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lowQualScore                  :     .   ...  .. . . .  . .      .....   . .  ..   ..  .  .  ... ......   ....  ..... .  ...... . ... ..   .. . ......... . . ........ .  .. .. .... ......... ... . ..... ..........  ....  ... ... .. .  . ... .  .. .......    . . . .. . .....      . .     .  ..  . . ..      . .. .  .   . .  ..    
lowQualScore                  :     4   666  88 3 3 3  3 3      33333   2 1  55   66  1  1  999 111111   3333  77777 2  888888 1 111 66   33 1 888888888 1 1 00000000 1  66 55 3333 666666666 999 2 88888 2222222222  3333  888 999 55 1  1 888 1  44 4444444    1 2 7 55 1 11111      4 2     2  66  4 2 77      2 77 2  3   3 0  33    
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Reference ( gi|61785 )        : AGGT-GTTA--CG--T-G-A-TT-G-GCTAAT-TAATATC-A-AG--AAT--GA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-T-T--------A-TC--A--A----A-C---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAT-T-TCT--T-G--G--ACAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
gi|61789                      : AGGT-GTTA--CG--T-G-A-TT-G--CT----TAGTATC-A-AG--AAT--AA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-AT------T-T---A--AAG--A-AAAT------A-T-T--------A-TC--A--A----A-C---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAT-T-TCT--T-G--G--ACAAAA-T-CGAGA-GA--AG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
gi|61786                      : AGGT-GTTA--TG--T-G-A-TT-G-GCTAAT-----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-G-T--------A-TC--A--A----A-C---G---T---TAT-----AA--T-C----AC----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAA-T-TGT--T-G--G--ACAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
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gi|61797                      : AGGT-GTT---CG--T-G-A-TT-G-GCTAAT-----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-TT---A---------------------------------------AAG--A-A--T------AGT-T--------A-TCC-A--A----A-C---G---T---T-T-----A---T-T----AAA---TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAT-T-TGT--T-GAAG--A-AAAA-T-CGAGA-AA---G-A-A--TG-GGA-A--A-TG-TCC-A-TG--GTAG
gi|61791                      : AGAC-GTTG--CG--T-G-A-CT-A-GCCAAT-----ATC-A-AG--AAT--AA-AA-TT---A------CTT----GT-----A-CT------T-G---A--AAGA-A-A--T------T-T-T--------A-TT--A--A----G-C-------TGAAT-TAA---A---T-T----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TA--A-------AAAT-T-TAT--T-G--C--AC-AAC-T-TAAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-CT-GCC-A-TG--GTAG
gi|61794                      : AGAT-GTTG--CG--C-G-A-TT-G-G----T-TAATATA-A-AG--AAT--GA-AA-TC---A------TTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAT--ACA--T--------T-T--------G-T---AGTA----A-CTTAG---C---T-TTA---A---T-T----AA----TT---G---T--T-GG-T---A-TG--A-------ACAT-T-TAT--T-G--G--ACAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-T
gi|61801                      : AGGTTGTTA--C---T-G-A-TT-GCGCTAAT-C--CATC-A-AG--AAT--GA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-AT------T-G---AGGACG--A-A--T------A-T-T--------A-TCAAA--A----A-C---GT--T---T-T-----G---T-C----AA----TT---G---TC-C-GG-A---A-TG--A-------AAAT-T-TGT--T-G--A--ACAA
gi|61800                      : AGGT-ATTG--AT--T-G-A-TC-G-GCTAAT-----ATC-T-AG--AAT--TA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-AT------G-GGGAA--AAA--A-G--T------T-T-T--------A-T---------------------------------A---T-C----A-----TT---G---TTTC-GG-A---A-TG--G-------AAAT-T-TAT--T-A--C--ACAAAA-T-TTTGA-GA--TG-A-C--TGAAGA-A--A-TT-GCC-A-TG--GTGG
gi|61804                      : AGGT-GTTGAGCG--T-G-A-AA-G-GTTGGT-CAATATC-AGAG--AATA-GACAA-TTGGCA------TTT----AGCTGATA-A---------G---A--AAC--A-A--TCACCAAA-T-G--------A-TT--A--AGAATA-C---GGT-T---T-T-----A---TTC----AA----TT---G---T--C-TG-G-----TA--A-------AAAT-T-GTTGCC-G--A--ACAAAACT-CGAGA-AA--GG---A--TGAGGA-A--A-AT-TCCTA-TG--GTA
