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Reference ( family-506 ) : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
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blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****
originalCons : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
finalCons : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
Alignments
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lowQualScore : .. . . . ..... .... ... . .. . .. ... . ..... ... . . ... ... . . . . ... .... ........ . ...... ... .. .. . .. .. ... .. . ......... ... . .. .. ... . .. . ... .. .. .. . .... .
lowQualScore : 00 2 5 4 99999 6666 111 1 55 4 99 666 1 88888 999 1 1 777 888 1 1 1 2 333 2222 88888888 2 111111 555 66 44 2 44 99 999 99 1 999999999 999 1 66 44 999 1 55 2 999 66 55 66 1 4444 2
consensus : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
Reference ( family-506 ) : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
gi|69627 : GCGC--AT-C-AT-A-----GGA--A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69628 : GCGC--AT-C-AT-A-----GG---A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-C---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAAACA---A-CG--T-T---A--T--TG-CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69629 : GCGC--AT-C-AT-A-----GGA--A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69630 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---AAT--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---T-TT-G-C-A---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69631 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----GC------A-T-G------A-G-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-C--C-TT-AT
gi|69632 : GCGC--AT-C-AT-A-----GGA--A---A-T--A-TG--CC---AG-------A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC--------T-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---CTTG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--TGTT-ATAT
gi|69633 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A----A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----GC------A-T-G------G---G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-C--C-T
gi|69634 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A----A-TGC-CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-CAA---TT----GCA-----A-T-G------A-A-GGCC--C-A--T--G---T--T-CCA-------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-TTAAA--T--T--CATT-C--C-TT-AT
gi|69635 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
gi|69636 : GCGC--AT-C-ATTA-----G----AT--A-T--AATGA-CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-T---TT----TC------A-T-A------A-C-GC-C--C-A--T--G---T--T-C---------AT--C-TG---AA--A---A-CG--T-T---A--T--T--TCTT-T--C-TT-AT
gi|69637 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------C-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATGT
gi|69638 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TTGG-C-A----T----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-CACTG-----A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATGT
gi|69639 : GCGC--AT-C-AT-A-----GGA--A---A-T--AATG--CC---AGGC-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-AAT-TT----TCTT----A-A-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A-----TG--AAA--A---A-TGT-T-T---AT-T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69640 : GCGC--AT-CCAT-A-----GGA--A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A--T-G-C-A---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--C-A--T--G---T--TGC---------A---C-TGA-AAA--A---A-CG--T-T---AT-T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69641 : GCGC--ATTC-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-TAA------A-C-G--CCGC-A--T--G------T-C---------ACTGC-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
gi|69642 : GCTC--AT-G-AT-A-----GGA--A---A-A--A-TG--CC---GA-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-T-A---TT----TC------A-T-A--------T-G--C--C-A--T---------T-C---------A---C-TG--AAA--A---C-AG--T-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69643 : GCGC--AT-C-AT-A-----GGA--A---A-T--A-TA--CC---AG-C-----A---A-A-A---CA---A-TT-G-C-A---CT----TC------T-T-A------A-T-G--T--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--
gi|69644 : GCGC--AT-C-AT-ACGGGAA----A---A-T--A-TG--CCCA-AG-C-----A---G-A-G---CA---T-TT-G-C-A---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--CGA--T--G---T--T-C---------A---C-TG---AA--A---A-CGTTT-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-AT
