lowQualScore : 1 222 11 1 1 1 55555 2 1 2 1 1 1 1 2 1 33 3 1 333 1
lowQualScore : . ... .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 2 222 66 1 1 1 77777 3 1 2 1 1 1 1 2 1 11 3 2 888 3
consensus : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Reference ( gi|54690 ) : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54693 : ATCACA-G---GCA--CT-TGGT-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54694 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---TA-TAATA
gi|54695 : ACCACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54697 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT-G-ACTG-TT-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54698 : ATCATA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAA-G-AT-G-TC-TGT--A-TACAT---AC-TAATA
gi|54696 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT--A-T
gi|54692 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TGGTAAA-T-AATATTAT-G-AC-GTTC-TGT--A-TAC-T---AA-TA
gi|54691 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAATT-AAGA-TAT-G-AC----T-TG---A-CAT-TTA-AA-TAATA
gi|54699 : TCACA-G---GCA--CTGTG-TATTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T------TAATA
gi|54700 : TCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGC-CAT-G-AT-G-TC-TGT--G-T
gi|54703 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54704 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-ATAAA-T-AAGA-GAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54707 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-CAT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54706 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--C-TAC-T---AA-TA
gi|54710 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TT-TAT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54708 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-GAGA-TGT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54711 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAAA-T-A-GA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54701 : CACA-G---GCA--CT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AATA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAC-T---AA-TAATA
gi|54705 : CACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54702 : CACA-G---GCAGCTT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TCATGT--A-TAC-T---AA-TAA
gi|54713 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTT-----T-GTAAA-T-AAAA-TAT-A-AC-G-TC-TGT--T-TAC-T---A
gi|54714 : CACA-G---TCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54712 : CACA-A---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT----TAT-T---AT-TAGTA
gi|54715 : CACA-A---GCA--CA-TG-T-TTC-----C-GTAAA-T-AAGC-AAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-
gi|54709 : CACAAG---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAA--T-AAGA-TATTG-AC-G-TC-TGT--A-TAC-TTAGAACTAATA
gi|54716 : CACA-G----CA--CA-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT---AC-G-TC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54717 : CACA-GCTGGCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-ACGA-TAT-G-AC-A-TC-TCT--A-CAT-T---
gi|54719 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TTGTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAT-T---A
gi|54718 : ACA-G---GCG--CG-TG-T-TTC-----T-GTAAT-T-AAGA-TAC-G-AC-G-CC-TGT--A-TGC-T---AA-TAATA
gi|54720 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAATA
gi|54721 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAA
gi|54722 : CA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-A-AAGA-TGT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAGT
gi|54723 : A--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54724 : A--CT-TG-T-TTC-----T-GTCAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGC--A-
gi|54725 : T-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-GAAC-GCTC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54726 : AA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Alignments
lowQualScore : 1 222 11 1 1 1 55555 2 1 2 1 1 1 1 2 1 33 3 1 333 1
lowQualScore : . ... .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 2 111 66 1 1 1 66666 2 1 2 1 1 1 1 2 1 00 2 2 777 3
consensus : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Reference ( family-520 ) : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54690 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54691 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAATT-AAGA-TAT-G-AC----T-TG---A-CAT-TTA-AA-TAATA
gi|54692 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TGGTAAA-T-AATATTAT-G-AC-GTTC-TGT--A-TAC-T---AA-TA
gi|54693 : ATCACA-G---GCA--CT-TGGT-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54694 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---TA-TAATA
gi|54695 : ACCACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54696 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT--A-T
gi|54697 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT-G-ACTG-TT-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54698 : ATCATA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAA-G-AT-G-TC-TGT--A-TACAT---AC-TAATA
gi|54699 : TCACA-G---GCA--CTGTG-TATTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T------TAATA
gi|54700 : TCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGC-CAT-G-AT-G-TC-TGT--G-T
gi|54701 : CACA-G---GCA--CT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AATA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAC-T---AA-TAATA
