lowQualScore                  :                                                                                            222222                                                                                                                                                             33333333333333333333333333333333333333                          11111                                               11                                        
lowQualScore                  :      1       1 1     222  1    444444     11     2 444    1 2 1 1  33333 9999999 444 222   999999   222  9999999 222  1  5555 0  1   2 1   888888888 2222  2 55 1 2222  55    444 1   22 1   77777777     1   33    22 1   22222  0  1 777777777  33333  3333 77777777777777777777777777777777777777 2  3333 666    22      2 99999 6666666666     33  1 3 1 1   1   1 1 1 1      66     3  44  77 1   55 1 777 2  2        
lowQualScore                  :      .       . .     ...  .    ......     ..     . ...    . . . .  ..... ....... ... ...   ......   ...  ....... ...  .  .... .  .   . .   ......... ....  . .. . ....  ..    ... .   .. .   ........     .   ..    .. .   .....  .  . .........  .....  .... ...................................... .  .... ...    ..      . ..... ..........     ..  . . . .   .   . . . .      ..     .  ..  .. .   .. . ... .  .        
lowQualScore                  :      6       4 4     333  3    888888     77     4 555    2 4 2 2  00000 0000000 999 111   555555   111  2222222 111  2  6666 9  3   7 3   333333333 8888  7 00 3 8888  44    555 4   00 4   00000000     4   44    00 7   88888  1  4 111111111  77777  1111 77777777777777777777777777777777777777 9  0000 999    00      9 99999 5555555555     77  5 1 5 5   6   7 7 7 7      88     6  33  55 8   22 5 555 0  0        
consensus                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAT--A--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGGC--TATGGC-GG-G--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--TGC-A-A-TG-TTTATTTT
Reference ( gi|124172 )       : TACTT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAG--G--TTT---ACC------C---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT-A--T-G----ACT-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGA--------G-TT----T-A-AGGC--TATGGC-GC-G--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATC-CTCTC-AA--TC-GA-TAT--TGC-A-A-TG-TTTATTTT
gi|124173                     : TACTT-TTAATCA-T-TCATG---AC-ACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-C-AC--A--A--T----A---T---GTAT--A--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AGTCG---TCGTTCT-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGGC--TATGGC-GG-G--T----------AATTC--GA-A-A-C-GCA-CAT-T-C-A-AAATATG-CTCTT-AA--TT-AA-TAT--TCC-C-A-TG-TTTATTTT
gi|124174                     : TACTG-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-TC--A--A--A----A---T---GTAT--C--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTCTA-TTT-C-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GTAA---TCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TTGTTAC-C---------AT-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-A-AGGC--TATGGC-AG-G--C----------TATTC--GA-A-A-C-TCT-CAT-T-C-A-AGATATG-TTCTC-AA--TC-AA-TAT--TGC-A-A-TT-TTTATTTT
gi|124175                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCGCG---AC-ATAA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAT--A--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTCTC-TCT-C-------T----GT-ACAT-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGAC--TATGGC-GG-A--T----------TAGTT--AA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-TTCTC-AA--TC-AA-T
gi|124176                     : TACTT-TTGGTCA-T-TCATG---AC-ACGA------TGTAA--TATTT-A---AAAA-C-A-A-AC--A--A--A----A---T---GTAT--C--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTCTA-CCT-C-------T----GA-A--T-G----ACC-TTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGACTGA-GTT--CGGC--AATCG---ACGTCCC-C---------GT-----GT----C-------------AGAA--------TATGAACGATTTTG-TT----T-G-AGGC--TATGGC-GG-T--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-GTCTC-AA--TC-AA-TAT--TCC-C-A-TG-ATTATTTT
gi|124178                     : TACAT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAA------TGCAC--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----AGG-T---ATAT--A--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGC-TTCAA-TCTACATGTATAT----GT-G--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----------------------------------------------------------C--TATGAC-GG-G--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGAAATG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--TTC-A-A-TG-TTTATGTT
gi|124179                     : TATTT-CTAGTCA-T-TCATG---AC-ACGA------TGCAG--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---G----------T---ACT------T---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-G-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATT------------------G---TCGTTTC-C---------GC-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-ACGC--TATGGC-GG-G--TTATTCAAAAGTATTC--AA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--TGC-A-A-TG-CTTATTTT
gi|124177                     : TACTT-T-GGTCA-T-TCATG---AC-ACGA------TGTA---TATTT-T---AAAAAC-A-A-AC--A--A--A----A---T---GTAT--C--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTCTA-CCT-C-------T----GA-A--T-G----ACC-TTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGACTGA-GTT--CGGC--AATCG---ACGT-CC-C---------GT-----GT----C-------------AGAA--------TATGAACGATTTTG-TT----T-G-AGGC--TATGGC-GG-T--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-GTCTC-AA--TC-AA-TAT--TTC-C-A-TG-ATTATTTT
gi|124180                     : TGCTT-TTAGTCA-T-TCATA---AC-ACGA------TGCGG--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTA------CTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-CTCTA-TCT-G-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GC-----------------T--CGGC--A--------------------------------------C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGGC--TATGGC-GG-G--T----------TATTC--AA-A-A-C-GCT-CTT-T-C-A-AGATATG-CTCTCAAA--TC-AA-TAT--TGC-A-A-TG-TTTATTTT
