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Reference ( gi|95077 )        :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--GTT-----AA-GGGTCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA--C-A-T--TG-A-TTGTCT-----GATA-CAA-AAGTT--TT----G---TT----TGTGAG--AATG-A-TA-TG-T-A---TGTGGATGCCGTCC-A---T---TCTCCTT-TT--G--G--CTGC-ACGTG-TTT--GA--GT-----AC-CGA--CT--GACC--G-AAA--CCA-CGTTGCACATAGGATAC-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCTCC
gi|95075                      :     ATAT-A-CTCCA-C-TAA-A--A-C--TTT-----AA-GGGTCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA--C-A-T--TT-A-TTTTTT-----AATA-CGA-AAGTT--TTT---G---TT----TGTGAG--AACG-A-TA-TG-T-A---TGTGGATGCTGTTC-A---T---TCTCCTT-TT--A--C--CTGC-ACGTG-TTT--AA--TT-----AC-CAA--TT--GACC--G-AAA--TCA-CG-TGCACATAAGATGT-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCC
gi|95076                      :     ATAT-AGCTCCA-CAAAA-A--A-A--GTT-----AA-GGGTCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA--C-A-T--TT-A-TTTTTT-----AATA-C-A-AAGTT--TT----G---TT----TGTGAG--AATG-A-TA-TG-T-A---TGGGGATGCTGTTC-A---T---TCTCCTT-TT--A--T--CTGC-ACGTG-TTT--AA--TT-----AC-CAA--TT--GACC--G-AAA--CCA-C--TGCACATATAATGT-TTC-T--AA-TAT-GA---ACCCCCC
gi|95065                      :     ACAT-A-CTCCA-C-AAA-AT-A-A--GTG-----AA-GGGTCATT-A-AATT-AG-A--T-----TCA--C-A-T--TA-A-TTGTAT-----GATA-CAA-AAGTT--TT----G---TT----TGTAAG--AATG-A-TA-TG-T-G---TGTGGATGCCGTTT-A---T---TCTCTTT-AA--A--T--ATGC-AAGTG-TTT--GA--TT-----AC-CGA--TT--GACC--G-AAA--CCA-TG-TGCATATAGGATGC-TCA-C--AA-TGA-GA---AACC
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gi|95063                      :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--GTT-----AA-GGGTCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA--C-A-T--AT-A-TTTTTT------ATA-CTA-AAGTG--TT----G---GT----TGTGAA--AATG-A-TA-TG-T-A---TGTGCATGCCGTTC-A---T---TCTCCTT-TT--A--A--CTGC-AAGTG-TTT--GA--TT-----AC-TGA--TT--GACT--G-AAA--CCA-CG-TGCACCTAGGAT
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gi|95072                      :      TAT-A-CTCAA-C-AAA-A--A-AA-GTT-----AA-GGGTCAAC-A-ATTT-AA-A--T-----ACA--T-AAT--TA-T-TTTTTT-----AATA-CAA-GAGTT--TT----G---TT----TGTGAG--AATG-A-TA-CG-T-A---TGAGGATGCCGTTT-A---T---TCTCATT-AT--A--C--CTGC-ACGTG-TTT--AT--TT-----AC-CGA--TT--GACC--A-AA------------------GGATCT-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCCCC
gi|95088                      :   aatTAT-A-CTCAA-C-AAA-AA-A-A--GTT-----AA-GGATCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA--C-A-T--TT-A-TT-TTT-----AATA-CAA-AAGTT--TT----G---TT----TGTGGG--AATG-A-TA-TG-T-A---TGTGGA-----TTC-A---T---TCT
gi|95089                      :      TAT-A-CTCCAAC-AAA-A--A-A--GTT-----AA-GGATCATT-A-AATT-AA-A--T-----TC---C-A-T--TT-A-TT-TTT-----AATA--AA-AAGTT--TT----G---TT----TGTGTG--GATG-A-TA-TG-T-A---TGTGG----TATTC-A---T---TCT
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gi|95069                      :       AT-A-ACCCA-C-AAA-A--A-AA-GTT-----A--GGGTCATT-A-AATTAAA-A--T-----TCA--G-A-TTCTT-T-TTTTTT-----GATA-CAA-AAGTT--TTG---G---TT----TGTGAGA-AATG-A-CA-TG-T-A---TGTGTATA-CGTTC-A---T---TCTCC
gi|95091                      :             aaaA-C-AAA-A--A-AT-GTT-----AA-GGGTCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA--C-A-T--TA-A-TCTTTT-----AACA-CAA-AAGTT------------TT----TGTAAG--AATG-A-
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lowQualScore                  :         . .     . .   . .. . .. ..  .... ....    .     . .    .  . .. .....   .  . ..... .  .      ....   .   . .    .. .... ...  ....      .  ..  . .   . . . ...              ... . ...       .    .... .  .  .. .  .   ...  ...   .... .  . ..    ...   .   . ..  . . . .            ..   . ..  .   .  ....      
