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blockSeqs                     :                         G     . .  .  .    A     .   .   . .           TTAATG              .   .   .    .  .  T        TATA   .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         G     . .  .  .    A     .   .   . .           TAAAGA              .   .   .    .  .  T        TATA   .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         T     . .  .  .    A     .   .   . .           TTAATG              .   .   .    .  .  T        TATA   .      .  .   .  T     .      G .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         T     . .  .  .    C     .   .   . .           TTAATG              .   .   .    .  .  T        TATG   .      .  .   .  T     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         T     . .  .  .    C     .   .   . .           AAAGA               .   .   .    .  .  T        TATA   .      .  .   .  T     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         T     . .  .  .    C     .   .   . .           AAAGA               .   .   .    .  .  T        TTTA   .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         G     . .  .  .    A     .   .   . .           AAAAA               .   .   .    .  .  T        TATA   .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         T     . .  .  .    G     .   .   . .           TTATA               .   .   .    .  .  T        TATA   .      .  .   .  A     .      G .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         G     . .  .  .    A     .   .   . .           TTATA               .   .   .    .  .  T        ATA    .      .  .   .  T     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         G     . .  .  .    C     .   .   . .           TTATA               .   .   .    .  .  T        ATG    .      .  .   .  T     .      G .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                         .     . .  .  .    C     .   .   . .           TAAGA               .   .   .    .  .  T        ATA    .      .  .   .  A     .      C .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                               . .  .  .    A     .   .   . .           TAAGA               .   .   .    .  .  T        TTG    .      .  .   .  C     .      G .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                               . .  .  .    C     .   .   . .           AAATA               .   .   .    .  .  T        TAA    .      .  .   .  T     .      C .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                               . .  .  .    C     .   .   . .           AAATA               .   .   .    .  .  T        TAT    .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                               . .  .  .    A     .   .   . .           AAAGA               .   .   .    .  .  T        ATA    .      .  .   .  C     .      C .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                               . .  .  .    A     .   .   . .           TAAGA               .   .   .    .  .  T        ATA    .      .  .   .  C     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                 .  .  .    A     .   .   . .           AAAGA               .   .   .    .  .  A        ATA    .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                 .  .  .    A     .   .   . .           CTCAG               .   .   .    .  .  T        ATG    .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                            .     .   .   . .           AGAA                .   .   .    .  .  T        ATG    .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                            .     .   .   . .           CT                  .   .   .    .  .  T        TAT    .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                  .   .   . .           CT                  .   .   .    .  .  T        TA     .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                  .   .   . .           CT                  .   .   .    .  .  C        TA     .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                      .   . .           CT                  .   .   .    .  .  T        GA     .      .  .   .  A     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                      .   . .           CT                  .   .   .    .  .  C        TG     .      .  .   .  C     .      G .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                      .   . .           CT                  .   .   .    .  .  T        AA     .      .  .   .  C     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                      .   . .           CT                  .   .   .    .  .  T        AA     .      .  .   .  C     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                            .           CT                  .   .   .    .  .  C        AA     .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                            .           TG                  .   .   .    .  .  .        TG     .      .  .   .  C     .      A .     .     .   .      . .  .  .   .  . . 
blockSeqs                     :                                                                                            .   .   .    .  .  .        G      .      .  .   .  C     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .      
blockSeqs                     :                                                                                            .   .   .    .  .  .        G      .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .  .   .      
blockSeqs                     :                                                                                            .   .   .    .  .  .        G      .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .  .          
blockSeqs                     :                                                                                            .   .   .    .  .  .        G      .      .  .   .  A     .      T .     .     .   .      . .  .             
blockSeqs                     :                                                                                                .   .    .  .  .        G      .      .  .   .  A     .      . .     .     .   .      . .  .             
blockSeqs                     :                                                                                                                        G      .      .  .   .  .     .      . .     .     .   .      . .                
blockSeqs                     :                                                                                                                        .      .      .  .   .  .     .      . .     .     .   .      . .                


blockSeqCons                  :                                                                        TAAAGA******
originalCons                  :                    TGTAT-G--AT-T--T--A----T--A--T--GT--AT-A------TATGTT-TA----AAGA-CAGGACCA-CAA-TGT--AAA-CT-AG-T---TTTTTA-TAAA--CTA-A--T-TGT-GC-A-A-T-CCTG-TNT--AAAT-A-AAG---G--TCATT-A--T--T---A-TT-A--TTATTA
finalCons                     :                    TGTAT-G--AT-T--T--A----T--A--T--GT--AT-A------TATGTTTAAAGA------CAGGACCA-CAA-TGT--AAA-CT-AG-T---TTTTTA-TAAA--CTA-A--T-TGT-GC-A-A-T-CCTG-TNT--AAAT-A-AAG---G--TCATT-A--T--T---A-TT-A--TTATTA





Alignments
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lowQualScore                  :                         5555  9 22 22 2222 66666 22  33  2 333333      111111111111        1   2   22   2  1  33333    77777  11   1 11 3   2  555 1 2    1 3 22    2 1   111 11     2 33 11 111 1  2 11      
lowQualScore                  :                         ....  . .. .. .... ..... ..  ..  . ......      ............        .   .   ..   .  .  .....    .....  ..   . .. .   .  ... . .    . . ..    . .   ... ..     . .. .. ... .  . ..      
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