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lowQualScore                  :      ..  . .   ..    ...... .  .    ....  . .. .  .. .  . .....    .   . .  . . ............................  ..     ...  . . ................... .... . .. . .. ........ ... ..    .   . .. ..     .     
lowQualScore                  :      99  8 6   55    000000 8  6    6666  2 44 7  22 6  6 00000    7   7 3  7 7 2222222222222222222222222222  66     666  1 1 7777777777777777777 1111 1 88 1 44 88888888 333 55    1   1 44 44     1     
consensus                     :  CTTAA-GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-N--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
Reference ( gi|89238 )        :  CTTAA-GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-A--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TT--A----------G---T-C---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89236                      :  CTTTA-AA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-TT-AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACC-TTG-G--T--ATACG-CAGAC
gi|89237                      :  CTTAC-GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-T--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---G-C---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------CGCAA--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89239                      : cCTTAA-GA-T-TCA--A--G------T-TT-GTTA-T--AT----C-TG--A-TT-AACATGTACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--A----------------T----C-T--T-C--C--------A---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGcacagg
gi|89241                      :  CTTAA-GA-T-TCA--ACAA------T-TT-GTTA-AGTAT-T--C-TG--A-TT-G-----TGCC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TG--GGG-----GG-G-G--A----------------TAAAAA-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACgacacagg
gi|89242                      :  CTTA--GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-T--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TCGAA----------G---T-C---A---TAGTGGGGGG--GG-G-G--G----------------G----G-G--T-C--A--------T---A--TATC-TTG-G--T--ACACA-CAGACcacagg
gi|89243                      : cCTTAA-GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-T--AT-T--C-TG--AATG-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC---------------------------T-----GGGT--GG-A-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTA-G--C--ATACA-AAGAC
gi|89240                      :  CTTAA-GA-T-TCA--AC-G------T-TT-GTTA------------TA--A---------------------AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGTTTT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC--TG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89245                      :  CTTA--GA-T-TCA--ACAGGTTTATT-TT-GT------AT-T--C-TG--A-CT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--AAAATTTGGGTG---T-T---AGGGGA--GGGGGT--GG-G-GT-GGGTAGGTGTTAGGGGTT----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-GTG-G--T--ATACC-CAGAcaca
gi|89247                      : cCTTA--GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-T--GT-T--C-TG--A-CT-A-----TACC-TTT-C-AG-T-
gi|89244                      :  cTTAG-AA-TATCA--ACAG------T-TT--TCATC--AT-T--CGTC--A-TA-A-----TACC-TTT-C-AAGT-TC--A----------G---T-CCAAA---AG--GGGGGT--GG-G-G--G----------------G----C-T--T-C--C--------TG--A--TA-C-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89246                      : ctTTAA-GA-T-TCA--ACAG-------------------------------A-TT-A-----TACC-TTT-CCAA-T-TC--A----------G---T-C-----------------------------------------------------------C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89248                      : ctTTAATGA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-T--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACcacagg
gi|89252                      :    ctA-GA-T-TCA--ATAG------T-TG-TTTA-T--AT-T--C-TATAA-TT-A--------C-TTT-C-AA-T-C--------------G---TTC---A---TA--GGGTCT--TG-G-A--G----------------T----C-T--T-C--CTACATGTGT---A--TATC-TTG-GTAT--ATACA-CAGAC
gi|89251                      :      A-GA-TCTCA--ACAG------T-TTAGTTA-A--AT-TTTC-TG--A-TTGA-----TACGATTT----A-T-TT--C----------G---T-A---C---TAT-GAGGGT--GG-G-G--G----------------T----T-C--T-C--C--------T---ACTTAT--TTGTG--T--ATATA-cacagg
gi|89250                      :      A-GAGT-TCA--ACAG------T-TTTGTTT-AT-AT-T--C-TG--A-TT-A-----TA------------------A----------G--------------G--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----G-T--C-T--C--------TGT-A--TATC-TTG-T--T--ATGCAGCAGAC
gi|89253                      :      t-GA-T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-----------------------------CC-TTT-C-AA-T-C---A----------G---T-C---A---TA--GGGG-T--GG-G-G-------------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATCTTTG-G--T--AT-CA-CAGAC
gi|89254                      :         A-C-TCA--ACAGG-----TGTT-GTTA-T--AT-T--C-TG--A-T--A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A--------------T-C---A---TC--AGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-T------T--ATA-A-CAGAC
gi|89249                      :          -T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-AGTAT-T--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--TAAAAACA-CAGAC
