lowQualScore                  :                                                                              2222                                                            
lowQualScore                  :       3 33 1 1 1  6666    44 2 44   33333 22 1 1 777777  22 22 22  2 33 22   7777    1 1  3 1 333333 1 222 22 1   3 1 1 1 3 3 2 1 2  1 1     
lowQualScore                  :       . .. . . .  ....    .. . ..   ..... .. . . ......  .. .. ..  . .. ..   ....    . .  . . ...... . ... .. .   . . . . . . . . .  . .     
lowQualScore                  :       2 66 1 1 1  8888    66 1 66   77777 55 1 1 999999  55 55 55  1 66 55   8888    1 1  2 1 000000 1 999 55 1   2 1 1 1 4 4 4 2 4  2 2     
consensus                     : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
Reference ( gi|84023 )        : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84024                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-C--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-C-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84026                      : GAAGTT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-A-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84027                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTTT-A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T--------A-T---T--A-GCC-T-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84025                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTG--A-GA-TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84028                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA--AA-C-A-TA-T-A------A-T---TC-A-G-C-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84030                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-GC-TGA-----T--T-T-T----A-GGA-A--G--TA-C--A--ATT---CAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84032                      : GAAGCT-C--C-C-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TCTA--A--ATCT--TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84033                      : GAAGCT-C--C-C-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-TG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACA-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-
gi|84034                      : GAAGCT-C--C-T-GTAA----TTTT--A-GG-TGA-----T--T-T-T----A-GG--AA-G--TA-A--A--ATTTA---ATC-A-TA-T-A------A-T---T--A-G-C-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84031                      : GAAGCT-C--C-T-G-AAT---TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATT---CAACC-A-TA-TAA------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A---G-TGAA-AGTTA
gi|84039                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TGAG----T--T-T-T----A-GG--A--A--TA-A--A--ATTCT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A--CC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-
gi|84035                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TTG-----T--T-T-T------GG--A--GT-TA-A--A--ATT---TAACC-A-TATT-A------A-T---T--A-GCC-C-TCC-G-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
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gi|84045                      : GAAGCT-C--C-C-G-AT----TATC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--G--ATTTT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-CTT-C-AGT-A-G-GCTG-A-AGTTA
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gi|84037                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--AAG--TGA-----T--T-T-TT---A-GG--A--G--TA-A--A--ATTCA---ACC-A--A-T-A------A-T---T--A-GCC-T-C-T-A-T-A-G-G-TG-A-AATTA
gi|84047                      : GAAGCT-C--C---G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-TTTTTG-GA--A--G--TA-A--A--ATTTA--AACC-A-TA-T--------------T--A-GCC-C-T-T-A-A-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84042                      : GAAGC--C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--CA-A--A--ATT---TAACC-A-TAGT-A------A-T---T--A-ACC-C---C-A---A-G-G-TG---AGTTA
gi|84040                      : GAAGTT-C--C-C-A-GA----TTC---A-G--TGG-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--ATTTA--AACC-A-TA-T-A------A-TA--T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84041                      : GAAGCT-C--C-TTG-AA----TATT--C-G--TGA-----T--T-T-T----TTGG--A--G--TA-A--A--ACCTT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-ACC-C-T-C-A-T-A---G-TG-A-
