lowQualScore : 111111 111 6666666666666666666666666666
lowQualScore : 5 111111 4 1 555 11 2222 555 1111111111111111111111111111 444444
lowQualScore : . ...... . . ... .. .... ... ............................ ......
lowQualScore : 2 222222 1 1 000 55 4444 222 8888888888888888888888888888 444444
consensus : TTA-AGGAGAGGA-----GCCNG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTN-TCCAATCCTTTTGT------AT-----T-N-----T-N---C------AATAAAATA
Reference ( gi|71323 ) : TTA-AGGAGAGGA-----GCCAG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGCC-TCCAATCCTTTTG-------AT-----T-T-----T-T---C------AATAAAATA
gi|71324 : TTA-AGGAGAGGA-----GCCAG-T---GAGTT--GTAAGAAC----CTGTC-TCCAATCCACTTG-------AT-----T-A-----T-T---C------AATAAAATA
gi|71322 : TTA-AGGAGAGGA-----GCCAG-T---AAGTT--GTAAGAAC----CTGTC-TCCAATCCATTTG-------GC-----T-A-----T-T---C------AATAAAATA
gi|71325 : TTA-AGGAGAGTA-----GCCAG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTC-TCCAATCTATTTG-------AT-----T-A-----T-T---C------AATGAAATA
gi|71329 : TTA-AGGAGAGGA-----GCCAT-T---AAGTT--G-AAGATC----TTGTC-TCCAATCCTTTTG-------AC-----A-A-----T-T---C------AACAAAATA
gi|71331 : TTA-AGGAGAGGG-----ACTAG-T---AAGTT--GTTAGAAC----TTGTT-CCCAATCCTTTT
gi|71327 : TTA-AGGTGAGAA-----CCTCG-T---AAGTT--GTCAGAAC----TTGTG-TTCAAACCTTTTGT------ATA----T-TATATAT-A---C------AATAAAATA
gi|71334 : TTA-AGGTGAGAA-----CCTCG-T---AAGTT--GTTAGAAC----TTGTG-TTCAAACCTTTT
gi|71326 : TTATAGGTGAG-A-----CCTCG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTG-TTCAAACCTTTTG-------cgtatatgttcgtatatatacaataaaata
gi|71328 : TTATAGGTGAGAA-----CTTAG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTATG-TTCAAACCCTTTG-------tgtatataataataaaa
gi|71332 : TTATAGGTGAGAA-----CCTCG-T---AAGTT--GTTAGAAC----TTGTG-TTCAACCCTTTTtatatatagctatatacaatgaaata
gi|71335 : TTT-AGGAGAGG------GC--G-TTCTAAGTT--TCAAGAAC----TTGTG-CCCAATCCTTTTG-------tgtata
gi|71348 : tTA-CGGAGAGGA-----GCCTG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTC-AAAAATCCATTTG-------AT-----T-A-----C-T---C------ACTAAAATAttacaacaccataacaataaaata
gi|71345 : aTA-CGGAGAAGA-----ACCCG-T---AAGTT--GTACGAAC----TTGTT-ACTAATCTTTTTGT------AT-----A-T-----A-C---CATATATAATAAAATA
gi|71340 : aTA-GGGAGAGGG-------CGG-TCT-AAGTT--TTTAGAAC----TTGTG-CCCGATCCCTTTGTA-----AT-----T-TAA---T-TA--C------AATAAAATA
gi|71339 : taTA-GGGAGAGGG-------CGG-TCT-AAGTT--TTTAGAAC----TTGTG-CCCGATCCCTTTGTA-----AT-----T-TAA---T-TA--C------AATAAAATA
gi|71336 : taTA-AGGAGAAGA-----ACTCG-T---AGTCT--GTACGAAC----TTGTT-TCTATTCCTTTTG-------
gi|71349 : tta-AAGAGAGGA-----GCAAG-T---AAGTT--GAGATAAT----TTGTT-TCCAATCCTTTTG-------AC-----T-A-----T-T---C------AATAAAATAtatat