gi|69645 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---A--C-----A---G-A-G---CA-----TT-G-C-A---TT----TC------A-A-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-CCACTGAAAAA---T-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATAT
gi|69646 : GCGCC-AT-C-ATTA-----G----A---A-T--A-TC--CC---AG-C-----A---G-AAG---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-AACT--T---T--T-C---------A---G-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CACT-TCCC-TT-ATAT
gi|69647 : GCGC--AT-CCAT-A-----AGGACA---A-T--A-TG--CCG--AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-AGTTTC----TC------T-T-A------A-T-G--C--CAA--T--GGGTT--T-C---------A---C-TG--AAA--A---CTCG--T-T---ATGT--T--CATT-T--G-TT-
gi|69648 : GCGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--G-TA--CA---AG-C-----A---GCA-C---CA---A--T-G-CAA---TT----TC------T-T-A------A-T-G--C--C-A--T------T--T-T---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-TG-T-TT-AT
gi|69649 : GCGCCTAT-C-AT-A-----G----T---A-TTAA-TG--AT---CG-C-----ACCTA-A-G---CA---AATT-G-C-A---TTGGTTTC------A-TTA------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-C---T-T---A--TAAT--CAT
gi|69650 : GCAT--AT-C-AT-G-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-CT----A---G-A-----CA---G-TT-G-C-A---GT----TCTTGTTGA-T-A------A-T-A--T--C-A--T--A---T--T-C---------A---C-TC--AAA--C---A-CT--TGT---C--T--T--AATT-T--A-TG-ATA
gi|69651 : CGC--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--AATG--CC---AT-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A---A--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TGGAAAA--A---A-CG--T-T---A--T--TTCTATT-T--C-T
gi|69652 : GC--A--C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CCC--AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TTGG-C-A---TT----TC------ATT-A------A-CGG--C--C-A--T--GT--T--T-C---------A---C-GA--AAA--A---A-CG--T-TA--A--T--T--CATT-T--C-TT-AT
gi|69653 : C--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TGA-AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-ATGT
gi|69654 : C--AT-C-AT-A-----G----A---A----A-TG--CCGAGAG-------A---G-A-G---CA---A-T--G-C-A---TT----TC--------T-A------A-C-GG-C--C-A--TATG---T--T-C---------A---C-TG--AAA--AAATA-CG--TGT---AT-T--T--CATT-T--C-TT-AT
gi|69655 : C--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--AATG--CC---AG-C-----A---G-------CA---A-TT-G-C-A---TT----TC------AAT-A------A-C-G--C--C-A--TAGG---T--C-T---------A---C-TG--AAA--AA--A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TT-AT
gi|69656 : C--AT-C-AT-A-----G----A---A-T--A-TGTGCC---AG-C-----A---G-A-G---CA-----TT-G-C-A---TT----TC------G-T-A------A-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG---AA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--C-TTAATAT
gi|69657 : ---AG-C-----A---G-A-GAGGCA---A-TT-G-C-A---TT----CC------T-T-A------AAT-G--C--CGA--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---C-TG----T---A-----T--CA-T-T--G-TT-ATAT
gi|69658 : cattatgaaataattatccctgtcca--AT-C-AT-A-----G----ATAAA-T--A-T---CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TT-GAC-A---TT----TC------T-T-AT-----A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---A-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69659 : --AT-C-AT-A-----GGA--A---A-T--A-TGT-CC---AG-CCCCCAA---G-A-G---CA---A-TT-G-C-A---TT----TC--------T-T------A-T-G-----C-A--T--G---TTGT-C---------A---C-TG---AA--A---A-CG--T-T---A--T--T---ATT-TG-T-TT-AT
gi|69660 : -A-----A----A---A-T--A-TG--CC---AG-C-----A---G-A-G---CA---G-TT-G-CTG---TT----TC------T-TTA------A-T-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--TAT---A--T--T--CATT-T--G-TT-ATAT
gi|69661 : -A-----A----A---A-T--A-TA--CC---AG-T-----A---G-A-T---CAGAAA-TT-G-C-A---GT----TC------A-T-ACATGTAA-C-G--C--C-A--T--G---T--T-C---------A---A-TG--AAA--A---G-TG--G-T---A--T--T--
gi|69662 : ---A-T--A-TG--CCC--AG-C-----A---G-A-GGAGCA---AATT-G-C-A---TT----TC------A-T-A------A-C-G-----C-A--T--G---TCAT-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG----T---A--T--T--CATT-T--C-TT-AT
gi|69663 : ---A-T--G-TG--CA---AG-C-----A---G-A-G---CA---A-TC-G-C-A---GG----TC------A-T-A------A-C-G--T--T-T--C--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--TGTTCT--C-T
gi|69664 : -A-A---CA---A-T----C-A---TT----TC------T-T-A------A-----------A--T--G---T--T-C---------A---C-TG--AAA--A---A-CG--T-T---A--T--T--TATT-C--C-TT-ATGT