lowQualScore                  :        11                                                                                                                                                        1             
lowQualScore                  :        77      5   1    1   555 4444444  2222 1 1 1   1  1 4444 555 22222 111 2  1 1 2 2 111 1 1 111 1 1  2   2 111 33333333  4444444444 33 1 111 3333         1 2      3      
lowQualScore                  :        ..      .   .    .   ... .......  .... . . .   .  . .... ... ..... ... .  . . . . ... . . ... . .  .   . ... ........  .......... .. . ... ....         . .      .      
lowQualScore                  :        88      3   1    1   000 9999999  2222 1 1 1   1  1 1111 000 66666 888 1  1 1 1 1 888 1 1 888 0 0  1   1 888 99999999  6666666666 99 1 888 3333         1 7      8      
consensus                     :   AAAAT-TGATTTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
Reference ( gi|113105 )       :   AAAAT-TAATTTACCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TGAACTGT-GCTGCG
gi|113106                     :   AAAAT-TAATTTACCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TGAAC-GT-GCTGCG
gi|113107                     :   AAAAT-TAATTTACCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TGAA-TGT-GCTGCG
gi|113108                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----C---A-TT-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113109                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-AGT-TT-T----T---C-----G---A-TT-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-ACG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----CTGGCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113110                     :   AAAAT-GATTTT--CCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TG-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTGT-GCTGTG
gi|113111                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTCT-GAT---ACCCGGTAAA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-G-TA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-ATAACTGT-GCTGCG
gi|113113                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTTT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TC-T----T---C-----A---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--T-C---A----TTAGCAACC-TTAACTGT-GCTGC
gi|113115                     :   AAAAT-GAATTTAACCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T-----C---ATTC-G-C-A-T---ATT-T---T-T-TA-GCG-A---A-----AT-TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTGT-GCTACG
gi|113114                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGA-TT-T----T---T-----G---A-TC-G-T-T-T---A-T-T---T-T-CG-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-T---A----CTGTCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113117                     :   AAAAT--AATTTATTCA-TTCT-AAT---T-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T---------A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-GA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGACCACCTTTAACTGC-GCTGTG
gi|113118                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----A---A-TC-G-G-A-T---A-T-T---T-T-CT-GTG-A---A-----C--TT----------T--C-C---A----TTGGCTACA-TTAACTGT-GCTGC
gi|113122                     :   AAAAT--AATTTAACCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-G-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T-----T-T---T-C-CA-ACG----------------------------------------TTATCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113126                     :   AAAAT-TA-TGTATCCA-ATTT-TAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T--------------G---A-TT-G-C-A-T---A-T-T---G-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGACACC-T
gi|113124                     :   AAAAT-GA--TTATCCAATTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-TTCTCT---C-----G---A-TCGG-C-A-G---A-T-T---T-C-AA-GCG-A---A-----ATTTT----------T--C-C---GCAGTTTGGCCACC-TTAACTGTGGCTG
gi|113127                     :   AAGAT-GAATTTATGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A--GT-TT-T----T---C-----G---AGTC-G-C-A-T---A---T---T-T-CATGCGTA---A-----A--TT----------TTCC-C---C----TTGGCCACC-TT-ACTGT-
gi|113125                     :   AAAAT--GATTTATCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-------T-T-CA-GTG-A---A-----A--T
gi|113131                     :    AAAT--GATTTATCAA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----A---A-TT-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-TTAATTGT-GCTGCG
gi|113132                     :    AAAT--GATTTACCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TT-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CT-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T
gi|113135                     :    AAAT-TA-TTTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TTT-TT-TTTT-T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCA-A---A-----A--TT----------G--C-C---A----ta