gi|71351 : -AAGAGAGGA-----ATCAG-T---AAGTT--GTAAGAAC----CTGTT-TCCAATCATTTTA-------AT-----T-A-----T-C---C------AGTAAAA
gi|71350 : -AGGAGAGGA-----ACTTG-T---AAGTG--GTGAGAAC----TCGTT-TCTAATTCTTTTGT------AT-----A-T-----T-T----------AATAacaaaa
gi|71337 : -AGGTGAGAA-----CCTCG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTG-TCCAAACCTTTTGT------ATATAA-T-TATA--T-G---T------AATAAAATA
gi|71344 : tat-AGGTGAGAA-----CCTCG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTTGTTCAAACCTTTTGTATATGTAT-----T-TATA--T-A---C------AATAAAATA
gi|71347 : at-AGGTGAGAA-----CTC-G-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTG-CTCAAACCTTTTG-------
gi|71352 : at-AGGTGAGAAC----GCTCG-T---AAGTT--GTTAGAAC----TTGTG-TTCGAACTTTGTAT------AT-----T-A-----T-A---T------AATACAATAtatatgtaattttaattatttatatacaataaaata
gi|71354 : GGGGAGGA-----GCAAG-T---AAGTT--GAAACAAC----TTGTC-CTCAATCCCTTTG-------AT-----T-A-----T-T---C------AACAAaa
gi|71341 : GGAGAGG------GTCAT-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTA-TCCAATCC
gi|71333 : tattGGAGAGG------GCAATCT---AAGTT---TATGAAC----TTGTG-CCCAATCCTTTTGGC-----AT-----TAT-----TGT---C------AATAAAATAaattgtactgtatatattataacata
gi|71338 : ttatgGGAGAGGA------TTAT-T---AAGTTTTGTAAGAAC----TTGTA-TCCAATCCATTTGT------AT-----A-TATGA-T-A---C------AATAAAATA
gi|71346 : tattGGAGAAGA-----ACCCG-T---AAGTT--GTACGAAC----TTGTT-ACTAATCTTTT
gi|71353 : atcGGAGAAAA-----ACTTG-T---ACATT--GTATGAAC----TTGTT-TCTAATCCTTTTGT------ATATA--T-TATA--T-A---C------AATAAAATAgtgtatataccatatataataaaata
gi|71343 : GGAGAGTA------TCAT-T---AAGTT--GTAAGAACTAGTTTGTA-TTCAATCCATTTGCATAT--AT-----T-A-----T-A---C------AATAAAA
gi|71355 : tattGGAGAGGATCATTACTAC-T---AAAAT--GTAACAAC----TTGTA-TCTAATCCATTTG--------------T-A-----T-A---C------AATAAAATAaaa
gi|71356 : GAGAGGA------TCAT-T---AAGTT--GCAAGAAC----TTGAA-TCCAATCCATTTGTATAT--AT-----T-A-----T-A---C------AACAAAATA
gi|71342 : GGGAAGG-----GTCGA-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTTTA-T-CAATCCTTTTGC------AT-----G-TAATA-T-A---C------AATGAAATA
gi|71357 : tatcGAGGA-----GCCAG-T---AAGCT--GATAGAAC----TTGTC-TCCAATCCGTTAG-------AC-----A-A-----C-T---C------AATAAAATA
gi|71330 : GAGAA-----CCCCG-T---AAGTT--GTAAGAAA----TTGTG-TTCAAACCTTTTGTATATGTAT-----TAT-----T-TATAC------AATAAAAT
gi|71358 : ttatagttG-T---AAGTT--GTAAGAAC----TTGTG-TTCAAACCTTTTG-------TTAACTAT-A-----T-A---C------AATAAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111 4444444444444444444444444444
lowQualScore : 5 11 111111 1 2 33 11 2222 1 1 1 1 55555555555 7777777777777777777777777777 44 2222
lowQualScore : . .. ...... . . .. .. .... . . . . ........... ............................ .. ....
