lowQualScore : 111111111 1111111
lowQualScore : 4 33 1 6666 333 8888888888 555 1 1 1 3 1 1 1 5 4 333 5555555 1 444444 22 777777777 55555 1 2 1 1 2 11 2222 2222222 1 1
lowQualScore : . .. . .... ... .......... ... . . . . . . . . . ... ....... . ...... .. ......... ..... . . . . . .. .... ....... . .
lowQualScore : 4 11 9 0000 333 3333333333 000 9 8 7 1 5 9 9 0 3 333 9999999 7 888888 33 000000000 33333 3 8 3 3 7 88 8888 1111111 6 8
consensus : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA-AACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TC--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
Reference ( gi|78539 ) : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA-AACAAA-TAT-ACCGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TC--G---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78540 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA-AACAAA-TAT-ACCACGTT---T-------ATTAT-ATA------TTAA--GT--G---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACA-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78541 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA-GGCAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-AGT------GTAT--TC--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TCAGAATGAAG-AAAA
gi|78544 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-ATAG----G---TACCC----------TAA---TTGACGT-AAA---ACA-TT-ATG-GACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--TT--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCT---GT--AAATG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78545 : AGAAAT-GCA--CTATTAAAAC-GGAG--------TACCC----------TAA---TTGATGT-AAG-CAACA-TT-ATG-GACAAA-TAT-ACGATGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TC--A---GC-ATGATATT-----TTG-CAGCATTACG-GATATTCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78546 : AGACAT-GTA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TTA---TTGATGT-AAA-TA------------------TAT-ACGGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TC--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCGTATGGA-AT-TGT-AGTTCT--C----TCCC---
gi|78542 : AGACAT-GCC--CAAGCAAAAC-GTAG----G---TATTTTATAATAAAATAA---TTGATGT-AAA-C--------ATA-GACAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-GGA------TTAT--TC--A---GC-AGAAGATT-----TTA-CACCATTACG-AAGATCCTACGGA-AT-TGT-AAGCCT--C----TTCC----TAAAAACG-TCAGAATAAAA-AGAA
gi|78547 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACTC----------TAAA--TTGATGT-AAA-CAACA-CT-ATA-AACACA-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-ATA------TTAT--TC--A---G--GATTTTTT-----TTG-CACCAATACA-AAG------------------AGCCCT--C----TCCA---GT--AAACG-TCAAAATAAAC-AA
gi|78551 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-GTAG----G---AATCT----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-GTA-AACAAC-TAT-ACGGCTCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TA--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACTATTAC
gi|78543 : AGACAT-GAT--CAAACAAAAAAGTAG----G---TACTC----------TTG---TTAGTGT-AAG-CAACA-TT-ATA-AACAAA-TAC-ACGGCGCTTTAT-------ATTAT-ACATGTCCGTTAT--TC------AT-AAAATGGT-----TTG-CACCATTAAG-AAGATCAT-TGTACATATGT-AGCTCT--C----TCCT---GA--AAATG-TCAGAATTAAA-AA
gi|78548 : AAACAT-GCA--CTAG-AAAAC-GTAG--------TACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TTAATA-AA
gi|78549 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAG----GGTATACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA-
gi|78552 : AGTCAT-GTC--CGAGCGAAAA-GTATATATG---TACTC----------TTA---TTAGTG--AAA-CAACA-GT-ATG-GACAA
gi|78550 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAAA---G---TACCT----------TAA---TTGATGTAAAA-CAACA-TTAATA-AAttaaaatattctgcaccattatgaagatcaaattgaattatagcactctcccg
gi|78553 : GGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CGACA-CT-ATA-AACAAA-TAT-ACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TC--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATACAA-AAAA
