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lowQualScore                  :      777    7  2      111 8888888 22  888   99  4   333 3 4 22222222  00 00 5   5 0    3  3 33333 777 444 9999   555   5   00  111  3 3    3  3 3  88 0  4 8 5  4 4     4   4   4 3 4   44  44 4   4  5 5 7    33 7 77 9  7   
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Reference ( gi|70616 )        : TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGAT-C-T-------C--AT---CGT-ATT-TGGC--G-T-A--------TT--T--T-AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70614                      : TTTAA-C-AAGAACA-AGAGAT-C-TT------C--AT---CGT-ATT-TGGC--G-T-A--------TT--T--T-AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-AGGA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCGAAG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70617                      : TTTAA-C-AGGA-CA-AGAGAT-T-TT------C--AT---CAT-CTT-TGGA--G-T-A--------TT--T--T-AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA---AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-TGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70618                      : TTTAAACCAAGA-CA-AGAGAT-C-TT------C--AT---CGT-ATT-TGGC--G-T-A--------TT--T--T-AGG-A---AA-TT-G-----T---C---A----AAA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-T--A-GA--A-C--A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-A-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--ATAA-ATA
gi|70619                      : TTTAAG--AAGA-CA-AGAGAT-C-TT------C--AT---CGG-TTT-GGGG--G-T-A--------TT--T--T-AAG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-T-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AATATA
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gi|70622                      : TTTAGAC-A-GA-CA-A-AGAT-A-TATGTAATC--AT---CAT-CTT-TTGG--G-T-A--------TT--T--G-AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
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gi|70637                      :    tttC-AAGAACATAGAGAT-T-T-------C--GT---CGT-ATT-TG-C--G-TGA--------TTATT--T-AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----AT
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lowQualScore                  :                         333    4  1        333333 5 5  666   44  4 8 4 222 99  44444444   00    9 4    3  2 22222 555 333 8888   333   4   00  999  3 2    3  3 3  88 9  3 7 3  3 3     4   4   4 1 4   22  33 4   4  4 5 6    99 5 44 7  3   
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Reference ( family-527 )      :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GN--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70614                      :                    TTTAA-C-AAGAACA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-AGGA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCGAAG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
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Reference ( family-527 )      :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GN--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70614                      :                    TTTAA-C-AAGAACA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-AGGA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCGAAG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70615                      :                    TTTAAGC-AA---CA-AGAGATCT------T-C-GT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TAT-------TTT--TAGGAA-GAAA-TT-GCTCCAT---C---ATGCTATG---TA--GAA--AA---CA-T-AAAT-TT---GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-GCT-ATTA-GA--T-CCG-AGAA-T-ACGA--A-C--A-AA-ATA
gi|70616                      :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT--------C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70617                      :                    TTTAA-C-AGGA-CA-AGAGATTT------T-C-AT---CAT-CTT-T-G-GA--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA---AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-TGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70618                      :                    TTTAAACCAAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAG----GAAA-TT-G-----T---C---A----AAA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAA--TT-A-GA--A--C-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-A-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--ATAA-ATA
gi|70619                      :                    TTTAAG--AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGG-TTT-G-G-GG--G--TA--------TTT--TAAG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-T-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AATATA
gi|70620                      :                         AC-AAGA-CA-AGAAA-CT------T-C-ATTT-CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAG--A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---C--T-AA-T-TT-A--A--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GATTT-CCG-A--A-T-ACGA--A-T--G-AA-ATA