lowQualScore : 0 55 888888 1 1 00 55 3333 1 0 1 1 11111111111 5555555555555555555555555555 55 5555
consensus : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-----------G----T------AT----------T---AT-ACA----ATAAAATA
Reference ( family-524 ) : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-----------G----T------AT----------T---NT-NCA----ATAAAATA
gi|71322 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ATT-T-----------G-----------GC----------T---AT-TCA----ATAAAATA
gi|71323 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-CCTCCAATCC-TTT-T-----------G-----------AT----------T---TT-TCA----ATAAAATA
gi|71324 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--GAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ACT-T-----------G-----------AT----------T---AT-TCA----ATAAAATA
gi|71325 : TTA-AGGAGAGT--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCTCCAATCT-ATT-T-----------G-----------AT----------T---AT-TCA----ATGAAATA
gi|71326 : TTATAGGTGAG---A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-----------G----T------GTA---------T---ATAATA----ATAAAA
gi|71327 : TTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTCAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-----------G----T------ATATTATA----T---AT-ACA----ATAAAATA
gi|71328 : TTATAGGTGAGA--A-----CT-TAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTA-TGTTCAAACC-CTT-T-----------G----T------ATATATAGCTA-T---AT-ACA----ATGAAATA
gi|71329 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CATT--AAGTT--G-AAGATC----TTG-TCTCCAATCC-TTT-T-----------G-----------AC----------A---AT-TCA----ACAAAATA
gi|71330 : GAGA--A-----CC-CCGT--AAGTT--GTAAGAAA----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-----------G----T------ATATGTATTATTT---AT-ACA----ATAAAAT
gi|71331 : ttatagttTTA-AGGAGAGG--G-----AC-TAGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TTCCCAATCC-TTT-T-----------
gi|71332 : TTATAGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAACCCTTTT-T-----------G----T------AT----------
gi|71333 : GGAGAGGGCA-----AT-C--T--AAGTT---TATGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-----------GGCATT------AT----------T---GT--CA----ATAAAATAa
gi|71334 : ttatgTTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-TCGTATATGTTCG----T------ATA---------T---AT-ACA----ATAAAATA
gi|71335 : TTT-AGGAGAGG--------GCGTTCT--AAGTT--TCAAGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-----------G----TTACAACAC----------C---ATAACA----ATAAAATA
gi|71336 : tTA-AGGAGAAG--A-----AC-TCGT--AGTCT--GTACGAAC----TTG-TTTCTATTCC-TTT-T-----------G----T------AT----------
gi|71337 : tta-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTCCAAACC-TTT-T-----------G----T------ATATAATTA---T---AT-GTA----ATAAAATAat
gi|71338 : tatGGAGAGG--A------T-TATT--AAGTTTTGTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-ATT-T-----------G----T------ATA---------TATGAT-ACA----ATAAAATA
gi|71339 : tattTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-----------G----TA-----AT----------TTAATT-ACA----ATAAAATA
gi|71340 : taTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-----------G----TA-----AT----------TTAATT-ACA----ATAAAATA
gi|71341 : taGGAGAGG--------GT-CATT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-AAT-T-----------G----T------AC----------T---GT-ATATATTATAACATA
gi|71342 : tattGGGAAG--G-----GT-CGAT--AAGTT--GTAAGAAC----TTT-TAT-CAATCC-TTT-T-----------G----C------ATGTAA------T---AT-ACA----ATGAAATA
gi|71343 : tatcGGAGAGT--A------T-CATT--AAGTT--GTAAGAACTAGTTTG-TATTCAATCC-ATT-T-----------GCATAT------AT----------T---AT-ACA----ATAAAA
gi|71344 : tatt-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTGTTGTTCAAACC-TTT-T-----------G----T------ATATGTATTTA-T---AT-ACA----ATAAAATAaaa
gi|71345 : atTA-CGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTT-T-----------G----T------ATATACCA----T---AT-ATA----ATAAAATA
gi|71346 : aGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTTGT-----------G----T------ATATACCA----T---AT-ATA----ATAAAATA
gi|71347 : atc-AGGTGAGA--A------C-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGCTCAAACC-TTT-T-----------G----T------A-----------T---AT-GTA----AT
gi|71348 : atTA-CGGAGAGG--A-----GC-CTGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCAAAAATCC-ATT-T-----------G-----------AT----------T---AC-TCA----CTAAAATAtttaattatttatatacaataaaata
gi|71349 : a-AAGAGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAGATAAT----TTG-TTTCCAATCC-TTT-T-----------G-----------AC----------T---AT-TCA----ATAAAATA
gi|71350 : -AGGAGAGG--A-----AC-TTGT--AAGTG--GTGAGAAC----TCG-TTTCTAATTC-TTT-T-----------G----T------A-----------T---AT-TTA----ATA
gi|71351 : -AAGAGAGG--A-----AT-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TTTCCAATCA-TTT-T-----------A-----------AT----------T---AT-CCA----GTAAAA