gi|113136                     :    AAAT--ATTTTATCTA-TTCTTAAT---A-------AA----T-A-A-TGC-TT-A----T---T-----G---A-TC-G-A-A-T---A-TCT---T-T-CA-GTG-C---A-----A--TT----------T--T-T---A----TTTGCCAC
gi|113116                     :     AATATGATTTATCCA-TTCA-ATT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A--C-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-----A-----A--TT----------T--C-C---A-----TGGCCACC-TTAACTGT-GCTGCGatt
gi|113133                     :       T-TAATC-ATCCA-TTCT-AATG--A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----TT--C-----G---A-TC-G-CTA-T---A-T-T---T-TTCATGCG-A---G-----T--TT----------TT-C-C---A----TTGACCACC-TTAACTGTGGCTGC
gi|113137                     : aaatgat-TGATTTATGCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-GA-GCG-A---T-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACT-TTAACTAT-GTTGCG
gi|113119                     :      aa-TGATTTATGC--TTCA-AATT--A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-G---A-----A--TT----------T--T-CCAGA----TTGGCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113120                     :    aaga-TGATTTATGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-T---TCT-CA-GCG-----------A--TT----------T--C-T---AT---TTGGCCACC-TTAACTGTGGCTGCG
gi|113121                     :    aaga-TGATTTATCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----G---A-TA-T-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCA-A---A-----T--TT----------T--C-G---A----TTGGCCTCC-TTAACTGT-GCTTCG
gi|113128                     :    agaa-TGATTAATCCA-TTGT-AATT--A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GATAA-TC-A---A-T---A-T-T---T-T-CA-GCA-ACCCA-----T--TT----------T--CGC---A----TTGGCCTCC-TTAACTGC-ATTGC
gi|113112                     :       agaaATTTTTCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-CT-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTAGCCATC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113138                     :     aaaaggATGTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----A-G-A-TAT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-C-A-T---A-T-A---A-T-CA-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----CTAGCCATC-TTAATTGT-GCTGCG
gi|113130                     :            TTTATCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-GCA-TGTCTT-T----T---C-----A---A--C-G-G-A-T---A-T-TCCCT-T-CA-GCG-A---A-----A--------------T--C-C---A----TT
gi|113123                     :      aaaagacTTATCGA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-ATTGT-TTAT----T---C-----G---A-TC-G-C-A-----A-T-T---T-T-CA-GCG-A---ATTTTTA--TTCCTTGGCCCGT--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTGT-GCTGCG
gi|113129                     :         aagataATCCA-TCCT-AAT---A-------AT----T-G-G-TGT-TT-T----T---TTAACTG---G-TC-AAC-AAT---A-T-T---T-T-TG-GCA-A---C-----A--TT----------T--C-T---A----TTGGTAACC-TTAACTGT-GCT
gi|113134                     :       aaaatgttccCCA-TCCT-GAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----A---A-CT-G-C-A-T---A-T-A---T-T-TG-GCA-A---A-----A--TC----------T--C-C---A----TTGCCCACC-GTAACTGT-TCTGCG
gi|113139                     :        aaatgttccagA-TTCT-AAA---A-------AAAAAAT---A-TGT-TT-G----T---C-----A---A-TC-G-C-A-T---G-T-T---T-T-CA-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-TTAACTGT-GCTGC
gi|113140                     :                   A-TTGT-AATTGAA-------AA----TTG-A-TGT-TT-T----T---C-----G---A-TC-G-CAA-T---A---T---T-T-CA-CCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTTC-GCTGCG
gi|113141                     :                   A-TTCT-AAT---ACA-----AA----T-G-C-TGT-TT-T----TGTGC-----G---A-TC-G-C-AATGGGA-T-T---T-T-CA--CGCA---A-----A--TT----------TTCC-C---A----TTGGCCACC-CGA
gi|113142                     :                         -AAA---A-------AA----T---A-TGT-TT-G----T---C-----A---A-TC-G-C-A-T---G-T-T---T-T-CA-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-TTAACTGT-GCtgtaactg
gi|113143                     :                             ---A-------GA----T-A-A-TGT-TT-C----T---C-----A---A-AT-G-C-A-T---A-T-T---T-T-CA-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTG-----------CTGT-GCTGTG
gi|113144                     :                                                                                                  ---T-T-CA-GCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-TTAACTTC-GCTGCG





Alignments
lowQualScore                  :                22                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                00   1   2222    1    1   444 4444444  2222 1 1 1   1  1 4444 444 22222  1 222 1 1 1 2 111  2 111 1 1 1 3   1 111 22222222  4444444444 44 1 111 3333         1 2222       3      
lowQualScore                  :                ..   .   ....    .    .   ... .......  .... . . .   .  . .... ... .....  . ... . . . . ...  . ... . . . .   . ... ........  .......... .. . ... ....         . ....       .      
