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Reference ( gi|51260 )        : CAATC--GGAA--CAT-CAC-----------T-CGGCCT-TTT----CCG--------GA------GGAAAAGGCCG-A-----------GTG-ATG--TTCC--GATTGA
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Alignments
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gi|51272                      : CAATTGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT-CCG-----------AAAAA---GG------CCA------------AGTGATG--TTCC--GATTGA
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gi|51274                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCTT-TTT-CCG--AA-------G---A---GG------CCA------------TGTGATG--TTCC--GATTGA
gi|51275                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCTT-TTT-CCG--AA-------G---A---GG------CCA------------TGTGATG--TTCC--GATTG
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gi|51278                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCTT-TTT-CCG--GA-------G---A---GG------CCG------------TGTGATG--TT-C--GACTG
gi|51279                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT-CCGTAGAAAAAACGGAAAA---GG------CCG------------AGTGATG--TTCC--GATT
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gi|51281                      : CAATCGGAACAT-CACTC-GCTTGTTT-CCG--GA-------G--AT---TG------CCG------------TGTGATGT-TTCC--GTTTG
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gi|51283                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCCT-TTTACCG--GA-------GAAA
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gi|51285                      :  AATCGTAACTT-CACTCGACTT-ATT-CCG--TA-------GAAAAAACGGAAAAGTCCG------------AGTGATG--TTCC--GATTG
gi|51286                      : CAATCGGAACCT-CACTCGGCCT-TTT-CCG--GG-------GAA
gi|51287                      : CAATTGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT-CAG--GA-------GAA
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blockSeqs                     :             .          .   .   .   .       AAA .    .        T                  .     . 
blockSeqs                     :             .          .   .   .   .       AAA .    .        T                  .     . 
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blockSeqs                     :             .          .   .   .   .       AAA .    .        T                  .     . 
blockSeqs                     :             .          .   .   .   .       AAA .    .        T                  .     . 
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blockSeqs                     :             .          .   .   .   .       A   .    .        T                  .     . 
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blockSeqs                     :             .          .   .   .   .       A   .    .        A                  .     . 
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lowQualScore                  :             1          1   3333 00000000000     8888      5555555555555      99    44      
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gi|51288                      : CAATCGGAGCAT-CATCGGGCGT-TTT----G-----------CGGAG----AGGCCA------------TGTGATGTATTCC--GAT
gi|51289                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT----C-----------CG
gi|51290                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT----CCGTAGAAAAAACGGAA---AAGGCCG------------AGTGATG--TTCC--GATT
gi|51291                      :   ATCGGA-CAT-CACTCGGCTT-TTT----C-----------CGGAG----AGGCCG------------TGTGTTG--TTCCG-GATT
gi|51292                      :  AATCGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT----C-----------CGGAG---AA
gi|51293                      : CAATCGGAACAT-CACTCGGACT-TTT----CCGTTTTTTCTACGGAA---TAAGTCG------------AGTGAAG--TTAC--GATTa
gi|51294                      :  AATCGGA-CATACACTCG-CTT-TTTTTCGC-----------CGGAG---A-GGTCG------------TGTGATG--TTCCGGGATTGA
gi|51295                      :   ATCGGA-CAT-CACTCGGCTT-TTT----C-----------CGGAG----AGGCCG------------TGTGTTG--TTCCG-GATT
gi|51296                      :    TCGGAACAT-CACTCGGCCT-TTT----C-----------CTGAG---AAGGCCG------------AGTGATG--TTCC--AATTG
gi|51297                      :         ACAT-CATTCGGCCT-TTA----C-----------CGTAGA--AAAAACG------------AGTTATG--TTCC--TATTG