TCCG--AAT---T--TAAA-AATTAGTT-GTCCG---------A-------A---
gi|20638 : CAGGGATAGACATT--G----ACTT---TTAA-T---C--T-CACTTGTCC-T-TTG-GGGA---AG------------TC--AA-GCTT-TC----AC-TTG-TCCA--AAT---G--AAAA-ACTTACTT-GTCCA---------A-------
gi|20639 : CAGGGCTCAACATT--A----ACGT---AAAT-G---T--C-CACTTGTCCA--TAG-GACA---AGCTG-CC----A-CC--AA------TT----AC-TTGTTTCG--AAT---G--TATA-ATTTACTT-GTCCG---------ACTCTGACA---AAAA----C--AAAGCA-AAAAC--AATGTTT
gi|20640 : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CAC
gi|20641 : CAGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CA
gi|20642 : CAGGGTTAGACATT--A----ACTT---TTTC-----T--T-CAC-TGCCC-T-TCG-GGCA---AGTAA-AC------TC--AA-ACTT-TC----AC--TG-TCCG--AAT---T--TAAA-AATTAGTT-GTCCG---------A------------AAATTTTC--AA--CT-TAAATTCAATATT
gi|20643 : AGGGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT-TTG-GACA---AG-TG-ACT---A-TG--AT-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--CAAA-TTT---TT-GTTCAAAAT-----A-------A---GAGA----A--AA-----AAAAT--AA
gi|20644 : AGGGATAGACATT--A----ACTT---TTTT-AT--T--T-CACTTGTCCA--TCG-GGCA---AGTTA-AC----T-CC--AA-A--C-TT----CA-TTG-TCCG--AAT---G--AAAA-ACTTACTTGGTCCA---------A-------A---
gi|20645 : GGCTCGACATT--A----ACTT---TTTT-A---C--C-CACTTGTCCAT--CG-GACA---A--TG-AC----T-TT--GATA--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--CAA--TTTTGCTT-GTC-A---------A-------A---GAAA----C--AA--TT-AAAAT--AACATTTT----AATAA-TAATACTA
gi|20646 : TCTACATT--T----ACTT---TTTC-T---C--C-TACTTGTTAAT-TTG-GGCA---AGTTA-GT----T-TTTGAG-A--T-TT----ACTTTG-TCCGT-GAC------CAAA-TTT
gi|20647 : GACATT--A-----CTT---TTGA-T---C--T-CACTTGTCC-T-TCG-GGCA---AGT---AT----AGTC--AA-A--C-TTTC--AC-TTG-TCCG--AAT---G--CAAA-AATTGCTT-GTCCG---------A-------A---AA
gi|20648 : ATT--A----AC-T---TTTT-A---T--TGCACTTGTCCAT-GCG-GGCA---AGTAT-AC------TC--AA-C--T-TC----AC-TTGTTCCG--AAT---G--AAAA-ACTTA-TT-GTCCA---------A-------A---AAAA-------AA--TT-AA
gi|20649 : -CACTTGTCCGA-TCG-GACA---AG-TGTGT----A-TC--GA-G--T-TTC---AC-TTG-TCCG--AACTGGG--C----TTTCACTT-GTCC
gi|20650 : -CACTTGCCCGA-TCG-GACA---AG-TGTGT----A-TC--GA-T--T-TTC---AC-TTG-CCCG--AAC---T--GGGT-TTTCACTT-GTCC
gi|20651 : CA---AG-TG-AC------TG--AT-A--T-TT----AC-TTG-TCCG--AAC---A--C-AA-TTT--CTT--TCCA---------A-------A---GAAA----C--AA--TTAAAAAT--AACATTTTA---AATAATTAATACTA