gi|78554 : GGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAAACGACA-CT-ATA-AACAAAATATTACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TC--A---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG--AGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATAACA-AAAA
gi|78555 : ACAT-GCA--CTAGCAAA-C-GTAG----G---TACCT----------TAATTGTTGATGT--AA-CAACATTT-ATA-AA
gi|78556 : ACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TAA---TCG
gi|78557 : CAT-GTATACTAGCAAAAC-GTAG----G---TATCC----------AAA---TT-----------------T-ACA-AACAAG-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TC--A---GC-GAAATACT-----TTG-------TACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAATAAAA
gi|78558 : GCAAA---GTTG----G---TACTC----------CTT---TTAGGGT-AAA-TAACA-TT-AAA-GACAAA-AAC-ACTGAGTT---T-------AT-AT-G--------TTAT--TC--A---TT-AAA-TATT-----TTG-CACCACTATA-AAGATGCTATGGA-AA-TAT-GGCTGT--C----TTAC---AA--AGACG-TCAGAATTAAA-AAAA
gi|78559 : CAAGAT-ATAA----G---TACTC----------TCA---CCGATTT-AAT-CAACA-TT-GTA-GACAAA-T----CGGCACT---C-------ATTAT-AGA------TTATCATC-------C-AAAATAGT-----TTG----CATTGCG---------------AT-TGT-AGCCCT--C----TCCCA--AC--AAAT--TCAAAATAAAA-AA
gi|78560 : C-GTAG----A---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TG-GTA-AATAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--T
gi|78561 : ---TTAGTGC-AAG-CAACA-TC-AGA-GACAAA-TAT-ATGTTGGT---T-------ATTAC-AGG------TTGT--TC--A---TA-AAAGTATT-----TTG-CATCATAACG-AAGAACCTATGGA-TT-TGT-AGACCT--C----TTAC---GG--AAACG-TTAGAATAGAA-AAAA
gi|78562 : A-CAACA-TA-A-A-GACATA-AAC-ACGGCGCT---TTAGCCTTATTAT-TGG------TTAT--TT--ATAAAA-AAAATATT-----TAG-CACCATTA----AGATCATATGGA-AT-TAC-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TC
gi|78563 : A-TT-GTG-AA--AA-CAT-ACGATGCT---T-------ATCAT-AGA------TTAT--TC-------CTAAAACAGT-----TTG-TACCATTACC-AAGATGCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TTCC---A---AAAAG-TCAGGTTAAAA-
gi|78564 : T-ATA-AACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTATGAGA------TTAT--TC--A---G---AAATATT-----TTG-CACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78565 : T-ATA-AACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTA---TC--A---GC-AAAATATT-----TTGCCACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCTTCT----TCCC---TT--AAACGTTCAGAATAAAA-AAAA
gi|78566 : -ATATAACAAT-AAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA-G---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTAAG-AAGAT-CTATGGC-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78567 : -------ATTAT-AGG------TTAT--TC--A----T-ATAACAGT-----TTG-CATCATTACA-AAGATCTTATGGA-AT-GGT-AGAACT--C----TCCT---A---AAATG-TCAGAATGAAA-GA
gi|78552 : TAT-GGA------CAAT--T----------AAAATATT-----CTG-CACCATTATG-AAGATCAAATTGA-AT-TAT-AGCACT--C----TCCC---G
gi|78568 : agtcatgtccgagcgaaaagtatatatgtactcttattagtgaaacaacag-AGG------TTAT--TCATG---AA-AAAATATTCT---TTG-TACCATTACG-AGGATCTTATGGA-AG-ATT-AGCCTT--C----TCCT---GA--AAACG-TC--AATAACA-AAGA
gi|78569 : ---GC-AAAATATT-----TTG-CACCAT-ACG-AAGGTCTTATGGA-AT-TGT-AGCCTT--C----TCCA-------AAACG-TCA-AATAAAA-AA
gi|78570 : -AAAATAATCGAAATTG-CACCATTACG-GAGATACTATGGA-GT-TAT-AGCCCT--C----TCCC---AA--AAACA-TAAAAATA
gi|78575 : T-----TTG-CACAATTACG-GAGATCCTATGAA-GT-TGT-AGCTCT--CAACATCTC---CT--AAA-----AAAATAAAA-AA
gi|78571 : T-----CTG-CACCATTACA-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----CC
gi|78574 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCTC---------CCT---AA--AAATA-TCAGA
gi|78573 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTAAGGA-GT-TGT-AACCCC--C----CCCC---
gi|78576 : TG-CACCATTATG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----TCCCAAAGT--AAA
gi|78577 : ATGGA-AT-TGT-AGCCAT--C----TCCC---GA--AAATG-TTAGAGTAAAA-CAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|78572 ): TCTGCACCCTTACCGAGATCTTATGGAGTTGTAGTCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 4 22 1 5555 333 8888888888 444 1 1 1 3 1 1 1 333 5555555 1 444444 22 888888 55555 1 2 1 1 2 11 2222 0000000 1 1
lowQualScore : . .. . .... ... .......... ... . . . . . . . ... ....... . ...... .. ...... ..... . . . . . .. .... ....... . .