gi|84049                      : GAAGCTTC--C-T-G-AA----TTTT--A-T--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--TA-AC-G--ATTTA-C-ACC-A-TT-A-A------A-T---T--A-GCC-C-T-A-ATT-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84048                      : GAAGCTTC--C-T-G-AA----TTTT--A-T--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--TA-AC-G--ATTTA-C-ACC-A-TT-A-A------A-T---T--A-GCC-C-T-A-ATT-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84050                      : GGAGCT-CA-C-C-G-AG----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--AATT--TAACC-ACTA-T-A------ATT---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-
gi|84029                      : GAAG-T-C--C-T-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-TCT----A-GG--A--G--TA-A--AAGATTTA--AACCGA-TA-T-A------T-T---C--G-TTC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-tcagaagct
gi|84051                      : GAAGCTTC--C-T-G-AAATATTTCTCAA-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TATA--A--ATTC--TAA-C-A-TA-T--------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-TCA-G-G-TG-ACAGTTA
gi|84046                      : GAAGTT-C--A-G-G-AA----TTTT--T-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--CA-A--A--ATT---TAACC-T-TA-T-A------A-T---T--A-GCT-T-T-C-A-T-
gi|84044                      : GAAGTT-C--C-C-G-AA----TTC---A-G--TGT-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--ATTTA---ACC-A-TATT-A------A-T---T----GCC-C-T-C-A-T-ATGTG-TG-A-AGTTA
gi|84052                      : GAAACT-C--CCT-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----TTGT-T-C----A-GG--A--G--TA-T--A--ATT---TAACC-A-T--T-A------A-----T--A-GCT-C-T-
gi|84053                      :  AAGCT-C--C-T-G-AA----TTGT--A-G--TG---------T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-CG-A-AGTTA
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gi|84055                      :   AGCT-C--C-T-G-AAAT--TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----AAGG--A--G--TA-AGGA--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------C-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGT
gi|84056                      :   AGCT-CAAC-T-G-AA----TTTTC-A-G--TGA-----TA-T-T-T----T-GG--A--G--TT-A--A--ATTTA---AC--A-TA-T-A------A-T---C--A-GCC-C-T-C-A---A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84057                      :    GCT-C--C-T-G-AAA---TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-AGC-C-T-
gi|84058                      :    GCT-CA-C-T-G-AA----TTTT--A-GCCTGA-----T--T-A-C----G-CG--A--G--TA-A--A--AATT--TAACC-A-TA-T-A------A-T---CTAA-GCCTC-T-C-A-T-A-G-GTTG-A-AGTTA
gi|84059                      :     CT-C--A-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--AATT--CAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCCTC-T-C-
gi|84060                      :     CT-C--C-G-G-AA----TTTTT-A-G--TGA-----T--T-G-T----T-GG--A--GTATA-A--A--ATT---TAACC-A-T--T-A------------T--A-GCC-T-T-T-C-T-A-G-G-TG-A-AGTCA
gi|84061                      :      T-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG-----G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-ACATGTAA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-A-G-TG-A-AGTTA





Alignments
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lowQualScore                  :       3 33 1 1 1  6666    44 2 44   33333 22 1 1 777777  22 22 22  2 33 22   6666    1 1  3 1 222222 1 222 22 1   3 1 1 1 3 3 2 1 2  1 1     
lowQualScore                  :       . .. . . .  ....    .. . ..   ..... .. . . ......  .. .. ..  . .. ..   ....    . .  . . ...... . ... .. .   . . . . . . . . .  . .     
lowQualScore                  :       1 55 0 0 0  7777    55 1 55   66666 44 0 0 555555  44 44 44  1 55 44   4444    0 0  1 0 999999 0 888 44 0   1 0 0 1 3 3 3 1 4  2 2     
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Reference ( family-495 )      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84023                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84024                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-C--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-C-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
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gi|84034                      : GAAGCT-C--C-T-GTAA----TTTT--A-GG-TGA-----T--T-T-T----A-GG--AA-G--TA-A--A--ATTTA---ATC-A-TA-T-A------A-T---T--A-G-C-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
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gi|84038                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTAACAATA-G-TA-T-A------------T--A-GTC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84039                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TGAG----T--T-T-T----A-GG--A--A--TA-A--A--ATTCT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A--CC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-