gi|54702 : CACA-G---GCAGCTT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TCATGT--A-TAC-T---AA-TAA
gi|54703 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54704 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-ATAAA-T-AAGA-GAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54705 : CACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54706 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--C-TAC-T---AA-TA
gi|54707 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-CAT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54708 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-GAGA-TGT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54709 : CACAAG---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAA--T-AAGA-TATTG-AC-G-TC-TGT--A-TAC-TTAGAACTAATA
gi|54710 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TT-TAT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54711 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAAA-T-A-GA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54712 : CACA-A---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT----TAT-T---AT-TAGTA
gi|54713 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTT-----T-GTAAA-T-AAAA-TAT-A-AC-G-TC-TGT--T-TAC-T---A
gi|54714 : CACA-G---TCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54715 : CACA-A---GCA--CA-TG-T-TTC-----C-GTAAA-T-AAGC-AAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-
gi|54716 : CACA-G----CA--CA-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT---AC-G-TC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54717 : CACA-GCTGGCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-ACGA-TAT-G-AC-A-TC-TCT--A-CAT-T---
gi|54718 : ACA-G---GCG--CG-TG-T-TTC-----T-GTAAT-T-AAGA-TAC-G-AC-G-CC-TGT--A-TGC-T---AA-TAATA
gi|54719 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TTGTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAT-T---A
gi|54720 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAATA
gi|54721 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAA
gi|54722 : CA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-A-AAGA-TGT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAGT
gi|54723 : A--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54724 : A--CT-TG-T-TTC-----T-GTCAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGC--A-
gi|54725 : T-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-GAAC-GCTC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54726 : AA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Alignments
lowQualScore : 1 222 11 1 1 1 55555 2 1 2 1 1 1 1 2 1 33 3 1 333 1
lowQualScore : . ... .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 2 111 66 1 1 1 66666 2 1 2 1 1 1 1 2 1 00 2 2 777 3
consensus : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Reference ( family-520 ) : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54690 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54691 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAATT-AAGA-TAT-G-AC----T-TG---A-CAT-TTA-AA-TAATA
gi|54692 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TGGTAAA-T-AATATTAT-G-AC-GTTC-TGT--A-TAC-T---AA-TA
gi|54693 : ATCACA-G---GCA--CT-TGGT-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54694 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---TA-TAATA
gi|54695 : ACCACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54696 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT--A-T
gi|54697 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT-G-ACTG-TT-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54698 : ATCATA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAA-G-AT-G-TC-TGT--A-TACAT---AC-TAATA
gi|54699 : TCACA-G---GCA--CTGTG-TATTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T------TAATA
gi|54700 : TCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGC-CAT-G-AT-G-TC-TGT--G-T
gi|54701 : CACA-G---GCA--CT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AATA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAC-T---AA-TAATA
gi|54702 : CACA-G---GCAGCTT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TCATGT--A-TAC-T---AA-TAA
gi|54703 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54704 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-ATAAA-T-AAGA-GAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54705 : CACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54706 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--C-TAC-T---AA-TA
gi|54707 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-CAT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54708 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-GAGA-TGT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54709 : CACAAG---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAA--T-AAGA-TATTG-AC-G-TC-TGT--A-TAC-TTAGAACTAATA
gi|54710 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TT-TAT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54711 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAAA-T-A-GA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54712 : CACA-A---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT----TAT-T---AT-TAGTA
gi|54713 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTT-----T-GTAAA-T-AAAA-TAT-A-AC-G-TC-TGT--T-TAC-T---A
gi|54714 : CACA-G---TCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54715 : CACA-A---GCA--CA-TG-T-TTC-----C-GTAAA-T-AAGC-AAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-
