lowQualScore : 1
lowQualScore : 2222 3 2 555 7 77777 33 1 222 1 1 3 2 1 2 333 55 11 1 555 3333 1 2 111 11 1 22
lowQualScore : .... . . ... . ..... .. . ... . . . . . . ... .. .. . ... .... . . ... .. . ..
lowQualScore : 2222 2 1 444 9 99999 66 1 999 1 1 2 1 1 1 333 00 55 1 111 4444 1 2 999 55 1 99
consensus : ACAGCGA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
Reference ( gi|112098 ) : ACAGCAA----AA-TT-T---G-ACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112100 : ACAGCAA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-C-T----T-T-TTT---GCTAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112102 : ACAGCAA----AA-TT-T---GGACT-----A--TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112099 : ACAGCAA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---AT---T-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112112 : ACAGCAA----AA-TT-T---G-ACC-----C--TAGA-A---T-C------T-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C---T---T--T-CATT--ATTC
gi|112106 : ACAGCGA----AA-TT-T---GTACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---ACAAA--G--AAAA-A---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112104 : ACAGCAA----AAATT-G---G-ACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT----CAAA--G--AAAA-C---A----A-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112107 : ACAGCAA----AT-TT-G---G-ACT-----CA-TAGA-A---T-C-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--TACATT--ATTC
gi|112109 : ACAGCAA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAAA-C---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--ATAA-C---A----A-C-TTT---T--A-CAAT--ATTC
gi|112105 : ACAGCAA----AAAGT-G---G-ACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TT----GCAAA--G--AAAA-C---A----A-A-CTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112110 : ACATCGA----CA-TT-T---GGACT-----C--CAGA-A---T-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112103 : ACAGCAA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAAGGG--AAAA-TACAA----A-C-TTT---T--T-TATTC-ATTC
gi|112111 : ACAGCAA----AA-TT-G---G-ACT-----C--TAGA-A---T---T-C-TT-TCTTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTC---T--T-
gi|112119 : ACATCAATGCGAA-TT-T---G-ACT-----C--TAGA-AA--T-T-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAAAC---A----A-T-TTT---T--T-CATT--ATTCt
gi|112101 : ACAGCGA----AG-TT-T---GGACTACAGAT--TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TT----GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112115 : ACAGCGA----A--TT-T---G-GAT-----CCATAGA-A---C-C-T-CGTT-TATTT---GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112114 : ACGGCGA----AG-TT-T---G-GATA----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--G--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112121 : ACAGTGA----AA-TT-T---GTATA-----C--TACA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--T--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CGTT--ATTC
gi|112117 : ACAGCGA----AG-TT-TT--G-ATA-----C--TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---ATTTTT-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112120 : ACAGCGA----AG-TT-T---G-GATA----C--TAGA-G---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--GAAAAAA-T---A----A-T-TTT---A--T-CATT--ATTC
gi|112113 : ACAGCGA----AG-TTAT---G-GAT-----A--CAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--
gi|112116 : ACAGTGA----AG-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--
gi|112122 : ACAGCGA----AG-TT-T---G-GAT-----AA-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--C--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112118 : ACAGAAA----AA-TT-T---GGATT-----C--TAAA-A---T-C-T-C-AT-T-T-----GCTGA--C--AAAA-C---A------C-TTT---T--T-TATT--ATTC
gi|112123 : ACAGCGA----AC-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-T-T-C-TTAT-TTT---TC-AA--C--AAAA-C---A----A-C-T
gi|112124 : ACAACGA----AT-TT-G---G-ATT-----C--TAAC-A---T-T-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--C--AAAA-C---A----C-C-TTT---T--T--ATT--gtacattttatcat
gi|112125 : CACCAA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-CT----GCAA---G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112126 : CAGCGA----AAGTT-T---G-GATA----C--TAGA-A---C-C-T-C-TT-T-ATTCC-GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-CTT---T--T-
gi|112127 : AGCAA----AA-TT-T---GGACT-----C--GAGA-A---T-C-T-C-TA-T-TCT---GCAAA--G--AAAT-CA--A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTCt
gi|112129 : AGCGA----AA-TT-TTG-G-ACT-----C--TGAA-A---T-CCT-C-TT-T-TTT---GCAAC--G--AAAA-C---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112130 : AGCGA----AA-TT-T---GGACT-----T--TA-A-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TCT---TTGT-CATT--ATTC