lowQualScore : 2 99 8 7777 222 0000000000 888 8 7 7 0 8 8 4 222 7777777 6 666666 22 333333 22222 3 7 3 3 6 88 7777 9999999 5 7
consensus : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
Reference ( family-501 ) : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78539 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACCGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCG---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78540 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACCACGTT---T-------ATTAT-ATA------TTAA--GTG---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACA-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78541 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAGGCAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-AGT------GTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TCAGAATGAAG-AAAA
gi|78542 : AGACAT-GCC--CAAGCAAAAC-GTAG----G---TATTTTATAATAAAATAA---TTGATGT-AAA-C--------ATAGACAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-GGA------TTAT--TCA---GC-AGAAGATT-----TTA-CACCATTACG-AAGATCCTACGGA-AT-TGT-AAGCCT--C----TTCC----TAAAAACG-TCAGAATAAAA-AGAA
gi|78543 : AGACAT-GAT--CAAACAAAAAAGTAG----G---TACTC----------TTG---TTAGTGT-AAG-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAC-ACGGCGCTTTAT-------ATTAT-ACATGTCCGTTAT--TCA----T-AAAATGGT-----TTG-CACCATTAAG-AAGATCAT-TGTACATATGT-AGCTCT--C----TCCT---GA--AAATG-TCAGAATTAAA-AA
gi|78544 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-ATAG----G---TACCC----------TAA---TTGACGT-AAA---ACA-TT-ATGGACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--TTA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCT---GT--AAATG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78545 : AGAAAT-GCA--CTATTAAAAC-GGAG--------TACCC----------TAA---TTGATGT-AAG-CAACA-TT-ATGGACAAA-TAT-ACGATGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-ATGATATT-----TTG-CAGCATTACG-GATATTCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78546 : AGACAT-GTA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TTA---TTGATGT-AAA-T----------------A-TAT-ACGGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCGTATGGA-AT-TGT-AGTTCT--C----TCCC---
gi|78547 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACTC----------TAAA--TTGATGT-AAA-CAACA-CT-ATAAACACA-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-ATA------TTAT--TCA---G--GATTTTTT-----TTG-CACCAATACA-AAG------------------AGCCCT--C----TCCA---GT--AAACG-TCAAAATAAAC-AA
gi|78548 : AAACAT-GCA--CTAG-AAAAC-GTAG--------TACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TTAATAAA
gi|78549 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAG----GGTATACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA
gi|78550 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAAA---G---TACCT----------TAA---TTGATGTAAAA-CAACA-TTAATAAA
gi|78551 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-GTAG----G---AATCT----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-GTAAACAAC-TAT-ACGGCTCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TAA---GC-AAAATATT-----TTG-CACTATTAC
gi|78552 : AGTCAT-GTC--CGAGCGAAAA-GTATATATG---TACTC----------TTA---TTAGTG--AAA-CAACA-GT-ATGGACAA
gi|78552 : TAT-GGA------CAAT--T--------AAAATATT-----CTG-CACCATTATG-AAGATCAAATTGA-AT-TAT-AGCACT--C----TCCC---Gttaaaatattctgcaccattatgaagatcaaattgaattatagcactctcccg
gi|78553 : agtcatgtccgagcgaaaagtatatatgtactcttattagtgaaacaacagGGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CGACA-CT-ATAAACAAA-TAT-ACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATACAA-AAAA
gi|78554 : GGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAAACGACA-CT-ATAAACAAAATATTACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG--AGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATAACA-AAAA