gi|61802                      : AGGT-GTTG--AG--T-G-A-TT-G-GCTAATATAAT-------G--AAT--GA-AA-TT---A------TAA----GC-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--C-----------------------------------T---G---T---T-T-----A-----------A----TT---G---T--C-AG-G---A-TG--A-------AAAT-A-TTT--C-C--C--ACAAA
gi|61803                      : AGGT-GTTG--TG--TTG-A-TTTG-GTTACA-CAATATCCA-AG--AAT--GA-A--TC---A------TTT----GG-----A-AT------TTG---AT-AAG--A-AA-C------A-T-TTGACTTGTA-TC--A--A----A-C---AGATT---T-T-----AA--T-T----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAA
gi|61805                      : AGGT-GTTA--CG--T-G-A-TT-G-G-----------TC-A-AA--AAT--GA-AA-TT---A------TTT----CG-----A-AT------T-GT--A--AAA--A-A--atcat
gi|61807                      :  GGT-GTTA--AG--G-T-A-TT-G-GC-AAT-TA---TCGA-AG--AAT--AA-AA-TT---A-----------------------------------------G--A-A--T------A-T-T--------AATC--A--A----------G---T---T-T-----A---T-ATAAGAA----TT-------T--C-GG-A---G-TA--A-------AAAT-T-TGT--T-G--G--ACAATA-T-CAAGA-AC--GA-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
gi|61806                      :  GGT-GTTG--CA--T-G-A-TT-G-GCT----T--TATC-A-AG--AAT--GA-A-------------------------------T------T-A---A--AGG--A-A----------------------A-T------A----A-C-------------------------T----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAT-T-TAT--A-G--C--ACACAA-T-CGA-A-AA--GA-A-A--TGAGAA-A--A-TG-TTC-A-TA--GTAG
gi|61808                      :   GT-TTTG--CG--T-A-G-TT-C-GCTAAT-----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-TT---A------TAT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A----C------A-T----------A-TC--G--A----A-C---G---T---T-T-----A---T-T----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAT-T-AGT--T-G--G--ACAAAA-T-CAAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TTC-A-TA--GTAG
gi|61809                      :   GT-GATG--CG--T-G-A-TT-G-GCTAAT-------C-A-AG--ATT--GA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAGA-A-A--T------T-T-T--------A-TC--A--A----A-----G---C---T-T-----A----------AACGACTT---G---T--CGGG-G---A-TT--A-------AAAT-T-TAT--T-GC-T--ACATCA-T-CGAGA-AA--GG-G-AATTGAGGATA--A-TG-T-C-A-TG--ATA
gi|61811                      :    T-GTTG--TGGTT-G-A-TT-G-GCTAAT-----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-TT---ACATGTATTT----GA-----A-AA------T-G---A--AAG--A-AA-T------A-T-T--------A-TC--A--A----A-G---C---T---T-TA----A---T-T----AA----TT---G---T--C-GG-G---A-TG--A-------AAAC-T-TAT--T-G--G--A-AAAA-T-CGAGA-GA--GG-A-A--TGAAGA-A--A-TT-TTC-A-TG--GT
gi|61812                      :             G--T-G-A-TT-G-GC--AT--AATATC-A--G--AAT--GA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-TT------T-GC--A--AAG--A-A---------A---T--------A-TC--A--A----A-C---G---T---G-T-----A---G-T----AA----TTCTGG---T--C-GG-G---ATTG--A-------AAAC-T-TGT--T-G--A--ACCAAA-T-CGAGA-AACGGG-T-A--TGAGGA-A--ATTT-TCC-ACTG--GTAG
gi|61813                      :           tga--T-G-A-TT-G-GCTAAT-T-----C-A-AA--AAT--GA-AA-TT---A------TTT----GG-----A-ATGGAAA-T-G---A--AAGT-A-A--T------A------------A-TT--A--A----A-----G---T---T-TTTAAAA---T-C-----A----TT---GTTTT--T-GG-A---A-TGTAA-------AAAT-T-TAT--T-C--A--CCAAAA-T--GCGA-TA--TG-A-C--GGAAGA-A--A--T-TAC-A-TG--
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gi|61814                      :                               gc-TAATATC-A-AG--GAA--GA-AA-TT---A------TTT----TG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-----------A-T-T--------A-TC--A--A----A-G---C---T---T-T-----AG--T-T----AA----TC---G---T--T-GG-G---A-TG--A-------AAAT-T-T
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gi|61805                      : AGGT-GT-TA--CG--T-GA----TT-G-G----------------TC-A-AA--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----CG-----A-AT------T-GT--A--AAA--A-A--
gi|61806                      :  GGT-GT-TG--CA--T-GA----TT-G-G-C-TT-----T----ATC-A-AG--AAT--GA-A-------------------------------T------T-A---A--AGG--A-A----------------------A-T-------A----AC-------------------------T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TATA-G--C--A-CACAA-T-CGA-A-AA--GA-A-A--TGAGAA-A--A-TG-TTC-A-TA--GTAG
