lowQualScore                  :                              111111111111                                           111                    1111111                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :              33333  11   1 2 000000000000 222 2222  55555 222 44444  1 1 1 5555 11  888 1 11  4  55555 1 1 8888888 444   1 22 1 555555555   333333 1  1 1 1 2222 22 2222 666666 1 44444 666666666  1 1 55   1 2 4 55 1 11  444   66 222 33  1  3  3333 3  44 22     
lowQualScore                  :              .....  ..   . . ............ ... ....  ..... ... .....  . . . .... ..  ... . ..  .  ..... . . ....... ...   . .. . .........   ...... .  . . . .... .. .... ...... . ..... .........  . . ..   . . . .. . ..  ...   .. ... ..  .  .  .... .  .. ..     
lowQualScore                  :              66666  88   3 6 333333333333 111 6666  33333 000 44444  1 1 1 6666 66  444 1 66  6  77777 1 1 9999999 333   1 77 1 888888888   444444 2  1 1 1 4444 77 6666 111111 2 33333 444444444  2 2 55   2 6 0 00 3 99  333   88 999 77  5  1  7777 5  11 55     
consensus                     :         GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
Reference ( gi|106949 )       :         GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-T-----G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106925                     :         GGGGG-----GG--CGC-T-G-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTTC-C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCTC-C-G-G--TC--A-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106924                     :     ggggGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------CAGCC----TC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-T--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-GCG--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106928                     :     ggggGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------G---C----CC-----C---C-----TA-A-A-AAATTT--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-------G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------T-CC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AATTA----A-TT--T--ACCTG
gi|106927                     :     ggggGGGGG-----CG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---CCCCCCTA-A-A-T----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---ATA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TC---C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106929                     :     gggcGGGGA-----GG--CGC-A-CTG----------C---A----CCG----C---C-----TC-A-A-A----T--TTTCAC-A--AA-GA-----T-T-A-------G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----AGTAATAC-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--
gi|106936                     :     gggcGGGGG-----GG--CGCCA-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-G-A-A----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----GT--GTC-T--T-C-----C---GGG------A-TC-T-A------A--T----A------A-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---T-T--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC
gi|106943                     :       ggGGGGT-----GG--AGC-AAC-G----------C---C----CCA----C---C-----TCTA-A-A----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----GCGAGTA-C--T-C-----G---GG-------A-TA-T-AAT----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-AC-TGT-G-C-A--A-A--TATACTCT--C-G-GCCTC-AA-TA----A-TT--T--ACC
gi|106950                     :        gGGGGG-----TG--CGC-A-CAG----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-C-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----G-T-A-G-----G---GTA----T-C-----A---GGG------A-TA-T-A-T-------T----A------C-AC----ACT-------TT-A-AG-TGT-G-CAA--A-A--TA---TTTC-C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T---CCTG
gi|106935                     :         GGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C---------TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GAGATTAT-T-G-T-----G---GTA-C--T-T-----C---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106934                     :     ggtgGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C---------TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GAGATTAT-T-G-T-----G---GTA-C--T-T-----C---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106947                     :     ggtgGGGTG-----GA--TGC-A-C-G----------C---C----CC-----CGCCC-----TA-A-G-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-AAG-----G---GTAAC--T-C-----G---GGG------A-CA-TTA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-A---A---TCT--C-T-G--TCGAA-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106930                     :         GGGGG-----GG----------A----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--T-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-T
gi|106945                     :  gggggcgGGGGGCGGTAGG--CGC-A-C-G----------C---T----CC---------------TA-A-A-A----T--TT---T-C--AA-GA-----T-T-A-TAAAGAG---GTA-C--G-C-----G---GCG------A-TATT-A-T----A--CTATGA------C-AC----A-T-------TT-AGA--TGT-G-C-A--A-AATTA---TCT--CAG-G--TC-AAGTA----A-TT--T--ACCCG
gi|106937                     :         GGGGG-----GG--CAC-A-CTG----------C---C----CC-----C---C-----AA-A-A-T----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-T---------GTA-CGTT-C-----G---GGGGGGGGTG-TA-T-A-T----A--G----A------T-AA----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-----A---TCT--C-A-G--TC--G-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106938                     :     ggggGGGGG-----GG--CAT-A-C-CACCCCCCCCCC---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-T-----G---GGG------A-GA-T-A-C----A--
gi|106940                     :     ggggGGGGG-----GT--CGC-A-C-A----------C---C----CCTTCCCC---C-----TA-A-A-A----T--TTA--C-C--CA-GC-----T-T-A-G-----G---TTA-C--T-C-----G---GG