lowQualScore                  :                44   2   6666    1    1   999 7777777  2222 0 0 0   0  0 0000 999 66666  0 888 0 0 0 1 888  1 888 0 0 0 0   0 888 66666666  5555555555 99 0 888 2222         1 3333       6      
consensus                     :           AAAAT-TGAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
Reference ( family-482 )      :           AAAAT-TGAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113105                     :           AAAAT-TAAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAACTGT-GCTGCG
gi|113106                     :           AAAAT-TAAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAAC-GT-GCTGCG
gi|113107                     :           AAAAT-TAAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAA-TGT-GCTGCG
gi|113108                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----CA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113109                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-AGT-TT-T----T---C-----GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-ACG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----CTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113110                     :           AAAAT--GAT-TT-----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---G-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGTG
gi|113111                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-GAT---ACCCGGTAAA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-G-T-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-A----TAACTGT-GCTGCG
gi|113112                     :                  GAT-TTT----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-C---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTAGCCATC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113113                     :      aaaagAAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTTT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TC-T----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--T-C---A----TTAGCAACC-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113114                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGA-TT-T----T---T-----GA-T---C-G-T-T-T---AT-T---T-T-C-G-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-T---A----CTGTCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113115                     :           AAAAT-GAAT-TTA----ACCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T-----CA-TT--C-G-C-A-T---AT-T---T-T-TTA-GCG-A---A-----A--TT----------TT-C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTACG
gi|113116                     :             AATATGAT-TTA----TCCA-TTCA-ATT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-----C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-----A-----A--TT----------T--C-C---A-----TGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113117                     :           AAAAT--AAT-TTA----TTCA-TTCT-AAT---T-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T------A-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-G-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGACCACCTT----TAACTGC-GCTGTG
gi|113118                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----AA-T---C-G-G-A-T---AT-T---T-T-C-T-GTG-A---A-----C--TT----------T--C-C---A----TTGGCTACA-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113119                     :                -TGAT-TTA----TGC--TTCA-AATT--A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-G---A-----A--TT----------T--T-CCAGA----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113120                     :            aaga-TGAT-TTA----TGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---TCT-C-A-GCG-----------A--TT----------T--C-T---AT---TTGGCCACC-T----TAACTGTGGCTGCG
gi|113121                     :            aaga-TGAT-TTA----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-T---A-T-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----T--TT----------T--C-G---A----TTGGCCTCC-T----TAACTGT-GCTTCG
gi|113122                     :       agaaAAAAT--AAT-TTA----ACCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-G-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T----T-T---T-C-C-A-ACG----------------------------------------TTATCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113123                     :                  GATATTA----TCGA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-ATTGT-TTAT----T---C-----GA-T---C-G-C-A-----AT-T---T-T-C-A-GCG-A---ATTTTTA--TTCCTTGGCCCGT--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113124                     :         aaAAAAT--GAT-T-A----TCCAATTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-TTCTCT---C-----GA-T---CGG-C-A-G---AT-T---T-C-A-A-GCG-A---A-----ATTTT----------T--C-C---GCAGTTTGGCCACC-T----TAACTGTGGCTG
gi|113125                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---A------T-T-C-A-GTG-A---A-----A--T
