lowQualScore                  :                                                                                           222222222                1111                                                  111             
lowQualScore                  :         4   1  1 222 1   22  1       33333 22 44 3  11 11  2 1 1 1  1  1  222  1  11      222222222 11 4   11 1  1 7777 1 11  333     1 77  1 3 2 22222 1 6 2     2222 1 666  6666       
lowQualScore                  :         .   .  . ... .   ..  .       ..... .. .. .  .. ..  . . . .  .  .  ...  .  ..      ......... .. .   .. .  . .... . ..  ...     . ..  . . . ..... . . .     .... . ...  ....       
lowQualScore                  :         2   5  5 666 4   00  4       00000 99 11 6  77 77  4 2 2 2  2  2  111  2  77      999999999 77 8   66 2  1 4444 1 44  333     1 99  1 2 1 66666 1 8 4     7777 4 666  6666       
consensus                     :   TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA--C----A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
Reference ( gi|78815 )        :   TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA--G----A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78816                      :   TGTAAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA--C----A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AAGCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78811                      :   TGGTATGAAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCG------A--T--A-CA--G--AA-T-G-G-CT-AA--C---GG-TT--AACCGGAA-------A--C-GTT--C-CG-ACCC-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTAGTCAAA----A-TAA-AT----ATACATTtt
gi|78817                      : ttTGTTTT-TAG-TA-G---G-GAT--GG-CGATGAA-----A--T--A-CA--G--AA-A-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--TACCACAA--G----A--C-GTT--T-CG-AT-C-G-A--TA---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCGAA----A-AAA-AT----ATACATT
gi|78814                      :   TGTTTT-CAT-TT-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--A
gi|78813                      : tcTGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--GA-
gi|78812                      :  tcGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--TC-A-CA--G--AA-TAT-A-CT-AA-TC---AGCTT--AACCG-AA--GC---A--CAATTCGC-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-GT-TT-A-C-T-----C-GTA-TCAAA----A--AT-AT----AGACATT
gi|78818                      :  tccTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CAGGG--AA-T-T-G-CC-AAGTC---CG-GT--AACCGTAA--C----A--C-GTT--T-CG-AC-C-G-A--TT----ACCG-T--TT-A-A-T-----C-TGA-TT-AA----A-TAA-------ATACATT
gi|78819                      :     TTATTAGT-TA-G---GAGAT--GGGCAATCGA-----AA-T--A-CA--G--AAAT-T-G-CCTAA-TC---GG-TT--AACCGCA--------A--C-AGT--C-CG-A--T-C-G--TT---AACCG-G--TT-A-AGT-----C-GTA-TCAAA----T-TAT-ATA---ATACATTtt
gi|78820                      :     TTAA-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CACTCGA-----A--T--A-TA--G--AATT-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCA-----------------------G--C-A-G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----tt
gi|78821                      :     TTAA-AAT-TA-G------AT--GG-CAA-CGA-----A--T--AATA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GA-GT--AACCGCA---------------T--C-AG-----------TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---TT----ATACATttttatacgatatt
gi|78824                      :     TTAC-AGT-TAAG---G-GAT--GC-CAATCGA-----AGTT--ATCA--GGAAA-T-T-GTCC-AA-TT---GG--T--AATCGCAA--C----T--C-GTT----CG-ACTC-G-A--TT---AACCG-G--GT-GTA-T-----C-GTatt
gi|78823                      :     TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CAATCGA-----C--T--A-TG--A--AT-T-T-G-CC-AA--C---GG-TT--AACCGC-A--T----A--C-ATT-------A--------------AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-G-A-TCAAA----
gi|78822                      :     TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CA--CGA-----A--CTAA-TA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG--T--AACCGCAT--G----A--------------A--C-A-G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-------G-A-TCAAA----T-T---TT----ATACATttttatacgatatt
gi|78810                      :      TAT-GAT-TA-GTAGG-GAT--GG-CAATCGA-----A--TT-A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TTAAAACCGCAA--G----A--C-GTT--C-CT-AC-C-G-A--TTAA-AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTATTCAAA----A-TAA-AT----ATACATTatt
gi|78825                      :    tcTAT-AAAATA-G---G-GAT--GG-CAATCGG-----A--T--A-GA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA--C----A--C-GTT--C-CGAA--C-G-A--TT---AACCA-G--TT-AGA-T-----G-GTA-TCAAA----A-TAA-TTGTTAATACATT
gi|78826                      :      TAT-TAC-TA-G---G--AT--GA-AAATTAA-----T--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA--C----A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TG---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT-----TACATTtt
gi|78827                      :         -AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA--C----A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AACCG-G--TC-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78829                      :         -AAT-TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--AACA--G--AA-T-TTG-CT-AA-TC---AG-TT--AACTCTAACTGC---ATTC-ATT--C-CG-C--C-G-A--TT---A-CTG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT----GTATAtt
gi|78828                      :         -AAC-TA-G---G-GATAGGG-CAATCGGGGAACA--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TTCAAGC-TT--AACCGGAA--AAGCCA--C-GTT----CG-A--C-G-AGTTT---AACCG-G--TT-A-ACT-----CTGTA-TCAAA----AGTAT-A-----ATACATT