gi|70621                      :                 tttTTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATTT------TTC-AT---CGT-TCT-T-G-GG--G--TA--------TTT--TAGG-AAGAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CAAT-GAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CCG--GT-G-TAATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70622                      :                    TTTAGAC-A-GA-CA-A-AGATATATGTAAT-C-AT---CAT-CTT-T-T-GG--G--TA--------TTT--GAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70623                      :                    TTTAAG--AAGA-CA-AGAGATGT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAATTT-G-----TC--C---A----AT----TACAAAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-G---A-CC-A---CG-A-CGTGA-CG---GT-G-T-ATT--GA--TCCCG-AG-A-T-ACGA--ATT--A-AA-ATA
gi|70624                      :                     TTGAAG-AAGA-CA-AGAGATAA------T-C-AT---CGT-CTT-T-G-GA--A--GA--------TTT--TAGG-A-GACA-TT-G-----T---C---A----ATA---CAT-GAA--AA---TA-T-AAAT-TG-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGTA-CGG-CCT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG---T-ATGAG-G-T--G-AA-AT
gi|70625                      :                    TTTAA-C-AAAA-CA-AGAG-TCT------T-C-AT---CGT-CTT-T-G-AG--G--TA--------TTT--TAGG-A--AAA-TG-T-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--G----CA-T-AA---TT---GA--A-AC-A-G-CG-A-CAGAA-TGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CAG--G-A-T-ACGA--A-T--A-AA-
gi|70626                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AGATATCT------T-C-GT---CGT--TT-T-G-TA--G---A--------TTT--TAGG-A-GAA--TT-G-----T---C---A----AT----TAC-GAA--AG---AT-T-AAAT-TTTA-GA--A-CC-A-A-CG-A-CG-AA-CGG-CGTTG-T-ATT--GA--T-CCG-AG-ACT-ACGA--A-TTAA-AA-ATA
gi|70627                      :                    TTTAAG--AAGA-CA-AGAGATAC------T-C-AT---CGC-ATT-T-G-GC--G--TA----------T--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TA
gi|70628                      :                     TTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGA-TTT-T-G-TG--G--TA--------CTT--TAGG-A-G----------------------------A---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-
gi|70629                      :                    TTTAA-C-AAGAACA-AGAAATCT------T-C--T---C----TT-T-G-GCACG--TT--------TTT--T-GG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATCTT-TAC-GAA--AA---C--C-AATTATT-A-GA--A-C
gi|70630                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AAAAATCT------T-C-AT---TGT-CTT-TGG-GG--G--TA--------TTC--TAAG-A-GAAA-TT-G-----T---
gi|70631                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-CTT-T-G-GA--G--TA--------T
gi|70632                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AAAGATAT------G-C-AT---CGT-ATT-T-G-GA--G--GA--------TTT--CGGGTA-GAAA-TT-
gi|70633                      :                     TTAAG--AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATTCT-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A---AA-TT-G-----T---C---A----ATC---TAC-G-A--AA---CA-TAAAAT-TT-A-GA--ACCC-C-G-CA-A-CGG-A-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CC--AG-A-T-ACGA--A-T--G-AA-ATA
gi|70634                      :                        AAC-AAGA-CA-AAAGATCT------T-C-AT---CGT-CTT-TGG-GG--G--TA--------T----------------TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA---CA-T-GAAT-TA-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CTG-AG-A-T-ACG
gi|70635                      :                      ttAAC-AA-A-CA-AGAGATCG------T-C-ATGCGCGTCATT-C-G-GT--A--TA--------TGT--TGAG-A-GATA-TTCG-----T---C---A----ATAATATAC-GAG--AAACACA-T-AAAT-TT-A-GA--AACC-A-GGCG-A---GAA-CG--CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-
gi|70636                      :                      ttAAC-AAGAACA-AG-GATCT------T-CTGT---CGT-ATT-T-G-GT-----TA--------TTTAGGAGG-A-GAAG-AT-C-----TGAAC---A----ATA---TGC-TAA--A----CA-T-AAAT-TT-A-GAACA-CC-A-G-CG-ACCGTAA-CGG--GT-GTT-AT----A--T-CCG-AG-A-T-ACAAATA-T--A-AA-ATA
gi|70637                      :                        ttC-AAGAACATAGAGAT-T------T-C-GT---CGT-ATT-T-GCGT--GATTA--------TTT---AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----AT
gi|70638                      :                             AGA-CATAGAGATTTAT----T-C-GT---TAT-GTT-T-G-G---G--TA--------TTT--TAG--A-GAA--TT-G-----T---C---A-----TG---TAC-GAA--AA---C--T-AAAT-TT-T-AA-----C-A-G-CG-A-CGGAA-GGG-TGT-G---ATT--GA--T--CG-AG-A-TAAC----A-T--A-AT-ATA
gi|70639                      :                                                             T-ATT-T-G-GT--G--TGATATTGGTTTT--TA-------AA-TT-G-----T-------A----ATA---CAC-GAA--AA----A-T-ATAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAACCGG-CGT-G-T-ATTCGGA--T-CCG-AT-A-T-A
