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lowQualScore                  :     3  88 5     33   00000 77 1  0000  99999 1   99 3 111   55  1  3 4444 3  22  1  999 2 55 4 1 55 1 1 11 1 3 1 55  66 66   1111111 3 99 55 1  999999999 1 44 55 1 1 66 77777 1 55 3333   555 66 1 11  1  2 1 66  3 99            0     
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Reference ( gi|102735 )       : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-G-GTA--TG-GA-C----A-TT--TC-AT---C-A--A-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-TTTT-------A-T--A--A-AA----CC---A-T--T--T-A-A--T-----G-T--G---GAAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTAGGTTTTT
gi|102738                     : ATTA-CT--G-AGATA-ATC--T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-GCGTA--TG-GG-T----T-AT--TC-AT---C-A--A-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CTTC-------A-T--A--A-AA----TC---T-T--T--T-A-A--T-----G-T--G---TAAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTAGTTTTCT
gi|102737                     : ATTA-CT--G-AAAT----CA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-T-GTA--TG-GA-C----A-TT--TC-AT---C-A--A---A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CT---------A-T--A--A-AA----TT---A-T--T--T-A-A--T-----G-T--G---TAAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTAGTTTATT
gi|102739                     : ATTC-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----TT-----G-GAA--G-T-T-GTA--TG-GA-T----A-TT--TC-AT---C-A--C-G-A--A-T-T--T-G-C-T--TT--C-CTTT-------A-T--A--A-AA----TC---A-T--T--T-A-A--T-----G-T--G---TAAT---C--C-A--TT-TT-A-T--AT-C--ACAGGAATGTAG
gi|102742                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---A--T-TA-----T-----G-GTA--C-T-T-GTA--TG-GA-C----A-TT--TC-GT---C-A--A-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CTTT-------A-TA-A--A-AA----TC---A-T--TG-TAA-A--T-----G-T--G---TAAA---A--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAA-GCAGTTTTCTtt
gi|102736                     : ATTA-CT--G-AAATA-AT-A-T---A--T--A----CT-----G-G-A--A-T-G-GTA--TG-GA-C----A-TT--TC-AT---C-A--ATT-A--A-T-T--T-A-C-T--TC--C-TTTT-------A-T--A--A-AA-----C---A-T--T--T-A-A--TA----G-T--G---GAA-------C-A--TT-TT-A-C---T-C--AAGGGAATTAAGGTTTT
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gi|102746                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-CGA-A--T-TG----CT-----G-GTA--A-T-G-GTA--TG-GAGC----A-TT--GC-AT---C-A--ACG-A--A-G-T--T-AAC-T--TT--CGCTTT-------A-T--A--A-AAA---TC---A-T--T--G-A-A--T-----G-T--G---TAAA---C--C-AATTT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGCAG
gi|102745                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-CGA-A--T-TG----CT-----G-GTA--A-T-G-GTA--TG-GAGC----A-TT--GC-AT---C-A--ACG-A--A-G-T--T-AAC-T--TT--CGCTTT-------A-T--A--A-AAA---TC---A-T--T--G-A-A--T-----G-T--G---TAAA---C--C-AATTT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGCAGtt
gi|102743                     : ATAA-CT--G-AAATA-ATCA-----A--T-TA----C------G-GTA--A-A-T-GTA--TG-GG-T----A-TT--TC-AT-----A--A-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CTTT-------A-T--A--A-AA----TC---A-T--T--T-A-AA-T-----G-T--G---CAAA---CA-C-A--TT-T--A-C--AT-C--AAGGGAGTGTAGCTTTCTtt