gi|78830                      :           AC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---AG-TT--AACCGCAA--C----A--C-GTT--C-CG-GC-C-G-A--TT---AACTG-G--TT-A-G-TCGTTAC-GTA-TCTAATTGCA-T-A-AT----ATACATtt
gi|78832                      :             -TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA--C----A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TTTGAAACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78833                      :             -TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG--C----A--C-GTT--C-CG-A--CTG-A--TT---AACCG-G--TT-A-G-T-----T-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78831                      :             -TA-G---G-GAT--GG-CATTCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CT-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA--C----A--T-GTT--C-CG-A--CTC-A--TT---AACCA-G--TT-A-A-T-----C-ATA-Ttt
gi|78834                      :            c-TA-A---G-GAT--G--CATACGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T---CC-AA-TC---AG-GT--AACC-CAA--C----A--CCATT--CACG-A--CCG-A--TT---AACCG----TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----
gi|78835                      :             -TA-G---G-AAA--GG-CAATCAG-----T--T--A-CA--C--AA-T-A-G-CT-AA-CA---GG-TT--AACCACAA--A----A--T-GTT--C-TG-AC-C-A-A--TT---AACCG-G--TT-C-A-C-----T-CCA-TCAAT----A-CAATAT----ATACttcatatt
gi|78836                      :             -TA-G---G-GAT--GG-CAATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---t
gi|78837                      :                -G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-TA--G--AA-T-T-G--C-AA-TC---GC-TT--AACCGCAG--A----A--C-ATT-----A-A--C------TT-----CCGCG--TT-ACA-T-----C-GTA-
gi|78838                      :                      -GAT--AA-CAAT-----------T--A-C---G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--AACTA----------A--CTGTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-GT-TT-A-A-A-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78843                      :                                AATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---CG-TT-----------------A--T-GTC--C-C-----------------AATCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCA---------AA-AT----ATACATaattac
gi|78841                      :                                AACCGA-----T--T--A-CA--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC------------T-GTT--C-CG-A--CCA-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TCAAA----A-
gi|78842                      :                                AACCGA-----T--T--A-CG--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC------------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78844                      :                                AACCGA-----G--T--A-CG--G--AT-T-T-G-C--AA-CC---AA-TT--A-CCAT------------C-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TA-A-A-T-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78840                      :                                AACCGA-----T--T--A-CG--G--AA-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC------------T-GTT--C-CA-A--CCG-A--GT---AATCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78845                      :                                                            -T-T-G-C--AA-CC---GA-TT--AACTA----------A--CTGTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-G--TTAA-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78839                      :                                                                       A-CC---GG-T----ACCAC------------C-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78846                      :                                                           tagtaaccaattatggattttgcacccgattCAA--C----A--T-GTT--C-CG-A--C-TCA--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T
gi|78817                      :                                                                                                          TT--T-CG-ATAC-G-A--TT---AACCG-G--TT-T-A-T-----C-G-A-TCGAA----A-
gi|78816                      :                                                        tgtttttagtagggatggcgatgaaatacagaaatgccaatcggtttaccacaagacg-A--C-G-A--TT---AACCG-C--TT-A-A-T-----C-Gaaaatatacatt
gi|78827                      :                                                 tgtaataattagggatggcaatcgaatacagaattaccaatcggttaaccgcaacacgttccgac-A--C-G-A--TT---GACCG-G--TT-A-A-T-----C-Gatcaaaatatatacatttt
gi|78811                      :                                                       aactagggatggcaatcgaatacagaattgccaatcggttaaccgcaacacgttccgac-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GGG-TCGGA----A-atcaaattatatacatttt
gi|78826                      :                                                        tttggtatgaattagggatggcaatcgatacagaatggctaacggttaaccggaaacg-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-C-A-T-----C-Gagtcaaaataaatatacatt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                      1111                                                  111             
lowQualScore                  :          4   1  1 222 1   11  1       22222 22 33 3  11 11  2 1 1 1  1  1  222  1  11        5555555555555   1111  1 9999 1 11  333     1 88  1 3 2 22222 1 5 2     2222 1 444  6666       
lowQualScore                  :          .   .  . ... .   ..  .       ..... .. .. .  .. ..  . . . .  .  .  ...  .  ..        .............   ....  . .... . ..  ...     . ..  . . . ..... . . .     .... . ...  ....       
