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gi|90666 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TA---T----TT-C-A--A-----A--A-----TT-TT--GC-TA-------T--T-C--A--T-TTA-C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--TA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-C-A-------TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90667 : TTCGATC---GG-----T--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AGAA--------TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-----TTT-T--T--AAGAA----------TATT--A-----T--TT-CTC-C--A-ACA-T-A--T-C--CTAT-T-CT--A-A-G-T-G--A-C---GTTTTTTT
gi|90668 : TTCTATC---GG-----C--TT---G--G-T---CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--A--TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-T-G-GC-TA-------T--T-CG-A-----T--C-A-AT-G-G--CTTT-T--TTAAA-AA----------TA-T--A-----T--TT--TC-C--G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ACGTTTTT
gi|90669 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--GGT-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----AA--TCG-C--AA-TA---T----TC-T-C--A-----A--A-----TT-T---GC-TA-------T--T-CC-A--TCTT--CGA-AT-T-T--CGTT-T--T--AA-AA-----------A-T--A-----T--TT-CTC-CC-G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90670 : TTCGATC---GG-----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----AATTTCG-C--AA-TA---TGGGTTC-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-CC-A--T-TTG-C-A-AT-T-TTTCTTT-T--T--AA-AA----------AA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACC-T-AT-T-C--TTTT-TCAT--A-ATGTT-G--A-T---A-GTTTTT
gi|90671 : TTCGATC---GGG---CC--TT---GTGG-T-T-CA------A--T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AC-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GCTTA-------T--TCC--A--T-TT--C-AGAT-T-T--TCTT-T--C--AA-AA----------TA----A-----A--TT-CTT-C--G-ACA-TAA--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---CTGTTTTT
gi|90672 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T----------------GAAA----A---TTG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-T--A--CATT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T---A-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--T-TCA-T-A--T-T--CTTT-TTCT--A-A-C-C-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90673 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------A-GAAA----A----CG-C--AA-TA---T----TT-C-C--A-----A--A-----TG-TTG-GC-TAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-C--CCTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TC-ATC-C--G-ACA-T-A--T-C--CTCT-TTCT--A-A-T-T-G--A-
gi|90674 : TTCGATC---GGG---GC--TT---G--G-T-T-CA------AA-TA-T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TT---TC---TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTGTGG-T--------T--T-C--AGAT-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--TT-AA-CA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--CTTT-TTCTAAA-A-G-T-G--A-CATTATGTTT
gi|90675 : TTCGAT------G---GC--AT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-TTT----------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TA---T----TT-T-T--A-----A--A-----TT-TGG-GG-TAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T------A-AA----------TATT--G-----T--TG-CTC-C--GCACACT-A--TCC--CTTT-TCTT--A-A-G-T-G--G-A---ATGTTTTT
gi|90676 : TTCGATG---CGG---GC--AT---G----T-T-CA------AA-T--T--------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TAGATT----TT-T-T--A-----A--AA----TT-TTG-G--TA-------T--T-T--A--T-TT----A-AT-T----CTTT-T--T--AA-AG----------TA-T--T-----TG-TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--CCTT-T-CT--A-A-G-T-G--A-----ATGTTTTT