gi|102749                     : ATTA-CT--A-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-T-ATA--TG-CA-C----A-TT--TC-AT---C-A--C-G-A--A-A-T--T-A-G-T--TT--C--CTT-------A-T--A--A-AA----TC---A-T--T--T-A-A--T-----T-T--G---TAAA---T--C-A--TT-TC-A-T--AT-C--AAGGGAATG-AAGTCTT
gi|102740                     : ATTA-CT--G-AAA-A-GTCA-T---A--T--A----CT-----G-GTA--A-T-T-ATA--CG--A-C----A-TT--TC-AT---C-A--A-G-A--A-T-T--T---C-T--TT--C-CTTT-------ATT--A--A-AA----TT-----T--T--T-A-A--T-----G-T--GT--AAAA---C--C-A--TT-CT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTAGTTTTCTct
gi|102744                     : ATTA-CT--G-AAATA-G-CA-T---AT-T-TA----CT-----G-GTA--A-T-T-ATA--TG-GA-C----A-TT--CC-AT--------A-A-A--A-T-T--T-A-C-T--TTTCC-TATT-------A-TTAA--A-AA----TT---A-T--T--T-A-A--T-----G-T--GTTAAAAA---C--C-A--TTATT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTAGTTTTCT
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gi|102754                     : ATTA-CTTCA-AATTA-ATCA-TC--A--T-TA----CT-----G--TA--A-T-G--TA--TG-GA-C----A-TT--TC-AT---CTA--G-G-T--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CTTTCA-----A-T--A--A-AA----TC---A-T--T--T-A-A--T-----GTT--G---TAAA---C--CTA--TT-AT-ACC--ATAT--AAG---ATGTAGTTTCT
gi|102748                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-C---A--T-TG----CT-----G-GTA--A-T-G-GTA--TG-GA-C----A-TT--GC-AT---C-A--A-G-A--A-G-T--T-A-
gi|102755                     : ATTA-CT--A-AAATA-ATCA-----A--T-C-----TT-----G-GTA--A-T----TA--CT-AA-C----A-TT--TC-AT---C-A--A-G-A--A-T-TTAT-A-C-T--TTC-C-TTTT-------A-TA-A--A-AA----TC---A-T--T--T-T-G--A-----G-T--G---TAAT---CCAC-A--TT-AT-A-C--A--C--AAGGAAATGCA
gi|102753                     : ATTATCT--GGAAATA-GTCA-T------T-CA----CT-----G-GTAG-A-T-T-ATA--TG-GG-A----A-TTCTTC-AT---C-A--AAG-A--A-T-T--T-A-CGT--TT--C---TT-------ACT--A--A-AA----TT---A-T--T--T-A-A--C-----G-TCCG---TAAA---C--C-A--TT-TA-A-C--AT-----AGGAGTTGTAGTTTTttccttt
gi|102756                     : ATTC-CT--G-AAATA------T---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-T-GCA--TG-AA-C----ATTT--TC-AC---C-A--A-G-A--A---A--T-A-T-T--TC--C-CTTG-------A-T--A--A-AA----TC---A-T--T--T-A-A--T-----T-T--G---TAAATTTT--C-A--TT-T-------AT-CA-AAGGGAA
gi|102760                     : ACTA-CT--G-AAATA-ATCA-TGATA--T-TA----CT-----G-GTA--A-T--------------------------C-AC---C-A--A-G-A--C-T-T--T-A-C-T--TT---------------A-T--A--A-AA----TC---A-T--T--T-A-A--T-----G-T--G---TAAacagttttct
gi|102758                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---AAAT-TATACACTCAGAAGTATA--ACT-T-GTAATTG-GA-CTTATA-TTC-TC-GT---G-A--A-G-ATAA-TGT--T-A-T-A--TT--C-CTTT-------A-T--A--A-GAAAATCC---AAT--T--T-A-A--TT----G-T--G---TAAA---T--C-A--TT-TT-A-C--AT-C---AGGGAATGCAGTTTCTT
gi|102759                     : ATTA-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--TGTAAG--CT-----G-GTATTA-T-A-G----TG-GA-C----A-CTTGTC-ATCAGC-A--A-GAA--A-T-TTGT-A-C-T--TT--CGTCTT-------A-T--ATGA-AA----TTTG-A-T--T--T-AGA--TGAGTCG-T--A---TGAA---C--C-GATTT-TT-A-T--ATGC--AAGGGA--GTAG
gi|102761                     : ATTA-CT--G-GAATA--TAA-T---A--A-TG----TC-----G-CTA--A-T-T-TTA--TG-TA-C----T-TG--TC-AT---C-A--A-G-A--A-A-T--T-A-G-T--TT------TT-------A-T--A--A-AA----TTCATA-T--T--T-A-A--T-----C-T--G---TTAA---C--C-A--TT-TT-A-C--CT-C--