gi|70640                      : agagaaaaaatattcgtcgagtattgaaaacgcA-AGATATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--CAGA-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAA
gi|70641                      :                                                                                                       A-TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA----A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CCCA-G-CT-A-CGAAA-CGG-CGT-G-T-GTT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70642                      :     gaaattaattcattttagtngataatcatcatctttggT------T-C--T---CG--ATT-T-G-CT--G--TA--------TTT----AG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---C--T-AAAT-TT-A-GA--A--C-A-GCCG-A-C-GAA-CGG-CGT-GAT-ATT--GA----CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AATATA
gi|70643                      :                                                                TT-T-G-GA--G--GA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---T---A----ATA---CAC-G-A--AA---TA-T-AAAT-CT-A-GA--ACCC-A-G-CT-A-CGAAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-TG-A-T-ACG
gi|70644                      :                                                                                                     AAA-TT-G-----G---T---T----ACA---TAC-GAACGAA---AA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CGAA-CGGAA-CGG-CGT---T-ATTCGGAT-T-TCG-AG-A-T-A
gi|70645                      :                                                                                                        -TC-G-----T---C---A----ATA---TCC-AAA--AAA--TA-T-ATAT-TT-A-GA--A-TC-A-G-GG-A----AA-CGG-CGT-G-T-GTT--GA--T-CCA-AG-A-
gi|70646                      :                                                                                                          T-G-----T---CTCGA----ATA---TCC-GAA--AA---TA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-AGG-CG-A-CGGAA-CAG-CTT-G-T-ATT--GA--T-TCG-AG-T-T-AC
gi|70647                      :                                                                                                                                                    A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CA-A-CGGAA-CGGCCTT-C-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70648                      :                                                                                                                                                    A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-ATG-CA-A-CGGAA-CGG-CGT-A-T-GTT--GA--T-CCG-AG---T-A-GA--A-T--
gi|70649                      :                                                                                                                                                    A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-GGTG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-GTT--TA--T-CCG-AG-
gi|70650                      :                                                                                                                                                       -AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-GGCG-A-CGGAA-CTG-CGT-G-T-GTT--GA--T-CCA-AG-A-


blockSeqs                     :                         ACC    A  T        ATGTAA T T  GCG   CA  C G C CAC AT  ATATTGGT   AG    A A    T  C CTCCA GAA TCG TGCT   ATA   A   CG  ACA  A A    A  T .  AC C  C G G  A C     C   C   T C A   CG  TT C   .  A C A    AT T TA T  T
blockSeqs                     :                         GC     A  T        AT     . .  TT    A   . G . C   .   T          .     T .    .  . .     C   .   .      TT    .   .   A    . .    .  . .  .  A  . T C  . .     .   .   . T .   CG  T  .   .  . . .    G  . .  .  T
blockSeqs                     :                         AC     A  .        .      . .  .     A   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  C  . . G  . .     .   .   . A .   A   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     C   . . . A   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . G  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     A   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     T   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AG     .  .        .      . .  .     A   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     T   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     C   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     A   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         AC     .  .        .      . .  .     C   . . . A   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     C   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         G      .  .        .      . .  .     A   . . . A   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         G      .  .        .      . .  .     T   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .  .  .