gi|124181                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAG------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--TATA-A---T---GTAT--A--CTT---ACT------C---AT-TT----CGGT-TTCTA-AAT-A-------T----GT-A--T-G----ACT-TTGA---C-GTC--A-GC----------T--T-GTT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-GT----T-G-AGGC--TAT-GC-AA-A--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATGTG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--CGC-A-A-TA-TTTATTTT
gi|124182                     : TATTT-TAAGTCAGT-TCATG---A--ACAA------TGCAA--TATTTTC---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAT--A--TTT---ACT------TCGAAC-GG----TGGC-TTCAA-TCT-A-------TAATGGT-G----G----ACTCTTGA---C-GTC--AAGCAA---CCCGATTAT-GTTTTCGGCCAAATTG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-A-AGGC--TATGAC-G-----------------GTTCCGGG-G-A-CGGGT-CATCT-C-A-AGAAAT--GTCTC-AA--TC-AA-TCA--TGC---A-TG-TTTATTTT
gi|124184                     : TACTT----ATCA-T-TCA-A---ACGACCG------TGCAG--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTA------CTT---ACT------C---GC-AT----CGGTCTTCTA-TCT-G-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GC-----------------T--CGGC--A--CA---T--------------------------------------------------------T-TGC--------G-TT----T-G-AGGC--TTTGTG-GG-G--G----------TATTC--AA-A-ACC-GCT-C-T-T-C-A-AGATATG-CTCTC-AA--TCTAA-TATTGTGC-A-A-TG-TTTATTTT
gi|124183                     : TACTT-TTAGTCA-TGTCATG---AC-AAAAAAAGTTTGCAA--TATTT-TCCAAAAA-C-A-A-ACA-G--A--C----A---TAATGTAT--A--TTT---ACT------C---AT-GTG---CGGT-TT-TA-AAT-C-------T----GT-A--T-G-----CC-TTGA---C-GTC--A------------AGTAT-GTT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC--------GTTT----T-G-AG----TATGGCGGG-G--T----------TATTC--GACATA-C-GCT-CAT-T-C-AGAGATGTG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--CGC-AGA-TG-TTTTTTTT
gi|124185                     : TACTT-TTAGGCT-T-TCATG---AC-ACAG------CGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-ACAAA--A--TA---A---T---GAAT--A--TTT---ACT------C---A-----------------A---T-C-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GC------------AT-GTT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGCC--TATGGC-GG-G--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-
gi|124187                     : TAATT-TTAGTCA-T-TCATG---GC-ACGA------TGCCA--TATTT-CG--AAAA-CTA-A-AC--T--A--A----AAACT---GTCT--A--TTT---ACT----------AT-GT----TGAT-CCTAA-TCT-T-------T-----T-AAAT-G----ACC-TTGA---C-ACT--A-GCAA---TCCTATTAT-GTTT-CGGC--AATCGGTCCCGTTTCGC---------GTCGAGAGTATACC-------------A-----------T-TGC--------T-CT----TCG-AGACAGTATG-C-G--G--T----------TATTCT-GA-A-A-C-GTTTCAT-T-G-A-AGGTGTCGCACTT-AAACTT-GA-TTT--CAC-A---TG-TTTATTTT
gi|124186                     : TACTTATTGGT-A-T-TCATA---AC-ATAA------TGCAA--TATTT-AG--AAAA-A-A-A-AC--A--G--TCAAAA---T---GT-------TTTGTTACT------C---AC-GT----TGGT-TTCCA-TCT-C-------T----GT-A--T-C----A---TCGC---T-CTC--A-GTAA---CCCAATTGA-ATT--T-GC--AACCA---TCGTTCC-CAATATGATGAT-----AT----C-------------------------T-TGT--------G-TC----T-T-AGGC--TATGAC-GG-G--T----------TACAT--GA-A-A-C-ACT-GAT-T-
gi|124188                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAT--A--TGT---ACT------C---gtaggtgtgattccc
gi|124189                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAA------TACAG--TATTT-A---AAAA-C-A-A-AC--A--A--T----A---T---GTAT--A--TTT---ACT------C---AC-GT----
gi|124191                     : TACTT-CTAGCTA-T-TCATG---AC-AAGA------TGCAA--TATTT-C---AATA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTA------TTT---ACT------C---A
gi|124190                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCATG---AC-ACAG------TGCAA--------C---GATA-T-A-ATAT--G-----T----A---T---ATA------TTT---ACT------C---AT-GT----CGGT-TTCTA-
gi|124192                     : TGCTC-CTAGTCA-C-TCGTG---AA-ACGAC-----TGTTA--TATTT-T---AAAA-C---A-AC--G--A-------------------------------------------AC-GT------GT------------------------GT-A--C-G----ACC-TTGT---C-CTC--A-GCA--------------------------ATCA---TCGTTCC-C---------GT-----GT----CCGAGTACATGACGA-----------T-TGC--------G-TG----T-G-A-GT--TATGGC-GG-T--T----------TACAC--GA-A-G-C-GC
gi|124193                     :  ACTT-TTAGTCA-T-TGATG---AC-ACGC------TGCAA--CATTT-C---AAAA-C-G-A-AC--A--A--A----A---T---GTAT--A--TTT---ACG------T---AC-GT----C----------------------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGATTAA-GTT--CGGC--AATCA---TTGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------AGAGTATGACGAT-TAC--------G-TT----T-G-AATC--TATGGG-GA-T--T----------TATTC--GA-A-A-C-TCT-CAT-C-C-G-ATATA------TA-AA--TC-AA-TAT--TCC-C-A-TG-TTTATTcacaggagtttgaaattttatcaataaagtatattcattt
gi|124194                     :  ACTT-ATTGTCA-T-TCATG------------------CAA--TATTT-T---AAAA-C-A-A-AC--A--AATT----G---T---GTAG--AACTTC---ATT------C---AT-GT----CAGT-TTCAA-TCT-T-------T----GG-A--T-G----ATC-TGGA---T-TTC--A-GTAA---CCGGATTAT-GTT--TGGC--AATCA---ACATGCC-C---------
gi|124195                     :    TT-TTGGTCA-T-TCATG---AC-ACGT------TGCAA--CTCTT-C---AAAG-G-G-A-AC--G--A------------------------------A------------AC-GT----CAGT-TTCTA-TCT--------------------------------TGA---C-ATC--A-GCAA---TTTGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TTGTTCC-C---------GT-----GT----CCGAGTATGACA--A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGGT--TACGGC-AG-T--T----------TATTC--CA-A-A-C-GTT-agatatgacgattgcatcttcggctatactccagcaagctantagtaaccagattatgtttggcaatcaacattg
gi|124196                     :    TT-TTAGTCA-T--CATG---A----AG------CG--------TT-T---AAAA-C-A-A-AC--G--A--A----A---T---GTGC--A--TTT---ACT------C---AC-AT----T-GT-TTCCA-TCT-T-------C----GTAA--T-G----A
gi|124197                     :    TT-TTAGTCA-T-TCATG---A----AG------CG--------TT-T---AAAA-C-A-A-AC--G--A--A----A---T---G--G--GCATTT---ACT------C---GC-AT----T-GT-TTCCA-TCT-T-------C----GTAA--T-G----Agcccga
gi|124198                     :        TAGTCA-T-TCATGCAAAC-A-AA------TGCAA--TATTT-C---ACAA-CCACA-GC--GC-A--TT---A---T---GTAT--A--ATT---ACT------C---AC--T----AGGT-TTCTAATTT-C-------T----GA-A--T-------CC-TTGA---CAGTC--A-GCAA---CC-GAT-AT-GTT--CGGC--AATCG---CCGTTCC-G---------GG-----TT----T-------------A-----------A-TAC--------G-CT----T-G-AGGC--T-TGCCGGC-GGTT----------CATTC--GA-ATT-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-CTCTCAAA--TC-AA-TAT--TCC-A-gcccga