gi|102757                     : ATAA-CT----AAATA-GTTA-T---A--T--A-----T-----G-AT-----T-A-ATA--TGAGA-C----A-TT--T--AT---C-A--A---A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CTTT-------A-T--A--A-AT----TT---A-T--T--T-G-T--T---------------AAA---C--C-A---T-TT-A-CAAAT-C--AA-GAAGTGTAGTTT
gi|102762                     :    A-CT--G-AAAT-------C---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-T-GTA--TG-GA-C----A-TT--TC-GT---C-A--A---A--A-T-T--T-ACC-C--TC--C-TTTT-------A-T--A--A-A------T---A-A--T--T-A-A--T-----G-T--G---TAAAG--C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGCAGTTTCTT
gi|102763                     :    A-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--T-TA----CT-----G-GCGT-A-T-T-GTA--AG-GA-G----A-TT--TC-AT---T-A--A-G-A--A-T-T--T-A-C-TAGTT--C-CTTT-------A-T--A--G-GA----TT---A-T--T--TTA-AGGT-----G-T--G---TAAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGAAGTG
gi|102764                     :     -CT--G-AAATA-GTCA-----A--T-TA----CT-----G-GTA--A-TTA-ATA--TG-GA-C----A-TT--TC-AT---C-A--A-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TT--C-CTT--------A-T--A--A-AA----TT---A-T--TGTT-A-A--T-----G-T--G---TAAC---C--T-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTAGTTTTCTagtt
gi|102765                     :     -CT--G-AAATAGATCA-T---A--T-TA----CT-----G--TA--A-T-T-GTA--TG-GA--------TT--TC-AT---C-A----G-A--A-T-T----A-C-T--TC--C-TTT--------A-T--A--A-AA----AT---A-TCAT--T-A-A--T-----G-T--A---TAAA---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AA-GGAGT-TAGTTTTCT
gi|102767                     :           -AAATA-ATCA-A---A--T-TA----TT-----G-CTA--A-T-T-GTA--CG-TG-C----A-TT--TC-AT---T-A--C-G-A--C-A-T--T-A-G-T--TT--C-CTGT-------A-T--A--A-AA----TC---A-T---------------------------GAAAT--C--C-A--TT-AT-A-A--AT-C--AAGGAAATGTAGTTTTCT
gi|102768                     :           -AAATA-ATAAAT---A--T-TA-----T-----G-GTA--A-T-A-GTA--TG-GA--------TT--AT-AC---A-A--A-G-A--A-T-T--T-A-A-T--TT--C-ATTT-------A-A--A--ATAA---------A-T--T--T-A-A--T-----G----G---TAAA------T-A--TT-TTAA-C--AT-A--AAAGG-ATGTAGTTTTT
gi|102769                     :               TA-ATCG-A---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T----TT--TG-CA-C----T-TT--TG-AT---C-A--A-G-A--A-A-T--T-A-G-T--TT--A-CTTT-------A-T--A--A-AT----TC-----T--T--T-A-A--T-----T-A--G---CAAA---C--T-A--TT-TT-A-C--AA-C--AAAATAATACAGTTTATT
gi|102766                     :                A-ATGA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--T-T-A-TTA--TA-G--C----A-TT--TT-AT---C-A--A-G-A--A-T-T--T-A---T--TT--C-CTTT-------A-T--A--A-AA----TC---A-T--G--T-A-A--T-----G-G--T---TAAC---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AAGGG
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gi|102771                     :                                                           aA--TG-GA-C----A-TT--TCCAT---C-A--A-A-A--A-T-T--TCG-C-T--TT--C-CTTCTAGGGTCA-T--A--A-AT----TC---A-T--T--T-A-A--T-----G-T--C---TAAA---C--C-A--AT-TT-A-C--AT-C--AAGGGCAGGTAGTTTCTT
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lowQualScore                  :     .  .. .     .    ..... .. .  ....  ..... .   .. . .  .  ..  .  . .... .  .. . .  ... .  . . .. . . .. . . . ..   .. . . . ....... . ..  ...  ... . ...   .. . . .. ..... . ..  ...   ... .. . ..  .  . . ..  . ..           ..    .   