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     C   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .    .  . .      
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     C   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                         G      .  .        .      . .  .     A   . . . A   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     A   . . . A   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     C   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     A   . . . G   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                         C      .  .        .      . .  .     A   . . . T   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                         G      .  .        .      . .  .     G   . . . T   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                                .  .        .      . .  .     A   . . . T   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                                .  .        .      . .  .     A   . . . T   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . . .                
blockSeqs                     :                                   .        .      . .  .     A   . . . C   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . .                  
blockSeqs                     :                                            .      . .  .     .   . . . T   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  . .                  
blockSeqs                     :                                                              .   . . . A   .   .          .     . .    .  . .     .   .   .      .     .   .   .    . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .  .                    
blockSeqs                     :                                                                  . . . .   .   .                       .  . .     .   .   .      .                  . .    .  . .  .  .  . . .  . .     .   .   . . .   .   .  .   .                       
blockSeqs                     :                                                                                                        .  . .     .   .   .                         . .    .  . .  .  .  . . .  . .                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                        .  . .     .                                 . .    .  . .  .  .                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                           .                                           .                                                                                    


blockSeqCons                  :                    
originalCons                  :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GN--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
finalCons                     :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GN--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA





Alignments
lowQualScore                  :                         111                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                         222    6  3        666666 1 1  444   44  1 2 1 444 11  66666666   22    2 1    1  1 33333 333 222 2222   444   1   22  333  1 1    1  1 1  11 3  1 2 5  1 1     1   1   1 4 1   55  33 1   1  1 1 1    55 2 33 2  5   
lowQualScore                  :                         ...    .  .        ...... . .  ...   ..  . . . ... ..  ........   ..    . .    .  . ..... ... ... ....   ...   .   ..  ...  . .    .  . .  .. .  . . .  . .     .   .   . . .   ..  .. .   .  . . .    .. . .. .  .   
lowQualScore                  :                         333    4  1        333333 5 5  666   44  4 8 4 222 99  44444444   00    9 4    3  2 22222 555 333 8888   333   4   00  999  3 2    3  3 3  88 9  3 7 3  3 3     4   4   4 1 4   22  33 4   4  4 5 6    99 5 44 7  3   
consensus                     :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GN--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
Reference ( family-527 )      :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GN--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70614                      :                    TTTAA-C-AAGAACA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-AGGA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCGAAG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70615                      :                    TTTAAGC-AA---CA-AGAGATCT------T-C-GT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TAT-------TTT--TAGGAA-GAAA-TT-GCTCCAT---C---ATGCTATG---TA--GAA--AA---CA-T-AAAT-TT---GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-GCT-ATTA-GA--T-CCG-AGAA-T-ACGA--A-C--A-AA-ATA