lowQualScore                  :         4 4     3 2   2 77 5 55 77  7777 7777    2     2 5    5  2 22 11111   2  2 77777 2  2      2222   2   4 2    77 0000 333  6666      2  77  5 2   3 3 3 333              555 3 555       4    0000 4  4  44 4  4   555  555   0000 4  5 00    666   5   5 00  5 5 5 5            11   5 22  5   5  0000      
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Reference ( family-541 )      :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-TA-TTTTTT-G--ATA-CAA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCCGTTC---A-T---TCTCCTT-TTAC----C-TG-CA-CG-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-G-T-GCACATAGGATGC-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCCCC
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Reference ( family-541 )      :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-TA-TTTTTT-G--ATA-CAA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCCGTTC---A-T---TCTCCTT-TTAC----C-TG-CA-CG-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-G-T-GCACATAGGATGC-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCCCC
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gi|95096                      :                                                                                                                                                                                                     C----T-TG-AA-CT-TG-TTA---TA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-A-T-CCACATTTGATGT-TTA-T--AA-TAT-GT---ACCCC


blockSeqs                     :         T G     A A   . AA T AA GT  TATA CCGA    G     A C    A  G AA AACTA   T  A CTTAA A  T      GGG    G   T      GT TCTT AAA  GTGA      A  AA  T T   T C C AGG              GAT T GTT       A    GGCA G  A  AC G  C   TCG  AGA   GAGA T  C TT    GAC   A   A GG  T G T T            TA   G AT  T   G  ATCA
blockSeqs                     :         . .     . .   . A  C A  .   .    .       .     . T    A  . A  .       .  . TC    .  .      TA     .   T      .  G    T    .         .  .   C .   . . . .                C   . C         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . A   .   .  CC  
blockSeqs                     :         . .     . .   . T  . A  .   .    .       .     . .    .  . T  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  T    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  G  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . A   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . T  . A  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  C   
blockSeqs                     :         . .     . .   . A  . A  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  C   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . A  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . T  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . T  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      T      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  G  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  G   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      T      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  C   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  C   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            A    . .   .   .  C   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      G      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            C    . .   .   .  A   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  T  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            T    . .   .   .  .   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  A  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            .    . .   .   .  .   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  C  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .            .    . .   .   .  .   
blockSeqs                     :         . .     . .   . .  . .  .   .    .       .     . .    .  . .  .       .  . .     .  .      A      .   .      .  .    .    .         .  .   . .   . . . .                .   . .         .    .    .  .  .  .  .   .    .     .    .  . .     .     .   . .   . . . .                                  
