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Reference ( gi|121596 )       : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---GC---A-ATG---A-----A---T-T--------T-G-A---A----AT---G---C-GT---T---TT----TG-ATG--T-G-T------A----A-TT-G-TTGCCA-------TT-TAT--C-AT-C-CCTG-AA---A-GTTTAA-A------A--TTTCAATC-TT-TA----A--T--GA-TTT-CCG---AGAAAATG
gi|121597                     : ACTACTT-CCG-ATGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---GC---A-A-A---A-----A---T-T--------T-G-A---A----AT---G---C-GT---T---TT----TG-ATG--T-C-T------A------TT-C-TTGCCA-------TT-TAT--C-AT-C-CCTG-AA---A-GTTTAA-A------AACTTT--ATC-TT-TA----A--T--GA-TTT-TTG---AGAAAATG
gi|121604                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AAT-A----CG---GA---A-ATA---A-----A---T-T--------T-G-A---A----ATT--G---C-GT---T---TT-----G-ATGGTT-C-T------A----G-TT-G-TTGCCA-------TT-TATTTC-AT-C-CCTG-AA---ACGTTTAA-A------A--TCTCAATC-TT-TA----A--T--GATTTT-TCG---AGAAAATG
gi|121599                     : ACTACTT-CCG-GTGA--ACGA-T--GGA-AGTGA----CG---GC---A-ACA---A-----A---T-C--------T-G-A---T----AT---G---C-GT---T---TT----TC-ATA--T-G-T------T----A-TT-G-TTGCCA-------TC-TAT--C-AT-T-CCTG-AA---A-GTTTAA-A------G--ATCCAATC-TT-TA----A--T--AA-GTT-TTG---AGAAAACG
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gi|121611                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CTCGGA-AG-GA----CG---CC---A-AAA---G-----A---TAT--------T-A-C---A----ATACCG---C-ATACAT---CT----T---CG--T-C-T------AT---A-TA-G-TCAACG-------TC-TAT--C-AT-C-CCTG--A---A-GTTTAA-A------G--TGTCTGTC-TT-TATCCTA--C--GT-TTTGAAG---AGAAAATGaaatttcatatc
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gi|121615                     :    ACTT-CCA-GTG---ACGA-CCGGAA-AGTGA----CG---CC---G-AAA---AT----A---T-T--------T-A-A---A----CT---C---CAGTAGGT---AT----TG--TC--C-A-T------A----A----G-TCAACG-------TC-TAT--C-AT-C-CCTG-AA---A-GTTTGA-A------G--GGTCTGTC-TT-AT----C--T--AG-TTT---G---AGAAAATGctcgttattgataaattgagaaa
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gi|121614                     :    ACTT-TCC-GTG---ACGA-CCCGGA-AGTGAGGACCG---AC---A-AT----------A---C-T--------C-G-A---A----CC---C---C-CTAACT---TT----T---TG--C-G-T------A------TC-C-TTGCGA-------ATATAT--C-AT-C-CCTG-CA---A-GTTT
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gi|121625                     :           G-GTAG--ACAAAC----A-AGTGA----CG---GCCA-A-AAA---A-----G---T-T--------T-GTAT--A----AT---GACAT-AT---T---TTACTATG-ATT--T-A--------A----A-TT-A-TTGCCA-------TC-TAT--C-AT---CCTG-AAGCGA-GTTTGA-A------G--ACCTAATC-TT-CA----T--TTCGA-TTT-ATGAGTAGAAAAT
gi|121626                     :            -GTTG--ACGA-CT-GGA-AGTGA----TG---GA---A-ACA---A-----AACCT-T--------T------------AT---A---C-CT---A---TC----TC-ACA--CCA-C------G----A-T--G-TCACGA-------TA-TAT--C-AT-C-CCTG-AA---A--TTTGA-A------G--ACTCAATA-TT-AA----A--C--TG-TTT-AGG---AGAAA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|121628 ): ATCATTCCTGAAAGTTTGAAGACTCTTATTTTTAACCATAAACGAGAAA
Unaligned ( gi|121623 ): TCCGGTGACGACCGGAAGTGCCGAAAGCAAAACCTTTCTACCTAATGCACACCACAATGTCACGATATATCATTCCTGAATGTTTGAAGACTCAATCCTAAACCGTTCAGGAGAAA






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Reference ( family-548 )      : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C--GT---T---TT--TN-AC------------G--T-N-T-----A-A-TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GNCT-C-NATC-TT-TA-AT----C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
gi|121594                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTAA----CG---G---C--AGTA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C--GT---T---TT--CC-AT------------G--T-C-A-----A-A-TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACC-C-TATC-TT-GA-AC----C--A-T-AA-TT--G---AGAAAATG
gi|121595                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----TGCGAG---C--AGAATCTAAGTA----T-T--------T-G-A---G----A-T---
gi|121596                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C--GT---T---TT--TG-AT------------G--T-G-T-----A-A-TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-ATTT-C-AATC-TT-TA-AT----G--A-T-TT-CC--G---AGAAAATGaattaggatttttatattacat
gi|121597                     : ACTACTT-CCG-ATGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AA-A---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C--GT---T---TT--TG-AT------------G--T-C-T-----A---TT-CTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-AACT-T-TATC-TT-TA-AT----G--A-T-TT-TT--G---AGAAAATG
gi|121598                     : ACTACTT-CCGTGTGA----GA-CA-GGA-AGTGA----CG-------C--AATC---A---A----T-T--------TTG-A---A----A-T---G-C--AT---T---TTCATA-A----------------T-C-T-----A-A-TT-GTT-----GCCG-------TTTA--TG-A-T-C-CCTGAA---A-GTT
gi|121599                     : ACTACTT-CCG-GTGA--ACGA-T--GGA-AGTGA----CG---G---C--AACA---A---A----T-C--------T-G-A---T----A-T---G-C--GT---T---TT--TC-AT------------A--T-G-T-----T-A-TT-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-T-CCTGAA---A-GTTTAAA-GATC-C-AATC-TT-TA-AT----A--A-G-TT-TT--G---AGAAAACG
gi|121600                     : ACTACTT-CCG-GTGA--ACGA-T--GGA-AGTGA----CG---G---C--AACA---A---A----T-C--------T-G-A---T----A-T---G-C--GT---T---TT--TC-TC------------A--T-G-T-----T-A-TT-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-T-CCTGAA---A-GTTTAAA-GATC-C-AATC-TT-TA-AT----A--A-G-TT-TT--G---AGAAAACG
gi|121601                     : ACTACT--CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTGA----C----G---C--AATA---A---A----A-T--------T-G-A---A----A-T-----C--GT---T---TT------C------------A--T-T-C-----A-ACTT-GAT-----GCAA-------TCTA--TCGA-T-C-CCTGAA---G-GTTTGAA-GACC-T-TATC--T-GA-AC----C--A-T-AA-AT--G---AGAAAATG
gi|121602                     : ACTACTG-CCG-GTAG--GCGA-T--GAA-AGTGA----CG---A---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-T--GA---A---TT--TC-AC------------A--T-C-T-----A-A-AA-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-G-CCAGAA---A-GTTTGAA-GACT-C-AATC-TC-TA-AC----C--A-T-TT-AT--G---ATAAAACG
gi|121603                     : ACTACTG-CCG-GTAG--GCGA-----GACAGTGA----CG---A---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-T--GCA--T---TT--CA-AC------------T--G-C-T-----A-A-AA-GTTT----GCCA-------TCTA--TC-A-T-G-CCAGAA---A-AGTTGAA-GACTCC-AATC-TC-TA-AC----C--A-T-TTAAT--G---ATAAAACG