gi|112131 : AGCGA----AG-TTGT---G-AATA----C--TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--G--AACA-C---A----A-C-TTT---T--T-CACT--ATTC
gi|112128 : AGCAA----AA-TT-G---GGACT-----C--GAGA-A---TAC-T-CATT-C-TTG---GCAAA--G--AAAT-C---A----AAC-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112132 : AGCAA----AA-TT-TG--G-ACTC----C--TACAGA---T-C-T-C-TT-T-TTTTTGACAAA--G--CAAA-CG--A----A-C-CTTTAAT--T-CATT--ATTC
gi|112134 : GCAA----AA-TT-TTGGG-ACT-----A--TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112133 : GCGA----AA-TT-T---G-GAC-----C--TAGA-A---T-C-TTC-TT-T-TCT---GCAAA--G--TAAA-C---A----G-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112135 : AA----AA-TT-T---GGACT-----C--TAGA-AGTCT-C-T-T-TT-T-TTT---GCAAA--A--GAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATCTAATTC
gi|112136 : A----AT-TT-T---G-ACT-----C--TAGA-A---T---T-C-TT-T-TTT---GCAAG--A--AAAA-CA--A----A-C-TTT---T--C-TATT---TTC
gi|112108 : A----AG-TT-G---G-ATA-----C--TAGA-A---C-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAATGA--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 2 22 33333 2 1 222 1 2 2 2 222 333 44 11 1 555 3333 1 2 111 11 1 22
lowQualScore : . . . .. ..... . . ... . . . . ... ... .. .. . ... .... . . ... .. . ..
lowQualScore : 1 0 1 44 66666 1 0 888 0 1 1 1 555 222 99 44 1 000 3333 1 1 999 55 1 88
consensus : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
Reference ( family-491 ) : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112098 : ACAG-CAAAA-TT-T--G-ACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112099 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---AT---T-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112100 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T----T-T-TTT---GCTAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112101 : ACAG-CGAAG-TT-T--GGACTACAGAT-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TT----GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112102 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----A-TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112103 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAAGGG--AAAA-TACAA----A-C-TTT---T--T-TATTC-ATTC
gi|112104 : ACAG-CAAAA-AT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT----CAAA--G--AAAA-C---A----A-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112105 : ACAG-CAAAA-AG-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C--T-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-A-CTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112106 : ACAG-CGAAA-TT-T--GTACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---ACAAA--G--AAAA-A---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112107 : ACAG-C-AAA-TT-T--GGACT-----CATAGA-A---T-C-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--TACATT--ATTC
gi|112108 : ACAGGCGGAA-GT-T--GGATA-----C-TAGA-A---C-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAATGA--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112109 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAAA-C---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--ATAA-C---A----A-C-TTT---T--A-CAAT--ATTC
gi|112110 : ACAT-CGACA-TT-T--GGACT-----C-CAGA-A---T-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112111 : ACAG-CAAAA-TT----GGACT-----C-TAGA-A---T---T-C-TT-TCTTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTC---T--T-
gi|112112 : ACAG-CAAAA-TT-T--G-ACC-----C-TAGA-A---T-C-T------T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C---T---T--T-CATT--ATTCt
gi|112113 : ACAG-CGAAG-TTAT--GGA-T-----A-CAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--
gi|112114 : ACGG-CGAAG-TT-T--GGATA-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--G--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112115 : ACAG-CGAA--TT-T--GGATC-----CATAGA-A---C-C-T-CGTT-TATTT---GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112116 : ACAG-TGAAG-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--
gi|112117 : ACAG-CGAAG-TT-T--TGATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---ATTTTT-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112118 : ACAG-AAAAA-TT-T--GGATT-----C-TAAA-A---T-C-T-C----A-TTT---GCTGA--C--AAAA-C--------A-C-TTT---T--T-TATT--ATTC
gi|112119 : G-CGAA--TT-T--G-ACT-----C-TAGA-AA--T-T-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAAAC---A----A-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112120 : acatcaatACAG-CGAAG-TT-T--GGATA-----C-TAGA-G---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--GAAAAAA-T---A----A-T-TTT---A--T-CATT--ATTC
gi|112121 : ACAG-TGAAA-TT-T--GTATA-----C-TACA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--T--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CGTT--ATTC
