lowQualScore                  :        1 11 11  1 444 11 1 1 8888  1 333333 11  1   1 1 2 2 2   7777777 1 111    222    11  1 1  1   1 11  2  1 22   3   
lowQualScore                  :        . .. ..  . ... .. . . ....  . ...... ..  .   . . . . .   ....... . ...    ...    ..  . .  .   . ..  .  . ..   .   
lowQualScore                  :        2 66 66  1 222 55 1 1 9999  1 111111 55  1   1 1 2 2 2   6666666 1 999    111    55  1 1  1   1 55  2  1 66   2   
consensus                     :  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
Reference ( gi|69735 )        :  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GC---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69713                      :  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------G--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69714                      : gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A--AC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AGTG--TAA-AAA
gi|69736                      : gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CACT--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69715                      :  GACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-C-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69716                      : gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69717                      : gGACGGA-C--G--GA-CC--G--G-A-GT---GA-C------C--CGCACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69718                      : gGACGGA-C--A--GA-C---G--G-A-TT---GA-C------C--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69719                      : gGACAGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--AAA-CAA
gi|69722                      : gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA--------C--CG-ACT-C-C-T-A-GACG------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69723                      : gGATAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--GAA-CAA
gi|69724                      : gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CA-ACT-C-C-T-G-GAC-------C-T---GCTT-C-CACC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-CAA
gi|69725                      : gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CA-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCG--GT-T-GG-CAA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69727                      : gGACGGA-C--A--GA-C---GACG-A-GT---GA-C------C--TG-ATT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AA-G--TAA-AAA
gi|69737                      : gGACGGA-C--G--GA-----G--G-A-AT---GA-C------C--TG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CG-C--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-
gi|69728                      :  GACGGA-C--GCGGA-----G--G-A-GT---GA-C------C--CG-AAT-C-A-T---GAC-------C-T---GATT-T-CGCC--GT-T-G----A-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69732                      : gGACGGA-C--A--GAAC---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-
gi|69733                      : gGACAGA-C--G--GC-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GA--------G-T---GCTT-C-CGCT--G--T-GG--GA----GC-AA-GACTAA-AAA
gi|69721                      : gGACGAA-C--A--GA-CAACG--G-A-G-----G-C------C--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTC-----CC--GT-T-G--CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69726                      : gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C---A-ACT-C---T-A-GAA-------C-T---GCTC---CGCCCGGT-T-GG--AA-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69734                      : gGACGGA-A--C--GA-C---G--GGA-GT---GA-C------C--CG-ACTGCAC-T-A-GAC-------CTT---GCTT-T---CC--GT-T-GGACAC-C--GC-AG-GT-TAA-AAA
gi|69720                      :  gACAGA-C--G--AA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69738                      : gaACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GACC------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GC-T-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69739                      :   ATGGATC--G--GA-C---G--G----T---GA-T------C--CG-ATT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-AAA
gi|69740                      :    CGGA-CTTG--GA-CC--G--G-A-GT---GA-C------C--TG-ACT-C---T-A-GACTAAGCTGC-TTTCGCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69741                      :    CAGA-C--G--AG-A---G--G-A-GT----A-C------C--CG-ATA-C-C-T-ACGAC-------T-T---GCTT-TTCGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69730                      :    CAGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GACGCG----T-G---GCTT-T-CGCC--GTGTAGG-TGA-CGGGCAAG-G--TAG-AAA
gi|69742                      :  ggtGGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-C------C--AG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69743                      :     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-T------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GA-T-G-GGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69729                      :     GGA-C--G--GA-C---G--G-A--C---GA-CGGAGTAC--CG-ACT-C-CCT-A-GAC-------C-T---GCTT-C---CC--GT-T-TG-CGACC--GCAAG-G--TAA-AA
gi|69744                      :     GGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-A--------------------------------T-C-CC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69745                      :      GA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-CTT-A-GA--------C-T---GCTT-C-CGCC--AT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69746                      :      GA-C--G--GA-C---G--G-AAGT---GA-C------C---G-ACT-C-C-T-AGGACG------T-T---GCTTGT-CGCC--GT-T--G-CGA-C--GC-AG-G--TAA-GAA
gi|69747                      :          --G--GA-T---G--G-A-GT---GA-C------C--CG-ACT-C-T-T-C-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-CAA
gi|69748                      :          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-TG-C--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69749                      :          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-C------C--CG-A-T-C-C-A-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G---AA-AAA
gi|69731                      :                 -C---G--G-A-GTAATGA-C------CACCG-ACT-C-C-T-A-TAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GA-CGA-C--GC-A--G--TAA-AAA
gi|69750                      :                  ggacagaaatagcgaatA-C------C--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69751                      :                                                                                TT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                        1 11 11  1 444 11 1 1  111  1  11  1   1 1 2 2 2   7777777 1 111    1 1    11  1 1  1   1 11  2  1 22   3   
lowQualScore                  :                        . .. ..  . ... .. . .  ...  .  ..  .   . . . . .   ....... . ...    . .    ..  . .  .   . ..  .  . ..   .   
