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Reference ( gi|63459 )        : TATTTCCCTT-GC-T--T-TTAT-TT--ATTT-G----TT-GAAA-T--T-GCA-AAAAA-----------G-T-A-GT-TC-CGGC--TG-C-------TA--G---T-T-GT-CAA--G-G-G----G-C--G---TG--T--CCC-CA-T-ACCAA-G--C-C-AGAT----TAT-ACAAAA---AT-AAC---TT--G-CATT---C-CC-AAA-C-TTG-ATA-TT--G-A-CCAA-T--CA--GA-G-CTA---A-G-G--A-TACA-----ATA-A-G-AAT----T-A-AATTAT
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gi|63479                      :           T-GC-TAAT-TTAT-A---ATTT-G----TT-GAAA-T--T-GCA-AAAA------------G-T-A-GT-TC-CGGC--TA-C-------TG--G---T-A-GT-CAA--G-GCG----G-T--G---TG--T--CAC-CT-T-AC-CAA-GC-C-AGGT----T-AT-ACAAAATTA-ATTA-AC---TT--G-CATT---C-CC-AAA-C-TTG-A-A-TTTG-A-TCAT-T--CA--AA-G-CTA---A-G-G--A-GAAA-----AGA-A-G-AAT----T-A-GATAAT
gi|63480                      :                 --T-TTAT-TT--ATTT-G----TT-AAAA-T--T-GCA-AAAAA-----------G-T-A-TC-TT-CGGC--TG-C-------TA--G---T-T-GT-AAA--G-G-G----G-
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gi|63482                      : ttatcatttgttctatttattaaacgT--GTTT-G----TT-GAAA-AA-T-GCA-AAAA------------G-TGA-GT-TCGCGGC--TT-T-------AA--G---TAT-GTTCAA--G-G-G----GGT--G---TG--T--CCC-CA-T-AG-CAA-CCAC-AGGT----T-AT-CCTAAA-----T-A-AC---TT--G-CATT---T-CCGAAA-C-TTGCA-A-ATTGGA-CCAA-T--CA--GA-G-CGA---A-G-G--A-TACA-----ATA-A---AAT----TAA-AATTAT
gi|63483                      :                                         T-GAAG-TGAT-GTAGAAAAA-----------G-T-A-GT-TC-CGGA--AG-C-------TG--G---T-T-GT-CAA--G-G-G----GGT--G---TG--T--CCC-CA-T-AC-CAA-AC-C-AGGT----T-AT-ACAAAA----AT-A-AC---CT--G-TTTT---C-CC-TAA-T-TTG-A-A-TTTG-A-CCAA-T--CA--GA-G-ATA---A-G-G--A-TACA-----ATA-A-G-AAT----T-A-AGTTAT
gi|63484                      :                                                        -AAAAA-----------G-T-A-GT------GC--CG-T-------TA--GGGGT-T-GT-AAA--GAG-G----G-C--G---TG--T--TTC-CA-T-AC-CAA-GC-T-ACAT----T-AT-AC-AAA----AT-A-AT---GT--A-TATT---C-C
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gi|63486                      :                                               -T--T-GAA-GAAAA-----------GAT-A-GT-AC-CGGA--TG-G-------TG--G---T-T-CT-TAA--G-A-G----A-T--G---TT--T--TCA-AA-T-GC-TAA-AT-C-ATAA----T-AT-ACAAAATTGCAT-ACAT---TT--G-CTTT---T-TC-AA-------------------CCAA-T--CA--GA-AACTA-----G-G--A-TACA-----ATA-A-G-AAT----T-A-AAT
gi|63487                      :                                                     atA-AAAAA-----------G-T-A-GT-TC-CGGC--TG-C-------TA--GC--T-T-GT-CAG--G-G-GTTGTG-T--G---TG--T--CCC-CATT-AC-AAG-GC-C-AGAT----T-G--ACAAAA----AT-A-ACGT-TT--G-CATT---C-CA-AAATC-TTG-C-A-AATG-A--CAA-TCACA--GA-G-CTA---A-A-G--A-TAC------ATAGA-G-TGT----T-A-AATGAT
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gi|63493                      :                                                                                                                       a--G-G-G----G-G--G---TG--T--CCA-CA-T-AC-CAA-GC-C-AGGT----T-AT-ACAAAA----AT-A-AC---TT--G-CATT---C-CC-AAA-C-TTG-A-A-ATTG-A-CCAA-T--CA--GA-G-CTA---A-G-G--A-TACAATAAGATA-A-G-AAT----T-A-AATTAT
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gi|63496                      :                                                                                                                                                                                                                 TT---C-CC-AAA-C-TTG-A-A-ATTG-A-CCAA-T--CA--GA-G-CTC---A-G-G--A-TACA-----ATA-A-G-AAT----T-A-AATTAT


blockSeqs                     :            T  C AA A    C  TT    T CTCT  G    A GAT    G    GTAATAAAAAAT A G A  G  G    AT  T TACCAGG  TA GGG A C  T   GG A C TTGT GAG  ACA  CT TG   A  T G  A   A  A A    CGAT T  A      TTGC  G C  TCA  GG C    ATT G  G   T T   C T C    A C    G CA  GG  G A G CTT T C GC T    ATAAG   G G A   TTTA A C
blockSeqs                     :            C  . .  .    .  .     . ATT   .    . TT     .    A            . . .  .  G    .   . TT       A  GG  . .  .   GC A C A    GT   .    .  .    .  T T  .   A  . .    .    .  .      TTA   T .  GT   T  .    .   G  .   . .   . . .    G .    . .   C   . . T .   . . A  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . AT    .    . CT     .    A            . . .  .  .    .   . .        .  C   . .  .   G  . . T    CT   .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   C   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . TA     .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   G  . . T    GT   .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . AT     .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   G  . . .    GT   .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . A .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    CT   .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    G            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    TT   .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . A      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . C      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . A .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . A .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    T            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . G .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . G .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :            .  . .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                 .  .    .  .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . C .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                            .     . .     .    . T      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                                          .    . .      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . C .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                                               . .      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                                               . .      .    A            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . T .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                                                        .    .            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . . .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                                                        .    .            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . . .   . . .  .    .       . . .   .    . .
blockSeqs                     :                                                        .    .            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . . .   . . .  .    .       . . .   .    .  
blockSeqs                     :                                                             .            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    C    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .  .   . .   . . .    . .    . .   .   . . . .   . . .  .    .       . . .   .       
blockSeqs                     :                                                             .            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    T    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                                                             .            . . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    G    .    .  .    .  . .  .   .  . .    .    .  .      .     . .  .    .  .    .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                            . .  .  .    .   . .        .  .   . .  .   .  . . .    .    .    .  .    .  . .  .   .  . .                   .     . .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  . . .                         . .                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  . .                                                                                                                                                                              


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  TATTTCCCTT-GC-T--T-TTAT-TT--ATTT-G----TT-GAAA-T--T-GCA-AAAAA-----------G-T-A-GT-TC-CGGC--TG-C-------TA--G---T-T-GT-CAA--G-G-G----G-C--G---TG--T--CCC-CA-T-AC-CAA-GC-C-AGGT----T-AT-ACAAAA----AT-A-AC---TT--G-CATT---C-CC-AAA-C-TTG-A-A-ATTG-A-CCAA-T--CA--GA-G-CTA---A-G-G--A-TACA-----ATA-A-G-AAT----T-A-AATTAT
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