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lowQualScore                  :      111  2 2  66     2   99   111111   44444  9   888  1 1  1  1 444 3 66  999999999999999  00000000 2 1  999  5555 11 2   1   333   666666 777777   1     9999999999999999999999999999999 99999999 777777777  444 1   1 000 1 33333  2 222222  55  222 1 2 2 2 2 2      2  222     88    2   1  3  2    111111 5      66      888  3   
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Reference ( gi|57782 )        : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---G--G----A-ATGGTGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAA-T-GGCGGC--CATTTT--TAA-AAA
gi|57783                      : TAGTC---CA-G-GC--CATTT-GTG-CAGA-----ATTT-T-A-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---G--G----C-ATGGTGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-CGT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGATCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAA-T-GGCGGC--CATTTT--GAA-AAA
gi|57784                      : TAGTC---CT-G-GT--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GTGGAA---TT-T-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---G--G----C-ATGGTGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAA-T-GGCGGC--CA-TTT--TAA-AA
gi|57785                      : TAGTC---CT-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----ATTT-T-G-GTGGAA---TT-G-CT-CA-A---A-G--AG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---G--G----T-ATGATGGTAG-------------------------G----T--------T---------AG--AT-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAA-T-GGCGGC--CATTTT--GAA-AAA
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gi|57787                      : TAGTC---CA-G-GC--AATTT-GTG-CAGT-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------CA--------G-T-AA---AA----G--C-ATG-GTA---TTT---T--G----C-ATGGTGGTGG-------------------------C----T--------T---------AT--TT-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GTGG--AAA-T-GGCGGA--CATTTT--TAA-AA
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gi|57798                      : TAGTC---CA-A-GC--GATTT-GTG-AAAA------------------AA---TT-G-CTTCC-A---G-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---T--G----C-A----GATAT-------------------------CTTCTT--------T---------AG--GT-CA--T---A-C-----AATA------AA--TATT-A-G-A-A-G-T-GGACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCGGC-TTT-T-GACGGC--CATTTT--GAA-AAa
gi|57801                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGATT---TTTT-T-T-GCCTAA---TT-G-CT-GA-A---T-A---G---------------TG--------A-T--A---AA----G--C-ATG-AAAT--TTT---T--G----C-ATGATGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-C-T-T---A-T------A-A------CA--TTTTCA-
gi|57800                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGATT---TTTT-T-T-GCCTAA---TT-G-CT-GA-A---T-A---G---------------TG--------A-T--A---AA----G--C-ATG-AAAT--TTT---T--G----C-ATGATGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-C-T-T---A-T------A-A------CA--TTTTCA-atggcgggaaatggcggccatgtttga
gi|57799                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGATT---TTTT-T-T-GCCTAA---TT-G-CT-GA-A---T-A---G---------------TG--------A-T--A---AA----G--C-ATG-AAAT--TTT---T--G----C-ATGATGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-C-T-T---A-T------A-A------CA--TTTTCA-atggcgggaaatggcggccatgtttga
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gi|57803                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA------------------AA---TT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---T--G----C-A----AATAT-------------------------CTTCTT--------T---------AG--GT-AA--T---A-CCAAT-AA-A------TA--GT---A-G-A-G-G-T-GGACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCG
gi|57791                      : TAGTC---CA-A-GC--GATTT-GTA-AAAA----------------AAAA---AT-G--T-CA-G---A-G--GA---------------TG--------A-T-AA---AAA---G--C-ATG-AAA---TTT---T--GCAACA-ATA-TCCTA--------------------------T----T--------T---------AG--GT-CAT-----A-CCAATAAA-A------TA--TTTAAA-G-A-A-G-T-GGACGC-AA--ATCGAAT-ACTT-CAA-AACTA-GCGG--GTT-TGGGCGGC--CATTT
gi|57806                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-AAAA-----TTTT-T-G-GCCGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---gaaaa
gi|57793                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA----------------AAAA---AT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------CG--------A-T-AA---AA----G--C-AAG-ACA---TTT---T--G----C-AC----ATAT-------------------------CTTTTT--------T---------AG--GC-CA--T---A-C-----CA-A------TA--T--------A-A-G-T-GAACCC-AA---TGGAAT-AACT-CAA-AA-TG-GCGGC-TTT-T-GACGGC--CATTTT--GAA-AA
gi|57805                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA------------------AA---AT-G-TT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AC---AA----G--CAATG-AGACATTTT---GCAG----A-AGAGTAAT---------------------------CTTCTT--------T---------AG--GTACATAT---A-CCAAT-AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GTACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCGGCTTTT-T-GACGGC--CATTT