gi|71352 : -AGGTGAGA--AC----GC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCGAACT-TTG-T-----------A----T------AT----------T---AT-ATA----ATACAATAacaaaa
gi|71353 : GGAGAAA--A-----AC-TTGT--ACATT--GTATGAAC----TTG-TTTCTAATCC-TTT-T-----------G----T------ATATATTA----T---AT-ACA----ATAAAATAaa
gi|71354 : GGGGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAAACAAC----TTG-TCCTCAATCC-CTT-T-----------G-----------AT----------T---AT-TCA----ACAA
gi|71355 : GGAGAGG--ATCATTAC-TACT--AAAAT--GTAACAAC----TTG-TATCTAATCC-ATT-T-----------G----T------A----------------T-ACA----ATAAAATA
gi|71356 : GAGAGG--A------T-CATT--AAGTT--GCAAGAAC----TTG-AATCCAATCC-ATT-T-----------GTATAT------AT----------T---AT-ACA----ACAAAATA
gi|71357 : GAGG--A-----GC-CAGT--AAGCT--GATAGAAC----TTG-TCTCCAATCC-GTT-A-----------G-----------AC----------A---AC-TCA----ATAAAATA
gi|71358 : GT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-----------G----TTA----ACTA--------T---AT-ACA----ATAAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 11 111111 1 2 33 11 2222 1 1 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999 222 33 33 2222
lowQualScore : . .. ...... . . .. .. .... . . . . . .......................................... ... .. .. ....
lowQualScore : 0 55 888888 1 1 00 55 3333 1 0 1 1 1 888888888888888888888888888888888888888888 111 22 66 5555
consensus : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
Reference ( family-524 ) : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71322 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ATT-T-G-----------G----------C-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71323 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-CCTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------T-------------------T---T--T-TCA----ATAAAATA
gi|71324 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--GAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ACT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71325 : TTA-AGGAGAGT--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCTCCAATCT-ATT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ATGAAATA
gi|71326 : TTATAGGTGAG---A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------G----------TA------------------T---A--TAATA----ATAAAA
gi|71327 : TTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTCAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATTATA-------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71328 : TTATAGGTGAGA--A-----CT-TAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTA-TGTTCAAACC-CTT-T-G----T------A----------TATATAGCTA----------T---A--T-ACA----ATGAAATA
gi|71329 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CATT--AAGTT--G-AAGATC----TTG-TCTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------C-------------------A---A--T-TCA----ACAAAATA
gi|71330 : GAGA--A-----CC-CCGT--AAGTT--GTAAGAAA----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------ATATGTATTATT-------------------T---A--T-ACA----ATAAAAT
gi|71331 : ttatagttTTA-AGGAGAGG--G-----AC-TAGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TTCCCAATCC-TTT-T-
gi|71332 : TTATAGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAACCCTTTT-T-G----T------A----------T-------------------
gi|71333 : GGAGAGGGCA-----AT-C--T--AAGTT---TATGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-GGCATT------A----------T-------------------T---G--T--CA----ATAAAATAa
gi|71334 : ttatgTTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-TCG----T------A----------TATGTTCGTATA--------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71335 : TTT-AGGAGAGG--------GCGTTCT--AAGTT--TCAAGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-G----TTACAACA----------C-------------------C---A--TAACA----ATAAAATA
gi|71336 : tTA-AGGAGAAG--A-----AC-TCGT--AGTCT--GTACGAAC----TTG-TTTCTATTCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------
gi|71337 : tta-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTCCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATAATTA------------T---A--T-GTA----ATAAAATAat
gi|71338 : tatGGAGAGG--A------T-TATT--AAGTTTTGTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-ATT-T-G----T------A----------TA------------------TATGA--T-ACA----ATAAAATA
gi|71339 : tattTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-G----T------AAT--------T-------------------T---AATT-ACA----ATAAAATA
gi|71340 : taTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-G----T------AAT--------T-------------------T---AATT-ACA----ATAAAATA
gi|71341 : taGGAGAGG--------GT-CATT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-AAT-T-G----T------A----------C-------------------T---G--T-ATATATTATAACATA
