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lowQualScore                  :           . .   ...  . . .   .  .   .   ........  . ......   ....  .......   ..   . . . .      ..   ..  . .   . .  .. ..  .  .. ........ .  .. . .    . .     
lowQualScore                  :           2 2   555  2 2 2   1  1   1   44444444  4 222222   0000  3333333   66   1 1 1 1      22   00  7 7   7 7  11 44  7  11 33333333 5  44 7 7    4 0     
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Reference ( gi|91112 )        : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-G-ATC-GA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C-TGTTTTA-GTTG-TA-C-CCC-T-AC--T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTT-C-TCAAT
gi|91113                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-G-ATC-GA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-ACC-TG-TTTA-GTTG-TA-C-CCC-T-AC--T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTT-CTTCAAT
gi|91117                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-G-GTC-GA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACT----CC-T-----GTC--AACTA-A-C-TGTTTTT-GTTA-TA-C-CCC-T-AC--T---A-AC--A--------G-TA--G-A-ATTC-C-TCAA
gi|91114                      : TGCACTCAGG-T-CCA---AC-A-G-ATC-GA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-G-TG-TTTA-GTTA-TA-C-CCC-T-AC--T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCC-TCAGT
gi|91110                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-G-GTC-GA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C-TGTTTT--GTTA-TA---CCC-T-AC--T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-A--T-C-TCAAT
gi|91106                      : TGCACTTCGG-T-CCA---AC-A-G-GTC-AA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C-TGTTTT--GTTA-TA-C-CCC-A-AC--T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCC-TCAAT
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gi|91109                      : TGCATTCTGG-T-CCA---AC-A-G-ATC-GA-CTG-TTT--------CC-CT--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-G-C-Tatgtta
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gi|91134                      : TGCATTCCGG-T-C-A---AC-A-G-ATC-GA---G-TTT--------CC-CT--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C-TGT
gi|91123                      : TGCACTC-GG-T-CCAT--AC-A-G-ATC-GA-CTG-TTT--------CCTCT--A----C----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C-TGT
gi|91135                      :   CACTCCGG-T-CCT---AC-A-G-GTC-GA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C-TGTTTT--GTTA-CA-C-CCC-T-AC--T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTT-C-atacttcttatgactagataatgtaaaa
gi|91137                      :   CACTCCGG-T-C-A---AC-A-C-GTCCGA-CTG-TTT--------CC-CG--A-GA-C----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C-TGTTTC--GTTG-TA-C-CCC-T-AC--T--AA-TC--G--------C-T---G-A-TTTC-C-TCAActc
gi|91136                      :   CACTCCG--T-CCA---AC-A-G-ATC-GA-CTG-TTT--------CG-CA--T-TACC----TC-CAA---GTC--AAC-A-A-C-TGTATAATGTTG-T
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Alignments
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lowQualScore                  :           . .   ...  . .  .  .  .   .   ........  . .......   ....  .......   ..   . . . ..  . . . .... . .    ..    . .... .. . ..  .  .. ........ .  .. . .           
lowQualScore                  :           2 2   444  2 2  1  1  1   1   11111111  3 4444444   9999  8888888   55   1 1 2 55  6 1 4 0000 4 4    22    6 0000 22 6 22  6  88 00000000 2  22 6 6           
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Reference ( family-529 )      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
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gi|91131                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-AA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91132                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-TA-TC-GA-CTA-TTT--------CC-C-T--T-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91133                      : TGCAGTTCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-ATT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG---T-A--T-G-T-TA
gi|91134                      : TGCATTCCGG-T-C-A---AC-A-GA-TC-GA---G-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91135                      :   CACTCCGG-T-CCT---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TACA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTC
gi|91136                      :   CACTCCG--T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CG-C-A--T-TACC----TC-CAA---GTC--AAC-A-A-C--TG-T-A-TAAT-G-T-TGT
gi|91137                      :   CACTCCGG-T-C-A---AC-A-CG-TCCGA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----C--T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--C-G-T-TGTA--CCCC-T----A--C-T--AA-TC--G--------C-T-----G-ATTTCCTCAA
gi|91138                      :        CAG-T-CCA---AC-A-GA-TT-GA-CTG-TTT--------TC-T-G--A-TACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CTCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91139                      :           -T-CCATTTAC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CA-C-A--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTC
gi|91140                      :                          G-TC-GA-CTG-TTT--------CC-CCG--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-T-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----G--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCC
gi|91141                      :                              -GA-CTG--TT--------CC-C-G--A--ACT----AT-T-----G----AAC-A-ACC--TG-T-T-T------T-TATAGTACCC-T----ACGC-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT





Alignments
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lowQualScore                  :           . .   ...  . .  .  .  .   .   ........  . .......   ....  .......   ..   . . . ..  . . . .... . .    ..    . .... .. . ..  .  .. ........ .  .. . .           