gi|61807                      :  GGT-GT-TA--AG--G-TA----TT-G-G-C-AA----TT----ATCGA-AG--AAT--AA-AA-T------T---A-----------------------------------G--A-A--T------A-T-T--------AAT-C--A--A---------G---T---T-T-----A---T-ATAAGAA----TT-------T-C-GG-A---G-T-A--A-------AAATT--TGTT-G--G--A-CAATA-T-CAAGA-AC--GA-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
gi|61808                      :   GT-TT-TG--CG--T-AG----TT-C-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATAT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A----C------A-T----------A-T-C--G--A----AC---G---T---T-T-----A---T-T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--AGTT-G--G--A-CAAAA-T-CAAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TTC-A-TA--GTAG
gi|61809                      :   GT-GA-TG--CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT------C-A-AG--ATT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAGA-A-A--T------T-T-T--------A-T-C--A--A----A----G---C---T-T-----A----------AACGACTT---G---T-CGGG-G---A-T-T--A-------AAATT--TATT-GC-T--A-CATCA-T-CGAGA-AA--GG-G-AATTGAGGATA--A-TG-T-C-A-TG--ATA
gi|61810                      :   GT-GC-TG--AA--T-G------T-G-G-C-TA----ATT---ATC-G-AGCTGAG--GA-AT-T------T---ATCTTATAGG-----A-ATAATCTTT-G---A--AAG--A-A--TT-----A-T-T--------A-T-C--A--A----CA---G---T---TAT-----AACTT-A----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-A--ATTCATTTAAATT--TATT-G--GCAA-CAACA-T--GAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-ATTA-TT-GCC-GCTG--GTA
gi|61811                      :    T-GT-TG--TGGTT-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-TTACATGT---ATTT----GA-----A-AA------T-G---A--AAGA-A-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AG---C---T---T-TA----A---T-T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAACT--TATT-G--G--A--AAAA-T-CGAGA-GA--GG-A-A--TGAAGA-A--A-TT-TTC-A-TG--GT
gi|61812                      :        -TG--AG--T-GA----TT-G-G-CATA----AT----ATC-A--G--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-TT------T-GC--A--AAG--A-A---------A-T----------A-T-C--A--A----AC---G---T---G-T-----A---G-T----AA----TTCTGG---T-C-GG-G---A-TTG--A-------AAACT--TGTT-G--A--A-CCAAA-T-CGAGA-AACGGG-T-A--TGAGGA-A--ATTT-TCC-ACTG--GTAG
gi|61813                      :        -TG--CT--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT-----TC-A-AA--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-ATGGAAA-T-G---A--AAGT-A-A--T------A------------A-T-T--A--A----A----G---T---T-TTTAAAA---T-C-----A----TT---GTTTT-T-GG-A---A-T-GTAA-------AAATT--TATT-C--A--C-CAAAA-T--GCGA-TA--TG-A-C--GGAAGA-A--A--T-TAC-A-TG--
gi|61814                      :                  -GA----CT-G-----TA----AT----ATC-A-AG--GAA--GA-AA-T------T---ATTT----TG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-----------A-T-T--------A-T-C--A--A----AG---C---T---T-T-----AG--T-T----AA----TC---G---T-T-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--T
gi|61815                      :                             -G-C-TA----AT----ATC-A-AT--AAT--GA-AA-T------T---A-TT----GG-----A-A-------T-G---A--AAG--A-AC-T------A---T--------A-T-A--A--A----AG---G---------------A---C-A----AA----TT-------T-CAGG-G---A-TAA--A-------AAAAT--TGTT-G--G--A-CAAAA-CATGAGA-AA--GA-A-A--TGAGGA-A--A-TA-TCC-A-Ta
gi|61816                      :                               -C-TA----AC----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T-------------------G-----A-----------G---A--AA-------------------T--------G-T-C--A--A----A----G---T---T-G-----A---A-T----TA----TT---G---T-C-GA-G---A-T-G-----------------TATC-G--C--A-CAAAA-T-TGAGA-AA--TG-C-C--TAGGGA-A--A-TT-GCC-T-TG--GCAG
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Alignments
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lowQualScore                  :     .  .  ..  .. .  ....  . . . .  ....  ....   . .  ..   ..  .  . ...... ...    ....  ..... .  ...... . ... ..   .. . ......... . . ........ . . .. .. .... ........ ... . ................  ....  ... ... . .  . ... . . .. .......     .. .  . ..... .     . .     .  ..  . . ..      . .. .  .   . .  ..    