gi|106926                     :      ggggGGGG-----GG--CAC---C-G----------C---C----CC---------------TA-A-C-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106951                     :   ggggtgtGGGA-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TT---C----AA-GA-----T-T-A-G-----G---G---C--TAC-----A---GGG------A-TA-T-A-T----ATCT----A------C-ACA---A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-----A---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106942                     :          GAGG-----GGTTCGC-A-CCG----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-T----T--TT---C-A--AAAGA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GG----------A-T-A-T-------T----A------C-AC----A-T-------TT-A-AA-TGT-G-C-AC-A-A--TAGT-TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106932                     :   ggggcgtGGGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---CCC---TA-A-A-C----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-A-----G---GTA-C--T-T-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------A-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--TA---TCT--C-G-G--TA-AA-T
gi|106933                     :  gggggcgtGGGA-----GG--CGC-AAC-G----------C---CACCCCC-----C---C-----TA-ATA-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-G-G-----G---GTA-C--T-CAAGGAG---AGA------A-TA-T-A-T----A--T----A------TGAC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--ATA--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TAAATCA-TT--C--ACC
gi|106944                     : gggggcaatGGGA-----GG--CAC-G-T-G----------C---C----GC-----C---C-----TA-A-A-ATT--T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-AGG-----G---GTA-CG-T-C-----AAGTGGA------A-TA-T-A-T----A--T----A------T-ACGACAG-T-------TTGA-A--TGTGG-C-A--A-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TA----A-TT--TTAGCCTG
gi|106948                     :    gggcgtGGGG-----AG--C-C-A-C-G----------C---C----CC-----C---------TA-A-A-A----T--TT---C-A--AAAGA-----T-TTA-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A-----------------------------------A-A--TGT-GCC-A--A-A--TA---TTT--
gi|106952                     :       ggtGGGG-----GG--CGC-A-C-GCCCCCCC---C---C----CC-----C---C-----TA-A-ATT----T--TT---C-A--AA-GA-----T-A-G-T----------TA-C--T-C-----GA--GGG------A-T--T-A-T----A--T----A--------AT----A-T-------AT-A-A--TGT-G-C----A-A--TA---Tacctgcc
gi|106941                     :           GGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C----C-----G---GAT------A-TA-T-A-TAGTAA--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106953                     :      ggggtGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---T-----AA-A-A-A----T--TT---T-C--AA-GA-----T-T-A-----------GTA----T-C-----G---GGA------T-TA-T-A-T----A--T----AT-----C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-T-C--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TTACT--GCCT
gi|106946                     :           GGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---A-----TA-A-A-T----T--TT---C-AACAA-GA-----T-T-A-------G---GTA----T-T-----G---GGG------ACTA-T-A-T----A--
gi|106954                     :       ggggcGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-T----T--TT---CAA--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GCG--------TA-T-A-T----A-------A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TG--G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-GT-TC-AA--A----A-TTC-T--ACC
gi|106931                     :                     --CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-T-----G---GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-A-----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-
gi|106956                     :          gggcgtgaagc--CAC-A-C-A----------C---C----CA-----C---C-----TA-A-A-A----T--TTT--C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----A---GGA------A-TA-T-A-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--CA---TCT--C-A-A--TC-AA-Tttttacccgcc
gi|106955                     :                     --CGC-C-C-C----------C---C----CC-----G---C-----TA-A-A-A----TCTTT---C-A--AAAGA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C---------GGG------A-TA-T-A-T----A--T----A------C-AG----C-T-------TT-A-AATTGT-GTC-A--A-A--TA---TCT--C-
gi|106957                     :                                ----------C---C----CC-----T---C-----TA-A-A------T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C---------GGG------A-TA-T-A-T----G--T-------------------G-T-------GT-A-A--TAT-G-A-A--C-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TC----A-TT--cg
gi|106958                     :                                          c---C----CT-----C---C-----TA-A-A-A----T--TT---C-A--AA-GA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-C-----G---GGA------A-TA-T-A-T----A--T----
gi|106959                     :                                                  ctC-----C---C-----TA-A-G-AAT--T--TT---C-A--AA-GA-----TAT-A-G-----GT--GTA-C--T-ATA---G---GGA------A-TA-T-A-T----AT-T----AC-----C-AC----AGT-------TT-A-A--TGT-G-
gi|106939                     :                                                           ---C-----TA-A-A-A----T--TT---T-A--AAAGA-----T-T-A-G-----G---GTA-C--T-T---------GGG------A-TA-T-T-C----A--T----A------C-GT----A-TACCGTTATT-A-A--TGT-
gi|106960                     :                                                                                                                                           gggggggggggA-T-A-T----A--T----A------C-AC----AAT-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TAT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC





Alignments
lowQualScore                  :                 33333  11   1 2 555555555555 222 2222  66666 111 5555555  2222 2  333 1    3 33  1  55555 1 2 33333  444  1  44 1 555555555   333333 1  2  1 2222 22 2222 555555 1 33333 444444444  2 1 44   1 2 3 44 1 11  444   66 222 33  1  3  3333 3  44 22     
lowQualScore                  :                 .....  ..   . . ............ ... ....  ..... ... .......  .... .  ... .    . ..  .  ..... . . .....  ...  .  .. . .........   ...... .  .  . .... .. .... ...... . ..... .........  . . ..   . . . .. . ..  ...   .. ... ..  .  .  .... .  .. ..     