gi|71342 : tattGGGAAG--G-----GT-CGAT--AAGTT--GTAAGAAC----TTT-TAT-CAATCC-TTT-T-G----C------A----------TGTAA---------------T---A--T-ACA----ATGAAATA
gi|71343 : tatcGGAGAGT--A------T-CATT--AAGTT--GTAAGAACTAGTTTG-TATTCAATCC-ATT-T-GCATAT------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAA
gi|71344 : tatt-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTGTTGTTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATGTATTTA----------T---A--T-ACA----ATAAAATAaaa
gi|71345 : atTA-CGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTT-T-G----T------A----------TATACCA-------------T---A--T-ATA----ATAAAATA
gi|71346 : aGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTTGT-G----T------A----------TATACCA-------------T---A--T-ATA----ATAAAATA
gi|71347 : atc-AGGTGAGA--A------C-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGCTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATGTAATTTTAATTATTTAT---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71348 : atTA-CGGAGAGG--A-----GC-CTGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCAAAAATCC-ATT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--C-TCA----CTAAAATA
gi|71349 : a-AAGAGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAGATAAT----TTG-TTTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------C-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71350 : -AGGAGAGG--A-----AC-TTGT--AAGTG--GTGAGAAC----TCG-TTTCTAATTC-TTT-T-G----T------A------------------------------T---A--T-TTA----ATA
gi|71351 : -AAGAGAGG--A-----AT-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TTTCCAATCA-TTT-T-A-----------A----------T-------------------T---A--T-CCA----GTAAAA
gi|71352 : -AGGTGAGA--AC----GC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCGAACT-TTG-T-A----T------A----------T-------------------T---A--T-ATA----ATACAATAacaaaa
gi|71353 : GGAGAAA--A-----AC-TTGT--ACATT--GTATGAAC----TTG-TTTCTAATCC-TTT-T-G----T------A----------TATATTA-------------T---A--T-ACA----ATAAAATAaa
gi|71354 : GGGGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAAACAAC----TTG-TCCTCAATCC-CTT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ACAA
gi|71355 : GGAGAGG--ATCATTAC-TACT--AAAAT--GTAACAAC----TTG-TATCTAATCC-ATT-T-G------------------------------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71356 : GAGAGG--A------T-CATT--AAGTT--GCAAGAAC----TTG-AATCCAATCC-ATT-T-GTATAT------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ACAAAATA
gi|71357 : GAGG--A-----GC-CAGT--AAGCT--GATAGAAC----TTG-TCTCCAATCC-GTT-A-G-----------A----------C-------------------A---A--C-TCA----ATAAAATA
gi|71358 : GT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----TTA----A----------CTA-----------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 11 111111 1 2 33 11 2222 1 1 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999 222 33 33 2222
lowQualScore : . .. ...... . . .. .. .... . . . . . .......................................... ... .. .. ....
lowQualScore : 0 55 888888 1 1 00 55 3333 1 0 1 1 1 888888888888888888888888888888888888888888 111 22 66 5555
consensus : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
Reference ( family-524 ) : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71322 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ATT-T-G-----------G----------C-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71323 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-CCTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------T-------------------T---T--T-TCA----ATAAAATA
gi|71324 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--GAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ACT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71325 : TTA-AGGAGAGT--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCTCCAATCT-ATT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ATGAAATA
gi|71326 : TTATAGGTGAG---A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------G----------TA------------------T---A--TAATA----ATAAAA
gi|71327 : TTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTCAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATTATA-------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71328 : TTATAGGTGAGA--A-----CT-TAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTA-TGTTCAAACC-CTT-T-G----T------A----------TATATAGCTA----------T---A--T-ACA----ATGAAATA
gi|71329 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CATT--AAGTT--G-AAGATC----TTG-TCTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------C-------------------A---A--T-TCA----ACAAAATA
gi|71330 : GAGA--A-----CC-CCGT--AAGTT--GTAAGAAA----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------ATATGTATTATT-------------------T---A--T-ACA----ATAAAAT
gi|71331 : ttatagttTTA-AGGAGAGG--G-----AC-TAGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TTCCCAATCC-TTT-T-