gi|112122 : ACAG-CGAAG-TT-T--GGATA-----A-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--C--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112123 : ACAG-CGAAC-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-T-T-C-TTAT-TTT---TC-AA--C--AAAA-C---A----A-C-T
gi|112124 : ACAA-CGAA--TT-T--GGATT-----C-TAAC-A---T-T-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--C--AAAA-C---A----C-C-TTT---T--T--ATT--gtacattttatcat
gi|112125 : CAC-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C--T-T-TCT---GC-AA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112126 : CAG-CGAAAGTT-T--GGATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-T-ATTCC-GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-CTT---T--T-
gi|112127 : AG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-GAGA-A---T-C-T-C-TA-T-TCT---GCAAA--G--AAAT-CA--A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTCt
gi|112128 : AG-CAAAA-TT-G--GGACT-----C-GAGA-A---TAC-T-CATT-C-TTG---GCAAA--G--AAAT-C---A----AAC-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112129 : AG-CGAAA-TT-TT-GGACT-----C-TGAA-A---T-CCT-C-TT-T-TTT---GCAAC--G--AAAA-C---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112130 : AG-CGAAA-TT-T--GGACT-----T-TA-A-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TCT---TTGT-CATT--ATTC
gi|112131 : AG-CGAAG-TTGT--GAATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--G--AACA-C---A----A-C-TTT---T--T-CACT--ATTC
gi|112132 : AG-CAAAA-TT-T--GGACTC----C-TACAGA---T-C-T-C-TT-T-TTTTTGACAAA--G--CAAA-CG--A----A-C-CTTTAAT--T-CATT--ATTC
gi|112133 : G-CGAAA-TT-T--GGAC------C-TAGA-A---T-CTT-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--TAAA-C---A----G-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112134 : G-CAAAA-TT-TTGGGACT-----A-TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112135 : AAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-AGTCT-C-T-T-TT-T-TTT---GCAAA--A--GAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATCTAATTC
gi|112136 : aAA-TT-T--TGACT-----C-TAGA-A---T---T-C-TT-T-TTT---GCAAG--A--AAAA-CA--A----A-C-TTT---T--C-TATT---TTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 2 22 33333 2 1 222 1 2 2 2 222 333 44 11 1 555 3333 1 2 111 11 1 22
lowQualScore : . . . .. ..... . . ... . . . . ... ... .. .. . ... .... . . ... .. . ..
lowQualScore : 1 0 1 44 66666 1 0 888 0 1 1 1 555 222 99 44 1 000 3333 1 1 999 55 1 88
consensus : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
Reference ( family-491 ) : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112098 : ACAG-CAAAA-TT-T--G-ACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112099 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---AT---T-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112100 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T----T-T-TTT---GCTAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112101 : ACAG-CGAAG-TT-T--GGACTACAGAT-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TT----GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112102 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----A-TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112103 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAAGGG--AAAA-TACAA----A-C-TTT---T--T-TATTC-ATTC
gi|112104 : ACAG-CAAAA-AT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT----CAAA--G--AAAA-C---A----A-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112105 : ACAG-CAAAA-AG-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C--T-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-A-CTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112106 : ACAG-CGAAA-TT-T--GTACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---ACAAA--G--AAAA-A---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112107 : ACAG-C-AAA-TT-T--GGACT-----CATAGA-A---T-C-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--TACATT--ATTC
gi|112108 : ACAGGCGGAA-GT-T--GGATA-----C-TAGA-A---C-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAATGA--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112109 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAAA-C---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--ATAA-C---A----A-C-TTT---T--A-CAAT--ATTC
gi|112110 : ACAT-CGACA-TT-T--GGACT-----C-CAGA-A---T-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112111 : ACAG-CAAAA-TT----GGACT-----C-TAGA-A---T---T-C-TT-TCTTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTC---T--T-
gi|112112 : ACAG-CAAAA-TT-T--G-ACC-----C-TAGA-A---T-C-T------T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C---T---T--T-CATT--ATTCt