lowQualScore                  :           2 2   444  2 2  1  1  1   1   11111111  3 4444444   9999  8888888   55   1 1 2 55  6 1 4 0000 4 4    22    6 0000 22 6 22  6  88 00000000 2  22 6 6           
consensus                     : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
Reference ( family-529 )      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91106                      : TGCACTTCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-AA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-A----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91107                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CCATATGCAGTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91108                      : TGCACTCCGA-T-CCA---AT-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-T-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CTCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91109                      : TGCATTCTGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-G-C--T
gi|91110                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA---CCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-AT---CTCAAT
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gi|91115                      : TGCCCTCCAG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-C-A-C--TG-T-
gi|91116                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------TC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-T--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-GC--AGTAGACAGG-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91117                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AACTA-A-C--TGTT-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T---A-AC--A--------G-TA--G-A-A-TTCCTCAA
gi|91118                      : TGCACCC--G-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CCTC------TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91119                      : TGCACTCCGG-TTCCA---ACCA-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--AGGACC----CC-T-----GTCAAAAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA---CCC-T----A--C-T--AA-ACAGA--------G-TG--GAA-ATTTCCT-AAT
gi|91120                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GAGCTG-TTT--------CCGC-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-----T--T-G-T-TA-A--TACC-T----A--C-TTAAA-GCT-A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91121                      : TGCACTCCG--T-CCA---AC-A----TC--A-CGT-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GCT----C-A-A-A--TG-T-T-T--T-GTT-TATA--CCTC-T----A--T-T---A-AC--A--------GTTA--G-ACGTTTCCTC
gi|91122                      : TGCACTCCG--T-CCA---AC-A-GG--C-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GGAT----CC-T-----GTC--AAC-A---C--TG-T-T-T----G-T--ATA--CCC--T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCTTCAAT
gi|91123                      : TGCACTC-GG-T-CCAT--AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CCTC-T--A----C----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG--------------TATA--CTTC-TTATGA--C-T--AG-AT--AAT------G-TA--A-A-
gi|91124                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-C-------------------G--A-TACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-AATA--CCTC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATT
gi|91125                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-CAGTA-T-A-T--T-G----ATA--CCCA-T----A--A-C--AACAT--A--------A-CA----A-ATTT
gi|91126                      : TGCACTCCGGCT-CCAC--AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-A--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TGTT-T-T--T-G-T-TATG--CCCCTT----A--CTT--AA-AC--A--------G-TATGA-A-ATTT
gi|91127                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-AA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----A--------GTC--AAC-A-A-C--TG-TATAT--T-G-T-TA
gi|91128                      : TGCACTCCGG-T-C-A---AC-A-GG-TC-G--CTGGTTT--------TC-C-G--A-GATC----CTGT-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T------G-T-TATA--TCCC-T----A--C-T--AA--C--A--------GGTA--G-A-ATTTCCTCAA
gi|91129                      : TGC-CTCCGC-T-CCA---AC-A-GGATC-GA-CTG-TTTC-------CC-C-G--A-G-CT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TGTT-T-T--T-G-TGTAT---CCCC-T----A--C-T-----AC--A--------G-T---G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91130                      : TGCACTCCGG-T-CC----AC-ATGG-TC-AA-CT--TTT--------CC-C-GGTA-GACTTTCACC-T-----GTC--AAC-ATA-C--TGTT-T-T--T-C-T-TATA--ATCC-TA---A--C-T--AC-AA--A--------G-TA--G-A-ATTTCC
gi|91131                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-AA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91132                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-TA-TC-GA-CTA-TTT--------CC-C-T--T-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91133                      : TGCAGTTCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-ATT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG---T-A--T-G-T-TA
gi|91134                      : TGCATTCCGG-T-C-A---AC-A-GA-TC-GA---G-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91135                      :   CACTCCGG-T-CCT---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TACA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTC
gi|91136                      :   CACTCCG--T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CG-C-A--T-TACC----TC-CAA---GTC--AAC-A-A-C--TG-T-A-TAAT-G-T-TGT
gi|91137                      :   CACTCCGG-T-C-A---AC-A-CG-TCCGA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----C--T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--C-G-T-TGTA--CCCC-T----A--C-T--AA-TC--G--------C-T-----G-ATTTCCTCAA