gi|78555 : ACAT-GCA--CTAGCAAA-C-GTAG----G---TACCT----------TAATTGTTGATGT--AA-CAACATTT-ATAAA
gi|78556 : ACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TAA---TCG
gi|78557 : CAT-GTATACTAGCAAAAC-GTAG----G---TATCC----------AAA---TT-----------------T-ACAAACAAG-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-GAAATACT-----TTG-------TACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAATAAAA
gi|78558 : GCAAA---GTTG----G---TACTC----------CTT---TTAGGGT-AAA-TAACA-TT-AAAGACAAA-AAC-ACTGAGTT---T-------AT-AT-G--------TTAT--TCA---TT-AAA-TATT-----TTG-CACCACTATA-AAGATGCTATGGA-AA-TAT-GGCTGT--C----TTAC---AA--AGACG-TCAGAATTAAA-AAAA
gi|78559 : CAAGAT-ATAA----G---TACTC----------TCA---CCGATTT-AAT-CAACA-TT-GTAGACAAA-T----CGGCACT---C-------ATTAT-AGA------TTATCATC-----C-AAAATAGT-----TTG----CATTGCG---------------AT-TGT-AGCCCT--C----TCCCA--AC--AAAT--TCAAAATAAAA-AA
gi|78560 : C-GTAG----A---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TG-GTAAATAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--T
gi|78561 : ---TTAGTGC-AAG-CAACA-TC-AGAGACAAA-TAT-ATGTTGGT---T-------ATTAC-AGG------TTGT--TCA---TA-AAAGTATT-----TTG-CATCATAACG-AAGAACCTATGGA-TT-TGT-AGACCT--C----TTAC---GG--AAACG-TTAGAATAGAA-AAAA
gi|78562 : A-CAACA-TA-A-AGACATA-AAC-ACGGCGCT---TTAGCCTTATTAT-TGG------TTAT--TTATAAAA-AAAATATT-----TAG-CACCATTA----AGATCATATGGA-AT-TAC-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TC
gi|78563 : A-TT-GTGAA--AA-CAT-ACGATGCT---T-------ATCAT-AGA------TTAT--TC-----CTAAAACAGT-----TTG-TACCATTACC-AAGATGCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TTCC---A---AAAAG-TCAGGTTAAAA-
gi|78564 : T-ATAAACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTATGAGA------TTAT--TCA---G---AAATATT-----TTG-CACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78565 : T-ATAAACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTA---TCA---GC-AAAATATT-----TTGCCACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCTTCT----TCCC---TT--AAACGTTCAGAATAAAA-AAAA
gi|78566 : T-ATAA-CAAT-AAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCAG--GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTAAG-AAGAT-CTATGGC-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78567 : a-------ATTAT-AGG------TTAT--TCA----T-ATAACAGT-----TTG-CATCATTACA-AAGATCTTATGGA-AT-GGT-AGAACT--C----TCCT---A---AAATG-TCAGAATGAAA-GA
gi|78568 : -AGG------TTAT--TCATG-AA-AAAATATTCT---TTG-TACCATTACG-AGGATCTTATGGA-AG-ATT-AGCCTT--C----TCCT---GA--AAACG-TC--AATAACA-AAGA
gi|78569 : ---GC-AAAATATT-----TTG-CACCAT-ACG-AAGGTCTTATGGA-AT-TGT-AGCCTT--C----TCCA-------AAACG-TCA-AATAAAA-AA
gi|78570 : -AAAATAATCGAAATTG-CACCATTACG-GAGATACTATGGA-GT-TAT-AGCCCT--C----TCCC---AA--AAACA-TAAAAATA
gi|78571 : T-----CTG-CACCATTACA-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----CC
gi|78573 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTAAGGA-GT-TGT-AACCCC--C----CCCC---
gi|78574 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCTC---------CCT---AA--AAATA-TCAGA
gi|78575 : T-----TTG-CACAATTACG-GAGATCCTATGAA-GT-TGT-AGCTCT--CAACATCTC---CT--AAA-----AAAATAAAA-AA
gi|78576 : TG-CACCATTATG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----TCCCAAAGT--AAA
gi|78577 : ATGGA-AT-TGT-AGCCAT--C----TCCC---GA--AAATG-TTAGAGTAAAA-CAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78572 ): TCTGCACCCTTACCGAGATCTTATGGAGTTGTAGTCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 4 22 1 5555 333 8888888888 444 1 1 1 3 1 1 1 333 5555555 1 444444 22 888888 55555 1 2 1 1 2 11 2222 0000000 1 1
lowQualScore : . .. . .... ... .......... ... . . . . . . . ... ....... . ...... .. ...... ..... . . . . . .. .... ....... . .