gi|89257                      :     ttggt-T-TTA--ACAG------T-TT-GTTA-A--GTAT--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA---GGGGT--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TGT-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89256                      :          -T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-A--GTAT--C-T---A-TT-A-----TACC-TTT-CCAA-T-TC--A----------G-----C---A---TA--GGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacag
gi|89258                      :          -T-TCA--ACAG------T-TT-GTTA-A--GTAT--C-TG--A-TT-A-----TACC-TTTTC-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGG--T--GG-G-G-------------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89259                      :          -T-TCATTAC-G------T-TT-GTTA-T--AT-T--C-TG--A-TT-A-----T-CC-CTT-C-AA-TCTC--A----------G---T-CA--A---TA---GGGGT--GG-G-G------------------------C-T--T-C--C--------T---A--T----TTG-G--T--ATcacag
gi|89255                      :                                       --AT-T--C-CG--A-CT-A-----TATC-TTT-C-AG-T-TC--A----------AATTT-C-------T---GGGGGT--GG-G-GG-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89260                      :                                  atacaaaggtatggtgt--A-TT-A-----TACC-TTT-C-AA-T-TC--A----------G---T-C---A---TA--GGGTTT--TGTG-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89261                      :                                                   --A-TT-A-----TA----TT-C-AA-C-TC-----------------C-C-----------GGGGGA--GA-G-G--T----------------T----C-T--TGC--T--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CACACcacagg
gi|89263                      :                                                                                                              A--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAtac
gi|89264                      :                                                                                                              A--GGGGGTAGGG-G-G--G----------------T----C-T--T-T--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89262                      :                                                                                                              A--GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89265                      :                                                                                                               --GGGGGT--GG-G-GT-G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATATA-CAGAC
gi|89266                      :                                                                                                               --GGGGGT--GG-G-G--G----------------TAAT-C-T--A-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGGC
gi|89267                      :                                                                                                               --GGGGGG--GG-G-T--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89268                      :                                                                                                               --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---AG-TACT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89269                      :                                                                                                               --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAG
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gi|89272                      :                                                                                                               --GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89271                      :                                                                                                               --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----CCT--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89273                      :                                                                                                               --GGGGGT--GG-T-GT-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATGCA-CAG
gi|89274                      :                                                                                                               --GGGGGG--GG-G-GTTG----------------T----C-T--C-CTTC--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89276                      :                                                                                                                       --GG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC





Alignments
lowQualScore                  :                                   111                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :       55  1 3   22    3 1  3   44 111  5 22 1  22 1  1 33333       1 3  1 1  7777777777777 222  7777777  22      11  2 1 8888888888888888888 4444 1 55 1 11 33333333 444 22    1   1 11 11     1     
lowQualScore                  :       ..  . .   ..    . .  .   .. ...  . .. .  .. .  . .....       . .  . .  ............. ...  .......  ..      ..  . . ................... .... . .. . .. ........ ... ..    .   . .. ..     .     
