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Reference ( gi|8794 )         : GGCTCGTCACGAA-------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--TT---CTA-T---A-AT-T--AC----AC-A-------AGGGGGGA-----ATC-CG-AACTCCCCAAAATCG-C-TACCTCAA-CATTT----C--ATTCGTTTCATTAATATAC-TCTACGGAC-AT---TAATTT-TTACAATCTAAGTC-T-----TAATC---GT-TCGG--GGAAA-GATC--AT-AGTTTG--TA-AAAATATCTAATA
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Reference ( family-531 )      : GGCTCGTCACGAA-------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--TT---CTA--TAN-TT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----ATC-CG-GA-CTCCCAAAAAT-CG-C-TACCTCAA-CATTT----C--ATTCGTTTCGTTAATATAC-TTTACGGA----CG-TTAATTT-TTACAATCC------AGG-T-NTCAATCG-AT-CGG--GNAAA-GATC--AT-AGTTTG--TAAAAATACCTAATA
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gi|8806                       : GGCTCGTCACGAA-------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--TT---CTA--TAA-TT-AC----AC-ATGGGGGTGGGGGGGG-----GTC-CG-AA-CACCCAAA
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gi|8825                       :                                          -CTC-TTT---ACTTT---CTA--TAT-TTTAT----ACTA-------AGGGGGGA-----ATCTCG-AATCTTCCAATA-T-TG-CCTACCTCAA-CATTT-------ATTCGTTTCATTATTATACGTCTAGGGA----CG-TTAA-TT-TTGCAATCA------A---C-TTTAATCG-AT-CGG--GGAAA-GA-C--AT-AGTTTG--TAAATATA--TAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :              0000000000000000000 88    3 2   2   111 99  111   77  11  0  7777  3 6666666        11111   9  11111    4     0  0 0      666     7777777         5   77   99    9   3333  5    2  5         777777 1 9 99       7  3   33 0   7    33  3 7    33        1      
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Reference ( family-531 )      : GGCTCGTCACGAA-------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--TT---CTA--TAN-TT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----ATC-CG-GA-CTCCCAAAAAT-CG-C-TACCTCAA-CATTT----C--ATTCGTTTCGTTAATATAC-TTTACGGA----CG-TTAATTT-TTACAATCC------AGG-T-NTCAATCG-AT-CGG--GNAAA-GATC--AT-AGTTTG--TAAAAATACCTAATA
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gi|8822                       :              -------------------T--TGAC-C-ACCGTCT---A--TT---CTA--TATGTT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----AT--CG-GG-GTCCC----AT-CG-C-TACCTC-G-CATTT----TGAGGTCGTCTCGTTAAAATAT-TTTATGAACGACCG-GTAATTTATTATAATTCGCATGGAGA-TAATCAA--A-ATCCGGCCGTAAATTATCAAATGAGTTTGCCTAAAAATA-CTAA
gi|8823                       :              -------------------T--TGACAC-CGA-TC----A--TT---CTA--TAT-TT-AC----AC-A-------A-CGGGGA-----ATC-CG-G----CCC--AAATCCG-C-TACCTCGCTCATTTGGAGC--G-TCGTCTCGTTAA---AA-TTTATGAA----CGACGGATTA-TTATAATCC------ATG-A-GATAATCA-ATGCGGC-GTAAA-TATCAAATGAGTTTGC-TAAAAATA-CTAA
gi|8824                       :              -------------------T--TGAC-A-CCG-TCT---A--TT---CTA--TAT-TT-AC----AC-A-------AGGGGGAA-----AT
gi|8825                       :                                          -CTC-TTT---ACTTT---CTA--TAT-TTTAT----ACTA-------AGGGGGGA-----ATCTCG-AATCTTCCAATA-T-TG-CCTACCTCAA-CATTT-------ATTCGTTTCATTATTATACGTCTAGGGA----CG-TTAA-TT-TTGCAATCA------A---C-TTTAATCG-AT-CGG--GGAAA-GA-C--AT-AGTTTG--TAAATATA--TAAT
gi|8826                       :                                              -TCT---A--TT---ACA--TTT-TT-AC----AC-A-------AAGG---------------------CCCAAAAAT-TG-C-CATCTCG--CATTT----CC-ATTCGTCTT-TCAATAT---TTTACGGA----CG-TTAAATT-TTACTATGC------AGA-T-CTCAATCA-AT-CGG--GG-AA-GA---------------TAAAAATATCTTAT
gi|8827                       :                                                                                           GGGGGGG-----ATC-TG-AA-CTCCCAAAAAT-CG-A-TACCTCAC-AATAT----C--ATTTGTTTCATTTATATAC-TTCATGGA----TG-TTAAATT-TGACATTCC------AGG-T-TGTAATTG-AT-CAG--AAAAA-GATC--AT-AGTTTG--TAATAATACCTAATA