lowQualScore                  :                        2 55 55  1 111 55 1 1  999  1  44  1   1 1 1 1 1   4444444 1 888    0 1    44  1 1  1   1 44  1  1 55   2   
consensus                     :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
Reference ( family-499 )      :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69713                      :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CG--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69714                      :                 gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A--AC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AGTG--TAA-AAA
gi|69715                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-C-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69716                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69717                      :                 gGACGGA-C--G--GA-CC--G--G-A-GT---GA-CC--CGCACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69718                      :                 gGACGGA-C--A--GA-C---G--G-A-TT---GA-CC--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69719                      :                 gGACAGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--AAA-CAA
gi|69720                      :                  gACAGA-C--G--AA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69721                      :                gaGACGAA-C--A--GA-CAACG--G-A-G-----G-CC--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTC-----CC--GT-T-G--CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69722                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA--C--CG-ACT-C-C-T-A-GACG------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69723                      :                 gGATAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--GAA-CAA
gi|69724                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CA-ACT-C-C-T-G-GAC-------C-T---GCTT-C-CACC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-CAA
gi|69725                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CA-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCG--GT-T-GG-CAA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69726                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA--C--CA-ACT---C-T-A-GAA-------C-T---GC-T-C-CGCCCGGT-T-GG--AA-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69727                      :                 gGACGGA-C--A--GA-C---GACG-A-GT---GA-CC--TG-ATT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AA-G--TAA-AAA
gi|69728                      :                 gGACGGA-C--GCGGA-----G--G-A-GT---GA-CC--CG-AAT-C-A-T---GAC-------C-T---GATT-T-CGCC--GT-T-G----A-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69729                      :                 gGACGGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---A---C--CG-ACT-C-CCT-A-GAC-------C-T---GCTT-C---CC--GT-T-TG-CGACC--GCAAG-G--TAA-AA
gi|69730                      :               ggacgCAGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GACGCG----T-G---GCTT-T-CGCC--GTGTAGG-TGA-CGGGCAAG-G--TAG-AAA
gi|69731                      :                              ggt-C---G--G-A-GTAATGA-CCACCG-ACT-C-C-T-A-TAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GA-CGA-C--GC-A--G--TAA-AAA
gi|69732                      : ggacagaaatagcgaatGACGGA-C--A--GAAC---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-
gi|69733                      :                 gGACAGA-C--G--GC-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GA--------G-T---GCTT-C-CGCT--G--T-GG--GA----GC-AA-GACTAA-AAA
gi|69734                      :                 gGACGGA-A--C--GA-C---G--GGA-GT---GA-CC--CG-ACTGCAC-T-A-GAC-------CTT---GCTT-T---CC--GT-T-GGACAC-C--GC-AG-GT-TAA-AAA
gi|69735                      :                 gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GC---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69736                      :                  GACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CACT--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69737                      :                  GACGGA-C--G--GA-----G--G-A-AT---GA-CC--TG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CG-C--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-
gi|69738                      :                   ACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GACCC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GC-T-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69739                      :                   ATGGATC--G--GA-C---G--G----T---GA-TC--CG-ATT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-AAA