lowQualScore                  :          0   5  4 555 4   88  3       99999 77 99 4  66 66  2 1 1 1  1  1  000  2  66        6666666666666   8888  2 7777 2 66  777     2 88  2 5 4 99999 2 1 4     8888 5 888  2222       
consensus                     :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
Reference ( family-514 )      :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78810                      :       TAT-GAT-TA-GTAGG-GAT--GG-CAATCGA-----A--TT-A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TTAAAACCGCAA----G---A--C-GTT--C-CT-AC-C-G-A--TTAA-AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTATTCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78811                      :  tcTGGTATGAAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCG------A--T--A-CA--G--AA-T-G-G-CT-AA--C---GG-TT--AACCGGAA--------A--C-GTT--C-CG-ACCC-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTAGTCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78812                      :   ttGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--TC-A-CA--G--AA-TAT-A-CT-AA-TC---AGCTT--AACCGAAG----C---A--CAATTCGC-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-GT-TT-A-C-T-----C-GTA-TCAAA----A--AT-AT----AGACATT
gi|78813                      : tccTGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--GA-
gi|78814                      :  tcTGTTTT-CAT-TT-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--A
gi|78815                      :  tcTGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----G---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78816                      :    TGTAAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AAGCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78817                      :    TGTTTT-TAG-TA-G---G-GAT--GG-CGATGAA-----A--T--A-CA--G--AA-A-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--TACCACAA----G---A--C-GTT--T-CG-AT-C-G-A--TA---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCGAA----A-AAA-AT----ATACATTtt
gi|78818                      :      TTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CAGGG--AA-T-T-G-CC-AAGTC---CG-GT--AACCGTAA----C---A--C-GTT--T-CG-AC-C-G-A--TT----ACCG-T--TT-A-A-T-----C-TGA-TT-AA----A-TAA-------ATACATT
gi|78819                      :      TTATTAGT-TA-G---GAGAT--GGGCAATCGA-----AA-T--A-CA--G--AAAT-T-G-CCTAA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A----G-T--C-CG-A--T-C-G--TT---AACCG-G--TT-A-AGT-----C-GTA-TCAAA----T-TAT-ATA---ATACATTtt
gi|78820                      :      TTAA-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CACTCGA-----A--T--A-TA--G--AATT-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG----C---A---------------------G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----tt
gi|78821                      :      TTAA-AAT-TA-G------AT--GG-CAA-CGA-----A--T--AATA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GA-GT--AACCGCAT----C---A---------------------G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---TT----ATACATttttatacgatatt
gi|78822                      :      TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CA--CGA-----A--CTAA-TA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG--T--AACCG-------C---A--T-G-------A-A--C-A-G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-------G-A-TCAAA----T-T---TT----ATACATatt
gi|78823                      :      TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CAATCGA-----C--T--A-TG--A--AT-T-T-G-CC-AA--C---GG-TT--AACCGC-A----T---A--C-ATT-------A--------------AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-G-A-TCAAA----att
gi|78824                      :      TTAC-AGT-TAAG---G-GAT--GC-CAATCGA-----AGTT--ATCA--GGAAA-T-T-GTCC-AA-TT---GG--T--AATCGCAA----C---T--C-GTT----CG-ACTC-G-A--TT---AACCG-G--GT-GTA-T-----C-GTttttatacgatatt
gi|78825                      :       TAT-AAAATA-G---G-GAT--GG-CAATCGG-----A--T--A-GA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CGAA--C-G-A--TT---AACCA-G--TT-AGA-T-----G-GTA-TCAAA----A-TAA-TTGTTAATACATT
gi|78826                      :       TAT-TAC-TA-G---G--AT--GA-AAATTAA-----T--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TG---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT-----TACATTtt
gi|78827                      :          -AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AACCG-G--TC-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78828                      :          -AAC-TA-G---G-GATAGGG-CAATCGGGGAACA--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TTCAAGC-TT--AACCGGAAAAGCC---A--C-GTT----CG-A--C-G-AGTTT---AACCG-G--TT-A-ACT-----CTGTA-TCAAA----AGTAT-A-----ATACATTtt