gi|84040                      : GAAGTT-C--C-C-A-GA----TTC---A-G--TGG-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--ATTTA--AACC-A-TA-T-A------A-TA--T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84041                      : GAAGCT-C--C-TTG-AA----TATT--C-G--TGA-----T--T-T-T----TTGG--A--G--TA-A--A--ACCTT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-ACC-C-T-C-A-T-A---G-TG-A-
gi|84042                      : GAAGC--C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--CA-A--A--ATT---TAACC-A-TAGT-A------A-T---T--A-ACC-C---C-A---A-G-G-TG---AGTTA
gi|84043                      : GAAGCT-C--C-T-G-AAA---TTTT--AAG--TGA-----T--T-T------A-GG--AAAG--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-TGGAT--A-G-C-C-T-C-A-C-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84044                      : GAAGTT-C--C-C-G-AA----TTC---A-G--TGT-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--ATTTA---ACC-A-TATT-A------A-T---T----GCC-C-T-C-A-T-ATGTG-TG-A-AGTTA
gi|84045                      : GAAGCT-C--C-C-G-AT----TATC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--G--ATTTT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-CTT-C-AGT-A-G-GCTG-A-AGTTA
gi|84046                      : GAAGTT-C--A-G-G-AA----TTTT--T-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--CA-A--A--ATT---TAACC-T-TA-T-A------A-T---T--A-GCT-T-T-C-A-T-
gi|84047                      : GAAGCT-C--C---G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-TTTTTG-GA--A--G--TA-A--A--ATTTA--AACC-A-TA-T--------------T--A-GCC-C-T-T-A-A-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84048                      : GAAGCTTC--C-T-G-AA----TTTT--A-T--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--TA-AC-G--ATTTA-C-ACC-A-TT-A-A------A-T---T--A-GCC-C-T-A-ATT-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84049                      : GAAGCTTC--C-T-G-AA----TTTT--A-T--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--TA-AC-G--ATTTA-C-ACC-A-TT-A-A------A-T---T--A-GCC-C-T-A-ATT-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84050                      : GGAGCT-CA-C-C-G-AG----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--AATT--TAACC-ACTA-T-A------ATT---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-
gi|84051                      : GAAGCTTC--C-T-G-AAATATTTCTCAA-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TATA--A--ATTC--TAA-C-A-TA-T--------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-TCA-G-G-TG-ACAGTTAtcagaagct
gi|84052                      : GAAACT-C--CCT-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----TTGT-T-C----A-GG--A--G--TA-T--A--ATT---TAACC-A-T--T-A------A-----T--A-GCT-C-T-
gi|84053                      :  AAGCT-C--C-T-G-AA----TTGT--A-G--TG---------T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-CG-A-AGTTA
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gi|84055                      :   AGCT-C--C-T-G-AAAT--TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----AAGG--A--G--TA-AGGA--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------C-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGT
gi|84056                      :   AGCT-CAAC-T-G-AA----TTTTC-A-G--TGA-----TA-T-T-T----T-GG--A--G--TT-A--A--ATTTA---AC--A-TA-T-A------A-T---C--A-GCC-C-T-C-A---A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84057                      :    GCT-C--C-T-G-AAA---TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-AGC-C-T-
gi|84058                      :    GCT-CA-C-T-G-AA----TTTT--A-GCCTGA-----T--T-A-C----G-CG--A--G--TA-A--A--AATT--TAACC-A-TA-T-A------A-T---CTAA-GCCTC-T-C-A-T-A-G-GTTG-A-AGTTA
gi|84059                      :     CT-C--A-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--AATT--CAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCCTC-T-C-
gi|84060                      :     CT-C--C-G-G-AA----TTTTT-A-G--TGA-----T--T-G-T----T-GG--A--GTATA-A--A--ATT---TAACC-A-T--T-A------------T--A-GCC-T-T-T-C-T-A-G-G-TG-A-AGTCA
gi|84061                      :      T-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG-----G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-ACATGTAA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-A-G-TG-A-AGTTA





Alignments
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lowQualScore                  :       . .. . . .  ....    .. . ..   ..... .. . . ......  .. .. ..  . .. ..   ....    . .  . . ...... . ... .. .   . . . . . . . . .  . .     
