lowQualScore                  :                                      111111111                                                             222222222            1                                                      11111111111                                                                                                      11111111111111111                                                                                      3333                               
lowQualScore                  :           1 66666 33 888888   33333  000000000  33 1   5 11 2 11  7 1 2   77   1 888888  2 1 4444   2  2   111111111  2 22 11 1 0  8 111 1 33 44 2  777777     3 66  22  1 88 5 1 22 1 66666666666 1  6 1 1 3 1 1  1 3 444 888888  44   44 1 99999999999 44444 1 44 22 5 3  6666666 1     1 44  1 333   44444444444444444 44  22 333  5 66    3 1  1  44  555    22 88  1   555 1 22 1 1 1 1  3 1 1  333  1  1 0000  55  3   3 444    1 1  1 1    
lowQualScore                  :           . ..... .. ......   .....  .........  .. .   . .. . ..  . . .   ..   . ......  . . ....   .  .   .........  . .. .. . .  . ... . .. .. .  ......     . ..  ..  . .. . . .. . ........... .  . . . . . .  . . ... ......  ..   .. . ........... ..... . .. .. . .  ....... .     . ..  . ...   ................. ..  .. ...  . ..    . .  .  ..  ...    .. ..  .   ... . .. . . . .  . . .  ...  .  . ....  ..  .   . ...    . .  . .    
lowQualScore                  :           7 88888 88 555555   66666  888888888  66 1   6 55 2 55  8 1 9   99   1 999999  2 1 6666   1  1   111111111  1 44 44 0 7  2 999 1 11 44 9  222222     5 55  44  7 00 5 8 55 8 22222222222 7  7 7 7 3 7 7  7 3 666 111111  00   00 7 77777777777 22222 7 00 33 2 5  7777777 7     7 11  7 000   66666666666666666 11  44 666  5 88    6 8  8  33  000    55 00  8   000 8 55 8 8 8 8  6 8 8  222  8  8 9999  00  6   6 555    8 8  9 9    
consensus                     : AATTTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----TA-------A-TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-GTGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGT---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------C-G--T-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-G---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
Reference ( gi|109953 )       : AATTTTCTCC-G--TT-G--C-A-A--GGT-----TA-------A-TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-ATGAG-TGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGT---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------T-G--T-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-C----AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109954                     : AATTTTCTCC-A--TC-G--C-T-A--GGT-----CA-------A-TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-ATGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-AAAT--T-CGGG-T---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------T-G--A-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-C--AG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109955                     : AATTTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----TA-------A-TGG-A-GTA-A--T-C--GG-A-ATGAG-CGGA-A------TA-C-A----ACA-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGG-T---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------C-A--T-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCT--T-G-G---------A-----G-A--A--T-T-TG----T--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-TT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CT-A-A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109956                     : AATTTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----TA---------TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-ATGAG-CGGA-A-------A-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATTTA--T--T-CGGG-T---T-A--C--A-CT------GAGTG-TTTAA--TA-C--C-TCG--C-C------C-G--T-ACCA-C-T-T-T-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-T--GG-C---CCT-----------------TA-AT--A-G-AT-AT-TCGA-T-CT-TTTCCC---GGTA--A--GG-GAA---T-C--A-T-A-C-C----A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-TTA-AT-TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109957                     : AACTTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----TA---------TGG-A--TG-A--T-C--GG-A-ATGAGGCGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGG-T---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C--CCG-G--C-C--------A--T-AC-A-C-TCT-G-TG-T-A---TA-----GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--AATT-T-CG----T--A-CTTAC-T--GG-C---CCT-----------------TCCAT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--AG-GAA---T-C--ACT-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-C----AA--AT-TTA-A---TTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109958                     : AATTTTCTCC-A--TC-G--T-G-A--GGT-----TA-------A-TGG-A-GTG-A----------------G-CGGA-A------CA-T-A----ACG-AC-TG------T-A-TT-A--T--G-CAGG-T---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------C-G--T-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCT--T-G-G---------A-----A-A-----T-T-CG----T--A-CTTAA-T--GA-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109959                     : AATTTTCTCC-G--TC-G--C-AGA--GGT-----TA-------ACTGG-A-GTG-A--T-A--GG-A-ATGAG-TGGA-AC-----TA-T-A----ACGGAC-TGG-T--TT-AATT-A--T--T-CGG--T---T-A--CC-A-CTT-----GAGTG-TT-AA--TA-C--CCG-G--CGC------C-G--T-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--ATTTTAC-CG-GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-C--A-A-AG---TT-TC-A----AA--TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109960                     : AATTTTCTCCCG--TC-G--C-G-A--GGT-----TA---------TGG-A-GTG-AGTT-C--GG-A-ATGAG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TG-TATT-A--T--T-CGGGGT---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C--C-G-G--C-C------C-G--T-AC---C-T-T-G-TG-TAA---T------GA--TCC--T-GAA---------A-----A-A--A--T-T-CT----A--A-CTTAC-T---G-C---CCT-----------------T--AT--ATG-ATAA--TCGA-TGCT-TT--CC---GGTA--A--AG-AAA---TCC--A-T-A-C-CA-AGA-AG---TT-TC-A----AA--TTGTTA-A--TTTTTCC-GA-CAACTT
gi|109961                     : AATTTT-TCC-G--TC-GG-C-A-A--GGC-----TAT------A-TG--A-GTG-A--T-C--GG-A-AT-AG-TGGA--------CA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TTTAATT-A--T--T-TCGGTT---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--AC-C--C-G-G--C-C------C-GT-T-ACAA-C-T-G-G-TG-T-ATATT------GA--TCC--T-G-G---------A-----ATA--A--C-T-TGTA--T--A-CCTAC-C--GGCC---CCT-----------------T--AT--C-G-AT-A--TCGAGT-CT-TT--CC---GGTA--AGTGA-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-A-ATAG---TTGTT-CA---AA--TT-CAAGA--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109962                     : AAATTTCTCC-A--TC-G--CGA-A--GGT-----TA-------A-TGGGA-GTGGA--T-C--GA-G-GTGAA-CGGA--------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-T---T-A--C--A-AT-------AGTT-G--AA--TG-C--C-A-G--C-C------C-G--T-AC-A-CGT-T-G--G-T-A---T------GA--TCCC-T-G-G---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-C--GA-C---CCT-----------------T--A---A-T-AT-A--TTCA-T-CT-TT--TC---CGTA--A--GG--AA---T-C--A-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-C----AAATTT-CTAGA--TTTTT-C-
gi|109963                     : AATTGTCTCC-G--TC-G--CCG-A--GGT-----TA---------TGG-ACGTGGA--G-C--GG-A-ATGGA---GC-A------TAGT-A----ACG-AC-TGGGA--TT-A-TT-A--TAGT-CGGG-T---T-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-CA-C-G-G--C-C------C-G--T-AC-A-C-T-T-G-TG-TGA---T------GA--TCC--T-G-A---------GGAGACA-A--G--TGC-CG----T--A-CTTAT-CTTGG-C---CCTGG---------------T--AT--A-GCAT-A--TCGAGT-CT-GG--CCGGGGGTAAGA--GG-AAA---T-C--A-TGA-C-CA-A-A-AGTGTTT-TT-CGAA-AA--TT-TTA-AGTTTTTT-CAGA-C-ACCT
gi|109964                     : AATTTTTTCC-G--TC-GATT-G-A--GGT-----TAGGA----A-TGG---GTG-A--T-C--AG-ATATGAG-CGGA-A-------A-T-ACTACACG-AC-TGG-AATCT-A--T-A--T--T-CGG--T---T-A--C--A-C-------GATTG-T--TA--TG-CA-C-G-G--C-CCCCCCCT-GATT-AC-A-T-T-T-G-TG-T-A---T------GAATCCC--T-G-----------A-----A-A--A--T-T-CG----TC-A-CTT---C--GG-C---CCTAAATAAAAAGGGAAAAAC--AA--A-A-ATAA--TTGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GA-A-------C--A-T-C-C-AA-A-A-AG---TT-TT-TCAG-AA--TT-CTA-T--ATTTT-C-GA-C-
gi|109965                     :  ATTTTCTCC-A--TC-G--C-G-A--GGT-----TA-------A-TGT-A-GTG-A--T-C--GG-A-GAGAG-CGGA-A------TA-T-A----AAT-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--C--
gi|109966                     :  ATTTTCTCC-A--TTCG--T-G-A--GTT-----TA-------C-TGA-A-GTG-A--T-CCGGA-A-ACGAG-CGGA-A------CA-TAA----ACG-ACATGG-------AATT-GC-T--T-CGGGTT---T-A--C--