lowQualScore                  :     3  2  77  77 2  8888  2 2 1 1  3333  9999   2 1  55   66  1  1 000000 888    2222  66666 1  777777 1 999 55   33 1 111111111 1 1 99999999 1 1 66 44 2222 88888888 888 2 6666666666666666  2222  888 222 0 1  0 888 0 1 44 3333333     66 7  1 00000 1     3 1     1  66  4 2 66      2 66 2  2   3 9  22    
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Reference ( family-484 )      : AGGT-GT-TG--CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TGTT-G--G--A-CAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
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gi|61796                      : AGGT--T-TA--C---T-GA----TG-G-A-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAG--AA-AA-G------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A---T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT-------T-C--G-G---A-T-A--A-------AAATT--TCTT-G--A--C-CAAAA-T-CGAGA-AA---G-A-A--TGAGGA-A--A-TT-T-C-A-TGTAGTAG
gi|61797                      : AGGT-GT-T---CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T----------------------------------A--AAG--A-A--T------AGT-T--------A-TCC--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-TA---AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TGTT-GAAG--A--AAAA-T-CGAGA-AA---G-A-A--TG-GGA-A--A-TG-TCC-A-TG--GTAG
gi|61798                      : AGGC-GT-TA--CG--T-GA----T--G-G-T-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---A-TT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-T-T--------A-T-T-----A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---G---T-C-GGCG---A-T-G--G-------AAA-T--TGTC----G--A-CAAAA---CGAAAGAA--AG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-AGTG--
gi|61799                      : AGGT-GTACG--CG----GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AATTGAA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-T-T--------A-T-CC-A--A----ACC--G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---GA--T-C--G-G---A-T-G--A-------AAATA--TCTTAG--G--A-CAAAA---CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--
gi|61800                      : AGGT-AT-TG--AT--T-GA----TC-G-G-C-TA----AT----ATC-T-AG--AAT--TA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------G-GGGAA--AAA--A-G--T------T-T-T--------A-----------------------------T-----A---T-C-----A----TT---GTT-T-C-GG-A---A-T-G--G-------AAATT--TATT-A--C--A-CAAAA-T-TTTGA-GA--TG-A-C--TGAAGA-A--A-TT-GCC-A-TG--GTGG
gi|61801                      : AGGTTGT-TA--C---T-GA----TT-GCG-C-TA----ATCC--ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---AGGACG--A-A--T------A-T-T--------A-T-CAAA--A----AC---GT--T---T-T-----G---T-C----AA----TT---G---TCC-GG-A---A-T-G--A-------AAATT--TGTT-G--A--A-CAA
gi|61802                      : AGGT-GT-TG--AG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATA-A-TG--AAT--GA-AA-T------T---ATAA----GC-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--C-----------------------------------T---G---T---T-T-----A-----------A----TT---G---T-C-AG-G---A-T-G--A-------AAAT
gi|61803                      : AGGT-GT-TG--TG--TTGA----TTTG-G-T-TACACAAT----ATCCA-AG--AAT--GA-A--T------C---ATTT----GG-----A-AT------TTG---AT-AAG--A-AA-C------A-T-TTGACTTGTA-T-C--A--A----AC---AGATT---T-T-----AA--T-T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAAatttcccacaaa
gi|61804                      : AGGT-GT-TGAGCG--T-GAAAGGTT-G-G-T-CA----AT----ATC-AGAG--AATA-GACAA-T------TGGCATTT----AGCTGATA-A---------G---A--AAC--A-A--TCACCAAA-T-G--------A-T-T--A--AGAATAC---GGT-T---T-T-----A---TTC----AA----TT---G---T-C-TG-G-----T-A--A-------AAATTGTTGCC-G--A--A-CAAAACT-CGAGA-AA--GG---A--TGAGGA-A--A-AT-TCCTA-TG--GTAatcat
gi|61805                      : AGGT-GT-TA--CG--T-GA----TT-G-G----------------TC-A-AA--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----CG-----A-AT------T-GT--A--AAA--A-A--
gi|61806                      :  GGT-GT-TG--CA--T-GA----TT-G-G-C-TT-----T----ATC-A-AG--AAT--GA-A-------------------------------T------T-A---A--AGG--A-A----------------------A-T-------A----AC-------------------------T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TATA-G--C--A-CACAA-T-CGA-A-AA--GA-A-A--TGAGAA-A--A-TG-TTC-A-TA--GTAG
gi|61807                      :  GGT-GT-TA--AG--G-TA----TT-G-G-C-AA----TT----ATCGA-AG--AAT--AA-AA-T------T---A-----------------------------------G--A-A--T------A-T-T--------AAT-C--A--A---------G---T---T-T-----A---T-ATAAGAA----TT-------T-C-GG-A---G-T-A--A-------AAATT--TGTT-G--G--A-CAATA-T-CAAGA-AC--GA-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