gi|124199                     :         AATCA-T-TTATA---AC-ACGA------TGTAA--TATTC-T---AAAA-C-A-A-AA--A--A--T----G---T---ATAACAG--CA----ACT------C---TT-GC----CAGT-TCCAA-TCT-T-------A----GT-A--C-A----ACT-TCAGTCTC-ATC--A-GCA-------TATTAT-GTT--CAGC--AATCA---TGGTTCT-C---------AT-----GT----A-------------G--------------GA--------G-TTCGCCC-G-AGGC--TATGGC-G--G--T----------T
gi|124200                     :         AATCA-T-TTAT----AC-AC---------GTAA--TATTC-T---AAAA-C-A-A-AA--A--A--T----G---T---ATAACAG--CA----ACT------C---TT-GC----CAGT-TCCAA-TCT-T-------A----GT-A--C-A----ACT-TCAGTT-C-ATC--A-GCA-------TATTAT-GTT--CAGC--AATCA---T-GTTCT-C---------AT-----GT----A-------------G--------------GA--------G-TT----C-GCCGGC--TATGGC-Gtgtacatactactcataacacatgtaggtaagttctcaagtgatatgcccttcttttatttt
gi|124201                     :                  CATG---AC-ACAG------TGCAAATTATTTTC---AAAA-C-A-A-AC--ATTA--T----AA--T---GTAT--A--CTT---ACC------C----C-ATTC--CGGT-TTCTA-AA--C-------T----GT-AA-T-G----ACC---GA---C-GTC--A-GCA-----CT--------TT--CGGC--AG-------------------------------AT----C-------------A-----------T-TGA--------GGTT----T-G-AGGC--TATGGC-GGAG--T----------TATTT--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATGTG-CTCTC-AA--TC-CACTAT--CGC-A-A-TGCTTTATTTTtttgtacataactcataacacatgtaggtaagtctcaagtgatatgccttctttttttt
gi|124202                     :                    TG---AC-ACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAG-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---G
gi|124203                     :                              AA------TGCAA--TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAT--G--TTT---ACT------C---AC-GT----CAGC-TTCAA-TCT-A-------G----AT-A--T-GTGTCACC-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---CCGTTCC-C---------GT-----AT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-A-AGGC--TGTGAC-GG-G--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGAAATG-TTCTC-AG--TC-AA-TAT--CGA-A-A-TG-TTTATGTT
gi|124205                     :                                ------TGCAA--TATTC-T---AAAA-A-A-A-A------A--A----A---T---GTAG------TT---ACT------C---AC-GTACATCAGT-TTCTA-TCT-T-------T----GT-A--T-G----ACC-TTAA---T-CTC--A-
gi|124206                     :                                           --TATTT-C---AAAA-C-A-A-AC--G--A--T----A---T---GTAT--A--TTT---ACT------C---AC-GT----CGGT-TTTTA-CCT-C-------T----GT-A--T-G----ACC-TTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-GTT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC--------G-TT----T-G-AGGC--TATGGC-GG-G--T----------TATTC--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-C-A-AGATATG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--TGC-A-A-TG-TTTATTTT
gi|124207                     :                                                                       --A--T----G---T---GTAG------CT---ACCGTAATTC---AT-GT----CA-T-TTCCA-TCT-T-------C----CT-A--T-G----ATT-TTTT---T-GTCTTA-ACAATTACCCGATGAC-GTT--GGGC--AATCG---TC---CC-C---------GT-----GT----C-------------
gi|124204                     :                                                                                             --G--TTA---GCT------C---ACTGT----CC-T-TTC-A-TCT-C-------T----GT-A--TTG----ACC-TTGA---C-ATC--A-GCAAA--CCCGATTATTGTT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-CC--------GT-----GT----C-------------A-----------TGTGC--------G-TT------G-AGGC--TATGGC-GG-G--T----------TATTC--GA-A-A-T-GCT-CAT-TGCGA-AGATATG-CTCTC-AAG-TC-AA-TAT--TTC-C-CTTG-TTTATTTT
gi|124208                     :                                                                                                                                                                      aatacaagttatttgagtggcacactttgcgtattAT-GTT--CGGC--AATTG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------AGAGTATGACGTT-TGC--------G-TT----T-G-AGAC--TGTGGC-GG-T--T----------TATTT--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-A-A-GGATATG-CTCTC-AA--TC-AA-TAT--TCC-C-A-TG-TCTAGTTT
gi|124209                     :                                                                                                                                                                                                                                                               -------------A-----------T-TGC--------G-TC----T-A-ATGG--TATGGC-AG-T--T----------TATGA--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-A-T-AGGCATG-TTCTC-AA--GC-AA-TA---TGCTC-T-TG-TTTGTTTT
gi|124210                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TC----T-A-ATGC--TATGGC-GG-T--T----------TATGA--GA-A-A-C-GCT-CAT-T-A-T-AGACATG-ATCTT-AA--GC-AA-TATGCTCC-----TG-TTTACTTT

lowQualScore                  :                                                                         1111111                                                                                                                                                                             3333333333333333333333333                                                                                                                                    
lowQualScore                  :      1       1 1   11  222     6666666     11     2 555     2 1   44444 0000000 444 111     555    1 333333  222  1  5555    1   2 1   777777777 2222  44 33 1 2222  1     444 1   11 1   5555  11     1 1  11    11 1   222 0     1 999999999  33333  4444 7777777777777777777777777 1   1 2    1    11 11  33333   1  22 6666666666     33  1 2 1 1 1     3 1 1 55555      1 0  1  3  1 1 1     44 0 888 1 22 1        
lowQualScore                  :      .       . .   ..  ...     .......     ..     . ...     . .   ..... ....... ... ...     ...    . ......  ...  .  ....    .   . .   ......... ....  .. .. . ....  .     ... .   .. .   ....  ..     . .  ..    .. .   ... .     . .........  .....  .... ......................... .   . .    .    .. ..  .....   .  .. ..........     ..  . . . . .     . . . .....      . .  .  .  . . .     .. . ... . .. .        