gi|109967                     :   TTTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----TA---------TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-ATGAG-CGAA-A------TA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--C--A-CT------GAGTGTT--AA--TA-C--CGG-G--C-C------C-G--T-AC-A-C-A-T-G-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--A--T-TGCG----T--A-CATAC-C---G-C---CCT-----------------T--GT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TC--C-----GTT--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-C----AA--AT-TCA-A--ATTTT-C-GA-C-ACTTtgatcgatacc
gi|109969                     :   TTTTCTCC-G--TC-G--C-A----GGT-----TA-------A-TGG-A-GTGGA--T-T--GG-A-ATGAG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGT---T-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------C-AT-T-ACAA-C-T-T-G-TC-T-A---T------GA--T-C--T-G-G---------A-----A-A--T--T-T-CG----A--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATA-A-AA---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109968                     :   TTTTCTCC-G--TC-G--C-A----GGT-----TA-------A-TGG-A-GTGGA--T-T--GG-A-ATGAG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGT---T-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C--C-G-G--C-C------C-AT-T-ACAA-C-T-T-G-TC-T-A---T------GA--T-C--T-G-G---------A-----A-A--T--T-T-CG----A--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATA-A-AA---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109970                     :   TTTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----T--------A-TGG-A--TG-A--T-C--GG-A-ATGAG-C-GA-ATT----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TTAAATTAA--T--T-C--GGT---TAA--C--A-CTGAAGTGGAGTA-T--AA--TA-C--C-C-GCAC-C------C-T--T-AC-A-T-T-T------T-A---T------GA--TTC--T-G-----------------A-A--A--T-TACGCGTTT--A-CTTAC-C--GT-CTCTCCT-----------------T--AT--A-G--T-A---CGA-T-CTCTT--GT---GGTA--AG-GG-AAA---T-CATA-T-A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-TTCCAAA--TT-C-A-A---TTTT-C-AA-A-ACTT
gi|109971                     :   TTCTCTCC-GA-CT-G--T-G-A--GGTGAGGTTA-------A-TGT-A-GCG-A--T-C--GATA-GGGAG-CGGA-A------TT-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-AACC--A-CT------
gi|109972                     :   TTTTCTCC-G----------------AC-----TC-------A-CGA-A-GCA-A--T-C--GATA-GTGAA-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AT-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGG----T-A--G--A-CG------GAATA-T--AA--CG-
gi|109973                     :   TTTTCTCC-G-----A--C-T-A----------TG-------A-TGT-A-GCG-A--T-C--GATA-GGGAG-CAGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--actgg
gi|109974                     :    TTTCTCC-G--TC-G--C-G-A--GGT-----TACATGGTTA-TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-ATGAG-CGGA-A------TA--------ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--TTCGG--T---T-A--CC-A-CT------GAGTT-T--A---TA-C--C-G----C-C------C-G--T-A--A-C-T-T-GGTG-T-A---T------GA--TCC--T-G-A---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-TTTAC-T--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---AT-A--T-GA-T-CT-TC--CC----GTA--A---G-AAA---T-C--A-T-A---CA-A-A-AG---TT-TCAT----AA--TT--TA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109975                     :    TTTCTCC-G--TC-A--C-G-ACCGGT-----TA---------TG--A-GTGGA--T-C--GG-A-ATGAG-CGAA-ACAACTATA-T-A----GCGGAC-TGG-A--TT-AAT--A--T--T-CGGTGT---T-AGCC--AACT------GAGTGAT--AA--TGAC--C-G-G--C-C------CCG--TTAC-ATC-TAT-G-TGGT-A---T------GAA-TCC--T-G-A---------A-----A-T--A--T-T-CG----TACA-CTTACTC--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---ATAA--TCTA-T-CT-TTG-CC---GTTA--A--GG-AAAT--T-C--A-T-ACC-CA-A-C-AG---TT-TT-C----AAAGTT-CAA-G--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109977                     :    TTTCTCC-GAACT-G--T-A----GGT-----TA-------A-TGG-A-GCG-A--TAC--TG-G-ACGAGACGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109978                     :             --TC-G--C-G-A--G-T-----TA-------A-TGT-A-GTG-A--T-C--AG-A-GAGAG-CAGA-A------TA-T-A----AAG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGTT---T-A--ttaact
gi|109979                     :                   --C-G-A--GAC-----TA-------A-----A-GTG-A--AAC--GG-A-GTGAG-CGGATA------TACT-A----ACA-ACCTGG-A--TT----T-A--T--T-CGG--T---T-A--CTAA-CTT-----GAGTG-TTAAA--TG-CGGT-G-G-----------T-G----AC-A-C-T-T-G-GG-T-AA--TA-----GA--TCC--TAG-G---------A-----A-A--A--TGT-CG----T--A-CTTAC-T--GG-G---CTT-----------------G--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AGAACGT-C--A-T-A-CAGA-A-A-AG---TT-TT-A----AA--TTCCTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACatacctggtcc
gi|109980                     :                              T-----TA-------A-TGA-A-GTG-A--T-C--AGTG-GGGAG-TGGA-A------TA-G-A----ATG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-AGGT---T-A--C--A-
gi|109976                     :                               -----TA-------A-TGG-A-GTG-A--T-C--GG-A-A-GAG-CGGA--------TA-T-A-----CG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--C--AGCT------GAGTG-T--AAATTG-CG-C-G-G--G-C------C-G----AC-------C-G-TG-T-A---TCTACCAGA--TCCAAT-G-ATTGATCACTA-----A-ATTA--T-T-CA-------A-CCT---C--GG-C---CCT-----------------T--ATGAA-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CCG--GGTA--A--GGAAAA---T-C--A-T-A-C-CC-A-A-CG---TT-TT-CAA--AA--TT-CAA-A--TTGTT-C-GATC-ACTT
gi|109981                     :           tttctcgctcctcgaggata-----TA-------A-TGT-A-GTG-A--T-C--AG-A-GAGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------GTT-A--T--T-CGGG
gi|109982                     :                                     A-------A-TGT-A-GCG-A--T-C--GATA-GGGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-TCGGGT---T-A--C--G-CT------t
gi|109983                     :                                     A-------A-TGT-A-GCG-A--T-C--GATA-GGGAG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--C--G-CT------
gi|109984                     :                                              -TGT-A-GTG-A--T-C--GG-A-GAGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--
gi|109985                     :                                              -TGT-A-GTG-A--T-C--GG-A-GAGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109986                     :                                              -TGT-A-GTG-A--T-C--GG-A-GAGAG-CG-A-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--atta
gi|109987                     :                                                GG-A-GTG-A--T-C--GATA-GGGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACA-AC-TGG-A--TT-ATTT-----------GGAT---T-A--T--A-CT------
gi|109988                     :                                                  -A-GTG-A--A-C--GG-A-GTGAG-CGGA-A------TA-T-ACCTAACA-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-----T-A--C--A-AT------GAGTG-T--AA--TA-C----G-G--T-C------C-G--T-AC-A-C-T-G-G--G-T-A---T------GA--TCC--T-G-G---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-T--GG-G---C-T-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--C----GGTA--A--GG-AAA---T-C--A---A-C-AA-A-A-AG---TT-TT-TA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109989                     :                                                       G-A--T-C--GG-A-GAGAG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--
gi|109990                     :                                                                                  ------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGT---T-A--C--
gi|109991                     :                                                                                                     -AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-T---T-A--C--A-AT------GAG-----------------------C-C------C-G--T-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---T------GA--TCC--T-G-G---------A-----A-A--A--
gi|109957                     :                                                                                                                     TT-T--T--T-CAGGATCTAT-A--C--A-CA------GAGTG-T--AT--GG-C--C-G-G--G-T------A-T--T-AC-A-C-T-CAG-TG-T-A-----------A---CC--C-G-A---------A-----T-A--A--T-T-AA----T--------C-C--AG-T---CGT-----------------T--AT--A-
gi|109992                     :                                                                                                                                                       aactttctccgtcgcgaggttatggatgatcggaatgaggcggaa-AC-A-C-T-T-G-TG-T-A---A------GT--TCC--T-G-G---------A-----A-A--A--T-T-CG----T--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTTatttcgtacttactggcccttccatagatatcgatctttcggtaaaggaatcactaccaaaagttttcaaatttaattttcgacactt
