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gi|128683 : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATT-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----TA-AT---AAT-A-GCT-CC--AT-GA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--G----A---TAGCC-T-------------ACT-C-----CA-TGAC-A-C-TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128684 : TAGGCCTAA-CTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CTAT-T---C-CAT-CA-CGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-A-GCT-CC--GC-GA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAC--TGC-TG--C-CA-A--TT-GT-A----AT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACT-C-----CA-TGAC-A-C-TCGCGGCA-ACAACAAA
gi|128685 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TA--T-CA-G--TG-GC-GATACAT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACT-C-----CA-TTCC-A-C-TCGCAACA-ACAA
gi|128686 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--TATGTTA-CA-GGAA-AT----A-T--A-CAA--TTA-TA--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACTCC-----CA-TTCC-A-C-TCGCAACA-AGAAa
gi|128687 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-ATAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC-A------------A----C-------------ACT-T-----CA-T-CC-A-C-TCGCGACA-ACAAa
gi|128688 : TAGGCCTAAATTCGAACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-C---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-A--GT--AA-A--AAA---C-CCA-AA-C--AC--AT--T-------------T---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-A------------------TC-TG--T-CA-T--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--G----G---TAGCT-T-------------ACT-C-----CA-TGAC-A-C-TCGCGACA-ACAACAAAa
gi|128689 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----CGT---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---ATAT---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-TAAC-A--G----A---CA----C--------------CT-T-----C---TCC-A-C-TCGCGACA-ACAA
gi|128690 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-GGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AAT-A-GCT-CC--AT-GA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACT-C-----C--CGGC-A-C-TCGCGACA-ACAAAAAAa
gi|128691 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AA----C-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AAT-A-GCT-CC--AT-GA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACT-C-----C---CGC-A-C-TCGCGACA-ACAAAAAA
gi|128692 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----------GCAT---C-T-TGG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GC--AA-G--AAA---CTCCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-T-CCTC--CATGTCA-CA-GAAA-AC----G-T----AAT--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-A-GC-A--A----A---TAGATCT-------------ACT-C-----CA-CAAC-A-
gi|128693 : TAGGCT--AACTCGA-CA---T-----C-TG-----ATC-T----CCT---GC-T---C-C-GAG-AC--A-A-A-CGATAT---C-CAT-CA-CGAA-TTAAAAATA-T--GT--AA-G---AA---C-TC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----CCTAT---AAT-A-GCC-CC--AC-GA-TAACTC--C-TGTTA-CA-GGAA-------A-TA-A-ATA--CTT-TA--T-CA-G--TG-GC-ATAC-AT-G-T-AC-AACG----A---TA----C--------------CT-C-----CA-TTCC-A-C-ACGCA--A-ACCACAAA
gi|128694 : AACTCAA-CA---T---------------TC------C-T---GC-T---C----AA-A-A-A-A-C-CAAT-TTTGC-AAT-CA-CAAA-T---ACAGG-T--GT--AA-G--AA----C-CCA-AG-A--AC-ATC--T--A-A----CA-AT---AAA-A-GCT-CC--AC-GG-C-CCTC--CATTTCT-CA-GGAA-AC----A-TC-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC-ATGA----A---TT----T-------------A-T-CGTTAACATTCAC-A-C-TCGTGACA-ACAA
gi|128695 : aggccggctAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGAA-AC-----------AAA--TTA-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--G---------A----C-------------ACT-C-----CA-TCCT-A-C-TCGCGACA-AGAA
gi|128696 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-C---CTCA---A-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-ATA--AAT-G-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-------A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACT-C-----CA-TTCC-A-A-TGGAGAGAGAGAACAAAa
gi|128697 : ccgAACCC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ACC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACT-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAATT--GT--AA-G--AAA---C-CC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----C--AT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----A--G-T-AC-AT-G---------A----T-------------ACT-C-----CA-TTCT-A-C-TCGCGACA-AGAAaaa
gi|128698 : ccgAACTCCA-C----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AAAC--AC-AATATT--C-A----CA-AT---AAT-A-GCT-TCTCAC-GA-C-CT----CATGACA-CACGGAA-AC----A------AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----AT-G-T-ACAA--G----A---TA------------------GCT-C-----CA-TTCT-ATC-TCGCGACA-AGAAa
gi|128699 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-TTC-T----C-T---GT-T---C-C-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAa
gi|128700 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G--AAA---C-ACA-AA-C--AC-A----T--C-A----C--AT---AAT-A-TCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGAA-ATGAGGA-AACA-AAA--TTC-TG--T-CA-A--T--GC-G----AC---T-CC-------------------T-------------ATT-C-----AT-TTCC-A-C-TCGCGACA-
gi|128701 : ccAACTCGA-CA---TAAGATT-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAC-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-TCC-AG-C--AC-AAT--TAACAA----CA-AT---AAT-A-GCG-CC--AT-GA-C-CCGC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----ATTA-A-AAAATTTC-TG--T-CA----TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--G----A---agaaa
gi|128702 : tAACTCCA-CAAAATA----C-TA-GGC-ATCCT----C-T---GC-T---C-T-GA---CA-G-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--GAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--CAA----CA-A----ATT-A-GCT-CC--CC-GA-C-CCTCCGCATGACA-CA-AGAG-A-----A-CA-A-AAA--TTCTTG--T-CA-G--TGCGCAG----AT-GTT-AC-A--G---------A----T-------------ACG-C-----CA-TTCC-A-C-TCGCG--A-ACAAGAAA
gi|128703 : tA-A-C-ATC-T----C-T---GT-T-----------ACA-A-A-A-CGAT-T---C-AAT-CA-CGAA-T---ATAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AA-C--AC-AAT--T--A-A----CA-AT---ATT-A-GCT-CC--TC-GA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-ATA--TTA-TT--T-CA-A--TG-GC-T----AT-G-T-AC-A--G----A---
gi|128704 : taactcAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C----AG-ACA-A-A-A-GGAT-----C-CATTCA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AAGG--AAA---C-CCA-AA-C--AC-A
gi|128705 : AACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAAAAA---CACCA-AA-CG-AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AATAA-GCT-CC--CC-GACC-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-CC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCATG--TG-GC-G----AT-G-TAAC-A--G---------A----T-------------ACTCC-----CA-TTCTAA-C-TCGCGACA-AGAA
gi|128706 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-G---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGTG-T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-G--AAAAAAC-CCA-AA-G--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AAT-AAGCT-CC--CCCGA-C-C-TC--CATGAAA-CA-GGAA--C----A--A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC-A--G---------A----T-------------ACTCC-----CA-TTCC-A-C-TCGCGACA-AGAAa
gi|128707 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GA-AAA---CACCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AAT-A-GCTCCC--CC-GA---CCTC--CATGA-A-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC-A--G---------A----T-------------ACTCC-----CA-TTCA-A-C-TCGCGACA-AGAAga
gi|128708 : AACTGGA-CA---T-------TA---------T----C-T---GC-T---C-------ACA-A-A-A-CAAT-T---C-CAT-CA-CAAAAT---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CCA-AG-CCAGC-AAT--T----------A-AT---AACAA-GCT-CC--AA-AA-CTCCTC--TATGTCA-CA-GGAA-ACA---A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-TA-C--TG-G--A----AT-A---AC-A--A----A---TA----T-------------a
gi|128709 : A-CA---T-----CGTAAG-C-ATC-TGTTGC-TCCGGC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-AGCGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-T--ATGAAA-GA-AAA---C-CCAGAA-T--AC-AAT--T--C-A----CT-ATTAAAAT-A-GCT-CC--A--GA-CACCTC--ACTGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TAATT-CA-AGCTG-GCTG----ATCG-T-AC-A--G--------------T-------------ACT-C-----CA-Tt
gi|128710 : A---T-----C-TA-G-C-ATA-T----C-T---GC-TTGAC-C-----ACA-A-AGA-TGAT-T---C-CAT-CAACGAGCT---ATAGA-T--GT--AA-G--AA----C-TTA-AG-T--AC-AAC--T--A-AATAACA-AT---TAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATTTCA-CA-GGAATAC----A-TA-A-AAA--T---TG--T-CA-A--TG-GC-G----TT-A-T-AC-A--G----AATTTA----TCGTTAGCATTCACACT-C-----CA-TGG--A-CTTCGAGACA-ACAACAA
gi|128711 : A-G-CGATC-T----C-T---GC-T---CAT-GA------A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G--AAA---C-CC--AA-C--AC-GTT--T--A-A----CA-AT---AAT-A-GCT-CC--GC-GA-C-GGTC--CATGTCT-AA-GGAA-AC----A-TA-ACGAA--TTA-TC--T-CA-A--TG-GT-T----AT-G-T-AT-A-----------------------------------------CA-TGAC-A-C-TCACGACA-ACAACAAA
gi|128712 : -T--GT--AA-G--GAA---C-CCA-AA-C--AC-AGT--T--C-A----AA-AT---AAT-A-GCT-CC--A
gi|128713 : --AT-AATA-T--C-A----CA-AC---AAT-A-GCT-CC--AT-GA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC-A--G---------A----T-------------ACT-C-----CC-CGGC-A-C-TCGCGACA-ACAAAAAA
gi|128714 : C-AAT--T--T-A----AA-AT---AAT-A-GCT-CCCCAC-GA-C-CCTC--CATGACAGCA-GGAA-AC----A----A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--GTTGTA---GA----T-------------ACT-C-----
gi|128715 : -A----CA-AT---AAT-A-GCT-CC--A---------------TGACA-CA-GGAA-AC----A-------AA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--
gi|128716 : A-AT---AAT-A-GCT-CC--AC-GA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC-A--G---------A----C-------------ACT-C-----CA-TTCT-A-C-TCGCGACA-AGAA
Alignments
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lowQualScore : . . . . ... ..... . . . . . .... . ... . ... ... . . . . .. . ... . . . . ... . .. .. . ... . . . .. . .. .. . .... . ... . . .. . . .. . . . . ......... . .. . .. . .... . . .... . . . ...... .. ..... . . ..... ... . . .......... .