gi|113126                     :           AAAAT-T-AT-GTA----TCCA-ATTT-TAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T--------------GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---G-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGACACC-T----
gi|113127                     :           AAGAT-GAAT-TTA----TGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A--GT-TT-T----T---C-----GAGT---C-G-C-A-T---A--T---T-T-C-ATGCGTA---A-----A--TT----------TTCC-C---C----TTGGCCACC-T----T-ACTGT-
gi|113128                     :                -TGAT-TAA----TCCA-TTGT-AATT--A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-TAATC-A---A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-ACCCA-----T--TT----------T--CGC---A----TTGGCCTCC-T----TAACTGC-ATTGC
gi|113129                     :       agaaAAAAT--GTT-CCA----TCCA-TCCT-AAT---A-------AT----T-G-G-TGT-TT-T----T---TTAACTGG-T---C-AAC-AAT---AT-T---T-T-T-G-GCA-A---C-----A--TT----------T--C-T---A----TTGGTAACC-T----TAACTGT-GCT
gi|113130                     :                    T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-GCA-TGTCTT-T----T---C-----AA-----C-G-G-A-T---AT-TCCCT-T-C-A-GCG-A---A-----A--------------T--C-C---A----TT
gi|113131                     :     aaaagacAAAT--GAT-TTA----TCAA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----AA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAATTGT-GCTGCG
gi|113132                     :            AAAT--GAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-T-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TA
gi|113133                     :            AAAT--GAT-TTAATCATCCA-TTCT-AATG--A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----TT--C-----GA-T---C-G-CTA-T---AT-T---T-TTC-ATGCG-A---G-----T--TT----------TT-C-C---A----TTGACCACC-T----TAACTGTGGCTGC
gi|113134                     :                              CCA-TCCT-GAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----AA-C---T-G-C-A-T---AT-A---T-T-T-G-GCA-A---A-----A--TC----------T--C-C---A----TTGCCCACC-G----TAACTGT-TCTGCG
gi|113135                     : aaatgttccagAAAT-T-AT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TTT-TT-TTTT-T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----A--TT----------G--C-C---A----
gi|113136                     :                    T-TTA----TCTA-TTCTTAAT---A-------AA----T-A-A-TGC-TT-A----T---T-----GA-T---C-G-A-A-T---ATCT---T-T-C-A-GTG-C---A-----A--TT----------T--T-T---A----TTTGCCACA-T----T
gi|113137                     :          aaatat-TGAT-TTA----TGCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-G-A-GCG-A---T-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACT-T----TAACTAT-GTTGCG
gi|113138                     :                 aaAT-GTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----A-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-A---A-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----CTAGCCATC-T----TAATTGT-GCTGCG
gi|113139                     :                                A-TTCT-AAA---A-------AAAAAAT---A-TGT-TT-G----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---GT-T---T-T-C-A-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113140                     :                                A-TTGT-AATTGAA-------AA----TTG-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-----ATAT---T-T-C-A-CCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTTC-GCTGCG
gi|113141                     :                                A-TTCT-AAT---ACA-----AA----T-G-C-TGT-TT-T----TGTGC-----GA-T---C-G-C-AATGGGAT-T---T-T-C-ACGC--A---A-----A--TT----------TTCC-C---A----TTGGCCACC-CGATGTAACTG
gi|113142                     :                                      -AAA---A-------AA----T---A-TGT-TT-G----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---GT-T---T-T-C-A-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-T----TAACTGT-GC
gi|113143                     :                                          ---A-------GA----T-A-A-TGT-TT-C----T---C-----AA-A---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTG---------------CTGT-GCTGTG
gi|113144                     :                                                                                                              ---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTTC-GCTGCG





Alignments
lowQualScore                  :                22                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                00   1   2222    1    1   444 4444444  2222 1 1 1   1  1 4444 444 22222  1 222 1 1 1 2 111  2 111 1 1 1 3   1 111 22222222  4444444444 44 1 111 3333         1 2222       3      
lowQualScore                  :                ..   .   ....    .    .   ... .......  .... . . .   .  . .... ... .....  . ... . . . . ...  . ... . . . .   . ... ........  .......... .. . ... ....         . ....       .      