gi|109993                     :                                                                                                                                                                                       atatctaccggta-AC-A-C-T-T-T-TG-C-A---A------AA--TCC--C-T-A---------A-----A-AT-A--TAG-CN----T--A-CTTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-A-A-AG---TT-TT-CA---AA--TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT





Alignments
lowQualScore                  :                                         111111111                                                                111111111            1                                                                                                                                                             11111111111111111                                                                                                                         
lowQualScore                  :          1 1 44 1 444444 33 3  33  1 1  111111111  33 1  2 3 11 22 11  7 333 1  2    1 888888  2 1 4444   2  2   999999999  2 22 11 1 1  6  1 33 44 2  777777     3 66  22  1 5 3 1 22 1  999999999 3  6 1 1 3  1  1 3 444 888888 1 1   44 1 8888  44444 1 1 22 3 55  6666 44 1 22    1 44  1 333   44444444444444444 44  22 333  5 66    3 1  1  44  444    22 77  1   444 1 22 1 1 1 1  3  1  444  1  333 44 3  3  3 0 3 44     1 1  1 1    
lowQualScore                  :          . . .. . ...... .. .  ..  . .  .........  .. .  . . .. .. ..  . ... .  .    . ......  . . ....   .  .   .........  . .. .. . .  .  . .. .. .  ......     . ..  ..  . . . . .. .  ......... .  . . . .  .  . . ... ...... . .   .. . ....  ..... . . .. . ..  .... .. . ..    . ..  . ...   ................. ..  .. ...  . ..    . .  .  ..  ...    .. ..  .   ... . .. . . . .  .  .  ...  .  ... .. .  .  . . . ..     . .  . .    
lowQualScore                  :          6 6 22 5 444444 55 0  55  4 4  000000000  55 1  2 2 55 66 55  6 555 1  2    1 777777  1 1 5555   1  1   444444444  1 44 44 0 6  4  1 11 44 9  222222     5 55  44  7 5 6 8 55 8  000000000 3  7 7 7 3  7  7 3 666 111111 7 7   00 7 1111  22222 7 7 33 5 99  1111 11 7 44    7 11  7 000   66666666666666666 11  44 111  2 55    5 7  7  11  888    44 66  7   888 7 44 7 7 7 7  5  7  888  7  000 11 5  5  5 8 5 11     7 7  8 8    
consensus                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
Reference ( family-472 )      : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109953                     : AATTTTCTC-C-G--T-T------G--C-AA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-TGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CT------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C----AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109954                     : AATTTTCTC-C-A--T-C------G--C-TA--GG-T-CA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-AAAT--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CT------G--A-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--AG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109955                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-A-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-C-A----ACA-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------A--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCT--T-G----GA-----G-A-A--T-T--TG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-TT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CT-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109956                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A-------A-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATTTA--T--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-TTTAA--TA-C-C-TCG--C-CC------G--T-ACCA-C-T-TT-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------TA-AT--A-G-AT-AT-TCGA-T-CT-TTTCCC---GGTA--A--GG-GAA---T-C--A-T-A-C-C---A-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-TTA-AT-TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109957                     : AACTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A--T-G-A--T--C--GG-A-ATG-AGGCGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C-C-C-G--G-CC------A--T-AC-A-C-TCTG-TG-T-A---TA-----G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-AATT-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------TCCAT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--AG-GAA---T-C--ACT-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT--TA-A---TTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109958                     : AATTTTCTC-C-A--T-C------G--T-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A------------------G-CGGA-A------CA-T-A----ACG-AC-TG------T-A-TT-A--T--G-CAGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCT--T-G----GA-----A-A----T-T--CG----T--A-C--TTAA-T--GA-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109959                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--CAGA--GG-T-TA-------ACTGG-A-GT-G-A--T--A--GG-A-ATG-AG-TGGA-AC-----TA-T-A----ACGGAC-TGG-T--TT-AATT-A--T--T-CGG--TT-A--CC-A-CTT-----GAGTG-TT-AA--TA-C-CCG-G--CGCC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--ATT--TTAC-CG-GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-G-----T-TT---C--A-AA-TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109960                     : AATTTTCTC-CCG--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-AGTT--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TG-TATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC---C-T-TG-TG-TAA---T------G-A-TCC--T-GA---AA-----A-A-A--T-T--CT----A--A-C--TTAC-T---G-C---CCT-----------------T--AT--ATG-ATAA--TCGA-TGCT-TT--CC---GGTA--A--AG-AAA---TCC--A-T-A-C-CA-AG-AA---GT-TT---C--A-AA-TTGTTA-A--TTTTTCC-GA-CAACTT
gi|109961                     : AATTTT-TC-C-G--T-C------GG-C-AA--GG-C-TAT------A-TG--A-GT-G-A--T--C--GG-A-AT--AG-TGGA--------CA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TTTAATT-A--T--T-TCGGTTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--AC-C-C-G-G--C-CC------GT-T-ACAA-C-T-GG-TG-T-ATATT------G-A-TCC--T-G----GA-----ATA-A--C-T--TGTA--T--A-C--CTAC-C--GGCC---CCT-----------------T--AT--C-G-AT-A--TCGAGT-CT-TT--CC---GGTA--AGTGA-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AATAG---TTGTT---C--A-AA-TT-CAAGA--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109962                     : AAATTTCTC-C-A--T-C------G--C-GAA-GG-T-TA-------A-TGGGA-GT-GGA--T--C--GA-G-GTG-AA-CGGA--------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-TT-A--C--A-AT-------AGTT-G--AA--TG-C-C-A-G--C-CC------G--T-AC-A-CGT-TG--G-T-A---T------G-A-TCCC-T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GA-C---CCT-----------------T--A---A-T-AT-A--TTCA-T-CT-TT--TC---CGTA--A--GG-AA----T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AATTT-CTAGA--TTTTT-C-
gi|109963                     : AATTGTCTC-C-G--T-C------G--CCGA--GG-T-TA---------TGG-ACGT-GGA--G--C--GG-A-ATGGAG-C----A------TAGT-A----ACG-AC-TGGGA--TT-A-TT-A--TAGT-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-CAC-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-TGA---T------G-A-TCC--T-GAGGAGA-----C-A-A--G-TGCCG----T--A-C--TTAT-CTTGG-C---CCTGG---------------T--AT--A-GCAT-A--TCGAGT-CT-GG--CCGGGGGTAAGA--GG-AAA---T-C--A-TGA-C-CA-AA-AGTGTTT-TT---CGAA-AA-TT-TTA-AGTTTTTT-CAGA-C-ACCT
gi|109964                     : AATTTTTTC-C-G--T-C------GATT-GA--GG-T-TAGGA----A-TGG---GT-G-A--T--C--AG-ATATG-AG-CGGA-A-------A-T-ACTACACG-AC-TGG-AATCT-A--T-A--T--T-CGG--TT-A--C--A-C-------GATTG-T--TA--TG-CAC-G-G--C-CCCCCCCTGATT-AC-A-T-T-TG-TG-T-A---T------GAA-TCC--C-T----GA-----A-A-A--T-T--CG----TC-A-C--TT---C--GG-C---CCTAAATAAAAAGGGAAAAAC--AA--A-A-ATAA--TTGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GA-A-------C--A-T-C-C-AA-AA-AGT--TT-TT---C--AGAA-TT-CTA-T--ATTTT-C-GA-C-
gi|109965                     :  ATTTTCTC-C-A--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----AAT-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--
gi|109966                     :  ATTTTCTC-C-A--TTC------G--T-GA--GT-T-TA-------C-TGA-A-GT-G-A--T--CCGGA-A-ACG-AG-CGGA-A------CA-TAA----ACG-ACATGG-------AATT-GC-T--T-CGGGTTT-A--C--
gi|109967                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGAA-A------TA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--A-CT------GAGTGTT--AA--TA-C-CGG-G--C-CC------G--T-AC-A-C-A-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-TG-CG----T--A-C--ATAC-C---G-C---CCT-----------------T--GT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TC--C-----GTT--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTTtgatcgatacc
gi|109968                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GTGG-A--T--T--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGTT-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------AT-T-ACAA-C-T-TG-TC-T-A---T------G-A-T-C--T-G----GA-----A-A-T--T-T--CG----A--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATAA-AA---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109969                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GTGG-A--T--T--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGTT-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------AT-T-ACAA-C-T-TG-TC-T-A---T------G-A-T-C--T-G----GA-----A-A-T--T-T--CG----A--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATAA-AA---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109970                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-T--------A-TGG-A--T-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-C-GA-ATT----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TTAAATTAA--T--T-C--GGTTAA--C--A-CTGAAGTGGAGTA-T--AA--TA-C-C-C-GCAC-CC------T--T-AC-A-T-T-T-----T-A---T------G-A-TTC--T-G-----------A-A-A--T-TA-CGCGTTT--A-C--TTAC-C--GT-CTCTCCT-----------------T--AT--A-G--T-A---CGA-T-CTCTT--GT---GGTA--AG-GG-AAA---T-CATA-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TTTTCC--A-AA-TT-C-A-A---TTTT-C-AA-A-ACTT
gi|109971                     :   TTCTCTC-C-G--A-CTGTGAGG--T-GA--GG-T-TA-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TT-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-AACC--A-CT------
gi|109972                     :   TTTTCTC-C-GACT-C------A--C-GA----------------------A-GC-A-A--T--C--GATA-GTG-AA-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AT-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGG-T-A--G--A-CG------GAATA-T--AA--CG-
gi|109973                     :   TTTTCTC-C-G-----------A--C-TA-------TG-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CAGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--actgg
gi|109974                     :    TTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TACATGGTTA-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA--------ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--TTCGG--TT-A--CC-A-CT------GAGTT-T--A---TA-C-C-G----C-CC------G--T-A--A-C-T-TGGTG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-T--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---AT-A--T-GA-T-CT-TC--CC----GTA--A---G-AAA---T-C--A-T-A---CA-AA-AG----T-TT---C--ATAA-TT--TA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109975                     :    TTTCTC-C-G--T-C------A--C-GACCGG-T-TA---------TG--A-GT-GGA--T--C--GG-A-ATG-AG-CGAA-ACAACTATA-T-A----GCGGAC-TGG-A--TT-AAT--A--T--T-CGGTGTT-AGCC--AACT------GAGTGAT--AA--TGAC-C-G-G--C-CCC-----G--TTAC-ATC-TATG-TGGT-A---T------G-AATCC--T-G----AA-----A-T-A--T-T--CG----T--A-CACTTACTC--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---ATAA--TCTA-T-CT-TTG-CC---GTTA--A--GG-AAAT--T-C--A-T-ACC-CA-AC-AG---TT-TT---C--A-AAGTT-CAA-G--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109976                     :    TTTCTCGC-T--C-C------T--C-GA--GGATATA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-A-G-AG-CGGA--------TA-T-A-----CG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--AGCT------GAGTG-T--AAATTG-CGC-G-G--G-CC------G----AC-------CG-TG-T-A---TCTACCAG-A-TCCAAT-GATT-GATCACTA-A-A--T-T--AT----TCAA-C--CT---C--GG-C---CCT-----------------T--ATGAA-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CCG--GGTA--A--GGAAAA---T-C--A-T-A-C-CC-AA-CG---TT-TT---CA-A-AA-TT-CAA-A--TTGTT-C-GATC-ACTT
gi|109977                     :    TTTCTC-C-GAAC-T------G--T--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GC-G-A--TACT--GG-A--CG-AGACGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109978                     :              --T-C------G--C-GA--G--T-TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--AG-A-GAG-AG-CAGA-A------TA-T-A----AAG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGTTT-A--ttaact
gi|109979                     :                          --C-GA--GA-C-TA-------A-----A-GT-G-A--AA-C--GG-A-GTG-AG-CGGATA------TACT-A----ACA-ACCTGG-A--TT----T-A--T--T-CGG--TT-A--CTAA-CTT-----GAGTG-TTAAA--TG-C---G-G--T-G-------G--TGAC-A-C-T-TG-GG-T-AA--TA-----G-A-TCC--TAG----GA-----A-A-A--TGT--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-G---CTT-----------------G--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AGAACGT-C--A-T-A-CAGA-AA-AG---TT-TT------A-AA-TTCCTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACatacctggtcc
gi|109980                     :                                    -T-TA-------A-TGA-A-GT-G-A--T--C--AGTG-GGG-AG-TGGA-A------TA-G-A----ATG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-AGGTT-A--C--A-
gi|109981                     :                                      -TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--AG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------GTT-A--T--T-CGGG
gi|109982                     :                                        A-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-TCGGGTT-A--C--G-CT------t
gi|109983                     :                                        A-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--G-CT------
gi|109984                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--
gi|109985                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109986                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CG-A-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--atta
gi|109987                     :                                                   GG-A-GT-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACA-AC-TGG-A--TT-ATTT-----------GGATT-A--T--A-CT------
gi|109988                     :                                                     -A-GT-G-A--A--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-ACCTAACA-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG--T-A--C--A-AT------GAGTG-T--AA--TA-C---G-G--T-CC------G--T-AC-A-C-T-GG--G-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-G---C-T-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--C----GGTA--A--GG-AAA---T-C--A---A-C-AA-AA-AG---TT-TT---T--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109989                     :                                                          -G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--
gi|109990                     :                                                                                        ------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--
gi|109991                     :                                                                                                           -AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-TT-A--C--A-AT------GAG----------------------C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--
gi|109992                     :                                                                                                                                                                                                     -AC-A-C-T-TG-TG-T-A---A------G-T-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT
gi|109993                     :                                                                                                                                                                                        atatctaccggta-AC-A-C-T-TT-TG-C-A---A------A-A-TCC--C-T----AA-----A-ATA--TAG--CN----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT





Alignments
lowQualScore                  :                                         111111111                                                                111111111            1                                                                                                                                                             11111111111111111                                                                                                                         
lowQualScore                  :          1 1 44 1 444444 33 3  33  1 1  111111111  33 1  2 3 11 22 11  7 333 1  2    1 888888  2 1 4444   2  2   999999999  2 22 11 1 1  6  1 33 44 2  777777     3 66  22  1 5 3 1 22 1  999999999 3  6 1 1 3  1  1 3 444 888888 1 1   44 1 8888  44444 1 1 22 3 55  6666 44 1 22    1 44  1 333   44444444444444444 44  22 333  5 66    3 1  1  44  444    22 77  1   444 1 22 1 1 1 1  3  1  444  1  333 44 3  3  3 0 3 44     1 1  1 1    
lowQualScore                  :          . . .. . ...... .. .  ..  . .  .........  .. .  . . .. .. ..  . ... .  .    . ......  . . ....   .  .   .........  . .. .. . .  .  . .. .. .  ......     . ..  ..  . . . . .. .  ......... .  . . . .  .  . . ... ...... . .   .. . ....  ..... . . .. . ..  .... .. . ..    . ..  . ...   ................. ..  .. ...  . ..    . .  .  ..  ...    .. ..  .   ... . .. . . . .  .  .  ...  .  ... .. .  .  . . . ..     . .  . .    