lowQualScore                  :       00  7 3   33    3 7  3   00 111  0 33 7  11 5  5 88888       6 2  6 6  3333333333333 999  6666666  66      44  1 0 9999999999999999999 0000 0 66 0 44 77777777 222 44    0   0 44 44     1     
consensus                     :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AT--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
Reference ( family-468 )      :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AN--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89236                      :   CTTTA-AA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--ATT-AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACC-TTG-G--T--ATACG-CAGAC
gi|89237                      :   CTTAC-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AT--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---GC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------CGCAA--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89238                      :  cCTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AA--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TT--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89239                      :   CTTAA-GA-T-TCA--A--G-T-TT-GTT--AT--AT----C-TG--A-TT-AACATGTACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--A----------------T----C-T--T-C--C--------A---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAG
gi|89240                      :   CTTAA-GA-T-TCA--AC-G-T-TT-GTT--AT--A-----------------------A--------AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGTTTT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC--TG-G--T--ATACA-CAGACgacacagg
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gi|89243                      :  cCTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AT--AT-T--C-TG--AATG-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--------------------------T-----GGGT--GG-A-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTA-G--C--ATACA-AAGAC
gi|89244                      :    TTAG-AA-TATCA--ACAG-T-TT--TC--ATC-AT-T--CGTC--A-TA-A-----TACCTTT-C-AAGT-TC--A----------G---TCCAAA---AG--GGGGGT--GG-G-G--G----------------G----C-T--T-C--C--------TG--A--TA-C-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89245                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAGGT-TT-ATTTTGT--AT-T--C-TG--A-CT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--AAAATTTGGGTG---TT---AGGGGA--GGGGGT--GG-G-GT-GGGTAGGTGTTAGGGGTT----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-GTG-G--T--ATACC-CAGA
gi|89246                      :   cTTAA-GA-T-TCA--ACAG---------------------------A-TT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G---TC-----------------------------------------------------------C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89247                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AT--GT-T--C-TG--A-CT-A-----TACCTTT-C-AG-T-cacagg
gi|89248                      :   cTTAATGA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AT--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TAC
gi|89249                      :         ct-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGTAT-T--C-TG--A-TT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--TAAAAACA-CAGAC
gi|89250                      :  ttggtA-GAGT-TCA--ACAG-T-TTTGTTT-AT--AT-T--C-TG--A-TT-A-----TA-----------------A----------G-------------G--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----G-T--C-T--C--------TGT-A--TATC-TTG-T--T--ATGCAGCAGACcacagg
gi|89251                      :      tA-GA-TCTCA--ACAG-T-TTAGTT--AA--AT-TTTC-TG--A-TTGA-----TACGATT-T-AT-T-TC-------------G---TA---C---TAT-GAGGGT--GG-G-G--G----------------T----T-C--T-C--C--------T---ACTTAT--TTGTG--T--ATATA-
gi|89252                      :       A-GA-T-TCA--ATAG-T-TG-TTT--AT--AT-T--C-TATAA-TT-A--------CTTT-C-AA-T--C--G----------T---TC---A---TA--GGGTCT--TG-G-A--G----------------T----C-T--T-C--CTACATGTGT---A--TATC-TTG-GTAT--ATACA-CAGAC
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Reference ( family-468 )      :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89244                      :    TTAG-AA-TATCA--ACAG-T-TT--TC--A--TCATT--CG-TC-ATA-A-----TACCTTT-C-AAGT-TC--A----------G---TCCAAA---AG--GGGGGT--GG-G-G--G----------------G----C-T--T-C--C--------TG--A--TA-C-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89245                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAGGT-TT-ATTTTG--T-ATT--C--TG-ACT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--AAAATTTGGGTG---TT---AGGGGA--GGGGGT--GG-G-GT-GGGTAGGTGTTAGGGGTT----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-GTG-G--T--ATACC-CAGA
gi|89246                      :   cTTAA-GA-T-TCA--ACAG---------------------------ATT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G---TC-----------------------------------------------------------C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89247                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-GTT--C--TG-ACT-A-----TACCTTT-C-AG-T-cacagg
gi|89248                      :   cTTAATGA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TAC
gi|89249                      :         ct-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--TAAAAACA-CAGAC