lowQualScore                  :      5       4 4   88  333     0000000     66     4 666     4 2   00000 3333333 777 999     666    1 333333  000  2  5555    2   3 2   777777777 7777  44 11 3 7777  3     000 4   99 4   3333  44     4 4  99    99 3   444 3     4 888888888  44444  8888 3333333333333333333333333 4   4 8    4    88 88  33333   3  88 0000000000     33  4 8 4 4 4     0 5 5 22222      5 8  6  2  6 6 6     66 4 888 8 55 8        
consensus                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
Reference ( family-490 )      : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124172                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTAGG---TTTA-C------CC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-TTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGA-G-TTTA-AGGC--T--AT-----GGC-GC-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-CCTC-TC-AA-T-C-GATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124173                     : TACTT-TTAATCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-CAC--A--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AGTCG---TCGTTCT-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------AATTC--GA-A-A-C-G-CACAT-T-C-A-----AAATAT-GCTC-TT-AA-T-T-AATAT--TCC-C-A-T--G-TTTATTTT
gi|124174                     : TACTG-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-ATC--A--A--A----A---T---GTATC---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TTT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GTAA---TCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TTGTTAC-C---------AT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTA-AGGC--T--AT-----GGC-AG-GC----------TATTC--GA-A-A-C-T-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GTTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--T-TTTATTTT
gi|124175                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCG--CG---ACATAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTC-TCT-C-------T----GT--ACAT-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGAC--T--AT-----GGC-GG-AT----------TAGTT--AA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GTTC-TC-AA-T-C-AAT
gi|124176                     : TACTT-TTGGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGTAA--TATTT-A---AAAAC-A-AAC--A--A--A----A---T---GTATC---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-CCT-C-------T----GA--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGACTGA-G-TT--CGGC--AATCG---ACGTCCC-C---------GT-----GT----CAGAATATGAACG-A-----------T-TTT-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GGTC-TC-AA-T-C-AATAT--TCC-C-A-T--G-ATTATTTT
gi|124177                     : TACTT-T-GGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGT-A--TATTT-TA--AAAAC-A-AAC--A--A--A----A---T---GTATC---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-CCT-C-------T----GA--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGACTGA-G-TT--CGGC--AATCG---ACG-TCC-C---------GT-----GT----CAGAATATGAACG-A-----------T-TTT-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GGTC-TC-AA-T-C-AATAT--TTC-C-A-T--G-ATTATTTT
gi|124178                     : TACAT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAC--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----AGG-T---ATATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGC-TTCAA-TCTACATGTATAT----GT--G--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C--------------------------------------------T--AT-----GAC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGAAAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TTC-A-A-T--G-TTTATGTT
gi|124179                     : TATTT-CTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAG--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTA----------C------TT---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-G-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATT-------------------G---TCGTTTC-C---------GC-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-ACGC--T--AT-----GGC-GG-GTTATTCAAAAGTATTC--AA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-CTTATTTT
gi|124180                     : TGCTT-TTAGTCA-T-TCA--TA---ACACGA------TGCGG--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---G--TA---CTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-CTCTA-TCT-G-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GC------------------T--CGGC--A--------------------------------------C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--AA-A-A-C-G-CTCTT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TCAAA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124181                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAG------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--TATA-A---T---GTATA---CTTA-C------TC---AT-TT----CGGT-TTCTA-AAT-A-------T----GT--A--T-G----AC-TTTGA---C-GTC--A-GC----------T--T-G-TT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC-G-GTTG-AGGC--T--AT------GC-AA-AT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATGT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--CGC-A-A-T--A-TTTATTTT
gi|124182                     : TATTT-TAAGTCAGT-TCA--TG---A-ACAA------TGCAA--TATTTTC---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TTCGAAC-GG----TGGC-TTCAA-TCT-A-------TAATGGT--G----G----ACTCTTGA---C-GTC--AAGCAA---CCCGATTAT-G-TTTTCGGCCAAATTG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTA-AGGC--T--AT-----GAC-GG---------------TTCCGGG-G-A-CGG-GTCATCT-C-A-----AGAAAT-G-TC-TC-AA-T-C-AATCA--TGC---A-T--G-TTTATTTT
gi|124183                     : TACTT-TTAGTCA-TGTCA--TG---ACAAAAAAAGTTTGCAA--TATTT-TCCAAAAAC-A-AACA-G--A--C----A---TAATGTATA---TTTA-C------TC---AT-GTG---CGGT-TT-TA-AAT-C-------T----GT--A--T-G-----C-CTTGA---C-GTC--A------------AGTAT-G-TT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC-GTTTTG-AG----T--AT-----GGCGGG-GT----------TATTC--GACATA-C-G-CTCAT-T-C-AG----AGATGT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--CGC-AGA-T--G-TTTTTTTT
gi|124184                     : TACTT----ATCA-T-TCAAACG---AC-CG-------TGCAG--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---G--TA---CTTA-C------TC---GC-AT----CGGTCTTCTA-TCT-G-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GC------------------T--CGGC--A--CA---T--------------------------------------------------------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--TT-----GTG-GG-GG----------TATTC--AA-A-ACC-G-CTC-T-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-CTAATATTGTGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124185                     : TACTT-TTAGGCT-T-TCA--TG---ACACAG------CGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AACAAA--A--TA---A---T---GAATA---TTTA-C------TC---A-----------------A---T-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GC------------AT-G-TT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGCC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----
gi|124186                     : TACTTATTGGT-A-T-TCA--TA---ACATAA------TGCAA--TATTT-AG--AAAAA-A-AAC--A--G--TCAAAA---T---GTTTT---GTTA-C------TC---AC-GT----TGGT-TTCCA-TCT-C-------T----GT--A--T-------C-ATCGC---T-CTC--A-GTAA---CCCAATTGA-A-TT--T-GC--AACCA---TCGTTCC-CAATATGATGAT-----AT----C-------------------------T-TGT-G-TCTT-AGGC--T--AT-----GAC-GG-GT----------TACAT--GA-A-A-C-A-CTGAT-T-G-T-----AGGTGT-G
gi|124187                     : TAATT-TTAGTCA-T-TCA--TG---GCACGA------TGCCA--TATTT-CG--AAAACTA-AAC--T--A--A----AAACT---GTCTA---TTTA-C------T----AT-GT----TGAT-CCTAA-TCT-T-------T-----TAAA--T-G----AC-CTTGA---C-ACT--A-GCAA---TCCTATTAT-GTTT--CGGC--AATCGGTCCCGTTTCGC---------GTCGAGAGTATACC-------------A-----------T-TGCTC-TTCG-AGACAGT--AT------GC--G-GT----------TATTCT-GA-A-A-C-GTTTCAT-T-G-A-----AGGTGTCGCAC-TT-AA-A-C-TTGAT--TTC-ACA-T--G-TTTATTTTattccc
gi|124188                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TGTA-C------TC---
gi|124189                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TACAG--TATTT-A---AAAAC-A-AAC--A--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----
gi|124190                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAG------TGCAA--------C---GATAT-A-A----T--A--T----G---T---ATATA---TTTA-C------TC---AT-GT----CGGT-TTCTA-
gi|124191                     : TACTT-CTAGCTA-T-TCA--TG---ACAAGA------TGCAA--TATTT-C---AATAC-A-AAC--G--A--T----A---T---G--TA---TTTA-C------TC---A