gi|57804                      : TAGTC---CA-A-TT--GATTT-GTG-AAAA----------------AAAA---T--G-CT-CA----------TG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--C-ATT-TAG---TTT---T--G----C-ACA----CAT-------------------------C----T--------TCTTT-----AG--GT-CAT-A---C-C-----AATA------GA--TATT-A-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--TTGCAA--AACT-CAA-AA-TG-GCGG--CAT-TTGGCGGC--CATTTT--GAA-gaaaa
gi|57807                      : TAGTC---CG-A-GC---ATAT-GTG-AAAA-----TTT------------------G-CT-CA-G---A-G--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAT---TTT---G--C----A-ATATC--TTC-------------------------T----T--------T---------AG--GT-CA--T---A-C-----CA-A------TA--ATAT-A-G-A-AGG-TGGGACC---A--CTCGAAT-AATC-----------------AAA-T-GGCGGC--CATTTT--GGA-AAA
gi|57792                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA---------------AAAAA---TT-G--T-CA-T---C-A--GG---------------TT--------G-T-AA---AA----G--C-ATGAAAA---TTT---G--C----ACATATC--TTC-------------------------T----T--------T---------AG--GC-C-T-T---A-CCAAT-AA-A------TA--TT---A-G-A-A-A-T-GAACCT-AA---TCGAA--AAACTCAA-AA-TA-GAGGC-TTT-T-GGTGGC--CATTTT--GAA-
gi|57808                      : TAGTC---TA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTGT-T-G-GCGAAA---TT-G-CT-CG-A---A-
gi|57797                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA----------------AAAA---TTCG-AT-CA-GCC-A-A--GG---------------TG--------ACT-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTTTGCG--GTA--A-AT--TATTAA-------------------------T----TATTATTTAT---------AGGTAT-CA--T---A-CT----AA-A------TA--ATATTACG-ATA-GTT-CGACCC-AA---TCGAT--AATT-TCA-AA-TG-GGGC--TTT-T-GGCGGC--CATTAT--TGATAAA
gi|57809                      :  AGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GT---------------TG--------G-T-AATTTAA----G--C-ATG-AAA---TTT---G--G----C-AAGGTGATAG-------------------------C----T--------T---------AG--TT-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GTGG--GAA-T-GGCGAC--CATTTT--GAA-AAA
gi|57810                      :   GTC---CA-G-GC--GATTT-GTA-CAGA-----AGTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--A-ATG-AAA---TTT---G--G----C-ATGGTTGTAG-------------------------C----T--------T---------GG--TC-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TGATCA-G-A-A-A-A-GGGCCC-TA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GGA-T-GGCAAC--CATATT--GAC-AAA
gi|57811                      :   GTC---CATA-GC--GGTGT-GTG-AGAA-----TTGTGT-G-GCAGGA---AT-GTCT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----AGCC-ATG-ACA---TTT---G--G----GCATGGTGGTAA------------------------------T--------T---------AGT-GT-CAT-T---AAC-----AA-A------TA--TTTGCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAAT-TATC-CAA-AAGTG-ACGG--GA
gi|57812                      :    TC---CA-G-GC--GATTT-ACG-CAGA-----TTTT-T-G-GCGGAA---TT-G-CC-CA-A---ATA--GACCATGCCAAATTTTATGCTTTTACAA-C-AA---AA----G--C-ATA-AAA---TTT---G--G----C-ATGGTGGTAG-------------------------C----A--------T---------AG--TC-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GAACCC-AA--TCCGAC--AATA-CAA-AG-TG-GTGA--GAA-T-GACGGC--CATTTTGATAA-
gi|57813                      :     C---CT-G-GC--GATTT-TTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----A--C-ATG-AAA---TTT---G--G----C-ATGATGGTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-CAT-T---C-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-A-G-GAACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAA-T-GGTGGC--CATTTT--
gi|57814                      :     C---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGC-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CATA---ATA--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AGA---GTT---T--G----C-ATGATGGTAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----T--------T---------AA--CT-TAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-G-GG--GAA-T-GGCGGC--CATTTT--GAA-AAAgcaaga
gi|57815                      :      ---CA-G-GC--GATT--G-G-CAGA-----TTTT-G-G-CCGGAA---TG-C-CG-CA-G---AGA--GG---------------TG--------A-T-AA---AAAGCAG--CGATG-AAA---TGT---G--C----A-ATGG--GTAG-------------------------C----T--------T---------AG--AT-CAT-----A-C-----AA-AT-----CA--ATT-CA-T-A-A-G-T-GA--CC-AA--CTCGAA--A-TC-CAA-AA-TGCGCGA--AAA---GGCGGC--CATTTT--GAA-AAA
gi|57816                      :             -GC--GATTT-GTG-TAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-
gi|57817                      :                                           -G-GC-GAT---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---TA----G--C-ATG-AAA---TGT---G--G----C-ATGTTGGTAT-------------------------C----T--------T---------AG--AT-CAT-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTTA-G-A-A-G-T-GGGCCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAA-T-GGCGGC--CA-TTT--GAA-AAA
