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lowQualScore                  :         . . ...   .  ...... .  .... .  ..     . ..... ..... ..... . ..   ... ... . .. ... . ...... . .  . ..  .. .  ... . .   .. .... . . . .   .     
lowQualScore                  :         4 1 888   1  000000 0  2222 0  44     1 66666 66666 44444 0 44   888 888 0 44 888 0 999999 1 0  1 44  77 1  555 1 5   66 1111 4 2 2 4   2     
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Reference ( gi|84860 )        :     ATAT-T-T---TCCACT----A-T-GT-T--T-GC--AGGTT-GG----T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CAGTA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84862                      :     ATAT-T-T---TCCGCT----A-T-GT-C--T-GC--AAGTT-GG----T-----T-G---T-A--TAG---T---T-T--T---A-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CAGTA--G-A--T-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84861                      :     ATATAT-T---TCCACT----A-T-GT-T--T-GC--AGGTT-GGGG--T-----T-G---T-G--TAG---T---G-T--T---G-A------TTA-CA-A--GTTTA-AA---C-CAGTA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84863                      :     ATATAT-T---TCCGCT----G-T-GT-C--T-GC--AGGTT-GG----T-----T-G---T-G--TAGT--T---T-T--T---G----------A-CA-A--GT--A-AA---C-CGGTA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84864                      :     ATAT-T-T---TCCGCT----A-T-GT-C--T-GC--AGGTT-GGG---T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--C-----A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C--GGTA--GTA--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84835                      :     ACAT-T-T---TCCGCT----G-T-GC-C--T-GC--AGGTC-GG----T-----T-A---C-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-ATGTA--G-A--T-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84839                      : aaacACAT-T-T---TTCACT----C-T-GC-C--T-GC--AGGTT-GG----T-----T-A---A-G--TAT---T---T-T--T---G-A------T-A-CG-A--GT--A-AA---C-CTGTA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84859                      : aaaaATATAT-T---TCCGCT----A-T-GT-C--T-AC--AGGTT-GGG---T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--T---C-A------T-A-CA-A--GT--A-AA-----CGGTA--G-A--TAG-A-A-ACG-AAATT
gi|84836                      :   agATAT-T-T---TCCGCT----T-T-GT-C--T-GC--ACTCT-G-----T-----T-A---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-ACGTA--G-A--C-G-A-T-ACG-AAATT
gi|84843                      : aaaaATAT-T-T---TCCGCT----A-T-AT-C--T-GC--AGGTC-GG----T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--C-AA---C-
gi|84837                      : aaaaATAT-T-T---TCCGC-----G-T-GC-TC-T-GC--AGGTC-GG----T-----A-A---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------TTA-CA-A--G---A-AA---C-CCGTA--G-A--C-G-A-A-ACG-
gi|84867                      : aaaaATAT-T-T---TCCGCTT---G-T-GTCT--T-GC--AGGTT-G-----T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-C
gi|84838                      :     ATAT-T-T---TCTGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGGTCCGA----T-----T-A---T-G--TAG---T---T-T--T---T-A------T-A-TA-A--AT--A-AA---C-CCGTA--G-G--C-A-A-A-ACG-CAATT
gi|84845                      : aaaaATAT-T-T---TTCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGAT--GA----T-----T-A---T-G--CAG---T---T-T------G-A------T-A-CA-A--GT--A-AAAAAC-CGGTA--G-T--C-G-A-A-ACG-AATTT
gi|84865                      : aaaaATAT-T-T---TCCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGGTC-AA----T-----T-A---T-G--TTG---T---T-T--T---G-A------T---------TT--A-AA---C-CCATA--G-G--C-G-A-A-ATG-AAATT
gi|84866                      :     ATAT-A-T---TCTGTT----G-T-GT-C--T-GC--AAGTC-GG----T-----T-G---T-T--TAA---T---T-T--T---G-ATACTTTT-A-CA-A--AT--A-AA---C-CCGCA--A-A--C-A-A-A-ACA-AAATT
gi|84844                      :     ATAT-T-T---T--GCT----T-T-GT-C--T-GC--AGGTCCGG----T-----A-A---T-G--TAG---T---T-T--------A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CTGTA----A--CGG-A-A-ACG-AAATT
gi|84846                      : aaaaATAT-T-T----CCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGATT-GA----T-----T-AATAT-G--CAG---T---T-T------G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CCGTT--G-G--C-GAA-A-ATA-AAATT
