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Reference ( gi|98563 )        : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CG-AGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---T--AG-T--T---TT---G--A-GA---T-A-------A----------TCCC--C-AA-T-A-C-A-A--A--G--AAC-A-G--CTG-A--T-A-GA--AA-------T----C-G-C-G-----T---CA-T--C-G-A-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----GA-T--T-G-T-T--C--GTGT--T-CC--T--A----------C-GC--GAG-AAAAA--AG--A-A-A-T-GC-AA-T--A-A-A--T-A-T-T-G--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-T-TC-ATA----CC--------T--AT-AAA-T-T----AA-A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TGA-ATG-G---ATT--A-----AACA-TACTA-A-T-T-TATTT
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gi|98575                      : AATAC-A-TC-AT------T-T--CA-A--CT-CGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---ACGAT----------A-T-A-G--A--T-A---------TCCT-CT---A--TATATT--A-TCTAAC-AT-TTA--
gi|98567                      : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CT-CGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--C-A--ATC-----A-C---GCAAT----------A-T-A-G--A--T-A---------TCCT-CT---A--T---
gi|98584                      : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CT-CGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--ATA--ATC-----A-C---GCAAT----------A-T-A-GT-A--T-C---------C--T-CT---A--T---TT--A-TC---A-ATGTTA--C-T-CT-------T-TA-TC-
gi|98571                      : AATAT-A-CC-AT------T-T--CA-A--CT-CGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-ATTAAATT--TAA--ATC-----A-C---GCAAT----------A-T-A-G--A--T-A---------TCCT-CT---A--T---AT--A-TTT--
gi|98579                      : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CT-CCTT------------A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAA-------A---T-T-ACG--A--T-A---------T--C-CTCTAA--T---GT--A-TCT--C-AC-T------T-TT-A---C-C-TA-T
gi|98585                      :  ATAC-A-CCTAT------C-TGTCA-A--CATAGTTGAT------G--AATAT-GCAG-AAGA--T-A------TT-CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-T-T--C-A--TCA--T-C-TT-G---C-C-TA-TC-ACT--T---T--AG-T--T---TT---G--A-GA---A-A-------T----------TCCCATC-AA-T-A-C-A-A--A--G--AACTA-G--CTG-A--A-G-AA--AA-------T----T-GAC-G-----T---CA-T--C-GAA-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----GA-T--T-G-C-T--A--GTGT--T-CC--T--AG---------C-GC--ATG-AAAAA--AGATA-A-A-TGGCAAA-T--AGA-A--T-A-T-T-G--------C-A---CAT---A-TTCTTC-TGA-TGTC-ATG----ACGTCTGATAT--AT-AAA-T-TA---AA-A--TT-G--A-T-T-TT----AA-GG---GAAA----TT--TGA-ATG-ATGCATT--AGACT-AACA-TACTA-A-T-T-TATTTgccatcttt
gi|98587                      :   TGC-A-CC-AT------T-T--CA-T--AG-AGTT---------G--A---T-AGAG-CAAAA-T-A------T--CAA--AT------A-T---GCAAT------A---A-T-A-G--A--TTA---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCAGCC-T-CT-G---C-C-TA-TC-ACGT-T---T--AG-T--T---TT---G--A-GAA--T-G-------A----------CCCC--C-AAGT-AGC-C-A--A--G--AAC-A-G--CTG-A--T-A-GA--AA-------TG---T-G-T-G-----T---CA-T--C-G-GCA-G-GC----A-G----T-T-CT-----GAAT--T-G-T-T--C--GTGT--TTCC--T--A----------C-GA--GAG-AAAAA--AA--G-A-A-T-GC-AA-T--A-A-AATT-A-T-T-GC-------C-A---CAT---AGT--TTC-T-ATT-TC-ATA----CCG-------T--AGAAAA-T-T----AA-AATTT-CAAA-T-T-TT----AAGAG---GACG----TT--TGA-AT--G---ATT--A-----AACA--ACTC-A-T-G-TATT
gi|98588                      :   TAC-A-CC-GT------T-T--CA-A--TG-AGTT--TT-----G--A---T-AGA--CAAA--T-A------C--CAA--ATT-----------GCAAT------A---A-T-A-G--A--T------------------------------------T--G-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TC-AG-T--T---TT---G--A-AA---T-G-------A----------T-CC--C-AA-T-ACC-C-A--A--G--AAC-A-GT-CTG-A--T-A-GA--AA-------CTAAGC-G-T-G-----T---CA-T--C-G-C-A-G-GC----ACG----T-T-GT-----GA-T--T-G-T-T--T--GTGT--T-CC--T--A----------CGGC--AGA-AAAAA--AA--A-A-A-T-GC-AA-T--A-A-A--T-ACT-T-G--------C-A---CAT---G-C--TT
