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Reference ( gi|110039 )       : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--AAG---TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
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Reference ( family-505 )      : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
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lowQualScore                  :       1 66    1 1     1 55 444  1  55   1       000 777 55  1 00000000000   2 7777777     2 1        55 3      
consensus                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
Reference ( family-505 )      : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110039                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110040                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--AGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTA-T-GCTATCCG--G-ACACCC
gi|110041                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GAT-GAGAAGC--CA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACAC
gi|110042                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-TC--GGT-GAGAAGC--AA---A--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACA
gi|110043                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--A---CA-GC--GGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-CCACTTAGCACTA-T-GCTACCCG--G-ACAC
gi|110044                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGAT-C--G---CA-GC--GGT-AAGAAGT--AA---G--TG-C-T-------A-TAA---------CACTA-T-GCTA-CCG--G-ACACCC
gi|110045                     : GAGGAT-C--GAAC-A-CGG-T-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--AAAA-G--TG-C-T-------T-TAA-C--------ACTA-T-GCTACCCG--G-ACCCCC
gi|110046                     : GAGGAT-C--GAAC-A-CGG-T-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--AAAA-G--TG-C-T-------T-TAA-C--------ACTA-T-GCTACCCG--G-ACCCCC
gi|110047                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--A---CA-GT--GGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C-T-------T-TAACC-------CACTA-T-G-TACCCG--G--CAC
gi|110048                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGTT-T--G---CA-GC--GGTTGAGAACC--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-G-GACCCT--G-ACACCC
gi|110049                     : GGGGAT-C--AAAC-C-CAGGT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--AG---G--TG-C-T-------A-TAA-C-------TACTA-T-GCTACCTG--G-
gi|110050                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CAGGT-C--A---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-C-G-------C-T-A-C-------CTCTA-C-GCTACCCGGTG-ACACCC
gi|110051                     : GAGGAT-C--AAAC-T-CGGGT-C--G---CATGT--GGT-GAGAAGC--GAGACG--CG-C-T-----------A-C-------CTCTA-C-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110052                     : GGGGAT-C--GAAC-T-CGGAT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-C-G-------C-T-A-C-------CTCTA-C-GCTA-CCG--G-ACACCC
gi|110053                     : GAGGAT-C--AAAC-T-CGGGT-T--G---CA-GT--GCT-GAGAAGC--GA---G--TG-T-G-------T-TAA-C-------CAACA-C-TCTACCTA--G-ACACCC
gi|110054                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGAT-C--GGCACA-GCCAGTT-GAGAAGC---A---G--TG-C-T-------T-TAG-CG------CACTA-T-GCTA--CG--GTACACC
gi|110055                     : GGGGAT-A--GAACAT-TGGGT-C--G---CA-GT--GAT-GAGAAGT--GA---G--TG-T-T-------A-TTC-C-------CACTA-T-GCTACAGG--G-ACAACC
gi|110056                     : GGGGAT-T--GAGC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--AGT-GAGAAGC--TA---G--AG-C-C-------T-TA
gi|110057                     : GAAGAT-C--GAAA-T-CGGAT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-C-------------------------------GCTACCCG--G-AAACC
gi|110058                     :  AGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--AAT-G-GAAGC--CA---G--TG-C-T-------T-TAA---------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACAACC
gi|110059                     :  AGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---AA-TT--GGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C---------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCAG--G-ACACCC
gi|110060                     :  AGAAT-C--GAGC-T-CGGGT-T--G---CA-GC--GGT-GAGAATG--AA---G--AG-A-G-------T-TAA-C-------CACTA-C-GTTACTCG--G-ACAC
gi|110061                     :  AAGAT-T--GAAC-G-CGAGT-C--G---CA-GC--GGC-GAAAAGC--GA---A--TG-C-G-------C-TAA-C-------TACTA-C-GCTATTCG--G-ACAC
gi|110062                     :   GGATTC--GAAC-T-TGGGC-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGCGAGA---G--TG-C-T-------G-T-----------CTCTG-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110063                     :   GGAT-C--GTAC-T-CGGGT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-CGC-------C-TA----------CACTA-C-GCTACCCG--GTACACC