lowQualScore : 9 3 9 4 333 77777 3 5 2 2 5 7777 5 222 2 222 555 5 5 2 2 11 5 222 2 2 2 5 444 2 44 77 2 444 8 2 2 99 4 99 77 4 5555 1 444 4 3 11 2 5 66 1 2 4 2 555555555 2 66 2 66 4 1111 2 4 6666 2 2 7 666666 00 33333 2 2 77777 222 4 4 3333333333 5
consensus : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC-C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
Reference ( family-518 ) : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATNC-C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128680 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-A-TGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACATA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--ACAA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--C-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA-T-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128681 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TAAG-C-ATC-T----C-T---AC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-T-CGAT-T---C-CAC-CA-AGAA-T---ACATA-T--GT--AA-G---AAAT-TCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--AAGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-GC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAA
gi|128682 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--CC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--ATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AC-A-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA-C-A-C----------TCGCAACA-ACAACAAA
gi|128683 : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATT-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----TA-AT---AAT-AGCT-CC--ATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GATAGCCTA-CT-C-----CATGA-C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128684 : TAGGCCTAA-CTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CTAT-T---C-CAT-CA-CGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--GCGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAC--TGC-TG--C-CA-A--TT-GT-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA-C-A-C----------TCGCGGCA-ACAACAAA
gi|128685 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TA--T-CA-G--TG-GC-GATACAT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC-C-A-C----------TCGCAACA-ACAA
gi|128686 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--TATGTTA-CA-GGAA-AT----A-T--A-CAA--TTA-TA--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC-C-A-C----------TCGCAACA-AGAAa
gi|128687 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-ATAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC------A---A-----CA-CT-T-----CAT-C-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAa
gi|128688 : TAGGCCTAAATTCGAACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-C---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-A--GT--AA-A---AAAC-CCA-AA-C--AC--AT--T-------------T---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-A------------------TC-TG--T-CA-T--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GGTAGCTTA-CT-C-----CATGA-C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAAa
gi|128689 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----CGT---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---ATAT---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----CACCT-T-----C--TC-C-A-C----------TCGCGACA-ACAA
gi|128690 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-GGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AAT-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----C-CGG-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAAa
gi|128691 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AA-C-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AAT-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----C--CG-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAA
gi|128692 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----------GCAT---C-T-TGG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GC--AA-G---AAACTCCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-T-CCTC--CATGTCA-CA-GAAA-AC----G-T----AAT--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-A-GC------A--AA-----TAGAT-C-----TACTC-C-A-C----------
gi|128693 : TAGGCT--AACTCGA-CA---T-----C-TG-----ATC-T----CCT---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A---CGATAT---C-CAT-CA-CGAA-TTAAAAATA-T--GT--AA-G----AAC-TC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----CCTAT---AAT-AGCC-CC--ACGA-TAACTC--C-TGTTA-CA-GGAA-------A-TA-A-ATA--CTT-TA--T-CA-G--TG-GC-ATAC-AT-G-T-AC------AACGA-----TACCT-C-----CATTC-C-A-C----------ACGCA--A-ACCACAAAaaca
gi|128694 : AACTCAA-CA---T---------------TC------C-T---GC-T---C----AA-A-A-A-A-C-CAAT-TTTGC-AAT-CA-CAAA-T---ACAGG-T--GT--AA-G---AA-C-CCA-AG-A--AC-ATC--T--A-A----CA-AT---AAA-AGCT-CC--ACGG-C-CCTC--CATTTCT-CA-GGAA-AC----A-TC-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------AT-GAATT--TA--T-CGTTAACATTCAC-A-C----------TCGTGACA-ACAA
gi|128695 : aggccggctAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGAA-AC-----------AAA--TTA-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATCC-T-A-C----------TCGCGACA-AGAA
gi|128696 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-C---CTCA---A-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-ATA--AAT-GGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-------A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC-C-A-A----------TGGAGAGAGAGAACAAAa