lowQualScore                  :          6 6 22 5 444444 55 0  55  4 4  000000000  55 1  2 2 55 66 55  6 555 1  2    1 777777  1 1 5555   1  1   444444444  1 44 44 0 6  4  1 11 44 9  222222     5 55  44  7 5 6 8 55 8  000000000 3  7 7 7 3  7  7 3 666 111111 7 7   00 7 1111  22222 7 7 33 5 99  1111 11 7 44    7 11  7 000   66666666666666666 11  44 111  2 55    5 7  7  11  888    44 66  7   888 7 44 7 7 7 7  5  7  888  7  000 11 5  5  5 8 5 11     7 7  8 8    
consensus                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
Reference ( family-472 )      : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109953                     : AATTTTCTC-C-G--T-T------G--C-AA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-TGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CT------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C----AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109954                     : AATTTTCTC-C-A--T-C------G--C-TA--GG-T-CA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-AAAT--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CT------G--A-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--AG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109955                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-A-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-C-A----ACA-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------A--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCT--T-G----GA-----G-A-A--T-T--TG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-TT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CT-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109956                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A-------A-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATTTA--T--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-TTTAA--TA-C-C-TCG--C-CC------G--T-ACCA-C-T-TT-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------TA-AT--A-G-AT-AT-TCGA-T-CT-TTTCCC---GGTA--A--GG-GAA---T-C--A-T-A-C-C---A-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-TTA-AT-TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109957                     : AACTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A--T-G-A--T--C--GG-A-ATG-AGGCGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C-C-C-G--G-CC------A--T-AC-A-C-TCTG-TG-T-A---TA-----G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-AATT-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------TCCAT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--AG-GAA---T-C--ACT-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT--TA-A---TTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109958                     : AATTTTCTC-C-A--T-C------G--T-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A------------------G-CGGA-A------CA-T-A----ACG-AC-TG------T-A-TT-A--T--G-CAGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCT--T-G----GA-----A-A----T-T--CG----T--A-C--TTAA-T--GA-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109959                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--CAGA--GG-T-TA-------ACTGG-A-GT-G-A--T--A--GG-A-ATG-AG-TGGA-AC-----TA-T-A----ACGGAC-TGG-T--TT-AATT-A--T--T-CGG--TT-A--CC-A-CTT-----GAGTG-TT-AA--TA-C-CCG-G--CGCC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--ATT--TTAC-CG-GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-G-----T-TT---C--A-AA-TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109960                     : AATTTTCTC-CCG--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-AGTT--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TG-TATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC---C-T-TG-TG-TAA---T------G-A-TCC--T-GA---AA-----A-A-A--T-T--CT----A--A-C--TTAC-T---G-C---CCT-----------------T--AT--ATG-ATAA--TCGA-TGCT-TT--CC---GGTA--A--AG-AAA---TCC--A-T-A-C-CA-AG-AA---GT-TT---C--A-AA-TTGTTA-A--TTTTTCC-GA-CAACTT
gi|109961                     : AATTTT-TC-C-G--T-C------GG-C-AA--GG-C-TAT------A-TG--A-GT-G-A--T--C--GG-A-AT--AG-TGGA--------CA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TTTAATT-A--T--T-TCGGTTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--AC-C-C-G-G--C-CC------GT-T-ACAA-C-T-GG-TG-T-ATATT------G-A-TCC--T-G----GA-----ATA-A--C-T--TGTA--T--A-C--CTAC-C--GGCC---CCT-----------------T--AT--C-G-AT-A--TCGAGT-CT-TT--CC---GGTA--AGTGA-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AATAG---TTGTT---C--A-AA-TT-CAAGA--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109962                     : AAATTTCTC-C-A--T-C------G--C-GAA-GG-T-TA-------A-TGGGA-GT-GGA--T--C--GA-G-GTG-AA-CGGA--------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-TT-A--C--A-AT-------AGTT-G--AA--TG-C-C-A-G--C-CC------G--T-AC-A-CGT-TG--G-T-A---T------G-A-TCCC-T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GA-C---CCT-----------------T--A---A-T-AT-A--TTCA-T-CT-TT--TC---CGTA--A--GG-AA----T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AATTT-CTAGA--TTTTT-C-
gi|109963                     : AATTGTCTC-C-G--T-C------G--CCGA--GG-T-TA---------TGG-ACGT-GGA--G--C--GG-A-ATGGAG-C----A------TAGT-A----ACG-AC-TGGGA--TT-A-TT-A--TAGT-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-CAC-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-TGA---T------G-A-TCC--T-GAGGAGA-----C-A-A--G-TGCCG----T--A-C--TTAT-CTTGG-C---CCTGG---------------T--AT--A-GCAT-A--TCGAGT-CT-GG--CCGGGGGTAAGA--GG-AAA---T-C--A-TGA-C-CA-AA-AGTGTTT-TT---CGAA-AA-TT-TTA-AGTTTTTT-CAGA-C-ACCT
gi|109964                     : AATTTTTTC-C-G--T-C------GATT-GA--GG-T-TAGGA----A-TGG---GT-G-A--T--C--AG-ATATG-AG-CGGA-A-------A-T-ACTACACG-AC-TGG-AATCT-A--T-A--T--T-CGG--TT-A--C--A-C-------GATTG-T--TA--TG-CAC-G-G--C-CCCCCCCTGATT-AC-A-T-T-TG-TG-T-A---T------GAA-TCC--C-T----GA-----A-A-A--T-T--CG----TC-A-C--TT---C--GG-C---CCTAAATAAAAAGGGAAAAAC--AA--A-A-ATAA--TTGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GA-A-------C--A-T-C-C-AA-AA-AGT--TT-TT---C--AGAA-TT-CTA-T--ATTTT-C-GA-C-
gi|109965                     :  ATTTTCTC-C-A--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----AAT-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--
gi|109966                     :  ATTTTCTC-C-A--TTC------G--T-GA--GT-T-TA-------C-TGA-A-GT-G-A--T--CCGGA-A-ACG-AG-CGGA-A------CA-TAA----ACG-ACATGG-------AATT-GC-T--T-CGGGTTT-A--C--
gi|109967                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGAA-A------TA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--A-CT------GAGTGTT--AA--TA-C-CGG-G--C-CC------G--T-AC-A-C-A-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-TG-CG----T--A-C--ATAC-C---G-C---CCT-----------------T--GT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TC--C-----GTT--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTTtgatcgatacc
gi|109968                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GTGG-A--T--T--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGTT-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------AT-T-ACAA-C-T-TG-TC-T-A---T------G-A-T-C--T-G----GA-----A-A-T--T-T--CG----A--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATAA-AA---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109969                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GTGG-A--T--T--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGTT-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------AT-T-ACAA-C-T-TG-TC-T-A---T------G-A-T-C--T-G----GA-----A-A-T--T-T--CG----A--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATAA-AA---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109970                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-T--------A-TGG-A--T-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-C-GA-ATT----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TTAAATTAA--T--T-C--GGTTAA--C--A-CTGAAGTGGAGTA-T--AA--TA-C-C-C-GCAC-CC------T--T-AC-A-T-T-T-----T-A---T------G-A-TTC--T-G-----------A-A-A--T-TA-CGCGTTT--A-C--TTAC-C--GT-CTCTCCT-----------------T--AT--A-G--T-A---CGA-T-CTCTT--GT---GGTA--AG-GG-AAA---T-CATA-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TTTTCC--A-AA-TT-C-A-A---TTTT-C-AA-A-ACTT
gi|109971                     :   TTCTCTC-C-G--A-CTGTGAGG--T-GA--GG-T-TA-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TT-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-AACC--A-CT------
gi|109972                     :   TTTTCTC-C-GACT-C------A--C-GA----------------------A-GC-A-A--T--C--GATA-GTG-AA-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AT-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGG-T-A--G--A-CG------GAATA-T--AA--CG-
gi|109973                     :   TTTTCTC-C-G-----------A--C-TA-------TG-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CAGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--actgg