gi|98586                      :   TAT-A-CA-AT------T-T--CA-A--CT-CATT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------TCCT-CT---A--T---CA--A-TAT--C-AT-
gi|98589                      :    AC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CG-AGTT--T------G--A---T-AGAC-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT----------A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--CGT-CT-G---C-C-TA-TC-ACT--T---T--AG-T--T---TT---G--A-GA---T-G-------A----------TCCC--C-AA---A-C-C-A--A--G--AAC-A-G--CTG-A--T-A-G---AA-------T----T-G-T-G-----T---CA-T--C-G-C-G-G-GC----A-G----T-T-TT-----GA-T--T---T-T--C--GTGT--T-CC--T--AC---------C-GCA-GAA-AAAAA--GA--A-A-A-T-GC-AA-T--T-A-A--T-A-T-T-G--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-T-TC-ATA----CC--------T--CT-AAA-T-A----AA-A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TGA-AT--G---ATT--A-----AACA-TACTC-A-TGT-TATTT
gi|98590                      :    AC-A-C--AT------T-T--CAGA--CG-AGTT--T------G--AA--T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA---TC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCG--C-AT-TCA--CAT-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TTAAG-T--T---TT---G--A-GAA--T-A-------A----------TTCC--C-AA-T-A-C-A-A--A--G--AAC-A-G--CTG-A--T-A-GA--AA-------T----CCG-C-G-----T---CA-T----G-A-A-G-GC----A-G----T-TTGT-----GA-T--T-G-C-T--C--GTGT--CGCT--T--A----------C-GC--GAG-AGAAA--AA--A-AGA-T-GC-AA-T--A-A-A--T-ACT-T-G--------C-AA--CAT---A-T--TTC-T-A-T-TC-ATA----CT--------TT-AT-AAA-T-T----AA-A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TGA-ATG-------T--A-----AA-A-TACT--A-T-T-TATTT
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gi|98593                      :                                                         GAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TT-AG-A--T---TT---G--A-GA---T-G-------A----------CCCC--CCAG-T-A-C-C-A--A--G--AAC-A-G--CTG-A--T-A-GA--AA-------T----C-G-T-G-----T---CA-T--C-G-C-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----GA-T--T---T-T--C--GTGT--T-CC--T--A----------C-GC--GAG-AAAAA--A-----A-A-T-GC-AA-T--A-A-A--T-A-T-T-A--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-T-TC-GTA----CC--------T--AT-AAA-T-T----AA-A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACG----TT--TGA-AT--G---ATT--A-----AACA-TACTA-A-T-T-TATTT
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Reference ( family-543 )      : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CG-AGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---T--AG-T--T------TT---G--A-GA---T--GA-----------T--CCC--C-AA-TA-C-N-A--A--G--AAC-A-G--C-TG-A--T-A-GA--AA-------T----C-G-C-G-----T---CA-TC-G-C-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----G-A-T--T-G-T-T--C--GTGT--T-CC--T--A----------C-GC--GAGA-AAA--AA-A-AA-A-T-GC-AA-T--A-A-A--TA-T-T-G--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-----T-TC-ATA----CC--------T--AT-AAA-T-T----AA--A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TG--A-AT-G----A---T-T-A----AACA-TACTA-A-T-T-TATTT
gi|98563                      : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CG-AGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---T--AG-T--T------TT---G--A-GA---T--AA-----------T--CCC--C-AA-TA-C-A-A--A--G--AAC-A-G--C-TG-A--T-A-GA--AA-------T----C-G-C-G-----T---CA-TC-G-A-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----G-A-T--T-G-T-T--C--GTGT--T-CC--T--A----------C-GC--GAGA-AAA--AA-G-AA-A-T-GC-AA-T--A-A-A--TA-T-T-G--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-----T-TC-ATA----CC--------T--AT-AAA-T-T----AA--A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TG--A-ATGG----A---T-T-A----AACA-TACTA-A-T-T-TATTT
