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lowQualScore : . ... ..... . . . .. . . . .. . . . . .. . ... . . . ... . .. .. . ... . . . .. . .. . .. . ..... . .. ... .. . . . .. . . . . . . ..
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Reference ( gi|70513 ) : AACTCGACA---T-----CTA-G-C-ATT-TC-TGC-T-C-TGAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---CCAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----TAAT-AA--T---AGCT--CCATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
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Alignments
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lowQualScore : . ... ..... . . . . . .... . ... . ... ... . . . . .. . ... . . . . ... . .. .. . ... . . . .. . .. . .. . .... . ... . .. .. . . .. . . . . . . ..
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Reference ( family-523 ) : AACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70498 : AACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGA-A-AC-A-
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gi|70501 : cctAACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--CC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70502 : cctAACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-C---CTCA---A-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-ATA--AAT-GGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AT-A-AAAA
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gi|70504 : ccgAACTCCAC----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G---AAAC-CCAA-AAC--AC-AATAT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCTTCTC--ACGA-C-C--T--CATGACA-CACGGA-A-AC-A--AAAttct
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gi|70519 : AACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G---AAAC-AC-A-AAC--AC-A-----T--C-A----C--AT---AAT-ATCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGA-A-Aaaattt
gi|70520 : AACTCGACA---T-----C-TG-----ATC-T----CCT---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A---CGATAT---C-CAT-CA-CGAA-TTAAAAATA-T--GT--AA-G----AAC-TC---AAC--ACAA--AT-T--C-A----CCTAT---AAT-AGCC--CC--ACGA-TAACTC--C-TGTTA-CA-GGA-A----A-TAAA
gi|70521 : CTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-ATAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-CT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-AAAAt
gi|70522 : CTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----CGT---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---ATAT---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-CT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-AAAAttct
gi|70523 : ACA---T-----CGTAAG-C-ATC-TGTTGC-TCCGGC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-AGCGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-T--ATGAAA-GA--AAAC-CC-AGAAT--AC-A--AT-T--C-A----CT-ATTAAAAT-AGCT--CC--A-GA-CACCTC--ACTGTTA-CA-GGA-A-AT-A-Tttct
gi|70524 : ccACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-C---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-A--GT--AA-A---AAAC-CC-A-AAC--AC----AT-T-------------T---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-Acaaattct
gi|70525 : A---T-----C-TA-G-C-ATA-T----C-T---GC-TTGAC-C-----ACA-A-AGA-TGAT-T---C-CAT-CAACGAGCT---ATAGA-T--GT--AA-G---AA-C-TT-A-AGT--AC-A--AC-T--A-AATAACA-AT---TAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATTTCA-CA-GGA-ATAC-A-TAAA
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gi|70527 : A-G-CGATC-T----C-T---GC-T---CAT-GA------A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC---AAC--AC-G--TT-T--A-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--GCGA-C-GGTC--CATGTCT-AA-GGA-A-AC-A-TAAtatt
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gi|70530 : -CAT-CA-CAAG-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-ATC--AC-A--TC-T--A-A----CA-AT---AAA-ATTG--CC--ACGA-A-CTTC--ATTTTCA-CA-ACA-A-AC-A-
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Alignments
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Reference ( family-523 ) : AACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqCons :
originalCons : AACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
finalCons : AACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
Alignments
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lowQualScore : . ... ..... . . . . . .... . ... . ... ... . . . . .. . ... . . . . ... . .. .. . ... . . . .. . .. . .. . .... . ... . .. .. . . .. . . . . . . ..