gi|70616                      :                    TTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT--------C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70617                      :                    TTTAA-C-AGGA-CA-AGAGATTT------T-C-AT---CAT-CTT-T-G-GA--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA---AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-TGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AA-ATA
gi|70618                      :                    TTTAAACCAAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAG----GAAA-TT-G-----T---C---A----AAA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAA--TT-A-GA--A--C-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-A-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--ATAA-ATA
gi|70619                      :                    TTTAAG--AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGG-TTT-G-G-GG--G--TA--------TTT--TAAG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-T-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AATATA
gi|70620                      :                         AC-AAGA-CA-AGAAA-CT------T-C-ATTT-CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAG--A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---C--T-AA-T-TT-A--A--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GATTT-CCG-A--A-T-ACGA--A-T--G-AA-ATA
gi|70621                      :                 tttTTTAAAC-AAGA-CA-AGAGATTT------TTC-AT---CGT-TCT-T-G-GG--G--TA--------TTT--TAGG-AAGAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CAAT-GAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CCG--GT-G-TAATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70622                      :                    TTTAGAC-A-GA-CA-A-AGATATATGTAAT-C-AT---CAT-CTT-T-T-GG--G--TA--------TTT--GAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70623                      :                    TTTAAG--AAGA-CA-AGAGATGT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A-GAAATTT-G-----TC--C---A----AT----TACAAAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-G---A-CC-A---CG-A-CGTGA-CG---GT-G-T-ATT--GA--TCCCG-AG-A-T-ACGA--ATT--A-AA-ATA
gi|70624                      :                     TTGAAG-AAGA-CA-AGAGATAA------T-C-AT---CGT-CTT-T-G-GA--A--GA--------TTT--TAGG-A-GACA-TT-G-----T---C---A----ATA---CAT-GAA--AA---TA-T-AAAT-TG-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGTA-CGG-CCT-G-T-ATT--GA--T-CCG-AG---T-ATGAG-G-T--G-AA-AT
gi|70625                      :                    TTTAA-C-AAAA-CA-AGAG-TCT------T-C-AT---CGT-CTT-T-G-AG--G--TA--------TTT--TAGG-A--AAA-TG-T-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--G----CA-T-AA---TT---GA--A-AC-A-G-CG-A-CAGAA-TGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CAG--G-A-T-ACGA--A-T--A-AA-
gi|70626                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AGATATCT------T-C-GT---CGT--TT-T-G-TA--G---A--------TTT--TAGG-A-GAA--TT-G-----T---C---A----AT----TAC-GAA--AG---AT-T-AAAT-TTTA-GA--A-CC-A-A-CG-A-CG-AA-CGG-CGTTG-T-ATT--GA--T-CCG-AG-ACT-ACGA--A-TTAA-AA-ATA
gi|70627                      :                    TTTAAG--AAGA-CA-AGAGATAC------T-C-AT---CGC-ATT-T-G-GC--G--TA----------T--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TA
gi|70628                      :                     TTAAAC-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGA-TTT-T-G-TG--G--TA--------CTT--TAGG-A-G----------------------------A---TAC-GAA--AA---CA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-
gi|70629                      :                    TTTAA-C-AAGAACA-AGAAATCT------T-C--T---C----TT-T-G-GCACG--TT--------TTT--T-GG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATCTT-TAC-GAA--AA---C--C-AATTATT-A-GA--A-C
gi|70630                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AAAAATCT------T-C-AT---TGT-CTT-TGG-GG--G--TA--------TTC--TAAG-A-GAAA-TT-G-----T---
gi|70631                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-CTT-T-G-GA--G--TA--------T
gi|70632                      :                    TTTAA-C-AAGA-CA-AAAGATAT------G-C-AT---CGT-ATT-T-G-GA--G--GA--------TTT--CGGGTA-GAAA-TT-
gi|70633                      :                     TTAAG--AAGA-CA-AGAGATCT------T-C-AT---CGT-ATTCT-G-GC--G--TA--------TTT--TAGG-A---AA-TT-G-----T---C---A----ATC---TAC-G-A--AA---CA-TAAAAT-TT-A-GA--ACCC-C-G-CA-A-CGG-A-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CC--AG-A-T-ACGA--A-T--G-AA-ATA