gi|78829                      :          -AAT-TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--AACA--G--AA-T-TTG-CT-AA-TC---AG-TT--AACTCTAA----CTGCATTC-ATT--C-CG-C--C-G-A--TT---A-CTG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT----GTATAtt
gi|78830                      :            AC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---AG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-GC-C-G-A--TT---AACTG-G--TT-A-G-TCGTTAC-GTA-TCTAATTGCA-T-A-AT----ATACAT
gi|78831                      :              -TA-G---G-GAT--GG-CATTCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CT-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA----C---A--T-GTT--C-CG-A--CTC-A--TT---AACCA-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T
gi|78832                      :             c-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TTTGAAACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78833                      :              -TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG----C---A--C-GTT--C-CG-A--CTG-A--TT---AACCG-G--TT-A-G-T-----T-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78834                      :              -TA-A---G-GAT--G--CATACGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T---CC-AA-TC---AG-GT--AACC-CAA----C---AC-C-ATT--CACG-AC-C-G-A--TT---AACC--G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----tt
gi|78835                      :              -TA-G---G-AAA--GG-CAATCAG-----T--T--A-CA--C--AA-T-A-G-CT-AA-CA---GG-TT--AACCACAA----A---A--T-GTT--C-TG-AC-C-A-A--TT---AACCG-G--TT-C-A-C-----T-CCA-TCAAT----A-CAATAT----ATACttcatatt
gi|78836                      :              -TA-G---G-GAT--GG-CAATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---t
gi|78837                      :                 -G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-TA--G--AA-T-T-G--C-AA-TC---GC-TT--AACCGCAG----A---A--C-ATT-----A-A--C------TT-----CCGCG--TT-ACA-T-----C-GTA-
gi|78838                      :                       -GAT--AA-CAAT-----------T--A-C---G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--AACT--AA----C------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-GT-TT-A-A-A-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78839                      :                          T--AG-TAACCAA-----T--T--A-TG--G--AT-T-T-T-GC-AC-CC---GA-TT--ACCGGTAC----C---A--CCGTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-aattac
gi|78840                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CG--G--AA-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CA-A--CCG-A--GT---AATCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78841                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CA--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CG-A--CCA-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TCAAA----A-
gi|78842                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CG--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78843                      :                                 AATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---CG-TT------------------A--T-GTC--C-C-----------------AATCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCA---------AA-AT----ATACAT
gi|78844                      :                                 AACCGA-----G--T--A-CG--G--AT-T-T-G-C--AA-CC---AA-TT--A-CCAT-------------C-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TA-A-A-T-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78845                      :                                                             -T-T-G-C--AA-CC---GA-TT--AACT--AA----C------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-G--TTAA-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78846                      :                                                                                           CAA----C---A--T-GTT--C-CG-A--C-TCA--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                      1111                                                  111             
lowQualScore                  :          4   1  1 222 1   11  1       22222 22 33 3  11 11  2 1 1 1  1  1  222  1  11        5555555555555   1111  1 9999 1 11  333     1 88  1 3 2 22222 1 5 2     2222 1 444  6666       
lowQualScore                  :          .   .  . ... .   ..  .       ..... .. .. .  .. ..  . . . .  .  .  ...  .  ..        .............   ....  . .... . ..  ...     . ..  . . . ..... . . .     .... . ...  ....       