gi|121604                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AAT-A----CG---G---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----ATT---G-C--G----T---TT--TG-AT------------GGTT-C-T-----A-G-TT-GTT-----GCCA-------TTTATTTC-A-T-C-CCTGAA---ACGTTTAAA-ATCT-C-AATC-TT-TA-AT----G--A-T-TT-TTC-G---AGAAAATG
gi|121605                     :  CTACTTTCCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTGA----CG---G---C--AATA---A---A----T-TA-------T-GAA---A----A-T---G----GT---T---TT--TC-AT------------G--T-C-A-----A-A-TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TC-A-TAC-CCTGAA---G-GTTTGAA-GACC-C-TATC-TT-GA-AC----C--A-T-AA-AT--G---AGAAAATG
gi|121606                     :  CTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AAAA---A---A----A-T--------T-G-A---A----A-TA--A-A--AT---T---TT--CT-AT---------------T-T-G-----A-A-TT-ATT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACC-T-AATC-TT-CA-TT----C--A-T-TT-AT--T---AGAAATTG
gi|121607                     :  CTACTT-CCA-ATGG--TTGA-C--GGA-AGTGA----CT---G---C--AACA---A---A----T-T--------T-A-A---
gi|121608                     :   TACTT-CCG-G--G--ACGA-C--G-A-AGTGA----CG-------C--AATA---A---T----TGT--------T-G-A---AT---A-T---G----GT---T---TT--T--AC------------A--T-G-TC----A-A-TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-GTCT-C-AATC-TT-TA-AT----C--A-G-TT-TC--G---AGAAAATGggtagtt
gi|121609                     :   TACTT-CCG-TTG---ACGA-CCCGGA-AGTGA----CG---C---C--GA-A---A---A----TAT--------T-C-A---ACTC-A-T---G-CT-AT---C---TT--TG-TC---------------T-A-T-----A-A----GTG-----AACG-------TCTA---C-A-T-C-CCTGAA---C-GTTTGAA-GTGT-C-TGTC-TT----AT----CTAG-T-TT-TT--G---AGAAAATG
gi|121610                     :    ACTT-CCG-GT-G--ACGACC--GGA-AGTGT----CA---A---A--AACA---A---AACCTT-T--------T-A-ACCTA----A-T---G-C--A-------------C-AC---------------C-A-C-----A-A--T-GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACT-C-AATC-TTAAA-AC----C--G-A-TT-AG--G---AGAAA
gi|121611                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CTCGGA-AG-GA----CG---C---C--AAAA---G---A----TAT--------T-A-C---A----A-TACCG-C--ATACAT---CT--T---C------------G--T-C-T-----ATA-TA-GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTG-A---A-GTTTAAA-GTGT-C-TGTC-TT-T--ATCCTAC--G-T-TT-TGAAG---AGAAAATG
gi|121612                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGT----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C--CT---A---AT--TC-AC------------A--C-CAC-----A-A-T--GTC-----ACAA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GAGT-C-AATC-TT-AA-AC----C--G-T-TT-AG--G---AAAAA
gi|121613                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGATC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AAAG---AT--A----T-T--------T-A-A----------------C--CT---A---TC--TA-G--------------------------A-T-TT-GTCTACAAGTCAAG-----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGT-C-TGTC-TT-TA-
gi|121614                     :    ACTT-TCC-GTG---ACGA-CCCGGA-AGTGAGGACCG---A---C--AATA------------C-T--------C-G-A---A----C-C---C-C--CTAACT---TT--TT-GC------------G--T-A-T-----C-C-TT-G-C-----GA-A-------TATA--TC-A-T-C-CCTGCA---A-GTTTTCGTGACT-C-TATC-TT-TT-AC----C--G-TGTT-CT--G---CGAAAA
gi|121615                     :    ACTT-CCA-GTG---ACGA-CCGGAA-AGTGA----CG---C---C--GAAA---AT--A----T-T--------T-A-A---A----C-T---C-CA-GTAGGT---AT--TG-TC---------------C-A-T-----A-A----GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GGGT-C-TGTC-TT----AT----CTAG-T-T---T--G---AGAAAATG
gi|121616                     :    ACTT-CCG-ATG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----TG---G---C-----------------------------C-G-A---C----A-T---G-C------------T--CA-ACCCCCAAACATATG--T-C-T-----A-G-TC-CTT-----GTGA-------TCTA--AC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTTGT-GACT-C-TATC-TC-TT-AC----C--G-T-TT-CT--G---AGGAGATG
gi|121617                     :    ACTT-CCG-GT-G--ACGACC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AAAG---AT--A----T-T--------T-------A----A-C---C-C----------------A-AC---------------T-A-G-----A-T-TT-GTC-----TCCAAGAGAAGTATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGT-C-TGTC-TT-TA-
gi|121618                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---A---C--GAAA---A-------------------T-A-ATC-A----A-C---C-C--AT---TAAGTC--TT-AC------------G--C-A-C-----A--------T-----ACCAAGG----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTCTCAA-GTGT-C-TGTC-TT-TA-CT----C--G-T-TA-TT--G---ATAAATTGccggatatggaaa
gi|121619                     :    ACTT-CCG-GTGA--ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---GGACC--GACA---GCC-G----T-T----------------A----A-C---G-CCCAT---T---CG--TGCAC------------G--T-T-CTACTAA-A-TTAGTT----------------TCT---TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGGT-GA-T-C-TATC-TTATA-AT----C--G-T-TT-TT--G---AGAAAAagaaa
gi|121620                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGC-AGTAA----CG---C---C----GA---A---A----T-TGCACCCCTT-G-G---A----A-T-----C--TT---T---CT--TA-A-------------------------------T-GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCCGAA---A-GTTTGAA-GTGT-C-TGTC-TT-
gi|121621                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGAGA----CG---C---C--AAAC---AT--A----T-T--------T-G-GCCCA----A-T-----T--AT---T---CT--TG-CT------------T--T-C-T-----A-A-T-----------CCAGG-----TCAA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTCCAA-GTGT-C-TGTC-TT-TA-CT----T--G-T-TA-TT--G---AGAAAATG
gi|121622                     :    ACTT-CCG-GTAA--ATGAAC--AGA-AATGA----CG---G---T--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---A-C--
gi|121623                     :       T-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGC----CGAAAG---C--AAAA---C---C----T-T--------TCT-ACCTA----A-T---G-C--A-------------C-AC---------------C-A-C-----A-A--T-GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-T-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACT-C-AATC-CT-AA-AC----C--G-T-TC-AG--G---AGAAAaaatttcatatc
gi|121624                     :       T-CCG-GTGACAACGG-C--GGA-AGTGA----CG---C---CA-AATA---T---A----T-T--------C-T-A---ACCCGA-T---A-G--GT---C---TT-------------------G--TCC-T-----A-A-TA-GTT-----AATG-------TCTA--TC-A-T-CGCCTAGA---A-GTTTGAA-GTGT-C-TGTC-T