lowQualScore                  :                44   2   6666    1    1   999 7777777  2222 0 0 0   0  0 0000 999 66666  0 888 0 0 0 1 888  1 888 0 0 0 0   0 888 66666666  5555555555 99 0 888 2222         1 3333       6      
consensus                     :           AAAAT-TGAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
Reference ( family-482 )      :           AAAAT-TGAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113105                     :           AAAAT-TAAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAACTGT-GCTGCG
gi|113106                     :           AAAAT-TAAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAAC-GT-GCTGCG
gi|113107                     :           AAAAT-TAAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAA-TGT-GCTGCG
gi|113108                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----CA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113109                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-AGT-TT-T----T---C-----GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-ACG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----CTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113110                     :           AAAAT--GAT-TT-----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---G-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGTG
gi|113111                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-GAT---ACCCGGTAAA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-G-T-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-A----TAACTGT-GCTGCG
gi|113112                     :                  GAT-TTT----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-C---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTAGCCATC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113113                     :      aaaagAAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTTT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TC-T----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--T-C---A----TTAGCAACC-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113114                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGA-TT-T----T---T-----GA-T---C-G-T-T-T---AT-T---T-T-C-G-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-T---A----CTGTCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113115                     :           AAAAT-GAAT-TTA----ACCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T-----CA-TT--C-G-C-A-T---AT-T---T-T-TTA-GCG-A---A-----A--TT----------TT-C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTACG
gi|113116                     :             AATATGAT-TTA----TCCA-TTCA-ATT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-----C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-----A-----A--TT----------T--C-C---A-----TGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113117                     :           AAAAT--AAT-TTA----TTCA-TTCT-AAT---T-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T------A-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-G-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGACCACCTT----TAACTGC-GCTGTG
gi|113118                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----AA-T---C-G-G-A-T---AT-T---T-T-C-T-GTG-A---A-----C--TT----------T--C-C---A----TTGGCTACA-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113119                     :                -TGAT-TTA----TGC--TTCA-AATT--A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-G---A-----A--TT----------T--T-CCAGA----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113120                     :            aaga-TGAT-TTA----TGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---TCT-C-A-GCG-----------A--TT----------T--C-T---AT---TTGGCCACC-T----TAACTGTGGCTGCG
gi|113121                     :            aaga-TGAT-TTA----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-T---A-T-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----T--TT----------T--C-G---A----TTGGCCTCC-T----TAACTGT-GCTTCG
gi|113122                     :       agaaAAAAT--AAT-TTA----ACCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-G-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T----T-T---T-C-C-A-ACG----------------------------------------TTATCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113123                     :                  GATATTA----TCGA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-ATTGT-TTAT----T---C-----GA-T---C-G-C-A-----AT-T---T-T-C-A-GCG-A---ATTTTTA--TTCCTTGGCCCGT--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113124                     :         aaAAAAT--GAT-T-A----TCCAATTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-TTCTCT---C-----GA-T---CGG-C-A-G---AT-T---T-C-A-A-GCG-A---A-----ATTTT----------T--C-C---GCAGTTTGGCCACC-T----TAACTGTGGCTG
gi|113125                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---A------T-T-C-A-GTG-A---A-----A--T
gi|113126                     :           AAAAT-T-AT-GTA----TCCA-ATTT-TAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T--------------GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---G-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGACACC-T----
gi|113127                     :           AAGAT-GAAT-TTA----TGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A--GT-TT-T----T---C-----GAGT---C-G-C-A-T---A--T---T-T-C-ATGCGTA---A-----A--TT----------TTCC-C---C----TTGGCCACC-T----T-ACTGT-
gi|113128                     :                -TGAT-TAA----TCCA-TTGT-AATT--A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-TAATC-A---A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-ACCCA-----T--TT----------T--CGC---A----TTGGCCTCC-T----TAACTGC-ATTGC
gi|113129                     :       agaaAAAAT--GTT-CCA----TCCA-TCCT-AAT---A-------AT----T-G-G-TGT-TT-T----T---TTAACTGG-T---C-AAC-AAT---AT-T---T-T-T-G-GCA-A---C-----A--TT----------T--C-T---A----TTGGTAACC-T----TAACTGT-GCT