gi|128697 : ccgAACCC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ACC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACT-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAATT--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----C--AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----A--G-T-AC------AT-GA-----TA-CT-C-----CATTC-T-A-C----------TCGCGACA-AGAAaaa
gi|128698 : ccgAACTCCA-C----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AAAC--AC-AATATT--C-A----CA-AT---AAT-AGCT-TCTCACGA-C-CT----CATGACA-CACGGAA-AC----A------AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----AT-G-T-ACA-----A--GA-----TAGCT-C-----CATTC-T-ATC----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128699 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-TTC-T----C-T---GT-T---C-C-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAa
gi|128700 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G---AAAC-ACA-AA-C--AC-A----T--C-A----C--AT---AAT-ATCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGAA-ATGAGGA-AACA-AAA--TTC-TG--T-CA-A--T--GC-G----AC---T-CC----------------TA-TT-C-----ATTTC-C-A-C----------TCGCGACA-
gi|128701 : ccAACTCGA-CA---TAAGATT-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAC-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-TCC-AG-C--AC-AAT--TAACAA----CA-AT---AAT-AGCG-CC--ATGA-C-CCGC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----ATTA-A-AAAATTTC-TG--T-CA----TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----agaaa
gi|128702 : tAACTCCA-CAAAATA----C-TA-GGC-ATCCT----C-T---GC-T---C-T-GA---CA-G-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--CAA----CA-A----ATT-AGCT-CC--CCGA-C-CCTCCGCATGACA-CA-AGAG-A-----A-CA-A-AAA--TTCTTG--T-CA-G--TGCGCAG----AT-GTT-AC------A--GA-----TA-CG-C-----CATTC-C-A-C----------TCGCG--A-ACAAGAAA
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gi|128704 : taactcAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C----AG-ACA-A-A-A-GGAT-----C-CATTCA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AAGG---AAAC-CCA-AA-C--AC-A
gi|128705 : AACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAA-AAACACCA-AA-CG-AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AATAAGCT-CC--CCGACC-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-CC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCATG--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC-TAA-C----------TCGCGACA-AGAA
gi|128706 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-G---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGTG-T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAAAAAAC-CCA-AA-G--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AATAAGCTCCC--CCGA---CCTC--CATGAAA-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC-C-A-C----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128707 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GA--AAACACCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AAT-AGCTCCC--CCGA---CCTC--CATGA-A-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC-A-A-C----------TCGCGACA-AGAAga
gi|128708 : AACTGGA-CA---T-------TA---------T----C-T---GC-T---C-------ACA-A-A-A-CAAT-T---C-CAT-CA-CAAAAT---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AG-CCAGC-AAT--T----------A-AT---AACAAGCT-CC--AAAA-CTCCTC--TATGTCA-CA-GGAA-ACA---A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-TA-C--TG-G--A----AT-A---AC------A--AA-----TA-TT-a
gi|128709 : A-CA---T-----CGTAAG-C-ATC-TGTTGC-TCCGGC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-AGCGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-T--ATGAAA-GA--AAAC-CCAGAA-T--AC-AAT--T--C-A----CT-ATTAAAAT-AGCT-CC--A-GA-CACCTC--ACTGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TAATT-CA-AGCTG-GCTG----ATCG-T-AC------A--G------TA-CT-C-----CAT
gi|128710 : A---T-----C-TA-G-C-ATA-T----C-T---GC-TTGAC-C-----ACA-A-AGA-TGAT-T---C-CAT-CAACGAGCT---ATAGA-T--GT--AA-G---AA-C-TTA-AG-T--AC-AAC--T--A-AATAACA-AT---TAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATTTCA-CA-GGAATAC----A-TA-A-AAA--T---TG--T-CA-A--TG-GC-G----TT-A-T-AC------A--GAATT--TA--T-CGTTAGCATTCAC-A-CTCCATGGACTTCGAGACA-ACAACAA
gi|128711 : A-G-CGATC-T----C-T---GC-T---CAT-GA------A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--AC-GTT--T--A-A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--GCGA-C-GGTC--CATGTCT-AA-GGAA-AC----A-TA-ACGAA--TTA-TC--T-CA-A--TG-GT-T----AT-G-T-AT------A---------------------CATGA-C-A-C----------TCACGACA-ACAACAAA
gi|128712 : -T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AGT--T--C-A----AA-AT---AAT-AGCT-CC--A
gi|128713 : --AT-AATA-T--C-A----CA-AC---AAT-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CCCGG-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAA
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gi|128715 : -A----CA-AT---AAT-AGCT-CC--A--------------TGACA-CA-GGAA-AC----A-------AA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--
gi|128716 : A-AT---AAT-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A----A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATTC-T-A-C----------TCGCGACA-AGAA
Alignments
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lowQualScore : . . . . ... ..... . . . . . .... . ... . ... ... . . . . .. . ... . . . . ... . .. .. . ... . . . .. . .. .. . .... . ... . . . .. . . .. . . . . ......... . .. . .. . .... . . .... . . . ...... .. ..... . . ..... . .. . . .......... .