lowQualScore                  :     3  88 4     1    55555 66 1  9999  88888 1   88 2 1  3  66  1  2 3333 2  11 1 1  999 2  3 1 00 1 1 00 1 2 1 55   66 2 1 1 0000000 2 88  999  999 1 666   44 1 0 44 66666 0 44  333   444 66 1 00  1  1 1 55  2 66           66    4   
consensus                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTT-TCT
Reference ( family-483 )      : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTT-TTT
gi|102735                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-GG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--T-T-T-T-------A-T--AA---AA---C-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GG---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GGTT-TTT
gi|102736                     : ATTA-CT--G-AAATA-AT-A-T---A--T--A----CT-----G-G-A--A-T-GG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AATT-A--A-T-T--T-A-C-T--TCC--T-T-T-T-------A-T--AA---AA-----C---ATT--T-A-A--TA----G-T--GG---AA-------C-A--TT-TT-A-C---T-C--AAGGGAAT-TAAGGTTT-
gi|102737                     : ATTA-CT--G-AAAT----CA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-----------A-T--AA---AA---T-T---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTT-ATT
gi|102738                     : ATTA-CT--G-AGATA-ATC--T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-TGCG-TA--TG-GG-T----T-AT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-C-------A-T--AA---AA---T-C---TTT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTT-TCT
gi|102739                     : ATTC-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----TT-----G-GAA--G-T-TG-TA--TG-GA-T----A-TT--T-C-AT---C-AC-G-A--A-T-T--T-G-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAT---C--C-A--TT-TT-A-T--AT-C--ACAGGAATGTA--GTT
gi|102740                     : ATTA-CT--G-AAA-A-GTCA-T---A--T--A----CT-----G-GTA--A-T-TA-TA--CG--A-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T---C-T--TTC--C-T-T-T-------ATT--AA---AA---T-T----TT--T-A-A--T-----G-T--GTA--AAA---C--C-A--TT-CT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTT-TCT
gi|102741                     : ATTA-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--T--A----CT-----G-GTA--A-T-TA-TA--C--GA-C----A-TT--T-C-AT---CTAA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C---T-T-------A-T--AA---AA---T------TT--T-A-A--T-------T--GTA--AAA---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AA-GGAGTGTA--GTTT-CT
gi|102742                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---A--T-TA-----T-----G-GTA--C-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-GT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-TA-AA---AA---T-C---ATTG-TAA-A--T-----G-T--GT---AAA---A--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAA-GCA--GTTT-TCT
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gi|102765                     :     -CT--G-AAATAGATCA-T---A--T-TA----CT-----G--TA--A-T-TG-TA--TG-GA--------TT--T-C-AT---C-A--G-A--A-T-T----A-C-T--T-C--C-T-T-T-------A-T--AA---AAATAT-C---ATT----A-A--T-----G-T--AT---AAA---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AA-GGAGT-TA--GTTT-TCT
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lowQualScore                  :     3  88 4     1    55555 66 1  9999  88888 1   88 2 1  3  66  1  2 3333 2  11 1 1  999 2  3 1 00 1 1 00 1 2 1 55   66 2 1 1 0000000 2 88  999  999 1 666   44 1 0 44 66666 0 44  333   444 66 1 00  1  1 1 55  2 66           77       
consensus                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTTTCT
Reference ( family-483 )      : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTTTCT
gi|102735                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-GG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--T-T-T-T-------A-T--AA---AA---C-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GG---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GGTTTTT
gi|102736                     : ATTA-CT--G-AAATA-AT-A-T---A--T--A----CT-----G-G-A--A-T-GG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AATT-A--A-T-T--T-A-C-T--TCC--T-T-T-T-------A-T--AA---AA-----C---ATT--T-A-A--TA----G-T--GG---AA-------C-A--TT-TT-A-C---T-C--AAGGGAAT-TAAGGTTTT
gi|102737                     : ATTA-CT--G-AAAT----CA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-----------A-T--AA---AA---T-T---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTT
gi|102738                     : ATTA-CT--G-AGATA-ATC--T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-TGCG-TA--TG-GG-T----T-AT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-C-------A-T--AA---AA---T-C---TTT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTTTCTatt
gi|102739                     : ATTC-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----TT-----G-GAA--G-T-TG-TA--TG-GA-T----A-TT--T-C-AT---C-AC-G-A--A-T-T--T-G-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAT---C--C-A--TT-TT-A-T--AT-C--ACAGGAATGTA--GTT
gi|102740                     : ATTA-CT--G-AAA-A-GTCA-T---A--T--A----CT-----G-GTA--A-T-TA-TA--CG--A-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T---C-T--TTC--C-T-T-T-------ATT--AA---AA---T-T----TT--T-A-A--T-----G-T--GTA--AAA---C--C-A--TT-CT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTTTCT
gi|102741                     : ATTA-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--T--A----CT-----G-GTA--A-T-TA-TA--C--GA-C----A-TT--T-C-AT---CTAA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C---T-T-------A-T--AA---AA---T------TT--T-A-A--T-------T--GTA--AAA---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AA-GGAGTGTA--GTTT
gi|102742                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---A--T-TA-----T-----G-GTA--C-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-GT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-TA-AA---AA---T-C---ATTG-TAA-A--T-----G-T--GT---AAA---A--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAA-GCA--GTTTTCTct
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gi|102749                     : ATTA-CT--A-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-TA-TA--TG-CA-C----A-TT--T-C-AT---C-AC-G-A--A-A-T--T-A-G-T--TTC--C---T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----T-T--GT---AAA---T--C-A--TT-TC-A-T--AT-C--AAGGGAATGAA--GTCTTCT
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gi|102756                     : ATTC-CT--G-AAATA------T---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-TG-CA--TG-AA-C----A-TT--TTC-AC---C-AA-G-A--A-A-T----A-T-T--TCC--C-T-T-G-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----T-T--GT---AAATTTT--C-A--TT-T-------AT-C--AAAGGGAAACA--GTTTTCTtt
gi|102757                     : ATAA-CT----AAATA-GTTA-T---A--T----------------ATG--A-T-TAATA--TGAGA-C----A-TT--T---AT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AT---T-T---ATT---------T-----G-T---T---AAA---C--C-A---T-TT-A-CAAAT-C--AA-GAAGTGTA--GTTT
gi|102758                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---AAAT-TATACACTCAGAAGTATA--ACT-TG-TAATTG-GA-CTTATA-TTC-T-C-GT---G-AA-G-ATAA-TGT--T-A-T-A--TTC--C-T-T-T-------A-T--AAGAAAA---T-CCA-ATT--T-A-A--TT----G-T--GT---AAA---T--C-A--TT-TT-A-C--AT-C---AGGGAATGCA--GTTT
gi|102759                     : ATTA-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--TGTAAG--CT-----G-GT---A-T-TA-TAG-TG-GA-C----A-CTTGT-C-ATCAGC-AA-GAA--A-T-TTGT-A-C-T--TTCGTC-T-TAT-------A-T--GA---AA---T-TTG-ATT--T-AGA--TGAGTCG-T--AT---GAA---C--C-GATTT-TT-A-T--ATGC--AAGGGA--GTA--ctt
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gi|102762                     :    A-CT--G-AAAT-------C---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-GT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-C--CTC--CTT-T-T-------A-T--AA---A------T---AAT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAAG--C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGCA--GTTT
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gi|102766                     :                A-ATGA-T---A--T-TA----CT-----G-GTATTA-T-TA-TA------G-C----A-TT--T-T-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A---T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATG--T-A-A--T-----G-G--TT---AAC---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AAGGG
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lowQualScore                  :     3  88 4     1    55555 66 1  9999  88888 1   88 2 1  3  66  1  2 3333 2  11 1 1  999 2  3 1 00 1 1 00 1 2 1 55   66 2 1 1 0000000 2 88  999  999 1 666   44 1 0 44 66666 0 44  333   444 66 1 00  1  1 1 55  2 66           77       
consensus                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTTTCT
Reference ( family-483 )      : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTTTCT
gi|102735                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-GG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--T-T-T-T-------A-T--AA---AA---C-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GG---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GGTTTTT
gi|102736                     : ATTA-CT--G-AAATA-AT-A-T---A--T--A----CT-----G-G-A--A-T-GG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AATT-A--A-T-T--T-A-C-T--TCC--T-T-T-T-------A-T--AA---AA-----C---ATT--T-A-A--TA----G-T--GG---AA-------C-A--TT-TT-A-C---T-C--AAGGGAAT-TAAGGTTTT