gi|112113 : ACAG-CGAAG-TTAT--GGA-T-----A-CAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--
gi|112114 : ACGG-CGAAG-TT-T--GGATA-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--G--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112115 : ACAG-CGAA--TT-T--GGATC-----CATAGA-A---C-C-T-CGTT-TATTT---GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112116 : ACAG-TGAAG-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--
gi|112117 : ACAG-CGAAG-TT-T--TGATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---ATTTTT-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112118 : ACAG-AAAAA-TT-T--GGATT-----C-TAAA-A---T-C-T-C----A-TTT---GCTGA--C--AAAA-C--------A-C-TTT---T--T-TATT--ATTC
gi|112119 : G-CGAA--TT-T--G-ACT-----C-TAGA-AA--T-T-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAAAC---A----A-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112120 : acatcaatACAG-CGAAG-TT-T--GGATA-----C-TAGA-G---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--GAAAAAA-T---A----A-T-TTT---A--T-CATT--ATTC
gi|112121 : ACAG-TGAAA-TT-T--GTATA-----C-TACA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--T--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CGTT--ATTC
gi|112122 : ACAG-CGAAG-TT-T--GGATA-----A-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--C--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112123 : ACAG-CGAAC-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-T-T-C-TTAT-TTT---TC-AA--C--AAAA-C---A----A-C-T
gi|112124 : ACAA-CGAA--TT-T--GGATT-----C-TAAC-A---T-T-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--C--AAAA-C---A----C-C-TTT---T--T--ATT--gtacattttatcat
gi|112125 : CAC-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C--T-T-TCT---GC-AA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112126 : CAG-CGAAAGTT-T--GGATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-T-ATTCC-GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-CTT---T--T-
gi|112127 : AG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-GAGA-A---T-C-T-C-TA-T-TCT---GCAAA--G--AAAT-CA--A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTCt
gi|112128 : AG-CAAAA-TT-G--GGACT-----C-GAGA-A---TAC-T-CATT-C-TTG---GCAAA--G--AAAT-C---A----AAC-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112129 : AG-CGAAA-TT-TT-GGACT-----C-TGAA-A---T-CCT-C-TT-T-TTT---GCAAC--G--AAAA-C---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112130 : AG-CGAAA-TT-T--GGACT-----T-TA-A-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TCT---TTGT-CATT--ATTC
gi|112131 : AG-CGAAG-TTGT--GAATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--G--AACA-C---A----A-C-TTT---T--T-CACT--ATTC
gi|112132 : AG-CAAAA-TT-T--GGACTC----C-TACAGA---T-C-T-C-TT-T-TTTTTGACAAA--G--CAAA-CG--A----A-C-CTTTAAT--T-CATT--ATTC
gi|112133 : G-CGAAA-TT-T--GGAC------C-TAGA-A---T-CTT-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--TAAA-C---A----G-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112134 : G-CAAAA-TT-TTGGGACT-----A-TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112135 : AAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-AGTCT-C-T-T-TT-T-TTT---GCAAA--A--GAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATCTAATTC
gi|112136 : aAA-TT-T--TGACT-----C-TAGA-A---T---T-C-TT-T-TTT---GCAAG--A--AAAA-CA--A----A-C-TTT---T--C-TATT---TTC
blockSeqs : G G A TG ACAGA A G GTC A C A G TC TTG GG AA A ACA TTTT A T TAA TG A TA
blockSeqs : . . G T C A . A . T A A TA CC TG . . A T . T . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AT . A . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqCons :
originalCons : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
finalCons : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 2 22 33333 2 1 222 1 2 2 2 222 333 44 11 1 555 3333 1 2 111 11 1 22
lowQualScore : . . . .. ..... . . ... . . . . ... ... .. .. . ... .... . . ... .. . ..
lowQualScore : 1 0 1 44 66666 1 0 888 0 1 1 1 555 222 99 44 1 000 3333 1 1 999 55 1 88
consensus : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
Reference ( family-491 ) : ACAG-CGAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112098 : ACAG-CAAAA-TT-T--G-ACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112099 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---AT---T-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112100 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T----T-T-TTT---GCTAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112101 : ACAG-CGAAG-TT-T--GGACTACAGAT-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TT----GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112102 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----A-TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-CTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112103 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAAGGG--AAAA-TACAA----A-C-TTT---T--T-TATTC-ATTC
