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lowQualScore                  :     . .    .  ... ... ..  .  ...  .. .  .   .   ......  . .   . . . .     .  . .. .. ..  ...  . . ... ...    .   
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Alignments
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lowQualScore                  :     . .    .  ... ... ..  .  ...  .. .  .   .   ......  . .   . . . .     .  . .. .. ..  ...  . . ... ...    .   
lowQualScore                  :     3 6    2  888 111 99  1  999  55 1  1   1   999999  0 1   1 0 0 0     1  0 44 44 66  999  1 1 888 888    2   
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gi|88347                      :                          G-GG---GC--G-TG-GCA-ATA------GC-T-TTC-C-A-G-ACATT-CG-T--C--T--CG---GT-A-A---G---CTAA-AAA
gi|88348                      :                              ---TC--A-TG-ACA-A-A------GC-T-CTC-C-G-G-CCATT-CG-T--T--C--CG---AC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88349                      :                                   --A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-AC--T-CG-T--C--C--CG---A--G-A---G----TAA-AAA
gi|88350                      :                                                A------GC-T-CTC-C-G-G-GCATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA





Alignments
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lowQualScore                  :     . .    .  ... ... ..  .  ...  .. .  .   .   ......  . .   . . . .     .  . .. .. ..  ...  . . ... ...    .   
lowQualScore                  :     3 6    2  888 111 99  1  999  55 1  1   1   999999  0 1   1 0 0 0     1  0 44 44 66  999  1 1 888 888    2   
consensus                     : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
Reference ( family-492 )      : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88312                      : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88313                      : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AGA
gi|88314                      : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATACATGTAGC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
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gi|88318                      : TGAC-A-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-AAT------GCTT-CTC-C-G-GCACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
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gi|88321                      : TGAC-G-CCGA-AA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CCC-C-G-G-ACATT-TG-T--C--CG-CGGGTGG-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88322                      : TGA--G-CTGA-CA---C---C--GA-G----TC--A-GG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T-----C--CG---AC-A-A---G---CTAA-AAA
gi|88323                      : TGACCG-CCGATCA---C---C--GG-G----TCTTA-TG-ACA-ATA------GC-TCCTC-C-G-A-CCATT-CG-T--C--CG-CG---GC-G-A---G---CTAA-AA
gi|88324                      : TGAC-G-TTGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-CG-ACA-ATA------GC-T-CAT-C-G-G-ACAGT-TG-T--CGTC--CG---GC-GCATGCG---CTGA-AAA
gi|88325                      : TGGC-G-ACGA-CA---CAACC--GG-GG---TT--A-TA-GCA-TAA------GC-T-C-C-C-G-G-A-ATT-CGAT--C--T--CG---GT-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88326                      : TAAC-A-CTGA-CA---C---T--GA-GGAGGTT--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-A-A-ACATT-CA-T--C--C--CA---GA-A-A---G---CTAATAAA
gi|88327                      : TGAC---CTGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-AAA------GC-T-CCC-C---G-ACATT-CG-T--
gi|88328                      : TGAC-GGCCGA-CA---C---CGGGG-GG---TCT-A-TG--CA-ATA------GC-T--TC-C-G-G-ACATTCCG-T--T--CCACG---GC-G-A---G---C
gi|88329                      :  GAC-G-CTGA-TA---C---C--GG-CG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88330                      :  GAC-G-CCGA-CATCGC---C--GG-GG---TC--A-TG-GCA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACTTT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88331                      :  GAC-G-CCGA-CA---C---CT-GG-GG---TC--A-TG-ACA-AT-------GC-T-TTC-C-G-G-ACATT-CG-TTCC--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AA
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gi|88334                      :  GAT-G-GCGA-CA---C---CC-GG-GA---TC--AGTG-ACA-ATA------GC-T-CTCAT-G-G-ACATTGTG-T--C--C--CA---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88335                      :  GAC-A-TCGA-CA---C---T--GA-GA---TC--A-TG-GGA-ATT------AC-T-CTC-C-G-A-ACATT-CG-T--C--C--AG---GC-A-A---G---CTAA-
gi|88336                      :  GAC-G-CCGA-CG---C---G--AG-GG---TA--A-TA-GTATATA------GC-T-CCC-C-C-G-AC-TT-CG-T--C--T--CG---AT-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88337                      :  GAC-G-CCGA-CG---C---T--GG-GG---GT--A-TA-GTA-TAA------GC-T-CCC-C-CTG-AC-TT-CG-T--C--T--CG---GT-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88338                      :   AC-G-TAGA-AA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-TTCTC-CCG-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88339                      :   AT-G-CCGA-CA---C---C--GG-TG---TC--A-CG-ACA-ATA------GC-T-CTC-T-G-A-AAATT-TG-T--C--T--CG------G-A---G---CTAA-AA
gi|88340                      :   AC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TT--G-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-A--------------C--CG---GT-G-A---C---CTAA-AAA
gi|88341                      :   AC-A-CCAA-CA---C---C--AA-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------AC-T-CTC-T-A-G-ACATT-TG-C--T--C--CA------T-A---G---CTAA-AA
gi|88342                      :    C-G-CCGA-CA---C---C--GG-G----TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T--TC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C-------GC-G-A---G---CTAA-CAA
gi|88343                      :          GA-CG---C---C--GA-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--T--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88344                      :           A-CA---C---T--TG-GG---TC--A-TA-AAA-ATA------GC-T-CTC-T-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CA---GT-G-T---GCTCCTAA-AAA
gi|88345                      :                       --GG-GG---TC--A-TGGACA-TTA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-TG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
gi|88346                      :                       --GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-T-G-G-ACATT-CG-T--C--A--CA---GC-G-A---G---CCAA-
gi|88347                      :                          G-GG---GC--G-TG-GCA-ATA------GC-T-TTC-C-A-G-ACATT-CG-T--C--T--CG---GT-A-A---G---CTAA-AAA
gi|88348                      :                              ---TC--A-TG-ACA-A-A------GC-T-CTC-C-G-G-CCATT-CG-T--T--C--CG---AC-G-A---G---CTAA-AAA
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gi|88350                      :                                                A------GC-T-CTC-C-G-G-GCATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA


blockSeqs                     :     C G    T  TCG AAC GG  T  AGG  TT G  G   T   CATGTA  T C   G C T C     C  A TC GT CA  GGT  A C TGC CTC    T
blockSeqs                     :     . G    .  AC  .   T   .  .    T  .  G   .   .       . T   A . . .     G  . G  .  G   T    . . .   .      T
blockSeqs                     :     . .    .  .   .   C   .  .    .  .  .   .   .       . .   . . . .     .  . .  .  G   .    . . .   .      .
blockSeqs                     :     . .    .  .   .   .   .  .    .  .  .   .   .       . .   . . . .     .  . .  .  .   .    . . .   .      .
blockSeqs                     :     . .    .  .   .   .   .  .    .  .  .   .   .       . .   . . . .     .  . .  .  .   .    . . .   .      .
blockSeqs                     :     . .    .  .   .   .   .  .    .  .  .   .   .       . .   . . . .     .  . .  .  .   .    . . .   .      .
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originalCons                  : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
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Reference ( family-492 )      : TGAC-G-CCGA-CA---C---C--GG-GG---TC--A-TG-ACA-ATA------GC-T-CTC-C-G-G-ACATT-CG-T--C--C--CG---GC-G-A---G---CTAA-AAA
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