lowQualScore                  :         33333333                               333333333333333333333333333          111111111111111    11111111111111111111                   111111111111                                                                                   1  
lowQualScore                  :         00000000     44       2    2      33   222222222222222222222222222       33 666666666666666  2 88888888888888888888  2           2  2 333333333333 33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  1   3  
lowQualScore                  :         ........     ..       .    .      ..   ...........................       .. ...............  . ....................  .           .  . ............ ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  .   .  
lowQualScore                  :         88888888     22       9    7      77   444444444444444444444444444       77 777777777777777  7 22222222222222222222  7           7  7 777777777777 77       2     2   2 66   66  2 66 3333333  111 4    66 88    2    2   2   2  3   8  
consensus                     : AGCATCCTACAT-T-TATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTT
Reference ( gi|104688 )       : AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTGTT
gi|104689                     : AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTT-G--TGA------------------------AC--TTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTGTT
gi|104685                     : AGCATCCT-----TG---AAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA-ATT
gi|104686                     : AGCATCCTA--------TAAG--GACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTTtt
gi|104687                     : AGCATCCTACA--------AG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA-ATTTTT
gi|104693                     : AGCATCCTATAT--------G--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A----------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC-ATTTTT
gi|104695                     :          CATCT-TATAAG--GCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACA-AA-AAAATAATTTAAAT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC-ATTTTT
gi|104694                     :        agCATCTATAT--G--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G--------------------------------------G------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC-ATT
gi|104698                     :              agTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA-ATTTTTtt
gi|104690                     :               cTATAAT--GCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-TA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G--ATTTTT
gi|104692                     :         agcacccTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------C--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC-ATTTTTt
gi|104697                     :         agtatccTATAAG---CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA-ATT
gi|104691                     :              ccTATAAT--GCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACATAATA------------T--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-Gtt
gi|104696                     :          agcaccTATAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC-AA-A------------TAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC-ATcgatttttt
gi|104699                     :                   agtattaccATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC-ATTcttt
gi|104700                     :                                  AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA-AA-A------------T--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-At
gi|104701                     :                                                                                                                                                                 AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTTatttt
gi|104702                     :                                                                                                                                                                  ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTTtt
gi|104705                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC-ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCGATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTtt
gi|104712                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC-ATTTTTtt
gi|104716                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC-ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC-ATTTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                     -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-G
gi|104714                     :                                                                                                                                                                     -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC-ATTtccaattttt
gi|104718                     :                                                                                                                                                                       ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC-ATTTTTtt
gi|104719                     :                                                                                                                                                                       ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-





Alignments
lowQualScore                  :            33333333                              222222222222222222222222             111111111111111    11111111111111111111              111111111111                                                                                            
lowQualScore                  :            66666666    33       2    2      33   444444444444444444444444  2       33 555555555555555  2 66666666666666666666  2           555555555555  2  33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  333      
lowQualScore                  :            ........    ..       .    .      ..   ........................  .       .. ...............  . ....................  .           ............  .  ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  ...      
lowQualScore                  :            44444444    99       7    5      44   111111111111111111111111  5       44 666666666666666  5 55555555555555555555  5           333333333333  5  44       2     1   1 66   66  1 66 1111111  000 3    66 77    1    1   1   1  111      
consensus                     :   AGCATCCTACAT-T--ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
Reference ( family-546 )      :   AGCATCCTACATTT--ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104685                     :   AGCATCCT-----T--G-AAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA---ATTTT
gi|104686                     :   AGCATCCTA--------TAAG--GACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104687                     :   AGCATCCTACA--------AG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA---ATTTTT
gi|104688                     :   AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104689                     :   AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTT-G--TG-------------------------AA-CTTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104690                     :   AGCACCCTA--------TAAT--GCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------TA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G----ATTTTT
gi|104691                     :            CACCT--ATAAT--GCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACAT-----------AATAT--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-G-C-G----ATTTTTt
gi|104692                     : agAGTATCCTA--------TAAG--GCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AC--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC---ATTTTTt
gi|104693                     :   AGCATCCTATAT--------G--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A---------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104694                     :            CATCT--ATATG--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G-------------------------------------------------GT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTT
gi|104695                     : agAGCATC------TT--ATAAG--GCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACAAAAAAATAATTTAA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104696                     :                T--ATAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC------------AA-ATAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC---ATCTTT
gi|104697                     :       agtattaccT--ATAAG---CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA---ATTTT
gi|104698                     :              ccT--ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA---ATTTTT
gi|104699                     :                             cATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC---ATTT
gi|104700                     :                                    AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---AATTTT
gi|104701                     :                                                                                                                                                                  AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104702                     :                                                                                                                                                                   ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104705                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCG--ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC---ATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104712                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC---ATTTTT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104714                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC---ATTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                      -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-GTCCAATTTTT
gi|104716                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC---ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                      -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC---ATTTTT
gi|104718                     :                                                                                                                                                                        ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104719                     :                                                                                                                                                                        ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-------TTTTT





Alignments
lowQualScore                  :               444444444                              222222222222222222222222             111111111111111    11111111111111111111              111111111111                                                                                            
lowQualScore                  :               000000000    33       2    2      33   444444444444444444444444  2       33 555555555555555  2 66666666666666666666  2           555555555555  2  33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  333      
lowQualScore                  :               .........    ..       .    .      ..   ........................  .       .. ...............  . ....................  .           ............  .  ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  ...      