lowQualScore                  :          0   5  4 555 4   88  3       99999 77 99 4  66 66  2 1 1 1  1  1  000  2  66        6666666666666   8888  2 7777 2 66  777     2 88  2 5 4 99999 2 1 4     8888 5 888  2222       
consensus                     :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
Reference ( family-514 )      :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78810                      :       TAT-GAT-TA-GTAGG-GAT--GG-CAATCGA-----A--TT-A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TTAAAACCGCAA----G---A--C-GTT--C-CT-AC-C-G-A--TTAA-AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTATTCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78811                      :  tcTGGTATGAAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCG------A--T--A-CA--G--AA-T-G-G-CT-AA--C---GG-TT--AACCGGAA--------A--C-GTT--C-CG-ACCC-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTAGTCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78812                      :   ttGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--TC-A-CA--G--AA-TAT-A-CT-AA-TC---AGCTT--AACCGAAG----C---A--CAATTCGC-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-GT-TT-A-C-T-----C-GTA-TCAAA----A--AT-AT----AGACATT
gi|78813                      : tccTGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--GA-
gi|78814                      :  tcTGTTTT-CAT-TT-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--A
gi|78815                      :  tcTGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----G---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78816                      :    TGTAAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AAGCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78817                      :    TGTTTT-TAG-TA-G---G-GAT--GG-CGATGAA-----A--T--A-CA--G--AA-A-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--TACCACAA----G---A--C-GTT--T-CG-AT-C-G-A--TA---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCGAA----A-AAA-AT----ATACATTtt
gi|78818                      :      TTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CAGGG--AA-T-T-G-CC-AAGTC---CG-GT--AACCGTAA----C---A--C-GTT--T-CG-AC-C-G-A--TT----ACCG-T--TT-A-A-T-----C-TGA-TT-AA----A-TAA-------ATACATT
gi|78819                      :      TTATTAGT-TA-G---GAGAT--GGGCAATCGA-----AA-T--A-CA--G--AAAT-T-G-CCTAA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A----G-T--C-CG-A--T-C-G--TT---AACCG-G--TT-A-AGT-----C-GTA-TCAAA----T-TAT-ATA---ATACATTtt
gi|78820                      :      TTAA-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CACTCGA-----A--T--A-TA--G--AATT-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG----C---A---------------------G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----tt
gi|78821                      :      TTAA-AAT-TA-G------AT--GG-CAA-CGA-----A--T--AATA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GA-GT--AACCGCAT----C---A---------------------G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---TT----ATACATttttatacgatatt
gi|78822                      :      TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CA--CGA-----A--CTAA-TA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG--T--AACCG-------C---A--T-G-------A-A--C-A-G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-------G-A-TCAAA----T-T---TT----ATACATatt
gi|78823                      :      TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CAATCGA-----C--T--A-TG--A--AT-T-T-G-CC-AA--C---GG-TT--AACCGC-A----T---A--C-ATT-------A--------------AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-G-A-TCAAA----att
gi|78824                      :      TTAC-AGT-TAAG---G-GAT--GC-CAATCGA-----AGTT--ATCA--GGAAA-T-T-GTCC-AA-TT---GG--T--AATCGCAA----C---T--C-GTT----CG-ACTC-G-A--TT---AACCG-G--GT-GTA-T-----C-GTttttatacgatatt
gi|78825                      :       TAT-AAAATA-G---G-GAT--GG-CAATCGG-----A--T--A-GA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CGAA--C-G-A--TT---AACCA-G--TT-AGA-T-----G-GTA-TCAAA----A-TAA-TTGTTAATACATT
gi|78826                      :       TAT-TAC-TA-G---G--AT--GA-AAATTAA-----T--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TG---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT-----TACATTtt
gi|78827                      :          -AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AACCG-G--TC-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78828                      :          -AAC-TA-G---G-GATAGGG-CAATCGGGGAACA--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TTCAAGC-TT--AACCGGAAAAGCC---A--C-GTT----CG-A--C-G-AGTTT---AACCG-G--TT-A-ACT-----CTGTA-TCAAA----AGTAT-A-----ATACATTtt
gi|78829                      :          -AAT-TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--AACA--G--AA-T-TTG-CT-AA-TC---AG-TT--AACTCTAA----CTGCATTC-ATT--C-CG-C--C-G-A--TT---A-CTG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT----GTATAtt
gi|78830                      :            AC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---AG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-GC-C-G-A--TT---AACTG-G--TT-A-G-TCGTTAC-GTA-TCTAATTGCA-T-A-AT----ATACAT
gi|78831                      :              -TA-G---G-GAT--GG-CATTCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CT-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA----C---A--T-GTT--C-CG-A--CTC-A--TT---AACCA-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T
gi|78832                      :             c-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TTTGAAACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78833                      :              -TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG----C---A--C-GTT--C-CG-A--CTG-A--TT---AACCG-G--TT-A-G-T-----T-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78834                      :              -TA-A---G-GAT--G--CATACGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T---CC-AA-TC---AG-GT--AACC-CAA----C---AC-C-ATT--CACG-AC-C-G-A--TT---AACC--G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----tt