lowQualScore : 2 99 8 7777 222 0000000000 888 8 7 7 0 8 8 4 222 7777777 6 666666 22 333333 22222 3 7 3 3 6 88 7777 9999999 5 7
consensus : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
Reference ( family-501 ) : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78539 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACCGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCG---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78540 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACCACGTT---T-------ATTAT-ATA------TTAA--GTG---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACA-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78541 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAGGCAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-AGT------GTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TCAGAATGAAG-AAAA
gi|78542 : AGACAT-GCC--CAAGCAAAAC-GTAG----G---TATTTTATAATAAAATAA---TTGATGT-AAA-C--------ATAGACAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-GGA------TTAT--TCA---GC-AGAAGATT-----TTA-CACCATTACG-AAGATCCTACGGA-AT-TGT-AAGCCT--C----TTCC----TAAAAACG-TCAGAATAAAA-AGAA
gi|78543 : AGACAT-GAT--CAAACAAAAAAGTAG----G---TACTC----------TTG---TTAGTGT-AAG-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAC-ACGGCGCTTTAT-------ATTAT-ACATGTCCGTTAT--TCA----T-AAAATGGT-----TTG-CACCATTAAG-AAGATCAT-TGTACATATGT-AGCTCT--C----TCCT---GA--AAATG-TCAGAATTAAA-AA
gi|78544 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-ATAG----G---TACCC----------TAA---TTGACGT-AAA---ACA-TT-ATGGACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--TTA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCT---GT--AAATG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78545 : AGAAAT-GCA--CTATTAAAAC-GGAG--------TACCC----------TAA---TTGATGT-AAG-CAACA-TT-ATGGACAAA-TAT-ACGATGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-ATGATATT-----TTG-CAGCATTACG-GATATTCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78546 : AGACAT-GTA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TTA---TTGATGT-AAA-T----------------A-TAT-ACGGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCGTATGGA-AT-TGT-AGTTCT--C----TCCC---
gi|78547 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACTC----------TAAA--TTGATGT-AAA-CAACA-CT-ATAAACACA-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-ATA------TTAT--TCA---G--GATTTTTT-----TTG-CACCAATACA-AAG------------------AGCCCT--C----TCCA---GT--AAACG-TCAAAATAAAC-AA
gi|78548 : AAACAT-GCA--CTAG-AAAAC-GTAG--------TACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TTAATAAA
gi|78549 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAG----GGTATACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA
gi|78550 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAAA---G---TACCT----------TAA---TTGATGTAAAA-CAACA-TTAATAAA
gi|78551 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-GTAG----G---AATCT----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-GTAAACAAC-TAT-ACGGCTCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TAA---GC-AAAATATT-----TTG-CACTATTAC
gi|78552 : AGTCAT-GTC--CGAGCGAAAA-GTATATATG---TACTC----------TTA---TTAGTG--AAA-CAACA-GT-ATGGACAA
gi|78552 : TAT-GGA------CAAT--T--------AAAATATT-----CTG-CACCATTATG-AAGATCAAATTGA-AT-TAT-AGCACT--C----TCCC---Gttaaaatattctgcaccattatgaagatcaaattgaattatagcactctcccg
gi|78553 : agtcatgtccgagcgaaaagtatatatgtactcttattagtgaaacaacagGGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CGACA-CT-ATAAACAAA-TAT-ACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATACAA-AAAA
gi|78554 : GGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAAACGACA-CT-ATAAACAAAATATTACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG--AGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATAACA-AAAA
gi|78555 : ACAT-GCA--CTAGCAAA-C-GTAG----G---TACCT----------TAATTGTTGATGT--AA-CAACATTT-ATAAA
gi|78556 : ACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TAA---TCG
gi|78557 : CAT-GTATACTAGCAAAAC-GTAG----G---TATCC----------AAA---TT-----------------T-ACAAACAAG-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-GAAATACT-----TTG-------TACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAATAAAA
gi|78558 : GCAAA---GTTG----G---TACTC----------CTT---TTAGGGT-AAA-TAACA-TT-AAAGACAAA-AAC-ACTGAGTT---T-------AT-AT-G--------TTAT--TCA---TT-AAA-TATT-----TTG-CACCACTATA-AAGATGCTATGGA-AA-TAT-GGCTGT--C----TTAC---AA--AGACG-TCAGAATTAAA-AAAA
gi|78559 : CAAGAT-ATAA----G---TACTC----------TCA---CCGATTT-AAT-CAACA-TT-GTAGACAAA-T----CGGCACT---C-------ATTAT-AGA------TTATCATC-----C-AAAATAGT-----TTG----CATTGCG---------------AT-TGT-AGCCCT--C----TCCCA--AC--AAAT--TCAAAATAAAA-AA
gi|78560 : C-GTAG----A---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TG-GTAAATAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--T
gi|78561 : ---TTAGTGC-AAG-CAACA-TC-AGAGACAAA-TAT-ATGTTGGT---T-------ATTAC-AGG------TTGT--TCA---TA-AAAGTATT-----TTG-CATCATAACG-AAGAACCTATGGA-TT-TGT-AGACCT--C----TTAC---GG--AAACG-TTAGAATAGAA-AAAA
gi|78562 : A-CAACA-TA-A-AGACATA-AAC-ACGGCGCT---TTAGCCTTATTAT-TGG------TTAT--TTATAAAA-AAAATATT-----TAG-CACCATTA----AGATCATATGGA-AT-TAC-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TC
gi|78563 : A-TT-GTGAA--AA-CAT-ACGATGCT---T-------ATCAT-AGA------TTAT--TC-----CTAAAACAGT-----TTG-TACCATTACC-AAGATGCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TTCC---A---AAAAG-TCAGGTTAAAA-
gi|78564 : T-ATAAACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTATGAGA------TTAT--TCA---G---AAATATT-----TTG-CACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78565 : T-ATAAACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTA---TCA---GC-AAAATATT-----TTGCCACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCTTCT----TCCC---TT--AAACGTTCAGAATAAAA-AAAA
gi|78566 : T-ATAA-CAAT-AAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCAG--GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTAAG-AAGAT-CTATGGC-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78567 : a-------ATTAT-AGG------TTAT--TCA----T-ATAACAGT-----TTG-CATCATTACA-AAGATCTTATGGA-AT-GGT-AGAACT--C----TCCT---A---AAATG-TCAGAATGAAA-GA
gi|78568 : -AGG------TTAT--TCATG-AA-AAAATATTCT---TTG-TACCATTACG-AGGATCTTATGGA-AG-ATT-AGCCTT--C----TCCT---GA--AAACG-TC--AATAACA-AAGA
gi|78569 : ---GC-AAAATATT-----TTG-CACCAT-ACG-AAGGTCTTATGGA-AT-TGT-AGCCTT--C----TCCA-------AAACG-TCA-AATAAAA-AA
gi|78570 : -AAAATAATCGAAATTG-CACCATTACG-GAGATACTATGGA-GT-TAT-AGCCCT--C----TCCC---AA--AAACA-TAAAAATA
gi|78571 : T-----CTG-CACCATTACA-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----CC
gi|78573 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTAAGGA-GT-TGT-AACCCC--C----CCCC---
gi|78574 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCTC---------CCT---AA--AAATA-TCAGA
gi|78575 : T-----TTG-CACAATTACG-GAGATCCTATGAA-GT-TGT-AGCTCT--CAACATCTC---CT--AAA-----AAAATAAAA-AA
gi|78576 : TG-CACCATTATG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----TCCCAAAGT--AAA
gi|78577 : ATGGA-AT-TGT-AGCCAT--C----TCCC---GA--AAATG-TTAGAGTAAAA-CAAA
blockSeqs : T TA A ATAT GTA TATAATAAAA TTG A A T A A T C TTA TAGCCTT G TGTCCG CA TAAAA CGAAA C A C A A TC AACA AAAGT T T
blockSeqs : T . . A . . A . . . A . . G . . . . . TGAA CT . A . . A . . TAA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GGC . . . . . . . . AAC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . GC . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . GC . . . . . . . . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TT . . . . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TA . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . CT . . . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . GC . . . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . G . . . . . . . . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . CT . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
finalCons : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78572 ): TCTGCACCCTTACCGAGATCTTATGGAGTTGTAGTCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 4 22 1 5555 333 8888888888 444 1 1 1 3 1 1 1 333 5555555 1 444444 22 888888 55555 1 2 1 1 2 11 2222 0000000 1 1
lowQualScore : . .. . .... ... .......... ... . . . . . . . ... ....... . ...... .. ...... ..... . . . . . .. .... ....... . .