gi|124192                     : TGCTC-CTAGTCA-C-TCG--TG---AAACGAC-----TGTTA--TATTT-T---AAAAC---AAC--G--A----------------------------------------AC-GT-----G---------------------T----GT--A--C-G----AC-CTTGT---C-CTC--A-G-------------------------C--AATCA---TCGTTCC-C---------GT-----GT----CCGAGTACATGACGA-----------T-TGC-G-TGTG-A-GT--T--AT-----GGC-GG-TT----------TACAC--GA-A-G-C-G-C
gi|124193                     :  ACTT-TTAGTCA-T-TGA--TG---ACACGC------TGCAA--CATTT-C---AAAAC-G-AAC--A--A--A----A---T---GTATA---TTTA-C------GT---AC-GT----C----------------------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGATTAA-G-TT--CGGC--AATCA---TTGTTCC-C---------GT-----GT----CAGAGTATGACG--A-----------T-TAC-G-TTTG-AATC--T--AT-----GGG-GA-TT----------TATTC--GA-A-A-C-T-CTCAT-C-C-G-----ATATAT-A-------AA-T-C-AATAT--TCC-C-A-T--G-TTTATTcacaggagtttgaaattttatcaataaagtatattcattt
gi|124194                     :  ACTT-ATTGTCA-T-TCA--TG-----------------CAA--TATTT-T---AAAAC-A-AAC--A--AATT----G---T---GTAGAAC-TTCA-T------TC---AT-GT----CAGT-TTCAA-TCT-T-------T----GG--A--T-G----AT-CTGGA---T-TTC--A-GTAA---CCGGATTAT-G-TT--TGGC--AATCA---ACATGCC-CAGAT-----AT-----GA----CG------------A-----------T-TGC-A-TCTT-CGGC--T--ATACTCCAGC-AA-GC----------TANTA--GT-A-A-C-----------C-A-----GATTAT-GTTTGGC-AA-T-C-AACAT--TG
gi|124195                     :    TT-TTGGTCA-T-TCA--TG---ACACGT------TGCAA--CTCTT-C---AAAGG-G-AAC--G--A--------------------------A-------------AC-GT----CAGT-TTCTA-TCT---------------------------------TGA---C-ATC--A-GCAA---TTTGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TTGTTCC-C---------GT-----GT----CCGAGTATGACA--A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGT--T--AC-----GGC-AG-TT----------TATTC--CA-A-A-C-G-TT
gi|124196                     :    TT-TTAGTCA-T--CA--TG---AAGCG-----------------TT-T---AAAAC-A-AAC--G--A--A----A---T---GTGCA---TTTA-C------TC---AC-AT----T-GT-TTCCA-TCT-T-------C----GTA-A--T-G----AG-CCCGA---
gi|124197                     :    TT-TTAGTCA-T-TCA--TG---AAGCG-----------------TT-T---AAAAC-A-AAC--G--A--A----A---T---GGGCA---TTTA-C------TC---GC-AT----T-GT-TTCCA-TCT-T-------C----GTA-A--T-G----AG-CCCGA---
gi|124198                     :        TAGTCA-T-TCA--TGCAAACA-AA------TGCAA--TATTT-C---ACAACCACAGC--GC-A--TT---A---T---GTATA---ATTA-C------TC---AC--T----AGGT-TTCTAATTT-C-------T----GA--A--T-------C-CTTGA---CAGTC--A-GCAA---CC-GAT-AT-G-TT--CGGC--AATCG---CCGTTCC-G---------GG-----TT----T-------------A-----------A-TAC-G-CTTG-AGGC--TTGCC-----GGC-GG-TT----------CATTC--GA-ATT-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TCAAA-T-C-AATAT--TCC-A-
gi|124199                     :         AATCA-T-TTA--TA---ACACGA------TGTAA--TATTC-T---AAAAC-A-AA------A--A----A---T---GTATAACAGCAA-C------TC---TT-GC----CAGT-TCCAA-TCT-T-------A----GT--A--C-A----AC-TTCAGTCTC-ATC--A-GCA-------TATTAT-G-TT--CAGC--AATCA---TGGTTCT-C---------AT-----GTAG--G-------------A-----------G-TTC-G-CCCG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TGTAC--AT-A-C-T-A-CTCATAA-C-ACATGTAGGTAA-GTTC-TC-AA-G-T-GATA---TGC-C-C-TTCT-TTTATTTT
gi|124200                     :         AATCA-T-TTA--T----ACACG---------TAA--TATTC-T---AAAAC-A-AA------A--A----A---T---GTATAACAGCAA-C------TC---TT-GC----CAGT-TCCAA-TCT-T-------A----GT--A--C-A----AC-TTCAGTT-C-ATC--A-GCA-------TATTAT-G-TT--CAGC--AATCA---T-GTTCT-C---------AT-----GT----A-------------G--------------GA-G-TTCGCCGGC--T--AT-----GGC-G
gi|124201                     :                  CA--TG---ACACAG------TGCAAATTATTTTC---AAAAC-A-AAC--ATTA--T----AA--T---GTATA---CTTA-C------CC----C-ATTC--CGGT-TTCTA-AA--C-------T----GT--AA-T-G----AC-C--GA---C-GTC--A-GCA-----CT---------TT--CGGC--AG-------------------------------AT----C-------------A-----------T-TGA-GGTTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GGAGT----------TATTT--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATGT-GCTC-TC-AA-TCC-ACTAT--CGC-A-A-T--GCTTTATTTTtttgtacataactcataacacatgtaggtaagtctcaagtgatatgccttctttttttt
gi|124202                     :                    --TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAGC-A-AAC--G--A--T----A---T---G
gi|124203                     :                                A------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATG---TTTA-C------TC---AC-GT----CAGC-TTCAA-TCT-A-------G----AT--A--T-GTGTCAC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---CCGTTCC-C---------GT-----AT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTA-AGGC--T--GT-----GAC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGAAAT-GTTC-TC-AG-T-C-AATAT--CGA-A-A-T--G-TTTATGTT
gi|124204                     :                                                                                    a---GTATT---GTTAGC------TC---ACTGT----CC-T-TTC-A-TCT-C-------T----GT--A--TTG----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAAA--CCCGATTATTG-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-CC--------GT-----GT----C-------------A-----------TGTGC-G-TT-G-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-T-G-CTCAT-TGCGA-----AGATAT-GCTC-TC-AAGT-C-AATAT--TTC-C-CTT--G-TTTATTTT
gi|124205                     :   aatacaagttatttgagtggcacactttgc------TGCAA--TATTC-T---AAAAA-A-AA------A--A----A---T---GTAG-----TTA-C------TC---AC-GTACATCAGT-TTCTA-TCT-T-------T----GT--A--T-G----AC-CTTAA---T-CTC--A-
gi|124206                     :                                            --TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTTTA-CCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124207                     :                                                                            ----A---T---GTGTA---GCTA-CCGTAATTC---AT-GT----CA-T-TTCCA-TCT-T-------C----CT--A--T-G----AT-TTTTT---T-GTCTTA-ACAATTACCCGATGAC-G-TT--GGGC--AATCG---TC---CC-C---------GT-----GT----C-------------
gi|124208                     :                                                                                                                                                                                                      AT-G-TT--CGGC--AATTG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------AGAGTATGACGTT-TGC-G-TTTG-AGAC--T--GT-----GGC-GG-TT----------TATTT--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-A-A-----GGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TCC-C-A-T--G-TCTAGTTT
gi|124209                     :                                                                                                                                                                                                                                                             -------------A-----------T-TGC-G-TCTA-ATGG--T--AT-----GGC-AG-TT----------TATGA--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-A-T-----AGGCAT-GTTC-TC-AA-G-C-AATA---TGCTC-T-T--G-TTTGTTTT
gi|124210                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TATGA--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-A-T-----AGACAT-GATC-TT-AA-G-C-AATATGCTCC-----T--G-TTTACTTT

lowQualScore                  :                                                                         1111111                                                                                                                                                                             3333333333333333333333333                                                                                                                                    
lowQualScore                  :      1       1 1   11  222     6666666     11     2 555     2 1   44444 0000000 444 111     555    1 333333  222  1  5555    1   2 1   777777777 2222  44 33 1 2222  1     444 1   11 1   5555  11     1 1  11    11 1   222 0     1 999999999  33333  4444 7777777777777777777777777 1   1 2    1    11 11  33333   1  22 6666666666     33  1 2 1 1 1     3 1 1 55555      1 0  1  3  1 1 1     44 0 888 1 22 1        
lowQualScore                  :      .       . .   ..  ...     .......     ..     . ...     . .   ..... ....... ... ...     ...    . ......  ...  .  ....    .   . .   ......... ....  .. .. . ....  .     ... .   .. .   ....  ..     . .  ..    .. .   ... .     . .........  .....  .... ......................... .   . .    .    .. ..  .....   .  .. ..........     ..  . . . . .     . . . .....      . .  .  .  . . .     .. . ... . .. .        