gi|57818                      :                                                AAAA---AT-G-CC-CA----------GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-AAA---TTT---T--G----C-ACA----TAT-------------------------C----T--------TCTTAAAGTCAA--AC-CA------A-T-----AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GGACAC-AA---TCGAAT-AACT-CAA-AA-TG--------------GCGGC--CATTTT--GAA-AA
gi|57819                      :                                                AAAA---AT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---A-----G--C-AT--------TTA---T--G----C-ACAATTTTTC-------------------------T----T--------T---------AG--GT-CAT-T---C-C-----CA-A------TAAATATGAG-G-A-A-G-T-GGGACC-AA---TCGAATAGACT-CAA-AA-TG-GCGG--CTT-T-GGCGGC--CATTTT--AGA-AAA
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Reference ( family-476 )      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-CATGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--N-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57782                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-AATGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTTAAAAA
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gi|57810                      :   GTC---CA-G-GC--GATTT-GTA-CAGA-----AGTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--A-ATGAA--A-TTTGG-CATGGTTG-----TAG-------------------------C----T--------T----GG--T-C-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TGATCA-G-A-A-A-A-GGGCCC-TA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GGAT-GGCAAC--C-AT-A-TTGACAAA
gi|57811                      :   GTC---CATA-GC--GGTGT-GTG-AGAA-----TTGTGT-G-GCAGGA---AT-GTCT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----AGCC-ATGAC--A-TTTGGGCATGGTGG-----TAA------------------------------T--------T----AG--TGT-CA---T-T---AAC-----AA-A------TA--TTTGCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAAT-TATC-CAA-AAGTG-ACGG--GA
gi|57812                      :    TC---CA-G-GC--GATTT-ACG-CAGA-----TTTT-T-G-GCGGAA---TT-G-CC-CA-A---ATA--GACCATGCCAAATTTTATGCTTTTACAA-C-AA---AA----G--C-ATAAA--A-TTTGG-CATGGTGG-----TAG-------------------------C----A--------T----AG--T-C-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GAACCC-AA--TCCGAC--AATA-CAA-AG-TG-GTGA--GAAT-GACGGC--C-AT-T-TTGATAAA
gi|57813                      :     C---CT-G-GC--GATTT-TTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----A--C-ATGAA--A-TTTGG-CATGATGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---C-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-A-G-GAACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGTGGC--C-AT-T-TTGCAAGA
gi|57814                      :     C---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGC-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CATA---ATA--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAG--A-GTTTG-CATGATGG-----TAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----T--------T----AA--C-T-TA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-G-GG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57815                      :      ---CA-G-GC--GATT--G-G-CAGA-----TTTT-G-G-CCGGAA---TG-C-CG-CA-G---AGA--GG---------------TG--------A-T-AA---AAAGCAG--CGATGAA--A-TGTGC-AATGG--G-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-----A-C-----AA-AT-----CA--ATT-CA-T-A-A-G-T-GA--CC-AA--CTCGAA--A-TC-CAA-AA-TGCGCGA--AAA--GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57816                      :             -GC--GATTT-GTG-TAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-
gi|57817                      :                                           -G-GC-GAT---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---TA----G--C-ATGAA--A-TGTGG-CATGTTGG-----TAT-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTTA-G-A-A-G-T-GGGCCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-A--T-TTGAAAAA
gi|57818                      :                                                AAAA---AT-G-CC-CA----------GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CACA---------TAT-------------------------C----T--------TCTTAAA--G-T-CAAACC-A---A-T-----AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GGACAC-AA---TCGAAT-AACT-CAA-AA-TG-------------GCGGC--C-AT-T-TTGAAAA
gi|57819                      :                                                AAAA---AT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---A-----G--C-AT-------TTATG-CACAATTT-----TTC-------------------------T----T--------T----AG--G-T-CA---T-T---C-C-----CA-A------TAAATATGAG-G-A-A-G-T-GGGACC-AA---TCGAATAGACT-CAA-AA-TG-GCGG--CTTT-GGCGGC--C-AT-T-TTAGAAAA
gi|57820                      :                                                    ---TT-A-CT-CA-A---A-A--GA---------------TG--------G-A-AT---AA----G--C-CTGGA--C-TTGTA-CATGTTGG-----CAG-------------------------C----G--------T----AA--T-T-CA---T-T---A-C-----AA-G------TA--TTTGCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--T---AT--AA----AA-AA-TG-GTGG--GTGT-GGAGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