gi|121625                     :           G-GTAG--ACAAAC----A-AGTGA----CG---G---CCAAAAA---A---G----T-T--------T-GTAT--A----A-T---GAC--AT---A---TT--TT-ACTATG--------A--T-T-T-----A-AATT-ATT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T---CCTGAAGCGA-GTTTGAA-GACC-T-AATC-TT-CATTT----C--GAT-TT-AT--GAGTAGAAAAT
gi|121626                     :            -GTTG--ACGA-CT-GGA-AGTGA----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C--CT---A---TC--TC-AC------------A--C-CAC-----G-A-T--GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A--TTTGAA-GACT-C-AATA-TT-AA-AC----T--G-T-TT-AG--G---AGAAA
gi|121627                     :                     GA-C--GGA-AGTG----------G---C--AACA---A---A----T-T--------------------------------GT---T---TT--CT-AA------------G--T-C---------A-TT-GTC------------------TA--TC-AAT-C-TCTGAA---A-ATTTGAA-GTGC-C-TGTCATT-CA-ATA---C--G-T-TT--T--G---AGAAAATG
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Alignments
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lowQualScore                  :        3   2   888    7 22   2     5555  9999999 88  9 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    77  2 2 2 2      222 2       3 66  111   3  77 4  999 99 4 4  66666 555        
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Reference ( family-548 )      : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
gi|121594                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTAA----CG---G---C--AGTA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--CC-AT------------G--T----C--AA-A--TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACCC-T-ATC-TT-GA-AC---C--A-T-AA-TT--G---AGAAAATG
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gi|121596                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TG-AT------------G--T----G--TA-A--TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-ATTTC-A-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-CC--G---AGAAAATGaattaggatttttatattacat
gi|121597                     : ACTACTT-CCG-ATGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AA-A---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TG-AT------------G--T----C--TA----TT-CTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-AACTT-T-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-TT--G---AGAAAATG
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gi|121607                     :  CTACTT-CCA-ATGG--TTGA-C--GGA-AGTGA----CT---G---C--AACA---A---A----T-T--------T-A-A---
gi|121608                     :   TACTT-CCG-G--G--ACGA-C--G-A-AGTGA----CG-------C--AATA---A---T----TGT--------T-G-A---AT---A-T---G-------GT---T---TT--TACAT------------G--T----C---A-A--TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-GTCTC-A-ATC-TT-TA-AT---C--A-G-TT-TC--G---AGAAAATGggtagtt
gi|121609                     :   TACTT-CCG-TTG---ACGA-CCCGGA-AGTGA----CG---C---C--GA-A---A---A----TAT--------T-C-A---ACTC-A-T---G-CT----AT---C---TT--T----------------G--T----C--TA-T--AA-GTG-----AACG-------TCTA---C-A-T-C-CCTGAA---C-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-TT----AT---CTAG-T-TT-TT--G---AGAAAATG
gi|121610                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGT----CA---A---A--AACA---A---AACCTT-T--------T-A-ACCTA----A-T---G-C---------------------AC------------A--C----CA-CA-A--T--GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-TTAAA-AC---C--G-A-TT-AG--G---AGAAA
gi|121611                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CTCGGA-AG-GA----CG---C---C--AAAA---G---A----TAT--------T-A-C---A----A-TACCG-C-----ATACAT---CT--T---C------------G--T----C--TATA--TA-GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTG-A---A-GTTTAAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-TCCTAC--G-T-TT-TGAAG---AGAAAATG
gi|121612                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGT----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C-----CT---A---AT--TC-AC------------A--C----CA-CA-A--T--GTC-----ACAA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GAGTC-A-ATC-TT-AA-AC---C--G-T-TT-AG--G---AAAAA
gi|121613                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGATC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AA-----------------------------A---G----A-T---A----------------TT--TA-ACCT----------A--T----C--TA-GATTT-GTCTACAAGTCAAG-----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-
gi|121614                     :    ACTT-TCC-GTG---ACGA-CCCGGA-AGTGAGGACCG---A---C--AATA------------C-T--------C-G-A---A----C-C---C-C-----CTAACT---TT--TT-GC------------G--T----A--TC-C--TT-G-C-----GA-A-------TATA--TC-A-T-C-CCTGCA---A-GTTTTCGTGACTC-T-ATC-TT-TT-AC---C--G-TGTT-CT--G---CGAAAA
gi|121615                     :    ACTT-CCA-GTG---ACGA-CCGGAA-AGTGA----CG---C---C--GAAA---AT--A----T-T--------T-A-A---A----C-T---C-CAGTAGGT---A---TT-------------------G--T----CCATA-A-----GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GGGTC-T-GTC-TT----AT---CTAG-T-T---T--G---AGAAAATG
gi|121616                     :    ACTT-CCG-ATG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----TG---G---C-----------------------------C-G-A---C----A-T---G-C---------------T--CA-ACCCCCAAACATATG--T----C--TA-G--TC-CTT-----GTGA-------TCTA--AC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTTGT-GACTC-T-ATC-TC-TT-AC---C--G-T-TT-CT--G---AGGAGATG
gi|121617                     :    ACTT-CCG-GT-G--ACGACC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AAAG---AT--A----T-T--------T-------A----A-C---C-C-------------------A-A---------------------C--TA-GATTT-GTC-----TCCAAGAGAAGTATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-T--AC---C--G-G-AT-AT--G----GAAA
gi|121618                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---A---C--GAAA---A-------------------T-A-ATC-A----A-C---C-C-----AT---TAAGTC--TT-AC------------G--C----A--CA---------T-----ACCAAGG----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTCTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-CT---C--G-T-TA-TT--G---ATAAATTG
gi|121619                     :    ACTT-CCG-GTGA--ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---GGACC--GACA---GCC-G----T-T----------------A----A-C---G-CCC---AT---T---CG--TGCAC------------G--TTCTAC--TA-AA-TTAGTT----------------TCT---TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGGT-GA-TC-T-ATC-TTATA-AT---C--G-T-TT-TT--G---AGAAAAagaaa