gi|70634                      :                        AAC-AAGA-CA-AAAGATCT------T-C-AT---CGT-CTT-TGG-GG--G--TA--------T----------------TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA---CA-T-GAAT-TA-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CTG-AG-A-T-ACG
gi|70635                      :                      ttAAC-AA-A-CA-AGAGATCG------T-C-ATGCGCGTCATT-C-G-GT--A--TA--------TGT--TGAG-A-GATA-TTCG-----T---C---A----ATAATATAC-GAG--AAACACA-T-AAAT-TT-A-GA--AACC-A-GGCG-A---GAA-CG--CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-
gi|70636                      :                      ttAAC-AAGAACA-AG-GATCT------T-CTGT---CGT-ATT-T-G-GT-----TA--------TTTAGGAGG-A-GAAG-AT-C-----TGAAC---A----ATA---TGC-TAA--A----CA-T-AAAT-TT-A-GAACA-CC-A-G-CG-ACCGTAA-CGG--GT-GTT-AT----A--T-CCG-AG-A-T-ACAAATA-T--A-AA-ATA
gi|70637                      :                        ttC-AAGAACATAGAGAT-T------T-C-GT---CGT-ATT-T-GCGT--GATTA--------TTT---AGG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----AT
gi|70638                      :                             AGA-CATAGAGATTTAT----T-C-GT---TAT-GTT-T-G-G---G--TA--------TTT--TAG--A-GAA--TT-G-----T---C---A-----TG---TAC-GAA--AA---C--T-AAAT-TT-T-AA-----C-A-G-CG-A-CGGAA-GGG-TGT-G---ATT--GA--T--CG-AG-A-TAAC----A-T--A-AT-ATA
gi|70639                      :                                                             T-ATT-T-G-GT--G--TGATATTGGTTTT--TA-------AA-TT-G-----T-------A----ATA---CAC-GAA--AA----A-T-ATAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CG-A-CGGAACCGG-CGT-G-T-ATTCGGA--T-CCG-AT-A-T-A
gi|70640                      : agagaaaaaatattcgtcgagtattgaaaacgcA-AGATATCT------T-C-AT---CGT-ATT-T-G-GC--G--TA--------TTT--CAGA-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---CA-T-AAA
gi|70641                      :                                                                                                       A-TT-G-----T---C---A----ATA---CAC-GAA--AA----A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CCCA-G-CT-A-CGAAA-CGG-CGT-G-T-GTT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70642                      :     gaaattaattcattttagtngataatcatcatctttggT------T-C--T---CG--ATT-T-G-CT--G--TA--------TTT----AG-A-GAAA-TT-G-----T---C---A----ATA---TAC-GAA--AA---C--T-AAAT-TT-A-GA--A--C-A-GCCG-A-C-GAA-CGG-CGT-GAT-ATT--GA----CCG-AG-A-T-ACGA--A-T--A-AATATA
gi|70643                      :                                                                TT-T-G-GA--G--GA--------TTT--TAGG-A-GAAA-TT-G-----T---T---A----ATA---CAC-G-A--AA---TA-T-AAAT-CT-A-GA--ACCC-A-G-CT-A-CGAAA-CGG-CGT-G-T-ATT--GA--T-CCG-TG-A-T-ACG
gi|70644                      :                                                                                                     AAA-TT-G-----G---T---T----ACA---TAC-GAACGAA---AA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CGAA-CGGAA-CGG-CGT---T-ATTCGGAT-T-TCG-AG-A-T-A
gi|70645                      :                                                                                                        -TC-G-----T---C---A----ATA---TCC-AAA--AAA--TA-T-ATAT-TT-A-GA--A-TC-A-G-GG-A----AA-CGG-CGT-G-T-GTT--GA--T-CCA-AG-A-
gi|70646                      :                                                                                                          T-G-----T---CTCGA----ATA---TCC-GAA--AA---TA-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-AGG-CG-A-CGGAA-CAG-CTT-G-T-ATT--GA--T-TCG-AG-T-T-AC
gi|70647                      :                                                                                                                                                    A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-G-CA-A-CGGAA-CGGCCTT-C-T-ATT--GA--T-CCG-AG-A-T-ACG
gi|70648                      :                                                                                                                                                    A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-ATG-CA-A-CGGAA-CGG-CGT-A-T-GTT--GA--T-CCG-AG---T-A-GA--A-T--
gi|70649                      :                                                                                                                                                    A-T-AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-GGTG-A-CGGAA-CGG-CGT-G-T-GTT--TA--T-CCG-AG-
gi|70650                      :                                                                                                                                                       -AAAT-TT-A-GA--A-CC-A-GGCG-A-CGGAA-CTG-CGT-G-T-GTT--GA--T-CCA-AG-A-