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finalCons                     :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-TA-TTTTTT-G--ATA-CAA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCCGTTC---A-T---TCTCCTT-TTAC----C-TG-CA-CG-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-G-T-GCACATAGGATGC-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCCCC





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Reference ( family-541 )      :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-TA-TTTTTT-G--ATA-CAA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCCGTTC---A-T---TCTCCTT-TTAC----C-TG-CA-CG-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-G-T-GCACATAGGATGC-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCCCC
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gi|95083                      :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--A--TT----A----AGGGGTCAAT-A-AATA-AAGA--A-----TCA-CAAT-----T-TA-TTTCT--G--AT--CAA-A-GTTT--T----G---TT----T-TGAG-AA--TC-C-TAT-G-T-A---TGTGGATGCATTTC---A-T---TC-CCAT-TTAC----C-TG-CA--A-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-T--CA-T-G-T-GGAC-TAGGATGC-TTA-CATAA-TAT-GA---A
gi|95084                      :     ATAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-A--G--TT----A----AG--------------------------------------------A-TTTTTT-G--ATA-CAA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGAG-A
gi|95085                      :      TAT-A-CTCAA-C-AAA-A--A-A--G--TT----A----AGGG-TCATT-A-TATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-TA-TTTTC--A--ATA-AAA-ATATTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGTTGTTC---T-T---TCTCCTT-TCAC----C-TG-CA-CT-TG-TTT---AA---TTA----C-CA-T--TTAA---CCG-AAA-T--CA-C-G-T-GCACATATGATGT-TTA-C--AA-TAT-GA---AAACCCC
gi|95086                      :      TAT-A-CTCAA-C-AAA-A--A-AAAG--TT----G----AGGG-CCATT---------------------------------------TTCTT----ATG-CAA-ATGTTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCCGTTA---A-T---TTTCCTA-TTAT----C-TG-CA-AG-TG-TTT---GT---TTA----C-CA-A--TTGA---CCG-AAA-C--TA-C-G-T-GCACATATGATGC-TTA-C--AA-TATGGA---AACCCCC
gi|95087                      :      TAT-A-CTCCA-C-AAA-A--A-AA-G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-AAAT-----TCC-CA-T-----T-TA-TTTTTT-G--ATA-TAA-ATGTTT--T----G---TT----TGTGAG-AA--TG---TAT-G-T-A---T-TG-ATGCCATTC---A-T---TCTCCTT-TCAT----C-TG-CA-AG-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C---T-GCATCTAGGATGC-TTA-CA-AA-CAT-GA---CACCCCC
gi|95088                      :      TAT-A-CTCAA-C-AAA-AA-A-A--G--TT----A----AGGA-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-TA--TTTTT-A--ATA-CAA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGGG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGA-----TTC---A-T---TCT
gi|95089                      :      TAT-A-CTCCAAC-AAA-A--A-A--G--TT----A----AGGA-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TC--CA-T-----T-TA--TTTTT-A--ATA--AA-AAGTTT--T----G---TT----TGTGTG-GA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGG----TATTC---A-T---TCT
gi|95090                      :       AT-A-CTCCA-C-TAA-A--A-C--T--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TAC-CA-T-----T-TA-TTTTT--A--ATA-CGA-AAGTTT--T----T---GT----TGTGAG-AA--CG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCTGTTC---A-T---TCTCCTT-TTAC----C-TG-CA-CG--G-TTT---AA---TTA----C-CA-A--TTGA---CCG-AAA-T--CA-C-G-T-GCACATAAGATGT-TTA-C--AA-TAT-GA---AACCCCC
gi|95091                      :                A-C-AAA-A--A-AT-G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-A--T-----TCA-CA-T-----T-AA-TCTTTT-A--ACA-CAA-AAGTT------------TT----TGTAAG-AA--TG-A-
gi|95092                      :                A-C-AAA-A--A-AT-G--TT----A----AGGG-TCATT-A-AATT-AA-AT-T-----TCA-CA-------T-TA-ATCTTT-A--ACA-CAA-AAGTT------------TT----TGTAAG-AA--TG-A-
gi|95093                      :                   -AAA-A--A-A--A--TTTATAA----AGGG-TCAAT-A-AATT-AA-A--T-----CTA-TA-T-----T-TA-TTTTTT-A--ATA-CAA-AAATTT--T----G-----------TGAG-AA--TG-A-TAT-G-T-A---TGTGGATGCCGTTC---A-T---TCTCCTT-TTTT----C-TA-CA-TG-TG-TTT---AA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-A-T-GCCCAGAGGATGT-TTA-C--AA-TAT-GA---CACCCCC
gi|95094                      :                                                                               -CA-T-----T-TA-TTTTTT-A--ATA-CAA-AACATT--T----GAAATTGTGATGTGAG-AA--TA-A-TAT-G-T-A---TGTAGATGTCGTTC---T-T---TCTCCAT-TTAC----C-TG-CA-------NNN---NN---NNN----N-NN-N--NNNN---NNN-NNN-N--CA-C-G-T-GCACATAGGATGA-TTA-C--AA-TAT-GA---ACCCC
gi|95095                      :                                                                                                                                                      -TAT-G-T-A---TGTGGATGCGGATC---A-T---TCTCCTT-TTAT----A-TG-CA-AG-TG-TTT---GA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCA-AAA-C--CA-C-A-T-GCACTTAGGATAC-TTA-C--AA-TAT-GA---CACCCCC
gi|95096                      :                                                                                                                                                                                                     C----T-TG-AA-CT-TG-TTA---TA---TTA----C-CG-A--TTGA---CCG-AAA-C--CA-C-A-T-CCACATTTGATGT-TTA-T--AA-TAT-GT---ACCCC