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lowQualScore                  :    . .   .  .. ...   ..   .  .. . . .   . .  .. . . .. . ..  . ......  . ..  .  .  .   . .  . . ... .  .  .. . ....  . . . .  . ...    .  .. .   . .. ..  ..      .... . ... .  .. ..    . .  ...   . .         .  
lowQualScore                  :    3 3   7  11 333   44   6  99 1 1 3   3 3  55 4 2 66 2 11  2 999999  6 77  2  4  2   2 2  4 2 444 2  2  00 2 2222  2 5 2 2  2 222    3  99 3   3 22 22  88      8888 4 444 4  44 00    5 1  888   5 5         7  
consensus                     : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATATCGAGAA
Reference ( gi|66538 )        : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATATCGAAAA
gi|66539                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-GAT-C-TG--C-G-T--A-AT-TA-T-------C-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---A-TC-TG--AGGA-C-G--G-TCC-C-GAATATCGAGAA
gi|66540                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-AAG-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------A--G--CA-GC-AA--TT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGC-G--T--CC--ACGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-T-GC-A-TCC-C-GAATATTGAGAAa
gi|66542                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A---G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-GA--G-C--AACA-T-T-G--T-T---AAAA-TG--G-TGC-G--T--CC--CCGGGC----T-T---G-TC-TA--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATATCGAGAAaa
gi|66544                      : CAG-G-GTT-CTT-C---ATT--AAG-GC--A---G-AAT-C-TG--C-G-T--A-C--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATTCG-AT-C-T---G-GG-AC--G-T--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--GCTGC-G--T---C--GCGGAC----T-C---G-TCTTG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-AAATATCGAaa
gi|66541                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAT-GC--A-A-G-AAT-C-TGAGC-G-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-TT--G-C--AGCA-G-T-G-TT-T---AAAA-CT--G-TGC-G--T--CC--ACGGAC----T-C---G-TC-AG--AGGA-C-GT-G-TCC-T-GAATGTCGAggaaa
gi|66545                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAT-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-A---G-GG-AC--G-T--AGCA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-A--T--CT--GCGGAT----T-T---G-TC-AG--AGGA-T-GT-G-TCC-C-GGATAg
gi|66546                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAT-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AT-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--A-C--A--A-G-T-G-TT-T----AAA-CG--G-TGC-G--T--CC--ACGGAC----T-T---G-TT-AG--AGGA-A-GC-A-GCC-C-GGATAGCGAAGAgtgtcagaggaaa
gi|66547                      : CAG-G-GCT-CT--C---ATT--AAC-GCA-A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--T--T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-T-AT-C-T---G-GG-AC--GAC--AACA-TAG-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGC-G--TC-CC--GTGGAC----T-C---GTTC-TA--AGGA-C-GC-G-T-C-C-GAATA-CGAGAAaa
gi|66549                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--ACC-GC--A-A-G-AGT-C-TG--C-G-T--A-AAATA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--C-G--GACA-TCT-G-TT-T---AAAA-AC--G-TGC-G--T---C--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--A-GA-CAGC-ATTCC-C-GAATGTCGa
gi|66548                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-T-T--A-AT-TA-T------AC-G--CA-GCAAA-ATT-GAAT-C-T---G-GG-AA--G-C--AACA-T-T-G-TT-TTAAAAAA-TG--G-TGC-G--TCCCC--GCGG-C----T-T---G-TC-----AAGA-C-GC-G-TCC-C-GAA-ATCGA
gi|66543                      : CAG-G-GTT-TT--CTCAATT--AA--G---A-A-G-AATGC-TG--C-G-T--A-A--TA-TT-----AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GA-AA--G-C--AACA-T-TGG-TT-T---TAAA-TG--G-TGC----T--CC--CCGGGC----T-T---G-TC-TA--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATATCGAGAAcccgaaaa
gi|66550                      : CAG-G-GTT-CT--C---AAT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AT--G-T--AACA-G-T-G-TT-T---AAAT-TG--G-TGC-A--T--CC--GCGGAC----T-C---A-TC-aa
gi|66553                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAT-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-A-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AA-C-T---G-GG-AC--G-T--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGC-G--T--CC--
gi|66551                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GCA-A-A-G-AAT-CTTG--C-G-T-------TA--------ACTG--CA-GCAAA-ATT-G-ATGC-T---G-GG-AC--G-C--G-CA---T-G-TT-T---AAAA-CA--G-TGC-GTAT--CC--GCGGACAT--T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-A-T-C-C-GAATGTCGA