gi|78835                      :              -TA-G---G-AAA--GG-CAATCAG-----T--T--A-CA--C--AA-T-A-G-CT-AA-CA---GG-TT--AACCACAA----A---A--T-GTT--C-TG-AC-C-A-A--TT---AACCG-G--TT-C-A-C-----T-CCA-TCAAT----A-CAATAT----ATACttcatatt
gi|78836                      :              -TA-G---G-GAT--GG-CAATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---t
gi|78837                      :                 -G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-TA--G--AA-T-T-G--C-AA-TC---GC-TT--AACCGCAG----A---A--C-ATT-----A-A--C------TT-----CCGCG--TT-ACA-T-----C-GTA-
gi|78838                      :                       -GAT--AA-CAAT-----------T--A-C---G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--AACT--AA----C------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-GT-TT-A-A-A-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78839                      :                          T--AG-TAACCAA-----T--T--A-TG--G--AT-T-T-T-GC-AC-CC---GA-TT--ACCGGTAC----C---A--CCGTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-aattac
gi|78840                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CG--G--AA-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CA-A--CCG-A--GT---AATCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78841                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CA--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CG-A--CCA-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TCAAA----A-
gi|78842                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CG--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78843                      :                                 AATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---CG-TT------------------A--T-GTC--C-C-----------------AATCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCA---------AA-AT----ATACAT
gi|78844                      :                                 AACCGA-----G--T--A-CG--G--AT-T-T-G-C--AA-CC---AA-TT--A-CCAT-------------C-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TA-A-A-T-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78845                      :                                                             -T-T-G-C--AA-CC---GA-TT--AACT--AA----C------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-G--TTAA-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78846                      :                                                                                           CAA----C---A--T-GTT--C-CG-A--C-TCA--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T


blockSeqs                     :          G   A  A .   A   AG  G       GGAAC GT TA A  GG GA  A A T T  T  G  CAA  C  .         CTGCATTC        CGC   A CCC  C GT  TGA     C GT  A T G CGTTA T T G     TTGC G AAT  GTTA
blockSeqs                     :          T   .  . .   .   .   .       .     A  C  T  .  .   T . . .  .  .  .    .  .         AAGCCAC         CA    . CTC  . .   .       . GT  . G C .     . T .     .    . AA   A   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  A  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CACA            C     . CC   . .   .       . GT  . C . .     . T .     .    . AT   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CACC            C     . TC   . .   .       . GT  . . . .     . T .     .    . AA   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CACC            C     . CC   . .   .       . T   . . . .     . T .     .    . AA   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         GAC             T     . CC   . .   .       . T   . . . .     . G .     .    . AA   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             T     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . AT   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         GAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . AA   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CT   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . AT   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAT             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . AT   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         TAC             C     . CT   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . AT   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CTC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . AA   .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . A    .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . .    .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . .    .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . .    .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAT             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . .    .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . .    .   
blockSeqs                     :          .   .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAC             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    . .    .   
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         AAT             C     . CC   . .   .       . .   . . . .     . T .     .    .          
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         AAC             C     . C    . .   .       . .   . . . .     . C .     .    .          
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CAT             C     . C    . .   .       . .   . . . .     . T .     .    .          
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         AC              C     . T    . .   .       . .   . . . .     . T .     .    .          
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CA              C     . C    . .   .       . .   . . . .     . T .     .    .          