gi|90677 : TTCGATG---CGG---GC--AT---G----T-T-CA------AA-T--T--------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TAGATT----TT-T-T--A-----A--AA----TT-TTG-G--TA-------T--T-T--A--T-TT----A-AT-T----CTTT-T--T--AA-AG----------TA-T--T-----TG-TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--CCTT-T-CT--A-A-G-T-G--A-----ATGTTTTT
gi|90678 : TTCGATC---GGC---GT--TG---G--G-T-T-C----------T--T-T------------G-AAAAG---A---TCG-C--AA-TA---A----TT-C-T--A-----A--A-----TT-T-G-GC-TACTAGTATT--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--TTTT-C--T--AA-A-----------TA-T--A-----C--TT-TTC-C--G-ACA-T-A--T-C--CTTT-TTCT--A-A-G-T-G--
gi|90679 : TTTGAT------G---GCCTTT---G--G-T-T-AA------AA-T--T-TTG----------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TAT------T--T-C--A--T-TT----A-AT-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-TAAA-----TAATT-CTC-C--G-GAA-T-AATC-C--TTTT-TTCT----A-G-T-G--A-C---ATGTTT
gi|90680 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--A-T-T-CA------AA-A--T-T------------G-ACAT----A---TCA-T--GA-TA---T----TT-C-C--A-----A--A-----TT-TTA-GC-CA-------T--T-T--T--C-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-G--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTT-C--G-ATG-T-A--T-C--CTTT-TTCT--A-A-G-T-G--A-C---ATTTTTTT
gi|90681 : TCCGATC---GG-----C--TT---G----T-T-CA------AA-T--T-T------------T-GAAA----A---TCG-C--AAATA---T----TT-C-T--A-----A---------T-TTG-G--TA-------T--TTC--A--T-TT--CCA-AT-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A--------TT-CTC-CA-A-ACA-T-A--T-C--CTTT-T-CT--A-A---T-G--A-C---ACGTTTTT
gi|90682 : TTCGATC---GGG---CC--TT---G--G-T-T-CA------GA-T--T-T------------GTAACA----A---TCG-C--AA-TT---T----AT-C-T--A-----G--A-----TT-TGG-GT-CAT------T--T-C--A--T-TT--TAA-AT-T-T--CTTTGT--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-T--G-ATC-T-A--T-CAACTTT-T-CT--A-A-G-T-G--A-C---ATGCTTTT
gi|90683 : TTCGATT---GCG----C--TT---G--G-T-T-CG------CA-T--T-T------------G-AAAAAA--A---TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--C-----A--A-----TT-TTG-GC-TAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----
gi|90684 : TTCGATC---GGG----C--TT---G----T-T-CAC-----GA-T--TAT------------G-AAAA----AG--TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--T-----GT-TTG-GC-TA-------TGCT-CCAA--C-TTTGC-A-AT-TAT--CTTT-TTCT--AA-AA----------TA-T--A-----T--TTCCTC-C--G-ACA-T-AG-T-C--TTTT-TCCT--ACA-GCT-G--A-C---ATGTTTT
gi|90685 : TTTGATC---GGG----C--TT---G--A-T-T-CA------AA-T--T-G------------T-AAAA----A---TTA-C--AA-T----T----TT-C-T--G-----A--A-----TT-T-G-AC-TAA------T--G-T--G--C-GT--C-A-AT-T-T--TCTT-T--T--AA-AA-----------A-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T-A--C-C--CTTT-TTTT--A-A-A-T-C--A-C---ATGT
gi|90686 : TTCGATC---GG--------CT---G--G-T-T------------------------------------------------C--AA-TA--------TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-AAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--TCTT-T------A-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-CCAT-ACA-T-A--T-C--TATT-T-CT--A-A-G-T-G--A-C---ATTTTTT
gi|90687 : TTCGATCCGCGGA---GT--T-------G-T-T-CAC-----AA-T--T-C------------G-AAAA----AATTTCG-C--AAATA---T----TT-C-T--A-----A--AAA---TTATTG-CT-TT-------T--T-C--ACCT-TT--C-A-AT-TAT--CTTT-A--T--AA-AA----------TA-TC-A-----T--TT-CTCAC--G-ACC-T-A--T-T--TTTT---CT--A-A-G-T-G--ACC---ATGTTTT
gi|90688 : TTCAATC---TCG---GA--TTTA-G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------T-GAAA----A---TCGCC--AA-TAG--T----TT-C----------A--A-----TT-TTG-CT-CA-------T--T-C--AC-T-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--TA-AA----------TA-T--A-----TACTT-CTC-C--G--CA-TCA--T-C---TTT-TCAT--A-A-T-T-G--A-C---ATTTTTT