gi|84847                      : aaaaATAT-T-T----CCACT----G---GT-C--T-GC--AGGTC-GG----T-----TAA---T-GATCAG---T---T-TGAT---GAA------T-A-CA-A--GTA-A-AA---C-CCGTA--G-A----G-A-ACACG-AAA
gi|84848                      : aaaaATAT-T-C---TCCGC-----A-T-GT-TC-T-GCTCAGTTC-GG----T-----T-A---TAG--TCGC--T---T-T--T---G-A------T-AGCC-A--GC--T-AA---C-CCGTA--G-A--C-A-A-A-ACG-AA
gi|84850                      : agaaATAT-TTT---TCCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGATT-GA----T-----A-A---T-G--CAG-------T-A--T---G-A------T-A-GA-A--GT--A-AA---------A--G-G--C-G-A-A-ATG-GAATT
gi|84856                      : aaaaATAT-T-T---TCCGCT----G-T-GTCT--T-GC--AGGTC-GG----------T-A---T-G--TGG---T---T-T--CTCAG-A------T-A-CA-AAGGT--ACAG---C-CGCTAATG-A--C-A-A-C-ATG-ATAT
gi|84851                      :  agaATAT-T-T---TCTGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGATT-GA----C------------------------------------------------CA-A--GT--A-AAA--C-CCGTA--G-G--C-G-A-A-ACG-GAATT
gi|84858                      : aaaaATAT-T-T---TTCGCT----GCT-GT-C--T-GT--AGATTCGA----T-----T-A---T-GC-CAG-------T-T--T---G-A------T-A-C----------------C-C-GTA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAA
gi|84853                      :  aaaATAT-T-T---TCTGCT----G-T-GT-C--TGGT--AGATT-GA----TCTAAAC-A---T-G--CAG-------T-T--T---G-A------T-A-CAGA--GT--A-AAGC-C-CGTTT--G-G--C-G---A-AC--AAATT
gi|84842                      :  aaaaTAT-T-T---TCCGCT----G-T-TT-C--T-GT--AGGTT-GA----T-----T-A---T-G--CAG---T---T----------A------T-A-CG-A--GT--A-AA---T-CCGTA--G-G--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84841                      : aaaaatAT-G-T---TCCACT----A-T-GT-C--T-GC--AGATC-CG----T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CAGTA--T-A--C-G-A-A-ACA-AGATT
gi|84868                      : aaaaaaAT-T-T---CCCGCT----A-T-GT-C--T-GC--AAGTT-G-----T-----T-G---T-A--TA--------T-T--T---A-A------T-A-CA-A--GT--A-A----C-CAGTA--G-A--T-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84869                      :       AT-T-T---TCCACT----G-A-GC-C--T-GC--AGGTC-GG----T-----T-A---T-G--TAC---T---G-T--T---G-A------T-A-CA-A--GTA-A-AA---C-CAGTA--G-AG-C-G-A-AGACG-AAATT
gi|84840                      :       AT-G-T---TTCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGGGC-GA----T-----T-AA--T-G--TAG---T---TGT--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CCGTA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAAT
gi|84849                      :   aaaaAT-T-T---CCCGCT----A-T-GT-C--T-GT--AGGTT-GG----T-----T-G---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-C
gi|84852                      : aaaaaaAT-C-T---TCCGCT----G-T-GT-C--T-GC--AGGTT-A-----------------T-A--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--
gi|84857                      : aaaaaaAT-T-TCTATCCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGGTC-AGATTAT-----T-A---T----TAGAGGT---T-T--T---G-A--------A-CA-A--GTC-A-AA---CACGCTA--G-AGGC-G-A-A-ACG-AAGTT
gi|84870                      :     aaaT-T-T---TTCGCTGTGCA-T-GT-C--T-GC--AGGTC-GG----T-----T-A---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CCGTA--G-A--T-G-ATA-ATA-AAACT
gi|84872                      :         -T-T---TCCGCT----G-TTGT-C--T-GT--AGATTTGA----T-----T-A---T-G--CAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--A-AA---C-CCGTA--G----C-G-A-A-ACGTAAATT
gi|84871                      :         -T-T---CCCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGGTC-AT----C-----T-A---T-G--TAG---C---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT--G-AA---C-CCGTG--G-A--C-G-A-A-TCG-AAATT
gi|84873                      :             ---TCCGCT----A-T-GT-C--T-GC--AGGTC-AG----T-----C-A---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--AT--A-AG---C-CCATA--A-T--G-G-A-G-ATG-AGATT
gi|84874                      :             ---TCCGCT----A-T-GG-TGCT-GC---GGTC-G-----T-----C-A---T-G--TAG---T---T-T--T---G-A------T---CA-A--AT--A-AG---C-CCATA--A-T--G-G-A-G-ATG-AGATT
gi|84854                      :             ---TTCGCT----G-T-GT-C--T-GT--AGGTC-GA----T-----T-A---T-G--TAG---TTTCT-T--T---G-A------T-G-AA-A--CT--G-AA---