lowQualScore : 2 99 8 7777 222 0000000000 888 8 7 7 0 8 8 4 222 7777777 6 666666 22 333333 22222 3 7 3 3 6 88 7777 9999999 5 7
consensus : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
Reference ( family-501 ) : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78539 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACCGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCG---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78540 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAT-ACCACGTT---T-------ATTAT-ATA------TTAA--GTG---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACA-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78541 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCC----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATAGGCAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-AGT------GTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TCAGAATGAAG-AAAA
gi|78542 : AGACAT-GCC--CAAGCAAAAC-GTAG----G---TATTTTATAATAAAATAA---TTGATGT-AAA-C--------ATAGACAAA-TAT-ACGGTGCT---T-------ATTAT-GGA------TTAT--TCA---GC-AGAAGATT-----TTA-CACCATTACG-AAGATCCTACGGA-AT-TGT-AAGCCT--C----TTCC----TAAAAACG-TCAGAATAAAA-AGAA
gi|78543 : AGACAT-GAT--CAAACAAAAAAGTAG----G---TACTC----------TTG---TTAGTGT-AAG-CAACA-TT-ATAAACAAA-TAC-ACGGCGCTTTAT-------ATTAT-ACATGTCCGTTAT--TCA----T-AAAATGGT-----TTG-CACCATTAAG-AAGATCAT-TGTACATATGT-AGCTCT--C----TCCT---GA--AAATG-TCAGAATTAAA-AA
gi|78544 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-ATAG----G---TACCC----------TAA---TTGACGT-AAA---ACA-TT-ATGGACAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--TTA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCT---GT--AAATG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78545 : AGAAAT-GCA--CTATTAAAAC-GGAG--------TACCC----------TAA---TTGATGT-AAG-CAACA-TT-ATGGACAAA-TAT-ACGATGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-ATGATATT-----TTG-CAGCATTACG-GATATTCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78546 : AGACAT-GTA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TTA---TTGATGT-AAA-T----------------A-TAT-ACGGCGTT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCGTATGGA-AT-TGT-AGTTCT--C----TCCC---
gi|78547 : AGACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACTC----------TAAA--TTGATGT-AAA-CAACA-CT-ATAAACACA-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-ATA------TTAT--TCA---G--GATTTTTT-----TTG-CACCAATACA-AAG------------------AGCCCT--C----TCCA---GT--AAACG-TCAAAATAAAC-AA
gi|78548 : AAACAT-GCA--CTAG-AAAAC-GTAG--------TACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TTAATAAA
gi|78549 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAG----GGTATACCT----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-ATA
gi|78550 : AAACATTGCA--CTAG-AAAAC-GTAAA---G---TACCT----------TAA---TTGATGTAAAA-CAACA-TTAATAAA
gi|78551 : AGACAT-GCA--CAAGCAAAAC-GTAG----G---AATCT----------TTA---TTGATGT-AAA-CAACA-TT-GTAAACAAC-TAT-ACGGCTCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TAA---GC-AAAATATT-----TTG-CACTATTAC
gi|78552 : AGTCAT-GTC--CGAGCGAAAA-GTATATATG---TACTC----------TTA---TTAGTG--AAA-CAACA-GT-ATGGACAA
gi|78552 : TAT-GGA------CAAT--T--------AAAATATT-----CTG-CACCATTATG-AAGATCAAATTGA-AT-TAT-AGCACT--C----TCCC---Gttaaaatattctgcaccattatgaagatcaaattgaattatagcactctcccg
gi|78553 : agtcatgtccgagcgaaaagtatatatgtactcttattagtgaaacaacagGGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CGACA-CT-ATAAACAAA-TAT-ACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG-AAGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATACAA-AAAA