gi|54716 : CACA-G----CA--CA-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT---AC-G-TC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54717 : CACA-GCTGGCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-ACGA-TAT-G-AC-A-TC-TCT--A-CAT-T---
gi|54718 : ACA-G---GCG--CG-TG-T-TTC-----T-GTAAT-T-AAGA-TAC-G-AC-G-CC-TGT--A-TGC-T---AA-TAATA
gi|54719 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TTGTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAT-T---A
gi|54720 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAATA
gi|54721 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAA
gi|54722 : CA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-A-AAGA-TGT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAGT
gi|54723 : A--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54724 : A--CT-TG-T-TTC-----T-GTCAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGC--A-
gi|54725 : T-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-GAAC-GCTC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54726 : AA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
blockSeqs : A CTG GC G G A CAAAC G T A T T A T T A AC T A TAG C
blockSeqs : . . . . . . CAAAC T . A . . . . C . AC T . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
finalCons : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Alignments
lowQualScore : 1 222 11 1 1 1 55555 2 1 2 1 1 1 1 2 1 33 3 1 333 1
lowQualScore : . ... .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 2 111 66 1 1 1 66666 2 1 2 1 1 1 1 2 1 00 2 2 777 3
consensus : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
Reference ( family-520 ) : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54690 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54691 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAATT-AAGA-TAT-G-AC----T-TG---A-CAT-TTA-AA-TAATA
gi|54692 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TGGTAAA-T-AATATTAT-G-AC-GTTC-TGT--A-TAC-T---AA-TA
gi|54693 : ATCACA-G---GCA--CT-TGGT-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54694 : ACCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---TA-TAATA
gi|54695 : ACCACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54696 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT--A-T
gi|54697 : ATCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT-G-ACTG-TT-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54698 : ATCATA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAA-G-AT-G-TC-TGT--A-TACAT---AC-TAATA
gi|54699 : TCACA-G---GCA--CTGTG-TATTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T------TAATA
gi|54700 : TCACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGC-CAT-G-AT-G-TC-TGT--G-T
gi|54701 : CACA-G---GCA--CT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AATA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAC-T---AA-TAATA
gi|54702 : CACA-G---GCAGCTT-TA-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TCATGT--A-TAC-T---AA-TAA
gi|54703 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54704 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-ATAAA-T-AAGA-GAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54705 : CACA-G---GCA--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54706 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--C-TAC-T---AA-TA
gi|54707 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-CAT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54708 : CACA-G---GCG--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-GAGA-TGT-G-AC-G-CC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54709 : CACAAG---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAA--T-AAGA-TATTG-AC-G-TC-TGT--A-TAC-TTAGAACTAATA
gi|54710 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TT-TAT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54711 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-T-C-----T-GTAAA-T-A-GA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54712 : CACA-A---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G----TGT----TAT-T---AT-TAGTA
gi|54713 : CACA-G---GCA--CT-TG-T-TTT-----T-GTAAA-T-AAAA-TAT-A-AC-G-TC-TGT--T-TAC-T---A
gi|54714 : CACA-G---TCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--ATTAT-T---AG-TA
gi|54715 : CACA-A---GCA--CA-TG-T-TTC-----C-GTAAA-T-AAGC-AAT-G-GC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-
gi|54716 : CACA-G----CA--CA-TG-T-TTC-----T-GTAAA-TAAAGA-TAT---AC-G-TC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54717 : CACA-GCTGGCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-ACGA-TAT-G-AC-A-TC-TCT--A-CAT-T---
gi|54718 : ACA-G---GCG--CG-TG-T-TTC-----T-GTAAT-T-AAGA-TAC-G-AC-G-CC-TGT--A-TGC-T---AA-TAATA
gi|54719 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----TTGTAAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAT-T---A
gi|54720 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAATA
gi|54721 : ACA-G---GCA--CT-TG-T-TTCCAAACT-GTAAC-T-ATGA-TAT-G-AC-G-TC-TGTACA-TAC-T---AT-TAA
gi|54722 : CA-G---GCA--CT-TG-T-TTC-----T-GTAAC-A-AAGA-TGT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAGT
gi|54723 : A--TT-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGT-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA
gi|54724 : A--CT-TG-T-TTC-----T-GTCAA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGC--A-
gi|54725 : T-TG-T-TTC-----T-GTAAA-T-AAGA-TAT-GAAC-GCTC-T-T--A-TAC-T---AA-TAAT
gi|54726 : AA-T-AAGA-TAT-G-AC-G-TC-TGT--A-TAC-T---AA-TAATA