gi|110064                     :   GGAT-C--CATC-T-CGGGT-C--A---CA-GG--AGT-GAGAAGCTTGA---G--TG-C-TAT-----TATAA-C-------CACTA-T-GCTATCCG--G-ACACCC
gi|110065                     :   GGAT-C--AAAC-T-CTGGT-C--A---CA-GT--GGT-GAGAAGC--TA---G--TG-T-G-------T-TAA-C-------CACTA-C-TCTACCTG--G-ACA
gi|110066                     :   GGAT-C--GAAT-T-CAGGT-CACG---CA-GC--AGT-GAGACCT--AA---G--TA-C-G-------T-CAA-C-------CACTG-TAGCCACCCG--G-GC
gi|110067                     :   GGAT-C--AAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC----------------A---G--TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTA-T-ACTACCCG--G-ACAC
gi|110068                     :    GAT-C--AATA-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--CA---G--TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110069                     :    GAT-C--GAAC-T-CGCAT-C--T---TA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--CG-CGTTAAGCCGT-TAA-C-------CAATC-C-ACTACTGG--G-ACACC
gi|110070                     :    GAT-CTAGATC-T-CGGAT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---GATCA-C-T-----------A-C-------CTCTG-T-GCTACCCA--G-ACATC
gi|110071                     :     AT-C--GAAC-TTCGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAAAAGC--CA---GT-TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTACT-GCTACCCA--GCACACC
gi|110072                     :      T-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGC-G---AGT--GA---G--TG-C-G-------T-TAA-T-------CAT---T-GTTTCCCG--G-ATACC
gi|110073                     :       -C--GAAC-T-CGGGTTC--GTA-CA-GC--GGA-GAGAAGC--AA---G--TATC-T-------T-TAACC-------CACTATT-GCTACCCG--G-
gi|110074                     :            AAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GGGAAGC--AA---G--TG-C-
gi|110075                     :                   GGAT-C--G---CA-GC--GGT-AAGAAGT--AA---G--TG-C-T-------A-TAA-A-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110076                     :                                                C--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCA--G-ACATCC


blockSeqs                     :       T TA    A T     T AC GCA  T  CA   T       GAG GAC AT  T GTTAAGCCGT    C CACTTAG     C A        GT T
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  TA   .  .    .       TTG AA  T   . TATTA         C G           T .        .  T
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   AA  .   . GCC           . .           . .        .  C
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       C   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . GC            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . GC            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . GT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       T   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . CT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       C   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . GT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . GC            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . TG            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . GT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       T   .   .   . GT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       C   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . GT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       C   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       G   .   .   . TA            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . TT            . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . T             . .           . .        .  .
blockSeqs                     :       . .     . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . T             . .           . .        .  .
blockSeqs                     :               . .     . .  .    .  .    .       A   .   .   . T             . .           . .        .  .
blockSeqs                     :                       . .  .    .  .    .       .   .   .   . .                                          
blockSeqs                     :                                                 .   .   .   .                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
finalCons                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC





Alignments
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lowQualScore                  :       1 11    1 1     1 11 333  1  11   1       666 444 22  1 00000000000   2 4444444     2 1        11 3      
lowQualScore                  :       . ..    . .     . .. ...  .  ..   .       ... ... ..  . ...........   . .......     . .        .. .      