gi|66552                      : CAG-GAGTT-CT--C---ATT--AAC-GT--A-A-A-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TG-G------AT-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AT--G-C--AACA-T-T-G-TT-A---AAAA-CT--G-TGT-G--T--CC--ATGGAT----T-T---G-TC-AG--AAGA-T-AT-G-CCC-C-GGGTAggaaa
gi|66555                      : CAG-G-GTT-CTTAC---ATT--AACTGC--A-A-TTAATACATG--C-G-T--A-A--TA-T------CG-G--C---C-AT-ATT---AT-C-----G-GG-AC--G-C--AACAAT-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--T---GCTGAC----T-C---G-TC-TA--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATATCgtgaggaaa
gi|66554                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AA----------------------------------------C-AA-ATT---AT-C-T---G-GG-AC--G-C--AACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CA--G-TGC-G--T--CC--GC-GAT----T-C---G-TC-TG--AGGA-CAGC-A-TCC----GATGTCGAcgagcaa
gi|66556                      : CAG-G-GTT-TC--C---ATTT-AACTGC--A-A-G-CA--C-TG--C-G-T--ATA--TA-T------ACTG--CA-GC-AA-ATT-G-ATTC-T---G-GG-AC--G-C--AACT-T-T-G-TT-A---AAAAGCA--G-TGC-AT-T--CC--GCTGACGGTAC-T---G-TC-TG--AGGACC-GC-A-T-C-C-GAATGTCggaaa
gi|66557                      : CAGAG-GTT-CT--T---TTTT-AAC-GC--A-G-G-AAT-C-TG----G-TTTA-A--TA-T------ATTG--CA-AC-AA-ATC----T-CGT---G-GG-AC--G-C--GTCA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-T-------------GCGGAC----TAT---T-TC-TC--GAGA-C-AC-G-TCC-T-GAATaggaa
gi|66558                      : CAG-G-GT--CT--C---ATT--AAC-GC--A-A---AAT-CATA--C-A-T--A-A--TA-TA-----AC-A--CA-GC-CA-A-T-G-AA-C-T---G-GGAACAAG-C--G------T-G-TTGT---AAAA-AGGTG-TGC-A--T--CC--ACGAAC----T-T---G-TCATG--AGGA-C-GCTA-TCCGC-GAAAAACGAAttatactgagaaaa
gi|66559                      : CAG-A-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-
gi|66561                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--
gi|66560                      : CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--
gi|66563                      :  AG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AT-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AT--G-C--GGCA-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGT-G--T--TT--GTGGAC----T-C---A-TC-TG--AGGA-T-GC-C-TCC-C-GAATATCGA
gi|66562                      :  AG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-A-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AG-C-T---G-GG-AT--G-C--AACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--A-TGC-G--T--TC--GCAGAC----T-C---G-TC-TG--AGTA-T-GC-C-TCC-C-GAATATCGAggaaa
gi|66564                      :  AG-G-GTTTCT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--CCG-T--A-A--TA-T------AT-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GA-TC--G-C-----A-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGT-G--T--TT--GTGGAC----T-C---A-TC-TG--AGGA-T-GC-C-TCC-C-GAATATCGAggaaa
gi|66565                      :  AG-G-GTTTCT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--CCG-T--A-A--TA-T------AT-G--CA-GC-AATATT-G-AT-C-T---G-GA-TC--G-C-----A-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGT-G--T--TT--GTGGAC----T-C---A-TC-TG--AGGA-T-GC-C-TCC-C-GAATATCGAggaaa
gi|66566                      :   G-G-GGT-CT--C---TTT----C-GC--A-A-G-AAT---TG--C-G-T--A-A--TA-TTTATTTAT-GGCCAAGC-AA-ATT-G-A--C-T---G-GG-AT--G-CCAAACA-T-T-GCTT-T---TAAA-CA--G-TGC-T--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TA-AG--GGAA-C-GC-A-TCA-C-GAATATCGAggaaa
gi|66567                      :   G-G-GTT-CT------ATTTTAAC-GCTAA-A-GTAATTC-TG--C-GAT--A-A---A-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-CT-C-T---G-GT-ACA-G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAggaaa
gi|66568                      :    -G-GTT-CT--A---AGT--AAC-GC--A-A-G-AAC-C-TG--T-G-T--A-A--TA-T------AT-G--CA-AC-AA-ATT-G-CT-C-T---G-GG-GC--G-C--AACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CT--G-TGT-G--T--CC--ATGGAC----T-T---G-CC-AT--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GGATActtggggtcgaccgacaatcaagtcccgataatatgcagtccatgcggactcccagtctgtagggacgcgtcccaaaatattccgcatagaaaa
gi|66569                      :             --C---ATT--GAT-TC--ACA-G-ATT-C-TG--C-G-T--G-A--TA-T------AC-A--CT-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AT--G-C--AACA-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGC-A--T--CT--GCGGAC----T-C---A-TC-AG--AGGA-C-GC-T-TCC-C-GGATAGCGAgtaaagaaa
gi|66570                      :                             C--A-A-G-AAT-C-TG--C-A-T--A-A--TA-T------AC-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-T-T---GAGA-AC--G-G--GGAA-T-T-G-CT-T---AAAA-CA--G-GAT-G--T--CC--GCGGAC----T-T---A-TC-AG--AGGA-ggaaa