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gi|98584                      : AATAC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CT-CGTT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--ATA--ATC-----A-C---GCAAT----------A-T-A-GT-A--T-C---------C--T-CT---A--T---TT--A-TC---A-ATGTTA--C-T-CT-------T-TA-TC-
gi|98585                      :  ATAC-A-CCTAT------C-TGTCA-A--CATAGTTGAT------G--AATAT-GCAG-AAGA--T-A------TT-CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-T-T--C-A--TCA--T-C-TT-G---C-C-TA-TC-ACT--T---T--AG-T--T------TT---G--A-GA---A--AT-----------T--CCCATC-AA-TA-C-A-A--A--G--AACTA-G--C-TG-A--A-G-AA--AA-------T----T-GAC-G-----T---CA-TC-GAA-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----G-A-T--T-G-C-T--A--GTGT--T-CC--T--AG---------C-GCATGAAA-AAA--GA-T-AA-A-TGGCAAA-T--AGA-A--TA-T-T-G--------C-A---CAT---A-TTCTTC-TGA-----TGTC-ATG----ACGTCTGATAT--AT-AAA-T-TA---AA--A--TT-G--A-T-T-TT----AA-GG---GAAA----TT--TG--A-AT-GATGCA---T-T-AGACTAACA-TACTA-A-T-T-TATTT
gi|98586                      :  ATAC-A----AT------T-T--CA-A--CT-CATT--T------G--A---T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------TCCT-CT---A--T---CA--A-TAT--C-AT-
gi|98587                      :  tTGC-A-CC-AT------T-T--CA-T--AG-AGTT---------G--A---T-AGAG-CAAAA-T-A------T--CAA--AT------A-T---GCAAT------A---A-T-A-G--A--TTA---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCAGCC-T-CT-G---C-C-TA-TC-ACGT-T---T--AG-T--T------TT---G--A-GAA--T--GA-----------C--CCC--C-AAGTAGC-C-A--A--G--AAC-A-G--C-TG-A--T-A-GA--AA-------TG---T-G-T-G-----T---CA-TC-GGC-A-G-GC----A-G----T-T-CT-----G-AAT--T-G-T-T--C--GTGT--TTCC--T--A----------C-GA--GAGA-AAA--AA-A-GA-A-T-GC-AA-T--A-A-AATTA-T-T-GC-------C-A---CAT---AGT--TTC-T-AT----T-TC-ATA----CCG-------T--AGAAAA-T-T----AA--AATTT-CAAA-T-T-TT----AAGAG---GACG----TT--TG--A-AT-G----A---T-T-A----AACA--ACTC-A-T-G-TATT
gi|98588                      :   TAC-A-CC-GT------T-T--CA-A--TG-AGTT--TT-----G--A---T-AGA--CAAA--T-A------C--CAA--ATT-----------GCAAT------A---A-T-A-G--A--T------------------------------------T--G-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TC-AG-T--T------TT---G--A-AA---T--GA-----------T---CC--C-AA-TACC-C-A--A--G--AAC-A-GT-C-TG-A--T-A-GA--AA-------CTAAGC-G-T-G-----T---CA-TC-G-C-A-G-GC----ACG----T-T-GT-----G-A-T--T-G-T-T--T--GTGT--T-CC--T--A----------CGGC--AGAA-AAA--AA-A-AA-A-T-GC-AA-T--A-A-A--TACT-T-G--------C-A---CAT---G-C--TT
gi|98589                      :    AC-A-CC-AT------T-T--CA-A--CG-AGTT--T------G--A---T-AGAC-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT----------A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--CGT-CT-G---C-C-TA-TC-ACT--T---T--AG-T--T------TT---G--A-GA---T--GA-----------T--CCC--C-AA--A-C-C-A--A--G--AAC-A-G--C-TG-A--T-A-G---AA-------T----T-G-T-G-----T---CA-TC-G-C-G-G-GC----A-G----T-T-TT-----G-A-T--T---T-T--C--GTGT--T-CC--T--AC---------C-GCA-GAAA-AAA--AG-A-AA-A-T-GC-AA-T--T-A-A--TA-T-T-G--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-----T-TC-ATA----CC--------T--CT-AAA-T-A----AA--A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TG--A-AT-G----A---T-T-A----AACA-TACTC-A-TGT-TATTT
gi|98590                      :    AC-A-C--AT------T-T--CAGA--CG-AGTT--T------G--AA--T-AGAG-CAAA--T-A------T--CAA---TC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCG--C-AT-TCA--CAT-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TTAAG-T--T------TT---G--A-GAA--T--AA-----------T--TCC--C-AA-TA-C-A-A--A--G--AAC-A-G--C-TG-A--T-A-GA--AA-------T----CCG-C-G-----T---CA-T--G-A-A-G-GC----A-G----T-TTGT-----G-A-T--T-G-C-T--C--GTGT--CGCT--T--A----------C-GC--GAGA-GAA--AA-A-AAGA-T-GC-AA-T--A-A-A--TACT-T-G--------C-AA--CAT---A-T--TTC-T-A-----T-TC-ATA----CT--------TT-AT-AAA-T-T----AA--A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACA----TT--TG--A-AT-G----------T-A----AA-A-TACT--A-T-T-TATTT