lowQualScore                  :      5       4 4   88  333     0000000     66     4 666     4 2   00000 3333333 777 999     666    1 333333  000  2  5555    2   3 2   777777777 7777  44 11 3 7777  3     000 4   99 4   3333  44     4 4  99    99 3   444 3     4 888888888  44444  8888 3333333333333333333333333 4   4 8    4    88 88  33333   3  88 0000000000     33  4 8 4 4 4     0 5 5 22222      5 8  6  2  6 6 6     66 4 888 8 55 8        
consensus                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
Reference ( family-490 )      : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124172                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTAGG---TTTA-C------CC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-TTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGA-G-TTTA-AGGC--T--AT-----GGC-GC-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-CCTC-TC-AA-T-C-GATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124173                     : TACTT-TTAATCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-CAC--A--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AGTCG---TCGTTCT-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------AATTC--GA-A-A-C-G-CACAT-T-C-A-----AAATAT-GCTC-TT-AA-T-T-AATAT--TCC-C-A-T--G-TTTATTTT
gi|124174                     : TACTG-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-ATC--A--A--A----A---T---GTATC---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TTT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GTAA---TCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TTGTTAC-C---------AT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTA-AGGC--T--AT-----GGC-AG-GC----------TATTC--GA-A-A-C-T-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GTTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--T-TTTATTTT
gi|124175                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCG--CG---ACATAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTC-TCT-C-------T----GT--ACAT-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGAC--T--AT-----GGC-GG-AT----------TAGTT--AA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GTTC-TC-AA-T-C-AAT
gi|124176                     : TACTT-TTGGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGTAA--TATTT-A---AAAAC-A-AAC--A--A--A----A---T---GTATC---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-CCT-C-------T----GA--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGACTGA-G-TT--CGGC--AATCG---ACGTCCC-C---------GT-----GT----CAGAATATGAACG-A-----------T-TTT-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GGTC-TC-AA-T-C-AATAT--TCC-C-A-T--G-ATTATTTT
gi|124177                     : TACTT-T-GGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGT-A--TATTT-TA--AAAAC-A-AAC--A--A--A----A---T---GTATC---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-CCT-C-------T----GA--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGACTGA-G-TT--CGGC--AATCG---ACG-TCC-C---------GT-----GT----CAGAATATGAACG-A-----------T-TTT-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GGTC-TC-AA-T-C-AATAT--TTC-C-A-T--G-ATTATTTT
gi|124178                     : TACAT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAC--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----AGG-T---ATATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGC-TTCAA-TCTACATGTATAT----GT--G--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C--------------------------------------------T--AT-----GAC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGAAAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TTC-A-A-T--G-TTTATGTT
gi|124179                     : TATTT-CTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAG--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTA----------C------TT---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-G-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATT-------------------G---TCGTTTC-C---------GC-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-ACGC--T--AT-----GGC-GG-GTTATTCAAAAGTATTC--AA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-CTTATTTT
gi|124180                     : TGCTT-TTAGTCA-T-TCA--TA---ACACGA------TGCGG--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---G--TA---CTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-CTCTA-TCT-G-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GC------------------T--CGGC--A--------------------------------------C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--AA-A-A-C-G-CTCTT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TCAAA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124181                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAG------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--TATA-A---T---GTATA---CTTA-C------TC---AT-TT----CGGT-TTCTA-AAT-A-------T----GT--A--T-G----AC-TTTGA---C-GTC--A-GC----------T--T-G-TT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC-G-GTTG-AGGC--T--AT------GC-AA-AT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATGT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--CGC-A-A-T--A-TTTATTTT
gi|124182                     : TATTT-TAAGTCAGT-TCA--TG---A-ACAA------TGCAA--TATTTTC---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TTCGAAC-GG----TGGC-TTCAA-TCT-A-------TAATGGT--G----G----ACTCTTGA---C-GTC--AAGCAA---CCCGATTAT-G-TTTTCGGCCAAATTG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTA-AGGC--T--AT-----GAC-GG---------------TTCCGGG-G-A-CGG-GTCATCT-C-A-----AGAAAT-G-TC-TC-AA-T-C-AATCA--TGC---A-T--G-TTTATTTT
gi|124183                     : TACTT-TTAGTCA-TGTCA--TG---ACAAAAAAAGTTTGCAA--TATTT-TCCAAAAAC-A-AACA-G--A--C----A---TAATGTATA---TTTA-C------TC---AT-GTG---CGGT-TT-TA-AAT-C-------T----GT--A--T-G-----C-CTTGA---C-GTC--A------------AGTAT-G-TT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC-GTTTTG-AG----T--AT-----GGCGGG-GT----------TATTC--GACATA-C-G-CTCAT-T-C-AG----AGATGT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--CGC-AGA-T--G-TTTTTTTT
gi|124184                     : TACTT----ATCA-T-TCAAACG---AC-CG-------TGCAG--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---G--TA---CTTA-C------TC---GC-AT----CGGTCTTCTA-TCT-G-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GC------------------T--CGGC--A--CA---T--------------------------------------------------------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--TT-----GTG-GG-GG----------TATTC--AA-A-ACC-G-CTC-T-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-CTAATATTGTGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124185                     : TACTT-TTAGGCT-T-TCA--TG---ACACAG------CGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AACAAA--A--TA---A---T---GAATA---TTTA-C------TC---A-----------------A---T-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GC------------AT-G-TT--CGGC--A--------------------------------GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGCC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----
gi|124186                     : TACTTATTGGT-A-T-TCA--TA---ACATAA------TGCAA--TATTT-AG--AAAAA-A-AAC--A--G--TCAAAA---T---GTTTT---GTTA-C------TC---AC-GT----TGGT-TTCCA-TCT-C-------T----GT--A--T-------C-ATCGC---T-CTC--A-GTAA---CCCAATTGA-A-TT--T-GC--AACCA---TCGTTCC-CAATATGATGAT-----AT----C-------------------------T-TGT-G-TCTT-AGGC--T--AT-----GAC-GG-GT----------TACAT--GA-A-A-C-A-CTGAT-T-G-T-----AGGTGT-G
gi|124187                     : TAATT-TTAGTCA-T-TCA--TG---GCACGA------TGCCA--TATTT-CG--AAAACTA-AAC--T--A--A----AAACT---GTCTA---TTTA-C------T----AT-GT----TGAT-CCTAA-TCT-T-------T-----TAAA--T-G----AC-CTTGA---C-ACT--A-GCAA---TCCTATTAT-GTTT--CGGC--AATCGGTCCCGTTTCGC---------GTCGAGAGTATACC-------------A-----------T-TGCTC-TTCG-AGACAGT--AT------GC--G-GT----------TATTCT-GA-A-A-C-GTTTCAT-T-G-A-----AGGTGTCGCAC-TT-AA-A-C-TTGAT--TTC-ACA-T--G-TTTATTTTattccc
