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Reference ( family-493 ) : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-NTT--CGC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-GT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---G----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--CATATATTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84301 : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-ACT-AT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---G----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--TATATATATAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84302 : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AC-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATC--AGC--C--G-GA-A--GC--TAGC-A--T-GT--GG-AT--AA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-TCCG-AA-TC-CCT-GT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----A---G----ATTGA---T--T-TTG-A---C--CATATGTTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84303 : AGAT-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--AG-AT--GA-C-ATT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-AT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---G----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--TATATATATAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84304 : AGAC-TC--GAAC-G-TG-G--A-T-CG-C-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CAC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-AT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---C----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--TATATATTTAG-T-T-TTG--A-TACC-TTTAAA
gi|84305 : AGAC-TC--GGAC-G-AG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CA--A-TGC-A----A---T-----T-ATC--TGC--C--G-GA-A--GC--GCAC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-GT-A---A--A------------ATT--A--TT-TG-GAA-G-T--A-----TAAAG----ATTGA---T--T-TTG-A---C--CATGTATTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84306 : AGAC-TC--GGAC-G-TG----A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--A-TG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGC--C--GAGA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA--GG-CT----A-GA-ACC--AA-TC-CCT-AT-A---A--C------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---G----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--TATATATATAG-T-T-TTG--A-TACCGATTAAA
gi|84307 : AGAC-TC--GGGC-A-TG-G--A-T-CG-G-CC-AAA-AAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-TG--A-TGC-C----T---C-----T-ATT--CAC--T--G-GA-A--GC--GCGC-A--A-GT--GG-AT--GA-G-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCA-AA-TC-CCT-GT-A---T--A------AT-G-CATC--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----A---G----ACC-A---AT-T-TTC-A---C--CACAGATTCAG-T-T-TTG--G-TATC-AATAAA
gi|84308 : AGAC-TC--AGAA-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATC--CTC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A----GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCA-TT-A---A--A------AT-G-TATA--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----A---G----TTTGA---T--T-TTG-A---C--CAT
gi|84309 : AGAC-TCCCGGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-CAA-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T--TA--CGC--C--A-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-GC-CTT-GT-A---A--AAAGTACAT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----
gi|84310 : AGACCTC--GTAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-AT---T---T-----T-TTT--CGC--C--G-AA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C--TT--A-AA-AGGACT----A--A-ACCG-AA-TC-CCT-AT-A---A--A------AT-GTTATT--A---T-TA-GA-------A-----T---G------T-A---TG-T-TTG-A------CA-ATATTTAGTT-T-TTG--A-TACC-ATTAAa
gi|84311 : AGACCTC--GGAC-G-TG-G--AAT-CG-GGCGGCAA-GAAT-GGCGAT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGC--CCGG-AA-A--GC--GCGCAA--T-GT---A-AT--GA-C-GTT--A-AA-A-G-CT----A-G--ACCG--A-TC-CCT--T-A---A--A------A--G-TATT--A--TT-TATGAG-G-T--A-----T---G----ATTAA---TG-T-TTG-A---C--TATATATTTAG-----TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84312 : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CA-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-T-A-A--------A--T-CG--A-TGT-A----T---T-----T-ATC--CGC--C--G-GA-A--GC--GCAC-A--T-GT--TG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-A
gi|84313 : AAAC-GC--GGAC-G-AG-G--A-T-CG-G-CG-CGA-AAAT-TGC-CC-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATT--CGC--C--G-GA-A--GT--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-G-ATT--A-AA-AG----------------------C-CCT-GT-A---T--A------AT-G-AGTT--A--TT-TA-GAA-G-TACA-----T---GTAACATTCA---T--T-TTC-A---C--CATA----GAG-TAT-TTG----TATC-ATTAA