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CA              C     . C    . .   .       . .   . . . .     . . .     .    .          
blockSeqs                     :              .  . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CA              C     . C    . .   .       . .   . . . .     . . .     .    .          
blockSeqs                     :                 . .   .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CT              .     . C    . .   .       . .   . . . .     . . .     .               
blockSeqs                     :                       .   .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         AT              .     . C    . .   .       . .   . . . .     . . .     .               
blockSeqs                     :                           .   .       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         CT              .     . C    . .   .       . .   . . . .     . . .     .               
blockSeqs                     :                                       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         T               .     . .    . .   .       . .   . . . .     . . .                     
blockSeqs                     :                                       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         T               .     . .    . .   .       . .   . . . .     . . .                     
blockSeqs                     :                                       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         T               .     . .    . .   .       . .   . . . .     . . .                     
blockSeqs                     :                                       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .    .  .         C               .     . .    . .   .       . .   . . . .     . .                       
blockSeqs                     :                                       .     .  .  .  .  .   . . . .  .  .  .                                                                                                        
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originalCons                  :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
finalCons                     :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT





Alignments
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lowQualScore                  :          .   .  . ... .   ..  .       ..... .. .. .  .. ..  . . . .  .  .  ...  .  ..        .............   ....  . .... . ..  ...     . ..  . . . ..... . . .     .... . ...  ....       
lowQualScore                  :          0   5  4 555 4   88  3       99999 77 99 4  66 66  2 1 1 1  1  1  000  2  66        6666666666666   8888  2 7777 2 66  777     2 88  2 5 4 99999 2 1 4     8888 5 888  2222       
consensus                     :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
Reference ( family-514 )      :    TGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78810                      :       TAT-GAT-TA-GTAGG-GAT--GG-CAATCGA-----A--TT-A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TTAAAACCGCAA----G---A--C-GTT--C-CT-AC-C-G-A--TTAA-AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTATTCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78811                      :  tcTGGTATGAAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCG------A--T--A-CA--G--AA-T-G-G-CT-AA--C---GG-TT--AACCGGAA--------A--C-GTT--C-CG-ACCC-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTAGTCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78812                      :   ttGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--TC-A-CA--G--AA-TAT-A-CT-AA-TC---AGCTT--AACCGAAG----C---A--CAATTCGC-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-GT-TT-A-C-T-----C-GTA-TCAAA----A--AT-AT----AGACATT
gi|78813                      : tccTGTTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--GA-
gi|78814                      :  tcTGTTTT-CAT-TT-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--A
gi|78815                      :  tcTGTTAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----G---A--C-GTT--C-CG-A--C-G-A--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAA-AT----ATACATT
gi|78816                      :    TGTAAT-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AAGCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78817                      :    TGTTTT-TAG-TA-G---G-GAT--GG-CGATGAA-----A--T--A-CA--G--AA-A-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--TACCACAA----G---A--C-GTT--T-CG-AT-C-G-A--TA---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCGAA----A-AAA-AT----ATACATTtt
gi|78818                      :      TTAT-AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CAGGG--AA-T-T-G-CC-AAGTC---CG-GT--AACCGTAA----C---A--C-GTT--T-CG-AC-C-G-A--TT----ACCG-T--TT-A-A-T-----C-TGA-TT-AA----A-TAA-------ATACATT
gi|78819                      :      TTATTAGT-TA-G---GAGAT--GGGCAATCGA-----AA-T--A-CA--G--AAAT-T-G-CCTAA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A----G-T--C-CG-A--T-C-G--TT---AACCG-G--TT-A-AGT-----C-GTA-TCAAA----T-TAT-ATA---ATACATTtt
gi|78820                      :      TTAA-AAT-TA-G---G-GAT--GG-CACTCGA-----A--T--A-TA--G--AATT-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG----C---A---------------------G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----tt