gi|124188                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TGTA-C------TC---
gi|124189                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAA------TACAG--TATTT-A---AAAAC-A-AAC--A--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----
gi|124190                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACAG------TGCAA--------C---GATAT-A-A----T--A--T----G---T---ATATA---TTTA-C------TC---AT-GT----CGGT-TTCTA-
gi|124191                     : TACTT-CTAGCTA-T-TCA--TG---ACAAGA------TGCAA--TATTT-C---AATAC-A-AAC--G--A--T----A---T---G--TA---TTTA-C------TC---A
gi|124192                     : TGCTC-CTAGTCA-C-TCG--TG---AAACGAC-----TGTTA--TATTT-T---AAAAC---AAC--G--A----------------------------------------AC-GT-----G---------------------T----GT--A--C-G----AC-CTTGT---C-CTC--A-G-------------------------C--AATCA---TCGTTCC-C---------GT-----GT----CCGAGTACATGACGA-----------T-TGC-G-TGTG-A-GT--T--AT-----GGC-GG-TT----------TACAC--GA-A-G-C-G-C
gi|124193                     :  ACTT-TTAGTCA-T-TGA--TG---ACACGC------TGCAA--CATTT-C---AAAAC-G-AAC--A--A--A----A---T---GTATA---TTTA-C------GT---AC-GT----C----------------------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAA---CCCGATTAA-G-TT--CGGC--AATCA---TTGTTCC-C---------GT-----GT----CAGAGTATGACG--A-----------T-TAC-G-TTTG-AATC--T--AT-----GGG-GA-TT----------TATTC--GA-A-A-C-T-CTCAT-C-C-G-----ATATAT-A-------AA-T-C-AATAT--TCC-C-A-T--G-TTTATTcacaggagtttgaaattttatcaataaagtatattcattt
gi|124194                     :  ACTT-ATTGTCA-T-TCA--TG-----------------CAA--TATTT-T---AAAAC-A-AAC--A--AATT----G---T---GTAGAAC-TTCA-T------TC---AT-GT----CAGT-TTCAA-TCT-T-------T----GG--A--T-G----AT-CTGGA---T-TTC--A-GTAA---CCGGATTAT-G-TT--TGGC--AATCA---ACATGCC-CAGAT-----AT-----GA----CG------------A-----------T-TGC-A-TCTT-CGGC--T--ATACTCCAGC-AA-GC----------TANTA--GT-A-A-C-----------C-A-----GATTAT-GTTTGGC-AA-T-C-AACAT--TG
gi|124195                     :    TT-TTGGTCA-T-TCA--TG---ACACGT------TGCAA--CTCTT-C---AAAGG-G-AAC--G--A--------------------------A-------------AC-GT----CAGT-TTCTA-TCT---------------------------------TGA---C-ATC--A-GCAA---TTTGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TTGTTCC-C---------GT-----GT----CCGAGTATGACA--A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGT--T--AC-----GGC-AG-TT----------TATTC--CA-A-A-C-G-TT
gi|124196                     :    TT-TTAGTCA-T--CA--TG---AAGCG-----------------TT-T---AAAAC-A-AAC--G--A--A----A---T---GTGCA---TTTA-C------TC---AC-AT----T-GT-TTCCA-TCT-T-------C----GTA-A--T-G----AG-CCCGA---
gi|124197                     :    TT-TTAGTCA-T-TCA--TG---AAGCG-----------------TT-T---AAAAC-A-AAC--G--A--A----A---T---GGGCA---TTTA-C------TC---GC-AT----T-GT-TTCCA-TCT-T-------C----GTA-A--T-G----AG-CCCGA---
gi|124198                     :        TAGTCA-T-TCA--TGCAAACA-AA------TGCAA--TATTT-C---ACAACCACAGC--GC-A--TT---A---T---GTATA---ATTA-C------TC---AC--T----AGGT-TTCTAATTT-C-------T----GA--A--T-------C-CTTGA---CAGTC--A-GCAA---CC-GAT-AT-G-TT--CGGC--AATCG---CCGTTCC-G---------GG-----TT----T-------------A-----------A-TAC-G-CTTG-AGGC--TTGCC-----GGC-GG-TT----------CATTC--GA-ATT-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TCAAA-T-C-AATAT--TCC-A-
gi|124199                     :         AATCA-T-TTA--TA---ACACGA------TGTAA--TATTC-T---AAAAC-A-AA------A--A----A---T---GTATAACAGCAA-C------TC---TT-GC----CAGT-TCCAA-TCT-T-------A----GT--A--C-A----AC-TTCAGTCTC-ATC--A-GCA-------TATTAT-G-TT--CAGC--AATCA---TGGTTCT-C---------AT-----GTAG--G-------------A-----------G-TTC-G-CCCG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TGTAC--AT-A-C-T-A-CTCATAA-C-ACATGTAGGTAA-GTTC-TC-AA-G-T-GATA---TGC-C-C-TTCT-TTTATTTT
gi|124200                     :         AATCA-T-TTA--T----ACACG---------TAA--TATTC-T---AAAAC-A-AA------A--A----A---T---GTATAACAGCAA-C------TC---TT-GC----CAGT-TCCAA-TCT-T-------A----GT--A--C-A----AC-TTCAGTT-C-ATC--A-GCA-------TATTAT-G-TT--CAGC--AATCA---T-GTTCT-C---------AT-----GT----A-------------G--------------GA-G-TTCGCCGGC--T--AT-----GGC-G
gi|124201                     :                  CA--TG---ACACAG------TGCAAATTATTTTC---AAAAC-A-AAC--ATTA--T----AA--T---GTATA---CTTA-C------CC----C-ATTC--CGGT-TTCTA-AA--C-------T----GT--AA-T-G----AC-C--GA---C-GTC--A-GCA-----CT---------TT--CGGC--AG-------------------------------AT----C-------------A-----------T-TGA-GGTTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GGAGT----------TATTT--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATGT-GCTC-TC-AA-TCC-ACTAT--CGC-A-A-T--GCTTTATTTTtttgtacataactcataacacatgtaggtaagtctcaagtgatatgccttctttttttt
gi|124202                     :                    --TG---ACACAA------TGCAA--TATTT-C---AAAGC-A-AAC--G--A--T----A---T---G
gi|124203                     :                                A------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATG---TTTA-C------TC---AC-GT----CAGC-TTCAA-TCT-A-------G----AT--A--T-GTGTCAC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---CCGTTCC-C---------GT-----AT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTA-AGGC--T--GT-----GAC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGAAAT-GTTC-TC-AG-T-C-AATAT--CGA-A-A-T--G-TTTATGTT
gi|124204                     :                                                                                    a---GTATT---GTTAGC------TC---ACTGT----CC-T-TTC-A-TCT-C-------T----GT--A--TTG----AC-CTTGA---C-ATC--A-GCAAA--CCCGATTATTG-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-CC--------GT-----GT----C-------------A-----------TGTGC-G-TT-G-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-T-G-CTCAT-TGCGA-----AGATAT-GCTC-TC-AAGT-C-AATAT--TTC-C-CTT--G-TTTATTTT
gi|124205                     :   aatacaagttatttgagtggcacactttgc------TGCAA--TATTC-T---AAAAA-A-AA------A--A----A---T---GTAG-----TTA-C------TC---AC-GTACATCAGT-TTCTA-TCT-T-------T----GT--A--T-G----AC-CTTAA---T-CTC--A-
gi|124206                     :                                            --TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTTTA-CCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
gi|124207                     :                                                                            ----A---T---GTGTA---GCTA-CCGTAATTC---AT-GT----CA-T-TTCCA-TCT-T-------C----CT--A--T-G----AT-TTTTT---T-GTCTTA-ACAATTACCCGATGAC-G-TT--GGGC--AATCG---TC---CC-C---------GT-----GT----C-------------
gi|124208                     :                                                                                                                                                                                                      AT-G-TT--CGGC--AATTG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------AGAGTATGACGTT-TGC-G-TTTG-AGAC--T--GT-----GGC-GG-TT----------TATTT--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-A-A-----GGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TCC-C-A-T--G-TCTAGTTT
gi|124209                     :                                                                                                                                                                                                                                                             -------------A-----------T-TGC-G-TCTA-ATGG--T--AT-----GGC-AG-TT----------TATGA--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-A-T-----AGGCAT-GTTC-TC-AA-G-C-AATA---TGCTC-T-T--G-TTTGTTTT
gi|124210                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GC--T--AT-----GGC-GG-TT----------TATGA--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-A-T-----AGACAT-GATC-TT-AA-G-C-AATATGCTCC-----T--G-TTTACTTT


