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gi|105446                     : TTGTC-TGGG-CTGCTA---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-T-GA-ATT-TT-
gi|105447                     : TTGTC-CGAG-C----A---T--GCT-C--T-AA-GAAA-CTA--GA-G-CA-C-AG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TA---T-G-T-ACA-C-T---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AT-----CA------TA-TG-AAGCTG-TGCACCTGGTATT
gi|105448                     : TTGTC-CGGA-C----A---T--TCT-C--T-TA-GAAA-CCA--GT-GGCA-A-GG-AAT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-T-G---C--A-T--T-A-CT------------T-C-AC-----CA------TA-TGAAAGATG-GGCACCTGGTATTT
gi|105449                     : TTGTT-TGTG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CTA--GA-A-CA-C-AG-ATG-CT-TCTG--AAAA-------TT---T-T-T--TG-C-A---CTTA-T--T-A-C-------------T-CAAC-----AA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
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gi|105452                     : TTGTC-CAAG-C----A---T--GTT-C--C-AA-GAAA-CTA--GA-G-CA-C-AG-ATT-TT-TCAG--AAAA-------TT---
gi|105453                     : TTGTC-CAAG-C----C---T--GTTGC--T-AA-GAAA-CCATTGT-G-CATC----ATT-TT-TCTGA-AAAA-------TTGAAT-G-T-ATATC-A---C--G-T--T-A---------------T-T-AC-----C-------CA-AG-AAGATG-T-CA-CTGTTATTT
gi|105454                     :  TGTC-CGGGGC----AAA-T--GTT-C--TTAA-GAAA-CCG--TT-G-CA-C-GG-ATT-TTTTCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--ATT--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAG-TG-TGCACCT
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Alignments
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lowQualScore                  :      2    4 5555 777 66   2 66 3  1    1   66  1 1  1 1  1 0 1  3    99    8888888  222 2 4 2   2 77777 77 5 00 2 2 4444444444444 5 5  11111  888888  2  9      4              
consensus                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
Reference ( family-533 )      : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
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gi|105447                     : TTGTC-CGAG-C----A---T--GCT-C--T-AA-GAAA-CTA--GA-G-CA-C-AG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TA---T-G-T-ACA-C-T---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AT-----CA------TA-TG-AAGCTG-TGCACCTGGTATT
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gi|105451                     : TTGTTACGGA-T----A---T--TTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GA-A-T-GT-ACTG--AAAT-------TTC--T-G-TAATA-T-A---C--A-T--T-AGC-------------TCC-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TG
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gi|105457                     :    TC-TGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-AG-CAT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGAT
gi|105458                     :     C-CGGG-C----GAATT--GTT-T--TGAA-GAAA-CCA--GTAG-CA-T-GG-A-T-TT-TCTG--AAAA-------TT---G-T-T-ACA-G-GGTTC--A-T--TCA-A-------------T-C-AC-----TA------TA-TG-AAGATtttcattttgatt
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blockSeqs                     :      .    G .    AA  .    . .  G  .    .   .   . .  . .  . A .  T    A     .        C   . T .   . GAA   .  T G  . . T             C A  .      T       .  A      T
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . A .  .    A     .        .   . . .   . AA    .  . .  . . T             . .  .      .       .  A      T
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . AA    .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . A .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . A .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . G     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . A .  .    .     .        .   . . .   . G     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . G     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . G     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . A .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . G     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .      .
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .       
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . A .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .       
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . C .  .    .     .        .   . . .   . A     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .       
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . C .  .    .     .        .   . . .   . C     .  . .  . . .             . .  .      .       .  .       
blockSeqs                     :      .    . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . T .  .    .     .        .   . . .   . T     .  . .  . . .             . .  .      .       .          