gi|89250                      :  ttggtA-GAGT-TCA--ACAG-T-TTTGTTT-A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TA-----------------A----------G-------------G--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----G-T--C-T--C--------TGT-A--TATC-TTG-T--T--ATGCAGCAGACcacagg
gi|89251                      :      tA-GA-TCTCA--ACAG-T-TTAGTT--A--A-ATTTTC--TG-ATTGA-----TACGATT-T-AT-T-TC-------------G---TA---C---TAT-GAGGGT--GG-G-G--G----------------T----T-C--T-C--C--------T---ACTTAT--TTGTG--T--ATATA-
gi|89252                      :       A-GA-T-TCA--ATAG-T-TG-TTT--A--T-ATT--CTATA-ATT-A--------CTTT-C-AA---TC--G----------T---TC---A---TA--GGGTCT--TG-G-A--G----------------T----C-T--T-C--CTACATGTGT---A--TATC-TTG-GTAT--ATACA-CAGAC
gi|89253                      :        -GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A---------------------------CCTTT-C-AA-T--C--A----------G---TC---A---TA--GGGG-T--GG-G-G-------------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATCTTTG-G--T--AT-CA-CAGACcacagg
gi|89254                      :          A-C-TCA--ACAGGTGTT-GTT--A--T-ATT--C--TG-AT--A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A--------------TC---A---TC--AGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-T------T--ATA-A-CAGAC
gi|89255                      :          A-T-ACA--AAGG-T-AT-GGT--G--T-ATT--C--CG-ACT-A-----TATCTTT-C-AG-T-TC--A----------AATTTC-------T---GGGGGT--GG-G-GG-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89256                      :           -T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--T--ATT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G----C---A---TA--GGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89257                      :           -T-TTA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA---GGGGT--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TGT-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89258                      :           -T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--TG-ATT-A-----TACCTTTTC-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA----GGGT---G-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAGACcacag
gi|89259                      :           -T-TCATTAC-G-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----T-CCCTT-C-AA-TCTC--A----------G---TCA--A---TA---GGGGT--GG-G-G------------------------C-T--T-C--C--------T---A--T----TTG-G--T--ATcacag
gi|89260                      :                                                 -ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGTTT--TGTG-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89261                      :                                                 -ATT-A-----TA---TT-C-AA-C-TC-----------------CC-----------GGGGGA--GA-G-G--T----------------T----C-T--TGC--T--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CACACcacagg
gi|89262                      :                                                                                                        A--GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGACtac
gi|89263                      :                                                                                                        A--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGA
gi|89264                      :                                                                                                        A--GGGGGTAGGG-G-G--G----------------T----C-T--T-T--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89265                      :                                                                                                         --GGGGGT--GG-G-GT-G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATATA-CAGAC
gi|89266                      :                                                                                                         --GGGGGT--GG-G-G--G----------------TAAT-C-T--A-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGGC
gi|89267                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-T--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89268                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---AG-TACT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89269                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAG
gi|89270                      :                                                                                                         --GGGGGG--AG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89271                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----CCT--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89273                      :                                                                                                         --GGGGGT--GG-T-GT-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATGCA-CAG
gi|89274                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-GTTG----------------T----C-T--C-CTTC--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89276                      :                                                                                                                 --GG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC





Alignments
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lowQualScore                  :       ..  . .   ..    . .  .   .. .. .  ... ..  .   . .....       . .  . .  ............. ...  .......  ..      ..  . . ................... .... . .. . .. ........ ... ..    .   . .. ..     .     