gi|84855                      :          aaaaaaaCCGCT----A-T-GT-C--T-GC--AGGTC-GG----T-----T-G---T-G--TAC---T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--AT--A-AA---T-CCGCA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAAT





Alignments
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lowQualScore                  :             .  ... .    . . . . .... . . .  ..    ...  .. ..... . ... . .. . ...... . ... . .. ... . ...... . .  . ..  ...   .    .  .. .... . . . .   .     
lowQualScore                  :             3  888 0    0 0 0 0 1111 0 0 0  44    111  44 55555 0 888 0 44 0 999999 0 888 0 44 888 0 999999 0 0  0 44  444   1    4  66 8888 3 1 1 3   1     
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Reference ( family-486 )      :         ATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84835                      :         ACAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----C-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---C-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CATG-TA--G-A--T-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84836                      :     aaacATAT-TT---T-CCGC-T-T-T-G----T-C-T-GC--AC-T-C-TG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CACG-TA--G-A--C-G-A-T-ACG-AAATT
gi|84837                      :     aaaaATAT-TT---T-CCGC---G-T-GC---T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----A-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-AT-----T-A-CA-A--G----AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-
gi|84838                      :     aaaaATAT-TT---T-CTGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGT-CCGA--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---T-A------T-A-TA-A--AT---AAA-CCCG-TA--G-G--C-A-A-A-ACG-CAATT
gi|84839                      :     aaaaACAT-TT---T-TCAC-T-C-T-G----C-C-T-GC--AGGT-T-GG--T-----T-A---A-G--T-A------T-T---T-T--T---G-A------T-A-CG-A--GT---AAA-CCTG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84840                      :       aaaaAT-GT---T-TCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGG-C-GA--T-----T-AA--T-G--T-A------G-T---TGT--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAAT
gi|84841                      :       aaaaAT-GT---T-CCAC-T-A-T-G----T-C-T-GC--AGAT-C-CG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCAG-TA--T-A--C-G-A-A-ACA-AGATT
gi|84842                      :    aaaaaaTAT-TT---T-CCGC-T-G-T-T----T-C-T-GT--AGGT-T-GA--T-----T-A---T-G--C-A------G-T---T----------A------T-A-CG-A--GT---AAA-TCCG-TA--G-G--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84843                      :   aaaaatATAT-TT---T-CCGC-T-A-T-A----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---CAA-C
gi|84844                      :     aaaaATAT-TT---T---GC-T-T-T-G----T-C-T-GC--AGGT-CCGG--T-----A-A---T-G--T-A------G-T---T-T--------A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCTG-TA----A--CGG-A-A-ACG-AAATT
gi|84845                      :     aaaaATAT-TT---T-TCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGAT---GA--T-----T-A---T-G--C-A------G-----T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GTAAAAAA-CCGG-TA--G-T--C-G-A-A-ACG-AATTT
gi|84846                      :     aaaaATAT-TT-----CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGAT-T-GA--T-----T-AATAT-G--C-A------G-T---T-T------G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TT--G-G--C-GAA-A-ATA-AAATT
gi|84847                      :     aaaaATAT-TT-----CCAC-T-G---G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----TAA---T-GATC-A------G-T---T-TGAT---GAA------T-A-CA-A--GTA--AAA-CCCG-TA--G-A----G-A-ACACG-AAA
gi|84848                      :     aaaaATAT-TC---T-CCGCAT-G-T------T-C-T-GCTCAGTT-C-GG--T-----T-A---TAG--T-C------GCT---T-T--T---G-A------T-AGCC-A--GC---TAA-CCCG-TA--G-A--C-A-A-A-ACG-AA
gi|84849                      :       agaaAT-TT---C-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-GT--AGGT-T-GG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-C