lowQualScore                  :       1 55 0 0 0  7777    55 1 55   66666 44 0 0 555555  44 44 44  1 55 44   4444    0 0  1 0 999999 0 888 44 0   1 0 0 1 3 3 3 1 4  2 2     
consensus                     : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
Reference ( family-495 )      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
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gi|84025                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTG--A-GA-TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
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gi|84033                      : GAAGCT-C--C-C-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-TG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACA-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-
gi|84034                      : GAAGCT-C--C-T-GTAA----TTTT--A-GG-TGA-----T--T-T-T----A-GG--AA-G--TA-A--A--ATTTA---ATC-A-TA-T-A------A-T---T--A-G-C-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84035                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TTG-----T--T-T-T------GG--A--GT-TA-A--A--ATT---TAACC-A-TATT-A------A-T---T--A-GCC-C-TCC-G-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84036                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGATTTATT--T-T-T----A-GGAAA--G--TA-A--AT-ATT---TAACC-A-TA-T-A------G-T---T--A-GCCTC-T-C-A-T-AGG-G-TG-A-AGTTA
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gi|84038                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTAACAATA-G-TA-T-A------------T--A-GTC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84039                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TGAG----T--T-T-T----A-GG--A--A--TA-A--A--ATTCT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A--CC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-
gi|84040                      : GAAGTT-C--C-C-A-GA----TTC---A-G--TGG-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--ATTTA--AACC-A-TA-T-A------A-TA--T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
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gi|84042                      : GAAGC--C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--CA-A--A--ATT---TAACC-A-TAGT-A------A-T---T--A-ACC-C---C-A---A-G-G-TG---AGTTA
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gi|84045                      : GAAGCT-C--C-C-G-AT----TATC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--G--ATTTT-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-CTT-C-AGT-A-G-GCTG-A-AGTTA
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gi|84054                      :  AGGCT-C--C-----GA----TTTC--A-G--TGA-----T--TAT-T----T-GG--A--G--TT-A--A--ATTT--TAAC--A-TA-T-A------A-T---T--AGGCC-C-T-CAA-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84055                      :   AGCT-C--C-T-G-AAAT--TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----AAGG--A--G--TA-AGGA--ATTTA---ACC-A-TA-T-A------C-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGT
gi|84056                      :   AGCT-CAAC-T-G-AA----TTTTC-A-G--TGA-----TA-T-T-T----T-GG--A--G--TT-A--A--ATTTA---AC--A-TA-T-A------A-T---C--A-GCC-C-T-C-A---A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84057                      :    GCT-C--C-T-G-AAA---TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATT---TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-AGC-C-T-
gi|84058                      :    GCT-CA-C-T-G-AA----TTTT--A-GCCTGA-----T--T-A-C----G-CG--A--G--TA-A--A--AATT--TAACC-A-TA-T-A------A-T---CTAA-GCCTC-T-C-A-T-A-G-GTTG-A-AGTTA
gi|84059                      :     CT-C--A-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--AATT--CAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCCTC-T-C-
gi|84060                      :     CT-C--C-G-G-AA----TTTTT-A-G--TGA-----T--T-G-T----T-GG--A--GTATA-A--A--ATT---TAACC-A-T--T-A------------T--A-GCC-T-T-T-C-T-A-G-G-TG-A-AGTCA
gi|84061                      :      T-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG-----G--TA-A--A--ATTTA---ACC-A-TA-T-ACATGTAA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-A-G-TG-A-AGTTA


blockSeqs                     :       T AA C T T  ATAT    CA A CC   TTTAT TG A C TTTTG   AA AA TA  T GG AG   TAAC    G C  T A CATGTA T GGA TA G   T T C A G A G T C  A C
blockSeqs                     :       T A  . . .  AT      T  A A    G     A  . . TA      A  A  T   T C  T    CTT     . .  G . .      . A   C  .   T . . . T A T . T  . .
blockSeqs                     :       T A  . . .  T       C  . C    .     .  . . TT      .  .  .   . C  .    TTT     . .  T . .      . .   .  .   T . . . T C . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  A       T  . G    .     .  . . AA      .  .  .   . .  .    TAT     . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  A       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    TTT     . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TAC     . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    TAC     . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TT      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    CA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TT      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    CT      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TT      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TT      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    TC      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    TA      . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    C       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    C       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . G       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  . .
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . . .  .  
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . T       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . . . .       
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . A       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . . . .           
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . .       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . . .               
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . .       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . .                 
blockSeqs                     :       . .  . . .  .       .  . .    .     .  . . .       .  .  .   . .  .    T       . .  . . .      . .   .  .   . . .                 