gi|102737                     : ATTA-CT--G-AAAT----CA-T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-----------A-T--AA---AA---T-T---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTT
gi|102738                     : ATTA-CT--G-AGATA-ATC--T---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-TGCG-TA--TG-GG-T----T-AT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-C-------A-T--AA---AA---T-C---TTT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA--GTTTTCTatt
gi|102739                     : ATTC-CT--G-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----TT-----G-GAA--G-T-TG-TA--TG-GA-T----A-TT--T-C-AT---C-AC-G-A--A-T-T--T-G-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAT---C--C-A--TT-TT-A-T--AT-C--ACAGGAATGTA--GTT
gi|102740                     : ATTA-CT--G-AAA-A-GTCA-T---A--T--A----CT-----G-GTA--A-T-TA-TA--CG--A-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T---C-T--TTC--C-T-T-T-------ATT--AA---AA---T-T----TT--T-A-A--T-----G-T--GTA--AAA---C--C-A--TT-CT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTTTCT
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gi|102742                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---A--T-TA-----T-----G-GTA--C-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-GT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-TA-AA---AA---T-C---ATTG-TAA-A--T-----G-T--GT---AAA---A--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAA-GCA--GTTTTCTct
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gi|102749                     : ATTA-CT--A-AAATA-ATCA-T---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-TA-TA--TG-CA-C----A-TT--T-C-AT---C-AC-G-A--A-A-T--T-A-G-T--TTC--C---T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----T-T--GT---AAA---T--C-A--TT-TC-A-T--AT-C--AAGGGAATGAA--GTCTTCT
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gi|102756                     : ATTC-CT--G-AAATA------T---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-TG-CA--TG-AA-C----A-TT--TTC-AC---C-AA-G-A--A-A-T----A-T-T--TCC--C-T-T-G-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----T-T--GT---AAATTTT--C-A--TT-T-------AT-C--AAAGGGAAACA--GTTTTCTtt
gi|102757                     : ATAA-CT----AAATA-GTTA-T---A--T----------------ATG--A-T-TAATA--TGAGA-C----A-TT--T---AT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AT---T-T---ATT---------T-----G-T---T---AAA---C--C-A---T-TT-A-CAAAT-C--AA-GAAGTGTA--GTTT
gi|102758                     : ATTA-CT--G-AAATA-ATAA-T---AAAT-TATACACTCAGAAGTATA--ACT-TG-TAATTG-GA-CTTATA-TTC-T-C-GT---G-AA-G-ATAA-TGT--T-A-T-A--TTC--C-T-T-T-------A-T--AAGAAAA---T-CCA-ATT--T-A-A--TT----G-T--GT---AAA---T--C-A--TT-TT-A-C--AT-C---AGGGAATGCA--GTTT
gi|102759                     : ATTA-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--TGTAAG--CT-----G-GT---A-T-TA-TAG-TG-GA-C----A-CTTGT-C-ATCAGC-AA-GAA--A-T-TTGT-A-C-T--TTCGTC-T-TAT-------A-T--GA---AA---T-TTG-ATT--T-AGA--TGAGTCG-T--AT---GAA---C--C-GATTT-TT-A-T--ATGC--AAGGGA--GTA--ctt
gi|102760                     : ACTA-CT--G-AAATA-ATCA-TGATA--T-TA----CT-----G-GTA--A-T---------------------------C-AC---C-AA-G-A-------------C-T--TTA--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AA
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gi|102762                     :    A-CT--G-AAAT-------C---A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TG-TA--TG-GA-C----A-TT--T-C-GT---C-AA---A--A-T-T--T-A-C-C--CTC--CTT-T-T-------A-T--AA---A------T---AAT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAAG--C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGCA--GTTT
gi|102763                     :    A-CT--G-AAATA-GTCA-T---A--T-TA----CT-----G-GCGT-A-T-TG-TA--AG-GA-G----A-TT--T-C-AT---T-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-TAGTTC--C-T-T-T-------A-T--AG---GA---T-T---ATT--TTA-AGGT-----G-T--GT---AAA---C--C-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGAAGTG-A--GTTctt
gi|102764                     :     -CT--G-AAATA-GTCA-----A--T-TA----CT-----G-GTA--A-T-TAATA--TG-GA-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A-C-T--TTC--C-T-T---------A-T--AA---AA---T-T---ATTGTT-A-A--T-----G-T--GT---AAC---C--T-A--TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAGTGTA--GTTTTCT
gi|102765                     :     -CT--G-AAATAGATCA-T---A--T-TA----CT-----G--TA--A-T-TG-TA--TG-GA--------TT--T-C-AT---C-A--G-A--A-T-T----A-C-T--T-C--C-T-T-T-------A-T--AA---AAATAT-C---ATT----A-A--T-----G-T--AT---AAA---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AA-GGAGT-TA--GTTTTCT
