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Reference ( gi|59390 )        : CGGCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C---AAG--TTT--T--A-AAAA-TCCTT-GTGA
gi|59391                      : CAGCCTC--A---T-T-ATT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC-----TT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C---AAG--TTT--T--A-AAAA-TCCTA-GTGA
gi|59394                      : CAGCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-TTA-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACCC---TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CA-GG-A-CT-C---AAG--TTT--T--A-AAAA-TGCTA-GTGA
gi|59395                      : CAGCCGT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---GTCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CTAAAAA--TC-AT--G-ACT-C----C-AA-GG-A-CT-C---AAG--TTT--T--A-AAAA-TCCTA-GTGA
gi|59396                      : CAGCCTT--A---T-T-GTTT-----C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----A----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-AT--G-ATT-C----C-CT-GG-A-CT-A---AAG--TTT--T-----AAA-TCCTA-GTGA
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gi|59413                      : CAGTCTT--A---TCT-GTT------T-C---TTG-A-C-T--C---ATTA--A-A--TT-T-A-GCTT----G----AGATGCAT----G-----C--A---ACC-----TT---CCAAAAA--TC-AT--G-tctaagtga
gi|59414                      :   GCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-G-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----A-----C--A---ACC----TTT---CTAAAAA--TC-TT--G-AGT-C----C-CA-GG-A-CT-C---AAG--TTT--T--A-AAAA-TCCTA-GTGctcttaaaaatctattga
gi|59415                      :   GCCTA--T---T-T-GTT------CGT---GGG-A-T-T--CC--ATCC--ACA--TT-T-A-GC------G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT------C-CC-GG-A-CT-C---AAG--CTT--T--AGAAAA-TCCTA-GTGA
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gi|59411                      :    CCTA--A---T-T-GTT------T-T---GGG-A-A-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----AG----AC----G-----C--A---ACA----TTag
gi|59410                      : catCCTA--A---T-T-GTT------T-T---GGG-A-A-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----AG----AC----G-----C--A---ACA----TT
gi|59412                      : catCCTA--A---T-T-GTT------T-T---GGG-A-A-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T---------GG----AC----G-----C--A---ACA----TTcactgaaa
gi|59417                      :  catCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-TC---G----GG----AC----G-----C--A---ACG----TTT---CCAAAAAATTC-G---G-AGT-C----C-CCAGG-A-CT-C---AAG--TTT--T--A-AAAATTCCTA-GTGAcactgaaa
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lowQualScore                  :        .. ... . .   ...... . ...   . . . .. ...    .. . ..  . . .  . .... ....  ....  .... ..... .. ...   ....   ...  .    ..  .. .. .   . .... .  .  . .  . .   ....   ..  .    .. .        
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Reference ( family-503 )      : CAGCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA
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gi|59391                      : CAGCCTC--A---T-T-ATT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TT----CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA
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gi|59402                      : CGGCCTA--A---T-T-GTT------G-T---GGGGA-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-C-GC-T----G----GG----AT----G-----C--A---ATA----TTT---CCAAAAA--CC-AC--G-AGT------C-CT-GG-T-CT-C-AAG----ATT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA
gi|59403                      : CAGCCTA--A---T-T-GTT------C-T---GGG-G-T-T--C---ATCA--A-A--AT-T-A-AC-T----G----GG----TT----G-----C--G---TCT----TTT---CTAAAAT--CC-AT--G-AG--C----C-CT-GG-A-TT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-TCTAATGA
gi|59404                      : CGGCCTT--AA--T-T-GTT------CCT---GGG-A-C----C---ATCA--A-C--TT-T-G-CC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CC-CAAA--TC-TT--G-AGT-C----T-CC-GG-ACCT-C-AAG-----TT--TA-AAAA--TCCCTAGTG
gi|59405                      : CAGCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-G-TG-CGGAGTCA--C-A--TT-T-A-TC-T----G----GG----ACG---G-----C--A---AAC----TTT---TTAAAAA--TCGGTGGG-AGT-C----C-CC-GG-A-CTGC-AAG----TTT--AA-AAAAATC-CCTAGT
gi|59406                      : CAGCCTT--A---T-T-ATT------C-T---GGG-A-C-T--G---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AT----G-----C--A---ACC----T--------------------------------------G-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA
gi|59407                      : CAGCTTT--AAATT-T-GTT------C-T---GGG---C-T--C---ATCA--A-AATCT-T-ATGC-T----G----GG----AC----G-----C--A-----C----TTT---CTAAA--------------GT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--T--AAAA--T-CTAAGTGA
gi|59408                      : CAGTCTT--A---T-T-GTT------C-T---GG--A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----AG----ACAAATG-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-AT--G-AGT-C----------------------------T--TA-AAAA--T-CATATTGA
gi|59409                      : CAGCCTTTTA---TGT-ATA------C-TA--GGG-AGC-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AA----GA----C--A---ACC----TTTTACTCAAAAA--CC-G---G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAAAAGTTTT--TA-AAAA--A-TCTAGT
gi|59410                      : CATCCTA--A---T-T-GTT------T-T---GGG-A-A-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----AG----AC----G-----C--A---ACA----TT
gi|59411                      : CATCCTA--A---T-T-GTT------T-T---GGG-A-A-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----AG----AC----G-----C--A---ACA----TTcactgaaa
gi|59412                      : CATCCTA--A---T-T-GTT------T-T---GGG-A-A-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T---------GG----AC----G-----C--A---ACA----TT
gi|59413                      : CAGTCTT--A---TCT-GTT------T-C---TTG-A-C-T--C---ATTA--A-A--TT-T-A-GCTT----G----AGATGCAT----G-----C--A---ACC-----TT---CCAAAAA--TC-AT--G--------------------CT-C----------T--TA-AAAA--T--CTATTGAcactgaaa
gi|59414                      :   GCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-G-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----A-----C--A---ACC----TTT---CTAAAAA--TC-TT--G-AGT-C----C-CA-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTG
gi|59415                      :   GCCTA--T---T-T-GTT------CGT---GGG-A-T-T--CC--ATCC--ACA--TT-T-A-GC------G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT------C-CC-GG-A-CT-C-AAG----CTT--TAGAAAA--T-CCTAGTGA
gi|59416                      :    CTTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-AAC-T--CTA-GTCA--A-A--TTAT-A-GC-T----GC---GG----AC----G-----A--AGACACC----TTT---CCAAAAA--TC-GTG-G-AGT-C----C-CC-CG-A-CT-CTAAG----TTTG-TT-AAAA--T-GCTAG
gi|59417                      :     CTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-TC---G----GG----AC----G-----C--A---ACG----TTT---CCAAAAAATTC-G---G-AGT-C----C-CCAGG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAAT-T-CCTAGTGA
gi|59418                      :     CTA--A---T-T-GTT------C-T---AGG-A-C-A--C---TTCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----A-----C--C---ACC----TTT---CCATAAA--CC-AT--G-AAT-C----C-TG-GA-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCT
gi|59419                      :     CTT--A---T-TCGTT------C-T---GGG-AAC-T--CC--ATCAC-A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----ACG---G-----CCAA---ACC----CTT---CCAAAAA--TA-GT--GCAGTAC----C-CC-GGAA-CT-C-AAGT---TTT--TA-AAAA--T-CCT
gi|59420                      :      TT--A---T-T-GTT------C-A---TGG-A-C-TTTC---ATCA--A-A--TT-TGA-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A----CCAATATTT---CCAAATA--AC-GT--G-AGG-T----C-CC-TG-A-CT-C-AAG----TGT--TT-AAAA--T-CCTAGTGA
gi|59421                      :      TT--A---T-T-GTTTCTACAC-T---TGG-A-CCT--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AT----GCAT--C--A---ACC----TTT---CC-AAAA--TC--T--G-AGT-T----C-----------------------T--TA-AAAA--T-CCTATTGA
gi|59422                      :      TT--A---T-T-GTT------T-T---GGA-T-C-T--C---ATTA--A-A---T-T-A-GC-C----G----GG----AG----GATGATG--A---ACC----TTT---CC-AAAA--TC-AT--G-AAT-C----
gi|59423                      :                   TT------T-T---TGG-A---T--C---ATCA--A-A--T----A-GC-TTTTTG----GG----AC----G-----C--A---AC------TT---CCAAAAA---C-G---G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--T---ACA--T-CCTAGTGA
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gi|59426                      :                                    -A-T-T--C---A-CA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CC-AAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-AC-GG-A-CT-C-AAG----TTTTATA-AAAA--T-CCTAGT
gi|59427                      :                                                 TCN--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACT----TTT---CCAAAAA--TT-GT--G-AGT-G----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA





Alignments
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lowQualScore                  :        .. ... . .   ...... . ...   . . . .. ...    .. . ..  . . .  . .... ....  ....  .... ..... .. ...   ....   ...  .    ..  .. .. .   . .... .  .  . .  . .   ....   ..  .    .. .        