blockSeqs                     :      A       G G   AA  CAA     AAAAGTT     AT     T CCA     T C   AAA   TCAAA   AAC AAT     ACA    G CGTAAT  CGA  T  ACAT    C   T A   ACATGTATA AATG  AA CA T TGTC  T     TCT A   TT A   ATTA  CG     T T  TT    CA G   GTC       G AATATGATG  CGAGA  ATAC CGAGTACATGACGA            G   T T    C    AG TG  ACTCC   G  AG TATTCAAAAG     CG  C T C G T     C G G CATGT      C    G  A  G C T     TG   AG  T TC C
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       AC          .      T A       C .   ATT   TATA    GG  .       ACA    . .       .    .  TC      .   T .   C         .     A  A  . .     .     TT  .   .  .   AA    CG     . .  .     .  A   .         . AGAT       .      AG   AGAATATGAACGA             .   . G    .    .  .   .       .  G  .              T   . T . . .     A . . G          .    .  A  . . .     GC   AC  . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . G       . .   AG    ATT     A   .       AC     . .       .    .  G       .   T .   C         .     A  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . C          .      .    AGAATATGAACGA             .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    TC  . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . G       . .   GC    TA      .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    AGAGTATGACGA              .   . .    .    .  .   .       .  A  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     TT      .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    CGAGTATGACAA              .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    AGAGTATGACGT              .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   G         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    GA                        .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   G         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   A         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CA     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   A         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CT     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  A  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       G           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   G         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     GG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       G           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   C .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     TG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     C       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   T     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     CG     . .  .     .  G   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       G           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   C .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   A     G      . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   C .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     T      . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    A   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       C           .      . .       . .   T     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     T      . .  .     .  A   .         . .          .      .    G                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    C   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       T           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     T      . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    .   . .  .
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     .      . .  .     .  A   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .    .         
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   A     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   A         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     .      . .  .     .  .   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .     .              
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       G           .      . .       . .   A     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   A .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     .      . .  .     .  .   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  G  .              .   . . . . .     . . . .          .    .  .  . . .                    
blockSeqs                     :      .       . .   .   .       A           .      . .       . .   G     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     .      . .  .     .  .   .         . .          .      .    A                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .          .                                   
blockSeqs                     :              . .   .   .       A           .      . .       . .   G     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   T .   C         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     .      . .  .     .  .   .         . .          .      .    .                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .     . . . .                                              
blockSeqs                     :              . .   .   .       .           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   C .   T         .     .  .  . .     .     .   .   .  .   .     .      . .  .     .  .   .         . .          .      .    .                         .   . .    .    .  .   .       .  T  .              .   . . . . .                                                          
blockSeqs                     :              . .   .   .       .           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   . .   .         .     .  .  . .     .     .   .   .  .                . .  .     .  .   .         . .          .      .    .                         .   . .    .    .  .   .       .  .  .              .   . . . . .                                                          
blockSeqs                     :                    .   .       .           .      . .       . .   G     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   . .   .         .     .  .  . .     .     .                                                                                                                          .  .   .       .                                                                                           
blockSeqs                     :                    .   .       .           .      . .       . .   G     A       .   .       .      . .       .    .  .       .   . .   .         .     .  .  . .     .     .                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                .           .      . .       . .   .     T       .   .       .      . .       .    .  .       .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                            .      . .       . .   .     .       .   .       .      . .       .    .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                            .      . .       . .   .     .       .   .       .      . .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                 .   .       .      . .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT
finalCons                     : TACTT-TTAGTCA-T-TCA--TG---ACACGA------TGCAA--TATTT-C---AAAAC-A-AAC--G--A--T----A---T---GTATA---TTTA-C------TC---AC-GT----CGGT-TTCTA-TCT-C-------T----GT--A--T-G----AC-CTTGA---C-GTC--A-GCAA---CCCGATTAT-G-TT--CGGC--AATCG---TCGTTCC-C---------GT-----GT----C-------------A-----------T-TGC-G-TTTG-AGGC--T--AT-----GGC-GG-GT----------TATTC--GA-A-A-C-G-CTCAT-T-C-A-----AGATAT-GCTC-TC-AA-T-C-AATAT--TGC-A-A-T--G-TTTATTTT