gi|8828                       :                                                                                                                                                                                                       ATCC------AGG-T-ATCAATCA-AC-CGG--GTAAA-GATC--AT-ATTTTG--TATAAAAAC
gi|8829                       :                                                                                                                                                                                                                             CA-AT-CGG--GCAAA-GATC--AT-ATTTTG--TCAAAATACCTGATA


blockSeqs                     :              CTTTTTGTCTTATTAAAAT AT    A G   G   GTC CT  GTG   GT  TG  A  CGTG  T TGGGGGT        GGGGG   T  AAAC     A     C  C C      AAC     GGAGC           G   AA   CG    C   CGAC  A    T  A         GCATGG G T AA       C  C   CC T   T    AA  G T    CC        C
blockSeqs                     :              CTTTTTGTCTTTATTAAAT .     . .   .   .   C   .     .   T   T  .     . CT             GGGGG   .  AATC     A     .  . .      GCT     TGA             A   TT   CG    A   .     .    A  A         .      A . A        .  G   C  T   .    AA  G T    C         C
blockSeqs                     :              CTTTTTGTCTTTATTAAAT .     . .   .   .   .   .     .   A   G  .     . .              .       .  GGT      A     .  . .      AA      TG              A   TT   T     A   .     .    T  A         .      A . A        .  .   .  T   .    .   . T    .         C
blockSeqs                     :              CTTTTTGTCTAATTAAAAT .     . .   .   .   .   .     .   A   T  .     . .              .       .  AAC      C     .  . .      AA      TG              G   AA   C     C   .     .    T  .         .      A . A        .  .   .  G   .    .   . G    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  GGT      C     .  . .      AA      CC              G   AA   C     C   .     .    A  .         .      G . C        .  .   .  T   .    .   . T    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  GGT      A     .  . .      AA      C               G   AA   T     C   .     .    T  .         .      A . A        .  .   .  G   .    .   . G    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  AAC      A     .  . .      AA      C               A   TT   T     T   .     .    A  .         .      G . T        .  .   .  G   .    .   . G    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  GGT      C     .  . .      AA      G               C   AT   T     T   .     .    T  .         .      G . C        .  .   .  T   .    .   . G    .         T
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  AAC      A     .  . .      AA      G               G   AA   T     T   .     .    T  .         .      T . G        .  .   .  T   .    .   . G    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  GGT      A     .  . .      AC      C               G   TT   A     T   .     .    T  .         .      G . T        .  .   .  G   .    .   . G    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  AAC      A     .  . .      G       C               A   AT   C     G   .     .    T  .         .      G . C        .  .   .  G   .    .   . G    .         C
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  GAA      A     .  . .      G       C               A   AT   .     C   .     .    A  .         .      G . T        .  .   .  A   .    .   . T    .         .
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  GAA      A     .  . .      G       T               .   A    .     T   .     .    A  .         .      . . A        .  .   .  T   .    .   . T    .         .
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  GAA      A     .  . .      G       C               .   .    .     .   .     .    .  .         .                   .  .   .  C   .    .   . .    .         .