lowQualScore                  :        33 333 4 2   666666 3 111   1 2 1 66 555    55 1 66  1 1 1  1 3333 3333  2222  3333 55555 55 888   3333   111  1    66  22 77 1   1 4444 2  2  2 2  2 2   7777   00  2    88 2        
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Reference ( family-503 )      : CAGCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA
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gi|59419                      :     CTT--A---T-TCGTT------C-T---GGG-AAC-T--CC--ATCAC-A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----ACG---G-----CCAA---ACC----CTT---CCAAAAA--TA-GT--GCAGTAC----C-CC-GGAA-CT-C-AAGT---TTT--TA-AAAA--T-CCT
gi|59420                      :      TT--A---T-T-GTT------C-A---TGG-A-C-TTTC---ATCA--A-A--TT-TGA-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A----CCAATATTT---CCAAATA--AC-GT--G-AGG-T----C-CC-TG-A-CT-C-AAG----TGT--TT-AAAA--T-CCTAGTGA
gi|59421                      :      TT--A---T-T-GTTTCTACAC-T---TGG-A-CCT--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AT----GCAT--C--A---ACC----TTT---CC-AAAA--TC--T--G-AGT-T----C-----------------------T--TA-AAAA--T-CCTATTGA
gi|59422                      :      TT--A---T-T-GTT------T-T---GGA-T-C-T--C---ATTA--A-A---T-T-A-GC-C----G----GG----AG----GATGATG--A---ACC----TTT---CC-AAAA--TC-AT--G-AAT-C----
gi|59423                      :                   TT------T-T---TGG-A---T--C---ATCA--A-A--T----A-GC-TTTTTG----GG----AC----G-----C--A---AC------TT---CCAAAAA---C-G---G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--T---ACA--T-CCTAGTGA
gi|59424                      :                            -T---GTG-A-C-T--T---ATCACAA-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACT----TTC---TCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-AC-GG---CT-C-AAG----TTT--T--AAAA--T-CCTAGTGA
gi|59425                      :                              ---GGG-A-C-T--T---ATCA--C-A--AT-T-A-GC-T----G----G-----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----CGAC-GG-A-CT-C-AAG------T--TA-AAAA--A-TCTAGTGA
gi|59426                      :                                    -A-T-T--C---A-CA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CC-AAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-AC-GG-A-CT-C-AAG----TTTTATA-AAAA--T-CCTAGT
gi|59427                      :                                                 TCN--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACT----TTT---CCAAAAA--TT-GT--G-AGT-G----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA


blockSeqs                     :        TA AAT G C   TCTACA C CCA   G G C TT GGA    CA C AT  A T T  T TTTT ACAC  ATGC  AAAT ATGAT CA GAC   AATA   TAC       AT  GG GG C   A CCCG G  A  A C  G T   AAGT   TA  G    AT C
blockSeqs                     :        TT A   C .   T      G A     . A . G  TA     C  . A   . G .  . C    C     .     G    CAT   G  .     C      T         .   G  G  .   . .    .  .  . .  . .   T      A   .    T  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . A . .  C      .  . A   . . .  . .    .     .     G    A     .  .     .      .         .   G  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      G   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  C      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   G  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   G  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   T  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   G  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   T  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   G  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
blockSeqs                     :        .  .   . .   .      . .     . . . .  .      .  . .   . . .  . .    .     .     .    .     .  .     .      .         .   A  .  .   . .    .  .  . .  . .   .      .   .    .  .
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Reference ( family-503 )      : CAGCCTT--A---T-T-GTT------C-T---GGG-A-C-T--C---ATCA--A-A--TT-T-A-GC-T----G----GG----AC----G-----C--A---ACC----TTT---CCAAAAA--TC-GT--G-AGT-C----C-CC-GG-A-CT-C-AAG----TTT--TA-AAAA--T-CCTAGTGA
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