gi|109974                     :    TTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TACATGGTTA-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA--------ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--TTCGG--TT-A--CC-A-CT------GAGTT-T--A---TA-C-C-G----C-CC------G--T-A--A-C-T-TGGTG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-T--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---AT-A--T-GA-T-CT-TC--CC----GTA--A---G-AAA---T-C--A-T-A---CA-AA-AG----T-TT---C--ATAA-TT--TA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109975                     :    TTTCTC-C-G--T-C------A--C-GACCGG-T-TA---------TG--A-GT-GGA--T--C--GG-A-ATG-AG-CGAA-ACAACTATA-T-A----GCGGAC-TGG-A--TT-AAT--A--T--T-CGGTGTT-AGCC--AACT------GAGTGAT--AA--TGAC-C-G-G--C-CCC-----G--TTAC-ATC-TATG-TGGT-A---T------G-AATCC--T-G----AA-----A-T-A--T-T--CG----T--A-CACTTACTC--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---ATAA--TCTA-T-CT-TTG-CC---GTTA--A--GG-AAAT--T-C--A-T-ACC-CA-AC-AG---TT-TT---C--A-AAGTT-CAA-G--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109976                     :    TTTCTCGC-T--C-C------T--C-GA--GGATATA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-A-G-AG-CGGA--------TA-T-A-----CG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--AGCT------GAGTG-T--AAATTG-CGC-G-G--G-CC------G----AC-------CG-TG-T-A---TCTACCAG-A-TCCAAT-GATT-GATCACTA-A-A--T-T--AT----TCAA-C--CT---C--GG-C---CCT-----------------T--ATGAA-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CCG--GGTA--A--GGAAAA---T-C--A-T-A-C-CC-AA-CG---TT-TT---CA-A-AA-TT-CAA-A--TTGTT-C-GATC-ACTT
gi|109977                     :    TTTCTC-C-GAAC-T------G--T--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GC-G-A--TACT--GG-A--CG-AGACGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109978                     :              --T-C------G--C-GA--G--T-TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--AG-A-GAG-AG-CAGA-A------TA-T-A----AAG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGTTT-A--ttaact
gi|109979                     :                          --C-GA--GA-C-TA-------A-----A-GT-G-A--AA-C--GG-A-GTG-AG-CGGATA------TACT-A----ACA-ACCTGG-A--TT----T-A--T--T-CGG--TT-A--CTAA-CTT-----GAGTG-TTAAA--TG-C---G-G--T-G-------G--TGAC-A-C-T-TG-GG-T-AA--TA-----G-A-TCC--TAG----GA-----A-A-A--TGT--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-G---CTT-----------------G--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AGAACGT-C--A-T-A-CAGA-AA-AG---TT-TT------A-AA-TTCCTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACatacctggtcc
gi|109980                     :                                    -T-TA-------A-TGA-A-GT-G-A--T--C--AGTG-GGG-AG-TGGA-A------TA-G-A----ATG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-AGGTT-A--C--A-
gi|109981                     :                                      -TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--AG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------GTT-A--T--T-CGGG
gi|109982                     :                                        A-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-TCGGGTT-A--C--G-CT------t
gi|109983                     :                                        A-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--G-CT------
gi|109984                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--
gi|109985                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109986                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CG-A-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--atta
gi|109987                     :                                                   GG-A-GT-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACA-AC-TGG-A--TT-ATTT-----------GGATT-A--T--A-CT------
gi|109988                     :                                                     -A-GT-G-A--A--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-ACCTAACA-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG--T-A--C--A-AT------GAGTG-T--AA--TA-C---G-G--T-CC------G--T-AC-A-C-T-GG--G-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-G---C-T-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--C----GGTA--A--GG-AAA---T-C--A---A-C-AA-AA-AG---TT-TT---T--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109989                     :                                                          -G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--
gi|109990                     :                                                                                        ------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--
gi|109991                     :                                                                                                           -AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-TT-A--C--A-AT------GAG----------------------C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--
gi|109992                     :                                                                                                                                                                                                     -AC-A-C-T-TG-TG-T-A---A------G-T-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT
gi|109993                     :                                                                                                                                                                                        atatctaccggta-AC-A-C-T-TT-TG-C-A---A------A-A-TCC--C-T----AA-----A-ATA--TAG--CN----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT


blockSeqs                     :          G C AC T TGTGAG AT A  CC  A A  CATGGTTA   GG C  G G GT AC CG  T TAT G  G    T CAACTA  G A CTAC   G  A   ATTTAA     T AA AG T G  G  A AC TA A  GAAGTG     T TT  AT  A A C C CA G  CCCCCTGAT T  C T G C  G  G A TAT CTACCA A A   AA A AGGA  TCACT T T AT G GC  CGTT CA T AC    T TT  C TCT   AAATAAAAAGGGAAAAA CC  GA TG   A TC    G G  C  TC  GGG    AG GT  A   ACG C AT C G C A  T  T  TGT  G  TTC GA G  T  G   G GT     C A  T A
blockSeqs                     :          . . AA . .      G  C  A   . .  GGAA       G  .  G G .  A  .   T AT  .  A    . TT      C . CCTA   G  C   AATCTA     A C  .  . G  G  . GC C  G  T          A TA  .   . A G . .  .  GT        G  A . . A  .  . G A   A      . .   C  . ATT   .     . . .  A G   TA   C  . .     . G   . .     GG                A   .  GC   A TC    G .  .  G   G      .  G   .   T   . .  . . . .  T  .  T    .  .   A  T  G  C   G T      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  AC         G  .  . G .  .  .   T AT  .  .    . C       . . .      .  .   ATTAAA     . .  .  . G  T  . .  C  .  T          . T   .   . G . . .  .  AT        .  A . . .  .  . . .   A      . .   .  . A     .     . . .  . A   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    A T     . .  .  .   .      .  G   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  TA         G  .  . . .  .  .   T AT  .  .    . A       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . A  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  AT        .  A . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  G   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   T AT  .  .    . A       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  T  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  CG        .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   T AT  .  .    . A       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   T AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . C  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  A         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  A    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   TTTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . GT  .  .    . .       . . .      .  .   ATGTA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  A         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  C          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   GATTA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  T    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          T  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  A    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          A  .  . . .  .  .   . AC  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  T  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  T         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  G    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          T  .  . . .  .  .   . GG  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAT      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  A    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          T  .  . . .  .  .   . GT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTAA      . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  A    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . GG  .  .    . .       . . .      .  .   ATTA       . .  .  . C  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  A    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTA       . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  A    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          G  .  . . .  .  .   . AT  .  .    . .       . . .      .  .   ATTA       . .  .  . G  A  . .  .  .  .          . .   .   . . . . .  .  G         .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  .    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .  . .
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          T  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   ATT        . .  .  . G  G  . .  .  .  .          . .   .   .                       .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .  . .   .    .  . .     . .   . .     .                 .   .  .    . .     . .  .  .   .      .  .   .   .   . .  . . . .  .  .  .    .  .   .  .  .  .   . .      . .     