gi|71332 : TTATAGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAACCCTTTT-T-G----T------A----------T-------------------
gi|71333 : GGAGAGGGCA-----AT-C--T--AAGTT---TATGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-GGCATT------A----------T-------------------T---G--T--CA----ATAAAATAa
gi|71334 : ttatgTTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-TCG----T------A----------TATGTTCGTATA--------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71335 : TTT-AGGAGAGG--------GCGTTCT--AAGTT--TCAAGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-G----TTACAACA----------C-------------------C---A--TAACA----ATAAAATA
gi|71336 : tTA-AGGAGAAG--A-----AC-TCGT--AGTCT--GTACGAAC----TTG-TTTCTATTCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------
gi|71337 : tta-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTCCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATAATTA------------T---A--T-GTA----ATAAAATAat
gi|71338 : tatGGAGAGG--A------T-TATT--AAGTTTTGTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-ATT-T-G----T------A----------TA------------------TATGA--T-ACA----ATAAAATA
gi|71339 : tattTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-G----T------AAT--------T-------------------T---AATT-ACA----ATAAAATA
gi|71340 : taTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-G----T------AAT--------T-------------------T---AATT-ACA----ATAAAATA
gi|71341 : taGGAGAGG--------GT-CATT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-AAT-T-G----T------A----------C-------------------T---G--T-ATATATTATAACATA
gi|71342 : tattGGGAAG--G-----GT-CGAT--AAGTT--GTAAGAAC----TTT-TAT-CAATCC-TTT-T-G----C------A----------TGTAA---------------T---A--T-ACA----ATGAAATA
gi|71343 : tatcGGAGAGT--A------T-CATT--AAGTT--GTAAGAACTAGTTTG-TATTCAATCC-ATT-T-GCATAT------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAA
gi|71344 : tatt-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTGTTGTTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATGTATTTA----------T---A--T-ACA----ATAAAATAaaa
gi|71345 : atTA-CGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTT-T-G----T------A----------TATACCA-------------T---A--T-ATA----ATAAAATA
gi|71346 : aGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTTGT-G----T------A----------TATACCA-------------T---A--T-ATA----ATAAAATA
gi|71347 : atc-AGGTGAGA--A------C-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGCTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATGTAATTTTAATTATTTAT---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71348 : atTA-CGGAGAGG--A-----GC-CTGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCAAAAATCC-ATT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--C-TCA----CTAAAATA
gi|71349 : a-AAGAGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAGATAAT----TTG-TTTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------C-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71350 : -AGGAGAGG--A-----AC-TTGT--AAGTG--GTGAGAAC----TCG-TTTCTAATTC-TTT-T-G----T------A------------------------------T---A--T-TTA----ATA
gi|71351 : -AAGAGAGG--A-----AT-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TTTCCAATCA-TTT-T-A-----------A----------T-------------------T---A--T-CCA----GTAAAA
gi|71352 : -AGGTGAGA--AC----GC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCGAACT-TTG-T-A----T------A----------T-------------------T---A--T-ATA----ATACAATAacaaaa
gi|71353 : GGAGAAA--A-----AC-TTGT--ACATT--GTATGAAC----TTG-TTTCTAATCC-TTT-T-G----T------A----------TATATTA-------------T---A--T-ACA----ATAAAATAaa
gi|71354 : GGGGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAAACAAC----TTG-TCCTCAATCC-CTT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ACAA
gi|71355 : GGAGAGG--ATCATTAC-TACT--AAAAT--GTAACAAC----TTG-TATCTAATCC-ATT-T-G------------------------------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71356 : GAGAGG--A------T-CATT--AAGTT--GCAAGAAC----TTG-AATCCAATCC-ATT-T-GTATAT------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ACAAAATA
gi|71357 : GAGG--A-----GC-CAGT--AAGCT--GATAGAAC----TTG-TCTCCAATCC-GTT-A-G-----------A----------C-------------------A---A--C-TCA----ATAAAATA
gi|71358 : GT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----TTA----A----------CTA-----------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
blockSeqs : T GC TCATTA G A CT TT TAGT T C T G C TATATGTAATTTTAATTATTTA ATG AT AA TATT
blockSeqs : T . CG . A CT . . . C . . . TATATGTTCGTATA . AT AA .
blockSeqs : T . G . A . . . . C . . . TATATGTATTATT . . T .
blockSeqs : . . G . C . . . . G . . . TATATATAGCTA . . T .
blockSeqs : . . G . C . . . . G . . . TATATGTATTTA . . T .
blockSeqs : . . C . A . . . . G . . . TATATAATTA . . A .