lowQualScore                  :                 44444  77   2 5 777777777777 111 5555  00000 999 1111111  4444 2  111 1    3 11  1  66666 1 2 99999  222  1  22 1 222222222   333333 1  2  1 4444 66 5555 999999 2 88888 555555555  4 2 11   2 5 9 88 3 88  222   66 444 55  5  0  5555 3  00 44     
consensus                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
Reference ( family-521 )      :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106924                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------CAGCC----TC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AT--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-GCG--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106925                     :        ggggGGGGG-----GG--CGC-T-G-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTCCA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCTC-C-G-G--TC--A-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106926                     :         ggggGGGG-----GG--CAC---C-G----------C---C----CC-----------------TA----A-CA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106927                     :     ggggtgtGGGGG-----CG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---C-------CCCCCTA-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---AT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TC---C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106928                     :        gggcGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------G---C----CC-----C---C-------TA----A-AAAATT-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-------G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------T-CC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AATTA----A-TT--T--ACCTG
gi|106929                     :        ggggGGGGA-----GG--CGC-A-CTG----------C---A----CCG----C---C-------TC----A-AA---T-TTTC-ACAAA-GA-----T-T-A-----GG----T-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----AGTAATAC-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--
gi|106930                     :        gggcGGGGG-----GG----------A----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--T-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-T
gi|106931                     :                 gggggcg--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-A-----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-
gi|106932                     :  gggcgtgaagcGGGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---CCC-----TA----A-AC---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----AG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------A-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--TA---TCT--C-G-G--TA-AA-Tttttacccgcc
gi|106933                     :     gggggcgtGGGA-----GG--CGC-AAC-G----------C---CACCCCC-----C---C-------TA----ATAA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-G-----GG---GT-AC--T-CAAGGAG---AGA------A-TA-TA-T----A--T----A------TGAC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--ATA--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TAAATCA-TT--C--ACC
gi|106934                     :   gggggcaatGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GAGATTAT-T-G-----TG---GT-AC--T-T-----C---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106935                     :        ggtgGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GAGATTAT-T-G-----TG---GT-AC--T-T-----C---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106936                     :        ggtgGGGGG-----GG--CGCCA-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----G-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----GGT--GT-CT--T-C-----C---GGG------A-TC-TA------A--T----A------A-AC----A-T-------T--A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---T-T--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC
gi|106937                     :          ggGGGGG-----GG--CAC-A-CTG----------C---C----CC-----C---C--------A----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A------T---GT-ACGTT-C-----G---GGGGGGGGTG-TA-TA-T----A--G----A------T-AA----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-----A---TCT--C-A-G--TC--G-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106938                     :        ggggGGGGG-----GG--CAT-A-C-CACCCCCCCCCC---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-GA-TA-C----A--
gi|106939                     :                                                          gggg---C-------TA----A-AA---T-TTTA-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T---------GGG------A-TA-TT-C----A--T----A------C-GT----A-TACCGTTATT-A-A--TGT-
gi|106940                     : gggggggggggGGGGG-----GT--CGC-A-C-A----------C---C----CCTTCCCC---C-------TA----A-AA---T-TTAC-C--CA-GC-----T-T-A-----GG---TT-AC--T-C-----G---GG
gi|106941                     :          ggggGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA-----TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC----C-----G---GAT------A-TA-TA-TAGTAA--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106942                     :        ggggtGAGG-----GGTTCGC-A-CCG----------C---C----CC-----C---C-------T-----A-AA---T-TTTCAA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-T----------T----A------C-AC----A-T-------TTAA-A--TGT-G-C-AC-A-A--TAGT-TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106943                     :     ggggcgtGGGGT-----GG--AGC-AAC-G----------C---C----CCACC--T---C-------TA----A-A------TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GGCGAGT-AC--T-C-----G---GG-------A-TA-TAAT----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-AC-TGT-G-C-A--A-A--TATACTCT--C-G-GCCTC-AA-TA----A-TT--T--ACC