gi|90689 : TTCGATC---GTGTTTGC--TTAGGG--G-T-T-CAGCCTGAAA-T--TGT------------G-AAAA--------TGC-C--GA-TA---T----TG-T-T--ATCGCTA--A-----TA-T---GT-TA-------T--TTC--A--T-T---C-A-AT-T-T--TTCT-T--A--GA-AA----------CA-T--G-----TA-TT-CTC-C--G-A-A-T-A--T-C--CTTT-TTCT--A-A-G-T-G--A-CAA-ATGTTTT
gi|90690 : TTAGATC---GGG---A---TT---G--G-T---AA------AA-T--T-T------------G--AAA----A---TAG-CAAAA-TA---T----TT-CAT--A-----A--A-----TT-TTG-GA-TA-------T--T-T--A--T-TT--A-A-AT-T-T--AAAT-T--T--TA-AA----------TA-T--A-----T--TT-TTT-A--A-TAA-T-G--T-T--TTTT-TAAT--A-A-ATT-G--A-A---ATGTTTTT
gi|90691 : G---GC--T----G--G-T-C---------AA-T--T-A------------G-AAGA----AAT-TCG-C--AA--A---G----TT-C-T--G-----ATGA-----TT-TT-----TA-------T--T-CTCA--T-TT--C-A-GT-T-T--CTTT-T--A--AA-CA----------TA-C--A-----T--TT-TTC-C--A-AC--T-A--T-A--TTTG-T-CT--A-A-G-T----A-C---ATGTTCTT
gi|90692 : tcgacTCGATT---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G--AAA----A---TTG-C--AA-TA---T----TT-C-T--------A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T----A--T-TT--C-A-A--T-T--CTCT-T--T--AA-AA----------TA-T--
gi|90693 : TCTATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-TT-----------G-GAAA----A---TCG-C--AA-TG---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-CT-----T-------------------T-TT--C-A-A--T-T--CTTT-T--T--AA-CA----------AA-T--A--------TT-CTC-C--A-ACA-T-A--T-C--TCCTAGTCT--A-A-G-T-GGTA-A---ATGTTTTTtaatattt
gi|90694 : C--TT---G--G-T-A-CA------AA-T--T-TTTAAAAAAGCATG-AAAATTAAA---TTG-C--AA-TA---T----TT-C-T--G-----A--A-----TT-TCG-AC-CATGCAT--T--T-T--A--T-TT--C-A-TT-T-T--CCTT-T--T--TA-AA----------TG-T--A-----T--TT-GTA-C--T-ATA-T-A--T-T--TTTT-TTCT--A-A-A-T-G--A-C---ATTTTCTT
gi|90695 : cgaccagtG---GC--TC---G--G-T-T-CA------AA-TATT-C------------A-AAAA----A---TCG-C--AT-TA---T----TT-C-T--G-----A--A-----TT-TTG-GT-TA-------T--T----------T--C-A-AT-T-T--CTTT-T--A--AA-AA----------TA-C--A-----T--TT-GTC-C--G-ATG-C-A--A-C--TTGT-TTCT--A-A-
gi|90696 : G---GC--TT---G--G-TGTACA------GA-T--T-TC-----------G-AAAA----AC--TCG-CT-AA-TA---T----TTAC-T--A-----A--AAATTATT-GTG-GCCTA-------T--TTC--A--T-TA--C-ATAA-T-T--CTTTGT--T--AT-AA----------TA-T--ACGTAAT--TT-CTC-T--G-ACAAT-A--T-C--CTTT-ATTC--A-A-G-T-G--A-C---ATGTGTT
gi|90697 : --G-C-T-CA------AA-T--C-T------------G-AAAT----A---TTG-C--GA-TA---TAT--CT-C-T--A-----A--A----------A-AC--A-------T--T-T--AA-T-TT--C-A-AT-T-T--CATT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----G--TT-GTC-T--A-ACA-T-G--T-C--TTTC-TCCT--A-A-C-T-A--A-C---CTGTTTTT
gi|90698 : --G-C-T-CA------AA-T--C-T------------G-AAAT----A---TTG-C--GA-TA---T----AT-C-TG-A-----A--A-----TT-AAG-AC-AT-------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--AATT-T--T--AA-AA----------TATT--A-----C--TT-GTC-T--A-ACA-T-G--T-C--CTTC-TTCT--A-A-C-T-A--A-C---CTGTTT
gi|90699 : --G-C-T-CA------AA-T--C-T------------G-AAAT----A---TTG-C--GA-TA---T----AT-C-TG-A-----A--A-----TT-AAG-AC-AT-------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--CATT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----C--TT-GTC-T--A-ACA-T-G--T-C--TTTC-TTCT--A-A-C-T-A--A-C---CTTTTTTT
gi|90700 : A------AA-T--C-T------------G-AAAT----A---TAG-C--AA-TA---T----AT-C-TGAA-----A--A-----TT-AAG-AC-AT-------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-TA-A-----C--TT-GTC-T--A-ACA-T-G--T-T--TTTC-TTTT--A-A-T-T-A--T-C---TTGTTTTT
gi|90701 : AAA----T---TCG-C--AA-TA---T----TT-A-T--T-----A--A-----CT-TTG-GC---------------C--A--T-TT--C-G--T-T-C--CATT-T--T--AA-AAAAAAAAAAAATA-C--A-----T--TT-GTA-C--G-AGA-T-A--T-C--TTTT-CTCT--A-A-T-T-G--A-C---ACGTTTCT
Alignments
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lowQualScore : ... .... .. ... .. . . . ...... . .. . ............ . ........ . .. . ... .... . . .. ..... .. ..... . . . . ....... .. .... .. . .. . . . . .. . .. .. . .......... . .. ..... .. . . .. . . . .. . .. . . .. . . . . .. . ...