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gi|84853                      :   aaaaaaATAT-TT---T-CTGC-T-G-T-G----T-C-TGGT--AGAT-T-GA--TCTAAAC-A---T-G--C-A------G-----T-T--T---G-A------T-A-CAGA--GT---AAAGCCCGTTT--G-G--C-G---A-AC--AAATT
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gi|84869                      :           AT-TT---T-CCAC-T-G-A-G----C-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------C-T---G-T--T---G-A------T-A-CA-A--GTA--AAA-CCAG-TA--G-AG-C-G-A-AGACG-AAATT
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gi|84872                      :             -TT---T-CCGC-T-G-TTG----T-C-T-GT--AGAT-TTGA--T-----T-A---T-G--C-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G----C-G-A-A-ACGTAAATT
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Alignments
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Reference ( family-486 )      :         ATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
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gi|84869                      :           AT-TT---T-CCAC-T-G-A-G----C-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------C-T---G-T--T---G-A------T-A-CA-A--GTA--AAA-CCAG-TA--G-AG-C-G-A-AGACG-AAATT
gi|84870                      :            T-TT---T-TCGC-T-G-T-GCATGT-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--T-G-ATA-ATA-AAACT
gi|84871                      :             -TT---C-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGT-C-AT--C-----T-A---T-G--T-A------G-C---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---GAA-CCCG-TG--G-A--C-G-A-A-TCG-AAATT
gi|84872                      :             -TT---T-CCGC-T-G-TTG----T-C-T-GT--AGAT-TTGA--T-----T-A---T-G--C-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G----C-G-A-A-ACGTAAATT
gi|84873                      :                ---T-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-AG--T-----C-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--AT---AAG-CCCA-TA--A-T--G-G-A-G-ATG-AGATT
gi|84874                      :                ---T-CCGC-T-A-T-GG---TGC-T-GC---GGT-C-G---T-----C-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T---CA-A--AT---AAG-CCCA-TA--A-T--G-G-A-G-ATG-AGATT


blockSeqs                     :             A  CTA T    A T C T CATG G T G  TC    CC   GG CTAAA A ATA A AT C TTAGAG C TTC G GA TCA A TACTTT T G  G AG  AAA   A    T  AT AGG  G A T C   T
blockSeqs                     :             A  .   .    . . . . C    . . T  .     CC   G  .     . A   . .  . .      T .   . .  .   . T      . .  . .   TT    G    C  .  TA   A . . G   .
blockSeqs                     :             A  .   .    . . . . G    . . .  .     CA   .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   A     .    C  .  AG   . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     TC   .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   C     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     TG   .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   A     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     TT   .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  T    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  G    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     T    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  A    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  T    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  T    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .    .  .  .    . . . .   .
blockSeqs                     :             .  .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .                          
blockSeqs                     :                .   .    . . . . .    . . .  .     C    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .                          
blockSeqs                     :                .   .    . . . . .    . . .  .     .    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .   .     .                          
blockSeqs                     :                .   .    . . . . .    . . .  .     .    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .  . .                                    