gi|106944                     :            gGGGA-----GG--CAC-G-T-G----------C---C----GC-----C---C-------TA----A-AAT--T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-AG----GG---GT-ACG-T-C-----AAGTGGA------A-TA-TA-T----A--T----A------T-ACGACAG-T-------TTGA-A--TGTGG-C-A--A-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TA----A-TT--TTAGCCTG
gi|106945                     :      gggcgtGGGGGCGGTAGG--CGC-A-C-G----------C---T----CC-----------------TA----A-AA---T-TTTC----AA-GA-----T-T-ATAAAGAG---GT-AC--G-C-----G---GCG------A-TATTA-T----A--CTATGA------C-AC----A-T-------TT-AGA--TGT-G-C-A--A-AATTA---TCT--CAG-G--TC-AAGTA----A-TT--T--ACCCG
gi|106946                     :              GGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---A-------T-----A-AA---T-TTTC-AACAA-GA-----T-T-A------G---GT-A---T-T-----G---GGG------ACTA-TA-T----A--
gi|106947                     :       ggggcGGGTG-----GA--TGC-A-C-G----------C---C----CC-----CGCCC-------TA----A-GA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-TAA-----GG---GTAAC--T-C-----G---GGG------A-CATTA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-A---A---TCT--C-T-G--TCGAA-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106948                     :             GGGG-----AG--C-C-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTCA-A--AA-GA-----T-TTA-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A-----------------------------------A-A--TGT-GCC-A--A-A--TA---TTT--
gi|106949                     :         ggtGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----TG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTGacctgcc
gi|106950                     :            GGGGG-----TG--CGC-A-CAG----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-CA---T-TTTC-A--AA-GA-----G-T-A-----GG---GT-A---T-C-----A---GGG------A-TA-TA-T-------T----A------C-AC----ACT-------TT-A-AG-TGT-G-CAA--A-A--TA---TTTC-C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T---CCTG
gi|106951                     :             GGGA-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTC-----AA-GA-----T-T-A-----GG---G---C--TAC-----A---GGG------A-TA-TA-T----ATCT----A------C-ACA---A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-----A---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106952                     :             GGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---CCCCCCCCTA----A-AT---T-TTTC-A--AA-GA-----T---------AG---TT-AC--T-C-----GA--GGG------A-T--TA-T----A--T----A--------AT----A-T-------AT-A-A--TGT-G-C----A-A--TA---T
gi|106953                     :              GGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---T-------AA----A-AA---T-TTTC----AA-GA-----T-T-A----------GT-A---T-C-----G---GGA------T-TA-TA-T----A--T----AT-----C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-T-C--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TTACT--GCCT
gi|106954                     :               GG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------T-----A-AA---T-TTTCAA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GCG--------TA-TA-T----A-------A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TG--G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-GT-TC-AA--A----A-TTC-T--ACC
gi|106955                     :                        --CGC-C-C-C----------C---C----CC-----G---C-------TA----A-AA---TCTTTC-A--AAAGA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AG----C-T-------TT-A-AATTGT-GTC-A--A-A--TA---TCT--C-
gi|106956                     :                        --CAC-A-C-A----------C---C----CA-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----A---GGA------A-TA-TA-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--CA---TCT--C-A-A--TC-AA-Tcg
gi|106957                     :                                   ----------C---C----CC-----T---C-------TA----A-A------TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-TA-T----G--T-------------------G-T-------GT-A-A--TAT-G-A-A--C-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TC----A-TT--
gi|106958                     :                                             c---C----CT-----C---C-------TA----A-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGA------A-TA-TA-T----A--T----
gi|106959                     :                                                     ctC-----C---C-------TA----AGAA---T-TTTC-A--AA-GA-----TAT-A-----GGT--GT-ACTAT-A-----G---GGA------A-TA-TA-T----AT-T----AC-----C-AC----AGT-------TT-A-A--TGT-G-
gi|106960                     :                                                                                                                                                        A-TA-T----A--T----A------C-AC----AAT-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TAT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC





Alignments
lowQualScore                  :                 33333  11   1 2 555555555555 222 2222  66666 111 5555555  2222 2  333 1    3 33  1  55555 1 2 33333  444  1  44 1 555555555   333333 1  2  1 2222 22 2222 555555 1 33333 444444444  2 1 44   1 2 3 44 1 11  444   66 222 33  1  3  3333 3  44 22     
lowQualScore                  :                 .....  ..   . . ............ ... ....  ..... ... .......  .... .  ... .    . ..  .  ..... . . .....  ...  .  .. . .........   ...... .  .  . .... .. .... ...... . ..... .........  . . ..   . . . .. . ..  ...   .. ... ..  .  .  .... .  .. ..     