gi|91138                      :        CAG-T-CCA---AC-A-GA-TT-GA-CTG-TTT--------TC-T-G--A-TACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CTCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91139                      :           -T-CCATTTAC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CA-C-A--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTC
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gi|91141                      :                              -GA-CTG--TT--------CC-C-G--A--ACT----AT-T-----G----AAC-A-ACC--TG-T-T-T------T-TATAGTACCC-T----ACGC-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT


blockSeqs                     :           C T   TTT  C T  A  C  G   G   CCCCTTTA  T GGTAG     TTCA  ATATGCA   AA   T T C AG  T A A AAT  T G    GT    T TATG CG T TA  C  AG GTAGACAG T  TG A C
blockSeqs                     :           . .   T    . .  .  .  .   .   C         G GAGG      AA    CAA       .    . . C .   T . . TA   . .    .     . A    .  . .   .  T  AT       G  .  . .
blockSeqs                     :           . .   C    . .  .  .  .   .   .         T CGAG      .     GT        .    . . . .   T . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     T         .    . . . .   T . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     A         .    . . . .   . . . A    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     T         .    . . . .   . . . A    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     A         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . CAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     A         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     A         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAT       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     A         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . AAG       .     T         .    . . . .   . . . C    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     A         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . . . T    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     T         .    . . . .   . . . .    . .    .     . .    .  . .   .  .  .        .  .  . .
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TTT       .     A         .    . . . .   . . . .    . .                                                  
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     A         .    . . . .   . . . .    . .                                                  
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TCT       .     A         .    . . . .   . . . .    . .                                                  
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     A         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . ATT       .     T         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAG       .     T         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . GAT       .     T         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . AAG       .     T         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :           . .   .    . .  .  .  .   .   .         . TA        .     T         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :                           .  .  .   .   .         . GA        .     T         .    . . . .   . .                                                             
blockSeqs                     :                              .  .   .   .         . T         .     .         .    . . . .                                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
finalCons                     : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT





Alignments
lowQualScore                  :           1 1   444  1 1  1  1  1   1   55555555  3 4444444   3333  5555555   11   1 1 2 11  4 1 1 2222 1 1    22    1 5555 22 1 22  1  33 88888888 3  22 1 1           
lowQualScore                  :           . .   ...  . .  .  .  .   .   ........  . .......   ....  .......   ..   . . . ..  . . . .... . .    ..    . .... .. . ..  .  .. ........ .  .. . .           
lowQualScore                  :           2 2   444  2 2  1  1  1   1   11111111  3 4444444   9999  8888888   55   1 1 2 55  6 1 4 0000 4 4    22    6 0000 22 6 22  6  88 00000000 2  22 6 6           
consensus                     : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
Reference ( family-529 )      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91106                      : TGCACTTCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-AA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-A----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91107                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CCATATGCAGTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91108                      : TGCACTCCGA-T-CCA---AT-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-T-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CTCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91109                      : TGCATTCTGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-G-C--T
gi|91110                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA---CCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-AT---CTCAAT
gi|91111                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTTCCCCTTTACC-C-C--A-GATCAA--CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91112                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--TAG-T-TGTA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTT-CTCAAT