lowQualScore : 0 555 00000 4 6 3 3 5 7777 5 222 2 222 555 5 5 2 2 11 5 222 2 2 2 4 333 2 33 77 2 222 6 2 2 88 3 66 2 66 4 5555 1 444 4 99 66 1 5 66 8 2 4 2 2 2 55
consensus : AACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
Reference ( family-523 ) : AACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70498 : AACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGA-A-AC-A-
gi|70499 : ccgAACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CTAT-T---C-CAT-CA-CGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--GCGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-TAAAaatt
gi|70500 : cctAACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-A-TGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACATA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACAA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70501 : cctAACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--CC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70502 : cctAACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-C---CTCA---A-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-ATA--AAT-GGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AT-A-AAAA
gi|70503 : ccgAACCC-ACA---T-----C-TA-G-C-ACC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACT-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAATT--GT--AA-G---AAAC-CC---AAC--ACAA--AT-T--C-A----C--AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-AAAAttct
gi|70504 : ccgAACTCCAC----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G---AAAC-CCAA-AAC--AC-AATAT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCTTCTC--ACGA-C-C--T--CATGACA-CACGGA-A-AC-A--AAAttct
gi|70505 : ccgAACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CT-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTTA-CA-GGA-A-AT-A-Tttct
gi|70506 : cctAACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CT-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--TATGTTA-CA-GGA-A-AT-A-Tcaaattct
gi|70507 : cctAACTCGACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----------GCAT---C-T-TGG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GC--AA-G---AAACTCC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-T-CCTC--CATGTCA-CA-GAA-A-AC-G-TAAcaatt
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gi|70514 : AACTCGACA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-GGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--TA-T--C-A----CA-AC---AAT-AGCT--CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70515 : AACTCGACA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AA-C-CC-A-AAC--AC-A--TA-T--C-A----CA-AC---AAT-AGCT--CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGA-A-AC-A-TAAAatt
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gi|70517 : AACTCCACAAAATA----C-TA-GGC-ATCCT----C-T---GC-T---C-T-GA---CA-G-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---GAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--CAA----CA-A----ATT-AGCT--CC--CCGA-C-CCTCCGCATGACA-CA-AGAGA-AC-A-AAAA
gi|70518 : AACTCGACA---TAAGATT-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAC-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-TC-C-AGC--AC-A--AT-TAACAA----CA-AT---AAT-AGCG--CC--ATGA-C-CCGC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-ATTAAAttct
gi|70519 : AACTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G---AAAC-AC-A-AAC--AC-A-----T--C-A----C--AT---AAT-ATCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGA-A-Aaaattt
gi|70520 : AACTCGACA---T-----C-TG-----ATC-T----CCT---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A---CGATAT---C-CAT-CA-CGAA-TTAAAAATA-T--GT--AA-G----AAC-TC---AAC--ACAA--AT-T--C-A----CCTAT---AAT-AGCC--CC--ACGA-TAACTC--C-TGTTA-CA-GGA-A----A-TAAA
gi|70521 : CTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-ATAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-CT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-AAAAt
gi|70522 : CTCCACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----CGT---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---ATAT---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--C-A----CA-CT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-AAAAttct
gi|70523 : ACA---T-----CGTAAG-C-ATC-TGTTGC-TCCGGC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-AGCGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-T--ATGAAA-GA--AAAC-CC-AGAAT--AC-A--AT-T--C-A----CT-ATTAAAAT-AGCT--CC--A-GA-CACCTC--ACTGTTA-CA-GGA-A-AT-A-Tttct
gi|70524 : ccACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-C---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-A--GT--AA-A---AAAC-CC-A-AAC--AC----AT-T-------------T---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-Acaaattct
gi|70525 : A---T-----C-TA-G-C-ATA-T----C-T---GC-TTGAC-C-----ACA-A-AGA-TGAT-T---C-CAT-CAACGAGCT---ATAGA-T--GT--AA-G---AA-C-TT-A-AGT--AC-A--AC-T--A-AATAACA-AT---TAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATTTCA-CA-GGA-ATAC-A-TAAA
gi|70526 : A-A-C-ATC-T----C-T---GT-T-----------ACA-A-A-A-CGAT-T---C-AAT-CA-CGAA-T---ATAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AAC--AC-A--AT-T--A-A----CA-AT---ATT-AGCT--CC--TCGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
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gi|70528 : A-A-C-ATT-C----C-T---GC-T---C----AA-A-A-A-A-C-CAAT-TTTGC-AAT-CA-CAAA-T---ACAGG-T--GT--AA-G---AA-C-CC-A-AGA--AC-A--TC-T--A-A----CA-AT---AAA-AGCT--CC--ACGG-C-CCTC--CATTTCT-CA-GGA-A-AC-A-TCAA
gi|70529 : -T----C-T---GC-T---C-------ACA-A-A-A-CAAT-T---C-CAT-CA-CAAAAT---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-AGCCAGC-A--AT-T----------A-AT---AACAAGCT--CC--AAAA-CTCCTC--TATGTCA-CA-GGA-A-ACAA-TAAAaattct
gi|70530 : -CAT-CA-CAAG-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC-A-ATC--AC-A--TC-T--A-A----CA-AT---AAA-ATTG--CC--ACGA-A-CTTC--ATTTTCA-CA-ACA-A-AC-A-
gi|70531 : aaagtg-T--GT--AA-G---GAAC-CC-A-AAC--AC-A--GT-T--C-A----AA-AT---AAT-AGCT--CC--ATGA-atttt
gi|70532 : --AT-A--ATAT--C-A----CA-AC---AAT-AGCT--CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGA-A-AC-A-TAAA
gi|70533 : C-A--AT-T--T-A----AA-AT---AAT-AGCT--CCCCACGA-C-CCTC--CATGACAGCA-GGA-A-AC-A-AAAA
gi|70534 : A-AT---AAT-AGCT--CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGA-A-AC-A-AAAAttct