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  A          A  .  . . .  .  .   . GT  .  .    . .       . . .      .  .   TA         . .  .  . .  G  . .  .  .  .                                            .  . . . .  .  . . .   .      . .   .  . .     .     . . .                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :          . . .  . .      .  .  .   . .  .          T  .  . . .  .  .   . GG  .  .    . .       . . .      .  .   AA         . .  .  . .  .  . .  .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :              .  . .      .  .  .   . .  .          T  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .  .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                          .  .  .   . .  .          T  .  . . .  .  .   . GG  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .  .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                    . .  .          T  .  . . .  .  .   . GG  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                      .  .          T  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                         .          T  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                         .          G  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                    .  .  . . .  .  .   . GG  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                    .  .  . . .  .  .   . GT  .  .    . .       . . .      .  .   G          . .  .  . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                    .  .  . . .  .  .   . GA  .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                    .  .  . . .  .  .   . A   .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                       .  . . .  .  .   . C   .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                          . . .  .  .   . .   .  .    . .       . . .      .  .   A          . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                        .       . . .      .  .   A          . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                           .  .   A          . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
finalCons                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT





Alignments
lowQualScore                  :                                         111111111                                                                111111111            1                                                                                                                                                             11111111111111111                                                                                                                         
lowQualScore                  :          1 1 44 1 444444 33 3  33  1 1  111111111  33 1  2 3 11 22 11  7 333 1  2    1 888888  2 1 4444   2  2   999999999  2 22 11 1 1  6  1 33 44 2  777777     3 66  22  1 5 3 1 22 1  999999999 3  6 1 1 3  1  1 3 444 888888 1 1   44 1 8888  44444 1 1 22 3 55  6666 44 1 22    1 44  1 333   44444444444444444 44  22 333  5 66    3 1  1  44  444    22 77  1   444 1 22 1 1 1 1  3  1  444  1  333 44 3  3  3 0 3 44     1 1  1 1    
lowQualScore                  :          . . .. . ...... .. .  ..  . .  .........  .. .  . . .. .. ..  . ... .  .    . ......  . . ....   .  .   .........  . .. .. . .  .  . .. .. .  ......     . ..  ..  . . . . .. .  ......... .  . . . .  .  . . ... ...... . .   .. . ....  ..... . . .. . ..  .... .. . ..    . ..  . ...   ................. ..  .. ...  . ..    . .  .  ..  ...    .. ..  .   ... . .. . . . .  .  .  ...  .  ... .. .  .  . . . ..     . .  . .    
lowQualScore                  :          6 6 22 5 444444 55 0  55  4 4  000000000  55 1  2 2 55 66 55  6 555 1  2    1 777777  1 1 5555   1  1   444444444  1 44 44 0 6  4  1 11 44 9  222222     5 55  44  7 5 6 8 55 8  000000000 3  7 7 7 3  7  7 3 666 111111 7 7   00 7 1111  22222 7 7 33 5 99  1111 11 7 44    7 11  7 000   66666666666666666 11  44 111  2 55    5 7  7  11  888    44 66  7   888 7 44 7 7 7 7  5  7  888  7  000 11 5  5  5 8 5 11     7 7  8 8    
consensus                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
Reference ( family-472 )      : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109953                     : AATTTTCTC-C-G--T-T------G--C-AA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-TGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CT------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C----AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109954                     : AATTTTCTC-C-A--T-C------G--C-TA--GG-T-CA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-AAAT--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CT------G--A-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--AG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109955                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-A-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-C-A----ACA-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------A--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCT--T-G----GA-----G-A-A--T-T--TG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-TT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CT-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109956                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A-------A-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATTTA--T--T-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-TTTAA--TA-C-C-TCG--C-CC------G--T-ACCA-C-T-TT-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------TA-AT--A-G-AT-AT-TCGA-T-CT-TTTCCC---GGTA--A--GG-GAA---T-C--A-T-A-C-C---A-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-TTA-AT-TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109957                     : AACTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A--T-G-A--T--C--GG-A-ATG-AGGCGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C-C-C-G--G-CC------A--T-AC-A-C-TCTG-TG-T-A---TA-----G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-AATT-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------TCCAT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--AG-GAA---T-C--ACT-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT--TA-A---TTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109958                     : AATTTTCTC-C-A--T-C------G--T-GA--GG-T-TA-------A-TGG-A-GT-G-A------------------G-CGGA-A------CA-T-A----ACG-AC-TG------T-A-TT-A--T--G-CAGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCT--T-G----GA-----A-A----T-T--CG----T--A-C--TTAA-T--GA-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109959                     : AATTTTCTC-C-G--T-C------G--CAGA--GG-T-TA-------ACTGG-A-GT-G-A--T--A--GG-A-ATG-AG-TGGA-AC-----TA-T-A----ACGGAC-TGG-T--TT-AATT-A--T--T-CGG--TT-A--CC-A-CTT-----GAGTG-TT-AA--TA-C-CCG-G--CGCC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--ATT--TTAC-CG-GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT---C---GGTA--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-G-----T-TT---C--A-AA-TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109960                     : AATTTTCTC-CCG--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-AGTT--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TG-TATT-A--T--T-CGGGGTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-C-C-G-G--C-CC------G--T-AC---C-T-TG-TG-TAA---T------G-A-TCC--T-GA---AA-----A-A-A--T-T--CT----A--A-C--TTAC-T---G-C---CCT-----------------T--AT--ATG-ATAA--TCGA-TGCT-TT--CC---GGTA--A--AG-AAA---TCC--A-T-A-C-CA-AG-AA---GT-TT---C--A-AA-TTGTTA-A--TTTTTCC-GA-CAACTT
gi|109961                     : AATTTT-TC-C-G--T-C------GG-C-AA--GG-C-TAT------A-TG--A-GT-G-A--T--C--GG-A-AT--AG-TGGA--------CA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TTTAATT-A--T--T-TCGGTTT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--AC-C-C-G-G--C-CC------GT-T-ACAA-C-T-GG-TG-T-ATATT------G-A-TCC--T-G----GA-----ATA-A--C-T--TGTA--T--A-C--CTAC-C--GGCC---CCT-----------------T--AT--C-G-AT-A--TCGAGT-CT-TT--CC---GGTA--AGTGA-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AATAG---TTGTT---C--A-AA-TT-CAAGA--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109962                     : AAATTTCTC-C-A--T-C------G--C-GAA-GG-T-TA-------A-TGGGA-GT-GGA--T--C--GA-G-GTG-AA-CGGA--------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-TT-A--C--A-AT-------AGTT-G--AA--TG-C-C-A-G--C-CC------G--T-AC-A-CGT-TG--G-T-A---T------G-A-TCCC-T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GA-C---CCT-----------------T--A---A-T-AT-A--TTCA-T-CT-TT--TC---CGTA--A--GG-AA----T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AATTT-CTAGA--TTTTT-C-
gi|109963                     : AATTGTCTC-C-G--T-C------G--CCGA--GG-T-TA---------TGG-ACGT-GGA--G--C--GG-A-ATGGAG-C----A------TAGT-A----ACG-AC-TGGGA--TT-A-TT-A--TAGT-CGGG-TT-A--C--A-CT------GAGTG-T--AA--TA-CAC-G-G--C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-TGA---T------G-A-TCC--T-GAGGAGA-----C-A-A--G-TGCCG----T--A-C--TTAT-CTTGG-C---CCTGG---------------T--AT--A-GCAT-A--TCGAGT-CT-GG--CCGGGGGTAAGA--GG-AAA---T-C--A-TGA-C-CA-AA-AGTGTTT-TT---CGAA-AA-TT-TTA-AGTTTTTT-CAGA-C-ACCT