lowQualScore                  :               111111111    99       7    5      44   111111111111111111111111  5       44 666666666666666  5 55555555555555555555  5           333333333333  5  44       2     1   1 66   66  1 66 1111111  000 3    66 77    1    1   1   1  111      
consensus                     :       AGCATCCTA-ATT---ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
Reference ( family-546 )      :       AGCATCCTACATT---ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104685                     :       AGCATCCT----T---G-AAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA---ATTTT
gi|104686                     :       AGCATCCTA--------TAAG--GACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104687                     :       AGCATCCTACA--------AG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA---ATTTTT
gi|104688                     :       AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104689                     :       AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTT-G--TG-------------------------AA-CTTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104690                     :       AGCACCCTA--------TAAT--GCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------TA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G----ATTTTT
gi|104691                     :                   T---ATAAT--GCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACAT-----------AATAT--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-G-C-G----ATTTTTt
gi|104692                     : agcaccAGTATCCTA--------TAAG--GCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AC--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC---ATTTTTt
gi|104693                     :       AGCATCCTATAT--------G--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A---------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104694                     :       AGCATC------T---ATATG--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G-------------------------------------------------GT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTT
gi|104695                     :       AGCATC-----TT---ATAAG--GCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACAAAAAAATAATTTAA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104696                     :                   T---ATAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC------------AA-ATAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC---ATCTTT
gi|104697                     :          agtattaccT---ATAAG---CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA---ATTTT
gi|104698                     :                 ccT---ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA---ATTTTT
gi|104699                     :                                 cATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC---ATTT
gi|104700                     :                                        AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---AATTTT
gi|104701                     :                                                                                                                                                                      AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104702                     :                                                                                                                                                                       ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104705                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCG--ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC---ATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104712                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC---ATTTTT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104714                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC---ATTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                          -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-GTCCAATTTTT
gi|104716                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC---ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC---ATTTTT
gi|104718                     :                                                                                                                                                                            ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104719                     :                                                                                                                                                                            ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-------TTTTT





Alignments
lowQualScore                  :               44444444                               222222222222222222222222             111111111111111    11111111111111111111              111111111111                                                                                            
lowQualScore                  :               77777777     33       2    2      33   444444444444444444444444  2       33 555555555555555  2 66666666666666666666  2           555555555555  2  33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  333      
lowQualScore                  :               ........     ..       .    .      ..   ........................  .       .. ...............  . ....................  .           ............  .  ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  ...      