lowQualScore : 9 3 9 4 333 77777 3 5 2 2 5 7777 5 222 2 222 555 5 5 2 2 11 5 222 2 2 2 5 444 2 44 77 2 444 8 2 2 99 4 99 77 4 5555 1 333 1 4 3 11 2 5 66 1 2 4 2 222222222 2 66 2 66 4 1111 2 4 6666 2 2 7 666666 00 33333 2 2 77777 1 22 4 4 3333333333 5
consensus : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
Reference ( family-518 ) : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
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gi|128685 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TA--T-CA-G--TG-GC-GATACAT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCAACA-ACAA
gi|128686 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--TATGTTA-CA-GGAA-AT----A-T--A-CAA--TTA-TA--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--C-A-C----------TCGCAACA-AGAAa
gi|128687 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-ATAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC------A---A-----CA-CT-T-----CA-TC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAAa
gi|128688 : TAGGCCTAAATTCGAACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-C---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-A--GT--AA-A---AAAC-CCA-AA-C--AC--AT--T-------------T---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-A------------------TC-TG--T-CA-T--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GGTAGCTTA-CT-C-----CATGA--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAAa
gi|128689 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----CGT---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---ATAT---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----CACCT-T-----C--TC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAA
gi|128690 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-GGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----C---CGGC-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAAa
gi|128691 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AA-C-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----C---CG-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAA
gi|128692 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----------GCAT---C-T-TGG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GC--AA-G---AAACTCCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-T-CCTC--CATGTCA-CA-GAAA-AC----G-T----AAT--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-A-GC------A--AA-----TAGAT-C-----TACTC--C-A-C----------
gi|128693 : TAGGCT--AACTCGA-CA---T-----C-TG-----ATC-T----CCT---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A---CGATAT---C-CAT-CA-CGAA-TTAAAAATA-T--GT--AA-G----AAC-TC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----CCTAT---AA-T-AGCC-CC--ACGA-TAACTC--C-TGTTA-CA-GGAA-------A-TA-A-ATA--CTT-TA--T-CA-G--TG-GC-ATAC-AT-G-T-AC------AACGA-----TACCT-C-----CATTC--C-A-C----------ACGCA--A-ACCACAAAaaca
gi|128694 : AACTCAA-CA---T---------------TC------C-T---GC-T---C----AA-A-A-A-A-C-CAAT-TTTGC-AAT-CA-CAAA-T---ACAGG-T--GT--AA-G---AA-C-CCA-AG-A--AC-ATC--T--A-A----CA-AT---AA-A-AGCT-CC--ACGG-C-CCTC--CATTTCT-CA-GGAA-AC----A-TC-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------AT-GAATT--TA--T-CGTTAACATTCA-C-A-C----------TCGTGACA-ACAA
gi|128695 : aggccggctAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGAA-AC-----------AAA--TTA-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATCC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAA
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gi|128697 : ccgAACCC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ACC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACT-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAATT--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----C--AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----A--G-T-AC------AT-GA-----TA-CT-C-----CATTC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAAaaa
gi|128698 : ccgAACTCCA-C----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AAAC--AC-AATATT--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-TCTCACGA-C-CT----CATGACA-CACGGAA-AC----A------AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----AT-G-T-ACA-----A--GA-----TAGCT-C-----CATTC--T-ATC----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128699 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-TTC-T----C-T---GT-T---C-C-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAa
gi|128700 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G---AAAC-ACA-AA-C--AC-A----T--C-A----C--AT---AA-T-ATCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGAA-ATGAGGA-AACA-AAA--TTC-TG--T-CA-A--T--GC-G----AC---T-CC----------------TA-TT-C-----ATTTC--C-A-C----------TCGCGACA-
gi|128701 : ccAACTCGA-CA---TAAGATT-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAC-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-TCC-AG-C--AC-AAT--TAACAA----CA-AT---AA-T-AGCG-CC--ATGA-C-CCGC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----ATTA-A-AAAATTTC-TG--T-CA----TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----agaaa
gi|128702 : tAACTCCA-CAAAATA----C-TA-GGC-ATCCT----C-T---GC-T---C-T-GA---CA-G-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--CAA----CA-A----AT-T-AGCT-CC--CCGA-C-CCTCCGCATGACA-CA-AGAG-A-----A-CA-A-AAA--TTCTTG--T-CA-G--TGCGCAG----AT-GTT-AC------A--GA-----TA-CG-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCG--A-ACAAGAAA
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gi|128715 : -A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--A--------------TGACA-CA-GGAA-AC----A-------AA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--
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Alignments
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lowQualScore : . . . . ... ..... . . . . . .... . ... . ... ... . . . . .. . ... . . . . ... . .. .. . ... . . . .. . .. .. . .... . ... . . . .. . . .. . . . . ......... . .. . .. . .... . . .... . . . ...... .. ..... . . ..... . .. . . .......... .
lowQualScore : 9 3 9 4 333 77777 3 5 2 2 5 7777 5 222 2 222 555 5 5 2 2 11 5 222 2 2 2 5 444 2 44 77 2 444 8 2 2 99 4 99 77 4 5555 1 333 1 4 3 11 2 5 66 1 2 4 2 222222222 2 66 2 66 4 1111 2 4 6666 2 2 7 666666 00 33333 2 2 77777 1 22 4 4 3333333333 5