gi|102766                     :                A-ATGA-T---A--T-TA----CT-----G-GTATTA-T-TA-TA------G-C----A-TT--T-T-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-A---T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATG--T-A-A--T-----G-G--TT---AAC---C--C-A---T-TT-A-C--AT-C--AAGGG
gi|102767                     :          a-AAATA-ATCA-A---A--T-TA----TT-----G-CTA--A-T-TG-TA--CG-TG-C----A-TT--T-C-AT---T-AC-G-A--C-A-T--T-A-G-T--TTC--C-T-G-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATG--A-A-A--T---------------------C--C-A--TT-AT-A-A--AT-C--AAGGAAATGTA--GTTTTCTtggtttattt
gi|102768                     :           -AAATA-ATAAAT---A--T-TA-----T-----G-GTA--A-T-AG-TA--TG-GA--------TT--A-T-AC---A-AA-G-A--A-T-T--T-A-A-T--TTC--A-T-T-----------T--AA---AA---TAA---ATT--T-A-A--T-----G----GT---AAA------T-A--TT-TTAA-C--AT-A--AAAGG-ATGTA--GTTTT
gi|102769                     :               TA-ATCG-A---A--T-TA----CT-----G-CTA--A-T-T--T---TG-CA-C----T-TT--T-G-AT---C-AA-G-A--A-A-T--T-A-G-T--TTA--C-T-T-T-------A-T--AA---AT---T-C----TT--T-A-A--T-----T-A--GC---AAA---C--T-A--TT-TT-A-C--AA-C--AAAATAATACA--GTTTt
gi|102770                     :                        ---A--T-TA----TT-----A-GTA--A-T-TT-TA--TA-AG-C----A-TT--T-C-AT---C-AA-G-A--A-T-T--T-C-C-T--TTC--C-T-T-T-------A-T--AA---AA---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--GT---AAA---att
gi|102771                     :                                                           aA--TG-GA-C----A-TT--T-CCAT---C-AA-A-A--A-T-T--TCG-C-T--TTC--C-T-T-CTAGGGTCA-T--AA---AT---T-C---ATT--T-A-A--T-----G-T--CT---AAA---C--C-A--AT-TT-A-C--AT-C--AAGGGCAGGTA--GTTT
gi|102772                     :                                                                                                               -T--TTT--C-T-T-T-------A-TT-AA---AA---T-C---ATT--T-A-T--T-----G-T--GT----AA---C--C-AT-TT-TT-A-C--AT-C--AAGGGAATGTA---TTTTCTctt
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blockSeqs                     :     T  TC C     G    TGAT  AA G  TACA  CAGAA T   TT A G  C  AT  A  G TTAT C  CT T C  CAG T  T A GA T G TA C A T AG   GT T A A TAGGGTC T TA  GAA  ATA A CAT   GT A G GG GAGTC T CC  TAA   TTT CA T AT  A  A C AA  A TT           AG
blockSeqs                     :     .  .  G     .    CGA   T  .  AG    .     .   G  C .  A  G   .  G .    C  TG . .  .   T  C . TA . . TG . A . .    G  T . . CA      T A   .    A   . CA    G  T . A  A     . .   CA    AG  A  . AT  .  . . .   G A            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    CGA   .  .  .     .     .   T  . .  A  .   .  G .    .  C  . .  .   .  C . .  . . .  . . . .    G  . . . .       . A   .    A   . TG    .  . . .  T     . .   A     G   .  . TC  .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    TC    .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  A . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . A   .    .   . .     .  . . .  .     . .   A     A   .  . AT  .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    AT    .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . T   .    .   . .     .  . . .  .     . .   A     .   .  . T   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    C     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    C     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    C     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    T     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    A     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :     .  .  .     .    A     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :           .     .    .     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :           .     .    .     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .            . 
blockSeqs                     :                 .    .     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .              
blockSeqs                     :                 .    .     .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .              
blockSeqs                     :                            .  .  .     .     .   .  . .  .  .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  . . .   . .              
blockSeqs                     :                                                             .   .  . .    .  .  . .  .   .  . . .  . . .  . . . .    .  . . . .       . .   .    .   . .     .  . . .  .     . .   .     .   .  . .   .  .                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .   . .     .  . . .  .     . .   .     .                                        
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