gi|112104 : ACAG-CAAAA-AT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT----CAAA--G--AAAA-C---A----A-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112105 : ACAG-CAAAA-AG-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C--T-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-A-CTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112106 : ACAG-CGAAA-TT-T--GTACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---ACAAA--G--AAAA-A---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112107 : ACAG-C-AAA-TT-T--GGACT-----CATAGA-A---T-C-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--TACATT--ATTC
gi|112108 : ACAGGCGGAA-GT-T--GGATA-----C-TAGA-A---C-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAATGA--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112109 : ACAG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAAA-C---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--G--ATAA-C---A----A-C-TTT---T--A-CAAT--ATTC
gi|112110 : ACAT-CGACA-TT-T--GGACT-----C-CAGA-A---T-C-C-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112111 : ACAG-CAAAA-TT----GGACT-----C-TAGA-A---T---T-C-TT-TCTTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTC---T--T-
gi|112112 : ACAG-CAAAA-TT-T--G-ACC-----C-TAGA-A---T-C-T------T-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C---T---T--T-CATT--ATTCt
gi|112113 : ACAG-CGAAG-TTAT--GGA-T-----A-CAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--
gi|112114 : ACGG-CGAAG-TT-T--GGATA-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--G--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112115 : ACAG-CGAA--TT-T--GGATC-----CATAGA-A---C-C-T-CGTT-TATTT---GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112116 : ACAG-TGAAG-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C-TT-T-TTT---GCAAA--
gi|112117 : ACAG-CGAAG-TT-T--TGATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--G--AAAA-C---ATTTTT-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112118 : ACAG-AAAAA-TT-T--GGATT-----C-TAAA-A---T-C-T-C----A-TTT---GCTGA--C--AAAA-C--------A-C-TTT---T--T-TATT--ATTC
gi|112119 : G-CGAA--TT-T--G-ACT-----C-TAGA-AA--T-T-TAC-TT-T-TTT---GCAAA--G--AAAAAC---A----A-T-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112120 : acatcaatACAG-CGAAG-TT-T--GGATA-----C-TAGA-G---C-C-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--GAAAAAA-T---A----A-T-TTT---A--T-CATT--ATTC
gi|112121 : ACAG-TGAAA-TT-T--GTATA-----C-TACA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--T--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CGTT--ATTC
gi|112122 : ACAG-CGAAG-TT-T--GGATA-----A-TAGA-A---T-C-T-C-TT-A-TTT---GTAAA--C--AAAA-C---A----C-A-TTT---T--T-CATC--ATTC
gi|112123 : ACAG-CGAAC-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-T-T-C-TTAT-TTT---TC-AA--C--AAAA-C---A----A-C-T
gi|112124 : ACAA-CGAA--TT-T--GGATT-----C-TAAC-A---T-T-T-C-TT-A-TTT---GCAAA--C--AAAA-C---A----C-C-TTT---T--T--ATT--gtacattttatcat
gi|112125 : CAC-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-A---T-C-T-C--T-T-TCT---GC-AA--G--AAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112126 : CAG-CGAAAGTT-T--GGATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-T-ATTCC-GCAAAA-G--AAAA-C---A----A-C-CTT---T--T-
gi|112127 : AG-CAAAA-TT-T--GGACT-----C-GAGA-A---T-C-T-C-TA-T-TCT---GCAAA--G--AAAT-CA--A----A-C-TTT---T--T-CATT--ATTCt
gi|112128 : AG-CAAAA-TT-G--GGACT-----C-GAGA-A---TAC-T-CATT-C-TTG---GCAAA--G--AAAT-C---A----AAC-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112129 : AG-CGAAA-TT-TT-GGACT-----C-TGAA-A---T-CCT-C-TT-T-TTT---GCAAC--G--AAAA-C---A----A-CTTTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112130 : AG-CGAAA-TT-T--GGACT-----T-TA-A-A---T-C-T-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----A-C-TCT---TTGT-CATT--ATTC
gi|112131 : AG-CGAAG-TTGT--GAATA-----C-TAGA-A---C-C-T-C-TT-A-TTC---GCAAA--G--AACA-C---A----A-C-TTT---T--T-CACT--ATTC
gi|112132 : AG-CAAAA-TT-T--GGACTC----C-TACAGA---T-C-T-C-TT-T-TTTTTGACAAA--G--CAAA-CG--A----A-C-CTTTAAT--T-CATT--ATTC
gi|112133 : G-CGAAA-TT-T--GGAC------C-TAGA-A---T-CTT-C-TT-T-TCT---GCAAA--G--TAAA-C---A----G-C-TTT---T--T-CATT--ATTC
gi|112134 : G-CAAAA-TT-TTGGGACT-----A-TAGA-A---T-C-T-T-TT-T-TCT---GCAAA--G--AAAA-C---A----T-C--TT---T--T-CATT--ATTC
gi|112135 : AAA-TT-T--GGACT-----C-TAGA-AGTCT-C-T-T-TT-T-TTT---GCAAA--A--GAAA-C---A----A-C-TTT---T--T-CATCTAATTC
gi|112136 : aAA-TT-T--TGACT-----C-TAGA-A---T---T-C-TT-T-TTT---GCAAG--A--AAAA-CA--A----A-C-TTT---T--C-TATT---TTC