gi|113130                     :                    T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-GCA-TGTCTT-T----T---C-----AA-----C-G-G-A-T---AT-TCCCT-T-C-A-GCG-A---A-----A--------------T--C-C---A----TT
gi|113131                     :     aaaagacAAAT--GAT-TTA----TCAA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----AA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAATTGT-GCTGCG
gi|113132                     :            AAAT--GAT-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-T-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TA
gi|113133                     :            AAAT--GAT-TTAATCATCCA-TTCT-AATG--A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----TT--C-----GA-T---C-G-CTA-T---AT-T---T-TTC-ATGCG-A---G-----T--TT----------TT-C-C---A----TTGACCACC-T----TAACTGTGGCTGC
gi|113134                     :                              CCA-TCCT-GAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----AA-C---T-G-C-A-T---AT-A---T-T-T-G-GCA-A---A-----A--TC----------T--C-C---A----TTGCCCACC-G----TAACTGT-TCTGCG
gi|113135                     : aaatgttccagAAAT-T-AT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TTT-TT-TTTT-T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----A--TT----------G--C-C---A----
gi|113136                     :                    T-TTA----TCTA-TTCTTAAT---A-------AA----T-A-A-TGC-TT-A----T---T-----GA-T---C-G-A-A-T---ATCT---T-T-C-A-GTG-C---A-----A--TT----------T--T-T---A----TTTGCCACA-T----T
gi|113137                     :          aaatat-TGAT-TTA----TGCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-G-A-GCG-A---T-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACT-T----TAACTAT-GTTGCG
gi|113138                     :                 aaAT-GTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----A-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-A---A-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----CTAGCCATC-T----TAATTGT-GCTGCG
gi|113139                     :                                A-TTCT-AAA---A-------AAAAAAT---A-TGT-TT-G----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---GT-T---T-T-C-A-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113140                     :                                A-TTGT-AATTGAA-------AA----TTG-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-----ATAT---T-T-C-A-CCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTTC-GCTGCG
gi|113141                     :                                A-TTCT-AAT---ACA-----AA----T-G-C-TGT-TT-T----TGTGC-----GA-T---C-G-C-AATGGGAT-T---T-T-C-ACGC--A---A-----A--TT----------TTCC-C---A----TTGGCCACC-CGATGTAACTG
gi|113142                     :                                      -AAA---A-------AA----T---A-TGT-TT-G----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---GT-T---T-T-C-A-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-T----TAACTGT-GC
gi|113143                     :                                          ---A-------GA----T-A-A-TGT-TT-C----T---C-----AA-A---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTG---------------CTGT-GCTGTG
gi|113144                     :                                                                                                              ---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTTC-GCTGCG


blockSeqs                     :                AT   A   ATCA    A    T   TGA CCCGGTA  AAAA T C T   C  A TCTC GTG TAACT  G AAT G A T A GGG  C CCC C T T T   T CCC TTTTTA    CCTTGGCCCG TC G CAG CAGT         T GATG       G
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   T   CA       .    . . .   .  . TTT  T   .      . T   . . . A .    A .   . . . T   . .   ATT       .          TC . .   T            . .          G
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   T   .        .    . . .   .  . .    T   .      . .   . . . . .    . .   . . . C   . .   A         .          T  . .   .            . .          G
blockSeqs                     :                G    .   .       .    .   G   .        .    . . .   .  . .    T   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          T  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                G    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                T    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   C         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                .    .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                     .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                     .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                     .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                     .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                     .   .       .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .          .
blockSeqs                     :                                 .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .           
blockSeqs                     :                                 .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .            . .           
blockSeqs                     :                                 .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .           
blockSeqs                     :                                 .    .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .            . .           
blockSeqs                     :                                      .   .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   A         .          .  . .   .                          
blockSeqs                     :                                          .   .        .    . . .   .  . .    .   .      . .   . . . . .    . .   . . . .   . .   T         .          .  . .   .                          