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Reference ( family-518 ) : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
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gi|128695 : aggccggctAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGAA-AC-----------AAA--TTA-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATCC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAA
gi|128696 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-C---CTCA---A-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAAT-GGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-A-------TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-A----------TGGAGAGAGAGAACAAAa
gi|128697 : ccgAACCC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ACC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACT-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAATT--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----C--AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----A--G-T-AC------AT-GA-----TA-CT-C-----CATTC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAAaaa
gi|128698 : ccgAACTCCA-C----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AAAC--AC-AATATT--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-TCTCACGA-C-CT----CATGACA-CACGGAA-AC----A------AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----AT-G-T-ACA-----A--GA-----TAGCT-C-----CATTC--T-ATC----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128699 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-TTC-T----C-T---GT-T---C-C-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAa
gi|128700 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G---AAAC-ACA-AA-C--AC-A----T--C-A----C--AT---AA-T-ATCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGAA-ATGAGGA-AACA-AAA--TTC-TG--T-CA-A--T--GC-G----AC---T-CC----------------TA-TT-C-----ATTTC--C-A-C----------TCGCGACA-
gi|128701 : ccAACTCGA-CA---TAAGATT-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAC-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-TCC-AG-C--AC-AAT--TAACAA----CA-AT---AA-T-AGCG-CC--ATGA-C-CCGC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----ATTA-A-AAAATTTC-TG--T-CA----TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----agaaa
gi|128702 : tAACTCCA-CAAAATA----C-TA-GGC-ATCCT----C-T---GC-T---C-T-GA---CA-G-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--CAA----CA-A----AT-T-AGCT-CC--CCGA-C-CCTCCGCATGACA-CA-AGAG-A-----A-CA-A-AAA--TTCTTG--T-CA-G--TGCGCAG----AT-GTT-AC------A--GA-----TA-CG-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCG--A-ACAAGAAA
gi|128703 : tA-A-C-ATC-T----C-T---GT-T-----------ACA-A-A-A-CGAT-T---C-AAT-CA-CGAA-T---ATAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--A-A----CA-AT---AT-T-AGCT-CC--TCGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-ATA--TTA-TT--T-CA-A--TG-GC-T----AT-G-T-AC------A--GA-----
gi|128704 : taactcAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C----AG-ACA-A-A-A-GGAT-----C-CATTCA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AAGG---AAAC-CCA-AA-C--AC-A
gi|128705 : AACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAA-AAACACCA-AA-CG-AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-TAAGCT-CC--CCGACC-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-CC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCATG--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--TAA-C----------TCGCGACA-AGAA
gi|128706 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-G---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGTG-T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAAAAAAC-CCA-AA-G--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AA-TAAGCTCCC--CCGA---CCTC--CATGAAA-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128707 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GA--AAACACCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AA-T-AGCTCCC--CCGA---CCTC--CATGA-A-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--A-A-C----------TCGCGACA-AGAAga
gi|128708 : AACTGGA-CA---T-------TA---------T----C-T---GC-T---C-------ACA-A-A-A-CAAT-T---C-CAT-CA-CAAAAT---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AG-CCAGC-AAT--T----------A-AT---AA-CAAGCT-CC--AAAA-CTCCTC--TATGTCA-CA-GGAA-ACA---A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-TA-C--TG-G--A----AT-A---AC------A--AA-----TA-TT-a
gi|128709 : A-CA---T-----CGTAAG-C-ATC-TGTTGC-TCCGGC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-AGCGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-T--ATGAAA-GA--AAAC-CCAGAA-T--AC-AAT--T--C-A----CT-ATTAAAA-T-AGCT-CC--A-GA-CACCTC--ACTGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TAATT-CA-AGCTG-GCTG----ATCG-T-AC------A--G------TA-CT-C-----CAT
gi|128710 : A---T-----C-TA-G-C-ATA-T----C-T---GC-TTGAC-C-----ACA-A-AGA-TGAT-T---C-CAT-CAACGAGCT---ATAGA-T--GT--AA-G---AA-C-TTA-AG-T--AC-AAC--T--A-AATAACA-AT---TA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATTTCA-CA-GGAATAC----A-TA-A-AAA--T---TG--T-CA-A--TG-GC-G----TT-A-T-AC------A--GAATT--TA--T-CGTTAGCATTCA-C-A-CTCCATGGACTTCGAGACA-ACAACAA
gi|128711 : A-G-CGATC-T----C-T---GC-T---CAT-GA------A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--AC-GTT--T--A-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--GCGA-C-GGTC--CATGTCT-AA-GGAA-AC----A-TA-ACGAA--TTA-TC--T-CA-A--TG-GT-T----AT-G-T-AT------A---------------------CATGA--C-A-C----------TCACGACA-ACAACAAA
gi|128712 : -T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AGT--T--C-A----AA-AT---AA-T-AGCT-CC--A
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gi|128715 : -A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--A--------------TGACA-CA-GGAA-AC----A-------AA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--
gi|128716 : A-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A----A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATTC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAA
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blockSeqs : C A G . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . C . A . . . A . T . . . AATA . . . . . A . . . . . A . T ATT C C . A . . . .
blockSeqs : C G C . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . ATA . . . . . A . . . . . A . . ATT G C . A . . . .