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Reference ( family-476 )      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--N-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57782                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-AA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTTAAAAA
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gi|57804                      : TAGTC---CA-A-TT--GATTT-GTG-AAAA----------------AAAA---T--G-CT-CA----------TG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--C-ATTTA--G-TTTTG-CA-CA---------CAT-------------------------C----T--------TCTTTAG--G-T-CA---T-A---C-C-----AATA------GA--TATT-A-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--TTGCAA--AACT-CAA-AA-TG-GCGG--CATTTGGCGGC--C-AT-T-TTGAAA
gi|57805                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AA------------------AAAA---AT-G-TT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AC---AA----G--CAATGAGACA-TTTTG-CA-GAAGAG-----TAATCTTC--------------------T----T--------T----AG--G-TACA---TAT---A-CCAAT-AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GTACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCGGCTTTTT-GACGGC--C-A--T-TTGAAAA
gi|57806                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-AAAA-----TTTT-T-G-GCCGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---
gi|57807                      : TAGTC---CG-A-GC---ATAT-GTG-AAAA-----TTT------------------G-CT-CA-G---A-G--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-A--A-TTTTG-CA------A-----TAT-------------------------CTTCTT--------T----AG--G-T-CA-----T---A-C-----CA-A------TA--ATAT-A-G-A-AGG-TGGGACC---A--CTCGAAT-AATC-----------------AAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGGAAAA
gi|57808                      : TAGTC---TA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTGT-T-G-GCGAAA---TT-G-CT-CG-A---A-
gi|57809                      :  AGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GT---------------TG--------G-T-AATTTAA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-CA-AGGTGA-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--T-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GTGG--GAAT-GGCGAC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57810                      :   GTC---CA-G-GC--GATTT-GTA-CAGA-----AGTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--A-ATGAA--A-TTTGG-CA-TGGTTG-----TAG-------------------------C----T--------T----GG--T-C-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TGATCA-G-A-A-A-A-GGGCCC-TA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GGAT-GGCAAC--C-AT-A-TTGACAAA
gi|57811                      :   GTC---CATA-GC--GGTGT-GTG-AGAA-----TTGTGT-G-GCAGGA---AT-GTCT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----AGCC-ATGAC--A-TTTGGGCA-TGGTGG-----TAA------------------------------T--------T----AG--TGT-CA---T-T---AAC-----AA-A------TA--TTTGCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAAT-TATC-CAA-AAGTG-ACGG--GA
gi|57812                      :    TC---CA-G-GC--GATTT-ACG-CAGA-----TTTT-T-G-GCGGAA---TT-G-CC-CA-A---ATA--GACCATGCCAAATTTTATGCTTTTACAA-C-AA---AA----G--C-ATAAA--A-TTTGG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----A--------T----AG--T-C-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GAACCC-AA--TCCGAC--AATA-CAA-AG-TG-GTGA--GAAT-GACGGC--C-AT-T-TTGATAAA
gi|57813                      :     C---CT-G-GC--GATTT-TTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----A--C-ATGAA--A-TTTGG-CA-TGATGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---C-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-A-G-GAACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGTGGC--C-AT-T-TTGCAAGA
gi|57814                      :     C---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGC-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CATA---ATA--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAG--A-GTTTG-CA-TGATGG-----TAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----T--------T----AA--C-T-TA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-G-GG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57815                      :      ---CA-G-GC--GATT--G-G-CAGA-----TTTT-G-G-CCGGAA---TG-C-CG-CA-G---AGA--GG---------------TG--------A-T-AA---AAAGCAG--CGATGAA--A-TGT-G-CAATGG--G-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-----A-C-----AA-AT-----CA--ATT-CA-T-A-A-G-T-GA--CC-AA--CTCGAA--A-TC-CAA-AA-TGCGCGA--AAA--GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57816                      :             -GC--GATTT-GTG-TAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-
gi|57817                      :                                           -G-GC-GAT---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---TA----G--C-ATGAA--A-TGTGG-CA-TGTTGG-----TAT-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTTA-G-A-A-G-T-GGGCCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-A--T-TTGAAAAA