gi|61808                      :   GT-TT-TG--CG--T-AG----TT-C-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATAT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A----C------A-T----------A-T-C--G--A----AC---G---T---T-T-----A---T-T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--AGTT-G--G--A-CAAAA-T-CAAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TTC-A-TA--GTAG
gi|61809                      :   GT-GA-TG--CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT------C-A-AG--ATT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAGA-A-A--T------T-T-T--------A-T-C--A--A----A----G---C---T-T-----A----------AACGACTT---G---T-CGGG-G---A-T-T--A-------AAATT--TATT-GC-T--A-CATCA-T-CGAGA-AA--GG-G-AATTGAGGATA--A-TG-T-C-A-TG--ATA
gi|61810                      :   GT-GC-TG--AA--T-G------T-G-G-C-TA----ATT---ATC-G-AGCTGAG--GA-AT-T------T---ATCTTATAGG-----A-ATAATCTTT-G---A--AAG--A-A--TT-----A-T-T--------A-T-C--A--A----CA---G---T---TAT-----AACTT-A----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-A--ATTCATTTAAATT--TATT-G--GCAA-CAACA-T--GAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-ATTA-TT-GCC-GCTG--GTA
gi|61811                      :    T-GT-TG--TGGTT-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-TTACATGT---ATTT----GA-----A-AA------T-G---A--AAGA-A-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AG---C---T---T-TA----A---T-T----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAACT--TATT-G--G--A--AAAA-T-CGAGA-GA--GG-A-A--TGAAGA-A--A-TT-TTC-A-TG--GT
gi|61812                      :        -TG--AG--T-GA----TT-G-G-CATA----AT----ATC-A--G--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-TT------T-GC--A--AAG--A-A---------A-T----------A-T-C--A--A----AC---G---T---G-T-----A---G-T----AA----TTCTGG---T-C-GG-G---A-TTG--A-------AAACT--TGTT-G--A--A-CCAAA-T-CGAGA-AACGGG-T-A--TGAGGA-A--ATTT-TCC-ACTG--GTAG
gi|61813                      :        -TG--CT--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT-----TC-A-AA--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-ATGGAAA-T-G---A--AAGT-A-A--T------A------------A-T-T--A--A----A----G---T---T-TTTAAAA---T-C-----A----TT---GTTTT-T-GG-A---A-T-GTAA-------AAATT--TATT-C--A--C-CAAAA-T--GCGA-TA--TG-A-C--GGAAGA-A--A--T-TAC-A-TG--
gi|61814                      :                  -GA----CT-G-----TA----AT----ATC-A-AG--GAA--GA-AA-T------T---ATTT----TG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-----------A-T-T--------A-T-C--A--A----AG---C---T---T-T-----AG--T-T----AA----TC---G---T-T-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--T
gi|61815                      :                             -G-C-TA----AT----ATC-A-AT--AAT--GA-AA-T------T---A-TT----GG-----A-A-------T-G---A--AAG--A-AC-T------A---T--------A-T-A--A--A----AG---G---------------A---C-A----AA----TT-------T-CAGG-G---A-TAA--A-------AAAAT--TGTT-G--G--A-CAAAA-CATGAGA-AA--GA-A-A--TGAGGA-A--A-TA-TCC-A-Ta
gi|61816                      :                               -C-TA----AC----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T-------------------G-----A-----------G---A--AA-------------------T--------G-T-C--A--A----A----G---T---T-G-----A---A-T----TA----TT---G---T-C-GA-G---A-T-G-----------------TATC-G--C--A-CAAAA-T-TGAGA-AA--TG-C-C--TAGGGA-A--A-TT-GCC-T-TG--GCAG
gi|61817                      :                                    ----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA------------ATTT----TG-----ACAT------T-G---A--AAAGAA-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TG---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATTC-TCTT-GA-G--A-CAACA-T-CGAGA-AA--GGAA-A--TGGGGA-A--A-TT-TCC-A-TT--GTAG
gi|61818                      :                                    ----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA------------ATTT----TG-----ACAT------T-G---A--AAAGAA-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TG---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATTC-TCTT-GA-G--A-CAACA-T-CGAGA-AA--GGAA-A--TGGGGA-A--A-TT-TCC-A-TT--GTAG
gi|61819                      :                                                              A-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-A---A--AAG--A-AA-T------A-T-T--------A-T-C--A--T----A----G---C---T-T-----AAA-T-T----AA----TT---G---T-C-AG-G---A-T-G--A-------AAATT--GATT-G--C--A-CAAAA-T-GGAGA-AA--GG-ATA--T--GGA-A--A-TT-