blockSeqs : C A G . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ATA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : C A C . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . ATA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A G . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ATA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A C . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . ATA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C A G . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ATC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T A G . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ACA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A G . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ATA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A G . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . ATA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : A C . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . ATA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . ATA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AT . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AT . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A C . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . AT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : A C . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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finalCons : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
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Reference ( family-518 ) : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGNCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128680 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-A-TGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACATA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACAA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--C-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA--T-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128681 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TAAG-C-ATC-T----C-T---AC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-T-CGAT-T---C-CAC-CA-AGAA-T---ACATA-T--GT--AA-G---AAAT-TCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--AAGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-GC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA--C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAA
gi|128682 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--CC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AC-A-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA--C-A-C----------TCGCAACA-ACAACAAA
gi|128683 : TAGGCCTAAACTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATT-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----TA-AT---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GATAGCCTA-CT-C-----CATGA--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAA
gi|128684 : TAGGCCTAA-CTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CTAT-T---C-CAT-CA-CGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--GCGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAC--TGC-TG--C-CA-A--TT-GT-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATGA--C-A-C----------TCGCGGCA-ACAACAAA
gi|128685 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TA--T-CA-G--TG-GC-GATACAT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCAACA-ACAA
gi|128686 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-AAG-ACA-A-A-G-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-TATGT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CT-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--TATGTTA-CA-GGAA-AT----A-T--A-CAA--TTA-TA--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--C-A-C----------TCGCAACA-AGAAa
gi|128687 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-ATAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-T-AC------A---A-----CA-CT-T-----CA-TC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAAa
gi|128688 : TAGGCCTAAATTCGAACA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-C---C-T-GAG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-A--GT--AA-A---AAAC-CCA-AA-C--AC--AT--T-------------T---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-A------------------TC-TG--T-CA-T--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GGTAGCTTA-CT-C-----CATGA--C-A-C----------TCGCGACA-ACAACAAAa
gi|128689 : TAGGC----GCTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----CGT---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---ATAT---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-CT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-AC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----CACCT-T-----C--TC--C-A-C----------TCGCGACA-ACAA
gi|128690 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A-GGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----C---CGGC-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAAa
gi|128691 : TAAGCATAAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AA-C-CCA-AA-C--AC-ATA--T--C-A----CA-AC---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-T--A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----C---CG-C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAA
gi|128692 : TAGGCCTAA-CTCGA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----------GCAT---C-T-TGG-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GC--AA-G---AAACTCCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-T-CCTC--CATGTCA-CA-GAAA-AC----G-T----AAT--TTC-TG--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-A-GC------A--AA-----TAGAT-C-----TACTC--C-A-C----------
gi|128693 : TAGGCT--AACTCGA-CA---T-----C-TG-----ATC-T----CCT---GC-T---C-C-GAG-ACA-A-A---CGATAT---C-CAT-CA-CGAA-TTAAAAATA-T--GT--AA-G----AAC-TC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----CCTAT---AA-T-AGCC-CC--ACGA-TAACTC--C-TGTTA-CA-GGAA-------A-TA-A-ATA--CTT-TA--T-CA-G--TG-GC-ATAC-AT-G-T-AC------AACGA-----TACCT-C-----CATTC--C-A-C----------ACGCA--A-ACCACAAAaaca
gi|128694 : AACTCAA-CA---T---------------TC------C-T---GC-T---C----AA-A-A-A-A-C-CAAT-TTTGC-AAT-CA-CAAA-T---ACAGG-T--GT--AA-G---AA-C-CCA-AG-A--AC-ATC--T--A-A----CA-AT---AA-A-AGCT-CC--ACGG-C-CCTC--CATTTCT-CA-GGAA-AC----A-TC-A-AAA--TTC-TC--T-CA-A--TG-GC-G----AT-G-T-AC------AT-GAATT--TA--T-CGTTAACATTCA-C-A-C----------TCGTGACA-ACAA