gi|69740                      :                    CGGA-CTTG--GA-CC--G--G-A-GT---GA-CC--TG-ACT-C---T-A-GACTAAGCTGC-TTTCGCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69741                      :                    CAGA-C--G--AG-A---G--G-A-GT----A-CC--CG-ATA-C-C-T-ACGAC-------T-T---GCTT-TTCGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69742                      :                     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--AG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69743                      :                     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-TC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GA-T-G-GGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69744                      :                     GGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-A--------------------------------T-C-CC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69745                      :                      GA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-CTT-A-GA--------C-T---GCTT-C-CGCC--AT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69746                      :                      GA-C--G--GA-C---G--G-AAGT---GA-CC---G-ACT-C-C-T-AGGACG------T-T---GCTTGT-CGCC--GT-T--G-CGA-C--GC-AG-G--TAA-GAA
gi|69747                      :                          --G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-T-T-C-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-CAA
gi|69748                      :                          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-TG-C--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69749                      :                          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-CC--CG-A-T-C-C-A-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G---AA-AAA
gi|69750                      :                                                   A-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69751                      :                                                                                          TT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                        1 11 11  1 444 11 1 1  111  1  11  1   1 1 2 2 2   7777777 1 111    1 1    11  1 1  1   1 11  2  1 22   3   
lowQualScore                  :                        . .. ..  . ... .. . .  ...  .  ..  .   . . . . .   ....... . ...    . .    ..  . .  .   . ..  .  . ..   .   
lowQualScore                  :                        2 55 55  1 111 55 1 1  999  1  44  1   1 1 1 1 1   4444444 1 888    0 1    44  1 1  1   1 44  1  1 55   2   
consensus                     :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
Reference ( family-499 )      :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69713                      :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CG--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69714                      :                 gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A--AC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AGTG--TAA-AAA
gi|69715                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-C-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69716                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69717                      :                 gGACGGA-C--G--GA-CC--G--G-A-GT---GA-CC--CGCACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69718                      :                 gGACGGA-C--A--GA-C---G--G-A-TT---GA-CC--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69719                      :                 gGACAGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--AAA-CAA
gi|69720                      :                  gACAGA-C--G--AA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69721                      :                gaGACGAA-C--A--GA-CAACG--G-A-G-----G-CC--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTC-----CC--GT-T-G--CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69722                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA--C--CG-ACT-C-C-T-A-GACG------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69723                      :                 gGATAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--GAA-CAA
gi|69724                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CA-ACT-C-C-T-G-GAC-------C-T---GCTT-C-CACC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-CAA
gi|69725                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CA-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCG--GT-T-GG-CAA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69726                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA--C--CA-ACT---C-T-A-GAA-------C-T---GC-T-C-CGCCCGGT-T-GG--AA-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69727                      :                 gGACGGA-C--A--GA-C---GACG-A-GT---GA-CC--TG-ATT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AA-G--TAA-AAA
gi|69728                      :                 gGACGGA-C--GCGGA-----G--G-A-GT---GA-CC--CG-AAT-C-A-T---GAC-------C-T---GATT-T-CGCC--GT-T-G----A-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69729                      :                 gGACGGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---A---C--CG-ACT-C-CCT-A-GAC-------C-T---GCTT-C---CC--GT-T-TG-CGACC--GCAAG-G--TAA-AA
gi|69730                      :               ggacgCAGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GACGCG----T-G---GCTT-T-CGCC--GTGTAGG-TGA-CGGGCAAG-G--TAG-AAA
gi|69731                      :                              ggt-C---G--G-A-GTAATGA-CCACCG-ACT-C-C-T-A-TAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GA-CGA-C--GC-A--G--TAA-AAA
gi|69732                      : ggacagaaatagcgaatGACGGA-C--A--GAAC---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-