gi|57818                      :                                                AAAA---AT-G-CC-CA----------GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-CA---------TAT-------------------------C----T--------TCTTAAA--G-T-CAAACC-A---A-T-----AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GGACAC-AA---TCGAAT-AACT-CAA-AA-TG-------------GCGGC--C-AT-T-TTGAAAA
gi|57819                      :                                                AAAA---AT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---A-----G--C-AT-------TTATG-CA-CAATTT-----TTC-------------------------T----T--------T----AG--G-T-CA---T-T---C-C-----CA-A------TAAATATGAG-G-A-A-G-T-GGGACC-AA---TCGAATAGACT-CAA-AA-TG-GCGG--CTTT-GGCGGC--C-AT-T-TTAGAAAA
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Reference ( family-476 )      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--N-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57782                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-AA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTTAAAAA
gi|57783                      : TAGTC---CA-G-GC--CATTT-GTG-CAGA-----ATTT-T-A-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CG---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGATCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
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gi|57796                      : TAGTC---CA-GCGCCCGATTT-GTGGCAGAAGACATTTT-T-G-GC-GAA---TT-G-CT-CA-G---A-AACGG---------------TG--------A-T-AA---AG----GGGC--TGAG--A-TTTGG-CA-TGGCGG-----TAG-------------------------C----T--------T----GG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------C---TTTTCA-GAA-A-G-T-GT-CCC-AGACCTT-----AATC-AAA-AA-TGTGCGG--GAA--GGCGGC--CAAT-T-TTAAAGAA
gi|57797                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA----------------AAAA---TTCG-AT-CA-GCC-A-A--GG---------------TG--------ACT-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-C---GGTAAATTATTAA-------------------------T----TATTATTTAT----AGGTA-T-CA-----T---A-CT----AA-A------TA--ATATTACG-ATA-GTT-CGACCC-AA---TCGAT--AATT-TCA-AA-TG-GGGC--TTTT-GGCGGC--C-AT-TATTGATAAA
gi|57798                      : TAGTC---CA-A-GC--GATTT-GTG-AAAA------------------AA---TT-G-CTTCC-A---G-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-----GA-----TAT-------------------------CTTCTT--------T----AG--G-T-CA-----T---A-C-----AATA------AA--TATT-A-G-A-A-G-T-GGACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCGGC-TTTT-GACGGC--C-AT-T-TTGAAAA
gi|57799                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGATT---TTTT-T-T-GCCTAA---TT-G-CT-GA-A---T-A---G---------------TG--------A-T--A---AA----G--C-ATGAA--ATTTTTG-CA-TGATGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-C----T-T---A-T------A-A------CA--TTTTC------A-A-T-GG-----------CG---------------------GG--AAAT-GGCGGC--C-ATGT-TTGA
gi|57800                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGATT---TTTT-T-T-GCCTAA---TT-G-CT-GA-A---T-A---G---------------TG--------A-T--A---AA----G--C-ATGAA--ATTTTTG-CA-TGATGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-C----T-T---A-T------A-A------CA--TTTTC------A-A-T-GG-----------CG---------------------GG--AAAT-GGCGGC--C-ATGT-TTGA
gi|57801                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGATT---TTTT-T-T-GCCTAA---TT-G-CT-GA-A---T-A---G---------------TG--------A-T--A---AA----G--C-ATGAA--ATTTTTG-CA-TGATGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-C----T-T---A-T------A-A------CA--TTTTC------A-A-T-GG-----------CG---------------------GG--AAAT-GGCGGC--C-ATGT-TTGA
gi|57802                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AAAA------------------AA---TT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------T-C-AA---AA----G--T-ATGAA--A-TTTTA-CA-CA---------TAT-------------------------CCTCTT--------T----AG--G-T-CA---T-TCCAA-T-----AA-A------CA--TT---A-G-A-A-G-T-GTACCC-AA---TCGAAT-AACT-CAA-AA-TG-GCGG--CTTTTGGTGGC--C-AT-T-TGGAAAA
gi|57803                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AA------------------AAAA---TT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-----AA-----TAT-------------------------CTTCTT--------T----AG--G-T-AA-----T---A-CCAAT-AA-A------TA--GT---A-G-A-G-G-T-GGACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCG
gi|57804                      : TAGTC---CA-A-TT--GATTT-GTG-AAAA----------------AAAA---T--G-CT-CA----------TG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--C-ATTTA--G-TTTTG-CA-CA---------CAT-------------------------C----T--------TCTTTAG--G-T-CA---T-A---C-C-----AATA------GA--TATT-A-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--TTGCAA--AACT-CAA-AA-TG-GCGG--CATTTGGCGGC--C-AT-T-TTGAAA
gi|57805                      : TAGTC---CG-A-GC--GATTT-GTG-AA------------------AAAA---AT-G-TT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AC---AA----G--CAATGAGACA-TTTTG-CA-GAAGAG-----TAATCTTC--------------------T----T--------T----AG--G-TACA---TAT---A-CCAAT-AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GTACCC--A--CTCGAAT-AATT-CAA-AA-TG-GCGGCTTTTT-GACGGC--C-A--T-TTGAAAA