gi|66572                      :                             C--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-T-TAAAG-AA-AT--T-C--G-CA---T-G-TT-C---AAAA-
gi|66571                      :                             C--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-T-TAAAG-AA-AT--T-C--G-CA---T-G-TT-C---AAAA-
gi|66573                      :                             C--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TA-T------AC-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-
gi|66543                      :                                         -C-TG--C-G-T--A-A--TATT------AC-G--CA-GC-A
gi|66574                      :                                                        cagggttttctcaattaagaagaaC-AA-ATT-T-AG-C-T---G-GG-AC--G-C--AACC-T-T---TC-C---AAAA-TC--G-TGA-G--T--CC--ACGGAC----T-C---caaattgatctggaaagcaacattggttttaaatggtgctccccgggcttgtctaaggacgcgtcccgaatatcgagaaaa
gi|66567                      :                                                                                                                                              -TGCAG--T--CCATGCGGAC----T-CCCAG-TC-TGTAGGGA-C-GC-G-TCC-CAAAATAT

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lowQualScore                  :                                                                                                               3 3   6  00 222   22   5  88 1 1 2   3 3  55 4 2 66 2 99   999999 2 6 77  2  4  2   2 2  4 2 222 2  2  99 2 4444  2 4 2 2  2 111    2  88 3   3 11 11  88      7777 3 333 4  99 00    4 0  333   5 5  1111    6  7    
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Reference ( family-526 )      :                                                                                                            CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GA----ATAT-CG-AGAA
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Reference ( family-526 )      :                                                                                                            CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATA---T-C-GAGGA
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Reference ( family-526 )      :                                                                                                            CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATA---T-C-GAGGA
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gi|66566                      :                                                                                                              G-G-GGT-CT--C---TTT----C-GC--A-A-G-AAT---TG--C-G-T--A-A--TATTTATTTA-T-GGCCAAGC-AA-ATT-G-A--C-T---G-GG-AT--G-CCAAACA-T-T-GCTT-T---TAAA-CA--G-TGC-T--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TA-AG--GGAA-C-GC-A-TCA-C-GAATA---T-C-GAGGAaa
gi|66567                      :                                                                                                              G-G-GTT-CT------ATTTTAAC-GCTAA-A-GTAATTC-TG--C-GAT--A-A---AT------A-C-G--CA-GC-AA-ATT-G-CT-C-T---G-GT-ACA-G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAaa
gi|66567                      :                                                                                                                                                                                                                                                         -TGCAG--T--CCATGCGGAC----T-CCCAG-TC-TGTAGGGA-C-GC-G-TCC-CAAAATA---T-cttggggtcgaccgacaatcaagtcccgataatatgcagtccatgcggactcccagtctgtagggacgcgtcccaaaatattccgcatagaaaa
gi|66568                      : gggttctattttaacgctaaagtaattctgcgataaatacgcagcaaattgctctggtacagcgacattgtttaaacttggggtcgaccgacaatcaagtcccgataata-G-GTT-CT--A---AGT--AAC-GC--A-A-G-AAC-C-TG--T-G-T--A-A--TAT------A-T-G--CA-AC-AA-ATT-G-CT-C-T---G-GG-GC--G-C--AACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CT--G-TGT-G--T--CC--ATGGAC----T-T---G-CC-AT--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GGATA---tccgcatagaaaa
gi|66569                      :                                                                                                                        --C---ATT--GAT-TC--ACA-G-ATT-C-TG--C-G-T--G-A--TAT------A-C-A--CT-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AT--G-C--AACA-T-T-G-TT-T---AAAA-TG--G-TGC-A--T--CT--GCGGAC----T-C---A-TC-AG--AGGA-C-GC-T-TCC-C-GGATA---G-C-GAGGAgtaaagaaa