gi|69733                      :                 gGACAGA-C--G--GC-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GA--------G-T---GCTT-C-CGCT--G--T-GG--GA----GC-AA-GACTAA-AAA
gi|69734                      :                 gGACGGA-A--C--GA-C---G--GGA-GT---GA-CC--CG-ACTGCAC-T-A-GAC-------CTT---GCTT-T---CC--GT-T-GGACAC-C--GC-AG-GT-TAA-AAA
gi|69735                      :                 gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GC---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69736                      :                  GACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CACT--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69737                      :                  GACGGA-C--G--GA-----G--G-A-AT---GA-CC--TG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CG-C--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-
gi|69738                      :                   ACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GACCC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GC-T-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69739                      :                   ATGGATC--G--GA-C---G--G----T---GA-TC--CG-ATT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-AAA
gi|69740                      :                    CGGA-CTTG--GA-CC--G--G-A-GT---GA-CC--TG-ACT-C---T-A-GACTAAGCTGC-TTTCGCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69741                      :                    CAGA-C--G--AG-A---G--G-A-GT----A-CC--CG-ATA-C-C-T-ACGAC-------T-T---GCTT-TTCGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69742                      :                     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--AG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69743                      :                     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-TC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GA-T-G-GGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69744                      :                     GGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-A--------------------------------T-C-CC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69745                      :                      GA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-CTT-A-GA--------C-T---GCTT-C-CGCC--AT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69746                      :                      GA-C--G--GA-C---G--G-AAGT---GA-CC---G-ACT-C-C-T-AGGACG------T-T---GCTTGT-CGCC--GT-T--G-CGA-C--GC-AG-G--TAA-GAA
gi|69747                      :                          --G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-T-T-C-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-CAA
gi|69748                      :                          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-TG-C--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69749                      :                          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-CC--CG-A-T-C-C-A-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G---AA-AAA
gi|69750                      :                                                   A-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69751                      :                                                                                          TT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA


blockSeqs                     :                        T TT CG  A AAC AC G A  AAT  C  AC  C   G A C T C   TAAGCTG T TTC    G T    CG  G A  A   C GG  A  T AC   T
blockSeqs                     :                        . .  .   . C   .  . .  .    .  .   .   . . T T G   GCG     . .      . .    .   . .  .   . .   A  . T    T
blockSeqs                     :                        . .  .   . C   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   G       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    T
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   G       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                        . .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                          .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                          .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                          .  .   . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                                 . .   .  . .  .    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                                                    .  .   .   . . . . .   .       . .      . .    .   . .  .   . .   .  . .    .
blockSeqs                     :                                                                                            .                                    


blockSeqCons                  :                  
originalCons                  :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
finalCons                     :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                        1 11 11  1 444 11 1 1  111  1  11  1   1 1 2 2 2   7777777 1 111    1 1    11  1 1  1   1 11  2  1 22   3   
lowQualScore                  :                        . .. ..  . ... .. . .  ...  .  ..  .   . . . . .   ....... . ...    . .    ..  . .  .   . ..  .  . ..   .   