lowQualScore                  :       00  7 3   33    3 7  3   00 55 3  555 00  5   5 88888       6 2  6 6  3333333333333 999  6666666  66      44  1 0 9999999999999999999 0000 0 66 0 44 77777777 222 44    0   0 44 44     1     
consensus                     :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
Reference ( family-468 )      :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89236                      :   CTTTA-AA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--TTATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACC-TTG-G--T--ATACG-CAGAC
gi|89237                      :   CTTAC-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---GC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------CGCAA--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89238                      :  cCTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--A-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TT--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89239                      :   CTTAA-GA-T-TCA--A--G-T-TT-GTT--A--T-AT---C--TG-ATT-AACATGTACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--A----------------T----C-T--T-C--C--------A---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAG
gi|89240                      :   CTTAA-GA-T-TCA--AC-G-T-TT-GTT--A--T-A---------------------A--------AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGTTTT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC--TG-G--T--ATACA-CAGACgacacagg
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gi|89242                      :   CTTA--GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TCGAA----------G---TC---A---TAGTGGGGGG--GG-G-G--G----------------G----G-G--T-C--A--------T---A--TATC-TTG-G--T--ACACA-CAGACcacagg
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gi|89244                      :    TTAG-AA-TATCA--ACAG-T-TT--TC--A--TCATT--CG-TC-ATA-A-----TACCTTT-C-AAGT-TC--A----------G---TCCAAA---AG--GGGGGT--GG-G-G--G----------------G----C-T--T-C--C--------TG--A--TA-C-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89245                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAGGT-TT-ATTTTG--T-ATT--C--TG-ACT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--AAAATTTGGGTG---TT---AGGGGA--GGGGGT--GG-G-GT-GGGTAGGTGTTAGGGGTT----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-GTG-G--T--ATACC-CAGA
gi|89246                      :   cTTAA-GA-T-TCA--ACAG---------------------------ATT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G---TC-----------------------------------------------------------C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89247                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-GTT--C--TG-ACT-A-----TACCTTT-C-AG-T-cacagg
gi|89248                      :   cTTAATGA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TAC
gi|89249                      :         ct-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--TAAAAACA-CAGAC
gi|89250                      :  ttggtA-GAGT-TCA--ACAG-T-TTTGTTT-A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TA-----------------A----------G-------------G--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----G-T--C-T--C--------TGT-A--TATC-TTG-T--T--ATGCAGCAGACcacagg
gi|89251                      :      tA-GA-TCTCA--ACAG-T-TTAGTT--A--A-ATTTTC--TG-ATTGA-----TACGATT-T-AT-T-TC-------------G---TA---C---TAT-GAGGGT--GG-G-G--G----------------T----T-C--T-C--C--------T---ACTTAT--TTGTG--T--ATATA-
gi|89252                      :       A-GA-T-TCA--ATAG-T-TG-TTT--A--T-ATT--CTATA-ATT-A--------CTTT-C-AA---TC--G----------T---TC---A---TA--GGGTCT--TG-G-A--G----------------T----C-T--T-C--CTACATGTGT---A--TATC-TTG-GTAT--ATACA-CAGAC
gi|89253                      :        -GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A---------------------------CCTTT-C-AA-T--C--A----------G---TC---A---TA--GGGG-T--GG-G-G-------------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATCTTTG-G--T--AT-CA-CAGACcacagg
gi|89254                      :          A-C-TCA--ACAGGTGTT-GTT--A--T-ATT--C--TG-AT--A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A--------------TC---A---TC--AGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-T------T--ATA-A-CAGAC
gi|89255                      :          A-T-ACA--AAGG-T-AT-GGT--G--T-ATT--C--CG-ACT-A-----TATCTTT-C-AG-T-TC--A----------AATTTC-------T---GGGGGT--GG-G-GG-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89256                      :           -T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--T--ATT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G----C---A---TA--GGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89257                      :           -T-TTA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA---GGGGT--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TGT-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89258                      :           -T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--TG-ATT-A-----TACCTTTTC-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA----GGGT---G-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAGACcacag
gi|89259                      :           -T-TCATTAC-G-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----T-CCCTT-C-AA-TCTC--A----------G---TCA--A---TA---GGGGT--GG-G-G------------------------C-T--T-C--C--------T---A--T----TTG-G--T--ATcacag
gi|89260                      :                                                 -ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGTTT--TGTG-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89261                      :                                                 -ATT-A-----TA---TT-C-AA-C-TC-----------------CC-----------GGGGGA--GA-G-G--T----------------T----C-T--TGC--T--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CACACcacagg
gi|89262                      :                                                                                                        A--GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGACtac
gi|89263                      :                                                                                                        A--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGA
gi|89264                      :                                                                                                        A--GGGGGTAGGG-G-G--G----------------T----C-T--T-T--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89265                      :                                                                                                         --GGGGGT--GG-G-GT-G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATATA-CAGAC