blockSeqCons                  :                                                                              TA**
originalCons                  : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA-TAACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
finalCons                     : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--ATTTA--AACC-A-TA-T-A------A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                  11                                                           
lowQualScore                  :       3 33 1 1 1  6666    44 2 44   33333 22 1 1 777777  33 11 22  2 33 22 22  2 77 0 22222 1 1  2 2  1 444 22 1   3 1 1 1 3 3 2 1 2  1 1     
lowQualScore                  :       . .. . . .  ....    .. . ..   ..... .. . . ......  .. .. ..  . .. .. ..  . .. . ..... . .  . .  . ... .. .   . . . . . . . . .  . .     
lowQualScore                  :       1 55 0 0 0  7777    55 1 55   66666 44 0 0 555555  55 44 44  1 55 44 44  1 88 4 66666 0 0  1 1  0 666 44 0   1 0 0 1 3 3 3 1 4  2 2     
consensus                     : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-TA-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
Reference ( family-495 )      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-TA-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84023                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-TATAAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84024                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-C--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-C-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84025                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTG--A-GA-TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84026                      : GAAGTT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-A-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84027                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTTT-A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TA-T--A-T---T--A-GCC-T-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84028                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-TA-AA------C-A-TA-T-AA-T---TC-A-G-C-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84029                      : GAAG-T-C--C-T-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-TCT----A-GG--A--G--TA-A--AAGA--TT-TA-AAC-----CGA-TA-T-AT-T---C--G-TTC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-
gi|84030                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-GC-TGA-----T--T-T-T----A-GGA-A--G--TA-C--A--A--TT-C--AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84031                      : GAAGCT-C--C-T-G-AAT---TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-C--AAC-----C-A-TA-TAAA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A---G-TGAA-AGTTA
gi|84032                      : GAAGCT-C--C-C-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TCTA--A--A--TC-TT-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84033                      : GAAGCT-C--C-C-G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-TG--A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAC-----A-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-
gi|84034                      : GAAGCT-C--C-T-GTAA----TTTT--A-GG-TGA-----T--T-T-T----A-GGA-A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAT-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-G-C-C-T-C-A-TAA-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84035                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TTG-----T--T-T-T------GG--A--GT-TA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TATT-AA-T---T--A-GCC-C-TCC-G-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84036                      : GAAGCT-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGATTTATT--T-T-T----A-GGAAA--G--TA-A--AT-A--TT-T--AAC-----C-A-TA-T-AG-T---T--A-GCCTC-T-C-A-T-AGG-G-TG-A-AGTTA
gi|84037                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--AAG--TGA-----T--T-T-TT---A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-C--AAC-----C-A--A-T-AA-T---T--A-GCC-T-C-T-A-T-A-G-G-TG-A-AATTA
gi|84038                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-TA-A-------C-A--A-T-AG-TATAT--A-GTC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84039                      : GAAGCT-C----T-G-AA----TTTT--A-G--TGAG----T--T-T-T----A-GG--A--A--TA-A--A--A--TTCTT-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A--CC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-