lowQualScore                  :                 44444  77   2 5 777777777777 111 5555  00000 999 1111111  4444 2  111 1    3 11  1  66666 1 2 99999  222  1  22 1 222222222   333333 1  2  1 4444 66 5555 999999 2 88888 555555555  4 2 11   2 5 9 88 3 88  222   66 444 55  5  0  5555 3  00 44     
consensus                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
Reference ( family-521 )      :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106924                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------CAGCC----TC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AT--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-GCG--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106925                     :        ggggGGGGG-----GG--CGC-T-G-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTCCA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCTC-C-G-G--TC--A-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106926                     :         ggggGGGG-----GG--CAC---C-G----------C---C----CC-----------------TA----A-CA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106927                     :     ggggtgtGGGGG-----CG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---C-------CCCCCTA-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---AT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TC---C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106928                     :        gggcGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------G---C----CC-----C---C-------TA----A-AAAATT-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-------G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------T-CC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AATTA----A-TT--T--ACCTG
gi|106929                     :        ggggGGGGA-----GG--CGC-A-CTG----------C---A----CCG----C---C-------TC----A-AA---T-TTTC-ACAAA-GA-----T-T-A-----GG----T-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----AGTAATAC-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--
gi|106930                     :        gggcGGGGG-----GG----------A----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--T-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-T
gi|106931                     :                 gggggcg--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-A-----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-
gi|106932                     :  gggcgtgaagcGGGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---CCC-----TA----A-AC---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----AG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------A-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--TA---TCT--C-G-G--TA-AA-Tttttacccgcc
gi|106933                     :     gggggcgtGGGA-----GG--CGC-AAC-G----------C---CACCCCC-----C---C-------TA----ATAA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-G-----GG---GT-AC--T-CAAGGAG---AGA------A-TA-TA-T----A--T----A------TGAC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--ATA--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TAAATCA-TT--C--ACC
gi|106934                     :   gggggcaatGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GAGATTAT-T-G-----TG---GT-AC--T-T-----C---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106935                     :        ggtgGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GAGATTAT-T-G-----TG---GT-AC--T-T-----C---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106936                     :        ggtgGGGGG-----GG--CGCCA-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----G-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----GGT--GT-CT--T-C-----C---GGG------A-TC-TA------A--T----A------A-AC----A-T-------T--A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---T-T--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC
gi|106937                     :          ggGGGGG-----GG--CAC-A-CTG----------C---C----CC-----C---C--------A----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A------T---GT-ACGTT-C-----G---GGGGGGGGTG-TA-TA-T----A--G----A------T-AA----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-----A---TCT--C-A-G--TC--G-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106938                     :        ggggGGGGG-----GG--CAT-A-C-CACCCCCCCCCC---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-GA-TA-C----A--
gi|106939                     :                                                          gggg---C-------TA----A-AA---T-TTTA-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T---------GGG------A-TA-TT-C----A--T----A------C-GT----A-TACCGTTATT-A-A--TGT-
gi|106940                     : gggggggggggGGGGG-----GT--CGC-A-C-A----------C---C----CCTTCCCC---C-------TA----A-AA---T-TTAC-C--CA-GC-----T-T-A-----GG---TT-AC--T-C-----G---GG
gi|106941                     :          ggggGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA-----TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC----C-----G---GAT------A-TA-TA-TAGTAA--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106942                     :        ggggtGAGG-----GGTTCGC-A-CCG----------C---C----CC-----C---C-------T-----A-AA---T-TTTCAA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-T----------T----A------C-AC----A-T-------TTAA-A--TGT-G-C-AC-A-A--TAGT-TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106943                     :     ggggcgtGGGGT-----GG--AGC-AAC-G----------C---C----CCACC--T---C-------TA----A-A------TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GGCGAGT-AC--T-C-----G---GG-------A-TA-TAAT----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-AC-TGT-G-C-A--A-A--TATACTCT--C-G-GCCTC-AA-TA----A-TT--T--ACC
gi|106944                     :            gGGGA-----GG--CAC-G-T-G----------C---C----GC-----C---C-------TA----A-AAT--T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-AG----GG---GT-ACG-T-C-----AAGTGGA------A-TA-TA-T----A--T----A------T-ACGACAG-T-------TTGA-A--TGTGG-C-A--A-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TA----A-TT--TTAGCCTG
gi|106945                     :      gggcgtGGGGGCGGTAGG--CGC-A-C-G----------C---T----CC-----------------TA----A-AA---T-TTTC----AA-GA-----T-T-ATAAAGAG---GT-AC--G-C-----G---GCG------A-TATTA-T----A--CTATGA------C-AC----A-T-------TT-AGA--TGT-G-C-A--A-AATTA---TCT--CAG-G--TC-AAGTA----A-TT--T--ACCCG
gi|106946                     :              GGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---A-------T-----A-AA---T-TTTC-AACAA-GA-----T-T-A------G---GT-A---T-T-----G---GGG------ACTA-TA-T----A--
gi|106947                     :       ggggcGGGTG-----GA--TGC-A-C-G----------C---C----CC-----CGCCC-------TA----A-GA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-TAA-----GG---GTAAC--T-C-----G---GGG------A-CATTA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-A---A---TCT--C-T-G--TCGAA-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106948                     :             GGGG-----AG--C-C-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTCA-A--AA-GA-----T-TTA-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A-----------------------------------A-A--TGT-GCC-A--A-A--TA---TTT--
gi|106949                     :         ggtGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----TG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTGacctgcc
gi|106950                     :            GGGGG-----TG--CGC-A-CAG----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-CA---T-TTTC-A--AA-GA-----G-T-A-----GG---GT-A---T-C-----A---GGG------A-TA-TA-T-------T----A------C-AC----ACT-------TT-A-AG-TGT-G-CAA--A-A--TA---TTTC-C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T---CCTG
gi|106951                     :             GGGA-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTC-----AA-GA-----T-T-A-----GG---G---C--TAC-----A---GGG------A-TA-TA-T----ATCT----A------C-ACA---A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-----A---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106952                     :             GGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---CCCCCCCCTA----A-AT---T-TTTC-A--AA-GA-----T---------AG---TT-AC--T-C-----GA--GGG------A-T--TA-T----A--T----A--------AT----A-T-------AT-A-A--TGT-G-C----A-A--TA---T