gi|91113                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-ACC--TG-T-T-T--A-G-T-TGTA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCTTCAAT
gi|91114                      : TGCACTCAGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-G--TG-T-T-T--A-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAGT
gi|91115                      : TGCCCTCCAG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-C-A-C--TG-T-
gi|91116                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------TC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-T--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-GC--AGTAGACAGG-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91117                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AACTA-A-C--TGTT-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T---A-AC--A--------G-TA--G-A-A-TTCCTCAA
gi|91118                      : TGCACCC--G-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CCTC------TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91119                      : TGCACTCCGG-TTCCA---ACCA-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--AGGACC----CC-T-----GTCAAAAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA---CCC-T----A--C-T--AA-ACAGA--------G-TG--GAA-ATTTCCT-AAT
gi|91120                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GAGCTG-TTT--------CCGC-G--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-----T--T-G-T-TA-A--TACC-T----A--C-TTAAA-GCT-A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91121                      : TGCACTCCG--T-CCA---AC-A----TC--A-CGT-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GCT----C-A-A-A--TG-T-T-T--T-GTT-TATA--CCTC-T----A--T-T---A-AC--A--------GTTA--G-ACGTTTCCTC
gi|91122                      : TGCACTCCG--T-CCA---AC-A-GG--C-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GGAT----CC-T-----GTC--AAC-A---C--TG-T-T-T----G-T--ATA--CCC--T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCTTCAAT
gi|91123                      : TGCACTC-GG-T-CCAT--AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CCTC-T--A----C----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG--------------TATA--CTTC-TTATGA--C-T--AG-AT--AAT------G-TA--A-A-
gi|91124                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GG-TC-GA-C-------------------G--A-TACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-AATA--CCTC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATT
gi|91125                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-CAGTA-T-A-T--T-G----ATA--CCCA-T----A--A-C--AACAT--A--------A-CA----A-ATTT
gi|91126                      : TGCACTCCGGCT-CCAC--AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-A--A-GACC----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TGTT-T-T--T-G-T-TATG--CCCCTT----A--CTT--AA-AC--A--------G-TATGA-A-ATTT
gi|91127                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-AA-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----A--------GTC--AAC-A-A-C--TG-TATAT--T-G-T-TA
gi|91128                      : TGCACTCCGG-T-C-A---AC-A-GG-TC-G--CTGGTTT--------TC-C-G--A-GATC----CTGT-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T------G-T-TATA--TCCC-T----A--C-T--AA--C--A--------GGTA--G-A-ATTTCCTCAA
gi|91129                      : TGC-CTCCGC-T-CCA---AC-A-GGATC-GA-CTG-TTTC-------CC-C-G--A-G-CT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TGTT-T-T--T-G-TGTAT---CCCC-T----A--C-T-----AC--A--------G-T---G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91130                      : TGCACTCCGG-T-CC----AC-ATGG-TC-AA-CT--TTT--------CC-C-GGTA-GACTTTCACC-T-----GTC--AAC-ATA-C--TGTT-T-T--T-C-T-TATA--ATCC-TA---A--C-T--AC-AA--A--------G-TA--G-A-ATTTCC
gi|91131                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-AA-CTG-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91132                      : TGCACTCCGG-T-CCA---AC-A-TA-TC-GA-CTA-TTT--------CC-C-T--T-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91133                      : TGCAGTTCGG-T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-ATT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG---T-A--T-G-T-TA
gi|91134                      : TGCATTCCGG-T-C-A---AC-A-GA-TC-GA---G-TTT--------CC-C-T--C-TACC----CC-A-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-
gi|91135                      :   CACTCCGG-T-CCT---AC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TACA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTC
gi|91136                      :   CACTCCG--T-CCA---AC-A-GA-TC-GA-CTG-TTT--------CG-C-A--T-TACC----TC-CAA---GTC--AAC-A-A-C--TG-T-A-TAAT-G-T-TGT
gi|91137                      :   CACTCCGG-T-C-A---AC-A-CG-TCCGA-CTG-TTT--------CC-C-G--A-GACC----C--T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--C-G-T-TGTA--CCCC-T----A--C-T--AA-TC--G--------C-T-----G-ATTTCCTCAA
gi|91138                      :        CAG-T-CCA---AC-A-GA-TT-GA-CTG-TTT--------TC-T-G--A-TACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CTCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT
gi|91139                      :           -T-CCATTTAC-A-GG-TC-GA-CTG-TTT--------CA-C-A--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-A-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----A--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTC
gi|91140                      :                          G-TC-GA-CTG-TTT--------CC-CCG--A-GACT----CC-T-----GTC--AAC-A-T-C--TG-T-T-T--T-G-T-TATA--CCCC-T----G--C-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCC
gi|91141                      :                              -GA-CTG--TT--------CC-C-G--A--ACT----AT-T-----G----AAC-A-ACC--TG-T-T-T------T-TATAGTACCC-T----ACGC-T--AA-AC--A--------G-TA--G-A-ATTTCCTCAAT