gi|84314 : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-TGTG-G-CG-CAAAGAAT-TGC-AT-C-A-ATAATTCAAA--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--TGG--C--GCGA-A--G---GCGC-AGGT-GTTGGA-AT--GA-C--TT--A-AAGAGG-CT----A-GATACCGAAA-TC-CCT-ATAA---A--A------ATGG-TATT--AATCT-TA-GAA-G-T--AGATATT---G----ATT-A---TG-T-TTGAA---C--TATATATTTAG-T-T-TTG--ATTACC-AT
gi|84315 : AGAC-CC--GGAT-G-TA-G--A-T-CG---CA-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------AACT-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATC--CGT--C--G-GACA--GCA-GCCC-A--T-GT--GGCAT--AA-C-ATT----AA-AGG-CT----AGGA-ACCG-AA-TCTCCT-G------A--A------AT---T--------TT-TA-TAATG-T--A-----T---A----ATC-AGATTGAT-TTG-A---CTGTGTATATTTAG-T-T-TTG--ATTACC-ATAAAA
gi|84316 : AGAC-TC--AGAT-G-GA-G--A-T-TGAG-AA-CAA-AGAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CA--T-TGC-A----A---T-----T-ATT--TGT--C--A-AA-T--GT--GCAC-A--T-TT--GG-AT--GA---GTTG-A-AA-AGG-CT----C-GA-ACCA-AA-GC-CAT-GT-A---T--A------AT-G-TGTT--A--TT-TC-TAA-A----A-----T---G----AT---------T-TTC-A---C--AACAGATTCAA-T-T-TTG--G-TATC-ATTAAA
gi|84317 : AGAC-TC--GGACCG-TG----A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------AA-T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGC--C--G-GA-A--AT--GCGC-A--T-AT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AG
gi|84318 : AGAC-T----GAC-G-TG----A-T-CG---C--CAA-TAAT-TGC-AT-C-ACA--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGCCTC--GTGA-A--GC--GC-C-A--T-GT--GG-ATTGAA-CGGTT--A-AA-AAG-CTTAAGG-GA-ACCT-AATTC-CCTAAT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TTGTA-GAA-GTT--G-----T---G----ATT-AT--TG-TCTTG-A---T--ATTATATTTAG-T-T-TTG--
gi|84319 : AGACATC--GGAC-GGTG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--ATTGC-A----T---T-----TATTT--CGC--C--GAGA-A--GC--GCGC-
gi|84320 : GAC-TC--GAACTG-TG-A--A-T-CG-G-CG-CAA-AAAT-TGC-ATGC-A-A--------A--TTCG--A-TGC-A----C---T-----T-ATC--CGC--C--G-GA-A--GC--GCGT-A--T-GT--GG-AT--GATC-GTT--ATAA-AGG-CT----A-GA-ACTA-AGCCC-CCT-GT-A---A--A------AT-G-TATC--A--
gi|84321 : GAC-TC--AGAT-A-GGAG--A-T-TGAG-AA-CAA-AGAT-TGC-ATTC-A-A--------A--------A-TGC-A----T---TGCAATT-ATT--TGT--C--G-AA-ATGGT--GCAC-AA-T-TT--GG-ATC-GA---GTTTGA-AA-AGG-CTC---G-GA-ACC--AA-GC-CAT-GT-A---T--A------AT-G-TGTT--A--TT-TCTGAA-A-A--A-----T---G----ATT--------T-TCA-G---C--AACAGATTCAT-T-TGTTG--G-TATC-ATTAA
gi|84322 : AC-TC--GGAT-G-TG-G--A-T-CGAG-CG-CAA-AGAT-TGC-AT---A-A--------A--------------------------------TT--CGC--T--G-AA-T--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-G-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-CCCG-AA-TC-CCT-GT-A---T--T------AC-G-TGCT--A--TT-TC-TAA-G----A-----T---C----A---A---T--T-TTC-A---C--AACAGATTAAG-T-T-TTG--G-TATT-ATCAAA
gi|84323 : C-TC--GGAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-TAG-GGATATGC-AT-C-G-A--------A--C-TG--A-TGC-A----T---T-----T-CTC--CGC--C--G-GA-A--G
gi|84324 : C-TC--GGAT-G-TG----A-T-TG-G-TG-TAG-GGATGTGC-AT-C-A-A--------T--T-TG--A-TAC-A----T---T-----T-CTT--CGC--C--G-GA-A--
gi|84325 : C-TC--GGAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-TAG-GGATATGC-AT-C-G-A--------T--T-TG--A-TGC-A----T---T-----T-CTC--CGC--C--G-GA-A------GTAC-A--T-GT--
gi|84326 : C-TC--GGAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-TAG-GGATATGC-AT-C-G-A--------T--T-TG--A-TAC-A----T---T-----T-CTC--CGC--C--G-GA-A--G
gi|84327 : C-TC--GGAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-TAG-GGATATGC-AT-C-G-A--------T--T-TG--A-TAC-A----T---T-----T-CTC--CGC--C--G-GA-A--G
gi|84328 : C-TC--GGAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-TAG-GGATATGC-AT-C-G-A--------T--T-TG--A-TAC-A----T---T-----T-CTC--CGC--C--G-GA-A--G
gi|84329 : C-TC--GGAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-TAG-GGATATGC-AT-C-G-A--------T--T-TG--A-TAC-A----T---T-----T-CTT--CGC--C--G-GA-
gi|84330 : C-TC--GAAT-G-TG-A--A-T--G-G-TG-CAG-GAATATGC-AT-C-A-A--------T--T-TG--A-TAC-A----T---T-----T-CTC--CAT--T--G-GA-A--G
gi|84331 : -TC--GGAC-G-TG-GCGA-T-CG-G-CG-CAA-GAAT--GC-AT-C-A-A--------AA-T-CGGAA-TGCCA----T---T-----T-ATTTTCGC--C--GAGG-A--GC--GCGC-A--TTGT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGGGCT----A-GA-ACCGCAA-TC-CCT-AA-A---A--A------AT-G-TATT--T--TG-TA-GAA-G-TT-A-----T---G----AT--A---TG-T-TTG-A---C--TATATATTTAG-T-T-TTG--