gi|57806                      : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-AAAA-----TTTT-T-G-GCCGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---
gi|57807                      : TAGTC---CG-A-GC---ATAT-GTG-AAAA-----TTT------------------G-CT-CA-G---A-G--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATG-A--A-TTTTG-CA------A-----TAT-------------------------CTTCTT--------T----AG--G-T-CA-----T---A-C-----CA-A------TA--ATAT-A-G-A-AGG-TGGGACC---A--CTCGAAT-AATC-----------------AAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGGAAAA
gi|57808                      : TAGTC---TA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTGT-T-G-GCGAAA---TT-G-CT-CG-A---A-
gi|57809                      :  AGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GT---------------TG--------G-T-AATTTAA----G--C-ATGAA--A-TTTGG-CA-AGGTGA-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--T-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GTGG--GAAT-GGCGAC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57810                      :   GTC---CA-G-GC--GATTT-GTA-CAGA-----AGTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----G--A-ATGAA--A-TTTGG-CA-TGGTTG-----TAG-------------------------C----T--------T----GG--T-C-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TGATCA-G-A-A-A-A-GGGCCC-TA--CCCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GGAT-GGCAAC--C-AT-A-TTGACAAA
gi|57811                      :   GTC---CATA-GC--GGTGT-GTG-AGAA-----TTGTGT-G-GCAGGA---AT-GTCT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------G-T-AA---AA----AGCC-ATGAC--A-TTTGGGCA-TGGTGG-----TAA------------------------------T--------T----AG--TGT-CA---T-T---AAC-----AA-A------TA--TTTGCA-G-A-A-G-T-AGACCC-AA--CCCGAAT-TATC-CAA-AAGTG-ACGG--GA
gi|57812                      :    TC---CA-G-GC--GATTT-ACG-CAGA-----TTTT-T-G-GCGGAA---TT-G-CC-CA-A---ATA--GACCATGCCAAATTTTATGCTTTTACAA-C-AA---AA----G--C-ATAAA--A-TTTGG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----A--------T----AG--T-C-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GAACCC-AA--TCCGAC--AATA-CAA-AG-TG-GTGA--GAAT-GACGGC--C-AT-T-TTGATAAA
gi|57813                      :     C---CT-G-GC--GATTT-TTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----A--C-ATGAA--A-TTTGG-CA-TGATGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---C-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-A-G-GAACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGTGGC--C-AT-T-TTGCAAGA
gi|57814                      :     C---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGC-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CATA---ATA--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAG--A-GTTTG-CA-TGATGG-----TAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----T--------T----AA--C-T-TA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-G-GG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57815                      :      ---CA-G-GC--GATT--G-G-CAGA-----TTTT-G-G-CCGGAA---TG-C-CG-CA-G---AGA--GG---------------TG--------A-T-AA---AAAGCAG--CGATGAA--A-TGT-G-CAATGG--G-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-----A-C-----AA-AT-----CA--ATT-CA-T-A-A-G-T-GA--CC-AA--CTCGAA--A-TC-CAA-AA-TGCGCGA--AAA--GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57816                      :             -GC--GATTT-GTG-TAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-
gi|57817                      :                                           -G-GC-GAT---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---TA----G--C-ATGAA--A-TGTGG-CA-TGTTGG-----TAT-------------------------C----T--------T----AG--A-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTTA-G-A-A-G-T-GGGCCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-A--T-TTGAAAAA
gi|57818                      :                                                AAAA---AT-G-CC-CA----------GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-CA---------TAT-------------------------C----T--------TCTTAAA--G-T-CAAACC-A---A-T-----AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GGACAC-AA---TCGAAT-AACT-CAA-AA-TG-------------GCGGC--C-AT-T-TTGAAAA
gi|57819                      :                                                AAAA---AT-G-CT-CA-G---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---A-----G--C-AT-------TTATG-CA-CAATTT-----TTC-------------------------T----T--------T----AG--G-T-CA---T-T---C-C-----CA-A------TAAATATGAG-G-A-A-G-T-GGGACC-AA---TCGAATAGACT-CAA-AA-TG-GCGG--CTTT-GGCGGC--C-AT-T-TTAGAAAA
gi|57820                      :                                                    ---TT-A-CT-CA-A---A-A--GA---------------TG--------G-A-AT---AA----G--C-CTGGA--C-TTGTA-CA-TGTTGG-----CAG-------------------------C----G--------T----AA--T-T-CA---T-T---A-C-----AA-G------TA--TTTGCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--T---AT--AA----AA-AA-TG-GTGG--GTGT-GGAGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