blockSeqs : . . C . A . . . . C . . . TATATTATA . . A .
blockSeqs : . . C . C . . . . G . . . TTACAACAC . . T .
blockSeqs : . . G . A . . . . T . . . TATATACCA . . A .
blockSeqs : . . C . C . . . . G . . . TATATACCA . . A .
blockSeqs : . . A . C . . . . G . . . TATATATTA . . G .
blockSeqs : . . C . T . . . . G . . . GCATTAT . . A .
blockSeqs : . . A . C . . . . G . . . CATGTAA . . A .
blockSeqs : . . C . C . . . . T . . . CATATAT . . A .
blockSeqs : . . G . A . . . . G . . . TATATAT . . A .
blockSeqs : . . A . G . . . . A . . . TTAACTA . . A .
blockSeqs : . . C . G . . . . G . . . TAATT . . A .
blockSeqs : . . G . A . . . . G . . . TAATT . . A .
blockSeqs : . . G . G . . . . A . . . TGTA . . A .
blockSeqs : . . C . A . . . . A . . . TATA . . A .
blockSeqs : . . A . C . . . . A . . . TAT . . A .
blockSeqs : . . A . C . . . . G . . . TAT . . T .
blockSeqs : . . G . C . . . . T . . . TAC . . T .
blockSeqs : . G . C . . . . T . . . TAT . . T .
blockSeqs : . A . T . . . . G . . . AT . . C .
blockSeqs : . A . A . . . . C . . . AT . . A .
blockSeqs : . A . T . . . . T . . . AT . . A .
blockSeqs : . G . A . . . . T . . . AC . . T .
blockSeqs : . G . C . . . . T . . . AT . . A .
blockSeqs : . . . T . . . . G . . . AC . . A .
blockSeqs : . . . A . . . . T . . . TA . . T .
blockSeqs : . . . A . . . . C . . . AT . . A .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . AC
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . G . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
finalCons : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 11 111111 1 2 33 11 2222 1 1 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999 222 33 33 2222
lowQualScore : . .. ...... . . .. .. .... . . . . . .......................................... ... .. .. ....
lowQualScore : 0 55 888888 1 1 00 55 3333 1 0 1 1 1 888888888888888888888888888888888888888888 111 22 66 5555
consensus : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
Reference ( family-524 ) : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CNGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TNTCCAATCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71322 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ATT-T-G-----------G----------C-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71323 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-CCTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------T-------------------T---T--T-TCA----ATAAAATA
gi|71324 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CAGT--GAGTT--GTAAGAAC----CTG-TCTCCAATCC-ACT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71325 : TTA-AGGAGAGT--A-----GC-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCTCCAATCT-ATT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ATGAAATA
gi|71326 : TTATAGGTGAG---A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------G----------TA------------------T---A--TAATA----ATAAAA
gi|71327 : TTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTCAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATTATA-------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71328 : TTATAGGTGAGA--A-----CT-TAGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTA-TGTTCAAACC-CTT-T-G----T------A----------TATATAGCTA----------T---A--T-ACA----ATGAAATA
gi|71329 : TTA-AGGAGAGG--A-----GC-CATT--AAGTT--G-AAGATC----TTG-TCTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------C-------------------A---A--T-TCA----ACAAAATA
gi|71330 : GAGA--A-----CC-CCGT--AAGTT--GTAAGAAA----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----T------ATATGTATTATT-------------------T---A--T-ACA----ATAAAAT
gi|71331 : ttatagttTTA-AGGAGAGG--G-----AC-TAGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TTCCCAATCC-TTT-T-
gi|71332 : TTATAGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAACCCTTTT-T-G----T------A----------T-------------------