lowQualScore                  :                        2 55 55  1 111 55 1 1  999  1  44  1   1 1 1 1 1   4444444 1 888    0 1    44  1 1  1   1 44  1  1 55   2   
consensus                     :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
Reference ( family-499 )      :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69713                      :                  GACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CG--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69714                      :                 gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A--AC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AGTG--TAA-AAA
gi|69715                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-C-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69716                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69717                      :                 gGACGGA-C--G--GA-CC--G--G-A-GT---GA-CC--CGCACT-C-C-TTA-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69718                      :                 gGACGGA-C--A--GA-C---G--G-A-TT---GA-CC--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69719                      :                 gGACAGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--AAA-CAA
gi|69720                      :                  gACAGA-C--G--AA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69721                      :                gaGACGAA-C--A--GA-CAACG--G-A-G-----G-CC--CG-AC--C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTC-----CC--GT-T-G--CGA-C--GC-AG-G--TAA-
gi|69722                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA--C--CG-ACT-C-C-T-A-GACG------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69723                      :                 gGATAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--GAA-CAA
gi|69724                      :                 gGACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CA-ACT-C-C-T-G-GAC-------C-T---GCTT-C-CACC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-CAA
gi|69725                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CA-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCG--GT-T-GG-CAA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69726                      :                 gGACAGA-C--A--GA-C---G--G-A-GT---GA--C--CA-ACT---C-T-A-GAA-------C-T---GC-T-C-CGCCCGGT-T-GG--AA-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69727                      :                 gGACGGA-C--A--GA-C---GACG-A-GT---GA-CC--TG-ATT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AA-G--TAA-AAA
gi|69728                      :                 gGACGGA-C--GCGGA-----G--G-A-GT---GA-CC--CG-AAT-C-A-T---GAC-------C-T---GATT-T-CGCC--GT-T-G----A-C--GC-AG-G--TAA-AA
gi|69729                      :                 gGACGGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---A---C--CG-ACT-C-CCT-A-GAC-------C-T---GCTT-C---CC--GT-T-TG-CGACC--GCAAG-G--TAA-AA
gi|69730                      :               ggacgCAGA-C--G---A-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GACGCG----T-G---GCTT-T-CGCC--GTGTAGG-TGA-CGGGCAAG-G--TAG-AAA
gi|69731                      :                              ggt-C---G--G-A-GTAATGA-CCACCG-ACT-C-C-T-A-TAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GA-CGA-C--GC-A--G--TAA-AAA
gi|69732                      : ggacagaaatagcgaatGACGGA-C--A--GAAC---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-
gi|69733                      :                 gGACAGA-C--G--GC-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GA--------G-T---GCTT-C-CGCT--G--T-GG--GA----GC-AA-GACTAA-AAA
gi|69734                      :                 gGACGGA-A--C--GA-C---G--GGA-GT---GA-CC--CG-ACTGCAC-T-A-GAC-------CTT---GCTT-T---CC--GT-T-GGACAC-C--GC-AG-GT-TAA-AAA
gi|69735                      :                 gGACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GC---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69736                      :                  GACAGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CACT--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69737                      :                  GACGGA-C--G--GA-----G--G-A-AT---GA-CC--TG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CG-C--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-
gi|69738                      :                   ACGGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GACCC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GC-T-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69739                      :                   ATGGATC--G--GA-C---G--G----T---GA-TC--CG-ATT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-AAA
gi|69740                      :                    CGGA-CTTG--GA-CC--G--G-A-GT---GA-CC--TG-ACT-C---T-A-GACTAAGCTGC-TTTCGCTT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-T--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69741                      :                    CAGA-C--G--AG-A---G--G-A-GT----A-CC--CG-ATA-C-C-T-ACGAC-------T-T---GCTT-TTCGCC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69742                      :                     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--AG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69743                      :                     GGA-C--G--GA-T---G--G-A-GT---GA-TC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GA-T-G-GGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAATAAA
gi|69744                      :                     GGA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-A--------------------------------T-C-CC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69745                      :                      GA-C--G--GA-C---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-CTT-A-GA--------C-T---GCTT-C-CGCC--AT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69746                      :                      GA-C--G--GA-C---G--G-AAGT---GA-CC---G-ACT-C-C-T-AGGACG------T-T---GCTTGT-CGCC--GT-T--G-CGA-C--GC-AG-G--TAA-GAA
gi|69747                      :                          --G--GA-T---G--G-A-GT---GA-CC--CG-ACT-C-T-T-C-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-CGA-C--AC-AG-G--TAA-CAA
gi|69748                      :                          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-CC--CG-ACT-C-C-T-A-AAC-------C-T---GCTT-C-TG-C--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69749                      :                          --G--GA-C---G--G-A-CA---GA-CC--CG-A-T-C-C-A-A-GAC-------C-T---GCTT-C-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G---AA-AAA
gi|69750                      :                                                   A-CC--CG-ACT-C-C-T-A-GAC-------C-T---GCTT-T-CACC--GT-T-GG-TGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA
gi|69751                      :                                                                                          TT-T-CGCC--GT-T-GG-CGA-C--GC-AG-G--TAA-AAA