blockSeqs                     :                                                                                                              .   . . . .   . .   .                                                        


blockSeqCons                  :                **
originalCons                  :           AAAAT-TGAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
finalCons                     :           AAAAT--GAT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG





Alignments
lowQualScore                  :        3  3 1   2222    1    1   444 4444444  2222 1 1 1   1  1 4444 444 22222  1 222 1 1 1 2 111  2 111 1 1 1 3   1 111 22222222  4444444444 44 1 111 3333         1 2222       3      
lowQualScore                  :        .  . .   ....    .    .   ... .......  .... . . .   .  . .... ... .....  . ... . . . . ...  . ... . . . .   . ... ........  .......... .. . ... ....         . ....       .      
lowQualScore                  :        6  5 2   5555    1    1   999 7777777  2222 0 0 0   0  0 0000 999 66666  0 888 0 0 0 1 888  1 888 0 0 0 0   0 888 66666666  5555555555 99 0 888 2222         1 3333       6      
consensus                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
Reference ( family-482 )      :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113105                     :   AAAATTAA-T-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAACTGT-GCTGCG
gi|113106                     :   AAAATTAA-T-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAAC-GT-GCTGCG
gi|113107                     :   AAAATTAA-T-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----GAA-TGT-GCTGCG
gi|113108                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----CA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113109                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-AGT-TT-T----T---C-----GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-ACG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----CTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113110                     :   AAAAT-GA-T-TT-----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---G-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGTG
gi|113111                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-GAT---ACCCGGTAAA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-G-T-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-A----TAACTGT-GCTGCG
gi|113112                     :   AAAAG-GA-T-TTT----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-C---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTAGCCATC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113113                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTTT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TC-T----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--T-C---A----TTAGCAACC-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113114                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGA-TT-T----T---T-----GA-T---C-G-T-T-T---AT-T---T-T-C-G-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-T---A----CTGTCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113115                     :   AAAAT-GAAT-TTA----ACCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T-----CA-TT--C-G-C-A-T---AT-T---T-T-TTA-GCG-A---A-----A--TT----------TT-C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTACG
gi|113116                     :   AATAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCA-ATT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-----C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-----A-----A--TT----------T--C-C---A-----TGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113117                     :   AAAAT-AA-T-TTA----TTCA-TTCT-AAT---T-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---T------A-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-G-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGACCACCTT----TAACTGC-GCTGTG
gi|113118                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---C-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----AA-T---C-G-G-A-T---AT-T---T-T-C-T-GTG-A---A-----C--TT----------T--C-C---A----TTGGCTACA-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113119                     :   AAGAT-GA-T-TTA----TGC--TTCA-AATT--A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-G---A-----A--TT----------T--T-CCAGA----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113120                     :   AAGAT-GA-T-TTA----TGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---TCT-C-A-GCG-----------A--TT----------T--C-T---AT---TTGGCCACC-T----TAACTGTGGCTGCG
gi|113121                     :   AGAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-T---A-T-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----T--TT----------T--C-G---A----TTGGCCTCC-T----TAACTGT-GCTTCG