gi|121620                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGC-AGTAA----CG---C---C----GA---A---A----T-TGCACCCCTT-G-G---A----A-T-----C-----TT---T---CT--TA-AT------------G--T----C---A-A---------------CG-------TCTA--TC-A-T-C-CCCGAA---A-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-TT-
gi|121621                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGAGA----CG---C---C--AAAC---AT--A----T-T--------T-G-GCCCA----A-T-----T-----AT---T---CT--TG-CT------------T--T----C--TA-A--T-----------CCAGG-----TCAA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTCCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-CT---T--G-T-TA-TT--G---AGAAAATG
gi|121622                     :    ACTT-CCG-GTAA--ATGAAC--AGA-AATGA----CG---G---T--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---A-C-----AA---A---TT--TC-AT------------A--T----C--
gi|121623                     :       T-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGC----CGAAAG---C--AAAA---C---C----T-T--------TCT-ACCTA----A-T---G-C---------------------AC------------A--C----CA-CA-A---T-GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-T-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-CT-AA-AC---C--G-T-TC-AG--G---AGAAA
gi|121624                     :       T-CCG-GTGACAACGG-C--GGA-AGTGA----CG---C---CA-AATA---T---A----T-T--------C-T-A---ACCCGA-T---A-G-----GT---C---TT-------------------G--TC---C--TA-A--TA-GTT-----AATG-------TCTA--TC-A-T-CGCCTAGA---A-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-T
gi|121625                     :           G-GTAG--ACAAAC----A-AGTGA----CG---G---CCAAAAA---A---G----T-T--------T-GTAT--A----A-T---GAC-----AT---A---TT--TT-ACTATG--------A--T----T--TA-AA-TT-ATT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T---CCTGAAGCGA-GTTTGAA-GACCT-A-ATC-TT-CATTT---C--GAT-TT-AT--GAGTAGAAAAT
gi|121626                     :            -GTTG--ACGA-CT-GGA-AGTGA----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C-----CT---A---TC--TC-AC------------A--C----CA-CG-A--T--GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A--TTTGAA-GACTC-A-ATA-TT-AA-AC---T--G-T-TT-AG--G---AGAAA
gi|121627                     :                     GA-C--GGA-AGTG----------G---C--AACA---A---A----T-T-----------------------------------GT---T---TT--CT-AA------------G--T----C-----A--TT-GTC------------------TA--TC-AAT-C-TCTGAA---A-ATTTGAA-GTGCC-T-GTCATT-CA-ATA--C--G-T-TT--T--G---AGAAAATG
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Alignments
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lowQualScore                  :        .   .   ...    . ..   .     ....  ....... ..  . ... ...................................................................................................................    ..  . . . .      ... .       . ..  ...   .  .. .  ... .. . .  ..... ...        
lowQualScore                  :        3   2   888    7 22   2     5555  9999999 88  9 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    77  2 2 2 2      222 2       3 66  111   3  77 4  999 99 4 4  66666 555        
consensus                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
Reference ( family-548 )      : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
gi|121594                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTAA----CG---G---C--AGTA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--CC-AT------------G--T----C--AA-A--TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACCC-T-ATC-TT-GA-AC---C--A-T-AA-TT--G---AGAAAATG
gi|121595                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----TGCGAG---C--AGAATCTAAGTA----T-T--------T-G-A---G----A-T---
gi|121596                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TG-AT------------G--T----G--TA-A--TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-ATTTC-A-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-CC--G---AGAAAATGaattaggatttttatattacat
gi|121597                     : ACTACTT-CCG-ATGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AA-A---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TG-AT------------G--T----C--TA----TT-CTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-AACTT-T-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-TT--G---AGAAAATG
gi|121598                     : ACTACTT-CCGTGTGA----GA-CA-GGA-AGTGA----CG-------C--AATC---A---A----T-T--------TTG-A---A----A-T---G-C-----AT---T---TTCATA-A----------------T----C--TA-A--TT-GTT-----GCCG-------TTTA--TG-A-T-C-CCTGAA---A-GTT
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gi|121600                     : ACTACTT-CCG-GTGA--ACGA-T--GGA-AGTGA----CG---G---C--AACA---A---A----T-C--------T-G-A---T----A-T---G-C-----GT---T---TT--TC-TC------------A--T----G--TT-A--TT-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-T-CCTGAA---A-GTTTAAA-GATCC-A-ATC-TT-TA-AT---A--A-G-TT-TT--G---AGAAAACG
gi|121601                     : ACTACT--CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTGA----C----G---C--AATA---A---A----A-T--------T-G-A---A----A-T-----C-----GT---T---TT------C------------A--T----T--CA-AC-TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TCGA-T-C-CCTGAA---G-GTTTGAA-GACCT-T-ATC--T-GA-AC---C--A-T-AA-AT--G---AGAAAATG
gi|121602                     : ACTACTG-CCG-GTAG--GCGA-T--GAA-AGTGA----CG---A---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-T-----GA---A---TT--TC-AC------------A--T----C--TA-A--AA-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-G-CCAGAA---A-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-TC-TA-AC---C--A-T-TT-AT--G---ATAAAACG
gi|121603                     : ACTACTG-CCG-GTAG--GCGA-----GACAGTGA----CG---A---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-T-----GCA--T---TT--CA-AC------------T--G----C--TA-A--AA-GTTT----GCCA-------TCTA--TC-A-T-G-CCAGAA---A-AGTTGAA-GACTC-CAATC-TC-TA-AC---C--A-T-TTAAT--G---ATAAAACG
gi|121604                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AAT-A----CG---G---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----ATT---G-C-----G----T---TT--TG-AT------------GGTT----C--TA-G--TT-GTT-----GCCA-------TTTATTTC-A-T-C-CCTGAA---ACGTTTAAA-ATCTC-A-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-TTC-G---AGAAAATG