gi|98591                      :      -A-CT-AT------T-T--CA-G--TG-AGCT--T------ATCA---T-A-AG-TAGA--T-A------C--CAA--AAC-----A-C---ACAATTTGTAGATT-A-C-A-T--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TTTT-C-AT-TCG--A-T-CG-G---C----A-TC-A--------T--AT-T--T------CT---G--A------T--GA-----------T--CCC--C-AA-TA-C-T-AC-A--G--AAC-A-A--CCTG-AATC-A-AACCAG-------T----C-C-C-GAAACAT---CA-TT-A-C-T-G-AC----A-G----C-T--T-----G---C--T-G-T-T--CAAGTAT--T-CC--A--C----------C-GC--AAGA-AAA--AA--------T-GC-GA-T--A-A-A--TA-T-T-G--------T-A---CA----G-T--TAC-A-AGGACTT-CC-ATT----TC--------C--AT-TGA-T-T----GACGA--TT-G--T-T-T-TT----AA-TG---TA-------T--TG--A-AA-G----A---T-T-
gi|98592                      :                                   GTT--T------G--A---T-AGAG-CAAT--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---CCAAT----------A-T-A-G--A--T-A---------T--C-CT---C--T---TT------------T-TAG--C-T-CT-G---T-C-TG-TC-
gi|98593                      :                                                         GAG-CAAA--T-A------T--CAA--ATC-----A-C---GCAAT------A---A-T-A-G--A--T-A---------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TCA--C-T-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TT-AG-A--T------TT---G--A-GA---T--GA-----------C--CCC--CCAG-TA-C-C-A--A--G--AAC-A-G--C-TG-A--T-A-GA--AA-------T----C-G-T-G-----T---CA-TC-G-C-A-G-GC----A-G----T-T-GT-----G-A-T--T---T-T--C--GTGT--T-CC--T--A----------C-GC--GAGA-AAA-----A-AA-A-T-GC-AA-T--A-A-A--TA-T-T-A--------C-A---CAT---A-T--TTC-T-A-----T-TC-GTA----CC--------T--AT-AAA-T-T----AA--A--TT-C--A-T-T-TT----AA-AG---GACG----TT--TG--A-AT-G----A---T-T-A----AACA-TACTA-A-T-T-TATTT
gi|98594                      :                                                         GAG-CGAA--T-A-----------A--AT------A-C---ACCATTTC---A---A---A-G-----T-ACT-------T--T-CT---A--T---TT--A-TCT--C-AT-TTA--C-A-CT-G---C-C-TA-TC-AC---T---TT-AG-T--T------TT---G--A-GA---T--GA-----------T--CCC--C-AA-TA-A-C-A--A--G--AAC-A-G--C-GG-A--T-ATGA--AA-------T----C-A-T-------T---CATTC-G-C-A-T-GC----A-G----TAT-GT-----G-A-T--T-G-T-TC-C--GTG---T-CC--T--A----------T-GC--GAG--AAA--AA-T-AA-A-T-GC-AA-A--T-A-A--TA-T-T-A--------C-A---CAT---A-T--TTCTT-AT----T-TC-ATA-----C--------T--AT-AA----T----AA--A--AT-C--A-----------GA-AG---G-CA----TCA-TG--A-A
gi|98595                      :                                                                                                                                                                                                                                                                CC--T-GA-TA-C-C-A-----G--AAC-A-G--C-TG-A--T-T-CA--AAGTGAATTT----C-C-C-GAGGAGT---CA-TT-A-C-A-A-AT----A-G----C-T-GT-----G----------T-T--T--GTGT--T-CC--T--A----------A-G---AAGA-AAA--AA-A-AA-A-T-GCAAA-T--A-G-A--TA-C-TAA--------C-AGT-TATAAGA-T--TTC-C-A-----T-GC-GTG----CC--------T--AT-GAA-T-GA---AA--A--TT-T--G-T-T-TT----AA-GG---GCAA----TT--GG--A-AT-G----G---T-T-G----AACT-TA
gi|98596                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-GA--AA-------T----C-A-T-G-----T---CA-TC-G-C-A-G-GC----A-G----T-G-GT-----G-A-T--T-G-T-T--C--GTGT--T-CC--T--A----------C-GC--GAGA-AAA--AA-
gi|98597                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A----TC--------T--GT-AAA-T-T----AA--A--TT-C--A-T-T-T-----AT-AG---GACA----TT--TG--A-AT-G----A---T-T-A----AACA-TA-TA-A-T-T-TATCT