gi|61820                      :                                                                                                                                               -T-C--A--A----AG---C---T---T-T-----AA--T-T----AA----TT---G---T-T-GG-G---AAT-G--A-------AAATT--TATT-G--G--A-CAAAA-T-CGAAA-AA--gc
gi|61821                      :                                                                                                                                                                                              A----TT---G---T-C-GG-GGGCA-T-G--A-------AAATT---GTT-G--G--AACAAAAAT-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TC-TCC-A-TGA-GTAG


blockSeqs                     :     T  A  AG  GT T  AAGG  T C A A  CACA  TAAT   C G  CT   TG  C  C TACATG GGC    TATA  CTGAT C  AATCTT T GGA GG   GA C TCACCAA   G A TGACTTGT A C AA GT GAAT CTTAG    GAA A TTAAAATC          CGAC  CTG TTT C G  C GGC A T TA TTCATTT     GT A  A AAG   A     C A     G  CG  A T AT      T TT T  G   T G  TA
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  A     . . . .  .     CC     G .  .    A   .  . .      .      .     .     C  GGAAA  . T   T    GA . AAT       . . .        . . A  .  .    CAGAT    .   A ATATAAG           .     .   TT  . A  . .   . A .  .           C  A  . GCA   .     A .     .  .   A . .       . .  .  .   . C  A 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     T      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . C   .    A  . AT        . . .        . . C  .  .    CGGT     .   A AAAATT            .     .   A   . .  . .   . . .  .           C  C  . CT    .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . C  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    A  . AC        . . .        . . .  .  .    CCG      .   . AACTTA            .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . AG    .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    A  . TT        . . .        . . .  .  .    CGT      .   . AAATT             .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . AG    .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    A  . CT        . . .        . . .  .  .    CG       .   . AAATT             .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    A  . AT        . . .        . . .  .  .    CG       .   . TAATT             .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    A  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . AAATT             .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    A  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . AATC              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    T  . T         . . .        . . .  .  .    CT       .   . ATTA              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    TG       .   . AATT              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATTC              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . AATT              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . A     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    TA       .   . AGTT              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . AATT              .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATT               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATT               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    TG       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . A     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    AG       .   . TTC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    GC       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . A     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    GC       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . A     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . C         . . .        . . .  .  .    GG       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    CG       .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . C         . . .        . . .  .  .    CG       .   . GTC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    GC       .   . ATT               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :     .  .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    G        .   . AGT               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . A     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .  . 