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gi|121606                     :  CTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AAAA---A---A----A-T--------T-G-A---A----A-TA--A-A-----AT---T---TT--CT-AT---------------T----T--GA-A--TT-ATT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACCT-A-ATC-TT-CA-TT---C--A-T-TT-AT--T---AGAAATTG
gi|121607                     :  CTACTT-CCA-ATGG--TTGA-C--GGA-AGTGA----CT---G---C--AACA---A---A----T-T--------T-A-A---
gi|121608                     :   TACTT-CCG-G--G--ACGA-C--G-A-AGTGA----CG-------C--AATA---A---T----TGT--------T-G-A---AT---A-T---G-------GT---T---TT--TACAT------------G--T----C---A-A--TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-GTCTC-A-ATC-TT-TA-AT---C--A-G-TT-TC--G---AGAAAATGggtagtt
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gi|121612                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGT----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C-----CT---A---AT--TC-AC------------A--C----CA-CA-A--T--GTC-----ACAA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GAGTC-A-ATC-TT-AA-AC---C--G-T-TT-AG--G---AAAAA
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gi|121614                     :    ACTT-TCC-GTG---ACGA-CCCGGA-AGTGAGGACCG---A---C--AATA------------C-T--------C-G-A---A----C-C---C-C-----CTAACT---TT--TT-GC------------G--T----A--TC-C--TT-G-C-----GA-A-------TATA--TC-A-T-C-CCTGCA---A-GTTTTCGTGACTC-T-ATC-TT-TT-AC---C--G-TGTT-CT--G---CGAAAA
gi|121615                     :    ACTT-CCA-GTG---ACGA-CCGGAA-AGTGA----CG---C---C--GAAA---AT--A----T-T--------T-A-A---A----C-T---C-CAGTAGGT---A---TT-------------------G--T----CCATA-A-----GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GGGTC-T-GTC-TT----AT---CTAG-T-T---T--G---AGAAAATG
gi|121616                     :    ACTT-CCG-ATG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----TG---G---C-----------------------------C-G-A---C----A-T---G-C---------------T--CA-ACCCCCAAACATATG--T----C--TA-G--TC-CTT-----GTGA-------TCTA--AC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTTGT-GACTC-T-ATC-TC-TT-AC---C--G-T-TT-CT--G---AGGAGATG
gi|121617                     :    ACTT-CCG-GT-G--ACGACC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AAAG---AT--A----T-T--------T-------A----A-C---C-C-------------------A-A---------------------C--TA-GATTT-GTC-----TCCAAGAGAAGTATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-T--AC---C--G-G-AT-AT--G----GAAA
gi|121618                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---A---C--GAAA---A-------------------T-A-ATC-A----A-C---C-C-----AT---TAAGTC--TT-AC------------G--C----A--CA---------T-----ACCAAGG----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTCTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-CT---C--G-T-TA-TT--G---ATAAATTG
gi|121619                     :    ACTT-CCG-GTGA--ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---GGACC--GACA---GCC-G----T-T----------------A----A-C---G-CCC---AT---T---CG--TGCAC------------G--TTCTAC--TA-AA-TTAGTT----------------TCT---TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGGT-GA-TC-T-ATC-TTATA-AT---C--G-T-TT-TT--G---AGAAAAagaaa
gi|121620                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGC-AGTAA----CG---C---C----GA---A---A----T-TGCACCCCTT-G-G---A----A-T-----C-----TT---T---CT--TA-AT------------G--T----C---A-A---------------CG-------TCTA--TC-A-T-C-CCCGAA---A-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-TT-
gi|121621                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGAGA----CG---C---C--AAAC---AT--A----T-T--------T-G-GCCCA----A-T-----T-----AT---T---CT--TG-CT------------T--T----C--TA-A--T-----------CCAGG-----TCAA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTCCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-CT---T--G-T-TA-TT--G---AGAAAATG
gi|121622                     :    ACTT-CCG-GTAA--ATGAAC--AGA-AATGA----CG---G---T--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---A-C-----AA---A---TT--TC-AT------------A--T----C--
gi|121623                     :       T-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGC----CGAAAG---C--AAAA---C---C----T-T--------TCT-ACCTA----A-T---G-C---------------------AC------------A--C----CA-CA-A---T-GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-T-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-CT-AA-AC---C--G-T-TC-AG--G---AGAAA
gi|121624                     :       T-CCG-GTGACAACGG-C--GGA-AGTGA----CG---C---CA-AATA---T---A----T-T--------C-T-A---ACCCGA-T---A-G-----GT---C---TT-------------------G--TC---C--TA-A--TA-GTT-----AATG-------TCTA--TC-A-T-CGCCTAGA---A-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-T
gi|121625                     :           G-GTAG--ACAAAC----A-AGTGA----CG---G---CCAAAAA---A---G----T-T--------T-GTAT--A----A-T---GAC-----AT---A---TT--TT-ACTATG--------A--T----T--TA-AA-TT-ATT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T---CCTGAAGCGA-GTTTGAA-GACCT-A-ATC-TT-CATTT---C--GAT-TT-AT--GAGTAGAAAAT
gi|121626                     :            -GTTG--ACGA-CT-GGA-AGTGA----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C-----CT---A---TC--TC-AC------------A--C----CA-CG-A--T--GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A--TTTGAA-GACTC-A-ATA-TT-AA-AC---T--G-T-TT-AG--G---AGAAA
gi|121627                     :                     GA-C--GGA-AGTG----------G---C--AACA---A---A----T-T-----------------------------------GT---T---TT--CT-AA------------G--T----C-----A--TT-GTC------------------TA--TC-AAT-C-TCTGAA---A-ATTTGAA-GTGCC-T-GTCATT-CA-ATA--C--G-T-TT--T--G---AGAAAATG
gi|121628                     :                                                                                                                                                                                  A--TC-A-T-T-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTCTT-ATT-TT-TA-AC---C--A-T-AA-AC--G---AGAAA


blockSeqs                     :        T   T   ACA    T CC   C     GGAC  CGAG    CA  A TCT GTTTGTATAATGACATATTTTACTATGATTTAAATTATTGCCA                                                                            TT  G A A G      GCG C       T TT  CA    A  AA T  CTA TA A G  TGAA  AGT
blockSeqs                     :        .   .   G      C TC   .     .     GGAC    A   T .   ATATTACAATACCGCATACATCTTCGTCTATATAGTCAACG                                                                              .   . . . .      .   .       . AC  TT    .  AT .  A   TA . .  AAT   .  