gi|57821                      :                                                                                                                                                                                    ----T--------T----AG--A-T-CA---T-----A-CCAAT-AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GAACCC-AA--TTGAAA--AATT-CAA-AA-TG-------------GCGGC--C-AT-T-TTGAAA
gi|57822                      :                                                                                                                                                                                    ----T--------T----AG--G-T-CA---T-----A-CCAAT-AA-A------TA--TT---A-G-A-A-G-T-GGACCC-A----TCGAAT-AACT-CAA-AA-TG-GCGGC-TTTT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAA


blockSeqs                     :      GGG  T C  CC     T   GC   AGACAT   TTG        ATC  C T  T  T TAA T AC  CCATGCCAAATTTTA  CTTTTACA A T  TTT  AGCA GG A     AC T   G G  ATGG   ATTAT   TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN     ATTATTTA CTTT  GTA  A  AACC  CCA A CAATA  T TACATG  AA  TTC C A T G T G      C  ACC     TA    T   G  T  T    CTTTT G      CG A  G A
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    TTT      GGC        .    . .  .  . CC  T A   .                .        C .  .    A    GC G     .  T   G .  TGG    .       TCTTCT                         .        CTTA  TG   .  TA    T   . CAAT   T T       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  C  C    CTTT  T      .  .  G .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    TTT      GTG        .    . .  .  . .   T .   .                .        . .  .    .    .  .     .  T   G .  TGG    .       CCTAT                          .        T     A    .  T     .   . CAAT   . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  G  .    CTTT  T      .  .  G .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    TTT      TA         .    . .  .  . .   G .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGA    .       CTTCT                          .        .     A    .  T     .   . CAAT   . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    CTTT  .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    A        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TAG    .       CTTTT                          .        .     A    .  T     .   . CAAT   . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    CTTT  .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  TGG    .       CTTCT                          .        .     T    .  T     .   . CAAT   . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    A        TC         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       CCTCT                          .        .     T    .  T     .   . T      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  TGA    .       CTTCT                          .        .     T    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       CTTCT                          .        .     T    .  T     .   . .      . .       .   TAA . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       GC                             .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  A       T     .   .  .  .    AAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       C                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       T     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGA    .       C                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   ATT . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TT         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGA    .       G                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    GAG   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TT         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  TGA    .       C                              .        .     T    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  T       .     .   .  .  .    GTT   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TT         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  GAA    .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  AGG    .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       T                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   ATC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    TTT   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TGC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    AAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    A        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGG    .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    AAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGA    .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  T       .     .   .  .  .    AAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGA    .       