lowQualScore                  :               11111111     99       7    5      44   111111111111111111111111  5       44 666666666666666  5 55555555555555555555  5           333333333333  5  44       2     1   1 66   66  1 66 1111111  000 3    66 77    1    1   1   1  111      
consensus                     :       AGCATCCTA---T---ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
Reference ( family-546 )      :       AGCATCCTA-ATT---ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104685                     :       AGCATCCT----T---G-AAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA---ATTTT
gi|104686                     :       AGCATCCTA--------TAAG--GACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104687                     :       AGCATCCTA--------CAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA---ATTTTT
gi|104688                     :       AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104689                     :       AGCATCCTACATTTGTATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTT-G--TG-------------------------AA-CTTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104690                     :       AGCACCCTA--------TAAT--GCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------TA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G----ATTTTT
gi|104691                     :                   T---ATAAT--GCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACAT-----------AATAT--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-G-C-G----ATTTTTt
gi|104692                     : agcaccAGTATCCTA--------TAAG--GCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AC--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC---ATTTTTt
gi|104693                     :       AGCATCCTA---T---AT--G--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A---------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104694                     :       AGCATC------T---ATATG--GCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G-------------------------------------------------GT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTT
gi|104695                     :       AGCATC-----TT---ATAAG--GCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACAAAAAAATAATTTAA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104696                     :                   T---ATAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC------------AA-ATAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC---ATCTTT
gi|104697                     :          agtattaccT---ATAAG---CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA---ATTTT
gi|104698                     :                 ccT---ATAAG--GCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA---ATTTTT
gi|104699                     :                                 cATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC---ATTT
gi|104700                     :                                        AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---AATTTT
gi|104701                     :                                                                                                                                                                      AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104702                     :                                                                                                                                                                       ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104705                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCG--ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC---ATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104712                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC---ATTTTT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104714                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC---ATTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                          -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-GTCCAATTTTT
gi|104716                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC---ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                          -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC---ATTTTT
gi|104718                     :                                                                                                                                                                            ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104719                     :                                                                                                                                                                            ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-------TTTTT





Alignments
lowQualScore                  :            2222222222                          222222222222222222222222             111111111111111    11111111111111111111              111111111111                                                                                            
lowQualScore                  :      44    2222222222         2    2      33   444444444444444444444444  2       33 555555555555555  2 66666666666666666666  2           555555555555  2  33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  333      
lowQualScore                  :      ..    ..........         .    .      ..   ........................  .       .. ...............  . ....................  .           ............  .  ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  ...      
lowQualScore                  :      66    1111111111         7    5      44   111111111111111111111111  5       44 666666666666666  5 55555555555555555555  5           333333333333  5  44       2     1   1 66   66  1 66 1111111  000 3    66 77    1    1   1   1  111      
consensus                     : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
Reference ( family-546 )      : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104685                     : AGCAT--CCT-------TG-AAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA---ATTTT
gi|104686                     : AGCAT--CCTA------TA--AGGACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104687                     : AGCAT--CCTA------CA--AGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA---ATTTTT
gi|104688                     : AGCAT--CCTACATTTGTATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104689                     : AGCAT--CCTACATTTGTATAAGGCCAATA-GAAA-GTTT-G--TG-------------------------AA-CTTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104690                     : AGCAC--CCTA------TA--ATGCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------TA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G----ATTTTT
gi|104691                     : AGCAC--C---------TATAATGCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACAT-----------AATAT--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-G-C-G----ATTTTTt
gi|104692                     : AGTAT--CCTA------TA--AGGCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AC--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC---ATTTTTt
gi|104693                     : AGCAT--CCTA------TAT--GGCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A---------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104694                     : AGCAT--C-TA------TAT--GGCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G-------------------------------------------------GT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTT
gi|104695                     : AGCAT--CTTA------TA--AGGCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACAAAAAAATAATTTAA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104696                     : AGTATTACCTA------TAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC------------AA-ATAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC---ATCTTT
gi|104697                     :            ------TATAAG-CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA---ATTTT
gi|104698                     :          cc------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA---ATTTTT
gi|104699                     :                           cATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC---ATTT
gi|104700                     :                                  AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---AATTTT
gi|104701                     :                                                                                                                                                                AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104702                     :                                                                                                                                                                 ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104705                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCG--ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC---ATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104712                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC---ATTTTT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104714                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC---ATTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                    -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-GTCCAATTTTT
gi|104716                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC---ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC---ATTTTT
gi|104718                     :                                                                                                                                                                      ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104719                     :                                                                                                                                                                      ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-------TTTTT





Alignments
lowQualScore                  :            2222222222                          222222222222222222222222             111111111111111    11111111111111111111              111111111111                                                                                            
lowQualScore                  :      44    2222222222         2    2      33   444444444444444444444444  2       33 555555555555555  2 66666666666666666666  2           555555555555  2  33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  333      
lowQualScore                  :      ..    ..........         .    .      ..   ........................  .       .. ...............  . ....................  .           ............  .  ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  ...      