blockSeqs                     :        .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    C        .   . ACA               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . A     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .   . .    
blockSeqs                     :        .  .   .  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    C        .   . AAT               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . G     .     . .     .  .   . . .       . .  .  .          
blockSeqs                     :                  .  .     . . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . T         . . .        . . .  .  .    G        .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  C  . C     .     . .     .  .   . . .       . .  .             
blockSeqs                     :                             . . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . .         . . .        . . .  .  .    G        .   . ATC               .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . C     .     . .     .  .   . . .       . .                
blockSeqs                     :                               . .  .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . .         . . .        . . .  .  .    G        .   . A                 .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  A  . G     .     . .     .  .                                  
blockSeqs                     :                                    .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . .         . . .        . . .  .  .    G        .   . A                 .     .   .   . .  . .   . . .  .           .  G  . G     .                                                   
blockSeqs                     :                                    .     .      . .  .    .   .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  . .         . . .        . . .  .  .    G        .   . T                 .     .   .   . .  . .   . . .  .           .                                                                 
blockSeqs                     :                                                               .  . .      .      .     .     .  .      . .   .    .  .                        . . .  .  .    .        .   . A                 .     .   .   . .  . .   . . .  .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                               .     .   .   . .  . .   . . .  .                                                                             


blockSeqCons                  :                                                                                                                        T********                             CG******       ATC*************
originalCons                  : AGGT-GT-TG--CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TGTT-G--G--A-CAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
finalCons                     : AGGT-GT-TG--CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-AT--------A-T-T--------A-T-C--A--A----ACG------T---T-TATC-------------AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TGTT-G--G--A-CAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG





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Reference ( family-484 )      : AGGT-GT-TG--CG--T-GA----TT-G-G-C-TA----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-G---A--AAG--A-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TT---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATT--TGTT-G--G--A-CAAAA-T-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TT-TCC-A-TG--GTAG
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gi|61816                      :                               -C-TA----AC----ATC-A-AG--AAT--GA-AA-T-------------------G-----A-----------G---A--AA-------------------T--------G-T-C--A--A----A----G---T---T-G-----A---A-T----TA----TT---G---T-C-GA-G---A-T-G-----------------TATC-G--C--A-CAAAA-T-TGAGA-AA--TG-C-C--TAGGGA-A--A-TT-GCC-T-TG--GCAG
gi|61817                      :                                    ----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA------------ATTT----TG-----ACAT------T-G---A--AAAGAA-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TG---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATTC-TCTT-GA-G--A-CAACA-T-CGAGA-AA--GGAA-A--TGGGGA-A--A-TT-TCC-A-TT--GTAG
gi|61818                      :                                    ----AT----ATC-A-AG--AAT--GA-AA------------ATTT----TG-----ACAT------T-G---A--AAAGAA-A--T------A-T-T--------A-T-C--A--A----AC---G---T---T-T-----A---T-C----AA----TG---G---T-C-GG-G---A-T-G--A-------AAATTC-TCTT-GA-G--A-CAACA-T-CGAGA-AA--GGAA-A--TGGGGA-A--A-TT-TCC-A-TT--GTAG
gi|61819                      :                                                              A-AA-T------T---ATTT----GG-----A-AT------T-A---A--AAG--A-AA-T------A-T-T--------A-T-C--A--T----A----G---C---T-T-----AAA-T-T----AA----TT---G---T-C-AG-G---A-T-G--A-------AAATT--GATT-G--C--A-CAAAA-T-GGAGA-AA--GG-ATA--T--GGA-A--A-TT-
gi|61820                      :                                                                                                                                               -T-C--A--A----AG---C---T---T-T-----AA--T-T----AA----TT---G---T-T-GG-G---AAT-G--A-------AAATT--TATT-G--G--A-CAAAA-T-CGAAA-AA--gc
gi|61821                      :                                                                                                                                                                                              A----TT---G---T-C-GG-GGGCA-T-G--A-------AAATT---GTT-G--G--AACAAAAAT-CGAGA-AA--GG-A-A--TGAGGA-A--A-TC-TCC-A-TGA-GTAG