T                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TTC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    CTT   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGT    .       C                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TTT . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    CAT   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        GG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  CAA    .       C                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TGA . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    AAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    T        TG         .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  TGT    .       C                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TGC . . . . . .      .  C       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    T        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  TG     .       C                              .        .     G    .  T     .   . .      . .       .   TC  . . . . . .      .  T       .     .   .  .  .    GGA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  GG     .       C                              .        .     T    .  T     .   . .      . .       .   TT  . . . . . .      .  T       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  CA     .       C                              .        .     T    .  T     .   . .      . .       .   TT  . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   A    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  CA     .       C                              .        .     T    .  T     .   . .      . .       .   AT  . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  CA     .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   TC  . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    AAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  A      .       C                              .        .     C    .  T     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    GAA   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   G .  C      .       C                              .        .     A    .  T     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    CTT   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   C    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  C      .       C                              .        .     A    .  .     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    GTG   .      .  .  . .
blockSeqs                     :      .    . .  .      .   T    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  .      .       T                              .        .     G    .  .     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    .     .      .  .  . .
blockSeqs                     :             .  .      .   .    .        .          .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   T .  .      .       C                              .        .     G    .  .     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .    .     .      .  .  . .
blockSeqs                     :                                                    .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .    .    .  .     .  .   . .  .      .       .                              .        .     T    .  .     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .                          
blockSeqs                     :                                                    .    . .  .  . .   . .   .                .        . .  .                                                                            .        .     A    .  .     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .  .       .     .   .  .  .                          
blockSeqs                     :                                                    .    . .  .  . .   .                                                                                                                 .        .     G    .  .     .   . .      . .       .   .   . . . . . .      .                                                     
blockSeqs                     :                                                    .    . .  .                                                                                                                                                                                                                                                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--N-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA
finalCons                     : TAGTC---CA-G-GC--GATTT-GTG-CAGA-----TTTT-T-G-GCAGAA---TT-G-CT-CA-A---A-A--GG---------------TG--------A-T-AA---AA----G--C-ATGAA--A-TTTTG-CA-TGGTGG-----TAG-------------------------C----T--------T----AG--N-T-CA---T-T---A-C-----AA-A------CA--TTTTCA-G-A-A-G-T-GGACCC-AA--CTCGAA--AATC-CAA-AA-TG-GCGG--GAAT-GGCGGC--C-AT-T-TTGAAAAA