gi|89266                      :                                                                                                         --GGGGGT--GG-G-G--G----------------TAAT-C-T--A-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGGC
gi|89267                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-T--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89268                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---AG-TACT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89269                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAG
gi|89270                      :                                                                                                         --GGGGGG--AG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89271                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----CCT--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89272                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89273                      :                                                                                                         --GGGGGT--GG-T-GT-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATGCA-CAG
gi|89274                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-GTTG----------------T----C-T--C-CTTC--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89275                      :                                                                                                            GGGGT--GGTGTG--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-GAGAC
gi|89276                      :                                                                                                                 --GG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC


blockSeqs                     :       AT  G A   TT    G G  T   TT AG C  TTT TA  A   G ACATG       T C  G C  AAAATTTGGGT   ATT  CAAA     GT      AG  T T TGGGTAGGTGTTAGGGGT  AAAA C CT G TT TACATGTG GCA CT    T   T TA AA     G
blockSeqs                     :       C   . C   .     G .  A   T  AG .  T   G   .   . .           . C  . .  GAA           .    AGGG     T       .   T . TTG                 AAT  . CT . .  .        GT  G     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  AG .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    AA       .       .   . . GG                  .    . CT . .  .        G   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  AG .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . TG                  .    . CT . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  AG .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . TG                  .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       G   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . A                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . A                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    C        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       A   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  G             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       .   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       .   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :       .   . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  T   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  A             .    A        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  A             .    .        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  A             .    .        .       .   . . T                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  .             .    .        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  .             .    .        .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :           . .   .     . .  .   .  .  .  .   .   .   . .           . .  . .  .             .    .        .       .   . . T                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                 .   . .           . .  . .                              .       .   . . T                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                 .   . .                                                 .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . T                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . G                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                         .       .   . . .                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                 .   . . .                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                 .   . . .                   .    . .  . .  .        .   .     .   . .  .       


blockSeqCons                  :   
originalCons                  :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
finalCons                     :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC





Alignments
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lowQualScore                  :       ..  . .   ..    . .  .   .. .. .  ... ..  .   . .....       . .  . .  ............. ...  .......  ..      ..  . . ................... .... . .. . .. ........ ... ..    .   . .. ..     .     
lowQualScore                  :       00  7 3   33    3 7  3   00 55 3  555 00  5   5 88888       6 2  6 6  3333333333333 999  6666666  66      44  1 0 9999999999999999999 0000 0 66 0 44 77777777 222 44    0   0 44 44     1     
consensus                     :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
Reference ( family-468 )      :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89236                      :   CTTTA-AA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--TTATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACC-TTG-G--T--ATACG-CAGAC
gi|89237                      :   CTTAC-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---GC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------CGCAA--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89238                      :  cCTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--A-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TT--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89239                      :   CTTAA-GA-T-TCA--A--G-T-TT-GTT--A--T-AT---C--TG-ATT-AACATGTACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--A----------------T----C-T--T-C--C--------A---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAG
gi|89240                      :   CTTAA-GA-T-TCA--AC-G-T-TT-GTT--A--T-A---------------------A--------AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGTTTT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC--TG-G--T--ATACA-CAGACgacacagg