gi|78821                      :      TTAA-AAT-TA-G------AT--GG-CAA-CGA-----A--T--AATA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GA-GT--AACCGCAT----C---A---------------------G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---TT----ATACATttttatacgatatt
gi|78822                      :      TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CA--CGA-----A--CTAA-TA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG--T--AACCG-------C---A--T-G-------A-A--C-A-G--TT---AACCG-GGTTT-A-A-T-------G-A-TCAAA----T-T---TT----ATACATatt
gi|78823                      :      TTAA-AAT-TA-G---G--AT--GG-CAATCGA-----C--T--A-TG--A--AT-T-T-G-CC-AA--C---GG-TT--AACCGC-A----T---A--C-ATT-------A--------------AACCG-GGTTT-A-A-T-----C-G-A-TCAAA----att
gi|78824                      :      TTAC-AGT-TAAG---G-GAT--GC-CAATCGA-----AGTT--ATCA--GGAAA-T-T-GTCC-AA-TT---GG--T--AATCGCAA----C---T--C-GTT----CG-ACTC-G-A--TT---AACCG-G--GT-GTA-T-----C-GTttttatacgatatt
gi|78825                      :       TAT-AAAATA-G---G-GAT--GG-CAATCGG-----A--T--A-GA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CGAA--C-G-A--TT---AACCA-G--TT-AGA-T-----G-GTA-TCAAA----A-TAA-TTGTTAATACATT
gi|78826                      :       TAT-TAC-TA-G---G--AT--GA-AAATTAA-----T--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TG---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT-----TACATTtt
gi|78827                      :          -AAC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TT---AACCG-G--TC-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
gi|78828                      :          -AAC-TA-G---G-GATAGGG-CAATCGGGGAACA--T--A-CA--G--AA-T-T-A-CC-AA-TTCAAGC-TT--AACCGGAAAAGCC---A--C-GTT----CG-A--C-G-AGTTT---AACCG-G--TT-A-ACT-----CTGTA-TCAAA----AGTAT-A-----ATACATTtt
gi|78829                      :          -AAT-TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--AACA--G--AA-T-TTG-CT-AA-TC---AG-TT--AACTCTAA----CTGCATTC-ATT--C-CG-C--C-G-A--TT---A-CTG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-TAT-AT----GTATAtt
gi|78830                      :            AC-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---AG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-GC-C-G-A--TT---AACTG-G--TT-A-G-TCGTTAC-GTA-TCTAATTGCA-T-A-AT----ATACAT
gi|78831                      :              -TA-G---G-GAT--GG-CATTCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CT-AA-TC---GG-TT--AACTGCAA----C---A--T-GTT--C-CG-A--CTC-A--TT---AACCA-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T
gi|78832                      :             c-TA-G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-CA--A--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAA----C---A--C-GTT--C-CG-AC-C-G-A--TTTGAAACCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCAAA----A-T---AT----ATACATT
gi|78833                      :              -TA-G---G-GAT--GA-CAATCGA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---GG-TT--AACCGCAG----C---A--C-GTT--C-CG-A--CTG-A--TT---AACCG-G--TT-A-G-T-----T-GTA-TCAAA----T-T---AT----ATACATTtt
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gi|78835                      :              -TA-G---G-AAA--GG-CAATCAG-----T--T--A-CA--C--AA-T-A-G-CT-AA-CA---GG-TT--AACCACAA----A---A--T-GTT--C-TG-AC-C-A-A--TT---AACCG-G--TT-C-A-C-----T-CCA-TCAAT----A-CAATAT----ATACttcatatt
gi|78836                      :              -TA-G---G-GAT--GG-CAATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---t
gi|78837                      :                 -G---G-GAT--GG-CAATCGA-----A--T--A-TA--G--AA-T-T-G--C-AA-TC---GC-TT--AACCGCAG----A---A--C-ATT-----A-A--C------TT-----CCGCG--TT-ACA-T-----C-GTA-
gi|78838                      :                       -GAT--AA-CAAT-----------T--A-C---G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--AACT--AA----C------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-GT-TT-A-A-A-----C-G-A-TTAAA----A-
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gi|78840                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CG--G--AA-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CA-A--CCG-A--GT---AATCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78841                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CA--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CG-A--CCA-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TCAAA----A-
gi|78842                      :                                 AACCGA-----T--T--A-CG--G--AT-T-T-T-GC-AA-CC---GA-TT--A-CCAC-------------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TT-A-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78843                      :                                 AATCAA-----A--T--A-CA--G--AA-T-T-G-CC-AA-TC---CG-TT------------------A--T-GTC--C-C-----------------AATCG-G--TT-A-A-T-----C-GTA-TCA---------AA-AT----ATACAT
gi|78844                      :                                 AACCGA-----G--T--A-CG--G--AT-T-T-G-C--AA-CC---AA-TT--A-CCAT-------------C-GTT--C-CG-A--CCG-A--GT---AACCG-G--TA-A-A-T-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78845                      :                                                             -T-T-G-C--AA-CC---GA-TT--AACT--AA----C------T-GTT--C-CG-A--CCG-A--TT---AACCG-G--TTAA-A-C-----C-G-A-TTAAA----A-
gi|78846                      :                                                                                           CAA----C---A--T-GTT--C-CG-A--C-TCA--TT---AACCG-G--TT-A-A-T-----C-ATA-T