gi|71333 : GGAGAGGGCA-----AT-C--T--AAGTT---TATGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-GGCATT------A----------T-------------------T---G--T--CA----ATAAAATAa
gi|71334 : ttatgTTA-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-TCG----T------A----------TATGTTCGTATA--------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71335 : TTT-AGGAGAGG--------GCGTTCT--AAGTT--TCAAGAAC----TTG-TGCCCAATCC-TTT-T-G----TTACAACA----------C-------------------C---A--TAACA----ATAAAATA
gi|71336 : tTA-AGGAGAAG--A-----AC-TCGT--AGTCT--GTACGAAC----TTG-TTTCTATTCC-TTT-T-G----T------A----------T-------------------
gi|71337 : tta-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTCCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATAATTA------------T---A--T-GTA----ATAAAATAat
gi|71338 : tatGGAGAGG--A------T-TATT--AAGTTTTGTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-ATT-T-G----T------A----------TA------------------TATGA--T-ACA----ATAAAATA
gi|71339 : tattTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-G----T------AAT--------T-------------------T---AATT-ACA----ATAAAATA
gi|71340 : taTA-GGGAGAGG--G--------CGGTCTAAGTT--TTTAGAAC----TTG-TGCCCGATCC-CTT-T-G----T------AAT--------T-------------------T---AATT-ACA----ATAAAATA
gi|71341 : taGGAGAGG--------GT-CATT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TATCCAATCC-AAT-T-G----T------A----------C-------------------T---G--T-ATATATTATAACATA
gi|71342 : tattGGGAAG--G-----GT-CGAT--AAGTT--GTAAGAAC----TTT-TAT-CAATCC-TTT-T-G----C------A----------TGTAA---------------T---A--T-ACA----ATGAAATA
gi|71343 : tatcGGAGAGT--A------T-CATT--AAGTT--GTAAGAACTAGTTTG-TATTCAATCC-ATT-T-GCATAT------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ATAAAA
gi|71344 : tatt-AGGTGAGA--A-----CC-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTGTTGTTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATGTATTTA----------T---A--T-ACA----ATAAAATAaaa
gi|71345 : atTA-CGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTT-T-G----T------A----------TATACCA-------------T---A--T-ATA----ATAAAATA
gi|71346 : aGGAGAAG--A-----AC-CCGT--AAGTT--GTACGAAC----TTG-TTACTAATCT-TTTGT-G----T------A----------TATACCA-------------T---A--T-ATA----ATAAAATA
gi|71347 : atc-AGGTGAGA--A------C-TCGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGCTCAAACC-TTT-T-G----T------A----------TATGTAATTTTAATTATTTAT---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71348 : atTA-CGGAGAGG--A-----GC-CTGT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TCAAAAATCC-ATT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--C-TCA----CTAAAATA
gi|71349 : a-AAGAGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAGATAAT----TTG-TTTCCAATCC-TTT-T-G-----------A----------C-------------------T---A--T-TCA----ATAAAATA
gi|71350 : -AGGAGAGG--A-----AC-TTGT--AAGTG--GTGAGAAC----TCG-TTTCTAATTC-TTT-T-G----T------A------------------------------T---A--T-TTA----ATA
gi|71351 : -AAGAGAGG--A-----AT-CAGT--AAGTT--GTAAGAAC----CTG-TTTCCAATCA-TTT-T-A-----------A----------T-------------------T---A--T-CCA----GTAAAA
gi|71352 : -AGGTGAGA--AC----GC-TCGT--AAGTT--GTTAGAAC----TTG-TGTTCGAACT-TTG-T-A----T------A----------T-------------------T---A--T-ATA----ATACAATAacaaaa
gi|71353 : GGAGAAA--A-----AC-TTGT--ACATT--GTATGAAC----TTG-TTTCTAATCC-TTT-T-G----T------A----------TATATTA-------------T---A--T-ACA----ATAAAATAaa
gi|71354 : GGGGAGG--A-----GC-AAGT--AAGTT--GAAACAAC----TTG-TCCTCAATCC-CTT-T-G-----------A----------T-------------------T---A--T-TCA----ACAA
gi|71355 : GGAGAGG--ATCATTAC-TACT--AAAAT--GTAACAAC----TTG-TATCTAATCC-ATT-T-G------------------------------------------T---A--T-ACA----ATAAAATA
gi|71356 : GAGAGG--A------T-CATT--AAGTT--GCAAGAAC----TTG-AATCCAATCC-ATT-T-GTATAT------A----------T-------------------T---A--T-ACA----ACAAAATA
gi|71357 : GAGG--A-----GC-CAGT--AAGCT--GATAGAAC----TTG-TCTCCAATCC-GTT-A-G-----------A----------C-------------------A---A--C-TCA----ATAAAATA
gi|71358 : GT--AAGTT--GTAAGAAC----TTG-TGTTCAAACC-TTT-T-G----TTA----A----------CTA-----------------T---A--T-ACA----ATAAAATA