gi|106953                     :              GGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---T-------AA----A-AA---T-TTTC----AA-GA-----T-T-A----------GT-A---T-C-----G---GGA------T-TA-TA-T----A--T----AT-----C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-T-C--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TTACT--GCCT
gi|106954                     :               GG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------T-----A-AA---T-TTTCAA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GCG--------TA-TA-T----A-------A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TG--G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-GT-TC-AA--A----A-TTC-T--ACC
gi|106955                     :                        --CGC-C-C-C----------C---C----CC-----G---C-------TA----A-AA---TCTTTC-A--AAAGA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AG----C-T-------TT-A-AATTGT-GTC-A--A-A--TA---TCT--C-
gi|106956                     :                        --CAC-A-C-A----------C---C----CA-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----A---GGA------A-TA-TA-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--CA---TCT--C-A-A--TC-AA-Tcg
gi|106957                     :                                   ----------C---C----CC-----T---C-------TA----A-A------TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-TA-T----G--T-------------------G-T-------GT-A-A--TAT-G-A-A--C-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TC----A-TT--
gi|106958                     :                                             c---C----CT-----C---C-------TA----A-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGA------A-TA-TA-T----A--T----
gi|106959                     :                                                     ctC-----C---C-------TA----AGAA---T-TTTC-A--AA-GA-----TAT-A-----GGT--GT-ACTAT-A-----G---GGA------A-TA-TA-T----AT-T----AC-----C-AC----AGT-------TT-A-A--TGT-G-
gi|106960                     :                                                                                                                                                        A-TA-T----A--T----A------C-AC----AAT-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TAT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC


blockSeqs                     :                 CGGTA  TT   C A CACCCCCCCCC  .   ACCC  TTCCC GCC CCCCCCC  CCCT T  AAT C    C CA  A  GATTA A A TAAAG  CGA  A  GT A AAGGAG      GGGGGT C  T  A AGTA TC TATG GTAATA G CGACA TACCGTTA   A G AT   G C A AG T AT  TAC   GC AG  CC  G  T  AATC T  AC TA
blockSeqs                     :                 .      .    . A TG           .   .     ACC   .   CC       .    G  T   .    A AC  .  GATTA . T G      T    .  TA . AAGT        .      .  T  . .    T  .    T      . CA    CT         G . C    . T A AG . .   GT    GC G   T   .  G  .    T  C  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . TG           .   .     G     .   .        .    .  .   .    A .   .  .     . . .      T    .  G  . GA          .      .  .  . .    .  .    C      . C     GT         . . G    . . A C  . .   .     C  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . CG           .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     AT         . . .    . . . .  . .   .     C  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . AG           .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . C            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  T   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . A            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  T   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . C            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . C           .      .  .  . .    .  .    .      . A     T          . . .    . . . .  . .   .     .  A   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . C           .      .  .  . .    .  .    .      . T     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . C           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  T   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . A            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . T     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . C            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  A   .   .  .  .    .  .  . 
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  G   .   .  .  .    .  .    
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . G     T          . . .    . . . .  . .   .     .  .   .   .  .               
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . A           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  .   .   .  .               
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . A           .      .  .  . .    .  .    .      . C     T          . . .    . . . .  . .   .     .  .   .   .  .               
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . .     T          . . .    . . . .  . .   .     .                             
blockSeqs                     :                 .      .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . .     .          . . .    . . . .  . .   .     .                             
blockSeqs                     :                        .    . . G            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . A           .      .  .  . .    .  .    .      . .     .          . . .    . . . .  . .   .                                   
blockSeqs                     :                        .    . . C            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . .     .          . . .    . . . .  .                                         
blockSeqs                     :                        .    . . A            .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . G           .      .  .  . .    .  .    .      . .     .          . . .    . .                                                
blockSeqs                     :                                              .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . .           .      .  .  . .    .  .    .      . .     .          . . .    .                                                  
blockSeqs                     :                                              .   .     .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . .           .      .  .  . .    .  .                                                                                          
blockSeqs                     :                                                        .     .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . .           .      .  .  . .    .                                                                                             
blockSeqs                     :                                                              .   .        .    .  .   .    . .   .  .     . . .      .    .  .  . .                     .  . .    .                                                                                             


blockSeqCons                  :                                              ***                                                                                                                                         T********                                   G**
originalCons                  :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
finalCons                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----AT--------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--CG--G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG





Alignments
lowQualScore                  :                 33333  11   1 2 555555555555 222 2222  66666 111 5555555  2222 2  333 1    3 33  1  55555 1 2 33333  444  1  44 1 555555555   333333 1  2  1 2222 22 2222 555555 1 33333 444444444  2 1 44   1 2 3 44 1 11  444   66 222 33  1  3  3333 3  44 22     
lowQualScore                  :                 .....  ..   . . ............ ... ....  ..... ... .......  .... .  ... .    . ..  .  ..... . . .....  ...  .  .. . .........   ...... .  .  . .... .. .... ...... . ..... .........  . . ..   . . . .. . ..  ...   .. ... ..  .  .  .... .  .. ..     