gi|109964                     : AATTTTTTC-C-G--T-C------GATT-GA--GG-T-TAGGA----A-TGG---GT-G-A--T--C--AG-ATATG-AG-CGGA-A-------A-T-ACTACACG-AC-TGG-AATCT-A--T-A--T--T-CGG--TT-A--C--A-C-------GATTG-T--TA--TG-CAC-G-G--C-CCCCCCCTGATT-AC-A-T-T-TG-TG-T-A---T------GAA-TCC--C-T----GA-----A-A-A--T-T--CG----TC-A-C--TT---C--GG-C---CCTAAATAAAAAGGGAAAAAC--AA--A-A-ATAA--TTGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GA-A-------C--A-T-C-C-AA-AA-AGT--TT-TT---C--AGAA-TT-CTA-T--ATTTT-C-GA-C-
gi|109965                     :  ATTTTCTC-C-A--T-C------G--C-GA--GG-T-TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----AAT-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--
gi|109966                     :  ATTTTCTC-C-A--TTC------G--T-GA--GT-T-TA-------C-TGA-A-GT-G-A--T--CCGGA-A-ACG-AG-CGGA-A------CA-TAA----ACG-ACATGG-------AATT-GC-T--T-CGGGTTT-A--C--
gi|109967                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TA---------TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGAA-A------TA-T-A----GCG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--A-CT------GAGTGTT--AA--TA-C-CGG-G--C-CC------G--T-AC-A-C-A-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-TG-CG----T--A-C--ATAC-C---G-C---CCT-----------------T--GT--A-G-AT-A--TCGA-T-CT-TC--C-----GTT--A--GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-C-A-A--ATTTT-C-GA-C-ACTTtgatcgatacc
gi|109968                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GTGG-A--T--T--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGTT-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------AT-T-ACAA-C-T-TG-TC-T-A---T------G-A-T-C--T-G----GA-----A-A-T--T-T--CG----A--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATAA-AA---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109969                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GTGG-A--T--T--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ATG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-CGGTT-A--C--C-AT------GAGTG-T--AA--TG-C-C-G-G--C-CC------AT-T-ACAA-C-T-TG-TC-T-A---T------G-A-T-C--T-G----GA-----A-A-T--T-T--CG----A--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-G-AT-ATCTCGA-T-CT-TT--CT---GGTA--AG-GG-AAA---T-C--A-T-A-C-CATAA-AA---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-TA-C-ACTT
gi|109970                     :   TTTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-T--------A-TGG-A--T-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-C-GA-ATT----TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TTAAATTAA--T--T-C--GGTTAA--C--A-CTGAAGTGGAGTA-T--AA--TA-C-C-C-GCAC-CC------T--T-AC-A-T-T-T-----T-A---T------G-A-TTC--T-G-----------A-A-A--T-TA-CGCGTTT--A-C--TTAC-C--GT-CTCTCCT-----------------T--AT--A-G--T-A---CGA-T-CTCTT--GT---GGTA--AG-GG-AAA---T-CATA-T-A-C-CA-AA-AG---TT-TTTTCC--A-AA-TT-C-A-A---TTTT-C-AA-A-ACTT
gi|109971                     :   TTCTCTC-C-G--A-CTGTGAGG--T-GA--GG-T-TA-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TT-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-AACC--A-CT------
gi|109972                     :   TTTTCTC-C-GACT-C------A--C-GA----------------------A-GC-A-A--T--C--GATA-GTG-AA-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AT-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGG-T-A--G--A-CG------GAATA-T--AA--CG-
gi|109973                     :   TTTTCTC-C-G-----------A--C-TA-------TG-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CAGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--actgg
gi|109974                     :    TTTCTC-C-G--T-C------G--C-GA--GG-T-TACATGGTTA-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-ATG-AG-CGGA-A------TA--------ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--TTCGG--TT-A--CC-A-CT------GAGTT-T--A---TA-C-C-G----C-CC------G--T-A--A-C-T-TGGTG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----AA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-T--TTAC-T--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---AT-A--T-GA-T-CT-TC--CC----GTA--A---G-AAA---T-C--A-T-A---CA-AA-AG----T-TT---C--ATAA-TT--TA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109975                     :    TTTCTC-C-G--T-C------A--C-GACCGG-T-TA---------TG--A-GT-GGA--T--C--GG-A-ATG-AG-CGAA-ACAACTATA-T-A----GCGGAC-TGG-A--TT-AAT--A--T--T-CGGTGTT-AGCC--AACT------GAGTGAT--AA--TGAC-C-G-G--C-CCC-----G--TTAC-ATC-TATG-TGGT-A---T------G-AATCC--T-G----AA-----A-T-A--T-T--CG----T--A-CACTTACTC--GG-C---CCT-----------------T--AT--A---ATAA--TCTA-T-CT-TTG-CC---GTTA--A--GG-AAAT--T-C--A-T-ACC-CA-AC-AG---TT-TT---C--A-AAGTT-CAA-G--ATTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109976                     :    TTTCTCGC-T--C-C------T--C-GA--GGATATA-------A-TGG-A-GT-G-A--T--C--GG-A-A-G-AG-CGGA--------TA-T-A-----CG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--AGCT------GAGTG-T--AAATTG-CGC-G-G--G-CC------G----AC-------CG-TG-T-A---TCTACCAG-A-TCCAAT-GATT-GATCACTA-A-A--T-T--AT----TCAA-C--CT---C--GG-C---CCT-----------------T--ATGAA-G-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CCG--GGTA--A--GGAAAA---T-C--A-T-A-C-CC-AA-CG---TT-TT---CA-A-AA-TT-CAA-A--TTGTT-C-GATC-ACTT
gi|109977                     :    TTTCTC-C-GAAC-T------G--T--A--GG-T-TA-------A-TGG-A-GC-G-A--TACT--GG-A--CG-AGACGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109978                     :              --T-C------G--C-GA--G--T-TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--AG-A-GAG-AG-CAGA-A------TA-T-A----AAG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGGGTTT-A--ttaact
gi|109979                     :                          --C-GA--GA-C-TA-------A-----A-GT-G-A--AA-C--GG-A-GTG-AG-CGGATA------TACT-A----ACA-ACCTGG-A--TT----T-A--T--T-CGG--TT-A--CTAA-CTT-----GAGTG-TTAAA--TG-C---G-G--T-G-------G--TGAC-A-C-T-TG-GG-T-AA--TA-----G-A-TCC--TAG----GA-----A-A-A--TGT--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-G---CTT-----------------G--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--CC---GGTA--A--GG-AGAACGT-C--A-T-A-CAGA-AA-AG---TT-TT------A-AA-TTCCTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACatacctggtcc
gi|109980                     :                                    -T-TA-------A-TGA-A-GT-G-A--T--C--AGTG-GGG-AG-TGGA-A------TA-G-A----ATG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-AGGTT-A--C--A-
gi|109981                     :                                      -TA-------A-TGT-A-GT-G-A--T--C--AG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------GTT-A--T--T-CGGG
gi|109982                     :                                        A-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-TCGGGTT-A--C--G-CT------t
gi|109983                     :                                        A-------A-TGT-A-GC-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-AA-----TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--G-CT------
gi|109984                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--
gi|109985                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-CGG
gi|109986                     :                                                 -TGT-A-GT-G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CG-A-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--atta
gi|109987                     :                                                   GG-A-GT-G-A--T--C--GATA-GGG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACA-AC-TGG-A--TT-ATTT-----------GGATT-A--T--A-CT------
gi|109988                     :                                                     -A-GT-G-A--A--C--GG-A-GTG-AG-CGGA-A------TA-T-ACCTAACA-AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG--T-A--C--A-AT------GAGTG-T--AA--TA-C---G-G--T-CC------G--T-AC-A-C-T-GG--G-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-T--GG-G---C-T-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCGA-T-CT-TT--C----GGTA--A--GG-AAA---T-C--A---A-C-AA-AA-AG---TT-TT---T--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-C-GA-C-ACTT
gi|109989                     :                                                          -G-A--T--C--GG-A-GAG-AG-CGGA-A------TA-T-A----ACG-AC-TGG--------ATT-A--T--T-C-GGGTT-A--
gi|109990                     :                                                                                        ------TA-T-A----ACG-AC-TGG-A--TT-AATT-A--T--T-C-GGGTT-A--C--
gi|109991                     :                                                                                                           -AC-TGG-A--TT-A-------T--T-CGGG-TT-A--C--A-AT------GAG----------------------C-CC------G--T-AC-A-C-T-TG-TG-T-A---T------G-A-TCC--T-G----GA-----A-A-A--
gi|109992                     :                                                                                                                                                                                                     -AC-A-C-T-TG-TG-T-A---A------G-T-TCC--T-G----GA-----A-A-A--T-T--CG----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT
gi|109993                     :                                                                                                                                                                                        atatctaccggta-AC-A-C-T-TT-TG-C-A---A------A-A-TCC--C-T----AA-----A-ATA--TAG--CN----T--A-C--TTAC-C--GG-C---CCT-----------------T--AT--A-A-AT-A--TCAA-T-CT-TT--TC---GGTA--A--GA-A--------------A-C-CA-AA-AG---TT-TT---C--A-AA-TT-CTA-A--TTTTT-T-GA-C-ACTT