lowQualScore                  :       1 66    1 1     1 55 444  1  55   1       000 777 55  1 00000000000   2 7777777     2 1        55 3      
consensus                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
Reference ( family-505 )      : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110039                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
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gi|110041                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GAT-GAGAAGC--CA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACAC
gi|110042                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-TC--GGT-GAGAAGC--AA---A--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACA
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gi|110044                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGAT-C--G---CA-GC--GGT-AAGAAGT--AA---G--TG-C-T-------A-TAA---------CACTA-T-GCTA-CCG--G-ACACCC
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gi|110048                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGTT-T--G---CA-GC--GGTTGAGAACC--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-G-GACCCT--G-ACACCC
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gi|110050                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CAGGT-C--A---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-C-G-------C-T-A-C-------CTCTA-C-GCTACCCGGTG-ACACCC
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gi|110053                     : GAGGAT-C--AAAC-T-CGGGT-T--G---CA-GT--GCT-GAGAAGC--GA---G--TG-T-G-------T-TAA-C-------CAACA-C-TCTACCTA--G-ACACCC
gi|110054                     : GAGGAT-C--GAAC-T-CGGAT-C--GGCACA-GCCAGTT-GAGAAGC---A---G--TG-C-T-------T-TAG-CG------CACTA-T-GCTA--CG--GTACACC
gi|110055                     : GGGGAT-A--GAACAT-TGGGT-C--G---CA-GT--GAT-GAGAAGT--GA---G--TG-T-T-------A-TTC-C-------CACTA-T-GCTACAGG--G-ACAACC
gi|110056                     : GGGGAT-T--GAGC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--AGT-GAGAAGC--TA---G--AG-C-C-------T-TA
gi|110057                     : GAAGAT-C--GAAA-T-CGGAT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-C-------------------------------GCTACCCG--G-AAACC
gi|110058                     :  AGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--AAT-G-GAAGC--CA---G--TG-C-T-------T-TAA---------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACAACC
gi|110059                     :  AGGAT-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---AA-TT--GGT-GAGAAGC--AA---G--TG-C---------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCAG--G-ACACCC
gi|110060                     :  AGAAT-C--GAGC-T-CGGGT-T--G---CA-GC--GGT-GAGAATG--AA---G--AG-A-G-------T-TAA-C-------CACTA-C-GTTACTCG--G-ACAC
gi|110061                     :  AAGAT-T--GAAC-G-CGAGT-C--G---CA-GC--GGC-GAAAAGC--GA---A--TG-C-G-------C-TAA-C-------TACTA-C-GCTATTCG--G-ACAC
gi|110062                     :   GGATTC--GAAC-T-TGGGC-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGCGAGA---G--TG-C-T-------G-T-----------CTCTG-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110063                     :   GGAT-C--GTAC-T-CGGGT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---G--AG-CGC-------C-TA----------CACTA-C-GCTACCCG--GTACACC
gi|110064                     :   GGAT-C--CATC-T-CGGGT-C--A---CA-GG--AGT-GAGAAGCTTGA---G--TG-C-TAT-----TATAA-C-------CACTA-T-GCTATCCG--G-ACACCC
gi|110065                     :   GGAT-C--AAAC-T-CTGGT-C--A---CA-GT--GGT-GAGAAGC--TA---G--TG-T-G-------T-TAA-C-------CACTA-C-TCTACCTG--G-ACA
gi|110066                     :   GGAT-C--GAAT-T-CAGGT-CACG---CA-GC--AGT-GAGACCT--AA---G--TA-C-G-------T-CAA-C-------CACTG-TAGCCACCCG--G-GC
gi|110067                     :   GGAT-C--AAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC----------------A---G--TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTA-T-ACTACCCG--G-ACAC
gi|110068                     :    GAT-C--AATA-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAGAAGC--CA---G--TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110069                     :    GAT-C--GAAC-T-CGCAT-C--T---TA-GC--GGT-GAGAAGC--GA---G--CG-CGTTAAGCCGT-TAA-C-------CAATC-C-ACTACTGG--G-ACACC
gi|110070                     :    GAT-CTAGATC-T-CGGAT-C--G---CA-GT--GGT-GAGAAGC--GA---GATCA-C-T-----------A-C-------CTCTG-T-GCTACCCA--G-ACATC
gi|110071                     :     AT-C--GAAC-TTCGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GAAAAGC--CA---GT-TG-C-T-------A-TAA-C-------CACTACT-GCTACCCA--GCACACC
gi|110072                     :      T-C--GAAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGC-G---AGT--GA---G--TG-C-G-------T-TAA-T-------CAT---T-GTTTCCCG--G-ATACC
gi|110073                     :       -C--GAAC-T-CGGGTTC--GTA-CA-GC--GGA-GAGAAGC--AA---G--TATC-T-------T-TAACC-------CACTATT-GCTACCCG--G-
gi|110074                     :            AAC-T-CGGGT-C--G---CA-GC--GGT-GGGAAGC--AA---G--TG-C-
gi|110075                     :                   GGAT-C--G---CA-GC--GGT-AAGAAGT--AA---G--TG-C-T-------A-TAA-A-------CACTA-T-GCTACCCG--G-ACACCC
gi|110076                     :                                                C--AA---G--TG-C-T-------T-TAA-C-------CACTA-T-GCTACCCA--G-ACATCC