gi|66570                      :                                                                                                                                        C--A-A-G-AAT-C-TG--C-A-T--A-A--TAT------A-C-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-T-T---GAGA-AC--G-G--GGAA-T-T-G-CT-T---AAAA-CA--G-GAT-G--T--CC--GCGGAC----T-T---A-TC-AG--AGGA-aa
gi|66571                      :                                                                                                                                        C--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-T-TAAAG-AA-AT--T-C--G-CA---T-G-TT-C---AAAA-
gi|66572                      :                                                                                                                                        C--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-T-TAAAG-AA-AT--T-C--G-CA---T-G-TT-C---AAAA-
gi|66573                      :                                                                                                                                        C--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-A--CA-GC-AA-ATT-G-AT-
gi|66574                      :                                                                                                                                                                                           C-AA-ATT-T-AG-C-T---G-GG-AC--G-C--AACC-T-T---TC-C---AAAA-TC--G-TGA-G--T--CC--ACGGAC----T-C---


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blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . GG    . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  T  .     . .  C     . .     .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . GA    . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  T  .     . .  C     . .     .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . AA    . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  A  .     . .  C     . .     .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . AA    . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  T  .     . .  A     . .     .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . GG    . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  A  .     . .  G     . .     .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . AA    . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  A  .     . .  G     . .     .      
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . A     . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  A  .     . .  T     . .            
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . G     . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .  .  .     .                         
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . G     . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . G     . . . .  . .      .  .  .   . .  .   .       .    . .                                         
blockSeqs                     :                                                                                                               . .   .  .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . G     . . . .  . .      .     .   . .  .   .                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .     .    .  .  . . .   . .  .  . . .  . .    .      . . .   .  .  .   . .  . . .   .  .  .  . .     . . . .  . .      .                                                                           
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blockSeqs                     :                                                                                                                                         .  . . .   . .  .  . . .  .                        .  .   . .  .                                                                                                                      
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blockSeqs                     :                                                                                                                                         .  . . .   . .  .                                                                                                                                                                     


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originalCons                  :                                                                                                            CAG-G-GTT-CT--C---ATT--AAC-GC--A-A-G-AAT-C-TG--C-G-T--A-A--TAT------A-C-G--CA-GC-AA-ATT-G-AT-C-T---G-GG-AC--G-C--GACA-T-T-G-TT-T---AAAA-CG--G-TGC-G--T--CC--GCGGAC----T-C---G-TC-TG--AGGA-C-GC-G-TCC-C-GAATA---T-C-GAGGA
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