blockSeqs                     :           . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . . .  .    .     .        .   . .                                                                      
blockSeqs                     :           . .    .   .    . .  .  .    .   .   . .  . .  . . .  .    .     .        .                                                                            
blockSeqs                     :                             .  .  .    .   .   . .  . .  . . .  .    .                                                                                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
finalCons                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT





Alignments
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lowQualScore                  :      1    2 2222 333 11   1 11 2  1    1   11  1 1  1 1  1 2 1  2    33    3333333  333 1 2 1   1 11111 11 2 33 1 1 9999999999999 2 2  33333  444444  1  3      4              
lowQualScore                  :      .    . .... ... ..   . .. .  .    .   ..  . .  . .  . . .  .    ..    .......  ... . . .   . ..... .. . .. . . ............. . .  .....  ......  .  .      .              
lowQualScore                  :      2    4 5555 777 66   2 66 3  1    1   66  1 1  1 1  1 0 1  3    99    8888888  222 2 4 2   2 77777 77 5 00 2 2 4444444444444 5 5  11111  888888  2  9      4              
consensus                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
Reference ( family-533 )      : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105427                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--AT-G-CA-C-GG-AAT-TT-TCAG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AGAATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105428                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-AAAA-C-A--GT-G-CA-T-GG-ATT-TT-TCTG--AAA--------TT---T-G-T-ACA-T-T---C--A-T--T-A-A-------------T-T-AC-----TA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
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gi|105431                     : TTGTC-CGGA-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCG--TT-G-CA-C-GG-ATTGTT-TCTGA-AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--ATT--T-A-CT------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATGTTGCACCTGGTATTT
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gi|105433                     : TTGTC-CGG--C----A---TCTGTT-TCTT-AA-GAAAACCG--TT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-GTT-ATA-C-A---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TATTG-AAGATG-T-CACCTGGTATTT
gi|105434                     : TTGTC-CG---C----A---T--GTT-C--T-AA-AAAA-CCA--GT-G-CA-T-GG-ATT-TT-TCTGGAAAAA-------TT---T-G-T-ACA-T-T---C--A-T--T-A-T-------------TAC-TC-----TA------TA-TGAAAGATG-TGCACCTGGTATTT
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gi|105436                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-AAAA-CCA--GT-G-CA-T--G-ATT-TT-TCTG--AAAAATTTTTTTT---T-G-T--TA-A-A---C--A-T--T-C-CAATTTTTTTAAAAT-T-AC-----TA------TA-TG-AAGATGTTGCACCTGGTATTTc
gi|105437                     : TTATC-CGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CC------TA-TG-AAGATG-TGCACCTTATATTT
gi|105438                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--ATT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-T-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ACA-A-T---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----TATACATGTA-TG-AAGAT
gi|105439                     : TTGTC-CGGGAC----G---T--GTT-C--T-AAAGAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-AAT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-T-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-ATATGGGCA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105440                     : TTGTC-CGGG-C----A---T--GCT-C--T-AA-GAAA-TGA--GT-G-CA-T-GG-ATT-TT-TCTG--
gi|105441                     : TTGTC-ATGG-C----C---T--TTT-C--T-A--GAAA-CCA--GT-A-CA-T-GG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ACA-T-T---C--A-T--T-A-A-------------T-C-AC-----TA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105442                     : TTGTC-CGGA-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GG-AAT-TT-TCTG--AACG-------TT---T-G-C-ATA-T-G---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGAT
gi|105443                     : TTGTC-CGGG-C----A---G--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-T-GG-GTT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-C-ACA-C-T---C--A-T--A-A-C-------------T-T-AC-----TT------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105444                     : TTGTT-CGGA-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-T-GG-ATT-TT--CAG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-G---C--A-T--T-A-A-------------T-C-AC-----CA------TT-TG-AAGATG-TGCACCTGTTATTT
gi|105445                     : TTGTC-CTGG-T----A---T--GTT-C--T-AA-GATA-CCA--CT-G-CT-C-GG-ATT-TT-TATG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--A-TTAT-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TACACCTGGTATTT
gi|105446                     : TTGTC-TGGG-CTGCTA---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-T-GA-ATT-TT-
gi|105447                     : TTGTC-CGAG-C----A---T--GCT-C--T-AA-GAAA-CTA--GA-G-CA-C-AG-ATT-TT-TCTG--AAAA-------TA---T-G-T-ACA-C-T---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AT-----CA------TA-TG-AAGCTG-TGCACCTGGTATT
gi|105448                     : TTGTC-CGGA-C----A---T--TCT-C--T-TA-GAAA-CCA--GT-GGCA-A-GG-AAT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-T-G---C--A-T--T-A-CT------------T-C-AC-----CA------TA-TGAAAGATG-GGCACCTGGTATTT
gi|105449                     : TTGTT-TGTG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CTA--GA-A-CA-C-AG-ATG-CT-TCTG--AAAA-------TT---T-T-T--TG-C-A---CTTA-T--T-A-C-------------T-CAAC-----AA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105450                     : TTGTC-CAGG-C----A---T--GTT-A--T-AA-GAAA-CCA--AT-G-CA-C-AG-ATT-T----TG--GAAA-------TT---T-G-T-ACA-T-T---C--A-T--T-A-A-------------T-C-AC-----TA------TA-
gi|105451                     : TTGTTACGGA-T----A---T--TTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-GA-A-T-GT-ACTG--AAAT-------TTC--T-G-TAATA-T-A---C--A-T--T-AGC-------------TCC-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TG
gi|105452                     : TTGTC-CAAG-C----A---T--GTT-C--C-AA-GAAA-CTA--GA-G-CA-C-AG-ATT-TT-TCAG--AAAA-------TT---
gi|105453                     : TTGTC-CAAG-C----C---T--GTTGC--T-AA-GAAA-CCATTGT-G-CATC----ATT-TT-TCTGA-AAAA-------TTGAAT-G-T-ATATC-A---C--G-T--T-A---------------T-T-AC-----C-------CA-AG-AAGATG-T-CA-CTGTTATTT
gi|105454                     :  TGTC-CGGGGC----AAA-T--GTT-C--TTAA-GAAA-CCG--TT-G-CA-C-GG-ATT-TTTTCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--ATT--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAG-TG-TGCACCT
gi|105455                     :  TGTC-CGTG-C----A---T--GTG-C--T-AA-GAAA-CCA--GA-G-CA-T-GT-ATT-TT-TCTA--AAAA-------TT---T-G-T-ACA-C-T---C--A-T--T-A-T-------------T-C-GC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACCTGGTATTT
gi|105456                     :  TGTC-CGGG-C--------T--GTT-C--T-A--GAAA-C----GT-G-CA-C-GG-ATT-TTTTCTG--AAAA-------TT---TGG-T-ATA-CAA---C--A-TG-T-A-C-------------T-C-AC-----CC------TA-TGAAAGATG-TGCA-CTGGTATTT
gi|105457                     :    TC-TGGG-C----A---T--GTT-C--T-AA-GAAA-CCA--GT-G-CA-C-AG-CAT-TT-TCTG--AAAA-------TT---T-G-T-ATA-C-A---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGAT
gi|105458                     :     C-CGGG-C----GAATT--GTT-T--TGAA-GAAA-CCA--GTAG-CA-T-GG-A-T-TT-TCTG--AAAA-------TT---G-T-T-ACA-G-GGTTC--A-T--TCA-A-------------T-C-AC-----TA------TA-TG-AAGATtttcattttgatt
gi|105459                     :          G-C----A---T--AGT-C--T-AA-GAAA-CTA--G---------AG-ACT-CT-TCTG--AAAA-------TT---T-A-T-ACG-T-A---C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACTTGGTATTT
gi|105460                     :          G-C----A---T--AGT-C--T-AA-GAAA-CTA--G---------AG-ACT-CT-TCTG--AAAA-------TT-------T-ATA-C-GAA-C--A-T--T-A-C-------------T-C-AC-----CA------TA-TG-AAGATG-TGCACTTGGTATTT
gi|105461                     :                             --T-AA-GAAA-CTA--GA-G-CT-T-GG-ATT-TT-TCTG--AAA--------TT---T-G-G-ACA-C-C---C--A-T--T-A-A-------------T-T-AC-----CA------CG-TG-GTGATG-TGCATCTGACATTT
gi|105462                     :                                                                   CTG--AAAT-------TT---T-G-C-ATA-C-T---T--G-T--T-T-C-------------T-C-AC-----CAT-----TA-TG-AAGATG-TGCA