gi|78554 : GGCAT-GAG--CTAGCAAAAC-GTAG----G----ACCC----------TAA---TTGATGT-AAAACGACA-CT-ATAAACAAAATATTACCGCGCT---T-------ACTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTACG--AGATCCTATGG---T-TGT-AGCCCT--C----TCTC---GT--AAACG-TCACAATAACA-AAAA
gi|78555 : ACAT-GCA--CTAGCAAA-C-GTAG----G---TACCT----------TAATTGTTGATGT--AA-CAACATTT-ATAAA
gi|78556 : ACAT-GCA--CTAGCAAAAC-GTAG----G---TACCT----------TAA---TCG
gi|78557 : CAT-GTATACTAGCAAAAC-GTAG----G---TATCC----------AAA---TT-----------------T-ACAAACAAG-TAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCA---GC-GAAATACT-----TTG-------TACG-AAGATCCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---GT--AAACG-TCAGAATAAAATAAAA
gi|78558 : GCAAA---GTTG----G---TACTC----------CTT---TTAGGGT-AAA-TAACA-TT-AAAGACAAA-AAC-ACTGAGTT---T-------AT-AT-G--------TTAT--TCA---TT-AAA-TATT-----TTG-CACCACTATA-AAGATGCTATGGA-AA-TAT-GGCTGT--C----TTAC---AA--AGACG-TCAGAATTAAA-AAAA
gi|78559 : CAAGAT-ATAA----G---TACTC----------TCA---CCGATTT-AAT-CAACA-TT-GTAGACAAA-T----CGGCACT---C-------ATTAT-AGA------TTATCATC-----C-AAAATAGT-----TTG----CATTGCG---------------AT-TGT-AGCCCT--C----TCCCA--AC--AAAT--TCAAAATAAAA-AA
gi|78560 : C-GTAG----A---TACCC----------TAA---TTGATGT-AAA-CAACA-TG-GTAAATAAA-TAT-ACGGCGCT---T-------ATCAT-AGT------TTAT--T
gi|78561 : ---TTAGTGC-AAG-CAACA-TC-AGAGACAAA-TAT-ATGTTGGT---T-------ATTAC-AGG------TTGT--TCA---TA-AAAGTATT-----TTG-CATCATAACG-AAGAACCTATGGA-TT-TGT-AGACCT--C----TTAC---GG--AAACG-TTAGAATAGAA-AAAA
gi|78562 : A-CAACA-TA-A-AGACATA-AAC-ACGGCGCT---TTAGCCTTATTAT-TGG------TTAT--TTATAAAA-AAAATATT-----TAG-CACCATTA----AGATCATATGGA-AT-TAC-AGCCCT--C----TCCC---GA--AAACG-TC
gi|78563 : A-TT-GTGAA--AA-CAT-ACGATGCT---T-------ATCAT-AGA------TTAT--TC-----CTAAAACAGT-----TTG-TACCATTACC-AAGATGCTATGGA-AT-TGT-AGCCCT--C----TTCC---A---AAAAG-TCAGGTTAAAA-
gi|78564 : T-ATAAACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTATGAGA------TTAT--TCA---G---AAATATT-----TTG-CACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78565 : T-ATAAACAAA-TA---CCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTA---TCA---GC-AAAATATT-----TTGCCACCATTAAGAAAGAT-CTATGGC-AT-TGTAAGCCCTTCT----TCCC---TT--AAACGTTCAGAATAAAA-AAAA
gi|78566 : T-ATAA-CAAT-AAT-ACCGCGCT---T-------ATTAT-AGA------TTAT--TCAG--GC-AAAATATT-----TTG-CACCATTAAG-AAGAT-CTATGGC-AT-TGT-AGCCCT--C----TCCC---TT--AAACG-TCAGAATAAAA-AAAA
gi|78567 : a-------ATTAT-AGG------TTAT--TCA----T-ATAACAGT-----TTG-CATCATTACA-AAGATCTTATGGA-AT-GGT-AGAACT--C----TCCT---A---AAATG-TCAGAATGAAA-GA
gi|78568 : -AGG------TTAT--TCATG-AA-AAAATATTCT---TTG-TACCATTACG-AGGATCTTATGGA-AG-ATT-AGCCTT--C----TCCT---GA--AAACG-TC--AATAACA-AAGA
gi|78569 : ---GC-AAAATATT-----TTG-CACCAT-ACG-AAGGTCTTATGGA-AT-TGT-AGCCTT--C----TCCA-------AAACG-TCA-AATAAAA-AA
gi|78570 : -AAAATAATCGAAATTG-CACCATTACG-GAGATACTATGGA-GT-TAT-AGCCCT--C----TCCC---AA--AAACA-TAAAAATA
gi|78571 : T-----CTG-CACCATTACA-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----CC
gi|78573 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTAAGGA-GT-TGT-AACCCC--C----CCCC---
gi|78574 : T-----CTG-CACCATTACG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCTC---------CCT---AA--AAATA-TCAGA
gi|78575 : T-----TTG-CACAATTACG-GAGATCCTATGAA-GT-TGT-AGCTCT--CAACATCTC---CT--AAA-----AAAATAAAA-AA
gi|78576 : TG-CACCATTATG-GAGATCCTATGGA-GT-TGT-AGCCCT--C----TCCCAAAGT--AAA
gi|78577 : ATGGA-AT-TGT-AGCCAT--C----TCCC---GA--AAATG-TTAGAGTAAAA-CAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78572 ): TCTGCACCCTTACCGAGATCTTATGGAGTTGTAGTCCCCCCCC