lowQualScore                  :      66    1111111111         7    5      44   111111111111111111111111  5       44 666666666666666  5 55555555555555555555  5           333333333333  5  44       2     1   1 66   66  1 66 1111111  000 3    66 77    1    1   1   1  111      
consensus                     : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
Reference ( family-546 )      : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104685                     : AGCAT--CCT-------TG-AAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA---ATTTT
gi|104686                     : AGCAT--CCTA------TA--AGGACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104687                     : AGCAT--CCTA------CA--AGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA---ATTTTT
gi|104688                     : AGCAT--CCTACATTTGTATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104689                     : AGCAT--CCTACATTTGTATAAGGCCAATA-GAAA-GTTT-G--TG-------------------------AA-CTTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104690                     : AGCAC--CCTA------TA--ATGCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------TA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G----ATTTTT
gi|104691                     : AGCAC--C---------TATAATGCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACAT-----------AATAT--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-G-C-G----ATTTTTt
gi|104692                     : AGTAT--CCTA------TA--AGGCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AC--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC---ATTTTTt
gi|104693                     : AGCAT--CCTA------TAT--GGCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A---------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104694                     : AGCAT--C-TA------TAT--GGCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G-------------------------------------------------GT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTT
gi|104695                     : AGCAT--CTTA------TA--AGGCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACAAAAAAATAATTTAA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104696                     : AGTATTACCTA------TAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC------------AA-ATAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC---ATCTTT
gi|104697                     :            ------TATAAG-CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA---ATTTT
gi|104698                     :          cc------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA---ATTTTT
gi|104699                     :                           cATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC---ATTT
gi|104700                     :                                  AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---AATTTT
gi|104701                     :                                                                                                                                                                AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104702                     :                                                                                                                                                                 ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104705                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCG--ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC---ATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104712                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC---ATTTTT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104714                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC---ATTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                    -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-GTCCAATTTTT
gi|104716                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC---ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC---ATTTTT
gi|104718                     :                                                                                                                                                                      ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104719                     :                                                                                                                                                                      ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-------TTTTT


blockSeqs                     :      TA    CATTTGTATA         A    A      GT   CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  A       AC TGATTTCATGTTATG  T CATGTACATGT           C           AAAAAATAATTT  T  AG       G     A   A TT   AG  T TT CCCGCAA  GCG C    AT TT    T    A   G   T  CCA
blockSeqs                     :      .     CATTTGTATA         .    .      .    .                         .       .  .                . TACATTATGT            .           T             .  .        .     .   . .    .   . .  TACC     .   A    .  T     .    .   .   .  G  
blockSeqs                     :      .     TATA               .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TAAG               .    .      .    .                         .       .  .                . G                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TATA               .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TATA               .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TAT                .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TAT                .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TA                 .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     CA                 .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :      .     TA                 .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :            TA                 .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :            TA                 .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                               .    .      .    .                         .       .  .                . T                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                    .      .    .                         .       .  .                . .                     .           .             .  .        .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .     .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          .   . .    .   . .  .        .   .    .  .     .    .   .   .  .  


blockSeqCons                  :            TATA******
originalCons                  : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
finalCons                     : AGCAT--CCTATATA------AGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT





Alignments
lowQualScore                  :            2222222222                          222222222222222222222222             111111111111111    11111111111111111111              111111111111                                                                                            
lowQualScore                  :      44    2222222222         2    2      33   444444444444444444444444  2       33 555555555555555  2 66666666666666666666  2           555555555555  2  33       1     1   1 11   11  1 11 6666666  222 2    11 22    1    1   1   1  333      
lowQualScore                  :      ..    ..........         .    .      ..   ........................  .       .. ...............  . ....................  .           ............  .  ..       .     .   . ..   ..  . .. .......  ... .    .. ..    .    .   .   .  ...      