gi|84332 : --GGAT-G-TG-G--A-T-CGAG-CG-CAA-AGAT-TGC-AC-T-A-A--------A--T------------------------------T--CGC--T--G-AA-T--GC--GCAC-A--T-GT--GG-AT--AG-A-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-CCCG-AA-TC-CCT-GT-AT--T--A------AC-G-TGCTTAA--TT-TC-TAA-G----A-----T---C----A---A---T--T-TTC-A---C--AACAGATTAAG-T-T-TTG--G-TATTAATCAAA
gi|84333 : -CG-CAA-GAAT-TAC-AT-A-A-A--------C--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATC--CGC--C--G-GA-A--AC--GATC-A--T-GT--GA-AT--GA-A-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACTG-AA-TC-CTT-GT-A---A--A------AT-G-AATT--A--TT-TA-------T--------T---G----ATT-G---TG-A-TT----------ATATATTAAG-T-T-TTG--A-TAAC-ATTAAA
gi|84334 : AA-AGAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----A---T-----T-ATT--TGC--C--A-GA-C--GC--ATGC-A--T-GT--GG-AT--GA-T-GTT--G-AA-ATG-TT----A-AA-ACCA-AA-TT-TCC-GT-ATATA--ATAT---AT-A-TGTT--A--TT-T---------------------------TT-A---TT-T-CTA-ATTTT--CATAT-TTTAG-T-A-TTATCA-TA---ATTAAA
gi|84335 : -A-A--------A--T-CG--A-TAC-AATTTTAAAT-----T-ATT--CGC--C--A-GA-T--GC--GCGC-A--T-AT--GG-AT--GA-G-GTT--T-TA-AGG-CT----A-GA-GTCG-AA-TC-CCT-GT-A---C--A------AT-T-TGTT--A--TT-T
gi|84336 : TT--CCC--T--G-AA-T--GT--GCAC-A--T-GT--AG-AT--GA-G-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCA-AA-TT-TCT-GT-A---T--ATC----AT-G-TGTT--A--TT-TT-TAA-A----A-----T---C----A---A---T--T-TTC-A---T--AACA-ATTCAG-C-T-TTG--G-TATC-
gi|84337 : aT--TGC--C--G-GA-A--GT--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-G-GT---A-AA-TGG-TT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-GA-A---A--A------AC-G-AATA--A--TT-TA-GTA-G-T--A-----A---G----ATTGA---T--T-TTG-G---C--CGTATATTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84338 : -GA-A--ACAAGCGC-C--T-GT--GG-----------TT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCA-AT-TC-CCT-AT-AT--AATA------AT-G-TGCT--A--TTCCA----------A-----T---G----ATT-A----A-T-T---A---C--CAC-TA--CAG-A-T-TCG--G-TTCC-ATTAAA
gi|84339 : GG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC--------A---A--A------GT-G------------------A-A-T--A-----A---G----ATT-A---AT-T-TTC-A---T--CATAGATTCAG-T-T-TTT--G-TATC-ATTAAA
Alignments
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lowQualScore : . .. . . .... . .. . . . . . . . . . ........... . .. . . .... ... ..... .. .. .. .. . . .. .. . .. . .. . .. ... .. . . . .... . . . . . . . ...... ...... . . .. .. . .. . .... ..... ... .... ........ . .. ... ... . . . . .... .
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Reference ( family-493 ) : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-NTT--CGC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-GT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---G----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--CATATATTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84301 : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-TTT--CGC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-ACT-AT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----T---G----ATT-A---TG-T-TTG-A---C--TATATATATAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
gi|84302 : AGAC-TC--GGAC-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AC-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATC--AGC--C--G-GA-A--GC--TAGC-A--T-GT--GG-AT--AA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-TCCG-AA-TC-CCT-GT-A---A--A------AT-G-TATT--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----A---G----ATTGA---T--T-TTG-A---C--CATATGTTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
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gi|84305 : AGAC-TC--GGAC-G-AG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CA--A-TGC-A----A---T-----T-ATC--TGC--C--G-GA-A--GC--GCAC-A--T-GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCT-GT-A---A--A------------ATT--A--TT-TG-GAA-G-T--A-----TAAAG----ATTGA---T--T-TTG-A---C--CATGTATTTAG-T-T-TTG--A-TACC-ATTAAA
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gi|84307 : AGAC-TC--GGGC-A-TG-G--A-T-CG-G-CC-AAA-AAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-TG--A-TGC-C----T---C-----T-ATT--CAC--T--G-GA-A--GC--GCGC-A--A-GT--GG-AT--GA-G-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCA-AA-TC-CCT-GT-A---T--A------AT-G-CATC--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----A---G----ACC-A---AT-T-TTC-A---C--CACAGATTCAG-T-T-TTG--G-TATC-AATAAA
gi|84308 : AGAC-TC--AGAA-G-TG-G--A-T-CG-G-CG-CAA-GAAT-TGC-AT-C-A-A--------A--T-CG--A-TGC-A----T---T-----T-ATC--CTC--C--G-GA-A--GC--GCGC-A----GT--GG-AT--GA-C-GTT--A-AA-AGG-CT----A-GA-ACCG-AA-TC-CCA-TT-A---A--A------AT-G-TATA--A--TT-TA-GAA-G-T--A-----A---G----TTTGA---T--T-TTG-A---C--CAT
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