blockSeqs                     :        .   .   G      A CC   .     .     AAAG    .   T .   CGACATGCTCAACCCCCAAACATATGTCTAGTCCTTGTGA                                                                               .   . . . .      .   .       . AT  A     .  T  .  .   .  . .  TTC   .  
blockSeqs                     :        .   .   G      A CG   .     .     G       .   C .   CCGTTAACGCCCATTCGTGCACGTTCTACTAAATTAGTT                                                                                .   . . . .      .   .       . AT  T     .  T  .  .   .  . .  CC    .  
blockSeqs                     :        .   .   A      . A    .     .     G       .   C .   ATTTGAAATGTGCATTTCAACTGCTAAAAGTTTGCCA                                                                                  .   . . . .      .   .       . AC  A     .  T  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   A      . C    .     .     G       .   T .   ATTTGAAATTGCGTTTTGATGGTTCTAGTTGTTGCCA                                                                                  .   . . . .      .   .       . AC  A     .  T  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   A      . C    .     .     G       .   T .   ATATTCAACTCATGCTATCTTTGTCTATAAGTGAACG                                                                                  .   . . . .      .   .       . AC  T     .  G  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . C    .     .     G       .   T .   AGATATTTAACCTATCTAGATTTGTCTACAAGTCAAG                                                                                  .   . . . .      .   .       . TC  A     .  T  .  .   .  . .  AT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . C    .     .     A       .   T .   TATTTAAACTCCAGTAGGTATTGTCCATAAGTCAACG                                                                                  .   . . . .      .   .       . AC  A     .  T  .  .   .  . .  AT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . C    .     .     A       .   T .   ATTTTGAAATGCATTTTCATAATCTAATTGTTGCCG                                                                                   .   . . . .      .   .       . AC  T     .  T  .  .   .  . .  AT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . C    .     .     G       .   A .   ATTATGAAAATGGTTTTTCATGTCAAATTGATGCAA                                                                                   .   . . . .      .   .       . TC  A     .  G  .  .   .  . .  AT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . C    .     .     G       .   C .   TTGTTGAATATGGTTTTTACATGTCAATTGTTGCCA                                                                                   .   . . . .      .   .       . TG  A     .  C  .  .   .  . .  TC    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . C    .     .     G       .   T .   ATTCTAACCCGATAGGTCTTGTCCTAATAGTTAATG                                                                                   .   . . . .      .   .       . AC  T     .  T  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . T    .     .     G       .   C .   ATTTGAAATGCGTTTTTGATGTGTAATTGTTGCCA                                                                                    .   . . . .      .   .       . TG  A     .  T  .  .   .  . .  AG    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . .    .     .     C       .   A .   ATCTGATATGCGTTTTTCATATGTTATTGTTGCCA                                                                                    .   . . . .      .   .       . AG  T     .  A  .  .   .  . .  AG    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . .    .     .     A       .   C .   ATCTGATATGCGTTTTTCTCATGTTATTGTTGCCA                                                                                    .   . . . .      .   .       . TG  A     .  T  .  .   .  . .  CT    .  
blockSeqs                     :        .   .   A      . .    .     .     C       .   T .   ATTTGAAATGTGAATTTCACATCTAAAAGTTGCCA                                                                                    .   . . . .      .   .       . AC  T     .  T  .  .   .  . .  CT    .  
blockSeqs                     :        .   .   A      . .    .     .     G       .   A .   AATTGAAATAAAATTTTCTATTTGAATTATTGCAA                                                                                    .   . . . .      .   .       . GG  T     .  T  .  .   .  . .  AT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . .    .     .     G       .   A .   AACCTTTTAACCTAATGCACACCACAATGTCACGA                                                                                    .   . . . .      .   .       . AC  T     .  T  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   G      . .    .     .     A       .   A .   AACCTTTATACCTAATTCACACCACAATGTCACAA                                                                                    .   . . . .      .   .       . TG  T     .  T  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     C       .   C .   CTCGAACCCCCTAACTTTTTGCGTATCCTTGCGAA                                                                                    .   . . . .      .   .       . TG  T     .  T  .  .   .  . .  TT    .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     G       .   G .   TAATCAACCCATTAAGTCTTACGCACATACCAAGG                                                                                    .   . . . .      .   .       . TG  T     .  A  .  .   .  . .  AG    .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     G       .   A .   TATTTGGCCCAATTATTCTTGCTTTCTAATCCAGG                                                                                    .   . . . .      .   .       . TG  T     .  C  .  .   .  . .  AT    .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     A       .   T .   AACCTTTATACCTATCTCACACCACGATGTCACGA                                                                                    .   . . . .      .   .       . AC  T     .  A  .  .   .  . .  AG    .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     C       .   A .   ATTTGAAATGCGTTTTTGATGTCTATTCTTGCCA                                                                                     .   . . . .      .   .       . TG  T     .  C  .  .   .  . .  AC    .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     C       .   T .   TATTTAACCCAACTAGATTTGTCTCCAAGAGAAG                                                                                     .   . . . .      .   .       . AC  A     .  T  .  .   .  . .  T     .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     G       .   A .   ATTGCACCCCTTGGAATCTTTCTTAATGTCAACG                                                                                     .   . . . .      .   .       . AC  T     .  .  .  .   .  . .  T     .  
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     C       .   C .   AATTGAAATCGTTTTCATTCAACTTGATGCAA                                                                                       .   . . . .      .   .       . TG  A     .  .  .                       