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .              .       .  AAC      C     .  . .      A       .               .   .    .     .   .     .    .  .                                                                      
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  GGG      A     .  . .      G       .               .                                                                                                       
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  AAC      A     .  . .      G       .                                                                                                                       
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  G        A     .  . .      .                                                                                                                               
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  .        .     .  . .      .                                                                                                                               
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .       .  .        .                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .              .                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   A   .  .     . .                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .                                                                                                                                                                                    
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blockSeqs                     :              .                   .     . .   .   .   .   .     .   T   .  .     . .                                                                                                                                                                                    
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Reference ( family-531 )      : GGCTCGTCACGAA-------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--TT---CTA--TAN-TT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----ATC-CG-GA-CTCCCAAAAAT-CG-C-TACCTCAA-CATTT----C--ATTCGTTTCGTTAATATAC-TTTACGGA----CG-TTAATTT-TTACAATCC------AGG-T-NTCAATCG-AT-CGG--GNAAA-GATC--AT-AGTTTG--TAAAAATACCTAATA
gi|8794                       : GGCTCGTCACGAA-------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--TT---CTA--TAA-TT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----ATC-CG-AA-CTCCCCAAAAT-CG-C-TACCTCAA-CATTT----C--ATTCGTTTCATTAATATAC-TCTACGGA----CA-TTAATTT-TTACAATCT------AAG-T-CTTAATCG-TT-CGG--GGAAA-GATC--AT-AGTTTG--TAAAAATATCTAATA
gi|8795                       : GGCTCGTCACGAACTTTTTGTCTTATTAAAATT--TGAC-A-CCG-TCT---A--TT---CTA--TAT-TT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----ATC-CG-GG-TTTCCAAAAAT-CG-C-TACCTC-G-CATTT----TG-AGTCGTCTCGTTAAAATAT-TTTACGAA----CG-TTAATTT-TTACAATCC------AGG-T-ATCAATCA-AT-CGG--GTAAA-GATC--AT-ATTTTA--TAAAAATACCTAATA
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gi|8821                       :     CGTCACGA--------------------T--TGAC-C-CTC-TCT---A--T-----------------------C-A-------AGGGG-GA-----ATC-CG-AA-CTCCCCAAAAT-CG-C--ACCTC-A-CATTC----T--ATT
gi|8822                       :              -------------------T--TGAC-C-ACCGTCT---A--TT---CTA--TATGTT-AC----AC-A-------AGGGGGGA-----AT--CG-GG-GTCCC----AT-CG-C-TACCTC-G-CATTT----TGAGGTCGTCTCGTTAAAATAT-TTTATGAACGACCG-GTAATTTATTATAATTCGCATGGAGA-TAATCAA--A-ATCCGGCCGTAAATTATCAAATGAGTTTGCCTAAAAATA-CTAA
gi|8823                       :              -------------------T--TGACAC-CGA-TC----A--TT---CTA--TAT-TT-AC----AC-A-------A-CGGGGA-----ATC-CG-G----CCC--AAATCCG-C-TACCTCGCTCATTTGGAGC--G-TCGTCTCGTTAA---AA-TTTATGAA----CGACGGATTA-TTATAATCC------ATG-A-GATAATCA-ATGCGGC-GTAAA-TATCAAATGAGTTTGC-TAAAAATA-CTAA
gi|8824                       :              -------------------T--TGAC-A-CCG-TCT---A--TT---CTA--TAT-TT-AC----AC-A-------AGGGGGAA-----AT
gi|8825                       :                                          -CTC-TTT---ACTTT---CTA--TAT-TTTAT----ACTA-------AGGGGGGA-----ATCTCG-AATCTTCCAATA-T-TG-CCTACCTCAA-CATTT-------ATTCGTTTCATTATTATACGTCTAGGGA----CG-TTAA-TT-TTGCAATCA------A---C-TTTAATCG-AT-CGG--GGAAA-GA-C--AT-AGTTTG--TAAATATA--TAAT
gi|8826                       :                                              -TCT---A--TT---ACA--TTT-TT-AC----AC-A-------AAGG---------------------CCCAAAAAT-TG-C-CATCTCG--CATTT----CC-ATTCGTCTT-TCAATAT---TTTACGGA----CG-TTAAATT-TTACTATGC------AGA-T-CTCAATCA-AT-CGG--GG-AA-GA---------------TAAAAATATCTTAT
gi|8827                       :                                                                                           GGGGGGG-----ATC-TG-AA-CTCCCAAAAAT-CG-A-TACCTCAC-AATAT----C--ATTTGTTTCATTTATATAC-TTCATGGA----TG-TTAAATT-TGACATTCC------AGG-T-TGTAATTG-AT-CAG--AAAAA-GATC--AT-AGTTTG--TAATAATACCTAATA
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gi|8829                       :                                                                                                                                                                                                                             CA-AT-CGG--GCAAA-GATC--AT-ATTTTG--TCAAAATACCTGATA