gi|113122                     :   AAAAT-AA-T-TTA----ACCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-G-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T----T-T---T-C-C-A-ACG----------------------------------------TTATCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113123                     :        -GA-TATTA----TCGA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-ATTGT-TTAT----T---C-----GA-T---C-G-C-A-----AT-T---T-T-C-A-GCG-A---ATTTTTA--TTCCTTGGCCCGT--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTGT-GCTGCG
gi|113124                     : aaAAAAT-GA-T-T-A----TCCAATTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-TTCTCT---C-----GA-T---CGG-C-A-G---AT-T---T-C-A-A-GCG-A---A-----ATTTT----------T--C-C---GCAGTTTGGCCACC-T----TAACTGTGGCTG
gi|113125                     :   AAAAT-GA-T-TTA----TCCA-TTGT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---A------T-T-C-A-GTG-A---A-----A--T
gi|113126                     :   AAAAT-TA-T-GTA----TCCA-ATTT-TAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T--------------GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---G-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGACACC-T----
gi|113127                     :   AAGAT-GAAT-TTA----TGCA-TTCA-AAT---A-------AA----T-G-A--GT-TT-T----T---C-----GAGT---C-G-C-A-T---A--T---T-T-C-ATGCGTA---A-----A--TT----------TTCC-C---C----TTGGCCACC-T----T-ACTGT-
gi|113128                     :   AGAAT-GA-T-TAA----TCCA-TTGT-AATT--A-------AA----T-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-TAATC-A---A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-ACCCA-----T--TT----------T--CGC---A----TTGGCCTCC-T----TAACTGC-ATTGC
gi|113129                     :   AAAAT-GT-T-CCA----TCCA-TCCT-AAT---A-------AT----T-G-G-TGT-TT-T----T---TTAACTGG-T---C-AAC-AAT---AT-T---T-T-T-G-GCA-A---C-----A--TT----------T--C-T---A----TTGGTAACC-T----TAACTGT-GCT
gi|113130                     :   AAAA--GACT-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-GCA-TGTCTT-T----T---C-----AA-----C-G-G-A-T---AT-TCCCT-T-C-A-GCG-A---A-----A--------------T--C-C---A----TT
gi|113131                     :    AAAT-GA-T-TTA----TCAA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----AA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAATTGT-GCTGCG
gi|113132                     :    AAAT-GA-T-TTA----CCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-T-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACC-T----TA
gi|113133                     :    AAAT-GA-T-TTAATCATCCA-TTCT-AATG--A-------AA----T-T-A-TGT-TT-T----TT--C-----GA-T---C-G-CTA-T---AT-T---T-TTC-ATGCG-A---G-----T--TT----------TT-C-C---A----TTGACCACC-T----TAACTGTGGCTGC
gi|113134                     :    AAAT-GT-T-CCA----GCCA-TCCT-GAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----TT--C-----AA-C---T-G-C-A-T---AT-A---T-T-T-G-GCA-A---A-----A--TC----------T--C-C---A----TTGCCCACC-G----TAACTGT-TCTGCG
gi|113135                     :    AAAT-TA-T-TTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TTT-TT-TTTT-T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----A--TT----------G--C-C---A----
gi|113136                     :    AAAT-AT-T-TTA----TCTA-TTCTTAAT---A-------AA----T-A-A-TGC-TT-A----T---T-----GA-T---C-G-A-A-T---ATCT---T-T-C-A-GTG-C---A-----A--TT----------T--T-T---A----TTTGCCACA-T----T
gi|113137                     :     AAT-GA-T-TTA----TGCA-TTCT-AAT---A-------AA----T-G-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-T---T-T-G-A-GCG-A---T-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGCCACT-T----TAACTAT-GTTGCG
gi|113138                     :          A-T-GTA----TCCA-TTCT-AAT---A-------AA----A-G-A-TAT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-T---AT-A---A-T-C-A-GCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----CTAGCCATC-T----TAATTGT-GCTGCG
gi|113139                     :                        A-TTCT-AAA---A-------AAAAAAT---A-TGT-TT-G----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---GT-T---T-T-C-A-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-T----TAACTGT-GCTGC
gi|113140                     :                        A-TTGT-AATTGAA-------AA----TTG-A-TGT-TT-T----T---C-----GA-T---C-G-C-A-----ATAT---T-T-C-A-CCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTTC-GCTGCG
gi|113141                     :                        A-TTCT-AAT---ACA-----AA----T-G-C-TGT-TT-T----TGTGC-----GA-T---C-G-C-AATGGGAT-T---T-T-C-ACGC--A---A-----A--TT----------TTCC-C---A----TTGGCCACC-CGATGTAACTG
gi|113142                     :                              -AAA---A-------AA----T---A-TGT-TT-G----T---C-----AA-T---C-G-C-A-T---GT-T---T-T-C-A-TCG-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTGGTCATC-T----TAACTGT-GC
gi|113143                     :                                  ---A-------GA----T-A-A-TGT-TT-C----T---C-----AA-A---T-G-C-A-T---AT-T---T-T-C-A-GCA-A---A-----A--TT----------T--C-C---A----TTG---------------CTGT-GCTGTG
gi|113144                     :                                                                                                      ---T-T-C-A-GCG-A---A-----T--TT----------G--C-C---A----TTGGCCACC-T----TAACTTC-GCTGCG