blockSeqs                     :                    .    . . . . .    . . .  .     .    .  .     . .   . .  . .      . .   . .  .   . .      . .                                         


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         ATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
finalCons                     :         ATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT





Alignments
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lowQualScore                  :             .  ... .    . . . . .... . . .  ..    ...  .. ..... . ... . .. . ...... . ... . .. ... . ...... . .  . ..  ...   .    .  .. .... . . . .   .     
lowQualScore                  :             3  888 0    0 0 0 0 1111 0 0 0  44    111  44 55555 0 888 0 44 0 999999 0 888 0 44 888 0 999999 0 0  0 44  444   1    4  66 8888 3 1 1 3   1     
consensus                     :         ATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
Reference ( family-486 )      :         ATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84835                      :         ACAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----C-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---C-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CATG-TA--G-A--T-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84836                      :     aaacATAT-TT---T-CCGC-T-T-T-G----T-C-T-GC--AC-T-C-TG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CACG-TA--G-A--C-G-A-T-ACG-AAATT
gi|84837                      :     aaaaATAT-TT---T-CCGC---G-T-GC---T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----A-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-AT-----T-A-CA-A--G----AAA-CCCG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-
gi|84838                      :     aaaaATAT-TT---T-CTGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGT-CCGA--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---T-A------T-A-TA-A--AT---AAA-CCCG-TA--G-G--C-A-A-A-ACG-CAATT
gi|84839                      :     aaaaACAT-TT---T-TCAC-T-C-T-G----C-C-T-GC--AGGT-T-GG--T-----T-A---A-G--T-A------T-T---T-T--T---G-A------T-A-CG-A--GT---AAA-CCTG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84840                      :       aaaaAT-GT---T-TCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGG-C-GA--T-----T-AA--T-G--T-A------G-T---TGT--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAAT
gi|84841                      :       aaaaAT-GT---T-CCAC-T-A-T-G----T-C-T-GC--AGAT-C-CG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCAG-TA--T-A--C-G-A-A-ACA-AGATT
gi|84842                      :    aaaaaaTAT-TT---T-CCGC-T-G-T-T----T-C-T-GT--AGGT-T-GA--T-----T-A---T-G--C-A------G-T---T----------A------T-A-CG-A--GT---AAA-TCCG-TA--G-G--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84843                      :   aaaaatATAT-TT---T-CCGC-T-A-T-A----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---CAA-C
gi|84844                      :     aaaaATAT-TT---T---GC-T-T-T-G----T-C-T-GC--AGGT-CCGG--T-----A-A---T-G--T-A------G-T---T-T--------A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCTG-TA----A--CGG-A-A-ACG-AAATT
gi|84845                      :     aaaaATAT-TT---T-TCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGAT---GA--T-----T-A---T-G--C-A------G-----T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GTAAAAAA-CCGG-TA--G-T--C-G-A-A-ACG-AATTT
gi|84846                      :     aaaaATAT-TT-----CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGAT-T-GA--T-----T-AATAT-G--C-A------G-T---T-T------G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TT--G-G--C-GAA-A-ATA-AAATT
gi|84847                      :     aaaaATAT-TT-----CCAC-T-G---G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----TAA---T-GATC-A------G-T---T-TGAT---GAA------T-A-CA-A--GTA--AAA-CCCG-TA--G-A----G-A-ACACG-AAA
gi|84848                      :     aaaaATAT-TC---T-CCGCAT-G-T------T-C-T-GCTCAGTT-C-GG--T-----T-A---TAG--T-C------GCT---T-T--T---G-A------T-AGCC-A--GC---TAA-CCCG-TA--G-A--C-A-A-A-ACG-AA