gi|84040                      : GAAGTT-C--C-C-A-GA----TTC---A-G--TGG-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--A--TT-TA-AAC-----C-A-TA-T-AA-TA--T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84041                      : GAAGCT-C--C-TTG-AA----TATT--C-G--TGA-----T--T-T-T----TTGG--A--G--TA-A--A--ACCTT-TA-A-C-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-ACC-C-T-C-A-T-A---G-TG-A-
gi|84042                      : GAAGC--C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T------A-GG--A--G--CA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TAGT-AA-T---T--A-ACC-C---C-A---A-G-G-TG---AGTTA
gi|84043                      : GAAGCT-C--C-T-G-AAA---TTTT--AAG--TGA-----T--T-T------A-GG--AAAG--TA-A--A--A--TT-TATAAC-----C-A-TA-T-AA-TGGAT--A-GCC---T-C-A-C-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84044                      : GAAGTT-C--C-C-G-AA----TTC---A-G--TGT-----T--T-T-T------GG--A--G--TT-A--A--A--TT-TA-A-C-----C-A-TA-TTAA-T---T----GCC-C-T-C-A-T-ATGTG-TG-A-AGTTA
gi|84045                      : GAAGCT-C--C-C-G-AT----TATC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--G--AT-TT-TT-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-CTT-C-AGT-A-G-GCTG-A-AGTTA
gi|84046                      : GAAGTT-C--A-G-G-AA----TTTT--T-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--CA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-T-TA-T-AA-T---T--A-GCT-T-T-C-A-T-
gi|84047                      : GAAGCT-C--C---G-AA----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-TTTTTG-GA--A--G--TA-A--A--A--TT-TA-AAC-----C-A-T-----A-T---T--A-GCC-C-T-T-A-A-A-G-G-TG-A-AGTTA
gi|84048                      : GAAGCTTC--C-T-G-AA----TTTT--A-T--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--TA-AC-G--A--TT-TA-CAC-----C-A-TT-A-AA-T---T--A-GCC-C-T-A-ATT-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84049                      : GAAGCTTC--C-T-G-AA----TTTT--A-T--TGA--------T-T-T----A-GG--A--G--TA-AC-G--A--TT-TA-CAC-----C-A-TT-A-AA-T---T--A-GCC-C-T-A-ATT-A-G-G-TG-A-AGTT
gi|84050                      : GGAGCT-CA-C-C-G-AG----TTTC--A-G--TGA-----T--T-T-T----T-GG--A--G--TA-A--A--A--AT-TT-AAC-----C-ACTA-T-AATT---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-
gi|84051                      : GAAGCTTC--C-T-G-AAATATTTCTCAA-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TATA--A--A--TTCTA-A-------C-A-TA-T--A-T---T--A-GCC-C-T-C-A-TCA-G-G-TG-ACAGTTAtcagaagct
gi|84052                      : GAAACT-C--CCT-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----TTGT-T-C----A-GG--A--G--TA-T--A--A--TT-T--AAC-----C-A-T--T-AA-----T--A-GCT-C-T-
gi|84053                      :  AAGCT-C--C-T-G-AA----TTGT--A-G--TG---------T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-TA-A-C-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-CG-A-AGTTA
gi|84054                      :  AGGCT-C--C-----GA----TTTC--A-G--TGA-----T--TAT-T----T-GG--A--G--TT-A--A--A--TT-TT-AAC-------A-TA-T-AA-T---T--AGGCC-C-T-CAA-T-A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84055                      :   AGCT-C--C-T-G-AAAT--TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----AAGG--A--G--TA-AGGA--A--TT-TA-A-C-----C-A-TA-T-AC-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-G-G-TG-A-AGT
gi|84056                      :   AGCT-CAAC-T-G-AA----TTTTC-A-G--TGA-----TA-T-T-T----T-GG--A--G--TT-A--A--A--TT-TA-A-------C-A-TA-T-AA-T---C--A-GCC-C-T-C-A---A-T-G-TG-A-AGTTA
gi|84057                      :    GCT-C--C-T-G-AAA---TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-AGC-C-T-
gi|84058                      :    GCT-CA-C-T-G-AA----TTTT--A-GCCTGA-----T--T-A-C----G-CG--A--G--TA-A--A--A--AT-TT-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---CTAA-GCCTC-T-C-A-T-A-G-GTTG-A-AGTTA
gi|84059                      :     CT-C--A-T-G-AA----TTTT--A-G--TGA-----T--T-T-T----A-GG--A--G--TA-A--A--A--AT-TC-AAC-----C-A-TA-T-AA-T---T--A-GCCTC-T-C-
gi|84060                      :     CT-C--C-G-G-AA----TTTTT-A-G--TGA-----T--T-G-T----T-GG--A--GTATA-A--A--A--TT-T--AAC-----C-A-T--T-A------T--A-GCC-T-T-T-C-T-A-G-G-TG-A-AGTCA
gi|84061                      :      T-C--C-T-G-AA----TTTT--A-G--TG------T--T-T-T----A-GG-----G--TA-A--A--A--TT-TA-ACCATATAC-A-TG-T-AA-T---T--A-GCC-C-T-C-A-T-A-A-G-TG-A-AGTTA