gi|89241                      :   CTTAA-GA-T-TCA--ACAA-T-TT-GTT--AAGT-ATT--C--TG-ATT-G-----TGCCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TG--GGG-----GG-G-G--A----------------TAAAAA-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGACcaca
gi|89242                      :   CTTA--GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TCGAA----------G---TC---A---TAGTGGGGGG--GG-G-G--G----------------G----G-G--T-C--A--------T---A--TATC-TTG-G--T--ACACA-CAGACcacagg
gi|89243                      :  cCTTAA-GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TGAATG-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC-----------------T--------------GGGT--GG-A-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTA-G--C--ATACA-AAGAC
gi|89244                      :    TTAG-AA-TATCA--ACAG-T-TT--TC--A--TCATT--CG-TC-ATA-A-----TACCTTT-C-AAGT-TC--A----------G---TCCAAA---AG--GGGGGT--GG-G-G--G----------------G----C-T--T-C--C--------TG--A--TA-C-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89245                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAGGT-TT-ATTTTG--T-ATT--C--TG-ACT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--AAAATTTGGGTG---TT---AGGGGA--GGGGGT--GG-G-GT-GGGTAGGTGTTAGGGGTT----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-GTG-G--T--ATACC-CAGA
gi|89246                      :   cTTAA-GA-T-TCA--ACAG---------------------------ATT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G---TC-----------------------------------------------------------C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89247                      : ctCTTA--GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-GTT--C--TG-ACT-A-----TACCTTT-C-AG-T-cacagg
gi|89248                      :   cTTAATGA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TAC
gi|89249                      :         ct-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-ATT--C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGGGT--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--TAAAAACA-CAGAC
gi|89250                      :  ttggtA-GAGT-TCA--ACAG-T-TTTGTTT-A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----TA-----------------A----------G-------------G--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----G-T--C-T--C--------TGT-A--TATC-TTG-T--T--ATGCAGCAGACcacagg
gi|89251                      :      tA-GA-TCTCA--ACAG-T-TTAGTT--A--A-ATTTTC--TG-ATTGA-----TACGATT-T-AT-T-TC-------------G---TA---C---TAT-GAGGGT--GG-G-G--G----------------T----T-C--T-C--C--------T---ACTTAT--TTGTG--T--ATATA-
gi|89252                      :       A-GA-T-TCA--ATAG-T-TG-TTT--A--T-ATT--CTATA-ATT-A--------CTTT-C-AA---TC--G----------T---TC---A---TA--GGGTCT--TG-G-A--G----------------T----C-T--T-C--CTACATGTGT---A--TATC-TTG-GTAT--ATACA-CAGAC
gi|89253                      :        -GA-T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--A---------------------------CCTTT-C-AA-T--C--A----------G---TC---A---TA--GGGG-T--GG-G-G-------------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATCTTTG-G--T--AT-CA-CAGACcacagg
gi|89254                      :          A-C-TCA--ACAGGTGTT-GTT--A--T-ATT--C--TG-AT--A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A--------------TC---A---TC--AGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-T------T--ATA-A-CAGAC
gi|89255                      :          A-T-ACA--AAGG-T-AT-GGT--G--T-ATT--C--CG-ACT-A-----TATCTTT-C-AG-T-TC--A----------AATTTC-------T---GGGGGT--GG-G-GG-G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89256                      :           -T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--T--ATT-A-----TACCTTT-CCAA-T-TC--A----------G----C---A---TA--GGGG-T--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89257                      :           -T-TTA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--TG-ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA---GGGGT--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TGT-G--T--ATACA-CAGACcacagg
gi|89258                      :           -T-TCA--ACAG-T-TT-GTT--AAGT-AT---C--TG-ATT-A-----TACCTTTTC-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA----GGGT---G-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TT--G--T--ATACA-CAGACcacag
gi|89259                      :           -T-TCATTAC-G-T-TT-GTT--A--T-ATT--C--TG-ATT-A-----T-CCCTT-C-AA-TCTC--A----------G---TCA--A---TA---GGGGT--GG-G-G------------------------C-T--T-C--C--------T---A--T----TTG-G--T--ATcacag
gi|89260                      :                                                 -ATT-A-----TACCTTT-C-AA-T-TC--A----------G---TC---A---TA--GGGTTT--TGTG-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89261                      :                                                 -ATT-A-----TA---TT-C-AA-C-TC-----------------CC-----------GGGGGA--GA-G-G--T----------------T----C-T--TGC--T--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CACACcacagg
gi|89262                      :                                                                                                        A--GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGACtac
gi|89263                      :                                                                                                        A--GGGGGG--GG-G-G--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGA
gi|89264                      :                                                                                                        A--GGGGGTAGGG-G-G--G----------------T----C-T--T-T--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89270                      :                                                                                                         --GGGGGG--AG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89272                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-G--T----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TACA-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
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gi|89274                      :                                                                                                         --GGGGGG--GG-G-GTTG----------------T----C-T--C-CTTC--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-CAGAC
gi|89275                      :                                                                                                            GGGGT--GGTGTG--G----------------T----C-T--T-C--C--------T---A--TATC-TTG-G--T--ATACA-GAGAC
gi|89276                      :                                                                                                                 --GG-G-G--G----------------T----C-TCTT-C--C--------T---A--TATT-TTG-G--T--ATACA-CAGAC