lowQualScore                  :      66    1111111111         7    5      44   111111111111111111111111  5       44 666666666666666  5 55555555555555555555  5           333333333333  5  44       2     1   1 66   66  1 66 1111111  000 3    66 77    1    1   1   1  111      
consensus                     : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
Reference ( family-546 )      : AGCAT--CCTA------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104685                     : AGCAT--CCT-------TG-AAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-C--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GA---ATTTT
gi|104686                     : AGCAT--CCTA------TA--AGGACAATA-AACC-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104687                     : AGCAT--CCTA------CA--AGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATC--C---------------AT-G----------G---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCT--A--TTTC-TGTC-TCT-TGC-GA---ATTTTT
gi|104688                     : AGCAT--CCTACATTTGTATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AC-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104689                     : AGCAT--CCTACATTTGTATAAGGCCAATA-GAAA-GTTT-G--TG-------------------------AA-CTTTATTACT---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--AT-TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTGTT
gi|104690                     : AGCAC--CCTA------TA--ATGCTAATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------TA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTC-TTTC-TTT-GCC-G----ATTTTT
gi|104691                     : AGCAC--C---------TATAATGCTAATAAGAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-ATTTAT---C---------------AT-G----------T---------ACCTTCATTCAACAT-----------AATAT--AGAAATC-AACAT-TTT-T--ATA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TTTCTTTTC-TTT-G-C-G----ATTTTTt
gi|104692                     : AGTAT--CCTA------TA--AGGCCAATA-GAAA-GTGTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-GCATGTACATGT---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AC--AAAAAAC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--ATTC-TTTC-TTT-GAG-GC---ATTTTTt
gi|104693                     : AGCAT--CCTA------TAT--GGCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------A---------------------------------GAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104694                     : AGCAT--C-TA------TAT--GGCCAACA-GAAA-GTTTGG--TGG------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G-------------------------------------------------GT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTT
gi|104695                     : AGCAT--CTTA------TA--AGGCCAATA-AACA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--CTGATTTCATGTTATGGT-G----------T---------GC-TTCATTCAACAAAAAAATAATTTAA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AC---ATTTTT
gi|104696                     : AGTATTACCTA------TAAGTGGCCAATA-GAAAAGTTTGAGTTGA------------------------AAATTTTATT--C---------------ATTG----------T---------AT-ATCATTCAACC------------AA-ATAGAGAAAT--AACATAATTAT--ACAAGGC-G--ATACC---CC---C-GGCC--ATTTTTC-TGTCATTTGGAC-AC---ATCTTT
gi|104697                     :            ------TATAAG-CCAATA-GAAA-GTTTGG--TGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTTTATT--C---------------AC-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AATAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGTC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-AA---ATTTT
gi|104698                     :          cc------TATAAGGCCAATA-GAAA-GTTTGT--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------TACATTATGTAC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--G-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTA-GAC-AA---ATTTTT
gi|104699                     :                           cATA-GAAA-GTTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TGTATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AACAT-ATT-T--ACA--GCTATTA-------TC---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAT-GC---ATTT
gi|104700                     :                                  AA-ATTTGG--TGA------------------------AA-TTTTATT--C---------------AT-G----------T---------AC-TTCATTCAACA------------AA-AT--AGAAATC-AAAAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---AATTTT
gi|104701                     :                                                                                                                                                                AATG-AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-CGC---A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104702                     :                                                                                                                                                                 ATCGAACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104703                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104704                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104705                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GACC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104706                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104707                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---CCGGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104708                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-G-CC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104709                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A---TTC-TGTC-TTT-GAC-GCG--ATTTTT
gi|104710                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A----------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAT-GC---ATTTTT
gi|104711                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--ACCCGCAACC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104712                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GT-A--A-------CT---T-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GAC-CC---ATTTTT
gi|104713                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------GC---C-GGCC--A--TTCT-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTT
gi|104714                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------TCGCGCAGGCC--A--TTTC-TGTC-ATT-GAC-GC---ATTTT
gi|104715                     :                                                                                                                                                                    -AACCT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC--TT-GAC-GTCCAATTTTT
gi|104716                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT----ACA--GC-A--A-------CC---C-GGCCATA--TTTC-TGTC-TTT-GACTGC---ATTTTT
gi|104717                     :                                                                                                                                                                    -AACAT-ATT-T--ACA--GC-T--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TGA-GAC-AC---ATTTTT
gi|104718                     :                                                                                                                                                                      ACAT-ATT-T--ACA--GC-A--A-------CC---A-GGCC--A--TGTC-TGTC-TTT-GAC-GC---ATTTTT
gi|104719                     :                                                                                                                                                                      ACAT-ATT-TTTACA--GC-A--A-------CC---C-GGCC--A--TTTC-TGTC-TTT-GGC-------TTTTT