lowQualScore                  :                 44444  77   2 5 777777777777 111 5555  00000 999 1111111  4444 2  111 1    3 11  1  66666 1 2 99999  222  1  22 1 222222222   333333 1  2  1 4444 66 5555 999999 2 88888 555555555  4 2 11   2 5 9 88 3 88  222   66 444 55  5  0  5555 3  00 44     
consensus                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
Reference ( family-521 )      :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106924                     :            GGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------CAGCC----TC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AT--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-GCG--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106925                     :        ggggGGGGG-----GG--CGC-T-G-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTCCA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCTC-C-G-G--TC--A-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106926                     :         ggggGGGG-----GG--CAC---C-G----------C---C----CC-----------------TA----A-CA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106927                     :     ggggtgtGGGGG-----CG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---C-------CCCCCTA-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---AT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TC---C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106928                     :        gggcGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------G---C----CC-----C---C-------TA----A-AAAATT-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-------G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------T-CC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AATTA----A-TT--T--ACCTG
gi|106929                     :        ggggGGGGA-----GG--CGC-A-CTG----------C---A----CCG----C---C-------TC----A-AA---T-TTTC-ACAAA-GA-----T-T-A-----GG----T-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----AGTAATAC-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--
gi|106930                     :        gggcGGGGG-----GG----------A----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--T-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-T
gi|106931                     :                 gggggcg--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-A-----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-
gi|106932                     :  gggcgtgaagcGGGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---CCC-----TA----A-AC---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----AG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------A-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--TA---TCT--C-G-G--TA-AA-Tttttacccgcc
gi|106933                     :     gggggcgtGGGA-----GG--CGC-AAC-G----------C---CACCCCC-----C---C-------TA----ATAA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-G-----GG---GT-AC--T-CAAGGAG---AGA------A-TA-TA-T----A--T----A------TGAC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--ATA--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TAAATCA-TT--C--ACC
gi|106934                     :   gggggcaatGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GAGATTAT-T-G-----TG---GT-AC--T-T-----C---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106935                     :        ggtgGGGGG-----GG--TAC-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GAGATTAT-T-G-----TG---GT-AC--T-T-----C---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-AAGA-A--TA---CCTGCC-T-G--TC-AT-TA----G-CT--T--
gi|106936                     :        ggtgGGGGG-----GG--CGCCA-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----G-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----GGT--GT-CT--T-C-----C---GGG------A-TC-TA------A--T----A------A-AC----A-T-------T--A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---T-T--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC
gi|106937                     :          ggGGGGG-----GG--CAC-A-CTG----------C---C----CC-----C---C--------A----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A------T---GT-ACGTT-C-----G---GGGGGGGGTG-TA-TA-T----A--G----A------T-AA----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-----A---TCT--C-A-G--TC--G-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106938                     :        ggggGGGGG-----GG--CAT-A-C-CACCCCCCCCCC---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T-----G---GGG------A-GA-TA-C----A--
gi|106939                     :                                                          gggg---C-------TA----A-AA---T-TTTA-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-T---------GGG------A-TA-TT-C----A--T----A------C-GT----A-TACCGTTATT-A-A--TGT-
gi|106940                     : gggggggggggGGGGG-----GT--CGC-A-C-A----------C---C----CCTTCCCC---C-------TA----A-AA---T-TTAC-C--CA-GC-----T-T-A-----GG---TT-AC--T-C-----G---GG
gi|106941                     :          ggggGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA-----TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC----C-----G---GAT------A-TA-TA-TAGTAA--T----A------C-AC----A---------TT-A-A--TGT-G-CAA--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AG-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106942                     :        ggggtGAGG-----GGTTCGC-A-CCG----------C---C----CC-----C---C-------T-----A-AA---T-TTTCAA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-T----------T----A------C-AC----A-T-------TTAA-A--TGT-G-C-AC-A-A--TAGT-TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTG
gi|106943                     :     ggggcgtGGGGT-----GG--AGC-AAC-G----------C---C----CCACC--T---C-------TA----A-A------TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GGCGAGT-AC--T-C-----G---GG-------A-TA-TAAT----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-AC-TGT-G-C-A--A-A--TATACTCT--C-G-GCCTC-AA-TA----A-TT--T--ACC
gi|106944                     :            gGGGA-----GG--CAC-G-T-G----------C---C----GC-----C---C-------TA----A-AAT--T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-AG----GG---GT-ACG-T-C-----AAGTGGA------A-TA-TA-T----A--T----A------T-ACGACAG-T-------TTGA-A--TGTGG-C-A--A-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TA----A-TT--TTAGCCTG
gi|106945                     :      gggcgtGGGGGCGGTAGG--CGC-A-C-G----------C---T----CC-----------------TA----A-AA---T-TTTC----AA-GA-----T-T-ATAAAGAG---GT-AC--G-C-----G---GCG------A-TATTA-T----A--CTATGA------C-AC----A-T-------TT-AGA--TGT-G-C-A--A-AATTA---TCT--CAG-G--TC-AAGTA----A-TT--T--ACCCG
gi|106946                     :              GGG-----GG--CGC-A-C-C----------C---C----CC-----C---A-------T-----A-AA---T-TTTC-AACAA-GA-----T-T-A------G---GT-A---T-T-----G---GGG------ACTA-TA-T----A--
gi|106947                     :       ggggcGGGTG-----GA--TGC-A-C-G----------C---C----CC-----CGCCC-------TA----A-GA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-TAA-----GG---GTAAC--T-C-----G---GGG------A-CATTA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-C-A--A-A---A---TCT--C-T-G--TCGAA-TA----ATTT--T--ACCT
gi|106948                     :             GGGG-----AG--C-C-A-C-G----------C---C----CC-----C-----------TA----A-AA---T-TTCA-A--AA-GA-----T-TTA-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A-----------------------------------A-A--TGT-GCC-A--A-A--TA---TTT--
gi|106949                     :         ggtGGGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----TG---GT-AC--T-C-----G---GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCTGacctgcc
gi|106950                     :            GGGGG-----TG--CGC-A-CAG----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-CA---T-TTTC-A--AA-GA-----G-T-A-----GG---GT-A---T-C-----A---GGG------A-TA-TA-T-------T----A------C-AC----ACT-------TT-A-AG-TGT-G-CAA--A-A--TA---TTTC-C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T---CCTG
gi|106951                     :             GGGA-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------TA----A-AA---T-TTC-----AA-GA-----T-T-A-----GG---G---C--TAC-----A---GGG------A-TA-TA-T----ATCT----A------C-ACA---A-T-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-----A---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--ACCCG
gi|106952                     :             GGGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---CCCCCCCCTA----A-AT---T-TTTC-A--AA-GA-----T---------AG---TT-AC--T-C-----GA--GGG------A-T--TA-T----A--T----A--------AT----A-T-------AT-A-A--TGT-G-C----A-A--TA---T
gi|106953                     :              GGG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---T-------AA----A-AA---T-TTTC----AA-GA-----T-T-A----------GT-A---T-C-----G---GGA------T-TA-TA-T----A--T----AT-----C-AC----A-T-------TT-A-A--T-T-G-T-C--A-A--TA---TCT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TTACT--GCCT
gi|106954                     :               GG-----GG--CGC-A-C-G----------C---C----CC-----C---C-------T-----A-AA---T-TTTCAA--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GCG--------TA-TA-T----A-------A------C-AC----A-T-------TT-A-A--TG--G-C-A--A-A--TA---TCT--C-G-GT-TC-AA--A----A-TTC-T--ACC
gi|106955                     :                        --CGC-C-C-C----------C---C----CC-----G---C-------TA----A-AA---TCTTTC-A--AAAGA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-TA-T----A--T----A------C-AG----C-T-------TT-A-AATTGT-GTC-A--A-A--TA---TCT--C-
gi|106956                     :                        --CAC-A-C-A----------C---C----CA-----C---C-------TA----A-AA---T-TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----A---GGA------A-TA-TA-T----A--T----G------T-A----------------T-A-A--TGT-G-C-A--C-A--CA---TCT--C-A-A--TC-AA-Tcg
gi|106957                     :                                   ----------C---C----CC-----T---C-------TA----A-A------TTTC-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C---------GGG------A-TA-TA-T----G--T-------------------G-T-------GT-A-A--TAT-G-A-A--C-A--TA---TCT--C---G--TC-AA-TC----A-TT--
gi|106958                     :                                             c---C----CT-----C---C-------TA----A-AA---T-TT-C-A--AA-GA-----T-T-A-----GG---GT-AC--T-C-----G---GGA------A-TA-TA-T----A--T----
gi|106959                     :                                                     ctC-----C---C-------TA----AGAA---T-TTTC-A--AA-GA-----TAT-A-----GGT--GT-ACTAT-A-----G---GGA------A-TA-TA-T----AT-T----AC-----C-AC----AGT-------TT-A-A--TGT-G-
gi|106960                     :                                                                                                                                                        A-TA-T----A--T----A------C-AC----AAT-------TT-A-A--TGT-G-C-A--A-A--TA---TAT--C-G-G--TC-AA-TA----A-TT--T--AC