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Reference ( family-475 ) : TTCGATC---GGG---GC--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90661 : TTCGATC---GGG---GC--TT---G--G-T---CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-C--A--T-TTG-C-A-ATGT-T--CTTT-TA-T--AA-AA----------TG-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-TGG--A-C---ATGTTTTT
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gi|90663 : TTCGATC---GGG-------TT---G--T-T-C-CA------AAAT--T-T------------G-AAAA----A---TCGCC--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-T---GC-TA-------T--TCC--A--T-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T----T-C--TTTT-TCCA--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTT
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gi|90666 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TA---T----TT-C-A--A-----A--A-----TT-TT--GC-TA-------T--T-C--A--T-TTA-C-A-AT-T-T--CTTT-T--T--TA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-C-A-------TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90667 : TTCGATC---GG-----T--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AGAA--------TCG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-----TTT-T--T--AAGAA----------TATT--A-----T--TT-CTC-C--A-ACA-T-A--T-C--CTAT-T-CT--A-A-G-T-G--A-C---GTTTTTTT
gi|90668 : TTCTATC---GG-----C--TT---G--G-T---CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--A--TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-T-G-GC-TA-------T--T-CG-A-----T--C-A-AT-G-G--CTTT-T--TTAAA-AA----------TA-T--A-----T--TT--TC-C--G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ACGTTTTT
gi|90669 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--GGT-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----AA--TCG-C--AA-TA---T----TC-T-C--A-----A--A-----TT-T---GC-TA-------T--T-CC-A--TCTT--CGA-AT-T-T--CGTT-T--T--AA-AA-----------A-T--A-----T--TT-CTC-CC-G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90670 : TTCGATC---GG-----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------G-AAAA----AATTTCG-C--AA-TA---TGGGTTC-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-CC-A--T-TTG-C-A-AT-T-TTTCTTT-T--T--AA-AA----------AA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACC-T-AT-T-C--TTTT-TCAT--A-ATGTT-G--A-T---A-GTTTTT
gi|90671 : TTCGATC---GGG---CC--TT---GTGG-T-T-CA------A--T--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AC-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GCTTA-------T--TCC--A--T-TT--C-AGAT-T-T--TCTT-T--C--AA-AA----------TA----A-----A--TT-CTT-C--G-ACA-TAA--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---CTGTTTTT
gi|90672 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T----------------GAAA----A---TTG-C--AA-TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-T--A--CATT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--T---A-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--T-TCA-T-A--T-T--CTTT-TTCT--A-A-C-C-G--A-C---ATGTTTTT
gi|90673 : TTCGATC---GGG----C--TT---G--G-T-T-CA------AA-T--T-T------------A-GAAA----A----CG-C--AA-TA---T----TT-C-C--A-----A--A-----TG-TTG-GC-TAT------T--T-C--A--T-TT--C-A-AT-T-C--CCTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TC-ATC-C--G-ACA-T-A--T-C--CTCT-TTCT--A-A-T-T-G--A-
gi|90674 : TTCGATC---GGG---GC--TT---G--G-T-T-CA------AA-TA-T-T------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TT---TC---TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTGTGG-T--------T--T-C--AGAT-TT--C-A-AT-T-T--CTTT-T--TT-AA-CA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--CTTT-TTCTAAA-A-G-T-G--A-CATTATGTTT
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gi|90676 : TTCGATG---CGG---GC--AT---G----T-T-CA------AA-T--T--------------G-AAAA----A---TCG-C--AA-TAGATT----TT-T-T--A-----A--AA----TT-TTG-G--TA-------T--T-T--A--T-TT----A-AT-T----CTTT-T--T--AA-AG----------TA-T--T-----TG-TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--CCTT-T-CT--A-A-G-T-G--A-----ATGTTTTT
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Reference ( family-475 ) : TTCGAT-C---G-G---G-C--TT---GG-T-T-C--A------AAT--T-T------------G-AAAA----A---TCG-C-AA--TA---T----TT-C-T--A-----A--A-----TT-TTG-GC-TA-------T--T-C--A--T-TT--C-A-A-T-T-T--CTTT-T--T--AA-AA----------TA-T--A-----T--TT-CTC-C--G-ACA-T-A--T-C--TTTT-TCCT--A-A-G-T-G--A-C---ATGTTTTT
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gi|90701 : AAA----T---TCG-C-AA--TA---T----TT-A-T--T-----A--A-----CT-TTG-GC---------------C--A--T-TT--C-G---T-T-C--CATT-T--T--AA-AAAAAAAAAAAATA-C--A-----T--TT-GTA-C--G-AGA-T-A--T-C--TTTT-CTCT--A-A-T-T-G--A-C---ACGTTTCT