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     G       .   C .   CTTTCTACCTAATGCACACCACAATGTCACGA                                                                                       .   . . . .      .   .       . AC  A     .                             
blockSeqs                     :        .   .   .      . .    .     .     G       .   . .   ATTGTTTTCTAAGTCATTGTC                                                                                                  .   . . . .      .   .       . A   T     .                             
blockSeqs                     :            .   .      . .    .     .     G       .   . .                                                                                                                          .   . . . .      .   .                                                 
blockSeqs                     :            .   .      . .    .     .     .       .   . .                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                       . .    .     .     .       .   . .                                                                                                                                                                                                 


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originalCons                  : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
finalCons                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG





Alignments
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lowQualScore                  :        1   1   222    4 88   1     2222  5555555 22  4 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    11  1 1 1 1      222 1       1 33  444   1  44 1  333 33 1 1  44444 222        
lowQualScore                  :        .   .   ...    . ..   .     ....  ....... ..  . ... ...................................................................................................................    ..  . . . .      ... .       . ..  ...   .  .. .  ... .. . .  ..... ...        
lowQualScore                  :        3   2   888    7 22   2     5555  9999999 88  9 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    77  2 2 2 2      222 2       3 66  111   3  77 4  999 99 4 4  66666 555        
consensus                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
Reference ( family-548 )      : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AANA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TN-AC------------G--T----C--TA-A--TT-GTC-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTC-T-ATC-TT-TA-AC---C--G-T-TT-NT--G---AGAAAATG
gi|121594                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTAA----CG---G---C--AGTA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--CC-AT------------G--T----C--AA-A--TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACCC-T-ATC-TT-GA-AC---C--A-T-AA-TT--G---AGAAAATG
gi|121595                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----TGCGAG---C--AGAATCTAAGTA----T-T--------T-G-A---G----A-T---
gi|121596                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TG-AT------------G--T----G--TA-A--TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-ATTTC-A-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-CC--G---AGAAAATGaattaggatttttatattacat
gi|121597                     : ACTACTT-CCG-ATGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AA-A---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-C-----GT---T---TT--TG-AT------------G--T----C--TA----TT-CTT-----GCCA-------TTTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-AACTT-T-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-TT--G---AGAAAATG
gi|121598                     : ACTACTT-CCGTGTGA----GA-CA-GGA-AGTGA----CG-------C--AATC---A---A----T-T--------TTG-A---A----A-T---G-C-----AT---T---TTCATA-A----------------T----C--TA-A--TT-GTT-----GCCG-------TTTA--TG-A-T-C-CCTGAA---A-GTT
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gi|121600                     : ACTACTT-CCG-GTGA--ACGA-T--GGA-AGTGA----CG---G---C--AACA---A---A----T-C--------T-G-A---T----A-T---G-C-----GT---T---TT--TC-TC------------A--T----G--TT-A--TT-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-T-CCTGAA---A-GTTTAAA-GATCC-A-ATC-TT-TA-AT---A--A-G-TT-TT--G---AGAAAACG
gi|121601                     : ACTACT--CCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTGA----C----G---C--AATA---A---A----A-T--------T-G-A---A----A-T-----C-----GT---T---TT------C------------A--T----T--CA-AC-TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TCGA-T-C-CCTGAA---G-GTTTGAA-GACCT-T-ATC--T-GA-AC---C--A-T-AA-AT--G---AGAAAATG
gi|121602                     : ACTACTG-CCG-GTAG--GCGA-T--GAA-AGTGA----CG---A---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-T-----GA---A---TT--TC-AC------------A--T----C--TA-A--AA-GTT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T-G-CCAGAA---A-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-TC-TA-AC---C--A-T-TT-AT--G---ATAAAACG
gi|121603                     : ACTACTG-CCG-GTAG--GCGA-----GACAGTGA----CG---A---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---G-T-----GCA--T---TT--CA-AC------------T--G----C--TA-A--AA-GTTT----GCCA-------TCTA--TC-A-T-G-CCAGAA---A-AGTTGAA-GACTC-CAATC-TC-TA-AC---C--A-T-TTAAT--G---ATAAAACG
gi|121604                     : ACTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AAT-A----CG---G---A--AATA---A---A----T-T--------T-G-A---A----ATT---G-C-----G----T---TT--TG-AT------------GGTT----C--TA-G--TT-GTT-----GCCA-------TTTATTTC-A-T-C-CCTGAA---ACGTTTAAA-ATCTC-A-ATC-TT-TA-AT---G--A-T-TT-TTC-G---AGAAAATG
gi|121605                     :  CTACTTTCCG-GTGG--ACGA-C--GGT-AGTGA----CG---G---C--AATA---A---A----T-TA-------T-G-A---A----AAT---G-------GT---T---TT--TC-AT------------G--T----C--AA-A--TT-GAT-----GCAA-------TCTA--TC-A-TAC-CCTGAA---G-GTTTGAA-GACCC-T-ATC-TT-GA-AC---C--A-T-AA-AT--G---AGAAAATG
gi|121606                     :  CTACTT-CCG-GTGG--ACGA-C--GGA-AGTGA----CG---G---C--AAAA---A---A----A-T--------T-G-A---A----A-TA--A-A-----AT---T---TT--CT-AT---------------T----T--GA-A--TT-ATT-----GCAA-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACCT-A-ATC-TT-CA-TT---C--A-T-TT-AT--T---AGAAATTG
gi|121607                     :  CTACTT-CCA-ATGG--TTGA-C--GGA-AGTGA----CT---G---C--AACA---A---A----T-T--------T-A-A---