gi|84849                      :       agaaAT-TT---C-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-GT--AGGT-T-GG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-C
gi|84850                      :   aaaaaaATAT-TT---TTCCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGAT-T-GA--T-----A-A---T-G--C-A------G-----T-A--T---G-A------T-A-GA-A--GT---AAA-------A--G-G--C-G-A-A-ATG-GAATT
gi|84851                      :     aaaaATAT-TT---T-CTGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGAT--------------------------------------------T---G-A------C---CA-A--GT---AAAACCCG-TA--G-G--C-G-A-A-ACG-GAATT
gi|84852                      :       aaaaAT-CT---T-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GC--A------GG--T-----T-A---T-A--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--
gi|84853                      :   aaaaaaATAT-TT---T-CTGC-T-G-T-G----T-C-TGGT--AGAT-T-GA--TCTAAAC-A---T-G--C-A------G-----T-T--T---G-A------T-A-CAGA--GT---AAAGCCCGTTT--G-G--C-G---A-AC--AAATT
gi|84854                      :            aaaa---T-TCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGT-C-GA--T-----T-A---T-G--T-A------G-TTTCT-T--T---G-A------T-G-AA-A--CT---GAA-
gi|84855                      :             aaaaaaa-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-G---T-G--T-A------C-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--AT---AAA-TCCG-CA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAAT
gi|84856                      : aaaatatgATAT-TT---T-CCGC-T-G-T-G----T-CTT-GC--AGGT-C-GG--------T-A---T-G--T-G------G-T---T-T--CTCAG-A------T-A-CA-AAGGT---ACA-GCCGCTAATG-A--C-A-A-C-ATG-ATAT
gi|84857                      :        agaAT-TTCTAT-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGT-CAGA--T-----T-A---T----T-ATTAGAGG-T---T-T--T---G-A--------A-CA-A--GTC--AAA-CACGCTA--G-AGGC-G-A-A-ACG-AAGTT
gi|84858                      :      aaaATAT-TT---T-TCGC-T-GCT-G----T-C-T-GT--AGATTC-GA--T-----T-A---T-G--CCA------G-T---T-T------G-A------T-A-C---------------CCG-TA--G-G--C-G-A-A-ACA-AAA
gi|84859                      :      aaaATATATT---T-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-AC--AGGT-T-GGG-T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---C-A------T-A-CA-A--GT---AAA--CGG-TA--G-A--TAG-A-A-ACG-AAATT
gi|84860                      :       agATAT-TT---T-CCAC-T-A-T-G----T-T-T-GC--AGGT-T-GG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCAG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
gi|84861                      :         ATATATT---T-CCAC-T-A-T-G----T-T-T-GC--AGGT-T-GGGGT-----T-G---T-G--T-A------G-T---G-T--T---G-A------TTA-CA-A--GTTT-AAA-CCAG-TA--G-A--C-G-A-A-ACG-AAATT
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gi|84864                      :         ATAT-TT---T-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-GC--AGGT-TGGG--T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--C-----A------T-A-CA-A--GT---AAA--CGG-TA--GTA--C-G-A-A-ACG-AAATT
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gi|84867                      :         ATAT-TT---T-CCGC-TTG-T-G----T-C-TTGC--AGGT-T-G---T-----T-G---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CC
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gi|84870                      :            T-TT---T-TCGC-T-G-T-GCATGT-C-T-GC--AGGT-C-GG--T-----T-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G-A--T-G-ATA-ATA-AAACT
gi|84871                      :             -TT---C-CCGC-T-G-T-G----T-C-T-GT--AGGT-C-AT--C-----T-A---T-G--T-A------G-C---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---GAA-CCCG-TG--G-A--C-G-A-A-TCG-AAATT
gi|84872                      :             -TT---T-CCGC-T-G-TTG----T-C-T-GT--AGAT-TTGA--T-----T-A---T-G--C-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--GT---AAA-CCCG-TA--G----C-G-A-A-ACGTAAATT
gi|84873                      :                ---T-CCGC-T-A-T-G----T-C-T-GC--AGGT-C-AG--T-----C-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T-A-CA-A--AT---AAG-CCCA-TA--A-T--G-G-A-G-ATG-AGATT
gi|84874                      :                ---T-CCGC-T-A-T-GG---TGC-T-GC---GGT-C-G---T-----C-A---T-G--T-A------G-T---T-T--T---G-A------T---CA-A--AT---AAG-CCCA-TA--A-T--G-G-A-G-ATG-AGATT