gi|128695 : aggccggctAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---T-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CAGGGAA-AC-----------AAA--TTA-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATCC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAA
gi|128696 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-C---CTCA---A-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AAAT-GGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-A-------TA-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CATTC--C-A-A----------TGGAGAGAGAGAACAAAa
gi|128697 : ccgAACCC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ACC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACT-A-A-A--GAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAATT--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--ACAAAT--T--C-A----C--AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC-------A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----A--G-T-AC------AT-GA-----TA-CT-C-----CATTC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAAaaa
gi|128698 : ccgAACTCCA-C----T-----C-TA-G-C-ACCGT----C-T---GC-T---T-CTGAG-ACT-ATA-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-TT--ACAAA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AAAC--AC-AATATT--C-A----CA-AT---AA-T-AGCT-TCTCACGA-C-CT----CATGACA-CACGGAA-AC----A------AAA--TTC-TG--T-CA-C--TG-GC-G----AT-G-T-ACA-----A--GA-----TAGCT-C-----CATTC--T-ATC----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128699 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-TTC-T----C-T---GT-T---C-C-GAG-ACA-T-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAa
gi|128700 : ccgAACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAG-ACATA-A-A---AT-T---C-CAT--A-CGAA-A---ACA-A-T--GT--AA-G---AAAC-ACA-AA-C--AC-A----T--C-A----C--AT---AA-T-ATCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATG-CA-CA-GGAA-ATGAGGA-AACA-AAA--TTC-TG--T-CA-A--T--GC-G----AC---T-CC----------------TA-TT-C-----ATTTC--C-A-C----------TCGCGACA-
gi|128701 : ccAACTCGA-CA---TAAGATT-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAC-ACA-A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-TCC-AG-C--AC-AAT--TAACAA----CA-AT---AA-T-AGCG-CC--ATGA-C-CCGC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----ATTA-A-AAAATTTC-TG--T-CA----TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----agaaa
gi|128702 : tAACTCCA-CAAAATA----C-TA-GGC-ATCCT----C-T---GC-T---C-T-GA---CA-G-A-A-AGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAGA-T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--CAA----CA-A----AT-T-AGCT-CC--CCGA-C-CCTCCGCATGACA-CA-AGAG-A-----A-CA-A-AAA--TTCTTG--T-CA-G--TGCGCAG----AT-GTT-AC------A--GA-----TA-CG-C-----CATTC--C-A-C----------TCGCG--A-ACAAGAAA
gi|128703 : tA-A-C-ATC-T----C-T---GT-T-----------ACA-A-A-A-CGAT-T---C-AAT-CA-CGAA-T---ATAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AA-C--AC-AAT--T--A-A----CA-AT---AT-T-AGCT-CC--TCGA-C-CCTC--CATGTCA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-ATA--TTA-TT--T-CA-A--TG-GC-T----AT-G-T-AC------A--GA-----
gi|128704 : taactcAACTCGA-CA---T-----T-AA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C----AG-ACA-A-A-A-GGAT-----C-CATTCA-TGAA-T---ACAGA-T--GT--AAGG---AAAC-CCA-AA-C--AC-A
gi|128705 : AACTCCA-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAA-AAACACCA-AA-CG-AC-AAT--T--C-A----CA-AT---AA-TAAGCT-CC--CCGACC-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-CC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCATG--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--TAA-C----------TCGCGACA-AGAA
gi|128706 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-G---GC-T---C-T-GAG-ACA-T-A-A-AGTG-T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GAAAAAAC-CCA-AA-G--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AA-TAAGCTCCC--CCGA---CCTC--CATGAAA-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--C-A-C----------TCGCGACA-AGAAa
gi|128707 : AACTC-A-CA---T-----C-TA-G-C-ATC-T----C-T---GC-T---C-T-GAGAACA-T-A-A-AGA--T---C-CAT-CA-C-AA-T---ACAGA-T--GT--AA-GA--AAACACCA-AA-C--AC-AAT--T--C-A----CA-ATC--AA-T-AGCTCCC--CCGA---CCTC--CATGA-A-CA-GG-A-AC----A--A-A-AAA--TTC-TG--TCCA-G--TG-GC-G----AT-G-TAAC------A--GA-----TA-CTCC-----CATTC--A-A-C----------TCGCGACA-AGAAga
gi|128708 : AACTGGA-CA---T-------TA---------T----C-T---GC-T---C-------ACA-A-A-A-CAAT-T---C-CAT-CA-CAAAAT---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CCA-AG-CCAGC-AAT--T----------A-AT---AA-CAAGCT-CC--AAAA-CTCCTC--TATGTCA-CA-GGAA-ACA---A-TA-A-AAA--TTC-TC--T-TA-C--TG-G--A----AT-A---AC------A--AA-----TA-TT-a
gi|128709 : A-CA---T-----CGTAAG-C-ATC-TGTTGC-TCCGGC-T---C-C-GAG-ACA-A-A-AGCGAT-T---C-CAT-CA-CGAA-T---ACAAA-T--ATGAAA-GA--AAAC-CCAGAA-T--AC-AAT--T--C-A----CT-ATTAAAA-T-AGCT-CC--A-GA-CACCTC--ACTGTTA-CA-GGAA-AT----A-TA-C-AAA--TTC-TAATT-CA-AGCTG-GCTG----ATCG-T-AC------A--G------TA-CT-C-----CAT
gi|128710 : A---T-----C-TA-G-C-ATA-T----C-T---GC-TTGAC-C-----ACA-A-AGA-TGAT-T---C-CAT-CAACGAGCT---ATAGA-T--GT--AA-G---AA-C-TTA-AG-T--AC-AAC--T--A-AATAACA-AT---TA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATTTCA-CA-GGAATAC----A-TA-A-AAA--T---TG--T-CA-A--TG-GC-G----TT-A-T-AC------A--GAATT--TA--T-CGTTAGCATTCA-C-A-CTCCATGGACTTCGAGACA-ACAACAA
gi|128711 : A-G-CGATC-T----C-T---GC-T---CAT-GA------A-A-A-CGAT-T---C-CAT-CA-AGAA-C---ACAGA-T--GT--AA-G---AAAC-CC--AA-C--AC-GTT--T--A-A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--GCGA-C-GGTC--CATGTCT-AA-GGAA-AC----A-TA-ACGAA--TTA-TC--T-CA-A--TG-GT-T----AT-G-T-AT------A---------------------CATGA--C-A-C----------TCACGACA-ACAACAAA
gi|128712 : -T--GT--AA-G---GAAC-CCA-AA-C--AC-AGT--T--C-A----AA-AT---AA-T-AGCT-CC--A
gi|128713 : --AT-AATA-T--C-A----CA-AC---AA-T-AGCT-CC--ATGA-C-CGTC--CATGTTA-CA-GGAA-AC----A-TA-A-AAA--TT------------------C-A----AT-G-T-AC------A--GA-----TA-CT-C-----CCCGG--C-A-C----------TCGCGACA-ACAAAAAA
gi|128714 : C-AAT--T--T-A----AA-AT---AA-T-AGCT-CCCCACGA-C-CCTC--CATGACAGCA-GGAA-AC----A----A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-ACAGTTGTA--GA-----TA-CT-C-----
gi|128715 : -A----CA-AT---AA-T-AGCT-CC--A--------------TGACA-CA-GGAA-AC----A-------AA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--
gi|128716 : A-AT---AA-T-AGCT-CC--ACGA-C-CCTC--CATGACA-CA-GGAA-AC----A----A-AAA--TTC-TG--T-CA-G--TG-GC-G----AT-G-T-AC------A--GA-----CA-CT-C-----CATTC--T-A-C----------TCGCGACA-AGAA