gi|121608                     :   TACTT-CCG-G--G--ACGA-C--G-A-AGTGA----CG-------C--AATA---A---T----TGT--------T-G-A---AT---A-T---G-------GT---T---TT--TACAT------------G--T----C---A-A--TT-GTT-----GCCA-------TTTA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTAAA-GTCTC-A-ATC-TT-TA-AT---C--A-G-TT-TC--G---AGAAAATGggtagtt
gi|121609                     :   TACTT-CCG-TTG---ACGA-CCCGGA-AGTGA----CG---C---C--GA-A---A---A----TAT--------T-C-A---ACTC-A-T---G-CT----AT---C---TT--T----------------G--T----C--TA-T--AA-GTG-----AACG-------TCTA---C-A-T-C-CCTGAA---C-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-TT----AT---CTAG-T-TT-TT--G---AGAAAATG
gi|121610                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGT----CA---A---A--AACA---A---AACCTT-T--------T-A-ACCTA----A-T---G-C---------------------AC------------A--C----CA-CA-A--T--GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-TTAAA-AC---C--G-A-TT-AG--G---AGAAA
gi|121611                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CTCGGA-AG-GA----CG---C---C--AAAA---G---A----TAT--------T-A-C---A----A-TACCG-C-----ATACAT---CT--T---C------------G--T----C--TATA--TA-GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTG-A---A-GTTTAAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-TCCTAC--G-T-TT-TGAAG---AGAAAATG
gi|121612                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGT----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C-----CT---A---AT--TC-AC------------A--C----CA-CA-A--T--GTC-----ACAA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GAGTC-A-ATC-TT-AA-AC---C--G-T-TT-AG--G---AAAAA
gi|121613                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGATC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AA-----------------------------A---G----A-T---A----------------TT--TA-ACCT----------A--T----C--TA-GATTT-GTCTACAAGTCAAG-----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-
gi|121614                     :    ACTT-TCC-GTG---ACGA-CCCGGA-AGTGAGGACCG---A---C--AATA------------C-T--------C-G-A---A----C-C---C-C-----CTAACT---TT--TT-GC------------G--T----A--TC-C--TT-G-C-----GA-A-------TATA--TC-A-T-C-CCTGCA---A-GTTTTCGTGACTC-T-ATC-TT-TT-AC---C--G-TGTT-CT--G---CGAAAA
gi|121615                     :    ACTT-CCA-GTG---ACGA-CCGGAA-AGTGA----CG---C---C--GAAA---AT--A----T-T--------T-A-A---A----C-T---C-CAGTAGGT---A---TT-------------------G--T----CCATA-A-----GTC-----AACG-------TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGAA-GGGTC-T-GTC-TT----AT---CTAG-T-T---T--G---AGAAAATG
gi|121616                     :    ACTT-CCG-ATG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----TG---G---C-----------------------------C-G-A---C----A-T---G-C---------------T--CA-ACCCCCAAACATATG--T----C--TA-G--TC-CTT-----GTGA-------TCTA--AC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTTGT-GACTC-T-ATC-TC-TT-AC---C--G-T-TT-CT--G---AGGAGATG
gi|121617                     :    ACTT-CCG-GT-G--ACGACC--GGA-AGTGG----CG---G---C--AAAG---AT--A----T-T--------T-------A----A-C---C-C-------------------A-A---------------------C--TA-GATTT-GTC-----TCCAAGAGAAGTATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-T--AC---C--G-G-AT-AT--G----GAAA
gi|121618                     :    ACTT-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---A---C--GAAA---A-------------------T-A-ATC-A----A-C---C-C-----AT---TAAGTC--TT-AC------------G--C----A--CA---------T-----ACCAAGG----TCTA--TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTCTCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-CT---C--G-T-TA-TT--G---ATAAATTG
gi|121619                     :    ACTT-CCG-GTGA--ACGA-CC-GGA-AGTGA----CG---GGACC--GACA---GCC-G----T-T----------------A----A-C---G-CCC---AT---T---CG--TGCAC------------G--TTCTAC--TA-AA-TTAGTT----------------TCT---TC-A-T-C-CCTGAA---A-GTTTGGT-GA-TC-T-ATC-TTATA-AT---C--G-T-TT-TT--G---AGAAAAagaaa
gi|121620                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGC-AGTAA----CG---C---C----GA---A---A----T-TGCACCCCTT-G-G---A----A-T-----C-----TT---T---CT--TA-AT------------G--T----C---A-A---------------CG-------TCTA--TC-A-T-C-CCCGAA---A-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-TT-
gi|121621                     :    ACTT-CAG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGAGA----CG---C---C--AAAC---AT--A----T-T--------T-G-GCCCA----A-T-----T-----AT---T---CT--TG-CT------------T--T----C--TA-A--T-----------CCAGG-----TCAA--TT-A-T-C-CCTGAA---A-GTTCCAA-GTGTC-T-GTC-TT-TA-CT---T--G-T-TA-TT--G---AGAAAATG
gi|121622                     :    ACTT-CCG-GTAA--ATGAAC--AGA-AATGA----CG---G---T--AATG---A---A----T-T--------T-G-A---A----A-T---A-C-----AA---A---TT--TC-AT------------A--T----C--
gi|121623                     :       T-CCG-GTG---ACGA-CC-GGA-AGTGC----CGAAAG---C--AAAA---C---C----T-T--------TCT-ACCTA----A-T---G-C---------------------AC------------A--C----CA-CA-A---T-GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-T-CCTGAA---T-GTTTGAA-GACTC-A-ATC-CT-AA-AC---C--G-T-TC-AG--G---AGAAA
gi|121624                     :       T-CCG-GTGACAACGG-C--GGA-AGTGA----CG---C---CA-AATA---T---A----T-T--------C-T-A---ACCCGA-T---A-G-----GT---C---TT-------------------G--TC---C--TA-A--TA-GTT-----AATG-------TCTA--TC-A-T-CGCCTAGA---A-GTTTGAA-GTGTC-T-GTC-T
gi|121625                     :           G-GTAG--ACAAAC----A-AGTGA----CG---G---CCAAAAA---A---G----T-T--------T-GTAT--A----A-T---GAC-----AT---A---TT--TT-ACTATG--------A--T----T--TA-AA-TT-ATT-----GCCA-------TCTA--TC-A-T---CCTGAAGCGA-GTTTGAA-GACCT-A-ATC-TT-CATTT---C--GAT-TT-AT--GAGTAGAAAAT
gi|121626                     :            -GTTG--ACGA-CT-GGA-AGTGA----TG---G---A--AACA---A---AACC-T-T--------T------------A-T---A-C-----CT---A---TC--TC-AC------------A--C----CA-CG-A--T--GTC-----ACGA-------TATA--TC-A-T-C-CCTGAA---A--TTTGAA-GACTC-A-ATA-TT-AA-AC---T--G-T-TT-AG--G---AGAAA
gi|121627                     :                     GA-C--GGA-AGTG----------G---C--AACA---A---A----T-T-----------------------------------GT---T---TT--CT-AA------------G--T----C-----A--TT-GTC------------------TA--TC-AAT-C-TCTGAA---A-ATTTGAA-GTGCC-T-GTCATT-CA-ATA--C--G-T-TT--T--G---AGAAAATG
gi|121628                     :                                                                                                                                                                                  A--TC-A-T-T-CCTGAA---A-GTTTGAA-GACTCTT-ATT-TT-TA-AC---C--A-T-AA-AC--G---AGAAA